单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2024-12-06	SMART: spatial transcriptomics deconvolution using marker-gene-assisted topic model 2024-Dec-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03441-1 PMID:39623485	研究论文	本文介绍了一种名为SMART的空间转录组解卷积方法，通过标记基因辅助主题模型同时推断每个点的细胞类型特异性基因表达谱和细胞组成	SMART方法在现实环境中优于现有方法，并提供两阶段方法以增强对细胞亚型的性能	NA	开发一种新的空间转录组解卷积方法，以提高细胞类型特异性基因表达和细胞组成的推断精度	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达和细胞组成	生物信息学	NA	空间转录组学	主题模型	基因表达数据	多个数据集
942	2024-12-06	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders 2024-Dec-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04084-6 PMID:39623507	研究论文	研究了造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性，及其对骨髓移植和血液疾病的临床意义	揭示了造血干细胞中血小板偏向性的进化保守性，并探讨了其在骨髓移植和衰老相关血液疾病中的临床意义	讨论了当前方法学的局限性，并提出了未来研究方向以优化基于造血干细胞的治疗	探讨造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性对骨髓移植和血液疾病的影响	造血干细胞及其在骨髓移植和血液疾病中的作用	NA	血液疾病	单细胞RNA测序和分子条码技术	NA	NA	NA
943	2024-12-06	Prediction of Tumor-Associated Macrophages and Immunotherapy Benefits Using Weakly Supervised Contrastive Learning in Breast Cancer Pathology Images 2024-Dec, Journal of imaging informatics in medicine DOI:10.1007/s10278-024-01166-y PMID:38886290	研究论文	本文提出了一种结合对比学习和弱监督学习的方法，用于从乳腺癌病理图像中预测肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	本文首次将对比学习和弱监督学习应用于病理图像分析，以量化预测肿瘤浸润免疫细胞，特别是巨噬细胞的浸润水平	本文的实验主要基于乳腺癌数据，未来需要验证该方法在其他癌症类型中的适用性	研究旨在通过病理图像分析预测肿瘤免疫微环境中的免疫细胞浸润情况，以及评估免疫治疗效果	研究对象为乳腺癌病理图像中的肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	数字病理学	乳腺癌	对比学习	对比学习模型	图像	两个独立的乳腺癌队列和空间转录组数据
944	2024-12-06	Dynamic single-cell sequencing unveils the tumor microenvironment evolution of gastric cancer abdominal wall metastases during radiotherapy 2024-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16308 PMID:39327670	研究论文	研究了放射治疗对胃癌腹壁转移瘤微环境的影响，通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析了细胞组成和功能的变化	揭示了放射治疗期间胃癌腹壁转移瘤微环境中细胞组成和功能的动态变化，特别是免疫检查点基因的上调和T淋巴细胞的减少	仅基于一个患者的样本，结果的普适性有限	探讨放射治疗如何重塑胃癌腹壁转移瘤的微环境，以促进抗肿瘤免疫	胃癌腹壁转移瘤的微环境及其在放射治疗期间的动态变化	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	单细胞RNA数据，T细胞受体数据	一个患者的四个肿瘤样本，分别在基线和放射治疗期间采集
945	2024-12-06	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了来自多种神经疾病和中枢神经系统区域的215,680个活体人小胶质细胞，识别出与疾病相关的亚群和工具化合物	本文首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小胶质细胞在不同神经疾病中的异质性，并验证了化合物在体外重现特定亚型的能力	研究主要集中在体外和模型系统中，尚未在临床环境中验证化合物的效果	揭示小胶质细胞在神经疾病中的异质性，并寻找潜在的治疗靶点	活体人小胶质细胞及其在不同神经疾病中的亚群	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	215,680个活体人小胶质细胞，来自74个捐赠者
946	2024-12-06	Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300858 PMID:39451041	研究论文	研究了金黄色葡萄球菌菌血症患者外周血中的浆母细胞反应，并鉴定了四种针对金黄色葡萄球菌表面的功能性单克隆抗体	通过单细胞转录组基因表达和重链及轻链Ig基因测序，揭示了浆母细胞的高多样性，并发现了四种新的单克隆抗体，其中三种对表皮葡萄球菌具有交叉反应性	NA	研究金黄色葡萄球菌菌血症患者的浆母细胞反应，并鉴定新的治疗性单克隆抗体	金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血浆母细胞	NA	菌血症	单细胞测序	NA	基因表达数据	17名金黄色葡萄球菌菌血症患者
947	2024-12-06	Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of Parkinson's disease 2024-Dec, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102553 PMID:39454761	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病研究中的应用，探讨了这些技术在揭示疾病细胞异质性和分子特征方面的最新进展	本文介绍了单细胞T细胞受体测序和单细胞B细胞受体测序技术在帕金森病研究中的应用，提供了对免疫组库多样性的新见解	本文主要讨论了单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，但未深入探讨这些技术的局限性	探讨单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，揭示疾病的细胞异质性和分子机制	帕金森病中的退行性神经元、激活的神经胶质细胞和促炎性免疫细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）、单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	RNA	NA
948	2024-12-06	Identifying T-cell clubs by embracing the local harmony between TCR and gene expressions 2024-Dec, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00070-5 PMID:39496799	研究论文	本文介绍了一种名为TCRclub的新方法，通过整合单细胞RNA测序数据和单细胞TCR测序数据，利用局部和谐性来识别功能相似的T细胞群	TCRclub方法在整合TCR和基因表达数据方面具有创新性，能够识别功能相似的T细胞群	NA	开发一种有效的方法来整合TCR和基因表达数据，以识别功能相似的T细胞群，从而为癌症和传染病开发更有效的免疫治疗策略	T细胞、TCR和基因表达数据	生物信息学	癌症、传染病	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序	局部和谐性模型	基因表达数据、TCR数据	298,106个T细胞，涵盖七种不同疾病的数据集
949	2024-12-06	Cutaneous T cell lymphoma atlas reveals malignant TH2 cells supported by a B cell-rich tumor microenvironment 2024-Dec, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02018-1 PMID:39558094	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学分析皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本，揭示了恶性TH2细胞与B细胞丰富的肿瘤微环境之间的关系	首次揭示了恶性CTCL细胞通过T辅助2（T2）细胞免疫基因程序的共选择，并模拟肿瘤微环境以支持其生存，同时发现了与疾病进展相关的B细胞富集	研究仅限于皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL），未涵盖其他类型的淋巴瘤	揭示皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中恶性TH2细胞与肿瘤微环境的关系，并寻找潜在的诊断标志物和治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞和空间转录组学分析	NA	转录组数据	三个独立患者队列
950	2024-12-06	Molecular characterization and sub-retinal transplantation of hypoimmunogenic human retinal sheets in a minipig model of severe photoreceptor degeneration 2024-Dec-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203071 PMID:39633598	研究论文	研究使用低免疫原性的人类视网膜片在小型猪模型中进行亚视网膜移植，以治疗严重的光感受器退化	利用低免疫原性的诱导多能干细胞生成自发极化的视网膜片，并通过单细胞RNA测序分析其发育过程	移植的视网膜片在功能上仍处于不成熟阶段，且研究样本量较小	开发治疗视网膜退行性疾病的新方法	视网膜片及其在光感受器退化模型中的移植效果	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及一只移植的小型猪
951	2024-12-06	A Roadmap for Selecting and Utilizing Optimal Features in scRNA Sequencing Data Analysis for Stem Cell Research: A Comprehensive Review 2024-Nov-30, International journal of stem cells IF:2.5Q3 DOI:10.15283/ijsc23170 PMID:38531607	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的应用，并讨论了选择和利用最佳特征的路线图	本文提供了对scRNA-seq分析工具的详细概述和分类，基于对2,733篇科学出版物的回顾	NA	为使用scRNA-seq研究干细胞的生物信息学家和生物学家提供实用建议	干细胞及其产生的细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	2,733篇科学出版物和1,400种分析工具
952	2024-12-06	PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 2024-Nov-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj7615 PMID:39607940	研究论文	研究探讨了PIEZO机械敏感通道在小肠干细胞（ISC）微环境中的作用及其对ISC命运决定和维持的影响	首次揭示了PIEZO通道在ISC微环境中感知机械信号并调节ISC功能的机制	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探讨机械信号在小肠干细胞命运决定和维持中的作用	小肠干细胞及其微环境中的机械信号感知	生物医学	NA	单细胞RNA测序分析	NA	基因表达数据	小鼠样本
953	2024-12-06	An analysis of single-cell data reveals therapeutic effects of AMG487 in experimental autoimmune uveitis 2024-Nov-28, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2024.116671 PMID:39615601	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了AMG487在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果	首次通过单细胞转录组分析揭示了AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的作用机制	研究仅限于实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型，需进一步验证在人类患者中的效果	探讨AMG487在自身免疫性葡萄膜炎中的治疗效果及其机制	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的外周血和淋巴结	数字病理学	眼科疾病	单细胞转座酶可及染色质测序和RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠及Vogt-Koyanagi-Harada患者的外周血和淋巴结样本
954	2024-12-06	A platform for multimodal in vivo pooled genetic screens reveals regulators of liver function 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.18.624217 PMID:39605605	研究论文	开发了一种结合成像和测序的方法，用于构建大规模的多模态基因型-表型图谱，以研究肝脏功能相关的基因调控	首次将成像和单细胞测序结合，用于大规模多模态基因型-表型图谱的构建，并应用于小鼠肝脏的研究	NA	揭示肝脏功能调控的基因基础	小鼠肝脏中的数百个基因扰动	数字病理学	NA	成像和单细胞测序	NA	图像和基因表达数据	数百个基因扰动
955	2024-12-06	Mixed Effects Deep Learning for the interpretable analysis of single cell RNA sequencing data by quantifying and visualizing batch effects 2024-Nov-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	提出了一种混合效应深度学习（MEDL）自编码器框架，用于解释单细胞RNA测序数据中的批次效应，并通过量化和可视化批次效应来增强解释性	通过分离批次不变（固定效应）和批次特定（随机效应）组件，保留了批次特定的信息，从而提高了分类准确性并增强了可视化效果	NA	开发一种新的深度学习框架，用于解释单细胞RNA测序数据中的批次效应，并提高预测准确性	单细胞RNA测序数据中的批次效应	机器学习	心血管疾病, 自闭症谱系障碍, 急性髓系白血病	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	三个数据集，包括健康心脏数据集（147个批次）、自闭症谱系障碍数据集和急性髓系白血病数据集
956	2024-12-06	A prenatal skin atlas reveals immune regulation of human skin morphogenesis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08002-x PMID:39415002	研究论文	本文构建了一个全面的产前人类皮肤多组学参考图谱，结合单细胞和空间转录组学数据，揭示了免疫细胞在皮肤形态发生中的作用	首次系统性地展示了免疫细胞在皮肤形态发生中的关键作用，并通过皮肤器官模型验证了这一发现	皮肤器官模型缺乏免疫细胞，导致内皮细胞异质性和数量显著减少	研究免疫细胞在人类皮肤形态发生中的作用	产前人类皮肤（7-17周）及其相关细胞类型	NA	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	产前人类皮肤样本（7-17周）、皮肤器官模型（源自人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞）
957	2024-12-06	Longitudinal analysis of genetic and epigenetic changes in human pluripotent stem cells in the landscape of culture-induced abnormality 2024-Nov, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01334-8 PMID:39482531	研究论文	研究了人类多能干细胞在体外培养过程中基因和表观遗传变化的长程分析	首次综合分析了基因组、单细胞转录组和单细胞ATAC-seq数据，揭示了20q11.21拷贝数增加和表观遗传变化对表达'培养适应表型'的必要性	研究仅限于一个同基因的人类胚胎干细胞模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨人类多能干细胞在体外培养过程中基因和表观遗传变化及其对细胞表型的影响	人类胚胎干细胞及其在体外培养过程中的基因和表观遗传变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	一个同基因的人类胚胎干细胞模型
958	2024-12-06	Neoadjuvant nivolumab or nivolumab plus ipilimumab in early-stage triple-negative breast cancer: a phase 2 adaptive trial 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03249-3 PMID:39284953	研究论文	研究了早期三阴性乳腺癌患者在术前使用尼伏鲁单抗或尼伏鲁单抗联合伊匹单抗的免疫治疗效果	探索了在没有化疗的情况下，使用免疫检查点抑制剂（ICI）联合治疗早期三阴性乳腺癌患者的潜在疗效	研究样本量较小，且观察到的副作用较多，特别是免疫介导的内分泌疾病	评估早期三阴性乳腺癌患者在术前使用免疫治疗的效果，并探讨其潜在的临床应用	早期三阴性乳腺癌患者	NA	乳腺癌	免疫检查点抑制剂（ICI）	NA	单细胞RNA测序	45名患者（每个队列15名）
959	2024-12-06	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	研究论文	本文通过整合25个单细胞RNA测序数据集，揭示了炎症性肠道疾病中的化生现象	开发了新的自动化质量控制方法scAutoQC，并构建了包含约110万个细胞的健康参考图谱，揭示了肠道炎症疾病中干细胞来源的化生细胞与免疫细胞的相互作用	NA	研究肠道炎症疾病中的化生现象及其对组织结构和炎症的影响	健康和疾病状态下的胃肠道组织细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	RNA	385个样本，包括189名健康对照和12个疾病数据集
960	2024-12-06	A spatial human thymus cell atlas mapped to a continuous tissue axis 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07944-6 PMID:39567784	研究论文	本文通过多模态单细胞图谱、空间转录组学和高分辨率多重成像数据，建立了人类胸腺细胞的空间图谱，并分析了胸腺皮质-髓质轴的微解剖基础	本文首次在胎儿发育的第二孕期开始时，展示了小叶细胞因子网络的建立、胸腺细胞的典型轨迹以及胸腺上皮细胞的分布，并识别了胸腺上皮细胞祖细胞的组织生态位及与哈塞尔小体相关的不同亚型	NA	研究人类胸腺细胞在胎儿和早期新生儿阶段的发育过程及其微解剖基础	胸腺细胞、胸腺上皮细胞及其在胸腺皮质-髓质轴中的分布和发育轨迹	数字病理学	NA	空间转录组学、高分辨率多重成像	NA	单细胞数据、图像数据	NA