单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1101	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	research paper	该论文介绍了一种新的统计方法GBCD，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性，以识别与癌症进展相关的共享转录模式	提出了一种新的统计方法GBCD，能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享组分	方法在存在强烈的肿瘤间异质性时表现更优，但在其他情况下可能效果有限	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的共享转录模式	胰腺癌腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq	GBCD	RNA测序数据	来自三项研究的数据
1102	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物
1103	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量
1104	2025-05-01	Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts 2024-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44427-0 PMID:38172108	研究论文	通过血管生成芯片与单细胞RNA测序结合，揭示了血管生成芽中自噬的空间差异性激活	首次利用血管生成芯片重建具有清晰端点的3D血管芽，并通过单细胞RNA测序揭示了自噬在血管芽中的空间差异性激活	研究模型可能无法完全模拟体内复杂的血管生成环境	探究自噬在血管生成芽中内皮细胞的功能异质性	血管生成芽中的内皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序	血管生成芯片	RNA测序数据	NA
1105	2025-04-27	Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890 PMID:39425929	research paper	研究揭示了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能及其对多能祖细胞（MPPs）命运动态的潜在调控作用	发现了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能，并揭示了其对MPPs细胞命运动态的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类模型中验证	探究移植后多能祖细胞（MPPs）分化的调控机制	表达Flt3基因的小鼠多能祖细胞（MPPs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、谱系追踪、克隆分析	NA	RNA-seq数据	小鼠多能祖细胞（MPPs）
1106	2025-04-27	Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876 PMID:39453813	研究论文	该研究通过多物种方法探讨慢性疼痛遗传变异对背角神经元调控基因组学的影响	整合猕猴、人类和小鼠的单核RNA测序数据，构建跨物种保守的神经元亚型图谱，并利用空间转录组学确定神经元亚型的精确层位	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有相关神经元亚型	解析慢性疼痛遗传易感性背后的背角神经元调控机制	背角神经元	基因组学	慢性疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、开放染色质分析	NA	转录组数据、表观基因组数据	猕猴、人类和小鼠的神经元样本（具体数量未明确说明）
1107	2025-04-27	IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178558 PMID:39589809	研究论文	本文探讨了IL-2诱导性T细胞激酶（ITK）缺陷对CAR-T细胞疗法抗肿瘤效果的增强作用	首次揭示了ITK在CAR信号传导中的作用，并通过CRISPR-Cas9技术成功构建ITK缺陷的CD19-CAR-T细胞，显著改善了CAR-T细胞的持久性和抗肿瘤效果	研究仅针对CD19-CAR-T细胞，未验证在其他CAR-T细胞中的普适性	提高CAR-T细胞疗法的治疗效果，解决CAR-T细胞衰竭和持久性不足的问题	CD19-CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序（bulk和单细胞）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
1108	2025-04-27	The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024169 PMID:39539109	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期神经损伤阶段外周Atf3+神经元群体在神经再生中的作用	发现了一种新的CCI诱导的神经元群体(CIP)，该群体高表达再生相关基因，并与卫星胶质细胞(SGCs)有密切的细胞间通讯	研究仅关注了早期神经损伤阶段(损伤后3天)的转录组变化，未涵盖整个再生过程	探究体感神经元在神经再生过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据	慢性压迫性损伤(CCI)后3天的小鼠DRG细胞
1109	2025-04-27	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	本文研究了拟南芥中花器官脱落的分子机制，揭示了HAESA和HAESA LIKE-2受体样蛋白激酶在调控脱落过程中的核心作用	利用单细胞RNA测序技术鉴定了脱落核心基因表达程序，发现MKP1作为该通路的负调控因子，并揭示了IDA肽家族基因在脱落区细胞中的表达模式形成生物物理断路器机制	研究仅针对拟南芥花器官脱落机制，可能不适用于其他植物或器官脱落过程	探究植物器官脱落的分子调控机制	拟南芥花器官(萼片、花瓣和雄蕊)的脱落过程	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
1110	2025-04-27	Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.575008 PMID:38260361	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并测试了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的效果	首次揭示了骨肉瘤肺转移过程中肿瘤细胞诱导肺组织纤维化的分子机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，寻找转移特异性治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, 多参数免疫荧光	免疫健全小鼠转移模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间分布数据	小鼠模型和有限的患者样本（具体数量未明确说明）
1111	2025-04-27	Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis 2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxae042 PMID:38661482	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探讨了免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用	整合单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了免疫细胞与脑动脉瘤之间的复杂双向相互作用	研究仅基于GSE193533数据集的未破裂脑动脉瘤样本，可能无法完全代表所有脑动脉瘤情况	探索免疫细胞与脑动脉瘤形成之间的复杂相互作用	未破裂脑动脉瘤及其对照样本	生物信息学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据	GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤及对照样本
1112	2025-04-27	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	review	本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展，包括单细胞转录组学的应用	介绍了利用单细胞和空间测序技术研究寄生虫生命周期阶段及宿主细胞的最新进展	NA	深入了解寄生虫生物学和宿主免疫，以开发新的疫苗接种和治疗策略	锥虫及其与哺乳动物宿主的相互作用	免疫学	非洲锥虫病	单细胞转录组学、空间测序	NA	转录组数据	NA
1113	2025-04-26	Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer 2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.3233/CBM-230489 PMID:39392600	研究论文	本研究旨在开发基于RNA结合蛋白（RBP）的预后标志物，并识别膀胱癌（BLCA）中的关键枢纽RBP	首次将RBMS3识别为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物，并揭示了其在肿瘤微环境重塑中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	开发RBP预后标志物并识别膀胱癌中的关键RBP	膀胱癌（BLCA）	生物信息学	膀胱癌	scRNA-Seq, 生物信息学分析	风险模型	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	NA
1114	2025-04-26	Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864 PMID:39412990	研究论文	本研究探讨了核糖体组装在白血病细胞功能中的作用，并揭示了其在急性髓系白血病（AML）治疗中的潜在价值	揭示了核糖体组装缺陷如何通过影响蛋白质合成速率和转录因子调控来抑制AML进展，并证明了其在p53缺陷型AML中的抗白血病效果	研究主要基于小鼠模型和患者数据集，尚未进行临床试验验证	探索核糖体组装在AML发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	混合谱系白血病重排AML中的未成熟白血病细胞	癌症研究	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质组数据	患者数据集和实验小鼠模型
1115	2025-04-26	Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779 PMID:39489938	研究论文	研究小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）在辐射条件后的多克隆再生机制	揭示了BM-ECs在辐射后再生过程中的异质性变化，开发了单细胞体外克隆形成实验，并利用Rainbow小鼠和基于机器学习的模型证明BM-ECs的再生主要是多克隆驱动的	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究骨髓内皮细胞在辐射条件后的再生机制	小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）	细胞生物学	造血干细胞移植相关疾病	单细胞RNA测序、成像技术、流式细胞术、机器学习模型	机器学习模型	单细胞RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据	使用Rainbow小鼠模型进行实验
1116	2025-04-26	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	research paper	介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，用于快速、低成本地检测单细胞水平的m6A修饰	Scm6A结合m6A转录调控因子表达水平和顺式序列特征，提供了高效可靠的预测，并在多种细胞类型和疾病样本中验证了其可靠性	NA	开发一种快速、低成本且可靠的单细胞m6A定量方法，以解决现有方法在检测细胞间m6A特异性方面的挑战	外周血单个核细胞（PBMCs）中的CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织和COVID-19患者血液样本	machine learning	lung cancer, COVID-19	scRNA-seq, m6A-seq, MACS	machine learning-based approach	RNA sequencing data	外周血单个核细胞（PBMCs）、肺癌组织和COVID-19患者血液样本
1117	2025-04-26	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	research paper	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于基因表达数据检测微卫星不稳定性（MSI）状态	首次提出了适用于单细胞基因表达数据的MSI检测方法，填补了该领域的空白	未明确说明在特定癌症类型或临床场景下的验证结果	开发一种准确、稳健且适应性强的MSI检测工具，扩展MSI检测的临床应用范围	批量基因表达数据和单细胞基因表达数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
1118	2025-04-26	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	research paper	介绍了一个名为SCancerRNA的数据库，该数据库总结了实验支持的长链非编码RNA、微RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA生物标志物的数据，以及它们在细胞水平上的差异表达数据	开发了一个全面且组织良好的在线资源SCancerRNA，用于提供单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络，这在之前是不可用的	NA	促进非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物及其在单细胞水平上的表达和相互作用	digital pathology	cancers	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
1119	2025-04-26	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本研究开发了一个名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，以促进药物再利用	提出了SuperFeat框架，能够训练机器学习模型并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，从而识别潜在药物靶点	NA	开发一个计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习特征，以促进药物再利用	单细胞RNA测序数据集，涵盖细胞特征发育过程中的特定细胞谱系	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
1120	2025-04-26	DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007 PMID:39215426	research paper	介绍了一个名为DVsc的开源框架，用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染	DVsc是首个针对scRNA-seq数据设计的计算框架，能够精确量化病毒感染，并支持多种单细胞测序平台	未提及具体的技术限制或样本多样性不足的问题	开发一个高效检测病毒感染的计算框架，以研究病毒感染对疾病的影响	临床样本中的单细胞转录组数据	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	约200个临床样本，感染了超过10种不同的病毒