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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2026-03-14 |
Inferring cell differentiation maps from lineage tracing data
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.611835
PMID:39314473
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研究论文 | 本文介绍了一种基于潜能概念的细胞分化图数学框架,并开发了算法,用于从单细胞谱系追踪数据中推断最优细胞分化图 | 引入基于潜能概念的细胞分化图数学框架,开发算法平衡分化图复杂性与谱系树上未观察到的细胞类型转换数量,相比现有方法更准确地推断分化图 | NA | 推断细胞分化图,以描述多能细胞在发育过程中通过逐渐受限的祖细胞类型层次分化为特化细胞类型的过程 | 哺乳动物躯干发育模型和小鼠造血系统 | 机器学习 | NA | 单细胞谱系追踪技术 | NA | 单细胞谱系追踪数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 82 | 2026-03-14 |
Single-Cell Transcriptome Landscape and Cell Fate Decoding in Human Brain Organoids after Transplantation
2024-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402287
PMID:38711218
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术,探索了人脑类器官在移植到前额叶皮层和海马体后的细胞命运变化 | 首次在单细胞分辨率下系统揭示了人脑类器官移植后,其细胞命运如何受到宿主微环境(特别是前额叶皮层中多巴胺和乙酰胆碱的丰富表达)的调控,并随时间从神经发育转向胶质发育 | 研究主要基于体外实验和特定时间点的观察,移植后更长期的细胞命运稳定性、功能整合程度以及潜在的免疫排斥反应尚未充分阐明 | 阐明移植后人脑类器官的细胞命运决定机制,以增进对细胞移植和再生医学的理解 | 移植到小鼠前额叶皮层和海马体的人脑类器官 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 移植到不同脑区(前额叶皮层和海马体)并在不同时间点(移植后2个月和4个月)采集的人脑类器官样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 83 | 2026-03-14 |
GHCU, a Molecular Chaperone, Regulates Leaf Curling by Modulating the Distribution of KNGH1 in Cotton
2024-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202402816
PMID:38666376
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研究论文 | 本研究通过遗传定位和分子研究,鉴定了棉花叶片卷曲突变体cu中的关键基因GHCU,揭示了其通过调控KNGH1蛋白分布影响生长素响应水平,从而控制叶片扁平化的分子机制 | 首次在棉花中鉴定出GHCU作为分子伴侣调控叶片形态的关键基因,并阐明其通过促进KNGH1从近轴面向远轴面运输来影响生长素分布的新机制 | 研究主要基于自然突变体和模式植物烟草,在棉花中的功能验证和具体分子互作网络仍需进一步探索 | 探究棉花叶片形态建成的分子基础,特别是叶片卷曲性状的遗传调控机制 | 棉花自然突变体cu及其野生型,以及烟草作为模式植物 | 植物分子生物学 | NA | CRISPR基因编辑、单细胞RNA测序、时空转录组分析 | NA | 遗传数据、分子数据、转录组数据 | 未明确具体样本数量,涉及棉花突变体和烟草转基因材料 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 84 | 2026-03-14 |
Mgp High-Expressing MSCs Orchestrate the Osteoimmune Microenvironment of Collagen/Nanohydroxyapatite-Mediated Bone Regeneration
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308986
PMID:38588510
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了胶原/纳米羟基磷灰石骨修复材料周围骨免疫微环境的细胞图谱,并鉴定了一组高表达基质Gla蛋白(Mgp)的功能性间充质干细胞亚群 | 首次在单细胞水平结合空间转录组学描绘了骨修复材料植入后的骨免疫微环境动态图谱,并鉴定出Mgp高表达间充质干细胞(MgpMSCs)这一关键先驱亚群及其通过Mdk/Lrp1配体-受体对调控巨噬细胞极化的新机制 | 研究主要聚焦于早期骨再生阶段,长期效应及临床转化潜力仍需进一步验证 | 阐明生物材料介导的骨再生早期阶段中功能性间充质干细胞亚群的作用及其调控骨免疫微环境的分子机制 | 植入胶原/纳米羟基磷灰石骨修复材料后的小鼠骨修复区域细胞 | 数字病理学 | 骨科疾病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 85 | 2026-03-14 |
Multiome in the Same Cell Reveals the Impact of Osmotic Stress on Arabidopsis Root Tip Development at Single-Cell Level
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308384
PMID:38634607
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学技术,研究了渗透胁迫对拟南芥根尖发育的影响,并重建了转录调控网络 | 首次在单细胞水平同时捕获基因表达和染色质可及性,并构建了高分辨率的转录调控网络,揭示了渗透胁迫下细胞异质性 | 数据整合仍存在挑战,且样本仅限于拟南芥根尖,可能不适用于其他植物或组织 | 研究渗透胁迫下拟南芥根尖发育的细胞特异性转录调控网络 | 拟南芥根尖细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞多组学(scRNA-seq和scATAC-seq) | 伪时间轨迹分析 | 单细胞基因表达和染色质可及性数据 | 16,670个拟南芥根尖细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 86 | 2026-03-13 |
Single-cell sequencing analysis and bulk-seq identify IGFBP6 and TNFAIP6 as novel differential diagnosis markers for postburn pathological scarring
2024-12, Burns : journal of the International Society for Burn Injuries
IF:3.2Q1
DOI:10.1016/j.burns.2024.08.021
PMID:39317554
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和批量测序分析,鉴定出IGFBP6和TNFAIP6作为烧伤后病理性瘢痕(如瘢痕疙瘩和增生性瘢痕)的差异诊断标志物 | 首次在细胞水平利用单细胞测序技术结合批量测序,识别出IGFBP6和TNFAIP6作为区分烧伤后瘢痕疙瘩和增生性瘢痕的新型分子诊断标志物 | 研究样本来自单一中心,可能限制结果的普适性;未详细说明单细胞测序平台的具体技术细节 | 识别分子诊断生物标志物以区分烧伤后瘢痕疙瘩和增生性瘢痕 | 烧伤后病理性瘢痕(瘢痕疙瘩和增生性瘢痕)的临床样本 | 数字病理学 | 烧伤后病理性瘢痕 | 单细胞测序, 批量RNA测序, 差异表达分析, 加权基因共表达网络分析, 基因集富集分析, 免疫组织化学染色, 定量逆转录PCR | NA | 基因表达数据, 单细胞数据, 批量测序数据 | 未明确指定样本数量,但包括来自研究中心的烧伤后临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 87 | 2026-03-13 |
[Revealing research progress for immunological characteristics of chronic hepatitis B applying single-cell RNA sequencing technology]
2024-Nov-20, Zhonghua gan zang bing za zhi = Zhonghua ganzangbing zazhi = Chinese journal of hepatology
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综述 | 本文综述了应用单细胞RNA测序技术研究慢性乙型肝炎免疫学特征的最新进展 | 系统总结了新兴的单细胞RNA测序技术在揭示慢性乙型肝炎免疫细胞转录组细微变化方面的应用进展 | NA | 探索慢性乙型肝炎的免疫发病机制及潜在治疗靶点 | 慢性乙型肝炎患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 88 | 2026-03-13 |
Dynamically visualizing profibrotic maladaptive repair after acute kidney injury by fibroblast activation protein imaging
2024-11, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.07.015
PMID:39098582
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研究论文 | 本文通过成纤维细胞激活蛋白(FAP)成像技术,动态可视化急性肾损伤后的促纤维化适应性不良修复过程 | 首次将FAP特异性PET/CT成像用于非侵入性动态评估急性肾损伤后的适应性不良修复,并预测肾纤维化 | 研究主要基于动物模型和有限患者样本,临床广泛应用前需进一步验证 | 开发非侵入性工具以评估器官损伤后的促纤维化适应性不良修复过程 | 急性肾损伤(AKI)患者和AKI小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色分析、PET/CT扫描 | NA | 图像、序列数据 | 患者活检样本和AKI小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序、PET/CT成像 | NA | NA |
| 89 | 2026-03-13 |
Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy
2024-Oct-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459
PMID:38742767
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研究论文 | 本研究揭示了血管周围NOTCH3+干细胞驱动脑膜瘤发生和放疗抵抗的作用机制 | 首次在人、狗和小鼠的脑膜瘤中发现并证实了血管周围NOTCH3+干细胞的保守存在及其在肿瘤发生和放疗抵抗中的关键驱动作用 | 研究主要基于基因工程小鼠模型和异种移植模型,临床转化效果需进一步验证 | 探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型与信号机制 | 脑膜瘤(来自人类、狗和小鼠) | 肿瘤生物学 | 脑膜瘤 | 单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术 | 基因工程小鼠模型、异种移植模型 | 转录组数据、图像数据 | 跨物种(人、狗、小鼠)的脑膜瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 90 | 2024-08-07 |
B-cell repertoire and functions in idiopathic nephrotic syndrome: what to learn from single-cell RNA sequencing?
2024-10, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.05.032
PMID:38977075
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2026-03-13 |
Integrated Single-Cell RNA-seq and ATAC-seq Reveals Heterogeneous Differentiation of CD4+ Naive T Cell Subsets is Associated with Response to Antidepressant Treatment in Major Depressive Disorder
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308393
PMID:38867657
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和ATAC测序,揭示了CD4+初始T细胞亚群的异质性分化与重度抑郁症患者对抗抑郁治疗反应之间的关联 | 首次结合单细胞RNA-seq和ATAC-seq技术,在MDD患者中识别出与治疗反应相关的特定激活CD4初始T细胞群体,并提出了ETS作为MAPK通路的上游调控因子 | 样本量相对较小(8名健康个体和8名MDD患者),且主要基于外周血单核细胞,可能无法完全反映中枢神经系统的免疫变化 | 探究重度抑郁症患者对抗抑郁治疗反应异质性的分子机制 | 重度抑郁症患者和健康个体的外周血单核细胞,特别是CD4+初始T细胞 | 单细胞组学 | 重度抑郁症 | 单细胞RNA测序, ATAC测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | 8名健康个体和8名MDD患者用于单细胞测序,另有一个独立队列包括35名患者和40名健康个体用于流式细胞术验证 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 92 | 2026-03-13 |
Single-Cell Spatial Transcriptomics Unveils Platelet-Fueled Cycling Macrophages for Kidney Fibrosis
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308505
PMID:38838052
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研究论文 | 本研究揭示了血小板通过THBS1信号调控一种新型“循环M2”巨噬细胞亚群,从而驱动肾脏纤维化的机制 | 首次结合单细胞和空间转录组技术,在肾脏损伤修复过程中鉴定出由血小板信号调控的、兼具M2表型与增殖活性的新型“循环M2”巨噬细胞亚群,并阐明其促纤维化作用 | 研究主要基于小鼠缺血/再灌注损伤模型,在人类肾脏疾病中的普适性仍需进一步验证;血小板THBS1信号下游的具体分子通路尚未完全解析 | 探究血小板在肾脏损伤后修复过程中的具体作用及其促进急性肾损伤向慢性肾病转变的机制 | 小鼠肾脏缺血/再灌注损伤模型中的免疫细胞(重点关注血小板和巨噬细胞) | 空间转录组学 | 肾脏疾病 | 单细胞转录组测序,空间转录组技术 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 93 | 2026-03-13 |
Deep Batch Integration and Denoise of Single-Cell RNA-Seq Data
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308934
PMID:38778573
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DeepBID的新型深度学习方法,用于同时进行单细胞RNA测序数据的批次效应校正、非线性降维、嵌入和细胞聚类 | DeepBID采用基于负二项分布的自动编码器,结合双重Kullback-Leibler散度损失函数,在一致的低维潜在空间中对齐不同批次的细胞点,并通过迭代聚类逐步减轻批次效应 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序数据集成和去噪方法,以消除批次效应,确保数据的准确解释和全面分析 | 单细胞转录组数据集,特别是来自不同实验室或scRNA-seq协议的相同组织或细胞系的数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 94 | 2026-03-13 |
A Cell Cycle-Aware Network for Data Integration and Label Transferring of Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401815
PMID:38887194
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研究论文 | 本文开发了一种细胞周期感知网络(CCAN),用于在整合单细胞多组学数据时去除细胞周期效应,同时保留细胞类型特异性变异 | 这是首个研究单细胞多组学数据整合中细胞周期效应的计算模型 | NA | 研究单细胞多组学数据整合中的细胞周期效应,并开发去除该效应的方法 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | 细胞周期感知网络(CCAN) | 单细胞多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 95 | 2026-03-13 |
Patient-Derived Tumor Organoids Combined with Function-Associated ScRNA-Seq for Dissecting the Local Immune Response of Lung Cancer
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400185
PMID:38896792
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研究论文 | 本研究开发了一种结合患者来源的肺癌类器官和功能关联单细胞RNA测序的平台,用于解析肺癌局部免疫微环境对免疫治疗的动态响应 | 开发了功能关联单细胞RNA测序平台,可在单个类器官水平同时进行表型评估和scRNA-seq,并利用该平台揭示了患者来源的肺癌类器官保留了亲本肿瘤组织的免疫微环境异质性 | 研究样本量相对较小,仅来自7名患者,且为体外模型研究 | 解析肺癌局部肿瘤免疫微环境对免疫检查点阻断治疗的动态响应 | 患者来源的原发性肺癌类器官及其中的浸润免疫细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自7名患者的171个个体pLCOs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 功能关联单细胞RNA测序平台 |
| 96 | 2026-03-13 |
Sexually Dimorphic Response to Hepatic Injury in Newborn Suffering from Intrauterine Growth Restriction
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403095
PMID:38867614
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了宫内生长受限(IUGR)新生仔猪肝脏损伤的性别依赖性模式,并探索了ApoA4作为新型生物标志物的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序创建IUGR仔猪肝脏细胞图谱,揭示了性别依赖性的损伤反应机制,并发现ApoA4在雄性中的保护性作用 | 研究仅使用仔猪模型,结果向人类转化的适用性需进一步验证;样本量可能有限 | 探究IUGR诱导的肝脏损伤的性别依赖性分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 宫内生长受限(IUGR)的新生仔猪 | 单细胞组学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 来自同一胎的仔猪(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 97 | 2026-03-13 |
Identification and Characterization of Metastasis-Initiating Cells in ESCC in a Multi-Timepoint Pulmonary Metastasis Mouse Model
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401590
PMID:38864342
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研究论文 | 本研究通过多时间点肺转移小鼠模型,利用单细胞RNA测序技术识别并表征了食管鳞状细胞癌(ESCC)中的转移起始细胞(MICs)及其特征基因 | 首次在多时间点肺转移小鼠模型中,结合单细胞RNA测序识别了ESCC的转移起始细胞(MICs),并定义了一组7个转移起始特征基因(MIS),包括CD44和TACSTD2,用于预测临床预后 | 研究基于小鼠模型和有限细胞系(KYSE30),可能无法完全反映人类ESCC的异质性;临床样本验证仅限于部分MIS基因 | 探究食管鳞状细胞癌(ESCC)肺转移的早期微环境及转移起始细胞的特性 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞系(KYSE30)及临床样本 | 单细胞组学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),多重免疫组化(mIHC) | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫组化图像数据 | 小鼠模型中的ESCC细胞及临床ESCC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 98 | 2026-03-13 |
TRIM24 Cooperates with Ras Mutation to Drive Glioma Progression through snoRNA Recruitment of PHAX and DNA-PKcs
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202400023
PMID:38828688
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研究论文 | 本研究揭示了表观遗传调控因子TRIM24与Ras突变协同驱动胶质瘤进展的机制,通过snoRNA招募PHAX和DNA-PKcs促进上皮样胶质母细胞瘤转化 | 首次发现TRIM24在胶质瘤进展中的驱动作用,并阐明其通过U3 snoRNA招募DNA-PKcs导致TRIM24磷酸化的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,临床样本验证相对有限,且治疗策略的临床转化潜力尚需进一步评估 | 探究胶质瘤进展的表观遗传调控机制,并寻找潜在治疗靶点 | 胶质瘤细胞、人类神经干细胞、临床上皮样胶质母细胞瘤标本 | 肿瘤生物学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 临床上皮样胶质母细胞瘤标本及实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 99 | 2026-03-13 |
Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202308556
PMID:38810140
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研究论文 | 本研究通过生成胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞染色质可及性与基因表达图谱,揭示了WT1突变在足细胞发育中的关键调控路径 | 首次结合单细胞染色质可及性图谱与基因表达图谱,利用患者来源的iPSCs生成肾脏类器官模型,并通过CRISPR-Cas9基因编辑验证WT1突变的功能重要性 | 研究仅针对一种WT1杂合错义突变,可能未涵盖所有WT1突变类型的影响 | 阐明WT1在足细胞发育中的表观基因组机制及其突变导致的疾病作用 | 胎儿肾脏、肾脏类器官以及携带WT1杂合错义突变患者的诱导多能干细胞(iPSCs) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 单细胞染色质可及性数据、基因表达数据 | 胎儿肾脏和肾脏类器官样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 100 | 2026-03-13 |
Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202404151
PMID:38785168
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性膜性肾病(PMN)患者和健康对照的肾脏活检样本,揭示了足细胞中补体诱导的BMP2/pSMAD1/COL4通路是PMN的关键致病途径,并描述了免疫细胞的浸润和激活情况 | 首次在PMN中通过单细胞RNA测序识别出足细胞的补体诱导BMP2/pSMAD1/COL4通路,连接了补体系统激活和肾小球基底膜增厚两个关键事件,并详细描绘了免疫细胞的精细互作 | 样本量相对较小(11例患者和7例对照),且为横断面研究,无法确定因果关系 | 探究原发性膜性肾病的潜在病理机制,特别是足细胞和免疫细胞的作用 | 原发性膜性肾病患者的肾脏活检样本和健康对照样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 11例PMN患者和7例健康对照,共分析44,060个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |