本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 941 | 2025-10-06 |
A new integrative analysis of histopathology and single cell RNA-seq reveals the CCL5 mediated T and NK cell interaction with vascular cells in idiopathic pulmonary arterial hypertension
2024-05-26, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05304-6
PMID:38797830
|
研究论文 | 通过组织病理学和单细胞RNA测序的整合分析,揭示了特发性肺动脉高压中CCL5介导的T细胞和NK细胞与血管细胞的相互作用 | 首次结合组织病理学评分和多种生物信息学方法识别IPAH中的关键炎症基因,并通过单细胞RNA测序解析了CCL5介导的细胞间相互作用机制 | 研究主要基于公共数据库的转录组数据,实验验证仅限于动物模型 | 探索特发性肺动脉高压中炎症和免疫失调的分子机制 | IPAH患者肺组织、对照组肺组织、野百合碱诱导的大鼠肺动脉高压模型 | 生物信息学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 差异表达分析, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, 功能富集分析 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | IPAH患者和对照组的肺组织转录组数据(具体样本数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 942 | 2025-10-06 |
Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements
2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534017
PMID:37034704
|
研究论文 | 开发了一种结合多重CRISPRa扰动与单细胞RNA测序的实验框架,用于识别细胞类型特异性调控元件 | 首次将高度多重化的CRISPRa扰动与单细胞RNA测序相结合,能够同时测试增强子和启动子对邻近基因表达的调控作用 | 调控元件的CRISPRa响应性可能受到染色质景观和辅助因子的限制 | 开发识别细胞类型特异性CRISPRa响应调控元件的方法 | K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元 | 基因编辑与单细胞分析 | 自闭症谱系障碍和神经发育障碍 | CRISPRa, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 使用493个gRNAs靶向候选调控元件 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 943 | 2025-10-06 |
Glutamine antagonist DRP-104 suppresses tumor growth and enhances response to checkpoint blockade in KEAP1 mutant lung cancer
2024-03-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adm9859
PMID:38536921
|
研究论文 | 本研究探讨谷氨酰胺拮抗剂DRP-104在KEAP1突变肺癌中抑制肿瘤生长并增强免疫检查点阻断疗效的作用机制 | 首次揭示DRP-104通过抑制谷氨酰胺依赖性核苷酸合成和促进抗肿瘤T细胞反应的双重机制治疗KEAP1突变肺癌 | 研究基于临床前动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 开发针对KEAP1突变肺癌的靶向治疗方法 | KEAP1突变肺癌的临床前模型 | 癌症代谢与免疫治疗 | 肺癌 | 多模态单细胞测序,离体功能实验 | NA | 单细胞测序数据,功能实验数据 | 患者来源异种移植模型和抗原性原位肺癌模型 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 944 | 2025-10-06 |
Spatially resolved single-cell atlas of ascidian endostyle provides insight into the origin of vertebrate pharyngeal organs
2024-03-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi9035
PMID:38552007
|
研究论文 | 本研究通过构建海鞘内柱的空间分辨单细胞图谱,探索脊椎动物咽部器官的进化起源 | 首次构建海鞘内柱的空间分辨单细胞图谱,发现血淋巴区域的混合祖先结构及与脊椎动物毛细胞相似的细胞群 | 研究主要基于海鞘模型,在脊椎动物中的直接证据仍需进一步验证 | 探究脊椎动物咽部器官的进化起源 | 海鞘内柱(咽部器官) | 空间转录组学 | NA | Stereo-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 945 | 2025-10-06 |
Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex
2024-03-29, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adn9998
PMID:38536915
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和条形码谱系追踪技术揭示了哺乳动物大脑皮层发育中存在的多平行细胞谱系 | 发现了多个顶端放射状胶质细胞类别启动平行谱系,这些平行谱系在脑回和脑沟中重复存在且在雪貂和人类中保守 | 研究未涉及小鼠模型中的类似机制,限制了跨物种比较的全面性 | 探究具有扩展生发区和折叠皮层的物种中皮质神经发生的细胞谱系机制 | 雪貂和人类大脑皮层生发区的祖细胞和神经元 | 发育生物学 | 大脑皮质畸形 | 单细胞RNA测序, 条形码谱系追踪 | NA | 基因表达数据, 谱系追踪数据 | 雪貂和人类大脑皮层生发区单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 946 | 2025-10-06 |
Gastrulation-stage gene expression in Nipbl+/- mouse embryos foreshadows the development of syndromic birth defects
2024-03-22, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl4239
PMID:38507484
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析Nipbl+/-小鼠胚胎原肠胚期的基因表达变化,揭示了Cornelia de Lange综合征出生缺陷的早期发育机制 | 首次在原肠胚期和早期心新月阶段发现Nipbl缺陷导致的胚层细胞比例异常和基因表达失调,建立了Nipbl缺陷与谱系分配错误之间的联系 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;样本数量未明确说明 | 探究Nipbl单倍体不足如何导致胚胎发育异常和出生缺陷 | 野生型和Nipbl+/-小鼠胚胎 | 发育生物学 | Cornelia de Lange综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 947 | 2025-10-06 |
Kidins220 and Aiolos promote thymic iNKT cell development by reducing TCR signals
2024-03-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj2802
PMID:38489359
|
研究论文 | 本研究揭示了支架蛋白Kidins220通过调控TCR信号强度在iNKT细胞发育中的双重作用机制 | 首次发现Kidins220在iNKT细胞发育不同阶段对TCR信号具有双向调控作用,并鉴定出转录因子Aiolos是其下游效应因子 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞中验证;具体分子机制仍需进一步阐明 | 探究Kidins220在iNKT细胞发育过程中的功能及其调控TCR信号的分子机制 | 小鼠胸腺iNKT细胞和常规T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序, 基因敲除技术 | NA | 基因表达数据, 细胞计数数据 | T细胞特异性Kidins220敲除小鼠和Aiolos敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 948 | 2025-10-06 |
Single-cell nanobiopsy enables multigenerational longitudinal transcriptomics of cancer cells
2024-03-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adl0515
PMID:38446884
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于扫描离子电导显微镜的单细胞纳米活检平台,能够对单个癌细胞及其后代进行多代纵向转录组分析 | 首次实现了从单个活细胞及其后代进行多代纵向细胞质采样和转录组分析,突破了传统单细胞RNA测序需要细胞裂解的局限 | 目前仅在体外胶质母细胞瘤细胞中进行了概念验证,尚未在体内或临床样本中应用 | 开发能够追踪单个癌细胞动态转录组变化的技术平台 | 胶质母细胞瘤(GBM)脑肿瘤细胞 | 单细胞分析技术 | 脑癌 | 扫描离子电导显微镜(SICM), 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 体外培养的胶质母细胞瘤细胞,观察时间超过72小时 | NA | 单细胞RNA-seq, 纵向采样技术 | 纳米活检平台 | 基于扫描离子电导显微镜(SICM)的纳米活检平台,支持外源分子注射和多代纵向细胞质采样 |
| 949 | 2025-10-06 |
ACC1-mediated fatty acid biosynthesis intrinsically controls thymic iNKT cell development
2024-02-21, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxad049
PMID:38041796
|
研究论文 | 本研究揭示了乙酰辅酶A羧化酶1通过调控细胞存活在胸腺恒定自然杀伤T细胞发育中的关键作用 | 首次发现ACC1介导的脂肪酸生物合成通路对胸腺iNKT细胞发育具有内在调控作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类iNKT细胞发育的代谢调控机制尚需验证 | 探究代谢通路在iNKT细胞发育过程中的调控机制 | 小鼠胸腺iNKT细胞 | 免疫代谢学 | NA | 单细胞RNA测序,骨髓嵌合体实验 | NA | 基因表达数据 | T细胞特异性ACC1敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 950 | 2025-10-06 |
Techniques for Rapidly Sampling Six Crucial Organs in Adult Xenopus
2024-02-16, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66489
PMID:38436453
|
研究论文 | 本文介绍了成年非洲爪蟾六个关键器官的快速采样技术 | 首次系统性地建立了成年非洲爪蟾器官识别和解剖的标准化方法,满足现代定量蛋白质组学和单细胞转录组学的研究需求 | 仅针对六种特定器官,未涵盖所有器官系统;方法主要适用于成年阶段 | 建立标准化的器官识别和解剖技术,促进多实验室对成年器官系统的研究 | 成年非洲爪蟾的心脏心室、肝脏、脂肪体、胰腺、成对肾脏和皮肤 | 发育生物学 | NA | 器官解剖、组织采样、定量蛋白质组学、单细胞转录组学、原位杂交、免疫组织化学、组织学 | NA | 组织样本 | NA | NA | 单细胞转录组学, 定量蛋白质组学 | NA | NA |
| 951 | 2025-10-06 |
Identification of immune-related gene signatures for chronic obstructive pulmonary disease with metabolic syndrome: evidence from integrated bulk and single-cell RNA sequencing data
2024-01-29, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxad043
PMID:37878760
|
研究论文 | 通过整合批量和单细胞RNA测序数据识别慢性阻塞性肺疾病合并代谢综合征的免疫相关基因标志物 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,识别出13个COPD与MetS共有的免疫相关枢纽基因,并发现肺泡巨噬细胞中活性氧的潜在关键作用 | 研究基于公共数据集,需要进一步实验验证枢纽基因的功能机制 | 识别慢性阻塞性肺疾病合并代谢综合征的共享免疫相关生物标志物 | 慢性阻塞性肺疾病和代谢综合征患者 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 机器学习 | WGCNA, 机器学习算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 952 | 2025-10-06 |
Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341
PMID:39896798
|
研究论文 | 评估供体来源CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因造血干细胞移植后复发急性髓系白血病的疗效和安全性 | 首次在临床试验中评估供体来源CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的疗效,并使用单细胞RNA测序分析CAR-T细胞动态 | 样本量较小(仅12例患者),缺乏对照组 | 评估供体来源CLL-1 CAR-T细胞治疗移植后复发AML的疗效和安全性 | 异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病患者 | 细胞治疗 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序,CAR-T细胞治疗 | NA | 临床数据,单细胞测序数据 | 14例入组患者,12例完成治疗 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 953 | 2025-10-06 |
Advances in epigenetic studies of plant cadmium stress
2024, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2024.1489155
PMID:40520647
|
综述 | 本文综述了植物对镉胁迫的表观遗传响应机制研究进展 | 整合基因组学、单细胞测序和空间转录组学等先进技术研究植物镉胁迫表观遗传机制 | NA | 为分析主要作物重金属胁迫的表观遗传机制提供理论见解 | 植物 | 植物表观遗传学 | NA | 基因组学, 单细胞测序, 空间转录组学, 表观基因组学 | NA | 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 954 | 2025-10-06 |
Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations
2024-09-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52440-0
PMID:39333113
|
研究论文 | 开发了一种整合scHi-C和scRNA-seq数据的计算方法,用于定义3D染色质结构调控的细胞亚群 | 首次在单细胞分辨率下整合3D染色质结构和基因表达数据,提出了拓扑整合亚群(TISPs)的新概念 | 方法主要在乳腺癌细胞模型系统中验证,需要进一步在其他癌症类型中测试 | 研究3D染色质结构如何调控细胞异质性,特别是在癌症发展中的作用 | 乳腺癌细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | scHi-C, scRNA-seq, 多组学数据整合 | MUDI算法 | 单细胞3D基因组数据, 单细胞转录组数据 | 公开数据和新生成数据,包含20个TISPs | NA | 单细胞Hi-C, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 955 | 2025-10-06 |
Single Cell Expression Analysis of Ductal Carcinoma in Situ Identifies Complex Genotypic-Phenotypic Relationships Altering Epithelial Composition
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.10.561724
PMID:39386437
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析乳腺导管原位癌,揭示基因型与表型关系的复杂性及其对上皮细胞组成的影响 | 首次在DCIS中结合单细胞RNA测序和推断的拷贝数变异进行系统发育分析,揭示肿瘤内克隆异质性与基因表达差异的关联 | 样本量相对有限,且主要基于回顾性档案样本分析 | 探索DCIS生长机制及向浸润性癌进展的关键特性 | 乳腺导管原位癌病变及匹配的正常乳腺组织 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 拷贝数变异推断, 系统发育分析, 反卷积分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | DCIS病变和匹配正常组织的临床标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 956 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data reveals a myeloid cell-related regulon predicting neoadjuvant immunotherapy response across cancers
2024-05-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-024-05123-9
PMID:38773508
|
研究论文 | 通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,发现与髓系细胞相关的PPARG调控子可预测多种癌症中新辅助免疫治疗的应答 | 首次发现PPARG调控子作为免疫检查点抑制剂应答的预测标志物,并构建了髓系细胞图谱和在线资源平台 | 样本量有限,主要基于公共数据集验证 | 探索免疫治疗应答机制并开发预测生物标志物 | 肺癌、结直肠癌、乳腺癌等多种癌症患者 | 生物信息学 | 肺癌、结直肠癌、乳腺癌等多种癌症 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、转录组分析 | pySCENIC、Symphony参考映射 | 基因表达数据、单细胞数据、转录组数据 | 1例治疗前和1例治疗后达到病理完全缓解的肺腺癌患者,多个公共数据集(TCGA泛癌队列、5个ICI转录组队列等) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 957 | 2025-10-06 |
Human surface ectoderm and amniotic ectoderm are sequentially specified according to cellular density
2024-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh7748
PMID:38427729
|
研究论文 | 本研究开发了人类多能干细胞模型,揭示了羊膜外胚层和表面外胚层根据细胞密度顺序分化的机制 | 首次提出人类羊膜外胚层和表面外胚层沿着共同的非神经外胚层轨迹基于细胞密度进行分化的新机制 | 研究基于体外干细胞模型,可能与体内实际发育过程存在差异 | 研究人类羊膜外胚层和表面外胚层的分化机制 | 人类多能干细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 958 | 2025-10-06 |
Defining and targeting macrophage heterogeneity in the mammary gland and breast cancer
2024-02, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.7053
PMID:38426622
|
综述 | 探讨乳腺和乳腺癌中巨噬细胞异质性及其靶向治疗潜力 | 整合单细胞RNA测序技术揭示巨噬细胞亚群的空间分布与功能特异性 | 基于文献综述,缺乏原始实验数据验证 | 解析巨噬细胞异质性在乳腺发育与乳腺癌中的作用机制 | 乳腺组织驻留巨噬细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 959 | 2025-10-06 |
Type 1 immunity enables neonatal thymic ILC1 production
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh5520
PMID:38232171
|
研究论文 | 本研究揭示了1型免疫通过促进新生胸腺ILC1细胞的扩增和外周归巢来应对病毒感染等炎症条件 | 首次发现新生胸腺中存在独特的未成熟ILC1亚群,并证实1型细胞因子能促进其扩增和胸腺外迁 | 研究主要基于小鼠模型,人类相关性尚需验证 | 探究1型免疫对胸腺驻留先天淋巴样细胞的影响 | 新生小鼠胸腺ILC1细胞 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,活体成像,胸腺移植 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 新生小鼠胸腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 960 | 2025-10-06 |
Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages
2024-01-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5791
PMID:38241368
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现触圆顶角质形成细胞特异性表达Tenascin-C,并揭示这些细胞具有自我维持能力和多向分化潜能 | 首次鉴定Tenascin-C作为触圆顶角质形成细胞的标志物,并证明其在稳态维持和损伤修复中的独特功能 | 未明确触圆顶角质形成细胞分子调控机制的具体细节 | 探究触圆顶角质形成细胞的稳态维持机制和分子特征 | 小鼠皮肤触圆顶角质形成细胞 | 细胞生物学 | NA | scRNA-seq, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |