单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2025-04-12	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	通过单细胞转录组测序和批量RNA-seq研究蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别相关关键基因以改进诊断和治疗策略	首次识别SAH相关巨噬细胞亚群，构建基于10个关键基因的诊断模型，并发现CD14、GPNMB、SPP1和PRDX5作为潜在治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证这些发现并探索靶点在SAH治疗中的临床意义	改进蛛网膜下腔出血的诊断和治疗策略	SAH大鼠模型中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序, 批量RNA-seq	CNN, 机器学习算法	RNA-seq数据	SAH大鼠模型的脑组织样本
902	2025-04-12	Characterizing Neutrophil Subtypes in Cancer Using scRNA Sequencing Demonstrates the Importance of IL1β/CXCR2 Axis in Generation of Metastasis-specific Neutrophils 2024-02-29, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0319 PMID:38358352	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录亚型及其发育谱系	首次全面比较健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录状态，并发现IL1β/CXCR2轴在转移特异性中性粒细胞生成中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究中性粒细胞在癌症中的异质性及其在转移过程中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌	scRNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据集和独立生成的人类和小鼠数据集
903	2025-04-11	Transcriptomic and spatial dissection of human ex vivo right atrial tissue reveals proinflammatory microvascular changes in ischemic heart disease 2024-May-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101556 PMID:38776872	研究论文	通过单核RNA测序和空间转录组学技术，研究人类离体右心房组织和心包液在缺血性心脏病、心肌梗死及缺血性和非缺血性心力衰竭中的基因表达变化	首次在人类右心房组织和心包液中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，揭示了疾病相关基因表达的显著差异，特别是炎症性微血管功能障碍的发现	研究样本为离体组织，可能无法完全反映体内生理状态	探讨心血管疾病在右心房电学和结构重塑中的作用，及其与心律失常、心力衰竭和猝死的关系	人类离体右心房组织和心包液	心血管疾病研究	缺血性心脏病、心肌梗死、心力衰竭	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学	NA	基因表达数据	无症状瓣膜疾病患者作为对照组，具体样本数量未明确说明
904	2025-04-11	Single-cell analysis revealed a potential role of T-cell exhaustion in colorectal cancer with liver metastasis 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18341 PMID:38647235	研究论文	通过单细胞分析揭示了T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的潜在作用	首次通过单细胞测序技术揭示了T细胞耗竭在结直肠癌肝转移中的具体作用机制，并发现了CEACAM5和ADGRE5-CD55在Tex与Treg细胞-上皮细胞相互作用中的关键角色	研究基于公共数据库数据，缺乏实验验证	探究T细胞耗竭对结直肠癌肝转移的影响	结直肠癌肝转移患者的单细胞测序数据	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序，ssGSEA分析	Seurat包分析	单细胞RNA测序数据	NA
905	2025-04-11	Integrated analysis highlights the significance role of ITGAL in lung adenocarcinoma 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18289 PMID:38613346	研究论文	本研究通过整合分析揭示了ITGAL在肺腺癌中的重要作用	首次全面分析ITGAL在肺腺癌中的表达及其与临床预后的关系，并探索其在肿瘤微环境中的调控机制	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，缺乏大规模临床样本验证	探究ITGAL在肺腺癌中的生物学功能及其临床意义	肺腺癌组织和细胞	肿瘤生物学	肺腺癌	单细胞测序、3D Matrigel培养、BrdU ELISA、伤口愈合迁移实验	NA	mRNA表达数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的肺腺癌样本及配对正常组织样本
906	2025-04-11	Detecting early-warning biomarkers associated with heart-exosome genetic-signature for acute myocardial infarction: A source-tracking study of exosome 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18334 PMID:38661439	研究论文	通过血浆外泌体源追踪分析，检测与心脏外泌体遗传特征相关的急性心肌梗死早期预警生物标志物	首次通过源追踪分析心脏外泌体遗传特征，识别出三个与急性心肌梗死相关的早期预警基因标志物	研究仅关注心脏来源外泌体，可能忽略了其他组织来源外泌体的潜在影响	发现急性心肌梗死的早期预警生物标志物	血浆外泌体及其遗传特征	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序、加权基因校正网络、机器学习分析	机器学习	遗传数据	住院患者队列
907	2025-04-11	Identification of PPAR-related differentially expressed genes liver hepatocellular carcinoma and construction of a prognostic model based on data analysis and molecular docking 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18304 PMID:38652093	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析肝细胞癌（LIHC）的分子机制，构建了一个基于PPAR相关基因的预后模型，并预测了潜在的小分子药物	利用单细胞RNA测序数据识别PPAR相关基因在LIHC中的差异表达，构建预后模型并预测潜在治疗药物	研究依赖于公共数据集，未进行大规模临床验证	探索LIHC的分子机制并寻找潜在治疗靶点	肝细胞癌（LIHC）样本中的多种细胞群体（自然杀伤细胞、T细胞、B细胞、髓系细胞、内皮细胞、成纤维细胞和肝细胞）	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	TCGA-LIHC、ICGI-LIRI和GSE14520数据集中的样本
908	2025-04-11	Integrative analysis unveils ECM signatures and pathways driving hepatocellular carcinoma progression: A multi-omics approach and prognostic model development 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18230 PMID:38568083	研究论文	通过多组学方法揭示细胞外基质（ECM）在肝细胞癌（LIHC）进展中的特征和通路，并开发预后模型	整合单细胞转录组分析和多组学数据，揭示ECM在LIHC中的关键作用，并构建基于ECM的预后模型	样本量较小（10个LIHC样本），且依赖公共数据库数据	探索ECM在LIHC免疫浸润和预后分层中的潜在价值	肝细胞癌（LIHC）患者样本和细胞系	数字病理学	肝癌	scRNA-seq, Western blotting, 侵袭实验, Transwell实验	Lasso回归	单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据	10个LIHC样本（scRNA-seq数据）, TCGA-LIHC队列, CheckMate研究队列
909	2025-04-11	Integration of single-cell and RNA-seq data to explore the role of focal adhesion-related genes in osteoporosis 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18271 PMID:38534087	研究论文	通过整合单细胞和RNA-seq数据，探索粘着斑相关基因在骨质疏松症中的作用	结合单细胞RNA测序和RNA测序数据，鉴定了两个与粘着斑相关的枢纽基因（FAM129A和RNF24），并构建了竞争性内源RNA网络和转录因子-枢纽基因网络	研究仅基于两个队列（GSE56815和GSE56116）的数据，样本量可能有限	挖掘与粘着斑相关的枢纽基因并研究它们在骨质疏松症中的作用	骨质疏松症患者和小鼠模型	生物信息学	骨质疏松症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	两个队列（GSE56815和GSE56116）的数据，具体样本数量未明确说明
910	2025-04-11	Histone modification-linked prognostic model for ovarian cancer reveals LBX2 as a novel growth promoter 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18260 PMID:38520216	研究论文	本研究探讨了组蛋白修饰相关基因在预测卵巢癌患者预后中的作用，并构建了一个预后模型	发现了LBX2作为卵巢癌细胞增殖的新型促进因子，并构建了基于组蛋白修饰相关基因的预后模型	研究依赖于多个队列的转录组数据，但未提及样本的具体数量或多样性限制	研究组蛋白修饰相关基因在卵巢癌预后中的作用	卵巢癌患者及其相关基因	数字病理学	卵巢癌	RNA-Seq, scRNA-Seq, Lasso回归	风险评分模型	转录组数据	NA
911	2025-04-11	Prognostic and immunotherapeutic potential of regulatory T cell-associated signature in ovarian cancer 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18248 PMID:38520220	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和机器学习算法，开发了一个与调节性T细胞相关的特征评分（TAS），用于预测卵巢癌患者的预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA测序和机器学习算法开发了一个新的Tregs相关特征评分（TAS），能够预测卵巢癌患者的生存结果和免疫治疗反应	研究未提及样本的具体数量，且外部验证队列的详细信息未明确说明	探索调节性T细胞相关基因在卵巢癌中的预后和免疫治疗潜力	卵巢癌患者	digital pathology	ovarian cancer	scRNA-Seq, ssGSEA, WGCNA	RSF, LASSO	RNA sequencing data	NA
912	2025-04-11	Construction of a prognostic model with CAFs for predicting the prognosis and immunotherapeutic response of lung squamous cell carcinoma 2024-04, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18262 PMID:38520221	研究论文	构建一个基于CAFs的预后模型，用于预测肺鳞状细胞癌的预后和免疫治疗反应	首次通过单细胞RNA测序数据分类不同类型的CAFs，并识别出与预后相关的CAFRGs，构建了一个具有显著预后相关性的模型	CAFs在LUSC中的功能复杂且不确定，模型的验证仍需进一步研究	预测肺鳞状细胞癌的预后和免疫治疗反应	肺鳞状细胞癌（LUSC）患者及其肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺癌	scRNA-seq, ssGSEA	Cox回归模型	单细胞RNA测序数据	NA
913	2025-04-10	Synthetic control removes spurious discoveries from double dipping in single-cell and spatial transcriptomics data analyses 2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.21.550107 PMID:37546812	research paper	本文提出了一种名为ClusterDE的统计方法，用于在单细胞和空间转录组数据分析中识别可靠的细胞类型和空间域标记基因，同时控制假发现率	ClusterDE通过生成合成零数据作为阴性对照，有效检测并消除由双重分析引起的虚假发现，提高了标记基因的可靠性	未明确提及具体局限性	解决单细胞和空间转录组数据分析中双重分析导致的假阳性标记基因问题	单细胞和空间转录组数据中的细胞类型和空间域标记基因	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组数据分析	ClusterDE	单细胞和空间转录组数据	未明确提及具体样本量
914	2025-04-10	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核和空间转录组学数据，揭示了人类海马的分子景观	结合空间分辨转录组学（SRT）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，首次定义了海马细胞类型和空间域的分子特征	研究样本仅来自10名成年神经典型供体，可能限制结果的普遍性	揭示人类海马体的分子特征及其与空间组织的关系	人类海马体组织	生物信息学	NA	空间分辨转录组学（SRT）、单核RNA测序（snRNA-seq）、非负矩阵分解（NMF）	NMF	转录组数据	10名成年神经典型供体的海马体组织
915	2025-04-10	Mucosal Single-Cell Profiling of Crohn's-Like Disease of the Pouch Reveals Unique Pathogenesis and Therapeutic Targets 2024-Dec, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.025 PMID:39084267	research paper	通过单细胞分析研究克罗恩样袋病（CDP）的黏膜细胞，揭示其独特的发病机制和治疗靶点	首次使用单细胞RNA测序和质谱流式技术对CDP患者黏膜细胞进行深入分析，发现内质网应激在CDP中的重要作用	样本量相对有限（50例患者），且仅针对特定患者群体（有溃疡性结肠炎病史的患者）	探究克罗恩样袋病（CDP）的发病机制并寻找潜在治疗靶点	接受回肠袋-肛门吻合术的50例患者的黏膜细胞（包括正常回肠袋和CDP患者）	digital pathology	inflammatory bowel disease	single-cell RNA sequencing, mass cytometry, immunohistochemistry	NA	single-cell RNA sequencing data, mass cytometry data	50例接受回肠袋-肛门吻合术的患者（包括正常回肠袋和CDP患者）
916	2025-04-10	scRNA-Seq reveals age-dependent microglial evolution as a determinant of immune response following spinal cord injury 2024-12, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111116 PMID:39515654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了脊髓损伤后不同年龄组小胶质细胞的亚型及其功能差异	首次系统性地鉴定了脊髓损伤后年龄依赖性小胶质细胞亚型演化及其免疫功能差异	研究主要基于生物信息学分析，动物模型验证样本量有限	探究年龄因素如何通过小胶质细胞亚型影响脊髓损伤后的免疫反应	脊髓损伤后的小胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	scRNA-seq, 免疫荧光染色	伪时间轨迹分析, CellChat细胞通讯分析	基因表达数据	整合GEO数据库中多个数据集的小鼠模型样本
917	2025-04-10	Single-Cell Proteomic and Transcriptomic Characterization of Drug-Resistant Prostate Cancer Cells Reveals Molecular Signatures Associated with Morphological Changes 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.23.619905 PMID:39553982	研究论文	本研究通过单细胞蛋白质组学和转录组学技术，揭示了耐药前列腺癌细胞中与形态变化相关的分子特征	采用优化的高通量DIA方法进行单细胞蛋白质组分析，平均每个细胞鉴定和定量超过1,300种蛋白质，并结合scRNA-seq数据发现了一致性改变的基因	样本量相对较小（每天60个样本），且仅针对PC3细胞系进行研究	探究耐药前列腺癌细胞的蛋白质组特征及其与形态变化的关联	耐药前列腺癌细胞（DRCs）和亲本PC3细胞	单细胞组学	前列腺癌	单细胞蛋白质组学（SCP）、数据非依赖采集（DIA）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、转录组数据	每天60个样本（具体总数未明确说明）
918	2025-04-10	Investigating the mechanisms of inflammation and immune alterations in Parkinson's disease using spatial transcriptomics techniques 2024-10-15, Brain research bulletin IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.brainresbull.2024.111076 PMID:39306046	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探究帕金森病中炎症和免疫改变的机制	首次在MPTP诱导的帕金森病小鼠模型中应用空间转录组学技术，揭示了中脑黑质区域的病理变化与铁死亡之间的关联	研究仅基于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究帕金森病中炎症和免疫改变的分子机制	MPTP诱导的帕金森病小鼠模型	空间转录组学	帕金森病	空间转录组测序	MPTP诱导的小鼠模型	转录组数据	未明确说明样本数量
919	2025-04-10	Deciphering brain cellular and behavioral mechanisms: Insights from single-cell and spatial RNA sequencing 2024 Jul-Aug, Wiley interdisciplinary reviews. RNA DOI:10.1002/wrna.1865 PMID:38972934	综述	本文综述了单细胞RNA测序和空间转录组学在脑研究中的应用及其潜在问题和挑战	深入探讨了单细胞和空间RNA测序与神经科学多个方向的整合潜力，包括神经发育、新型脑微结构识别等	未具体说明数据处理中的具体技术限制或样本量限制	理解单个细胞或细胞类型在特定脑功能中的作用	脑细胞及其在脑功能中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
920	2025-04-10	Spatial transcriptomics unravels palmitoylation and zonation-dependent gene regulation by AEG-1 in mouse liver 2024-06, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107322 PMID:38677511	研究论文	本研究通过空间转录组学技术，揭示了AEG-1蛋白棕榈酰化及其在小鼠肝脏分区依赖性基因调控中的作用	首次利用空间转录组学技术解析AEG-1棕榈酰化对肝脏分区特异性基因调控的影响	研究仅针对小鼠模型，人类肝脏中的情况尚需进一步验证	阐明棕榈酰化如何影响AEG-1介导的肝脏分区特异性基因调控	AEG-1-WT和AEG-1-C75S突变型小鼠的肝脏组织	空间转录组学	肝癌	空间转录组学(ST)	基因敲入小鼠模型	空间转录组数据	AEG-1-WT和AEG-1-C75S同窝小鼠的肝脏样本