单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1081	2025-03-25	Targeting Fibroblast-Endothelial Interactions in LAM Pathogenesis: 3D Spheroid and Spatial Transcriptomic Insights for Therapeutic Innovation 2024-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.06.12.544372 PMID:37398026	研究论文	本研究探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）发病机制中成纤维细胞与内皮细胞的相互作用，并通过3D球体模型和空间转录组学提出了治疗创新	使用空间转录组学技术识别了与肌成纤维细胞相关的激酶信号通路基因簇，并验证了多激酶抑制剂sorafenib在减少LAMF-LEC球体侵袭中的效果优于Rapamycin	研究主要基于体外3D球体模型，尚未进行体内实验验证	探索LAM发病机制中成纤维细胞-内皮细胞相互作用的分子机制并寻找潜在治疗靶点	淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者的肺组织、原代LAM相关成纤维细胞（LAMFs）和淋巴管内皮细胞（LECs）	分子病理学	淋巴管平滑肌瘤病	空间转录组学、3D共培养球体模型、激酶阵列分析	3D球体共培养模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量（使用原代LAMFs和LECs）
1082	2025-03-25	Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia 2024-Jun-21, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj9173 PMID:38905344	研究论文	构建了跨物种的背根神经节和半月神经节细胞图谱，以促进不同研究和物种间细胞类型的比较	创建了一个协调的细胞图谱，涵盖了六个物种和31个数据集中的18种神经元和11种非神经元细胞类型，改进了稀疏神经元亚型的注释	研究中未明确指出样本量的具体限制，但跨物种比较可能存在生物学差异的挑战	比较不同物种间背根神经节和半月神经节细胞类型的转录组差异，为未来镇痛药物开发提供指导	背根神经节（DRG）和半月神经节（TG）的神经元和非神经元细胞	生物信息学	NA	单细胞/核RNA测序（scRNA-seq/snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	六个物种的31个数据集，包括人类和蝾螈的DRG样本
1083	2025-03-25	Emerging measurements for tumor-infiltrating lymphocytes in breast cancer 2024-Jun-01, Japanese journal of clinical oncology IF:1.9Q3 DOI:10.1093/jjco/hyae033 PMID:38521965	review	本文综述了乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法，从传统病理学方法到人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术	介绍了使用人工智能、流式细胞术和多组学分析等新技术评估肿瘤浸润淋巴细胞的方法	传统方法在标准化方面存在限制，且无法预测免疫检查点抑制剂的反应	探讨乳腺癌中肿瘤浸润淋巴细胞的评估方法及其在个性化医疗中的应用	乳腺癌中的肿瘤浸润淋巴细胞	digital pathology	breast cancer	immunohistochemistry, flow cytometry, multi-omics analyses, single-cell analysis, spatial transcriptomics	NA	image, omics data	NA
1084	2025-03-25	Integrated temporal transcriptional and epigenetic single-cell analysis reveals the intrarenal immune characteristics in an early-stage model of IgA nephropathy during its acute injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1405748 PMID:39493754	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序，揭示了IgA肾病早期模型中肾内免疫细胞的动态变化及其与肾实质细胞的相互作用	首次在IgA肾病模型中结合scRNAseq和scATACseq技术，发现具有独特表观遗传特征的巨噬细胞亚群(Nlrp1b Mac)和早期效应T细胞亚群(CX3CR1-transTeff)	研究仅基于小鼠模型，需要在人类样本中进一步验证	阐明IgA肾病急性损伤期肾内免疫细胞的动态变化特征	IgA肾病小鼠模型中的CD45+免疫细胞和肾实质细胞	单细胞组学	IgA肾病	scRNAseq, scATACseq	小鼠疾病模型	单细胞转录组数据、单细胞表观基因组数据	4-5只小鼠/组，共分析72304个单细胞转录组
1085	2025-03-23	Identification and validation of up-regulated TNFAIP6 in osteoarthritis with type 2 diabetes mellitus 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82985-5 PMID:39733138	研究论文	本研究通过转录组分析探讨了2型糖尿病（T2DM）与骨关节炎（OA）之间的关系，并验证了TNFAIP6在T2DM相关OA中的上调表达	首次在转录水平上研究了T2DM与OA之间的关系，并发现TNFAIP6在T2DM相关OA中的关键作用	研究主要基于RNA测序数据，缺乏更深入的分子机制验证	探讨T2DM与OA之间的分子关联，寻找潜在的诊断和治疗靶点	2型糖尿病（T2DM）和骨关节炎（OA）患者	生物信息学	骨关节炎	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA测序数据	大鼠软骨细胞和人类关节软骨样本
1086	2025-03-23	A prognostic molecular signature of hepatic steatosis is spatially heterogeneous and dynamic in human liver 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101871 PMID:39657669	研究论文	本文通过整合临床表型、循环蛋白质组学和组织转录组学，识别了肝脂肪变性的动态功能生物标志物	使用多模态成像和广泛的蛋白质组分析，识别了与肝脂肪变性进展相关的蛋白质，并通过空间转录组学揭示了这些转录本在脂肪变性区域中的差异表达	NA	识别肝脂肪变性的动态功能生物标志物，并探索其在脂肪肝疾病和多系统代谢结果中的关联	人类肝脏	生物医学	脂肪肝	多模态成像、蛋白质组分析、空间转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	NA
1087	2025-03-23	Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03249-3 PMID:39284953	研究论文	本研究探讨了在早期三阴性乳腺癌患者中，使用纳武利尤单抗或纳武利尤单抗联合伊匹木单抗进行新辅助免疫治疗的潜在疗效	研究首次在早期三阴性乳腺癌患者中探索了不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗的疗效，并通过单细胞RNA测序揭示了与治疗反应相关的免疫细胞特征	样本量较小（每组15例患者），且研究仅针对早期三阴性乳腺癌患者，结果可能不适用于其他类型乳腺癌或晚期患者	评估不联合化疗的免疫检查点抑制剂新辅助治疗在早期三阴性乳腺癌患者中的疗效和安全性	早期三阴性乳腺癌患者	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	45例患者（3个队列，每组15例）
1088	2025-03-23	Timing and location dictate monocyte fate and their transition to tumor-associated macrophages 2024-07-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk3981 PMID:39058763	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的来源、演化及其在胰腺导管腺癌（PDAC）中的作用	揭示了单核细胞在肿瘤发展过程中如何分化为具有不同基因表达谱、表型和肿瘤内定位的终末分化TAMs	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究TAMs在PDAC中的来源和演化过程	胰腺导管腺癌（PDAC）中的单核细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞转录组学和高维流式细胞术	NA	单细胞转录组数据和高维流式细胞数据	诱导性单核细胞命运映射小鼠和PDAC患者肿瘤样本
1089	2025-03-23	Age-associated CD4+ T cells with B cell-promoting functions are regulated by ZEB2 in autoimmunity 2024-03-29, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adk1643 PMID:38330141	研究论文	本文通过流式细胞术和批量RNA测序分析了354名自身免疫性疾病患者和健康对照的CD4 T细胞亚群，发现了一种随着年龄增长而扩增的CXCR3CD4效应记忆T细胞亚群，命名为'年龄相关T辅助细胞（TA细胞）'	发现了一种新的年龄相关T细胞亚群（TA细胞），并揭示了其在自身免疫性疾病中的作用及其调控机制	研究主要基于流式细胞术和RNA测序，未涉及功能验证实验	探讨年龄与自身免疫性疾病之间的关系	354名自身免疫性疾病患者和健康对照的CD4 T细胞亚群	免疫学	自身免疫性疾病	流式细胞术，批量RNA测序，单细胞RNA测序	NA	细胞数据，RNA测序数据	354名患者和健康对照
1090	2025-03-23	Increased Chemokine Production is a Hallmark of Rhesus Macaque Natural Killer Cells Mediating Robust Anti-HIV Envelope-Specific Antibody-Dependent Cell-Mediated Cytotoxicity 2024, Pathogens & immunity DOI:10.20411/pai.v10i1.734 PMID:39911143	研究论文	本文研究了恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）在介导抗HIV包膜特异性抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）反应中的异质性及其功能子集	通过单细胞RNA测序分析，发现CD107a+ RMNK细胞亚群产生更多的趋化因子，表明这些细胞不仅清除感染细胞，还提供免疫调节信号并可能抑制HIV-1复制	研究中使用的抗CD16抗体与ADCC抗体的结合效果存在显著差异，导致脱颗粒和趋化因子产生的幅度减少了6至30倍	探讨恒河猴自然杀伤细胞在抗HIV ADCC反应中的功能异质性及其对HIV-1复制的潜在抑制作用	恒河猴自然杀伤细胞（RMNK）	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1091	2025-03-22	Single-cell transcriptome analysis of stem cells from human exfoliated deciduous teeth investigating functional heterogeneity in immunomodulation 2024-12-28, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-82734-8 PMID:39732760	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了人类脱落乳牙干细胞（SHED）在免疫调节中的功能异质性	揭示了SHED在不同分化状态下的免疫调节能力，并比较了其与人类骨髓来源间充质干细胞（hBMSCs）和人类脐带来源间充质干细胞（hUCMSCs）的免疫调节特性	研究主要基于体外实验，未涉及体内实验验证	探讨SHED在炎症和自身免疫疾病治疗中的潜力	人类脱落乳牙干细胞（SHED）	单细胞转录组学	炎症和自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本数量
1092	2025-03-22	Extrasinusoidal macrophages are a distinct subset of immunologically active dural macrophages 2024-12-20, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adh1129 PMID:39705337	研究论文	本文通过单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析和转基因小鼠模型，全面表征了硬脑膜外窦巨噬细胞，揭示了它们在自身免疫性神经炎症中的作用	首次全面表征了硬脑膜外窦巨噬细胞，揭示了其与软脑膜和中枢神经系统实质巨噬细胞在起源、扩展动力学和转录谱上的差异，并发现其在自身免疫性神经炎症中执行凋亡粒细胞的吞噬作用	研究中使用的转基因小鼠模型可能无法完全模拟人类疾病状态，且单细胞转录组学数据的解释可能存在偏差	研究硬脑膜外窦巨噬细胞的细胞和功能异质性，及其在生理和病理过程中的作用	硬脑膜外窦巨噬细胞	免疫学	自身免疫性神经炎症	单细胞转录组学、命运图谱、共聚焦成像、克隆分析、转基因小鼠模型	NA	单细胞转录组数据、成像数据	转基因小鼠模型
1093	2025-03-22	New Window Into Hepatitis B in Africa: Liver Sampling Combined With Single-Cell Omics Enables Deep and Longitudinal Assessment of Intrahepatic Immunity in Zambia 2024-Nov-15, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae054 PMID:38332750	研究论文	本文介绍了在赞比亚卢萨卡进行的肝脏细针穿刺活检（FNAB）研究，结合单细胞组学技术，深入评估了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染患者的肝内免疫情况	首次在非洲地区将肝脏细针穿刺活检与单细胞RNA测序技术结合，用于评估HBV感染患者的肝内免疫反应	样本量相对较小，且仅在一个地区进行，可能无法完全代表整个非洲的HBV感染情况	深入了解非洲地区HBV感染的免疫学特征，为治愈策略提供信息	未接受过治疗的慢性HBV感染成人患者，包括有和无HIV共感染的患者，以及急性HBV感染患者	数字病理学	乙型肝炎	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	117例入组样本和47例纵向随访样本
1094	2025-03-22	Comprehensive analysis of the endothelin system in the kidneys of mice, rats, and humans 2024-07-31, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20240768 PMID:38904098	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和免疫定位技术，对小鼠、大鼠和人类肾脏中的内皮素系统进行了全面分析	首次结合scRNA-seq和免疫定位技术，跨物种（小鼠、大鼠、人类）和性别分析肾脏内皮素系统的表达特征	商业抗体无法在所有物种中有效工作，RNA表达水平并不总是与蛋白质水平相关，需采用多种方法以确保研究的严谨性和可重复性	表征肾脏内皮素系统的表达特征，探讨其在慢性肾病病理生理和进展中的作用	小鼠、大鼠和人类肾脏样本	生物医学	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫定位	NA	RNA测序数据、免疫定位数据	正常人类活检样本（两性）、啮齿动物肾脏样本
1095	2025-03-22	Heart failure promotes multimorbidity through innate immune memory 2024-05-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ade3814 PMID:38787963	研究论文	本文探讨了心力衰竭（HF）如何通过造血干细胞（HSCs）的改变促进多发病，并揭示了其机制	研究发现HF通过改变HSCs的表观基因组，影响其生成促炎性巨噬细胞的能力，从而驱动反复的HF事件和相关并发症	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	揭示心力衰竭与多发病之间的病理相互作用机制	心力衰竭小鼠模型及其造血干细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），全局染色质可及性分析	小鼠模型	基因表达数据，染色质可及性数据	小鼠骨髓移植实验
1096	2025-03-22	Gene networks and systems biology in Alzheimer's disease: Insights from multi-omics approaches 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13790 PMID:38534018	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）领域中的基因网络和系统生物学研究，探讨了多组学方法的应用及其发现	本文强调了单细胞组学和空间组学技术在AD研究中的应用，提供了对基因调控网络的全面研究	本文主要集中于技术应用的综述，未涉及具体实验数据或模型验证	探讨阿尔茨海默病的基因网络和系统生物学研究	阿尔茨海默病	系统生物学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、表观基因组学、空间组学	NA	RNA转录本、染色质状态	NA
1097	2025-03-22	Clonal differences underlie variable responses to sequential and prolonged treatment 2024-Mar-20, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2024.01.011 PMID:38401539	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和条形码技术追踪了癌症细胞在长期和连续治疗中的抗性克隆，揭示了克隆间基因表达状态的差异如何影响对后续治疗的反应	结合单细胞RNA测序和条形码技术，首次系统地追踪了抗性克隆在长期和连续治疗中的命运，并识别了预测克隆存活的基因表达状态	研究主要基于实验室环境下的细胞模型，未涉及体内肿瘤微环境的复杂性	探究癌症细胞克隆间基因表达差异如何影响对连续或长期治疗的反应，并寻找预测克隆存活的基因表达状态	癌症细胞及其抗性克隆	癌症生物学	癌症	单细胞RNA测序，条形码技术	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个抗性克隆的追踪和分析
1098	2025-03-22	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07187-5 PMID:38509377	研究论文	本文识别了一种表观遗传控制的记忆性星形胶质细胞亚群，该亚群在再次刺激时表现出加剧的促炎反应	发现了由代谢酶ATP-柠檬酸裂解酶（ACLY）控制的星形胶质细胞记忆机制，该机制通过产生乙酰辅酶A（acetyl-CoA）并由组蛋白乙酰转移酶p300控制染色质可及性	研究主要基于实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型，人类星形胶质细胞的研究仅限于体外实验	探讨星形胶质细胞亚群在神经系统疾病中的病理作用及其表观遗传记忆机制	星形胶质细胞亚群	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序、染色质免疫共沉淀测序、核酸检测和测序、CRISPR-Cas9基因扰动	NA	单细胞RNA测序数据、染色质可及性数据	急性及慢性EAE模型、人类星形胶质细胞体外培养
1099	2025-03-22	Response to tumor-infiltrating lymphocyte adoptive therapy is associated with preexisting CD8+ T-myeloid cell networks in melanoma 2024-02-02, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adg7995 PMID:38306416	研究论文	本文研究了肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）过继细胞疗法（ACT）在转移性黑色素瘤患者中的疗效，并探讨了肿瘤微环境（TME）中的细胞状态及其相互作用	通过纵向样本分析，发现ACT响应者具有更高的基础肿瘤细胞内在免疫原性和突变负担，并揭示了响应者中丰富的基线肿瘤内和基质肿瘤反应性T细胞网络与激活的髓系细胞群	样本量较小，仅涉及13名患者，可能影响结果的普遍性	探索TIL-ACT疗法在转移性黑色素瘤患者中的疗效机制，并寻找潜在的生物标志物以改善患者选择和指导ACT临床试验设计	转移性黑色素瘤患者	肿瘤免疫学	黑色素瘤	bulk和单细胞RNA测序、全外显子测序、空间蛋白质组分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	13名转移性黑色素瘤患者
1100	2025-03-22	A single-cell atlas of IL-23 inhibition in cutaneous psoriasis distinguishes clinical response 2024-01-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adi2848 PMID:38277466	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，研究了IL-23信号阻断治疗在皮肤银屑病中的临床反应机制	揭示了IL-23阻断治疗在临床反应良好和反应不佳患者中的不同机制，并发现了一种不可逆的免疫状态	研究样本量有限，且未涉及长期治疗效果的观察	探讨IL-23信号阻断治疗在皮肤银屑病中的临床反应机制	银屑病患者的皮肤免疫细胞	单细胞转录组学	银屑病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	银屑病患者的皮肤免疫细胞样本