单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1021	2025-05-08	A review of single-cell transcriptomics and epigenomics studies in maternal and child health 2024, Epigenomics IF:3.0Q2 DOI:10.1080/17501911.2024.2343276 PMID:38709139	review	本文综述了单细胞转录组学和表观基因组学在母婴健康领域的研究	总结了16个人类和哺乳动物胎盘的单细胞图谱以及31项关于母体暴露和并发症的单细胞研究	NA	综述单细胞测序技术在母婴健康领域的应用	人类和哺乳动物胎盘以及母体暴露和并发症	单细胞测序	母婴健康相关疾病	单细胞转录组学和表观基因组学	NA	单细胞测序数据	16个单细胞图谱和31项单细胞研究
1022	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing and AlphaFold 3 insights into cytokine signaling and its role in uveal melanoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1458041 PMID:39916959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和AlphaFold 3技术，揭示了葡萄膜黑色素瘤（UVM）中的细胞异质性及其与细胞因子信号传导的关系，并鉴定了预后生物标志物	首次在UVM中构建了单细胞分辨率的细胞因子反应字典，并利用AlphaFold 3预测关键蛋白的3D结构	样本量相对有限，且主要依赖生物信息学分析，需要进一步实验验证	阐明UVM的细胞异质性并鉴定预后生物标志物，为靶向治疗提供依据	葡萄膜黑色素瘤（UVM）的原发性和转移性肿瘤样本	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR-Cas9筛选分析、AlphaFold 3	LASSO回归、ROC曲线分析、Kaplan-Meier生存分析	RNA-seq数据、蛋白质结构预测数据	TCGA-UVM和GSE84976队列中的样本
1023	2025-05-08	Deciphering the role of metal ion transport-related genes in T2D pathogenesis and immune cell infiltration via scRNA-seq and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1479166 PMID:39926598	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和机器学习探索了2型糖尿病（T2D）的发病机制，特别关注免疫细胞浸润	结合scRNA-seq和12种机器学习算法，识别了与金属离子转运相关的关键基因，并揭示了它们与免疫细胞的关联	研究样本量有限，仅分析了T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞数据	探索T2D的分子机制，特别是金属离子转运相关基因在疾病中的作用	T2D和非糖尿病患者的胰岛细胞	机器学习	2型糖尿病	scRNA-seq, ssGSEA, PPI网络分析	Stepglm[backward] plus GBM	RNA测序数据	T2D和ND患者的胰岛细胞数据
1024	2025-05-08	Single-cell sequencing uncovers the mechanistic role of DAPK1 in glioma and its diagnostic and prognostic implications 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1463747 PMID:39926603	研究论文	通过单细胞测序技术研究DAPK1在胶质瘤中的机制作用及其诊断和预后意义	利用单细胞RNA测序数据识别与生存相关的基因簇，并开发基于DAPK1的预后模型	DAPK1在胶质瘤中的具体机制尚未完全阐明	开发基于DAPK1的预后标志物以预测胶质瘤患者的预后	胶质瘤患者	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA-seq, 微阵列	LASSO, 逐步回归算法	RNA-seq数据, 微阵列数据, 单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO的胶质瘤患者数据
1025	2025-05-08	Single-cell RNA sequencing revealed PPARG promoted osteosarcoma progression: based on osteoclast proliferation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1506225 PMID:39936154	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究PPARG在促进骨肉瘤进展中的作用，重点关注破骨细胞增殖	首次在单细胞水平上识别出C2MKI67+破骨细胞亚群，并发现PPARG作为关键转录因子在破骨细胞增殖和分化中的重要作用	研究主要基于单细胞测序数据的分析，需要进一步的体内外实验验证	寻找新的骨肉瘤治疗靶点以阻止肿瘤进展和局部扩散	骨肉瘤患者和破骨细胞	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RT-qPCR, CCK-8实验, 伤口愈合实验, Transwell实验	NA	单细胞测序数据	NA
1026	2025-05-08	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨其在干燥综合征（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在两种SjD小鼠模型中系统比较了血清和泪液自身抗体的差异，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG更具多样性	研究仅使用雄性小鼠模型，可能无法完全反映人类SjD的性别差异特征	探索干燥综合征相关自身抗体的诊断标志物	NOD和NOR小鼠的泪腺组织、血清和泪液样本	自身免疫疾病研究	干燥综合征	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	两种SjD小鼠模型（具体数量未明确说明）与健康BALB/c小鼠对照
1027	2025-05-07	Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data 2024-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405 PMID:39916216	研究论文	提出了一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型	开发了一种生物物理模型，用于参数化多组数据，并评估多组数据相对于未注册的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的优势	未提及具体样本量或实验验证的局限性	研究如何联合分析染色质可及性和基因表达数据，以评估多组数据的优势	染色质动态和转录过程	生物信息学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法	生物物理模型	测序数据	NA
1028	2025-05-07	Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf031 PMID:39899596	研究论文	本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南	首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南	研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性	九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	RNA测序数据	五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据
1029	2025-05-07	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子的协同作用对基因调控的影响	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测了这些转录因子的重要性	研究主要基于计算模型预测，部分结果需要实验验证	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞及其转录因子	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
1030	2025-05-07	Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153 PMID:39896800	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤生物学特性及免疫微环境，为靶向和个性化免疫治疗策略提供见解	利用单细胞RNA测序技术系统研究HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境，发现与不良预后相关的C2 IGF2+肿瘤细胞亚型及其与肿瘤进展的关联	研究依赖于公开数据库的scRNA-seq数据，可能受限于样本量和数据质量	揭示HGSOC进展和治疗抵抗的分子机制，开发更有效的个性化治疗策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤细胞亚型及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的scRNA-seq数据
1031	2025-05-07	Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984 PMID:39896814	研究论文	通过孟德尔随机化和转录组学分析，探讨循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及潜在生物标志物	结合孟德尔随机化和转录组学数据，首次系统性地研究了免疫细胞表型与IPF的因果关系，并鉴定了三个新的生物标志物	研究依赖于公开数据库的GWAS数据，可能存在样本选择偏倚	阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制	循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化患者	生物信息学	特发性肺纤维化	孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序	IVW等五种孟德尔随机化方法	基因组关联研究数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自公开数据库的GWAS数据和IPF患者样本
1032	2025-05-07	Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327 PMID:39906743	研究论文	本研究通过分析焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），构建了一个六-lncRNA特征，用于预测乳腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次构建了一个结合焦亡和免疫相关lncRNA的特征，用于预测乳腺癌预后和免疫治疗反应，并揭示了不同的免疫细胞浸润模式	研究依赖于TCGA数据集，需要进一步的外部验证	识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并预测患者的预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	Pearson相关系数、单变量Cox回归分析、LASSO方法、单细胞测序	六-lncRNA特征模型	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的乳腺癌患者样本
1033	2025-05-07	Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842 PMID:39911580	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中的免疫基因，区分热/冷肿瘤，并探索其对癌症治疗和患者预后的影响	开发了一个框架来区分不同癌症类型中具有临床意义的免疫亚型，并确定了几个潜在靶点用于将冷肿瘤转化为热肿瘤以提高抗癌治疗效果	尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少	探索免疫调控基因如何影响肿瘤微环境，从而影响癌症治疗和患者预后	33种不同类型的癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列	肿瘤免疫学	多种癌症（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌和宫颈鳞状细胞癌）	CIBERSORT算法、基因集变异分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的33种癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列
1034	2025-05-04	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞测序和TCR库分析快速选择最佳TCR转基因克隆的方法，并成功生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	结合单细胞测序和TCR库分析，无需杂交瘤筛选即可快速选择最佳TCR克隆，并生成特异性TCR转基因小鼠	方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种快速选择抗原特异性TCR序列并生成TCR转基因小鼠的方法	T细胞受体(TCR)转基因克隆和SARS-CoV-2 Spike蛋白特异性CD8 T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序、TCR库分析、PCR克隆	CORSET8转基因小鼠模型	单细胞RNA表达数据、TCR序列数据	NA
1035	2025-05-04	NK cell exhaustion in Wilson's disease revealed by single-cell RNA sequencing predicts the prognosis of cholecystitis 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98867 PMID:39854622	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示威尔逊病中NK细胞耗竭与胆囊炎预后的关系	首次在威尔逊病中发现NK细胞耗竭现象，并证实其与胆囊炎不良预后的相关性	研究为回顾性临床研究，需要进一步的前瞻性研究验证	探究威尔逊病中代谢异常如何影响胆囊炎风险及预后的机制	威尔逊病患者及其肝脏免疫细胞	数字病理学	威尔逊病, 胆囊炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	未明确说明样本量的威尔逊病患者队列
1036	2025-05-04	scMMAE: masked cross-attention network for single-cell multimodal omics fusion to enhance unimodal omics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf010 PMID:39851073	研究论文	提出了一种名为scMMAE的新型框架，通过掩码自编码器和交叉注意力机制融合单细胞多组学数据，以增强单组学分析	scMMAE不仅关注不同组学间的对齐，还捕捉每种组学的独特信息，并将多组学知识迁移到单组学分析中	NA	开发计算方法来整合单细胞多组学数据并提升单组学分析性能	单细胞转录组学和蛋白质组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	掩码自编码器（masked autoencoder）与交叉注意力机制（cross-attention）	单细胞转录组和蛋白质组数据	多个单细胞队列数据（具体数量未明确说明）
1037	2025-05-04	Complex hierarchical structures analysis in single-cell data with Poincaré deep manifold transformation 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae687 PMID:39851075	研究论文	提出了一种名为PoincaréDMT的方法，用于在单细胞RNA测序数据中分析复杂的层次结构	通过将高维scRNA-seq数据映射到双曲Poincaré盘，结合图拉普拉斯矩阵和结构模块，实现了全局和局部结构的保留与校正，并整合批次图减轻批次效应	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据分析中结构保留不完整和嵌入高失真等问题，有效建模多分支复杂细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PoincaréDMT	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集
1038	2025-05-04	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-08-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq分析，探讨了免疫检查点抑制剂nivolumab治疗胶质母细胞瘤患者时的肿瘤细胞和肿瘤微环境的表型和转录动态	发现了一种与免疫治疗相关的肿瘤细胞向间充质干细胞样状态转变的抵抗机制特征，并开发了一个潜在的免疫特征	研究样本量相对较小（76个肿瘤样本），虽然在大规模外部数据集（n=298）中验证了结果，但可能仍需更多独立研究验证	识别胶质母细胞瘤免疫治疗抵抗机制，为设计新型治疗策略提供依据	胶质母细胞瘤患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	76个肿瘤样本（临床试验）+ 298个外部数据集样本
1039	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	research paper	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，并设计了用户友好的界面，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的编码技能进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	174名患者的90,270个癌细胞	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	174名患者的90,270个癌细胞
1040	2025-05-04	Heterogeneity and synaptic plasticity analysis of hippocampus based on db-/- mice induced diabetic encephalopathy 2024-01, Psychoneuroendocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.psyneuen.2023.106412 PMID:37898037	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病脑病模型中海马细胞的异质性和突触可塑性变化	首次在糖尿病认知障碍模型中构建了海马区单细胞转录图谱，发现了5个独特的少突胶质前体细胞亚群及其标记基因	研究仅基于db/db小鼠模型，结果向人类糖尿病脑病的推广需要进一步验证	探究长期高血糖状态下海马细胞异质性及其与认知功能障碍的关系	db/db糖尿病小鼠模型的海马组织细胞	神经科学	糖尿病脑病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，新物体识别(NOR)行为测试	db/db小鼠糖尿病模型	单细胞转录组数据	实验组21,379个细胞，对照组20,045个细胞