单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1001	2025-05-11	Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma 2024-May-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029 PMID:38653236	研究论文	本研究结合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法，揭示了胶质母细胞瘤的多层组织结构	发现了胶质瘤细胞状态的三种主要组织模式，并揭示了缺氧作为长程组织者的作用	研究结果可能不适用于无缺氧的低级别IDH突变胶质瘤	揭示胶质母细胞瘤细胞状态的组织结构	胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算方法	NA	空间转录组数据, 空间蛋白质组数据	NA
1002	2025-05-11	A new dawn for the study of cell type evolution 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200884 PMID:38722217	综述	本文探讨了细胞类型进化研究的新方法和挑战	强调了单细胞转录组学在细胞类型进化研究中的应用，并指出了未来探索的方向	未提及具体的研究数据或样本量，可能缺乏实证支持	理解细胞类型在动物进化中的作用	细胞类型的进化和同源性	基因组学	NA	单细胞转录组学、基因编辑工具	NA	基因组数据	NA
1003	2025-05-11	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌的瘤内异质性	利用单细胞RNA测序技术深入分析肺腺癌的瘤内异质性，并开发了一个在多队列中表现良好的预后模型	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有临床情境	探索肺腺癌的瘤内异质性并开发预后模型	肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	转录组数据	来自TCGA-LUAD (n=503)、GSE68465 (n=442)、GSE72094 (n=398)和GSE26939 (n=115)数据集的总计1458个样本
1004	2025-05-10	Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55146-5 PMID:39738101	研究论文	本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法，通过多元随机微分方程（SDE）建模未剪接和剪接RNA的动态，以推断RNA速度	SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度，显式地模拟转录动态中的固有不确定性，并估计跨基因的细胞特异性潜在时间	未提及具体局限性	改进单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中的动态建模方法，以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹	未剪接和剪接RNA的动态	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	SDE	单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据	模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集
1005	2025-05-10	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	research paper	该研究通过系统性免疫分析识别与M2-TAM相关的基因，预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2样巨噬细胞标记物，构建了基于M2的预后模型，并验证了其独立预后因素的作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2样巨噬细胞相关的基因特征，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing, weighted gene coexpression network analysis, least absolute shrinkage and selection operator, Cox regression	risk model	RNA sequencing data, clinical data	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
1006	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量等方式，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
1007	2025-05-10	cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf071 PMID:39987461	research paper	提出了一种基于扩散模型的新方法cfDiffusion，用于高效生成高质量的单细胞RNA测序数据	结合了Classifier-Free Guidance和高层次特征缓存机制，显著降低了模型开发的训练成本，并提高了生成多属性单细胞数据的表达能力和效率	推理时间仍比scDiffusion长	解决单细胞RNA测序数据模拟中数据分布预定义和多属性细胞模拟的问题	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	diffusion models	gene expression data	多组测序平台的数据集
1008	2025-05-10	Lamination-based organoid spatially resolved transcriptomics technique for primary lung and liver organoid characterization 2024-Nov-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2408939121 PMID:39514315	research paper	介绍了一种基于层压的类器官空间转录组学技术（LOSRT），用于原代肺和肝脏类器官的表征	开发了一种新的空间转录组学技术LOSRT，适用于原代组织来源的类器官，解决了标准化组织切片方法不适用的问题	尚未证明该技术在其他类型类器官中的适用性	开发一种自动化、集成的空间转录组学方法，用于原代组织来源类器官的表征	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, droplet-engineering method	NA	spatial transcriptomic data	原代小鼠肺和肝脏来源的类器官
1009	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	research paper	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读性	sciRED通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解读性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）
1010	2025-05-10	Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids 2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.08.602611 PMID:39026750	research paper	研究FGF在人类2D胃泌素样干细胞模型中驱动ERK依赖性细胞命运模式的作用	发现了FGF依赖性ERK信号在2D胃泌素样细胞中以前未知的作用，并揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制	研究基于体外2D胃泌素样模型，可能不完全反映体内胚胎发育的复杂性	探究FGF在人类胃泌素过程中的功能及其机制	2D胃泌素样干细胞模型	发育生物学	NA	scRNA-seq, in situ hybridization	2D gastruloid	基因表达数据	NA
1011	2025-05-10	Transcriptional control of the Cryptosporidium life cycle 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07466-1 PMID:38811723	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）整个生命周期的基因表达程序，并确定了雄性命运的最早决定因素Myb-M转录因子	使用单细胞RNA测序技术揭示了隐孢子虫生命周期的基因表达程序，并首次确定了雄性命运的决定因素Myb-M转录因子	研究主要基于体外培养和感染动物模型，可能无法完全反映人体内的实际情况	研究隐孢子虫生命周期及其分子机制，为疫苗和治疗方法的开发提供基础	隐孢子虫（Cryptosporidium parvum）	分子生物学	腹泻病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	体外培养和感染动物的隐孢子虫样本
1012	2025-05-10	Spatial co-transcriptomics reveals discrete stages of the arbuscular mycorrhizal symbiosis 2024-04, Nature plants IF:15.8Q1 DOI:10.1038/s41477-024-01666-3 PMID:38589485	研究论文	本研究利用单核和空间RNA测序技术，探索了截形苜蓿和Rhizophagus irregularis在AM共生中的转录组，揭示了共生过程中的细胞和空间动态	结合单细胞和空间转录组学技术，首次在细胞和空间分辨率上解析了AM共生的动态过程	研究仅针对截形苜蓿和Rhizophagus irregularis，结果可能不适用于其他植物-真菌共生系统	解析植物与AM真菌共生的分子机制，为作物改良提供理论基础	截形苜蓿和Rhizophagus irregularis	植物分子生物学	NA	单核RNA测序, 空间RNA测序	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及截形苜蓿和Rhizophagus irregularis的多个细胞类型
1013	2025-05-10	The cancer-associated fibroblasts interact with malignant T cells in mycosis fungoides and promote the disease progression 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474564 PMID:39963655	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了蕈样肉芽肿（MF）中恶性T细胞与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用及其在疾病进展中的作用	揭示了恶性T细胞从TRM主导表型向TCM主导表型的转变过程，以及CAFs通过IL-6/JAK2/STAT3/SOX4或IL-6/HIF-1α/SOX4通路促进恶性T细胞侵袭和转移的机制	研究样本来自晚期MF患者，可能无法完全代表早期MF的特征	探究蕈样肉芽肿的发病机制及肿瘤微环境在其中的作用	晚期蕈样肉芽肿患者及健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和外周血单个核细胞	肿瘤微环境研究	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	晚期MF患者和健康对照的肿瘤组织、邻近正常组织和PBMC样本
1014	2025-05-09	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	research paper	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，研究了精囊在哺乳动物繁殖中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	理解精囊这一未被充分研究的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
1015	2025-05-08	Induced B-Cell Receptor Diversity Predicts PD-1 Blockade Immunotherapy Response 2024-Dec-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.03.626669 PMID:39677742	research paper	研究通过单细胞RNA测序和高清空间转录组学分析，揭示了B细胞受体多样性在预测PD-1阻断免疫治疗反应中的作用	发现PD-1抑制成功反应的特征是治疗后B细胞受体克隆多样性的诱导，并验证了其作为跨多种癌症治疗反应预测因子的普遍性	研究样本主要集中在特定类型的癌症患者，可能限制了结果的广泛适用性	探索PD-1阻断免疫治疗反应的机制，并寻找预测治疗反应的生物标志物	局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者	digital pathology	basal cell carcinoma, glioblastoma, melanoma, head and neck squamous cell carcinoma	single-cell RNA sequencing, high-definition spatial transcriptomics, spatial immunoreceptor profiling	machine learning	RNA sequencing data	一组局部晚期或转移性基底细胞癌患者，以及更大的胶质母细胞瘤、黑色素瘤和头颈部鳞状细胞癌患者队列
1016	2025-05-08	Deconvolution of spatial transcriptomics data via graph contrastive learning and partial least square regression 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf052 PMID:39924717	研究论文	提出了一种基于图对比学习和偏最小二乘回归的方法CLPLS，用于解卷积空间转录组数据	CLPLS能够整合空间转录组数据和单细胞多组学数据，探索空间表观基因组异质性	未明确提及具体局限性	提高空间转录组数据的解卷积精度，揭示组织内细胞异质性的空间结构	空间转录组数据和单细胞多组学数据	生物信息学	NA	空间转录组测序、单细胞多组学测序	图对比学习、偏最小二乘回归	基因表达数据、染色质可及性数据	模拟数据集和来自不同平台的真实数据集
1017	2025-05-08	Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood 2024-09-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092 PMID:39113621	研究论文	本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，特别是在头颈部鳞状细胞癌患者中	研究发现，可以通过外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据推断肿瘤微环境中免疫细胞的组成和基因表达谱，并发现耗竭T细胞特征可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物	研究样本量有限，需要更大规模的研究进一步验证	探索从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的方法及其在癌症免疫治疗中的应用	头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两个数据集的头颈部鳞状细胞癌患者样本
1018	2025-05-08	Senescence of human pancreatic beta cells enhances functional maturation through chromatin reorganization and promotes interferon responsiveness 2024-Jun-24, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae313 PMID:38682582	研究论文	研究人类胰腺β细胞的衰老如何通过染色质重组增强功能成熟并促进干扰素反应性	揭示了p16阳性β细胞的衰老状态如何通过染色质重组激活功能成熟基因的增强子，从而增强胰岛素分泌能力，并首次发现这些细胞中干扰素刺激基因的升高	研究主要基于体外培养的β样细胞和单细胞转录组数据，未在体内模型中验证这些发现	探究人类胰腺β细胞衰老对其功能成熟和干扰素反应性的影响	人类胰腺β细胞	细胞生物学	糖尿病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	成人人类胰腺β细胞的单细胞转录组数据集
1019	2025-05-08	Cabergoline targets multiple pathways to inhibit PRL secretion and increases stromal fibrosis 2024-Jun-05, European journal of endocrinology IF:5.3Q1 DOI:10.1093/ejendo/lvae055 PMID:38781434	研究论文	通过单细胞RNA测序分析卡麦角林治疗和未治疗的泌乳素瘤的细胞组成和转录景观，揭示卡麦角林抑制PRL分泌及增加间质纤维化的多途径机制	首次描述了卡麦角林治疗后CD8+ T细胞的未知激活，这可能在其抗肿瘤作用中发挥作用	样本量较小（仅5例手术切除的泌乳素瘤）	揭示多巴胺激动剂治疗在人类泌乳素瘤肿瘤及邻近间质和免疫细胞中的潜在机制	3例卡麦角林治疗患者和2例未治疗患者的5例手术切除泌乳素瘤	单细胞转录组学	泌乳素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	5例手术切除的泌乳素瘤（3例治疗，2例未治疗）
1020	2025-05-08	Single-cell Transcriptome Analysis Identifies Senescent Osteocytes as Contributors to Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-Mar-14, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4047486/v1 PMID:38558984	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了衰老骨细胞在乳腺癌骨转移中促进骨破坏的作用	首次发现乳腺癌骨转移中的骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移中骨微环境重编程对骨细胞的影响	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell RNA sequencing, multiplex hybridization, AI-assisted analysis	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和乳腺癌骨转移患者样本