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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1101 | 2024-08-07 |
Androgens exert multifaceted functions in sex differences analyzed through single-cell transcriptome
2024-11, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2652-y
PMID:38940831
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1102 | 2026-04-22 |
Annexin A1: a key regulator of T cell function and bone marrow adiposity in aplastic anaemia
2024-11, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP286148
PMID:39373986
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研究论文 | 本研究探讨了Annexin A1(ANXA1)在调节T细胞功能中的作用及其在再生障碍性贫血(AA)中骨髓脂肪化的意义 | 首次通过单细胞测序分析揭示了ANXA1在AA中下调如何驱动CD8 T细胞过度激活,进而通过IFN-γ分泌促进骨髓脂肪化,并证明ANXA1过表达可抑制该过程 | 未明确说明样本量大小,且研究主要基于相关性分析,需要进一步的功能性实验验证ANXA1的治疗效果 | 阐明ANXA1在再生障碍性贫血免疫微环境和骨髓脂肪化中的调控机制 | 再生障碍性贫血患者和健康个体的骨髓组织,重点关注T细胞亚群和骨髓间充质干细胞 | 单细胞测序分析 | 再生障碍性贫血 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1103 | 2026-04-20 |
Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases
2024-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07571-1
PMID:39567783
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研究论文 | 本文通过整合多个单细胞RNA测序数据集,构建了一个健康的胃肠道参考图谱,并揭示了肠道炎症疾病中上皮细胞化生的起源和机制 | 开发了自动化质量控制方法scAutoQC,整合了25个单细胞RNA测序数据集,构建了包含约110万个细胞和136种精细细胞状态的健康参考图谱,并首次发现肠道炎症疾病中干细胞来源的上皮细胞化生与幽门腺和布伦纳腺细胞的转录相似性 | 研究主要基于现有数据集整合,可能受数据异质性和样本来源限制,未涉及所有胃肠道疾病类型 | 构建健康的胃肠道单细胞参考图谱,并探究炎症性肠道疾病中的细胞变化机制 | 健康个体和胃肠道疾病患者(包括胃肠道癌症、乳糜泻、溃疡性结肠炎和克罗恩病)的胃肠道组织样本 | 数字病理学 | 肠道炎症疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 385个样本来自189名健康对照,整合数据集总计约160万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1104 | 2026-04-20 |
A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis
2024-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07944-6
PMID:39567784
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研究论文 | 本研究通过建立胸腺的皮质-髓质轴形态学框架,结合多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据,绘制了人类胸腺在胎儿和早期出生后阶段的空间细胞图谱 | 提出了胸腺的皮质-髓质轴定量形态学框架,并首次将其应用于多模态数据以揭示胸腺细胞发育的时空动态 | 研究主要关注胎儿和早期出生后阶段,可能未涵盖成年或老年胸腺的变化 | 旨在绘制人类胸腺在发育过程中的空间细胞图谱,以深入理解T淋巴细胞发育的微解剖基础 | 人类胸腺组织,包括胸腺细胞和胸腺上皮细胞等细胞类型 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,高分辨率多重成像,单细胞分析 | NA | 图像,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 1105 | 2026-04-20 |
Single-cell transcriptome analysis reveals the regulatory functions of islet exocrine cells after short-time obesogenic diet
2024-10, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-024-03883-4
PMID:38806892
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了高脂饮食诱导的肥胖早期阶段胰岛外分泌细胞亚型的调控功能及其在胰岛素抵抗发展中的作用 | 首次在肥胖早期阶段利用单细胞RNA测序数据,系统分析了胰岛外分泌细胞亚型的差异功能和细胞间相互作用变化,特别是导管细胞在胰岛素抵抗中的潜在调控机制 | 研究基于已发表的单细胞RNA测序数据集,缺乏实验验证;样本量可能有限,且仅关注短期高脂饮食干预,长期效应未知 | 研究高脂饮食诱导的肥胖早期阶段胰岛外分泌细胞亚型的功能及其在胰岛素抵抗发展中的调控作用 | 高脂饮食和低脂饮食喂养的小鼠胰岛细胞 | 单细胞转录组学 | 肥胖与胰岛素抵抗 | 单细胞RNA测序 | 生物信息学分析工具(如findMarkers、Cellchat、KEGG、GO) | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但基于已发表数据集,涉及高脂饮食和低脂饮食组的小鼠胰岛细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1106 | 2026-04-20 |
Engineered T cell therapy for central nervous system injury
2024-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07906-y
PMID:39232158
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了中枢神经系统损伤后T细胞的克隆扩增及其抗原特异性,并开发了一种基于mRNA的工程化瞬时自身免疫T细胞疗法,在损伤模型中显示出神经保护效果 | 首次通过单细胞RNA测序系统揭示了小鼠和人类脊髓损伤相关T细胞的克隆扩增,并识别出CD4 T细胞对髓鞘和神经元蛋白自身肽段的抗原特异性,同时创新性地利用mRNA-based TCR重构技术开发了工程化瞬时自身免疫T细胞疗法 | 研究主要基于小鼠模型,人类数据的验证可能有限;工程化T细胞的长期安全性和潜在副作用仍需进一步评估 | 开发针对中枢神经系统损伤的有效T细胞疗法 | 小鼠和人类脊髓损伤后的T细胞 | 数字病理学 | 中枢神经系统损伤 | 单细胞RNA测序,mRNA-based T细胞受体重构 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1107 | 2026-04-20 |
A body-brain circuit that regulates body inflammatory responses
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07469-y
PMID:38692285
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研究论文 | 本文揭示了外周免疫刺激通过体-脑轴调控免疫反应的神经回路机制 | 首次发现促炎和抗炎细胞因子分别与不同迷走神经元群体通信,并证明选择性操纵该神经回路可有效抑制促炎反应并增强抗炎状态 | 未明确该神经回路在具体人类免疫疾病模型中的验证数据 | 探究体-脑轴在调控外周免疫反应中的作用机制 | 小鼠模型中的迷走神经元和免疫细胞 | 神经免疫学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,功能成像 | NA | 基因表达数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1108 | 2026-04-20 |
Single-cell insights: pioneering an integrated atlas of chromatin accessibility and transcriptomic landscapes in diabetic cardiomyopathy
2024-04-25, Cardiovascular diabetology
IF:8.5Q1
DOI:10.1186/s12933-024-02233-y
PMID:38664790
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研究论文 | 本研究整合了单细胞RNA测序和ATAC测序数据,揭示了糖尿病心肌病中复杂的细胞状态和分子变化 | 首次整合scRNA-seq和scATAC-seq数据,构建了糖尿病心肌病的染色质可及性和转录组景观综合图谱,识别了关键的细胞亚群变化和转录因子 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需进一步验证;样本量相对有限 | 阐明糖尿病心肌病的细胞和分子机制,以发现潜在治疗靶点 | 野生型和糖尿病心肌病小鼠的心脏组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 免疫荧光染色 | NA | 单细胞基因表达数据, 染色质可及性数据, 图像数据 | WT和DCM小鼠的心脏组织样本 | 10x Genomics | 单细胞多组学 | 10x Multiome | 使用Cell Ranger ARC v2.0.1处理10x Multiome文库的单细胞RNA和ATAC数据 |
| 1109 | 2026-04-19 |
Choroid Plexus as a Mediator of CNS Inflammation in Multiple Sclerosis
2024-Dec, Multiple sclerosis (Houndmills, Basingstoke, England)
DOI:10.1177/13524585241292974
PMID:39503321
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综述 | 本文探讨了脉络丛在多发性硬化症(MS)中作为中枢神经系统炎症介质的作用 | 重新评估脉络丛在MS神经炎症中的关键角色,结合空间转录组学等无偏方法探索疾病新驱动因素 | 作为观点综述,主要基于现有文献分析,缺乏原始实验数据验证 | 阐明脉络丛如何通过脑脊液调节MS相关的神经炎症 | 多发性硬化症患者的脑组织和脑脊液标本 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学 | NA | 脑组织标本、脑脊液标本 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1110 | 2026-04-19 |
A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis
2024-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08002-x
PMID:39415002
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研究论文 | 本研究构建了一个全面的人类产前皮肤多组学参考图谱,揭示了先天免疫细胞(如巨噬细胞)通过与皮肤非免疫细胞的相互作用,在皮肤形态发生(如毛囊形成、无瘢痕伤口愈合和血管生成)中发挥关键作用 | 首次系统性地整合单细胞和空间转录组学数据,构建了人类产前皮肤(7-17周)的多组学图谱,明确了巨噬细胞等免疫细胞在皮肤形态发生中的非免疫功能,并通过干细胞来源的皮肤类器官模型验证了巨噬细胞对内皮细胞发育的调控作用 | 皮肤类器官模型缺乏免疫细胞,且内皮细胞的异质性和数量显著减少,限制了其在完整模拟体内皮肤微环境方面的应用 | 探究先天免疫细胞(特别是巨噬细胞)在人类皮肤形态发生中的功能,超越其传统的免疫作用 | 人类产前皮肤(7-17孕周)、人胚胎干细胞和诱导多能干细胞来源的皮肤类器官、成人皮肤 | 单细胞组学与空间转录组学 | 皮肤发育与遗传性毛发/皮肤疾病 | 单细胞转录组测序、空间转录组学、多组学整合分析 | 皮肤类器官模型 | 单细胞RNA-seq数据、空间转录组数据 | 人类产前皮肤样本(7-17孕周),具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1111 | 2026-04-18 |
Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis
2024-12-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475
PMID:39661509
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研究论文 | 本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议 | 优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法,并结合Sample Tag抗体标记和微孔单细胞捕获技术,提高了低mRNA含量细胞的回收效率 | 协议主要针对前列腺、肺和肝组织,可能不适用于其他组织类型;且依赖于特定的BD Rhapsody平台 | 解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战 | 前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | BD Rhapsody单细胞分析系统 |
| 1112 | 2026-04-18 |
Decoding aging in the heart via single cell dual omics of non-cardiomyocytes
2024-Dec-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.111469
PMID:39735437
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研究论文 | 本研究通过单细胞双组学技术解析小鼠心脏非心肌细胞在衰老过程中的异质性和动态变化 | 首次在单细胞水平上结合scRNA-seq和scATAC-seq技术,系统揭示心脏非心肌细胞衰老的异质性响应和细胞间通讯变化 | 研究仅基于小鼠模型,未在人类样本中验证;样本量相对有限 | 解析心脏衰老在单细胞水平的分子机制,为衰老相关心脏疾病提供治疗指导 | 年轻、中年和老年小鼠的心脏非心肌细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),单细胞ATAC测序(scATAC-seq) | NA | 单细胞转录组数据,单细胞表观基因组数据 | 多个年龄组(年轻、中年、老年)的小鼠心脏非心肌细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 1113 | 2026-04-18 |
A multi-omic atlas of human embryonic skeletal development
2024-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08189-z
PMID:39567793
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研究论文 | 本研究通过整合转录组、表观遗传和空间转录组数据,构建了人类胚胎骨骼发育的多组学图谱,揭示了骨和关节形成中的细胞状态、调控网络和疾病机制 | 首次应用配对转录和表观遗传分析结合空间转录组学,建立了人类胚胎关节和颅骨发育的多组学图谱,并开发了新工具ISS-Patcher和SNP2Cell用于空间定位和疾病关联分析 | 研究仅覆盖受孕后5至11周的胚胎发育阶段,样本时间范围有限,且依赖于计算模拟预测细胞起源和疾病机制,需要实验验证 | 揭示人类胚胎骨骼发育中细胞命运决定的调控机制,并关联多基因性状如骨关节炎 | 人类胚胎骨骼组织,包括关节和颅骨,涉及约336,000个核滴样本 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | 轨迹分析, 调控网络建模 | 转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据 | 约336,000个核滴样本,覆盖受孕后5至11周的人类胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1114 | 2026-04-18 |
Network dynamics-based subtyping of Alzheimer's disease with microglial genetic risk factors
2024-10-16, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-024-01583-9
PMID:39415193
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研究论文 | 本研究利用系统生物学方法,基于小胶质细胞遗传风险因子,通过构建患者特异性分子调控网络模型对阿尔茨海默病进行亚型分类,并识别潜在治疗靶点 | 首次结合单细胞RNA测序数据和文献构建患者特异性小胶质细胞分子调控网络模型,通过大规模计算机模拟和动态网络分析识别出九个AD亚型,并解释了先前关于AKT或INPP5D激活与抑制矛盾实验结果的动态机制 | 研究基于现有文献和单细胞RNA测序数据构建网络模型,可能未涵盖所有未知风险因子或通路,且模拟结果需进一步实验验证 | 通过小胶质细胞遗传风险因子对阿尔茨海默病进行亚型分类,以支持精准有效的治疗策略开发 | 阿尔茨海默病患者,聚焦于小胶质细胞及其遗传风险因子 | 系统生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,大规模计算机模拟,动态网络分析 | 分子调控网络模型 | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1115 | 2026-04-18 |
Differential role of glucocorticoid receptor based on its cell type specific expression on tumor cells and infiltrating lymphocytes
2024-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101957
PMID:38643748
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研究论文 | 本研究探讨了糖皮质激素受体在乳腺癌中基于细胞类型特异性表达的差异作用,并开发了一个独立于雌激素受体状态的GR特征 | 开发了一个独立于ER状态的GR特征,并揭示了GR在肿瘤细胞和浸润淋巴细胞中的细胞类型特异性作用,特别是在三阴性乳腺癌中的预后意义 | NA | 解决关于GR在乳腺癌中预后作用的矛盾报告,并探索其治疗潜力 | 乳腺癌细胞系、公共数据集中的肿瘤样本、独立乳腺癌队列中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、免疫组织化学、生物信息学分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1116 | 2026-04-18 |
The impact of package selection and versioning on single-cell RNA-seq analysis
2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.04.588111
PMID:38617255
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研究论文 | 本文详细比较了Seurat和Scanpy这两个广泛使用的单细胞RNA测序分析软件包在算法和输出结果上的差异 | 揭示了Seurat和Scanpy在单细胞RNA-seq分析中存在的显著差异,其影响相当于减少5%的测序reads或20%的细胞数量,并强调了软件版本更新对结果的影响 | 研究主要聚焦于Seurat和Scanpy,可能未涵盖所有单细胞分析工具,且差异的生物学意义需进一步验证 | 评估单细胞RNA测序分析中软件包选择和版本控制对结果的影响 | 单细胞RNA测序数据分析软件包(Seurat和Scanpy)及其算法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1117 | 2026-04-18 |
Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160299
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研究论文 | 本研究提出了一种整合空间转录组学与组织病理学图像数据的新型深度学习方法,以更好地捕捉癌症组织中的生物学模式 | 首次将ResNet深度学习模型提取的形态学特征与空间基因表达数据相结合进行聚类分析,实现了图像感知的特征发现 | 方法主要针对胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌等侵袭性癌症类型,在其他癌症类型中的普适性有待验证 | 通过整合多模态数据提升空间转录组学分析的生物学洞察力 | 胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌组织样本 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤, 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学, 组织病理学成像 | ResNet-50, Louvain聚类 | 空间基因表达数据, 高分辨率全切片组织学图像 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1118 | 2026-04-17 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
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研究论文 | 本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中,针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性,揭示了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用 | 首次通过单细胞RNA测序分析了胰腺中胰岛素特异性CD4 T细胞的命运异质性,并发现InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性 | 研究仅基于非肥胖糖尿病小鼠模型,结果可能不完全适用于人类自身免疫性糖尿病 | 探究自身免疫性糖尿病中胰岛素特异性CD4 T细胞的反应异质性和致病机制 | 非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1119 | 2026-04-17 |
Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment
2024-Sep-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553
PMID:38885318
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研究论文 | 本研究揭示了致癌性钙网蛋白通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增,在骨髓微环境中诱导免疫逃逸的机制 | 首次在骨髓增殖性肿瘤中鉴定出ERK/Sp1/TGFβ1轴作为免疫抑制机制,并证明靶向该轴可增强T细胞活性和糖酵解能力 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探究致癌性钙网蛋白突变如何影响骨髓微环境并促进免疫逃逸 | 骨髓增殖性肿瘤患者和小鼠模型中的骨髓细胞及T细胞 | 肿瘤免疫学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四个独立患者队列及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1120 | 2026-04-17 |
CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia
2024-09-12, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021680
PMID:38776511
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研究论文 | 本研究通过多模态方法揭示了急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态、功能障碍与治疗反应之间的关联 | 首次发现早期记忆CD8+ T细胞在AML治疗反应中的关键作用,并揭示其分化为激活状态与NK样/衰老状态两种终末状态的动态过程 | 研究主要基于观察性数据,需要进一步实验验证CD8+ T细胞衰老与治疗抵抗的因果机制 | 探究急性髓系白血病中CD8+ T细胞分化状态与治疗反应的关系 | 急性髓系白血病患者的CD8+ T细胞 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 高维流式细胞术,单细胞转录组测序 | NA | 流式细胞数据,单细胞RNA测序数据 | 整合多个独立数据集的AML CD8+ T细胞单细胞图谱 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |