单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-05-21	Lenalidomide-induced pure red cell aplasia is associated with elevated expression of MHC-I molecules on erythrocytes 2024-11-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54571-w PMID:39578482	研究论文	该研究探讨了来那度胺在多发性骨髓瘤治疗中引起的纯红细胞再生障碍性贫血（PRCA）的机制	发现来那度胺通过增加红细胞上MHC-I分子的表达，激活CD8 T细胞，从而抑制红细胞生成	研究仅基于一个病例，需要更多样本验证	探究来那度胺诱导PRCA的分子机制	多发性骨髓瘤患者	血液病学	多发性骨髓瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	1例多发性骨髓瘤患者
922	2025-05-21	A developmental biliary lineage program cooperates with Wnt activation to promote cell proliferation in hepatoblastoma 2024-11-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53802-4 PMID:39567523	研究论文	本研究利用组织学引导和空间转录组学技术，探讨了肝母细胞瘤中发育胆道谱系程序与Wnt激活协同促进细胞增殖的机制	揭示了胚胎胆道转录因子SOX4和生长因子FGF19在肝母细胞瘤增殖异质性中的关键作用，提出了一种非遗传性肿瘤演化机制	研究主要基于体外肿瘤模型，可能无法完全反映体内肿瘤微环境的复杂性	阐明肝母细胞瘤中细胞增殖异质性的分子机制	肝母细胞瘤组织和患者来源的肿瘤类器官	肿瘤生物学	肝母细胞瘤	空间转录组学	肿瘤类器官模型	转录组数据	NA
923	2025-05-21	Subcellular Level Spatial Transcriptomics with PHOTON 2024-Sep-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.10.612328 PMID:39314454	研究论文	本文介绍了一种名为PHOTON的高分辨率空间转录组学方法，用于在亚细胞水平上分析RNA的分布	PHOTON结合了高分辨率成像与高通量测序技术，实现了亚细胞分辨率的空间转录组分析，并揭示了mRNA中mA修饰对压力颗粒分区的功能作用	NA	开发一种能够在亚细胞水平上分析RNA空间分布的方法，以增进对RNA功能与调控的理解	RNA在亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）中的分布	空间转录组学	NA	高通量测序，高分辨率成像	NA	RNA测序数据，图像数据	特定细胞类型（如卵巢中的颗粒细胞）及亚细胞结构（如核仁和压力颗粒）
924	2025-05-21	Spatiotemporal transcriptomic landscape of rice embryonic cells during seed germination 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.016 PMID:38848718	研究论文	本研究利用Stereo-seq和scRNA-seq技术，结合深度学习细胞分割模型，解析了水稻种子萌发过程中胚胎细胞的时空转录组图谱	发现了两种未报道的盾片细胞类型，并揭示了不同胚胎细胞类型在种子萌发过程中的基因表达动态	NA	探究水稻种子萌发过程中胚胎细胞的生物学功能及其调控机制	水稻胚胎细胞	植物生物学	NA	Stereo-seq, scRNA-seq, 原位杂交	深度学习细胞分割模型	转录组数据	吸水后6、24、36和48小时的水稻胚胎样本
925	2025-05-21	An integrated approach identifies the molecular underpinnings of murine anterior visceral endoderm migration 2024-09-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.05.014 PMID:38843837	研究论文	该研究通过整合单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像和短期谱系标记与干预，揭示了小鼠前内脏内胚层（AVE）迁移的分子基础	结合多种技术手段揭示了AVE迁移的分子机制，并发现信号素信号传导对正常AVE迁移的必要性	研究仅针对小鼠模型，未涉及其他物种	阐明前内脏内胚层（AVE）独特迁移行为的分子基础	小鼠胚胎前内脏内胚层（AVE）细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序、磷酸化蛋白质组学、高分辨率实时成像、晶格光片显微镜	NA	基因表达数据、蛋白质组数据、影像数据	未明确说明样本数量的小鼠胚胎细胞
926	2025-05-21	Bacterial single-cell RNA sequencing captures biofilm transcriptional heterogeneity and differential responses to immune pressure 2024-Jun-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.28.601229 PMID:38979200	研究论文	本文开发了一种优化的细菌单细胞RNA测序方法BaSSSh-seq，用于研究生物膜生长过程中的多样性及免疫细胞暴露后的转录适应性	开发了BaSSSh-seq方法，首次在单细胞分辨率下捕捉生物膜的转录异质性及对免疫压力的差异响应	未明确说明方法在其它类型细菌或更复杂环境中的适用性	探索生物膜内细菌亚群的转录异质性及其对免疫压力的适应性	细菌生物膜中的亚群细胞	微生物组学	细菌感染	单细胞RNA测序(BaSSSh-seq)	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量
927	2025-05-21	Deep Transcriptomics Reveals Cell-Specific Isoforms of Pan-Neuronal Genes 2024-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.16.594572 PMID:38826410	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	利用CeNGEN联盟生成的深度细胞特异性转录组数据，揭示了泛神经元基因中的细胞特异性剪接变体，并开发了识别细胞特异性表达模式的算法	由于低捕获效率和灵敏度，单细胞RNA测序在分析选择性剪接方面存在挑战	研究神经元中基因表达和选择性剪接的多样性	神经元	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	CeNGEN联盟生成的生物重复样本
928	2025-05-20	Magnetic soft microrobots for erectile dysfunction therapy 2024-Dec-03, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2407809121 PMID:39556757	研究论文	开发了一种用于治疗勃起功能障碍的磁性软微型机器人，用于增强间充质基质细胞的保留和存活率	创新的磁性软微型机器人设计，包含超软水凝胶微球和磁性纳米颗粒链，具有清除活性氧的功能	NA	提高间充质基质细胞在勃起功能障碍治疗中的保留和存活率	间充质基质细胞（MSCs）和勃起功能障碍（ED）动物模型	生物医学工程	勃起功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	NA	大鼠和比格犬ED模型
929	2025-05-20	Single-cell transcriptome analysis reveals CD34 as a marker of human sinoatrial node pacemaker cardiomyocytes 2024-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54337-4 PMID:39604360	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了CD34作为人类窦房结起搏心肌细胞的标志物	首次报道了CD34作为窦房结起搏细胞的表面标志物，并鉴定了三种起搏细胞亚型	研究主要基于胎儿和干细胞来源的窦房结细胞，未涉及成人原代细胞	解析人类窦房结起搏细胞的分子特征并寻找其表面标志物	人类窦房结起搏心肌细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞/单核RNA测序	NA	单细胞转录组数据	胎儿和干细胞来源的窦房结细胞
930	2025-05-20	Spatially organized tumor-stroma boundary determines the efficacy of immunotherapy in colorectal cancer patients 2024-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54710-3 PMID:39592630	研究论文	本研究通过整合空间增强分辨率组学测序、单细胞RNA测序和多路成像分析，揭示了结直肠癌患者肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法疗效的关系	首次将肿瘤-间质边界的空间组织和免疫状态与免疫检查点阻断疗法的疗效联系起来，并识别了影响治疗反应的关键细胞类型和分子机制	研究样本可能有限，且未涉及其他类型癌症的验证	探究结直肠癌患者对免疫检查点阻断疗法不同反应的肿瘤微环境机制	结直肠癌患者的肿瘤组织和肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	Stereo-seq, 单细胞RNA测序, 多路成像分析	NA	空间组学数据, 单细胞转录组数据, 成像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初治和接受ICB治疗的CRC患者样本
931	2025-05-20	HLA-A+ tertiary lymphoid structures with reactivated tumor infiltrating lymphocytes are associated with a positive immunotherapy response in esophageal squamous cell carcinoma 2024-Jul, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02712-9 PMID:38762674	研究论文	本研究探讨了HLA-A阳性三级淋巴结构（TLSs）及其中的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在食管鳞状细胞癌（ESCC）免疫治疗反应中的作用	首次发现HLA-A阳性TLSs及其中的TIL-T和TIL-B淋巴细胞与ESCC患者对免疫检查点阻断（ICB）治疗的临床获益相关	样本量相对有限（60例ESCC患者），且为回顾性研究	寻找ESCC免疫治疗的生物标志物并探讨其临床相关性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	肿瘤免疫学	食管鳞状细胞癌	NanoString GeoMx数字空间分析仪、单细胞RNA测序、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	42例初治ESCC肿瘤组织和60例ESCC患者
932	2025-05-20	Underrepresentation of activating KIR gene expression in single-cell RNA-seq data is due to KIR gene misassignment 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350590 PMID:37944995	research paper	该文章揭示了标准单细胞RNA测序比对流程在杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本分配上的错误倾向，导致KIR表达量化的不准确	指出了标准单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题，特别是激活型KIR转录本被误分类为抑制型KIR表达	NA	研究单细胞RNA测序比对流程中KIR转录本错误分配的问题	杀伤免疫球蛋白样受体（KIR）转录本	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	NA
933	2025-05-19	Spatio-temporal transcriptomics of chromothriptic SHH-medulloblastoma identifies multiple genetic clones that resist treatment and drive relapse 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54709-w PMID:39609432	研究论文	本研究通过空间转录组学分析了13例染色体碎裂与非染色体碎裂的儿童髓母细胞瘤，揭示了染色体碎裂肿瘤的空间瘤内异质性更高，并识别出多个遗传克隆在治疗抵抗和复发中的作用	首次应用空间转录组学技术揭示染色体碎裂髓母细胞瘤的空间瘤内异质性及其与治疗抵抗和复发的关系	样本量较小（13例肿瘤和11例患者来源的异种移植样本）	探究染色体碎裂髓母细胞瘤的分子构成和侵袭性决定因素	儿童髓母细胞瘤（染色体碎裂与非染色体碎裂）	数字病理学	髓母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	13例肿瘤样本（染色体碎裂与非染色体碎裂）和11例患者来源的异种移植样本
934	2025-05-19	C/EBPβ-dependent autophagy inhibition hinders NK cell function in cancer 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54355-2 PMID:39609420	研究论文	该研究揭示了自噬在NK细胞抗肿瘤功能中的核心调控作用，并提出了通过调节自噬增强NK细胞免疫疗法的新策略	首次将自噬识别为NK细胞内的一个细胞内检查点，并证明通过基因和药物激活自噬可以改善NK细胞的效应和细胞毒功能	研究主要基于前列腺癌模型和小鼠实验，结果在人类其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索癌症如何使NK细胞功能失调以及如何克服这种抵抗，以增强基于NK细胞的免疫治疗效果	NK细胞（自然杀伤细胞）及其在肿瘤微环境中的功能变化	免疫肿瘤学	前列腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、流式细胞术	NA	基因表达数据、流式细胞数据	晚期人类前列腺癌患者的肿瘤浸润和非肿瘤NK细胞，以及多种小鼠癌症模型
935	2025-05-19	Transcription factors ASCL1 and OLIG2 drive glioblastoma initiation and co-regulate tumor cell types and migration 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54750-9 PMID:39609428	研究论文	研究探讨了转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）起始过程中的作用及其对肿瘤细胞类型和迁移的共调控	揭示了ASCL1和OLIG2在GBM形成中的冗余功能及其通过相互结合和调控下游靶基因决定肿瘤细胞类型和迁移程度的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类GBM中的适用性尚需进一步验证	探究ASCL1和OLIG2在GBM起始和肿瘤细胞异质性调控中的作用	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型中的SVZ祖细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠GBM模型	基因表达数据	NA
936	2025-05-19	Spatial Pathomics Toolkit for Quantitative Analysis of Podocyte Nuclei with Histology and Spatial Transcriptomics Data in Renal Pathology 2024-Feb, Proceedings of SPIE--the International Society for Optical Engineering DOI:10.1117/12.3006318 PMID:40375953	research paper	介绍了一种名为空间病理组学工具包（SPT）的新工具，用于定量分析肾脏病理学中的足细胞核与组织学和空间转录组学数据	开发了SPT工具包，能够精确识别足细胞核、提取定量特征并分析空间关系，为肾脏病理学研究提供了创新方法	未提及具体样本量或工具在更广泛病理学应用中的验证情况	推进肾脏病理学中的细胞空间病理组学研究	足细胞核的形态和纹理特征及其空间分布	digital pathology	renal pathology	spatial transcriptomics, Whole Slide Images (WSIs)	NA	image, spatial transcriptomics data	NA
937	2025-05-17	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	开发了一个名为CrossChat的计算框架，用于检测和分析细胞间通讯的全局和局部层次结构	提出了一个新颖的计算框架CrossChat，能够通过多分辨率聚类方法和树检测方法，全面分析细胞间通讯的层次结构	NA	理解和分析细胞间通讯的层次结构及其对复杂组织功能的调控作用	细胞间通讯的层次结构	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（Spatial Transcriptomics）	多分辨率聚类方法、树检测方法	scRNA-seq数据、空间转录组数据	两个来自COVID-19患者的非空间scRNA-seq数据集、两个来自小鼠胚胎皮肤的空间转录组数据集
938	2025-05-17	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-12-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠肺部黑色素瘤细胞到达后6小时内肺内皮细胞的转录重编程，发现了一个反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)，并揭示了Pim3激酶在保护血管屏障中的作用	首次发现反应性毛细血管内皮细胞簇(rCap)及其在转移性微环境中的作用，揭示了Pim3激酶在维持血管屏障功能中的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限；仅观察了6小时内的早期变化	探究转移性微环境中内皮细胞的分子调控机制及其在癌症转移中的作用	小鼠肺内皮细胞和黑色素瘤细胞	癌症生物学	黑色素瘤	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	NA
939	2025-05-17	Granzyme K+CD8+ T cells interact with fibroblasts to promote neutrophilic inflammation in nasal polyps 2024-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54685-1 PMID:39614076	research paper	该研究揭示了在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中，GZMK+CD8+ T细胞与成纤维细胞的相互作用如何促进中性粒细胞炎症	首次发现GZMK+CD8+ T细胞通过CXCR4/CXCL12轴与成纤维细胞互作，特异性地促进中性粒细胞趋化因子的产生	研究主要聚焦于CRSwNP，其他炎症性疾病中的类似机制需要进一步验证	阐明CRSwNP中中性粒细胞炎症的分子机制	慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者的组织样本	免疫学	慢性鼻窦炎	单细胞分析、空间转录组学、T细胞受体测序	NA	基因表达数据、空间转录组数据	未明确说明样本数量，使用CRSwNP患者组织样本
940	2025-05-17	COVID-19 progression and convalescence in common variable immunodeficiency patients show dysregulated adaptive immune responses and persistent type I interferon and inflammasome activation 2024-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54732-x PMID:39609471	研究论文	研究常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者在COVID-19病程和恢复期间的适应性免疫反应失调以及持续的I型干扰素和炎症小体激活	首次使用单细胞RNA测序和光谱流式细胞术分析CVID患者在SARS-CoV-2感染前、期间和恢复后的外周血样本，揭示了持续的I型干扰素特征和适应性免疫改变	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	探究CVID患者长期病毒感染对免疫反应的影响	常见变异型免疫缺陷病（CVID）患者	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），光谱流式细胞术	NA	外周血样本	NA