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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1041 | 2026-01-13 |
A single cell RNAseq benchmark experiment embedding "controlled" cancer heterogeneity
2024-02-02, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03002-y
PMID:38307867
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研究论文 | 本文介绍了一个基于10X Genomics scRNA-seq的实验,通过使用表达七种不同驱动基因的肺癌细胞系,创建了一个受控的异质性环境,旨在为分析癌症异质性的方法提供基准数据集 | 利用表达特定驱动基因的肺癌细胞系构建了一个受控的异质性scRNA-seq基准数据集,为癌症异质性分析方法提供了验证框架 | NA | 为癌症异质性分析方法的开发和验证提供基准数据集 | 肺癌细胞系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 1042 | 2026-01-11 |
Clinically unfavorable transcriptome subtypes of non-WNT/non-SHH medulloblastomas are associated with a predominance in proliferating and progenitor-like cell subpopulations
2024-06-07, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-024-02746-6
PMID:38847845
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研究论文 | 本研究通过反卷积分析揭示了非WNT/非SHH髓母细胞瘤中与临床预后相关的转录组亚型与肿瘤内细胞亚群组成的关联 | 首次将单细胞RNA-seq参考数据集应用于Grp3/Grp4髓母细胞瘤的批量RNA谱反卷积分析,揭示了亚组特异性肿瘤细胞亚群与临床预后的关联 | 研究为回顾性分析,需要未来研究验证所识别细胞亚群的预后和治疗作用,且未对每个SGS MB单独应用单细胞技术 | 探究非WNT/非SHH髓母细胞瘤亚组中细胞组成异质性与其临床-分子多样性及预后的关系 | 非WNT/非SHH(Grp3/Grp4)髓母细胞瘤样本及其八个第二世代亚组(SGS I-VIII) | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | RNA反卷积分析,单细胞RNA-seq | 反卷积分析模型 | RNA-seq数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
| 1043 | 2026-01-10 |
Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials
2024-Nov-30, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-24-587
PMID:39697721
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验室实验,探索了神经上皮细胞转化基因1(NET1)在非小细胞肺癌(NSCLC)进展中的关键调控作用及其治疗潜力 | 结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和孟德尔随机化(MR)算法,首次揭示了NET1与NSCLC之间的因果关系,并验证了其在细胞增殖和抑制铁死亡中的作用,同时通过分子对接分析识别了潜在治疗化合物 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型或临床样本的进一步验证,且分子对接结果需实验确认 | 揭示NSCLC进展的分子机制,并探索潜在的治疗靶点和药物 | 非小细胞肺癌(NSCLC)相关基因和细胞过程 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)、qRT-PCR、细胞活力测定、MDA检测、分子对接 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据 | 未明确指定样本数量,但涉及非恶性肺组织和肿瘤的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1044 | 2026-01-07 |
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.23.619858
PMID:39554071
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研究论文 | 本研究通过多组学单核ATAC/RNA测序分析,揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在纤维化肺病中的染色质动态变化及其对促纤维化基因程序的调控机制 | 首次使用神经网络工具ChromBPNet在单碱基对分辨率下推断转录因子结合,并开发新算法HALO确认AP-1、RUNX和EGR的活性,构建了TF-调控元件-基因网络 | 研究基于移植肺样本,可能无法完全反映疾病早期或动态变化,且样本量有限 | 探究纤维化肺病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制 | 系统性硬化相关间质性肺病(SSc-ILD)患者和供体对照的肺组织 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 | 神经网络(ChromBPNet) | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1045 | 2026-01-04 |
Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19
2024-07-17, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136
PMID:39018367
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研究论文 | 本研究通过比较临床PASC样本与小鼠模型的单细胞RNA测序数据,揭示了干扰素-γ是驱动急性COVID-19后呼吸系统后遗症的关键因素 | 首次在临床样本和动物模型中进行全面的比较单细胞分析,确定了IFN-γ信号轴在呼吸系统PASC中的核心作用,并通过功能实验验证了其致病机制 | 研究主要聚焦于呼吸系统后遗症,可能无法完全代表其他器官系统的PASC机制;动物模型与人类疾病的完全对应性存在局限 | 探究严重急性呼吸综合征冠状病毒2感染后急性后遗症(PASC)的病因和免疫机制 | 临床PASC患者的支气管肺泡灌洗液样本和PASC小鼠模型 | 单细胞组学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 临床PASC样本和小鼠模型样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1046 | 2026-01-04 |
Ultrasound Neuromodulation of an Anti-Inflammatory Pathway at the Spleen Improves Experimental Pulmonary Hypertension
2024-Jun-21, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.123.323679
PMID:38712557
|
研究论文 | 本研究探讨了通过无创聚焦超声刺激脾脏(sFUS)调节脾神经的抗炎神经免疫通路,以改善实验性肺动脉高压 | 首次将非侵入性聚焦超声神经调控应用于脾脏,通过调节抗炎通路改善肺动脉高压,并揭示了其剂量依赖性和持续效应 | 研究基于大鼠实验模型,尚未在人类中进行验证,且长期安全性和具体机制需进一步探索 | 研究sFUS通过神经免疫通路治疗肺动脉高压的疗效和机制 | 使用Sugen/缺氧和野百合碱模型诱导肺动脉高压的大鼠 | NA | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学、超声心动图 | NA | 基因表达数据、细胞计数数据、组织学图像、血流动力学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1047 | 2026-01-02 |
Spatial, transcriptomic and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition
2024-Mar-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.04.01.486135
PMID:41427296
|
研究论文 | 本研究通过多物种方法,结合空间转录组学和表观基因组学分析,揭示了背角神经元与慢性疼痛遗传易感性之间的关联 | 首次构建了包含恒河猴、人类和小鼠的综合单细胞图谱,并利用细胞分辨率空间转录组学绘制了物种保守神经元亚型的层状分布,发现了意外的组织模式 | 研究主要基于动物模型和体外数据,尚未在人类患者中进行直接验证,且非编码调控区域的机制解析仍需进一步功能实验 | 探究慢性疼痛遗传变异是否影响背角神经元的调控元件,以解析慢性疼痛的遗传基础 | 背角神经元,涉及恒河猴、人类和小鼠的脊髓组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,单核开放染色质测序 | NA | 转录组数据,表观基因组数据,空间分布数据 | 多物种样本(恒河猴、人类、小鼠),具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,单核ATAC-seq | NA | NA |
| 1048 | 2025-12-31 |
Exploring Cellular Heterogeneity: Single-Cell and Spatial Transcriptomics of Alzheimer Disease Brains and iPSC-Derived Microglia
2024-Oct-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5045715/v1
PMID:39483903
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学数据,揭示了阿尔茨海默病大脑中微胶质细胞的异质性及其与淀粉样斑块的空间分布关系 | 首次整合多队列、多脑区的单细胞与空间转录组学数据,系统绘制了微胶质细胞在阿尔茨海默病中的多样性图谱,并揭示了其状态与淀粉样斑块空间定位的特异性关联 | 研究主要基于转录组数据,功能验证相对有限;样本来源和脑区覆盖可能仍存在一定局限性 | 阐明阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录状态异质性及其空间分布特征 | 实验模型和人类大脑中的微胶质细胞,包括阿尔茨海默病患者与对照样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 空间定位数据, 免疫染色图像 | 多队列、多脑区样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1049 | 2025-12-28 |
Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis
2024-Dec-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024123
PMID:39378586
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研究论文 | 本文研究了线粒体腺苷酸激酶2功能缺失导致网状发育不全的严重免疫缺陷综合征,揭示了代谢检查点在造血分化中的调控作用 | 通过结合患者单细胞转录组学和CRISPR模型,首次揭示了AK2缺陷在不同造血阶段对代谢检查点的影响差异,特别是在晚期粒细胞生成中导致代谢失衡的新机制 | 研究主要基于体外模型和患者样本,可能无法完全模拟体内复杂的造血微环境,且机制细节仍需进一步验证 | 探究代谢检查点在造血分化过程中维持代谢稳态的调控网络 | 网状发育不全患者样本和原代人造血干细胞CRISPR模型 | NA | 免疫缺陷综合征 | 单细胞转录组学, CRISPR基因编辑 | CRISPR模型 | 转录组数据 | 患者样本和原代细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1050 | 2025-12-28 |
Engineered extracellular vesicles enable high-efficient delivery of intracellular therapeutic proteins
2024-Oct-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae015
PMID:38518087
|
研究论文 | 本文报告了一种基于细胞外囊泡的细胞内递送方法(IDEA),用于高效递送细胞内治疗蛋白,无需使用支架 | 提出IDEA方法,无需支架即可高效包装和递送原生蛋白质,避免了传统策略对货物稳定性和功能性的影响 | NA | 开发一种高效的细胞内递送系统,以扩展作用于细胞质或核靶点的蛋白质治疗 | 细胞外囊泡(EVs)作为递送载体,以及cGAS蛋白作为概念验证货物 | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 多个同基因肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1051 | 2025-12-27 |
Practical considerations for machine learning-enabled discoveries in spatial transcriptomics
2024-Jun, GEN biotechnology
IF:2.0Q3
DOI:10.1089/genbio.2023.0050
PMID:41438128
|
综述 | 本文讨论了机器学习在空间转录组学数据分析中的实际应用考虑因素 | 强调了机器学习工具在空间转录组学中的集成应用,并提供了选择合适工具以解决特定生物学问题的启发式方法 | 未涉及具体实验验证或详细技术比较,主要聚焦于概念性指导 | 提升对空间分子模式在健康和疾病中过程的基本理解,并指导机器学习工具的选择与应用 | 空间转录组学数据及其分析 | 机器学习 | NA | 空间转录组学,多重免疫荧光 | NA | 空间分子成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1052 | 2025-12-24 |
Turncoat antibodies unmasked in a model of autoimmune demyelination: from biology to therapy
2024-Dec-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.03.623846
PMID:39677612
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了自身免疫性脑脊髓炎模型中产生致病性抗体的浆母细胞特性,并开发了一种新型抗体疗法来中和这些致病抗体 | 首次在EAE模型中发现分泌致病性抗体的滤泡外浆母细胞,并利用合成抗体8-18C5及其变体成功阻断致病抗体结合,为自身免疫性疾病提供了新的治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类MOGAD患者的验证数据有限,且抗体疗法的长期安全性和有效性需进一步评估 | 开发选择性中和致病性自身抗体的疗法,并深入理解自身免疫性脑脊髓炎模型中抗体反应的生物学特性 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型和MOG抗体疾病(MOGAD)患者样本 | NA | 自身免疫性脱髓鞘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1053 | 2025-12-24 |
The MRAP2 accessory protein directly interacts with melanocortin-3 receptor to enhance signaling
2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.06.622243
PMID:39574659
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研究论文 | 本文通过单分子下拉技术证实了MC3R与MRAP2的相互作用,并揭示了MRAP2如何增强MC3R信号传导,从而在能量稳态中发挥关键作用 | 首次使用单分子下拉技术确认MC3R与MRAP2的相互作用,并发现它们以1:1化学计量形成异二聚体,同时通过结构模型和突变分析揭示了关键相互作用残基 | 研究主要在HEK293细胞中进行,可能无法完全反映体内复杂环境,且功能分析集中于cAMP信号通路,其他信号途径的影响未全面探讨 | 探究MRAP2对MC3R信号传导的调节机制及其在能量稳态中的作用 | MC3R受体、MRAP2辅助蛋白及其在HEK293细胞和人类下丘脑神经元中的相互作用 | 分子生物学 | 肥胖症 | 单分子下拉技术、荧光光漂白分析、单核转录组学、空间转录组学、结构同源建模、丙氨酸诱变 | NA | 细胞实验数据、转录组数据、结构模型数据 | HEK293细胞系及人类下丘脑神经元样本 | NA | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1054 | 2025-12-24 |
TrkA + sensory neurons regulate osteosarcoma proliferation and vascularization to promote disease progression
2024-Jun-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.20.599869
PMID:38979210
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研究论文 | 本研究揭示了表达TrkA的感觉神经元通过调节肿瘤微环境中的CGRP和VEGF信号通路,促进骨肉瘤的生长、血管化和疾病进展 | 首次发现肿瘤相关感觉神经元在骨肉瘤进展中具有超越痛觉感知的调控功能,并证实通过抑制TrkA或使用局麻药脂质体可破坏肿瘤神经支配,从而抑制肿瘤生长 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本的多组学分析仍需进一步验证;临床转化潜力有待后续研究确认 | 探究感觉神经元在骨肉瘤进展中的调控功能及其分子机制 | 骨肉瘤(OS)小鼠模型、人类骨肉瘤骨样本、人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学、多组学分析、化学遗传学方法 | NA | 转录组数据、多组学数据 | 转基因小鼠模型及人类样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1055 | 2025-12-24 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2024-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.30.596749
PMID:38854073
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研究论文 | 本研究探讨了流体静压和剪切应力对内皮细胞响应的综合影响,通过体外模型和转录组分析揭示了压力在血管发育和疾病中的协同作用 | 开发了体外模型以研究压力如何影响内皮细胞对流动的响应,首次系统性地整合了流体静压与剪切应力在内皮细胞机械转导中的作用 | 研究主要基于体外模型,可能无法完全模拟体内复杂的血管环境;压力与剪切应力的相互作用机制仍需进一步探索 | 阐明流体静压和剪切应力在内皮细胞身份和功能中的综合作用,以更好地理解血管发育和疾病机制 | 人类内皮细胞和早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1056 | 2025-12-18 |
Modifications of lipid pathways restrict SARS-CoV-2 propagation in human induced pluripotent stem cell-derived 3D airway organoids
2024-06, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.08.005
PMID:37557954
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研究论文 | 本研究利用人诱导多能干细胞衍生的3D气道类器官,揭示了脂质代谢途径的修饰如何通过影响ACE2受体的细胞内定位来限制SARS-CoV-2的传播 | 首次在模拟人类呼吸道生理的iPSC-AOs模型中,系统阐明了脂质代谢修饰(如他汀类药物)通过重定位ACE2受体来抑制多种SARS-CoV-2变异株进入和复制的机制 | 研究主要基于体外类器官模型,其在完全模拟体内复杂免疫环境和全身代谢相互作用方面存在局限 | 阐明脂质代谢修饰影响SARS-CoV-2感染的分子机制,探索针对宿主代谢的抗病毒替代策略 | 人诱导多能干细胞衍生的气道类器官(iPSC-AOs)及SARS-CoV-2病毒(包括野生型、Alpha、Delta、Omicron变异株) | 干细胞与类器官研究 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(ScRNAseq)、免疫荧光染色、生物信息学分析、假病毒实验 | 3D类器官模型 | 单细胞转录组数据、显微图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1057 | 2025-12-17 |
A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas
2024-08-20, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-024-01598-7
PMID:39164791
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学分析,构建了人类骨肉瘤的细胞组成和空间组织结构图谱 | 首次提供了人类骨肉瘤的单细胞和空间分辨率转录组学综合分析,构建了细胞元图谱来解析空间转录组数据,并识别了与化疗耐药相关的独特空间生态位 | 未在摘要中明确说明研究的局限性 | 深入理解骨肉瘤的细胞组成、组织结构、功能状态及其对化疗的反应,为靶向治疗提供基础 | 人类骨肉瘤组织 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1058 | 2025-12-17 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
|
研究论文 | 本研究利用海鞘Ciona模型,探索了心脏咽部祖细胞在发育过程中通过细胞周期驱动的转录组成熟获得多谱系能力的机制 | 揭示了转录组成熟过程,包括候选“成熟基因”如Rho GAP编码基因在G2晚期达到峰值,以及行为能力概念,通过多谱系启动和定向不对称分裂影响命运决定 | 研究基于海鞘模型,可能不直接适用于所有脊椎动物系统,且功能验证可能有限 | 探究多谱系能力的获得以及命运决定与细胞周期进程之间的耦合机制 | 心脏咽部祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1059 | 2025-12-14 |
Supervised Screening of EGFR Inhibitors Validated through Computational Structural Biology Approaches
2024-Dec-12, ACS medicinal chemistry letters
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acsmedchemlett.4c00385
PMID:39691517
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据与机器学习方法,筛选并验证了针对乳腺癌中EGFR过表达的有效抑制剂 | 结合多组学数据(CCLE、GDSC、scRNA-seq)与机器学习相似性搜索,并通过计算结构生物学方法验证候选化合物的分子相互作用和构象动力学 | 研究主要基于计算和体外数据,缺乏体内实验验证和临床前模型评估 | 识别和验证针对乳腺癌EGFR过表达的有效治疗化合物 | 乳腺癌细胞系数据、ChEMBL数据库中的化合物 | 计算生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习建模 | 支持向量机(SVM)、人工神经网络(ANN)、随机森林(RF) | 多组学数据(基因表达、药物敏感性)、化学化合物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1060 | 2025-12-13 |
Targeting SHCBP1 Inhibits Tumor Progression by Restoring Ciliogenesis in Ductal Carcinoma
2024-Dec-16, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1095
PMID:39312205
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研究论文 | 本研究揭示了SHCBP1通过调控Rab8 GTPase活性影响中体残余物与中心体的接近,从而抑制导管癌中纤毛发生,并证明靶向SHCBP1可恢复纤毛发生并抑制肿瘤进展 | 首次发现SHCBP1通过调控Rab8 GTPase活性介导中体残余物与中心体接近,从而控制导管癌纤毛发生的新机制 | 研究主要基于动物模型和患者来源异种移植模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明导管癌中纤毛缺失的机制及其临床意义,开发新的治疗策略 | 导管癌 | 肿瘤生物学 | 导管癌 | 单细胞转录组分析、基因敲除、患者来源异种移植模型 | 转基因小鼠模型、PDX模型 | 转录组数据、临床预后数据 | 大型患者队列及转基因小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |