单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2024-12-02	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2024-Nov-15, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	研究论文	本文研究了Frizzled5（Fzd5）在调控小鼠肠上皮细胞可塑性中的关键作用	首次揭示了Frizzled5通过调控染色质可及性来控制肠上皮细胞命运的机制	NA	阐明Frizzled5在小鼠肠上皮细胞可塑性中的调控作用	小鼠肠上皮细胞及其干细胞和祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	涉及小鼠肠上皮细胞及其干细胞和祖细胞
1022	2024-12-02	Transcriptome Assembly at Single-Cell Resolution with Beaver 2024-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621958 PMID:39574665	研究论文	本文介绍了一种名为Beaver的单细胞分辨率转录组装工具，用于短读长单细胞RNA测序数据	Beaver通过实现转录片段图和高效的动态规划算法，结合随机森林模型，显著提高了单细胞转录组装的精度和准确性	NA	开发一种能够在单细胞分辨率下准确重建全长转录本的工具	单细胞RNA测序数据中的转录组装	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	随机森林模型	转录组数据	实验使用了真实和模拟的Smart-seq3 scRNA-seq数据
1023	2024-12-02	Loss of PI5P4Kα slows the progression of a Pten mutant basal cell model of prostate cancer 2024-Oct-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	研究了磷脂酰肌醇5-磷酸4-激酶α（PI5P4Kα）在前列腺癌进展中的作用，特别是在PTEN突变模型中的影响	开发了针对Pip4k2a的基底细胞特异性基因工程小鼠模型，并发现其缺失减缓了PTEN突变小鼠前列腺上皮内瘤变（mPIN）的发展	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证	探讨PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用及其在PTEN突变模型中的潜在治疗靶点	前列腺基底细胞和PTEN突变小鼠模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用Probasin-Cre和Cytokeratin 5 (CK5)-Cre驱动的小鼠模型进行研究
1024	2024-12-02	Integrative single-cell and bulk transcriptome analyses identify a distinct pro-tumor macrophage signature that has a major prognostic impact on glioblastomas 2024-Aug-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01454-5 PMID:39136841	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别出与胶质母细胞瘤预后相关的独特促肿瘤巨噬细胞特征	本研究首次识别出一种新的促肿瘤巨噬细胞亚群，标记为S100A9，可能通过与内皮细胞相互作用促进肿瘤进展	NA	解析胶质母细胞瘤的分子景观及异质性巨噬细胞群在胶质母细胞瘤进展中的作用	胶质母细胞瘤及其相关巨噬细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
1025	2024-12-02	Single-cell sequencing reveals novel proliferative cell type: a key player in renal cell carcinoma prognosis and therapeutic response 2024-Jul-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01424-x PMID:39052149	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了肾细胞癌中一种新型增殖细胞类型，并探讨了其在肾细胞癌预后和治疗反应中的关键作用	发现了一种名为“Prol”的高度增殖细胞亚群，并开发了一种基于人工智能网络的Prol特征，能够预测肾细胞癌的预后和治疗反应	NA	探讨肾细胞癌的分子异质性，并开发新的预后预测特征和治疗靶点	肾细胞癌中的新型增殖细胞类型及其在预后和治疗反应中的作用	数字病理学	肾细胞癌	单细胞RNA测序	人工智能网络（包括传统回归、机器学习和深度学习算法）	RNA	NA
1026	2024-12-02	Discovering mechanisms of human genetic variation and controlling cell states at scale 2024-Jul, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2024.03.010 PMID:38658256	研究论文	本文讨论了单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制方面的潜力，并探讨了如何利用这些技术来控制细胞状态	本文提出了将遗传变异机制的发现与细胞状态工程相结合的概念，以推动基因组医学的发展	NA	探讨单细胞测序技术在揭示人类遗传变异机制和控制细胞状态方面的应用	人类遗传变异和细胞状态	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
1027	2024-12-02	Identification of lipid metabolism-related gene signature in the bone marrow microenvironment of multiple myelomas through deep analysis of transcriptomic data 2024-Jun-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01398-w PMID:38916672	研究论文	通过深度分析转录组数据，识别多发性骨髓瘤骨髓微环境中与脂质代谢相关的基因特征	本研究通过分析多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，识别出与脂质代谢相关的基因，并构建了预测模型，揭示了脂质代谢相关基因在骨髓微环境中的作用及其对患者生存状态、免疫状态和免疫治疗反应的影响	研究主要基于测序数据，未涉及临床试验验证，且样本量相对较小	探讨脂质代谢相关基因在多发性骨髓瘤骨髓微环境中的作用机制及其对患者预后的影响	多发性骨髓瘤患者的骨髓微环境及脂质代谢相关基因	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序	机器学习算法	转录组数据	涉及多发性骨髓瘤患者的批量测序和单细胞测序数据，具体样本数量未明确提及
1028	2024-12-02	Revolutionary multi-omics analysis revealing prognostic signature of thyroid cancer and subsequent in vitro validation of SNAI1 in mediating thyroid cancer progression through EMT 2024-Jun-13, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01387-z PMID:38869635	研究论文	本文通过多组学分析揭示了甲状腺癌的预后特征，并在体外验证了SNAI1通过EMT介导甲状腺癌进展的作用	开发了一种基于多组学数据的共识机器学习驱动的预后模型（CMLS），并验证了其在甲状腺癌患者预后预测中的优越性	NA	开发一种基于多组学数据的预后模型，以准确预测甲状腺癌患者的预后	甲状腺癌患者的预后特征及SNAI1在甲状腺癌进展中的作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、甲基化芯片数据、基因突变数据	机器学习模型	基因表达数据、lncRNA表达数据、miRNA表达数据、甲基化数据、基因突变数据、临床数据	2种未分化甲状腺癌细胞系、1种乳头状甲状腺癌细胞系
1029	2024-12-02	The prognostic genes model of breast cancer drug resistance based on single-cell sequencing analysis and transcriptome analysis 2024-May-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01372-6 PMID:38795164	研究论文	本文通过转录组数据分析和单细胞测序，识别并验证了与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个基于这些基因的预后模型	本文创新性地结合了转录组分析和单细胞测序数据，识别出与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建了一个新的预后模型	本文的局限性在于仅在细胞系中验证了部分基因，未来需要在更多临床样本中进一步验证	研究目的是识别与乳腺癌药物抗性相关的预后基因，并构建一个预测乳腺癌预后的模型	研究对象是乳腺癌及其药物抗性相关的预后基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	转录组数据	细胞系和乳腺癌样本
1030	2024-12-02	Fibroblast expression of neurotransmitter receptor HTR2A associates with inflammation in rheumatoid arthritis joint 2024-Apr-25, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-024-01352-w PMID:38662111	研究论文	研究神经递质受体HTR2A在类风湿性关节炎（RA）中的表达及其与炎症的关系	首次探讨了HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系，并发现miRNAs在调节HTR2A表达中的作用	研究主要基于scRNA-seq数据和免疫组化验证，样本量有限，需要进一步的大规模验证	探讨神经递质受体HTR2A在RA中的表达及其与炎症的关系，寻找潜在的治疗策略	类风湿性关节炎（RA）和骨关节炎（OA）患者的滑膜组织和滑液中的细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化染色、qPCR	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像	RA和OA患者的滑膜组织样本，以及RA患者滑液中的外泌体样本
1031	2024-12-02	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Crucial Genes Influencing the Polarization of Tumor-Associated Macrophages in Liver Cancer 2024, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/2024/7263358 PMID:38938448	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，识别了影响肝癌中肿瘤相关巨噬细胞极化的关键基因	首次通过单细胞转录组学技术，揭示了PRDM1基因在肝癌肿瘤微环境中调控M2巨噬细胞极化的关键作用	研究主要基于公共数据库的数据，缺乏体内实验验证	探讨肝癌中肿瘤相关巨噬细胞的功能转变及其关键调控基因	肝癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其极化过程	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	74,742个细胞和23,110个基因
1032	2024-12-01	Cancer-cell derived S100A11 promotes macrophage recruitment in ER+ breast cancer 2024-Dec-31, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2024.2429186 PMID:39587886	研究论文	研究揭示了S100A11在ER+乳腺癌中促进巨噬细胞招募的作用	首次发现S100A11在巨噬细胞与癌细胞相互作用中的作用，并证明其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨ER+乳腺癌中巨噬细胞与癌细胞的相互作用	ER+乳腺癌中的巨噬细胞和癌细胞	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	25个ER+乳腺癌样本
1033	2024-12-01	Single-cell atlases reveal leaf cell-type-specific regulation of metal transporters in the hyperaccumulator Sedum alfredii under cadmium stress 2024-Dec-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136185 PMID:39418904	研究论文	研究了镉胁迫下超积累植物Sedum alfredii叶片细胞类型的金属转运蛋白特异性调控	首次生成了Sedum alfredii的全长转录组，并构建了其叶片的首个单细胞图谱	对镉超积累的细胞类型特异性转录调控机制的理解仍有限	探讨镉胁迫下Sedum alfredii叶片细胞类型的特异性转录调控	Sedum alfredii叶片在镉胁迫下的金属转运蛋白调控	NA	NA	PacBio Iso-Seq技术，单细胞RNA测序	NA	RNA	12,616个高质量单细胞样本
1034	2024-12-01	Diethylhexyl phthalate induces immune dysregulation and is an environmental immune disruptor 2024-Dec-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136244 PMID:39442302	研究论文	研究探讨了邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）对免疫系统的干扰作用	首次全面评估了DEHP对小鼠免疫系统的单细胞RNA测序影响，并建立了小鼠盲肠结扎和穿刺模型来研究DEHP对败血症诱导的免疫抑制和器官损伤的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证DEHP的影响	探讨DEHP对免疫系统的干扰作用及其对急性感染和器官损伤的影响	小鼠的脾脏组织和免疫细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠脾脏组织样本
1035	2024-12-01	Pulmonary surfactant biogenesis blockage mediated polyhexamethylene guanidine disinfectant induced pulmonary fibrosis 2024-Dec-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.136307 PMID:39488979	研究论文	研究了聚六亚甲基胍（PHMG）消毒剂吸入暴露对肺纤维化的影响及其机制	揭示了PHMG通过破坏自噬流和阻断肺表面活性物质生物合成导致肺纤维化的机制	NA	探讨PHMG消毒剂吸入暴露引起的肺纤维化机制	肺纤维化及其相关机制	NA	肺纤维化	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1036	2024-12-01	NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS 2024-Dec-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000002408 PMID:38888471	研究论文	通过多组学分析揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白	本研究通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学技术，揭示了与脓毒症预后相关的四种关键蛋白，为靶向治疗策略提供了新的见解	样本量相对较小，可能影响结果的普适性	揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白	脓毒症患者的外周血样本	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序和定量蛋白质组学	NA	基因表达数据和蛋白质表达数据	脓毒症患者53例，对照组16例
1037	2024-12-01	Huaier-induced suppression of cancer-associated fibroblasts confers immunotherapeutic sensitivity in triple-negative breast cancer 2024-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156051 PMID:39299097	研究论文	研究探讨了中药华蟾素在三阴性乳腺癌中的治疗作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次使用单细胞RNA测序系统分析华蟾素对三阴性乳腺癌微环境的影响，并揭示了华蟾素通过抑制癌症相关成纤维细胞向肌成纤维细胞的转变来增强免疫治疗效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证华蟾素的效果	探讨华蟾素在三阴性乳腺癌患者肿瘤免疫微环境中的治疗作用	三阴性乳腺癌及其肿瘤免疫微环境	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
1038	2024-12-01	Single-cell RNA transcriptomics reveals Du-Zhong-Wan promotes osteoporotic fracture healing via YAP/β-catenin/VEGF axis in BMSCs 2024-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.155572 PMID:39366157	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了杜仲丸通过YAP/β-catenin/VEGF轴促进骨髓间充质干细胞（BMSCs）的成骨分化和血管生成，从而促进骨质疏松性骨折愈合	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了杜仲丸在分子水平上促进骨质疏松性骨折愈合的具体机制，特别是YAP/β-catenin/VEGF轴的作用	本研究主要集中在小鼠模型上，未来需要在人体样本中验证这些发现	阐明杜仲丸在单细胞水平上促进骨质疏松性骨折愈合的机制	骨髓间充质干细胞（BMSCs）和内皮细胞（ECs）	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠股骨骨折模型样本
1039	2024-12-01	Wogonin mitigates microglia-mediated synaptic over-pruning and cognitive impairment following epilepsy 2024-Dec, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156222 PMID:39547095	研究论文	研究黄酮类化合物Wogonin对癫痫后微胶质细胞介导的突触过度修剪和认知障碍的影响	首次探讨了Wogonin通过AKT/FoxO1通路抑制微胶质细胞的炎症反应和突触吞噬作用，从而减轻癫痫后的突触过度修剪和认知障碍	研究仅在动物模型上进行，尚未在人类中验证其效果	探讨Wogonin对癫痫后微胶质细胞介导的突触修剪和认知功能的影响	癫痫小鼠模型及其认知功能	神经科学	癫痫	单细胞测序	NA	图像	使用Pilocarpine诱导的癫痫小鼠模型，样本量为未知
1040	2024-12-01	Single-cell dissection reveals immunosuppressive F13A1+ macrophage as a hallmark for multiple primary lung cancers 2024-Dec, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70091 PMID:39601163	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了多发性原发性肺癌（MPLC）和单发性原发性肺癌（SPLC）的肿瘤及邻近组织，揭示了MPLC中特异性富集的免疫抑制性F13A1+巨噬细胞亚型	发现了MPLC中特异性富集的免疫抑制性F13A1+巨噬细胞亚型，并揭示了其在塑造免疫抑制性肿瘤微环境和促进肿瘤生长中的作用	NA	探讨多发性原发性肺癌（MPLC）与单发性原发性肺癌（SPLC）之间的分子机制差异	多发性原发性肺癌（MPLC）和单发性原发性肺癌（SPLC）的肿瘤及邻近组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	MPLC和SPLC患者的肿瘤及邻近组织样本