单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1061	2024-12-02	Spatial transcriptomics in focal cortical dysplasia type IIb 2024-Nov-30, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01897-7 PMID:39614299	研究论文	研究了FCD IIb患者新鲜冷冻脑样本中DNs和BCs区域的转录组变化	首次使用空间转录组学技术研究FCD IIb患者脑样本中DNs和BCs区域的转录变化，并揭示了mTOR信号通路、自噬和泛素-蛋白酶体系统在癫痫发作中的潜在作用	样本量较小，仅包括三名患者	探讨FCD IIb患者脑样本中DNs和BCs区域的转录组变化及其在癫痫发作中的作用	FCD IIb患者脑样本中的DNs和BCs区域	数字病理学	癫痫	空间转录组学	NA	转录组数据	三名FCD IIb患者的新鲜冷冻脑样本
1062	2024-12-02	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-Nov-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本文应用空间转录组学技术分析了13例染色体碎裂型和非染色体碎裂型髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂型髓母细胞瘤中更高的空间肿瘤内异质性	首次通过空间转录组学技术揭示了染色体碎裂型髓母细胞瘤中的多重遗传克隆及其在治疗抵抗和复发中的作用	研究样本量较小，且仅限于特定分子亚组的髓母细胞瘤	探究染色体碎裂型髓母细胞瘤的分子构成及其在治疗抵抗和复发中的作用	染色体碎裂型和非染色体碎裂型髓母细胞瘤	数字病理学	儿童疾病	空间转录组学	NA	转录组数据	13例染色体碎裂型和非染色体碎裂型髓母细胞瘤，11例患者来源的异种移植瘤
1063	2024-12-02	CMTM7 shapes the chronic inflammatory and immunosuppressive tumor microenvironment in hepatocellular carcinoma as an M2 macrophage biomarker 2024-Nov-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-75538-3 PMID:39609464	研究论文	研究探讨了CMTM7蛋白在肝细胞癌中的作用及其对慢性炎症和免疫抑制肿瘤微环境的影响	首次揭示了CMTM7作为M2巨噬细胞的分子标记物，并提出了其作为肝细胞癌患者免疫检查点的潜在应用	研究主要基于组织微阵列、测序数据和分析工具，缺乏体内实验验证	探讨CMTM7在肝细胞癌中的作用及其对患者预后的影响	CMTM7蛋白、肝细胞癌、M2巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、多重荧光染色	NA	组织微阵列、测序数据	未明确提及具体样本数量
1064	2024-12-02	New direction: identification of immunoinflammatory subtypes and potential therapeutic targets for cholangiocarcinoma 2024-Nov-29, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01628-3 PMID:39612077	研究论文	本研究旨在识别胆管癌的免疫炎症亚型并探索潜在的治疗靶点	首次识别出胆管癌的两种免疫亚型（CS1和CS2），并揭示了它们在肿瘤微环境中的不同特征和代谢调控机制	研究主要基于数据库中的转录组和单细胞测序数据，缺乏体内实验验证	识别胆管癌的免疫亚型并探讨其在巨噬细胞功能代谢调控中的作用	胆管癌的免疫亚型及其在肿瘤微环境中的特征	数字病理学	胆管癌	转录组分析、单细胞测序	NA	转录组数据、单细胞数据	多个数据库中的样本
1065	2024-12-02	Revealing the molecular links between coronary heart disease and cognitive impairment: the role of aging-related genes and therapeutic potential of stellate ganglion block 2024-Nov-28, Biogerontology IF:4.4Q1 DOI:10.1007/s10522-024-10159-x PMID:39609308	研究论文	研究探讨了冠状动脉疾病与认知障碍之间的分子联系，特别是衰老相关基因和星状神经节阻滞的治疗潜力	首次揭示了FKBP5和DDIT3在冠状动脉疾病和认知障碍中的关键作用，并评估了星状神经节阻滞的治疗潜力	研究主要基于实验动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	阐明冠状动脉疾病与认知障碍之间的分子机制，并评估星状神经节阻滞的治疗效果	冠状动脉疾病和认知障碍，特别是衰老相关基因FKBP5和DDIT3	分子生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	实验使用了大鼠模型，具体样本数量未明确提及
1066	2024-12-02	Human single cell RNA-sequencing reveals a targetable CD8+ exhausted T cell population that maintains mouse low-grade glioma growth 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54569-4 PMID:39609412	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了在人类小儿低级别胶质瘤中CD8+耗竭T细胞的增加，并探讨了其在肿瘤维持中的作用	首次报道了CD8+耗竭T细胞在小儿低级别胶质瘤中的作用，并发现其通过分泌趋化因子和转化生长因子β来维持肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨CD8+耗竭T细胞在低级别胶质瘤中的作用及其潜在的治疗靶点	CD8+耗竭T细胞在小儿低级别胶质瘤中的功能和机制	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞RNA测序数据集和Nf1-OPG小鼠模型
1067	2024-12-02	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	研究探讨了C/EBPβ依赖的自噬抑制如何影响癌症中的NK细胞功能	首次揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调节作用，并提出了通过调节自噬来增强基于NK细胞的免疫疗法	NA	探讨癌症如何使NK细胞功能失调，并寻找克服这种抵抗的策略	NK细胞在癌症中的功能和自噬的调节作用	免疫学	前列腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据	来自人类晚期前列腺癌的肿瘤浸润性和非肿瘤浸润性NK细胞，以及多种癌症模型的小鼠样本
1068	2024-12-02	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，揭示了它们在肿瘤细胞类型和迁移中的共调控机制	首次展示了ASCL1和OLIG2在GBM细胞可塑性和异质性中的组合作用，并揭示了它们在肿瘤细胞类型和迁移中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类GBM	探讨ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的调控机制	胶质母细胞瘤细胞及其转录因子ASCL1和OLIG2	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型中的胶质母细胞瘤细胞
1069	2024-12-02	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-Nov-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究COVID-19在常见变异免疫缺陷患者中的进展和康复过程中，适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析COVID-19在常见变异免疫缺陷患者中的免疫反应，揭示了持续的I型干扰素信号和炎症小体激活	研究样本仅限于常见变异免疫缺陷患者，结果可能不适用于其他免疫缺陷患者	探讨COVID-19在常见变异免疫缺陷患者中的免疫反应变化	常见变异免疫缺陷患者的免疫系统	免疫学	免疫缺陷病	单细胞RNA测序、光谱流式细胞术	NA	RNA	外周血样本，包括感染前、感染期间和康复后的样本
1070	2024-12-02	CardioAtlas: deciphering the single-cell transcriptome landscape in cardiovascular tissues and diseases 2024-Nov-28, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00696-5 PMID:39609860	研究论文	构建了一个名为CardioAtlas的资源，提供了心血管组织和疾病中单细胞转录组数据的全面分析结果	首次构建了一个全面且精心制作的心血管系统和疾病参考图谱，详细描述了大量人类和小鼠中先前未被识别的细胞群体	NA	揭示心血管组织和疾病中的单细胞转录组景观	心血管系统和疾病中的单细胞转录组数据	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	27个人类数据集中的1,929,000个细胞和39个小鼠数据集中的1,088,000个细胞
1071	2024-12-02	Genetic and therapeutic heterogeneity shape the baseline and longitudinal immune ecosystem of ovarian clear cell carcinoma 2024-Nov-27, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010069 PMID:39608974	研究论文	研究卵巢透明细胞癌的免疫生态系统及其在基因和治疗压力下的动态变化	揭示了ARID1A突变与卵巢透明细胞癌基线免疫激活的关联，并探讨了VEGF抑制剂在重塑肿瘤基质和增强免疫治疗效果中的作用	研究样本量有限，且主要集中在特定基因突变和治疗策略上，可能无法全面反映所有卵巢透明细胞癌的免疫生态系统	探讨卵巢透明细胞癌的免疫反应异质性及其潜在的联合治疗策略	卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和血清肿瘤标志物	数字病理学	卵巢癌	单细胞mRNA测序、TCR测序、免疫组化、空间转录组学、RNA测序	NA	基因表达数据、图像数据	13名卵巢透明细胞癌患者的肿瘤样本和31份石蜡包埋样本
1072	2024-12-02	Single-cell profiling reveals a conserved role for hypoxia-inducible factor signaling during human craniotomy infection 2024-Nov-19, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101790 PMID:39426374	研究论文	研究揭示了在人类颅骨切开术感染中，缺氧诱导因子信号通路的保守作用	首次通过单细胞RNA测序分析了颅骨切开术感染中的细胞和分子特征，并验证了缺氧诱导因子信号通路在感染中的重要作用	研究为回顾性研究，且仅限于特定的感染病例	探讨颅骨切开术感染中的细胞和分子机制，并寻找潜在的治疗靶点	人类颅骨切开术感染中的细胞和分子特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过2500例颅骨切开术病例
1073	2024-12-02	The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis 2024-Nov-19, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021 PMID:39566842	研究论文	研究了内质网应激和干扰素基因刺激物（STING）通路在肾纤维化中的关键作用	首次揭示了STING是肾小管细胞中ER应激和PERK激活的重要上游调节因子	研究主要基于小鼠模型和人类肾脏的空间转录组数据，缺乏直接的人体临床试验数据	探讨内质网应激和STING通路在肾纤维化中的作用机制	慢性肾病患者的肾脏和急性及慢性肾损伤的小鼠模型	NA	肾病	转录组分析	NA	转录组数据	包括慢性肾病患者和多种小鼠模型的肾脏样本
1074	2024-12-02	Germ cell progression through zebrafish spermatogenesis declines with age 2024-Nov-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204319 PMID:39470160	研究论文	研究了斑马鱼随着年龄增长精子发生过程中的细胞和分子变化	首次使用单细胞RNA测序生成斑马鱼衰老睾丸的发育图谱，揭示了精子发生随年龄下降的分子机制	研究仅限于斑马鱼，可能不适用于其他物种	探讨斑马鱼精子发生随年龄下降的分子和细胞机制	斑马鱼睾丸中的生殖细胞和免疫细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个年龄段的斑马鱼睾丸样本
1075	2024-12-02	Early autonomous patterning of the anteroposterior axis in gastruloids 2024-Nov-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202171 PMID:39552366	研究论文	研究了在小鼠胚胎干细胞（ESCs）形成的gastruloids中，前后轴（AP轴）自主模式的早期动态	通过单细胞RNA测序，识别了支持AP极化的T+和T-群体的关键细胞状态转变和分子特征	对细胞命运的空间限制和伴随的转录变化的理解仍然有限	探讨小鼠gastruloids中AP轴建立的动态过程，特别是在外部Wnt刺激之前	小鼠胚胎干细胞形成的gastruloids	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及多个小鼠gastruloids样本
1076	2024-12-02	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2024-Nov-15, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	研究论文	本文研究了Frizzled5（Fzd5）在调控小鼠肠上皮细胞可塑性中的关键作用	首次揭示了Frizzled5通过调控染色质可及性来控制肠上皮细胞命运的机制	NA	阐明Frizzled5在小鼠肠上皮细胞可塑性中的调控作用	小鼠肠上皮细胞及其干细胞和祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	涉及小鼠肠上皮细胞及其干细胞和祖细胞
1077	2024-12-02	Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621958 PMID:39574665	研究论文	本文介绍了一种名为Beaver的单细胞分辨率转录组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据	Beaver通过实现转录片段图和高效的动态规划算法，结合随机森林模型，显著提高了单细胞转录组装的精度和准确性	NA	开发一种能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的工具	单细胞RNA测序数据中的转录组装	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	随机森林模型	转录组数据	实验使用了真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据
1078	2024-12-02	Loss of PI5P4Kα slows the progression of a Pten mutant basal cell model of prostate cancer 2024-Oct-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	研究了磷脂酰肌醇5-磷酸4-激酶α（PI5P4Kα）在前列腺癌进展中的作用，特别是在PTEN突变模型中的影响	开发了针对Pip4k2a的基底细胞特异性基因工程小鼠模型，并发现其缺失减缓了PTEN突变小鼠前列腺上皮内瘤变（mPIN）的发展	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证	探讨PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用及其在PTEN突变模型中的潜在治疗靶点	前列腺基底细胞和PTEN突变小鼠模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Probasin-Cre和Cytokeratin 5 (CK5)-Cre驱动的小鼠模型进行研究
1079	2024-12-02	Integrative single-cell and bulk transcriptome analyses identify a distinct pro-tumor macrophage signature that has a major prognostic impact on glioblastomas 2024-Aug-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01454-5 PMID:39136841	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别出与胶质母细胞瘤预后相关的独特促肿瘤巨噬细胞特征	本研究首次识别出一种新的促肿瘤巨噬细胞亚群，标记为S100A9，可能通过与内皮细胞相互作用促进肿瘤进展	NA	解析胶质母细胞瘤的分子景观及异质性巨噬细胞群在胶质母细胞瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤及其相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
1080	2024-12-02	Single-cell sequencing reveals novel proliferative cell type: a key player in renal cell carcinoma prognosis and therapeutic response 2024-Jul-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01424-x PMID:39052149	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肾细胞癌中一种新型增殖细胞类型，并探讨了其在肾细胞癌预后和治疗反应中的关键作用	发现了一种名为“Prol”的高度增殖细胞亚群，并开发了一种基于人工智能网络的Prol特征，能够预测肾细胞癌的预后和治疗反应	NA	探讨肾细胞癌的分子异质性，并开发新的预后预测特征和治疗靶点	肾细胞癌中的新型增殖细胞类型及其在预后和治疗反应中的作用	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	人工智能网络（包括传统回归、机器学习和深度学习算法）	RNA	NA