单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
941	2025-04-17	Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing 2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65863 PMID:38314826	研究论文	本文提出了一种用于从小鼠颈动脉制备单细胞悬浮液的方案，以进行单细胞测序	设计了一种两步消化方法，结合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的消化过程，以减少细胞损伤	该方案可能需要针对其他组织的血管进行适当修改	开发一种适用于单细胞测序的小鼠颈动脉单细胞悬浮液制备方案	小鼠颈动脉	单细胞测序	颈动脉粥样硬化	单细胞测序，AO/PI双荧光计数	NA	单细胞转录组数据	小鼠颈动脉细胞
942	2025-04-16	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.06.583775 PMID:38496441	research paper	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，利用高质量的长读单细胞RNA测序数据检测体细胞单核苷酸变异（SNVs）、线粒体变异（mtSNVs）、拷贝数变异（CNAs）和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	LongSom能够在不需要正常样本的情况下检测体细胞变异，并通过体细胞SNVs和融合发现具有不同治疗预测结果的亚克隆	未提及具体限制	研究癌症进化、克隆异质性和治疗抵抗	人类卵巢癌样本	digital pathology	ovarian cancer	long-read single-cell RNA sequencing (LR scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	未提及具体样本数量
943	2025-04-16	ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596276 PMID:38853824	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病(AD)患者外周血中适应性免疫细胞组成与神经炎症的关系	发现CXCR3+CD127+Th1细胞在AD患者外周血中的丰度与神经丝轻链蛋白(NfL)呈负相关，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究AD患者外周适应性免疫系统与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)和脑脊液(CSF)	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	NA
944	2025-04-16	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-07, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报告了一种通过配对单导RNA库靶向非编码调控元件（NCREs）两端的方法，用于在全基因组范围内研究NCREs的功能	开发了一种高通量筛选系统，利用Cas9介导的删除技术研究NCREs的功能，并发现了一些超保守元件具有沉默子活性	研究仅使用了K562、293T细胞系和人胚胎干细胞，可能不适用于其他细胞类型	系统研究非编码调控元件的功能及其在细胞生长和药物反应中的作用	非编码调控元件（NCREs）	基因组学	NA	Cas9介导的删除技术、单细胞测序	NA	基因组数据	K562和293T细胞系及人胚胎干细胞
945	2025-04-16	Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality 2024-05-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05268-7 PMID:38734658	研究论文	通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用，构建了一个共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与癌症死亡率相关的基因特征	首次构建了一个跨癌种的共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与死亡率相关的基因特征，揭示了基质癌相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的调控作用	研究仅基于五种癌症类型的数据，可能无法完全代表所有癌症类型	识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系	乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌	肿瘤微环境	多种实体癌	单细胞RNA测序、NicheNet分析	共享多细胞肿瘤模型(shared-MCTM)	RNA测序数据、蛋白质组学数据	TCGA队列(9185个肿瘤样本和727个对照，22种癌症)和UK生物银行队列(10,384名癌症患者和5063名对照，17种癌症)
946	2025-04-16	Choline metabolism reprogramming mediates an immunosuppressive microenvironment in non-small cell lung cancer (NSCLC) by promoting tumor-associated macrophage functional polarization and endothelial cell proliferation 2024-05-10, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05242-3 PMID:38730286	研究论文	本研究探讨了胆碱代谢在非小细胞肺癌(NSCLC)免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	发现胆碱酯酶(ChE)作为NSCLC预后标志物，揭示了胆碱代谢相关基因特征与免疫抑制微环境的关联，并阐明了MTHFD1在巨噬细胞分化和内皮细胞增殖中的作用	研究样本量有限(277例)，且机制研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探究胆碱代谢在NSCLC免疫微环境中的作用及其对免疫治疗反应的影响	277例接受一线免疫治疗的晚期NSCLC患者	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，Cox回归分析，Kaplan-Meier生存分析	预后模型(nomogram)，风险特征模型	临床数据，基因表达数据	277例晚期NSCLC患者
947	2025-04-16	Integrative analyses of bulk and single-cell transcriptomics reveals the infiltration and crosstalk of cancer-associated fibroblasts as a novel predictor for prognosis and microenvironment remodeling in intrahepatic cholangiocarcinoma 2024-05-03, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05238-z PMID:38702814	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞转录组学数据，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的浸润和相互作用作为肝内胆管癌（ICC）预后和微环境重塑的新型预测因子	首次通过WGCNA和单细胞转录组学分析构建了CAFs浸润的生物标志物，并揭示了成纤维细胞与肿瘤细胞间的关键相互作用及其在免疫抑制微环境重塑中的作用	研究结果需要进一步的实验验证，且样本量在某些队列中可能不足	探索肝内胆管癌微环境中癌症相关成纤维细胞的异质性和相互作用，及其对预后和微环境重塑的影响	肝内胆管癌（ICC）患者样本	数字病理学	肝内胆管癌	WGCNA, 单细胞转录组学分析	NA	转录组数据	TCGA-CHOL、GSE89748和107,943队列的样本
948	2025-04-16	De novo antibody discovery in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotyped-resolved germline assemblies 2024-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.26.586834 PMID:38585716	研究论文	该研究通过结合基因组测序和单细胞转录组测序，探索了人类B细胞中抗体多样性的形成机制	首次将单细胞转录组测序与匹配的单倍型解析的种系组装相结合，用于新抗体的发现	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映所有免疫挑战下的抗体多样性	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	基因组学	麻疹	单细胞转录组测序, 基因组测序	NA	基因组数据, 转录组数据	来自同一供体的B细胞
949	2025-04-15	Single-cell transcriptomics reveal distinctive patterns of fibroblast activation in heart failure with preserved ejection fraction 2024-12, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01074-w PMID:39311911	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了保留射血分数心力衰竭（HFpEF）中成纤维细胞激活的独特模式	发现了HFpEF特有的成纤维细胞激活特征，包括代谢、缺氧和炎症转录因子及通路的诱导，以及Angiopoietin-like 4（Angptl4）的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究HFpEF中成纤维细胞激活的分子机制	小鼠和人类心肌组织中的间质细胞，特别是成纤维细胞和巨噬细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNAseq（单细胞RNA测序）	NA	RNA-seq数据	小鼠模型和人类心肌组织样本
950	2025-04-15	Single-cell transcriptome unveils unique transcriptomic signatures of human organ-specific endothelial cells 2024-12, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-024-01087-5 PMID:39508863	research paper	该研究通过构建一个包含超过21万个内皮细胞的图谱，揭示了人类不同组织中内皮细胞的转录组、表型、代谢和转录调控的显著差异	揭示了毛细血管内皮细胞比其他类型内皮细胞具有更高的异质性，并发现内皮细胞的衰老特性更多由体细胞位置而非组织类型决定	NA	探究人类不同组织中内皮细胞的异质性及其与特定疾病的关联	人类24个组织中38个区域的超过21万个内皮细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	超过21万个内皮细胞，来自24个人类组织的38个区域
951	2025-04-15	Integrative single-cell and bulk transcriptomes analyses reveals heterogeneity of serine-glycine-one-carbon metabolism with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities in HNSCC 2024-06-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00310-2 PMID:38886346	research paper	该研究通过整合单细胞和批量转录组分析，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中丝氨酸-甘氨酸-一碳代谢的异质性及其对预后和治疗脆弱性的影响	首次在HNSCC中系统分析了SGOC代谢的异质性，并构建了4-SGOC基因预后特征，同时提出IMPDH1作为潜在的治疗靶点	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平和代谢组学的验证	阐明HNSCC中代谢异质性的生物学作用并推动精准肿瘤学发展	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	scRNA-seq, bulk transcriptomes, LASSO-COX regression analysis	NA	RNA sequencing data	未明确提及具体样本数量
952	2025-04-15	Single cell analysis unveils B cell-dominated immune subtypes in HNSCC for enhanced prognostic and therapeutic stratification 2024-04-16, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00292-1 PMID:38622125	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中B细胞主导的免疫亚型，为预后和治疗分层提供了新视角	首次通过单细胞RNA测序技术识别了HNSCC中TIL-Bs的基因表达模式，并建立了基于B细胞的肿瘤分类方法	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	探索HNSCC中肿瘤浸润B细胞（TIL-Bs）在免疫微环境中的作用及其对免疫检查点阻断治疗的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者	digital pathology	head and neck squamous cell carcinoma	scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	来自GEO和TCGA数据库的HNSCC样本
953	2025-04-15	Single-cell transcriptomics reveals cell atlas and identifies cycling tumor cells responsible for recurrence in ameloblastoma 2024-02-29, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00281-4 PMID:38424060	research paper	通过单细胞转录组学揭示成釉细胞瘤的细胞图谱，并识别导致复发的循环肿瘤细胞	首次在单细胞分辨率下揭示了成釉细胞瘤的细胞景观和复发机制，并发现EZH2介导的程序主导了循环肿瘤细胞的干性和复发	研究样本可能有限，且未涉及其他潜在的治疗靶点	探究成釉细胞瘤的肿瘤起始和复发机制	成釉细胞瘤的肿瘤细胞亚群	digital pathology	ameloblastoma	single-cell transcriptomics	NA	transcriptomic data	成釉细胞瘤患者来源的类器官
954	2025-04-15	Tim4 deficiency reduces CD301b+ macrophage and aggravates periodontitis bone loss 2024-02-28, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00270-z PMID:38418808	研究论文	本研究探讨了Tim4缺乏如何减少CD301b+巨噬细胞并加剧牙周炎骨丢失	首次揭示了Tim4作为CD301b巨噬细胞的上游调控因子，通过p38 MAPK信号通路调节CD301b巨噬细胞表型	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究Tim4在牙周炎中对CD301b巨噬细胞的调控机制	CD301b巨噬细胞及其上游调控因子Tim4	免疫学	牙周炎	高通量RNA测序、单细胞RNA测序、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、流式细胞数据	未明确说明具体样本数量
955	2025-04-15	PRX1-positive mesenchymal stem cells drive molar morphogenesis 2024-02-19, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00277-0 PMID:38369512	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析和谱系追踪模型，揭示了PRX1阳性间充质细胞在小鼠磨牙形态发生中的关键作用	发现了PRX1阳性间充质细胞通过Wnt5a-WNT信号通路调控牙齿形态的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类牙齿发育中验证	探究调控牙齿形态的关键因素	小鼠磨牙发育过程中的PRX1阳性间充质细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序, 谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	NA
956	2025-04-15	Spatial transcriptomics reveals that metabolic characteristics define the tumor immunosuppression microenvironment via iCAF transformation in oral squamous cell carcinoma 2024-01-30, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00267-8 PMID:38287007	研究论文	通过空间转录组学揭示了口腔鳞状细胞癌中代谢特征通过iCAF转化定义肿瘤免疫抑制微环境的机制	利用单细胞和空间转录组学测序技术，揭示了高代谢区域中成纤维细胞通过乳酸转化为iCAFs，进而招募Tregs形成免疫抑制微环境的机制	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平验证	阐明口腔鳞状细胞癌中不同代谢区域与肿瘤免疫微环境的关系	口腔鳞状细胞癌组织	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序(SC), 空间转录组学(ST), TCGA批量数据	k-means聚类, SPOTlight反卷积, CellPhoneDB, NicheNet	转录组数据	未明确说明样本数量
957	2025-04-14	Vascular heterogeneity of tight junction Claudins guides organotropic metastasis 2024-Sep, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00813-1 PMID:39289595	research paper	研究揭示了血管异质性在器官特异性转移中的作用，特别是通过紧密连接蛋白Claudins的调控	发现Ang2介导的Claudin 5抑制促进肺转移，而Claudins 2和10的抑制则能诱导肾转移，揭示了血管异质性在器官特异性转移中的独立作用	研究主要关注乳腺癌症的肺和肾转移，可能不适用于其他癌症类型或转移器官	探索器官特异性转移的机制	乳腺癌症的肺和肾转移	癌症研究	乳腺癌	单细胞测序分析、功能研究	自发性和植入性转移性乳腺癌症模型	NA	NA
958	2025-04-13	O-GlcNAcylation of circadian clock protein Bmal1 impairs cognitive function in diabetic mice 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00263-6 PMID:39375536	research paper	该研究揭示了高血糖通过增加海马神经元中Bmal1的O-GlcNAcylation修饰，进而导致认知功能障碍的分子机制	首次发现高血糖通过O-GlcNAcylation修饰Bmal1影响生物钟基因表达，进而导致线粒体钙超载和神经元损伤	研究仅在糖尿病小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病相关认知功能障碍的分子机制	糖尿病小鼠模型中的海马神经元	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	糖尿病小鼠模型
959	2025-04-13	Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003 PMID:39306240	research paper	研究干燥性干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响，特别关注单核吞噬细胞	使用单细胞RNA测序和scATAC-seq技术分析干燥应激下结膜免疫细胞的基因表达和染色质可及性变化，发现单核吞噬细胞在干燥应激下的显著变化及其调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	评估干眼症对结膜免疫细胞的影响	C57BL/6小鼠的结膜免疫细胞	免疫学	干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	非应激和干燥应激的C57BL/6小鼠
960	2025-04-13	Accurate and Flexible Single Cell to Spatial Transcriptome Mapping with Celloc 2024-Oct, Small science IF:11.1Q1 DOI:10.1002/smsc.202400139 PMID:40212250	研究论文	介绍了一种名为Celloc的新方法，用于准确灵活地将单细胞RNA测序数据与低分辨率空间转录组数据映射	Celloc结合了图注意力自编码器和全面的损失函数，实现了灵活的单细胞到点的映射，能够解析每个点内的细胞组成或为scRNA-seq数据中的每个细胞分配空间位置	NA	弥补空间转录组数据分辨率不足和单细胞RNA测序数据缺乏空间信息的缺陷	单细胞RNA测序数据和低分辨率空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组	图注意力自编码器	基因表达数据	模拟ST数据和真实数据集