单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
921	2025-04-10	Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration 2024-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107344 PMID:38705389	研究论文	本研究通过条件性删除小鼠视网膜色素上皮中的miR-204和miR-211，探讨了这些microRNA在视网膜功能维持中的作用及其缺失导致的视网膜退化	首次在成年小鼠中实现了视网膜色素上皮特异性条件性敲除miR-204和miR-211家族，揭示了这些microRNA在维持视网膜功能中的关键作用及其缺失导致的神经视网膜炎症和退化	研究仅限于小鼠模型，人类视网膜中的具体作用机制仍需进一步验证	探究miR-204和miR-211家族在视网膜色素上皮和神经视网膜功能维持中的作用机制	条件性敲除miR-204和miR-211的小鼠视网膜色素上皮和神经视网膜	分子生物学	视网膜退化性疾病	条件性基因敲除、光学相干断层扫描、单细胞RNA测序	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、影像数据	两种条件性KO小鼠品系
922	2025-04-09	Transcriptomic Analysis of Air-Liquid Interface Culture in Human Lung Organoids Reveals Regulators of Epithelial Differentiation 2024-12-02, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13231991 PMID:39682739	研究论文	通过单细胞RNA测序分析气液界面培养对人肺类器官上皮细胞分化的影响	揭示了气液界面培养在促进纤毛细胞分化和减少基底细胞方面的显著效果，并识别了上皮细胞分化的关键信号	未提及样本量的具体信息，可能影响结果的普遍性	识别影响上皮细胞分化的关键因素，开发体外呼吸模型	人肺类器官中的上皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
923	2025-04-09	Integrative Multiomics in the Lung Reveals a Protective Role of Asporin in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-Oct-15, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.069864 PMID:39167456	研究论文	通过整合多组学方法在肺部研究中发现asporin在肺动脉高压中的保护作用	利用最大的多中心PAH肺生物库，结合多种组学数据，发现asporin作为新的保护性靶点	获取人类PAH肺样本较为困难	揭示肺动脉高压(PAH)的病理生物学机制	肺动脉高压(PAH)患者和对照组的肺组织	生物医学研究	肺动脉高压	转录组分析、全基因组关联研究、贝叶斯调控网络、单细胞转录组学、药物转录组学	NA	转录组数据、临床病理数据	96例PAH患者和52例对照组的肺组织样本
924	2025-04-09	Heat Inactivation of Nipah Virus for Downstream Single-Cell RNA Sequencing Does Not Interfere with Sample Quality 2024-01-09, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13010062 PMID:38251369	研究论文	本文研究了在单细胞RNA测序（scRNA-seq）过程中，通过热灭活尼帕病毒（NiV）以确保样本安全性的方法，同时不影响样本质量和下游分析结果	首次验证了在scRNA-seq流程中加入额外热灭活步骤对尼帕病毒的有效灭活作用，且不影响样本质量	研究仅针对尼帕病毒和特定商业化的微流控分区scRNA-seq平台，其他BSL-4病原体或平台可能需要额外验证	开发适用于BSL-4病原体的安全scRNA-seq工作流程	尼帕病毒（NiV）感染的细胞样本	病毒学与单细胞测序技术	尼帕病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了商业化的微流控分区scRNA-seq平台
925	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
926	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
927	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
928	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
929	2025-04-07	Single-cell analysis identifies PLK1 as a driver of immunosuppressive tumor microenvironment in LUAD 2024-Jun, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011309 PMID:38885192	研究论文	通过单细胞分析发现PLK1是肺腺癌免疫抑制肿瘤微环境的驱动因素	揭示了PLK1通过调控CXCL2细胞因子分泌促进M2型肿瘤相关巨噬细胞极化和抑制抗原呈递过程的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究PLK1在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用机制	肺腺癌肿瘤微环境中的PLK1信号通路	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	单细胞转录组数据	基因工程小鼠模型
930	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）
931	2025-04-06	Perivascular NOTCH3+ Stem Cells Drive Meningioma Tumorigenesis and Resistance to Radiotherapy 2024-Oct-04, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-23-1459 PMID:38742767	研究论文	研究发现NOTCH3+干细胞在脑膜瘤的发生和放疗抵抗中起关键作用，并提出了一种新的治疗策略	首次报道了血管周围NOTCH3+干细胞在脑膜瘤发生和放疗抵抗中的作用，并发现了一种通过稳定NOTCH3负调控区域的抗体来抑制肿瘤生长和增强放疗敏感性的治疗方法	研究主要基于小鼠模型和异种移植实验，临床转化效果需进一步验证	探究脑膜瘤发生和放疗抵抗的细胞类型及信号机制，并寻找有效的系统性治疗方法	人类、狗和小鼠的脑膜瘤组织	肿瘤学	脑膜瘤	单细胞转录组学、谱系追踪、成像技术	基因工程小鼠模型和异种移植模型	基因表达数据、影像数据	涉及人类、狗和小鼠的脑膜瘤样本，具体数量未明确说明
932	2025-04-06	Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state 2024-Apr-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011 PMID:38521057	研究论文	利用自发荧光成像技术研究神经干细胞激活状态	首次发现静止和激活状态的神经干细胞具有独特的自发荧光特征，并可作为生物标志物	研究仅限于小鼠神经干细胞，未涉及其他物种或细胞类型	探索神经干细胞激活状态的生物标志物及其与代谢重塑的关系	小鼠神经干细胞（NSCs）	生物医学成像	NA	荧光寿命成像（FLIM）和单细胞RNA测序	NA	图像和转录组数据	未明确说明样本数量，但研究涉及单细胞分辨率分析
933	2025-04-05	Unraveling the immunomodulatory impact of hydroxychloroquine on peripheral T cells using single-cell RNA sequencing 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103324 PMID:39405653	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了羟氯喹（HCQ）对外周T细胞的免疫调节作用	首次在单细胞水平上详细描述了HCQ对T细胞亚群的影响，特别是对效应CD4和CD8 T细胞的调控机制	研究主要基于体外实验，体内效应的验证需要进一步研究	阐明HCQ在T细胞中的免疫调节机制	外周T细胞	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，包括体外刺激的T细胞和狼疮患者的T细胞样本
934	2025-04-05	Cellular communication network factor 3 contributes to the pathological process of rheumatoid arthritis through promoting cell senescence and osteoclastogenesis in the joint 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103334 PMID:39549484	研究论文	本文探讨了细胞通讯网络因子3（CCN3）在类风湿性关节炎（RA）病理过程中的作用及其治疗潜力	研究发现CCN3通过促进细胞衰老和破骨细胞生成在RA关节中发挥重要作用，并评估了CCN3抗体作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人类临床试验中验证CCN3抗体的治疗效果	探究CCN3在RA病理过程中的分子功能及其作为治疗靶点的潜力	类风湿性关节炎患者的关节组织和实验模型小鼠	病理学	类风湿性关节炎	scRNA-seq	实验性RA模型	基因表达数据和细胞实验数据	公共scRNA-seq数据和实验模型小鼠
935	2025-04-05	EZH2 promotes B-cell autoimmunity in primary Sjogren's syndrome via METTL3-mediated m6A modification 2024-12, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2024.103341 PMID:39577129	研究论文	本研究探讨了EZH2在原发性干燥综合征(pSS)中通过METTL3介导的m6A修饰促进B细胞自身免疫反应的机制	揭示了EZH2通过METTL3介导的m6A修饰调控B细胞自身免疫反应的新机制，并提出了EZH2抑制作为pSS治疗的潜在策略	研究主要基于体外实验和动物模型，临床转化效果需要进一步验证	阐明EZH2在pSS中B细胞自身免疫反应中的作用并探索其治疗潜力	原发性干燥综合征(pSS)患者和干燥综合征小鼠模型中的B细胞	免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序、RNA-seq、ChIP-seq、ChIP-qPCR、流式细胞术、CFSE检测、RIP-qPCR、m6A-RIP-qPCR	NA	基因表达数据、表观遗传数据、临床数据	pSS患者外周血和唾液腺样本、三种不同干燥综合征小鼠模型
936	2025-04-05	PAGE-based transfer learning from single-cell to bulk sequencing enhances model generalization for sepsis diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae661 PMID:39710434	研究论文	本文提出了一种基于单细胞和批量转录组数据融合的scPAGE2方法，用于提高脓毒症诊断模型的泛化能力	升级了scPAGE方法，通过迁移学习将单细胞转录组信息有效转移到批量转录组数据中，构建了性能优越的脓毒症诊断模型	NA	提高脓毒症诊断模型的泛化能力	脓毒症患者的转录组数据	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, FACS, 下一代测序, 微阵列	scPAGE2	转录组数据	7个数据集，涉及3个转录组平台和FACS数据
937	2025-04-05	Metabolic Labeling and Digital Microfluidic Single-Cell Sequencing for Single Bacterial Genotypic-Phenotypic Analysis 2024-11, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202402177 PMID:39077951	研究论文	本文介绍了一种基于数字微流控的自动化检测方法Digital-GPA，用于单抗生素耐药细菌的全基因组测序，实现基因型和表型分析	开发了Digital-GPA方法，能够高效分离和测序荧光D-氨基酸标记的抗生素耐药细菌，提供高质量的单细胞扩增基因组，识别微小和主要突变	未提及方法的具体操作复杂度和成本，可能限制其在临床中的广泛应用	全面分析抗生素耐药细菌的基因型和表型特征，以更好地理解抗生素耐药性	抗生素耐药细菌	数字病理学	细菌感染	数字微流控技术、全基因组测序、荧光D-氨基酸标记	NA	基因组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本中的耐药病原体
938	2025-04-05	Inflammation-induced epigenetic imprinting regulates intestinal stem cells 2024-Oct-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.08.006 PMID:39232559	research paper	该研究探讨了炎症如何通过表观遗传印记影响肠道干细胞（ISCs）的代谢和再生能力	揭示了炎症通过琥珀酸积累重编程ISCs表观基因组，从而影响其分化和再生能力的机制	研究主要基于GI GVHD模型，可能不适用于其他炎症条件	探究炎症对肠道干细胞适应性和再生能力的长效影响	Lgr5标记的肠道干细胞	表观遗传学	胃肠道移植物抗宿主病	单细胞转录组学、类器官培养、代谢组学、表观基因组学	NA	转录组数据、代谢数据、表观遗传数据	未明确说明样本数量
939	2025-04-05	Single-cell sequencing analysis of chronic subdural hematoma cell subpopulations and their potential therapeutic mechanisms 2024-06-01, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.110936 PMID:38554980	研究论文	通过单细胞测序分析慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的细胞亚群及其潜在治疗机制	首次对手术切除的血肿中的细胞进行全面分类，并探讨其与CSDH复发的相关性	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	分析CSDH患者外周血和血肿部位的细胞亚群及其对疾病的影响	慢性硬膜下血肿(CSDH)患者的外周血和手术切除的血肿	数字病理学	神经系统疾病	单细胞测序	NA	基因表达数据	未明确说明
940	2025-04-04	Single-Cell Multiomics Identifies Glycan Epitope LacNAc as a Potential Cell-Surface Effector Marker of Peripheral T Cells in Bladder Cancer Patients 2024-12-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.4c00635 PMID:39582226	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术，鉴定出糖基化表位LacNAc作为膀胱癌患者外周T细胞的潜在表面效应标记物	首次系统整合了单细胞转录组、T细胞受体(TCR)库和糖基化表位LacNAc分析，揭示了LacNAc在外周T细胞中的新功能	研究仅针对膀胱癌患者，未验证其他癌症类型中LacNAc的功能	探索外周血免疫细胞在肿瘤进展中的表型变化及其分子机制	膀胱癌患者的外周血T细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞多组学分析、化学酶标记、DNA条形码	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据、糖基化数据	膀胱癌患者的外周血样本