单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1041	2025-04-02	EBF1 Limits the Numbers of Cochlear Hair and Supporting Cells and Forms the Scala Tympani and Spiral Limbus during Inner Ear Development 2024-02-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1060-23.2023 PMID:38176908	研究论文	本研究探讨了早期B细胞因子1（EBF1）在小鼠内耳发育中的作用及其对听觉功能的影响	揭示了EBF1在内耳感觉上皮细胞中的表达及其对螺旋缘和鼓阶形成、柯蒂氏器和柯氏器官细胞数量的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究EBF1在小鼠内耳发育过程中的功能及其对听觉系统的影响	小鼠内耳发育过程中的细胞和组织	发育生物学	听力障碍	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用基因敲除小鼠进行研究
1042	2025-04-02	Combining Cre-LoxP and single-cell sequencing technologies: insights into the extracellular vesicle cargo transfer 2024, Extracellular vesicles and circulating nucleic acids DOI:10.20517/evcna.2024.58 PMID:39811732	research paper	该研究首次结合Cre-LoxP重组系统和单细胞测序技术，监测胰腺导管腺癌小鼠模型中肿瘤来源的细胞外囊泡（EV）的摄取及其在非恶性受体细胞中的功能	首次将Cre-LoxP重组系统与单细胞测序技术结合，用于监测EV的摄取和功能	NA	研究肿瘤来源的EV在非恶性受体细胞中的摄取和功能	胰腺导管腺癌小鼠模型中的EV、巨噬细胞、中性粒细胞和肥大细胞	单细胞测序	胰腺导管腺癌	Cre-LoxP重组系统、单细胞测序	NA	单细胞测序数据	NA
1043	2025-04-02	Neurodegeneration: 2024 update 2024-Jan, Free neuropathology DOI:10.17879/freeneuropathology-2024-5848 PMID:39823116	review	本文回顾了过去一年中神经退行性神经病理学领域的高影响力研究	涵盖了从临床病理解剖相关研究到单细胞RNA测序、人工智能和患者来源的人类诱导多能干细胞模型等多种方法	所选研究可能受作者主观选择的影响，未能全面覆盖所有相关研究	总结神经退行性疾病领域的最新研究进展	人类组织样本及神经退行性疾病相关研究	神经病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、人工智能、人类诱导多能干细胞模型	NA	组织样本数据、临床数据	NA
1044	2025-04-01	Single-cell transcriptomes and chromatin accessibility of endothelial cells unravel transcription factors associated with dysregulated angiogenesis in systemic sclerosis 2024-Sep-30, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-225415 PMID:38754983	research paper	通过单细胞转录组和染色质可及性分析，研究系统性硬化症中内皮细胞的转录因子与血管生成失调的关系	揭示了系统性硬化症内皮细胞的转录和染色质变化，提出ELK4、ERF和ETS1作为治疗血管并发症的新靶点	研究主要基于单细胞测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究系统性硬化症中内皮细胞转录组和表观基因组的变化及其在血管病变中的作用	系统性硬化症患者和对照的内皮细胞	digital pathology	systemic sclerosis	single-cell RNA sequencing, single-nucleus transposase-accessible chromatin sequencing, immunofluorescent staining, proteomics assay	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data	未明确提及样本数量，但包括对照组和系统性硬化症患者的内皮细胞
1045	2025-04-01	Multimodal contrastive learning for spatial gene expression prediction using histology images 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae551 PMID:39471412	研究论文	提出了一种名为mclSTExp的多模态对比学习方法，用于利用组织学图像预测空间基因表达	结合Transformer和Densenet-121编码器，通过自注意力机制整合基因表达的空间上下文信息，并利用对比学习融合图像特征，提升了预测性能	未提及具体的技术局限性	开发一种成本效益高的方法，利用H&E染色图像预测空间基因表达，以克服空间转录组技术的高成本问题	乳腺癌和皮肤鳞状细胞癌数据集中的高度可变基因	数字病理学	乳腺癌, 皮肤鳞状细胞癌	空间转录组学(ST), 对比学习	Transformer, Densenet-121	图像, 基因表达数据	两个乳腺癌数据集和一个皮肤鳞状细胞癌数据集
1046	2025-04-01	Gsα Regulates Macrophage Foam Cell Formation During Atherosclerosis 2024-Mar-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323156 PMID:38375634	研究论文	本研究探讨了Gsα在动脉粥样硬化过程中对巨噬细胞泡沫细胞形成的调控作用	揭示了Gsα通过激活cAMP反应元件结合蛋白的转录活性，增加CD36和SR-A1的表达，从而促进脂质摄取和泡沫细胞形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Gsα在动脉粥样硬化发展中的具体作用机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化斑块	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞测序、批量测序、免疫荧光、cAMP测量、骨髓移植、染色质免疫沉淀、荧光素酶报告基因检测	巨噬细胞特异性Gsα敲除小鼠模型	基因表达数据、蛋白质活性数据、影像数据	小鼠模型和人类斑块巨噬细胞样本
1047	2025-04-01	Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression 2024-Jan-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44210-1 PMID:38191471	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了前列腺癌进展中肿瘤微环境内间充质细胞的分子变化及其作用	识别了八个具有跨物种一致性的间质细胞亚群，并发现晚期小鼠疾病中的间质特征与人类骨转移相似，揭示了periostin在侵袭和分化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明前列腺癌进展中肿瘤微环境间充质细胞的具体作用	前列腺癌肿瘤微环境中的间充质细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	遗传工程小鼠模型(GEMMs)	RNA-seq数据	四个遗传工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本
1048	2025-03-30	Scaling deep identifiable models enables zero-shot characterization of single-cell biological states 2024-Dec-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.11.566161 PMID:38014345	research paper	本文介绍了一种名为scShift的深度可识别模型，用于解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，并展示了其在零样本表征单细胞生物状态方面的能力	开发了scShift，一个深度变分推理框架，能够有效解耦批次依赖和独立的变异，并在大规模单细胞图谱训练中展现出零样本能力	未明确提及具体限制，但可能依赖于大规模数据集的有效性和多样性	解决单细胞RNA-seq数据分析中的批次效应问题，实现跨数据集的生物差异识别	单细胞RNA-seq数据，特别是肺纤维化状态和COVID-19后纤维化	machine learning	lung fibrosis, COVID-19	scRNA-seq	deep variational inference framework	single-cell RNA-seq data	超过200个训练的scShift模型，涉及大规模单细胞图谱
1049	2025-03-30	STMGraph: spatial-context-aware of transcriptomes via a dual-remasked dynamic graph attention model 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae685 PMID:39764614	research paper	提出了一种名为STMGraph的双视图动态深度学习框架，用于空间转录组数据分析，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	结合了双掩码机制（MASK-REMASK）和动态图注意力模型（DGAT），通过自监督更新图链接关系，生成更全面的节点表示	未明确提及具体局限性	开发一种通用的空间转录组数据分析工具，以提高空间域聚类和批次效应校正的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics (ST)	DGAT (dynamic graph attention model)	spatial transcriptomics data	NA
1050	2025-03-30	Comprehensive Characterization of a Subfamily of Ca2+-Binding Proteins in Mouse and Human Retinal Neurons at Single-Cell Resolution 2024-Sep, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0145-24.2024 PMID:39260891	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集全面分析了小鼠和人类视网膜神经元中Ca2+结合蛋白亚家族（CaBPs）的基因表达谱	揭示了CaBP1、CaBP2和CaBP5在视网膜内神经元中的表达模式，特别是发现双极细胞类型表达CaBP1、CaBP2和CaBP5的不同组合，而非单一CaBP	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证	探究CaBPs在小鼠和人类视网膜神经元中的表达模式及其在视觉功能中的作用	小鼠和人类视网膜神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序、单细胞逆转录聚合酶链反应	NA	转录组数据	小鼠和人类视网膜神经元样本
1051	2025-03-30	iIMPACT: integrating image and molecular profiles for spatial transcriptomics analysis 2024-06-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03289-5 PMID:38844966	研究论文	本文开发了一种名为iIMPACT的多阶段统计方法，用于整合空间转录组学数据中的分子信息和组织学图像的形态特征	iIMPACT方法通过AI重建的组织学图像和基因表达测量的空间背景，识别和定义基于组织学的空间域，并检测特定域的差异表达基因，提高了准确性和可解释性	NA	提高空间转录组学数据的聚类分析准确性和可解释性	空间转录组学数据	数字病理学	NA	空间转录组学分析	AI重建	图像和分子数据	NA
1052	2025-03-30	Clearance of VWF by hepatic macrophages is critical for the protective effect of ADAMTS13 in sickle cell anemia mice 2024-03-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021583 PMID:38142410	研究论文	本研究探讨了肝巨噬细胞在镰状细胞贫血（SCA）中的作用，特别是Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群在清除ADAMTS13切割的VWF和镰状红细胞中的关键作用	首次揭示了Clec4f+Marcohigh巨噬细胞亚群通过去唾液酸化依赖的方式清除VWF，并证实了巨噬细胞介导的VWF清除对ADAMTS13保护效应的必要性	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类SCA患者中验证	阐明肝巨噬细胞在SCA病理机制中的作用及其与ADAMTS13保护效应的关系	镰状细胞贫血小鼠模型中的肝巨噬细胞	血液病学	镰状细胞贫血	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重误差稳健荧光原位杂交	小鼠疾病模型	基因表达数据、空间分布数据	未明确说明样本数量，使用SCA小鼠模型
1053	2025-03-30	Data-driven selection of analysis decisions in single-cell RNA-seq trajectory inference 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae216 PMID:38725155	research paper	该论文介绍了一个名为Escort的新框架，用于评估单细胞RNA测序数据在轨迹推断中的适用性，并量化分析决策对轨迹属性的影响	开发了Escort框架，通过数据驱动的方法评估单细胞RNA测序数据的轨迹推断适用性，减少了分析过程中的不确定性和决策负担	未提及具体的局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中方法选择和参数不确定性的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1054	2025-03-29	IKKε-deficient macrophages impede cardiac repair after myocardial infarction by enhancing the macrophage-myofibroblast transition 2024-Sep, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01304-0 PMID:39261656	研究论文	本研究探讨了IKKε在心肌梗死后炎症中的调控作用及其对心脏修复的影响	揭示了IKKε通过调控巨噬细胞-肌成纤维细胞转变(MMT)影响心肌梗死后的心脏修复过程，并发现5-氮杂胞苷(5-Aza)可恢复p-p38水平并减少MMT	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探究IKKε在心肌梗死后炎症反应和心脏修复中的作用机制	IKKε敲除小鼠和野生型小鼠的心脏巨噬细胞	心血管疾病	心肌梗死	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和磷酸化蛋白阵列技术	小鼠心肌梗死模型	基因表达数据和蛋白质磷酸化数据	未明确说明具体样本数量，使用IKKε敲除小鼠和野生型小鼠进行实验
1055	2025-03-29	FGF receptors mediate cellular senescence in the cystic fibrosis airway epithelium 2024-Jun-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.174888 PMID:38916962	研究论文	本研究探讨了FGF受体在囊性纤维化（CF）气道上皮细胞衰老中的作用及其对粘液纤毛清除功能的影响	首次揭示了FGFR/MAPK p38信号通路在CF气道上皮细胞衰老中的关键作用，并提出了通过抑制FGFRs来改善粘液纤毛功能障碍的新治疗策略	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人体临床试验中验证	探究CF气道上皮细胞衰老的分子机制及其对疾病进展的影响	非CF和CF供体的人原代支气管上皮细胞、CF支气管上皮细胞系、Cftr基因敲除大鼠	细胞生物学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及人原代细胞、细胞系和动物模型
1056	2025-03-28	B-cell depletion limits HTLV-1-infected T-cell expansion and ameliorate HTLV-1-associated myelopathy 2024-Oct, Annals of clinical and translational neurology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/acn3.52190 PMID:39186315	研究论文	本研究探讨了B细胞耗竭对HTLV-1相关脊髓病（HAM）的治疗效果及其机制	首次提出并验证了B细胞耗竭作为HAM治疗的新策略，并揭示了B细胞在HTLV-1感染免疫中的作用	样本量较小（14例患者），且未设置安慰剂对照组	探索HAM的新治疗方法和发病机制	HTLV-1感染的T细胞和B细胞，以及HAM患者	传染病学	HTLV-1相关脊髓病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体外细胞培养，临床试验	NA	基因表达数据，临床数据	14例HAM患者
1057	2025-03-28	An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae476 PMID:39367648	research paper	本文探讨了通过改进组织制备和成像协议来提升深度学习在空间转录组学中从组织形态推断基因表达的性能	提出了一种优化的组织处理和成像协议，采用临床级标准（永久切片、自动组织染色和临床级扫描），显著提升了模型性能	研究仅针对13例病理T分期为III期的结直肠癌患者，样本量较小	评估改进的组织制备和成像协议对深度学习模型在空间转录组学中性能的影响	结直肠癌患者的组织切片	digital pathology	colorectal cancer	spatial transcriptomics, automated hematoxylin and eosin staining	Inceptionv3	whole slide images	13例病理T分期为III期的结直肠癌患者
1058	2025-03-28	An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium 2024-Sep, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01873-w PMID:39198675	研究论文	介绍了一个高分辨率的人类子宫内膜单细胞参考图谱（HECA），整合了63名女性的子宫内膜单细胞转录组数据集，包括有和无子宫内膜异位症的患者	首次构建了一个高分辨率的子宫内膜单细胞参考图谱，识别了先前未报告的细胞类型，并通过空间转录组学验证	样本量虽然较大，但仍可能不足以覆盖所有子宫内膜异位症的亚型	研究人类子宫内膜的细胞组成及其在子宫内膜异位症中的变化	人类子宫内膜细胞	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	313,527个细胞（63名女性），312,246个细胞核（63名捐赠者）
1059	2025-03-28	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae134 PMID:39345754	research paper	本文介绍了一个名为scDAPP的R语言工作流程，用于单细胞或细胞核转录组数据的比较分析	开发了一个自动化、标准化的单细胞转录组数据分析流程，支持跨组比较，并提供了丰富的数据可视化	未提及具体的性能对比或与其他工具的详细比较	解决单细胞转录组数据分析中自动化、标准化和跨组比较的需求	单细胞或细胞核转录组数据	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	NA
1060	2025-03-28	Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862 PMID:39149047	研究论文	通过单细胞转录组分析CHD8杂合脑类器官，揭示了神经发育中的分子和网络破坏	首次使用单细胞RNA-seq分析CHD8基因在脑类器官中的功能，揭示了与ASD相关的基因表达和细胞通讯变化	研究仅关注早期神经发育阶段，未涵盖ASD临床表型的全部复杂性	研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，以及与ASD临床表现的联系	CHD8杂合脑类器官	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9编辑	脑类器官模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但分析了21个细胞簇