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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
81 2026-01-14
Myeloid-Mas Signaling Modulates Pathogenic Crosstalk among MYC+CD63+ Endothelial Cells, MMP12+ Macrophages, and Monocytes in Acetaminophen-Induced Liver Injury
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序、空间转录组学和活体成像技术,揭示了骨髓细胞-Mas信号在调节对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中MYC+CD63+内皮细胞、MMP12+巨噬细胞和单核细胞之间致病性串扰的作用 首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和长时间活体成像,系统解析了骨髓细胞-Mas信号在AILI微环境中的调控机制,并在患者样本中验证了其临床相关性 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需扩大规模;Mas信号的具体下游效应分子机制有待进一步阐明 阐明对乙酰氨基酚诱导的肝损伤中微环境的细胞互作和分子机制 Mas1缺陷小鼠和对乙酰氨基酚诱导的肝损伤患者样本 单细胞组学 肝损伤 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 活体成像 NA 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 影像数据 Mas1缺陷小鼠模型和急性肝衰竭患者样本 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
82 2026-01-14
CIRI-Deep Enables Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis of Circular RNAs with Deep Learning
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文介绍了一种名为CIRI-deep的深度学习模型,用于在单细胞和空间转录组数据中全面预测环状RNA的调控 开发了首个能够处理单细胞和空间转录组数据的深度学习模型,专门用于环状RNA的全面预测和调控分析 未在摘要中明确提及具体限制 解决单细胞和空间转录组技术在环状RNA分析中的效率限制,扩展环状RNA研究的应用范围 环状RNA及其在单细胞和空间转录组数据中的调控事件 机器学习 NA RNA-seq 深度学习 RNA-seq数据 基于2500万个高置信度环状RNA调控事件的数据集 NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
83 2026-01-14
Quantifying Landscape-Flux via Single-Cell Transcriptomics Uncovers the Underlying Mechanism of Cell Cycle
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究基于单细胞RNA速度重建细胞周期的连续向量场,量化单细胞全局非平衡动态景观-通量,揭示细胞周期调控机制 首次将景观-通量理论与单细胞转录组数据结合,量化细胞周期启动的基本能量成本,并识别维持细胞周期动力学的关键基因 方法主要基于转录组数据,可能未完全捕捉蛋白质水平或其他层面的调控机制 理解细胞周期的转录调控机制和驱动力量 细胞周期过程 单细胞转录组学 NA 单细胞RNA测序 向量场模型 单细胞转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
84 2026-01-14
Distribution-Agnostic Deep Learning Enables Accurate Single-Cell Data Recovery and Transcriptional Regulation Interpretation
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文提出了一种名为Bis的分布无关深度学习模型,用于准确恢复单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 Bis模型基于最优传输的自编码器架构,无需严格数据假设,能捕获复杂数据分布,并通过批量RNA测序数据引导重建以确保表达一致性 未明确提及模型在极端稀疏数据或跨物种应用中的局限性 开发一种能准确恢复单细胞RNA测序数据中缺失表达值的深度学习模型,以提升下游分析效果 单细胞RNA测序数据,包括模拟数据集、真实数据集以及头颈鳞状细胞癌微环境中的罕见细胞亚群 机器学习 头颈鳞状细胞癌 单细胞RNA测序,批量RNA测序 基于最优传输的自编码器 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 NA NA
85 2026-01-14
NAMPT-Driven M2 Polarization of Tumor-Associated Macrophages Leads to an Immunosuppressive Microenvironment in Colorectal Cancer
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究探讨了NAMPT在结直肠癌肿瘤相关巨噬细胞M2极化中的作用及其对免疫抑制微环境的影响 首次利用单细胞RNA测序数据揭示NAMPT在SPP1肿瘤相关巨噬细胞中的高表达,并发现其与预后不良相关,同时通过小鼠模型证明NAMPT缺失可改变巨噬细胞极化状态并增强抗肿瘤免疫 研究主要基于小鼠模型和单细胞测序数据,人类样本验证有限,且NAMPT靶向治疗策略的临床转化潜力尚未在人体试验中证实 探究NAMPT在结直肠癌肿瘤微环境中对巨噬细胞极化和免疫调节的作用机制 结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs) 单细胞组学 结直肠癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq) NA 单细胞转录组数据 未明确说明样本数量,但涉及小鼠模型和人类结直肠癌患者数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
86 2026-01-14
Identification of Potent siRNA Delivery Peptides Using Computer Modeling
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本文介绍了一种基于计算机建模和单细胞RNA测序的筛选程序,用于识别有效的siRNA递送肽 结合计算机建模和单细胞RNA测序进行多阶段筛选,以识别具有理想组装、递送能力和体内组织安全性的siRNA递送肽 NA 开发基于肽的RNA干扰疗法,用于siRNA递送 siRNA递送肽 机器学习 肺癌 单细胞RNA测序 计算机建模 序列数据 包含12个氨基酸的文库 NA 单细胞RNA-seq NA NA
87 2026-01-14
Melanoma Derived Exosomes Amplify Radiotherapy Induced Abscopal Effect via IRF7/I-IFN Axis in Macrophages
2024-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究揭示了黑色素瘤来源的外泌体通过circPIK3R3/miR-872-3p/IRF7轴促进巨噬细胞分泌I型干扰素,从而增强放疗诱导的远隔效应 首次发现肿瘤来源外泌体携带的circPIK3R3通过调控巨噬细胞IRF7/I-IFN轴介导放疗远隔效应的分子机制 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;机制研究多依赖体外实验 探究放疗诱导肿瘤远隔效应的详细分子机制 黑色素瘤荷瘤小鼠模型(皮下肿瘤和肺转移灶) 肿瘤免疫学 黑色素瘤 单细胞RNA测序、免疫荧光、流式细胞术、荧光素酶报告基因、RNA Pull-down、荧光原位杂交 小鼠肿瘤模型 单细胞转录组数据、成像数据、流式数据 荷瘤小鼠模型(具体数量未明确说明) NA 单细胞RNA-seq NA NA
88 2026-01-14
Spatial Transcriptomic and Metabolomic Landscapes of Oral Submucous Fibrosis-Derived Oral Squamous Cell Carcinoma and its Tumor Microenvironment
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究整合空间转录组学和空间代谢组学技术,揭示了口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的口腔鳞状细胞癌(OSCC)及其肿瘤微环境中的细胞空间分布、转录组和代谢组景观 首次在OSF衍生的OSCC组织中,利用空间多组学技术揭示了部分癌细胞在原位癌区域经历部分上皮-间质转化(pEMT),获得成纤维细胞样表型并参与胶原沉积,同时发现了异常的聚胺代谢在促进肿瘤发生和免疫逃逸中的关键作用 研究样本可能有限,且空间多组学技术的分辨率或覆盖范围可能存在技术限制,需要进一步验证和扩展研究 探究OSF恶性转化为OSCC的具体分子机制,包括细胞表型变化、肿瘤微环境相互作用及代谢重编程 OSF衍生的OSCC组织样本,包括癌细胞、成纤维细胞和免疫细胞 空间多组学 口腔鳞状细胞癌 空间转录组学(ST)、空间代谢组学(SM) NA 空间转录组数据、空间代谢组数据 NA NA 空间转录组学、空间代谢组学 NA NA
89 2026-01-14
Single-Cell Sequencing Reveals Functional Alterations in Tuberculosis
2024-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究开发了一个整合单细胞RNA测序和细胞表面抗体测序的新技术平台,以揭示结核病患者免疫细胞功能异质性 开发了一个整合基因组和表型信息的新技术平台,首次在结核病研究中同时分析单细胞转录组和表面抗体序列 样本量相对较小,仅基于外周血单个核细胞,未涉及组织特异性免疫反应 阐明结核分枝杆菌与人类免疫细胞相互作用的功能异质性,以确定宿主免疫强度和结核病结局 原发性结核病患者和健康对照者的外周血单个核细胞 单细胞测序 结核病 单细胞RNA测序, 细胞表面抗体测序 NA 单细胞转录组数据, 抗体序列数据 23,990个外周血单个核细胞,来自新队列的原发性结核病患者和健康对照 NA 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 NA NA
90 2026-01-13
NK cells with adhesion defects and reduced cytotoxic functions are associated with a poor prognosis in multiple myeloma
2024-09-19, Blood IF:21.0Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了多发性骨髓瘤患者中NK细胞的转录组变化及其与不良预后的关联 首次在多发性骨髓瘤中通过单细胞RNA测序系统描绘了NK细胞的转录组景观,并鉴定出具有粘附缺陷和细胞毒性功能降低的CD16/CD226低表达NK细胞亚群与患者生存期缩短相关 样本量相对较小(10例患者),且为回顾性队列分析,需要更大规模的前瞻性研究验证 探究多发性骨髓瘤患者中NK细胞的表型和功能变化及其临床意义 多发性骨髓瘤患者和健康对照者的NK细胞 单细胞组学 多发性骨髓瘤 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 10例多发性骨髓瘤患者和10例年龄/性别匹配的健康对照者进行单细胞测序;177例患者进行回顾性队列分析 NA 单细胞RNA-seq NA NA
91 2026-01-13
Identification of Hypoxia-ALCAMhigh Macrophage- Exhausted T Cell Axis in Tumor Microenvironment Remodeling for Immunotherapy Resistance
2024-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过整合bulk、单细胞和空间转录组学,揭示了肿瘤微环境中缺氧诱导的ALCAM高表达巨噬细胞与耗竭CD8 T细胞轴在免疫治疗抵抗中的作用机制 首次在单细胞分辨率和空间架构下系统描绘缺氧景观,并发现由恶性细胞、ALCAM巨噬细胞和耗竭CD8 T细胞组成的缺氧介导细胞间通讯枢纽 研究主要基于转录组学数据,缺乏蛋白质水平验证;临床前模型结果需在人体临床试验中进一步证实 探究肿瘤微环境中缺氧导致免疫治疗抵抗的细胞适应性机制 肿瘤微环境中的恶性细胞、巨噬细胞和CD8 T细胞 数字病理学 癌症 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq NA 转录组数据 NA NA 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 NA NA
92 2026-01-13
Astaxanthin Alleviates Autoimmune Hepatitis by Modulating CD8+ T Cells: Insights From Mass Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analyses
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究探讨了虾青素通过调节CD8+ T细胞来缓解自身免疫性肝炎的作用机制 结合质谱流式细胞术和单细胞RNA测序技术,首次系统分析了虾青素在自身免疫性肝炎中对CD8+ T细胞数量和功能的调控作用 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性尚需进一步验证 探究虾青素在自身免疫性肝炎中的作用及其对免疫微环境的调控机制 自身免疫性肝炎小鼠模型 数字病理学 自身免疫性肝炎 质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据, 质谱流式数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
93 2026-01-13
Targeting Adenosine A2b Receptor Promotes Penile Rehabilitation of Refractory Erectile Dysfunction
2024-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序和动物模型,揭示了腺苷A2b受体在促进难治性勃起功能障碍阴茎康复中的作用机制 首次利用单细胞RNA测序技术分析人类海绵体,并结合多种腺苷受体敲除小鼠模型,明确了A2b受体在腺苷诱导勃起中的关键作用 研究主要基于动物模型,人类临床样本的应用有限,且难治性ED模型的复杂性可能影响结果的普适性 探究腺苷及其特定受体亚型在促进阴茎康复中的机制,以开发难治性勃起功能障碍的新治疗策略 人类海绵体组织、腺苷脱氨酶和腺苷受体敲除小鼠、原代海绵体平滑肌细胞以及三种大鼠难治性ED模型 单细胞测序 勃起功能障碍 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 人类海绵体样本、多种敲除小鼠模型及三种大鼠ED模型 NA 单细胞RNA-seq NA NA
94 2026-01-13
The relationship between psoriasis and vitiligo: From a comprehensive study
2024-Jul, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3
研究论文 本研究通过病例报告、转录组测序和孟德尔随机化分析,探讨了银屑病与白癜风之间的关联,发现两者可能与免疫密切相关,但无因果关系的证据 结合单细胞转录组测序和孟德尔随机化分析,首次从多角度系统评估银屑病与白癜风的免疫关联和因果关系 孟德尔随机化分析基于欧洲人群数据,可能不适用于其他种族;样本量相对有限,特别是单细胞测序仅针对一例患者 探究银屑病与白癜风之间是否存在因果关系 银屑病和白癜风患者,包括一例中国患者和欧洲人群GWAS数据 数字病理学 皮肤病 转录组测序, 单细胞转录组测序, 孟德尔随机化分析 NA 转录组数据, 单细胞转录组数据, GWAS数据 一例中国患者(皮肤组织样本),以及来自IEU Open GWAS Project和NIH数据库的261,018名欧洲个体(包括4,510名银屑病患者和4,680名白癜风患者) NA 单细胞RNA-seq, 转录组测序 NA NA
95 2026-01-13
A comprehensive database of exosome molecular biomarkers and disease-gene associations
2024-02-15, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本研究开发了一个全面的外泌体核酸生物标志物和疾病-基因关联数据库ExMdb,整合了已发表文献和高通量数据集 首次构建了系统整合外泌体核酸生物标志物、疾病-基因关联和高通量测序数据的综合数据库,并进行了全面的生物信息学分析 数据库主要基于已发表数据,缺乏实验验证;癌症相关外泌体核酸的系统研究仍面临挑战 建立外泌体生物标志物数据库,研究复杂疾病的调控机制并促进诊断和治疗生物标志物的开发 外泌体核酸生物标志物、疾病-基因关联、高通量测序数据 生物信息学 癌症 RNA-seq, scRNA-seq NA 文本数据、测序数据 4586个实验支持的基因-疾病关联、13768个诊断和治疗生物标志物、312049个核酸亚细胞定位、164个高通量数据集 NA bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq NA NA
96 2026-01-13
A single cell RNAseq benchmark experiment embedding "controlled" cancer heterogeneity
2024-02-02, Scientific data IF:5.8Q1
研究论文 本文介绍了一个基于10X Genomics scRNA-seq的实验,通过使用表达七种不同驱动基因的肺癌细胞系,创建了一个受控的异质性环境,旨在为分析癌症异质性的方法提供基准数据集 利用表达特定驱动基因的肺癌细胞系构建了一个受控的异质性scRNA-seq基准数据集,为癌症异质性分析方法提供了验证框架 NA 为癌症异质性分析方法的开发和验证提供基准数据集 肺癌细胞系 数字病理学 肺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞RNA测序数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq 10x Chromium NA
97 2026-01-11
Clinically unfavorable transcriptome subtypes of non-WNT/non-SHH medulloblastomas are associated with a predominance in proliferating and progenitor-like cell subpopulations
2024-06-07, Acta neuropathologica IF:9.3Q1
研究论文 本研究通过反卷积分析揭示了非WNT/非SHH髓母细胞瘤中与临床预后相关的转录组亚型与肿瘤内细胞亚群组成的关联 首次将单细胞RNA-seq参考数据集应用于Grp3/Grp4髓母细胞瘤的批量RNA谱反卷积分析,揭示了亚组特异性肿瘤细胞亚群与临床预后的关联 研究为回顾性分析,需要未来研究验证所识别细胞亚群的预后和治疗作用,且未对每个SGS MB单独应用单细胞技术 探究非WNT/非SHH髓母细胞瘤亚组中细胞组成异质性与其临床-分子多样性及预后的关系 非WNT/非SHH(Grp3/Grp4)髓母细胞瘤样本及其八个第二世代亚组(SGS I-VIII) 数字病理学 髓母细胞瘤 RNA反卷积分析,单细胞RNA-seq 反卷积分析模型 RNA-seq数据 NA NA 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq NA NA
98 2026-01-10
Neuroepithelial cell transforming 1 as a key regulator in non-small cell lung cancer: unveiling causal links and therapeutic potentials
2024-Nov-30, Translational cancer research IF:1.5Q4
研究论文 本研究通过生物信息学分析和实验室实验,探索了神经上皮细胞转化基因1(NET1)在非小细胞肺癌(NSCLC)进展中的关键调控作用及其治疗潜力 结合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和孟德尔随机化(MR)算法,首次揭示了NET1与NSCLC之间的因果关系,并验证了其在细胞增殖和抑制铁死亡中的作用,同时通过分子对接分析识别了潜在治疗化合物 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,缺乏体内动物模型或临床样本的进一步验证,且分子对接结果需实验确认 揭示NSCLC进展的分子机制,并探索潜在的治疗靶点和药物 非小细胞肺癌(NSCLC)相关基因和细胞过程 生物信息学 肺癌 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、孟德尔随机化(MR)、qRT-PCR、细胞活力测定、MDA检测、分子对接 NA 基因表达数据、细胞实验数据 未明确指定样本数量,但涉及非恶性肺组织和肿瘤的单细胞RNA测序数据 NA 单细胞RNA测序 NA NA
99 2026-01-09
Characterization of cell states in biliary tract cancers identifies mechanisms of therapeutic resistance in a phase II trial of DKN-01/nivolumab
2024-Oct-08, medRxiv : the preprint server for health sciences
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析胆道癌患者活检样本,鉴定了五种恶性细胞状态,并揭示了DKN-01/nivolumab联合治疗中免疫抑制机制与治疗抵抗的新见解 首次系统分类胆道癌中功能注释的细胞状态,并描述了神经样和内皮样状态在胆道癌中的新发现,这些状态在其他癌症中与治疗抵抗相关 研究为单臂二期临床试验,样本量有限,未观察到客观治疗反应,且机制分析基于配对活检,可能受样本异质性影响 探索胆道癌治疗抵抗机制,特别是针对DKN-01/nivolumab联合免疫疗法的失败原因 晚期胆道癌患者的配对治疗前和治疗中活检样本 数字病理学 胆道癌 scRNA-seq NA 单细胞RNA测序数据 二期临床试验中的患者配对活检样本(具体数量未在摘要中明确) NA 单细胞RNA-seq NA NA
100 2026-01-07
Altered AP-1, RUNX and EGR chromatin dynamics drive fibrotic lung disease
2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究通过多组学单核ATAC/RNA测序分析,揭示了AP-1、RUNX和EGR转录因子在纤维化肺病中的染色质动态变化及其对促纤维化基因程序的调控机制 首次使用神经网络工具ChromBPNet在单碱基对分辨率下推断转录因子结合,并开发新算法HALO确认AP-1、RUNX和EGR的活性,构建了TF-调控元件-基因网络 研究基于移植肺样本,可能无法完全反映疾病早期或动态变化,且样本量有限 探究纤维化肺病中成纤维细胞和巨噬细胞的转录调控机制 系统性硬化相关间质性肺病(SSc-ILD)患者和供体对照的肺组织 数字病理学 肺纤维化 单核ATAC-seq, 单核RNA-seq, 多组学分析 神经网络(ChromBPNet) 单细胞多组学数据 NA NA 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq NA NA
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