单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
981	2025-05-14	Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis 2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.590827 PMID:38712255	研究论文	本文提出了一种名为ONTraC的策略，用于通过基于图神经网络的建模框架构建微环境轨迹，以分析组织微环境中的空间连续变化	ONTraC是一种新的计算方法，优于现有方法在重建空间轨迹方面的表现，并能检测组织微环境依赖的基因调控网络和细胞间相互作用活动的变化	NA	开发一种计算方法来系统表征组织微环境的结构和功能组织	组织微环境的空间连续变化	计算生物学	NA	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	公共空间转录组数据集
982	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能失调特征	首次利用scRNA-seq技术对T2DM患者PBMCs进行转录组分析，揭示了免疫细胞的异常功能和潜在分子机制	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索T2DM患者外周血免疫细胞的功能异常及其分子机制	2型糖尿病患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	digital pathology	diabetes mellitus	scRNA-seq, Ficoll密度梯度离心法	NA	RNA-seq数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
983	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing highlights the influence of innate and adaptive immune response mechanisms in psoriatic arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1490051 PMID:40084238	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了银屑病关节炎（PsA）患者与健康对照之间以及不同PsA临床表型之间的基因表达差异	首次在单细胞水平上比较了伴有和不伴有皮肤银屑病的PsA患者的免疫细胞基因表达谱，揭示了先天和适应性免疫反应机制的差异	未发现PsA-only和PsA/PsC患者之间的差异表达基因，样本量相对有限（70例患者和10例对照）	探索PsA患者不同临床表型与免疫发病机制之间的关联	银屑病关节炎患者（70例）和健康对照（10例）的外周血单个核细胞	单细胞组学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNAseq），BD Rhapsody™单细胞分析系统	差异表达分析（DE），基因集富集分析（GSEA）	单细胞转录组数据	80例（70例PsA患者和10例健康对照）
984	2025-05-13	The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis 2024-12, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363 PMID:39299134	research paper	通过生物信息学分析揭示干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	首次揭示干燥综合征与复发性流产共享生物学通路，并鉴定出关键基因KCNN3	研究基于公开数据库数据，需进一步实验验证	探索干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	干燥综合征和复发性流产患者的基因数据	生物信息学	干燥综合征, 复发性流产	WGCNA, limma分析, 单细胞RNA测序, ceRNA网络构建	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的样本数据
985	2025-05-13	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制	发现低表达或不表达雄激素受体（AR）的细胞亚群具有显著的转录反应，并证实其在体内外对恩杂鲁胺的耐药性	研究仅基于LNCaP细胞系，未涵盖其他前列腺癌细胞系或临床样本	探索前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制及潜在治疗策略	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的AR+和AR-细胞亚群
986	2025-05-13	SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.607856 PMID:39229036	研究论文	本文揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次报道SUV39H1在GSCs维持中的关键作用，并展示其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其治疗潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的GSCs和胶质母细胞瘤样本
987	2025-05-13	Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression 2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England) DOI:10.1186/s13014-024-02472-z PMID:38926892	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示辐射后皮肤成纤维细胞亚群的变化及caveolin表达的变异性	首次在辐射诱导纤维化（RIF）中识别出成纤维细胞亚群的特定变化及Cav1与Cav2的拮抗作用	样本量较小（仅6例患者），且仅针对乳腺癌术后重建患者的皮肤样本	探究辐射损伤后皮肤纤维化的细胞机制	辐射与非辐射的人类皮肤样本	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序（10X平台）、组织学评估、免疫组化、生物力学测试	Seurat聚类分析、SingleR分类器	单细胞转录组数据、组织学图像	6例女性患者的配对辐射/非辐射皮肤样本
988	2025-05-13	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	research paper	该研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何通过调节免疫微环境来影响肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过NAD+代谢节律调控炎症反应基因的时间依赖性表达，揭示了CCL2在生物钟依赖的干细胞-中性粒细胞互作中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类肌肉再生中的类似机制仍需验证	探索生物钟调控肌肉干细胞免疫调节功能的分子机制	肌肉干细胞及其免疫微环境	细胞生物学	肌肉损伤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
989	2025-05-13	scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003 PMID:38224933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了文昌鱼脊索细胞的基因表达特征，并发现脊索中存在优先表达的肌原纤维基因	研究仅关注文昌鱼脊索细胞，未与其他脊索动物进行直接比较	解析脊索细胞的组成和功能，为理解脊索动物的起源和进化提供证据	文昌鱼脊索细胞	基因组学	NA	Iso-seq分析, 单细胞RNA-seq分析, 原位杂交(ISH)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
990	2025-05-13	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的作用	揭示了中性粒细胞通过FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜细胞再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	阐明心脏再生早期事件中的关键细胞类型和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的中性粒细胞和心外膜细胞	再生医学	心血管疾病	scRNA-seq分析	斑马鱼心脏损伤模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了1 dpa（损伤后1天）的中性粒细胞进行scRNA-seq分析
991	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
992	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
993	2025-05-12	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并采用Cross-WSI Transformer模块高效捕获跨WSI的斑点关系	未明确提及具体局限性	开发一种更准确预测空间转录组学数据的深度学习方法	结直肠癌组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集（具体数量未提及）
994	2025-05-12	HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122 PMID:40039180	research paper	提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法	首次将超维计算应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，提高了分类准确性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性	单细胞RNA测序数据	genomics	NA	scRNA-seq, 超维计算	QuantHD	基因表达数据	多个数据集（具体数量未提及）
995	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测，研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较数据有限	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制	小鼠输卵管组织及输卵管液	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	不同交配后时间点(0.5/1.5/2.5 dpc)的小鼠远端和近端输卵管组织
996	2025-05-11	MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000532 PMID:39992088	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤细胞粘附分子（MCAM）在慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌（HCC）患者中的表达，并评估了可溶性MCAM（sMCAM）作为预后血液生物标志物的潜力	首次提出sMCAM作为肝硬化和HCC的预后血液生物标志物，并证明其诊断性能与现有标志物相当	样本量相对较小，尤其是健康对照组仅有8例	评估sMCAM作为肝硬化和HCC预后血液生物标志物的潜力	慢性肝病、肝硬化和HCC患者	生物标志物研究	肝硬化和肝细胞癌（HCC）	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	转录组数据和血浆样本	健康对照组8例，慢性肝病患者66例，肝硬化患者236例，HCC患者72例
997	2025-05-11	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本研究通过调节血肿瘤屏障的转录程序，改善了药物在胶质母细胞瘤中的递送并增强了化疗效果	发现了一个与血肿瘤屏障相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一过程中的核心作用，以及BIA作为血肿瘤屏障调节剂的双功能特性	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	提高胶质母细胞瘤化疗药物的递送效率	胶质母细胞瘤的血肿瘤屏障	肿瘤学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	小鼠模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据	患者来源的胶质母细胞瘤标本和小鼠模型
998	2025-05-11	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	通过单细胞分析鉴定了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次在肥胖相关哮喘中识别出具有CDC42上调的CD4+ T细胞亚型及其与类固醇抵抗的关联	研究未涉及这些T细胞亚型如何具体导致类固醇抵抗的机制	探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的异质性及其病理作用	肥胖相关哮喘患儿的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞样本
999	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	未明确提及具体的技术或应用限制	理解进化过程中的调控变化并将模型生物的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1000	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和基于串联和溯祖的方法进行物种树推断和界定，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并界定物种边界	Spirostomum属的纤毛虫	进化生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	25个物种群体(代表6个形态种)，37个群体样本和265个蛋白质编码基因