单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
901	2024-12-07	Safety and reactogenicity of a controlled human infection model of sand fly-transmitted cutaneous leishmaniasis 2024-Nov, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03146-9 PMID:39095597	研究论文	研究建立了一种通过沙蝇传播的利什曼原虫皮肤病的受控人类感染模型，以促进疫苗开发	首次提供了人类利什曼原虫皮肤病变的免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达的综合图谱	研究样本量较小，且存在疤痕形成的风险	建立受控人类感染模型以促进利什曼原虫皮肤病疫苗的开发	利什曼原虫皮肤病变的免疫反应和病理机制	NA	利什曼病	免疫组织化学和空间转录组学	NA	免疫细胞分布和细胞因子/趋化因子表达	14名参与者
902	2024-12-07	Proinflammatory immune cells disrupt angiogenesis and promote germinal matrix hemorrhage in prenatal human brain 2024-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01769-2 PMID:39349662	研究论文	研究揭示了在胎儿期人脑中，促炎性免疫细胞如何破坏血管生成并促进脑室周围出血	首次展示了微胶质细胞在胎儿期鼠和人脑中与新生血管的相互作用，并发现这些细胞的缺失减少了血管生成，同时揭示了GMH婴儿中CD45细胞的促炎性因子如何破坏血管完整性	研究主要基于小鼠模型和少量早产儿样本，可能无法完全反映人类情况	探讨脑室周围出血的原因及其与免疫细胞的关系	胎儿期鼠和人脑中的微胶质细胞及早产儿的CD45细胞	NA	NA	单细胞转录组学和流式细胞术	NA	细胞	少量早产儿样本
903	2024-12-07	Hexokinase 2 expression in apical enterocytes correlates with inflammation severity in patients with inflammatory bowel disease 2024-10-23, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03710-7 PMID:39444028	研究论文	研究了炎症性肠病患者中顶端肠上皮细胞的己糖激酶2表达与炎症严重程度的关系	首次系统研究了己糖激酶2表达与炎症性肠病活动性的关系，并提出了靶向己糖激酶2抑制作为潜在治疗途径	研究基于两个独立队列的数据，但样本量和队列数量有限	探讨己糖激酶2表达与炎症性肠病炎症严重程度的关系	炎症性肠病患者的顶端肠上皮细胞	NA	炎症性肠病	RNA测序、免疫荧光染色	NA	转录组数据	两个独立队列的炎症性肠病患者，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎患者
904	2024-12-07	Integrative bioinformatics analysis for identifying the mitochondrial-related gene signature associated with immune infiltration in premature ovarian insufficiency 2024-10-08, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-024-03675-7 PMID:39379953	研究论文	本研究通过综合生物信息学分析，识别与早发性卵巢功能不全（POI）相关的线粒体基因特征及其与免疫浸润的关系	首次揭示了线粒体功能与免疫反应在POI发展中的相互作用，并识别出可能的生物标志物和治疗药物	研究主要基于转录组数据和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探讨线粒体功能与免疫反应在早发性卵巢功能不全中的相互作用	早发性卵巢功能不全（POI）及其相关的线粒体基因和免疫细胞	生物信息学	生殖疾病	转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	包括POI模型和人类颗粒细胞（GCs）在内的多种细胞类型
905	2024-12-07	Whole-cortex in situ sequencing reveals input-dependent area identity 2024-Apr-24, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07221-6 PMID:38658747	研究论文	使用BARseq技术对小鼠前脑九个半球中的104个细胞类型标记基因进行高通量原位测序，揭示了皮质区域身份与转录组特征之间的关系	首次使用BARseq技术在细胞分辨率下对大量皮质神经元进行转录组分析，揭示了皮质模块的转录组特征与连接性之间的关系	研究仅限于小鼠前脑，未涉及其他物种或脑区	探讨皮质区域的转录组特征及其在发育过程中的形成机制	小鼠前脑皮质神经元的转录组特征	神经科学	NA	BARseq	NA	基因表达数据	4,194,658个皮质神经元，来自九个小鼠前脑半球
906	2024-12-07	Early amyloid-induced changes in microglia gene expression in male APP/PS1 mice 2024-03, Journal of neuroscience research IF:2.9Q2 DOI:10.1002/jnr.25295 PMID:38515329	研究论文	研究了阿尔茨海默病模型小鼠中早期淀粉样蛋白诱导的微胶质细胞基因表达变化	首次揭示了早期淀粉样蛋白诱导的微胶质细胞基因表达变化，并使用单细胞RNA测序技术分析了从稳态到CD11c阳性微胶质细胞的转录轨迹	研究仅限于雄性APP/PS1小鼠，且样本量较小	探究阿尔茨海默病早期淀粉样蛋白诱导的微胶质细胞基因表达变化	雄性APP/PS1小鼠的海马微胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	基因表达数据	6个月大的APP/PS1小鼠和野生型同窝小鼠的海马微胶质细胞
907	2024-12-07	Statistical inference with a manifold-constrained RNA velocity model uncovers cell cycle speed modulations 2024-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576093 PMID:38328127	研究论文	本文开发了一种生成模型和贝叶斯推断方法，用于解决现有RNA速度算法的不稳定性和缺乏统计控制的问题，并在细胞周期研究中验证了其有效性	提出了一个生成模型和贝叶斯推断方法，将速度场和流形估计结合在一个统一的框架中，以一致地识别自主动力系统的参数	NA	开发一种新的RNA速度推断方法，以解决现有算法的不稳定性和缺乏统计控制的问题	细胞周期中的基因调控动力学	单细胞RNA测序	NA	RNA速度	生成模型	基因表达数据	多个样本和全基因组Perturb-seq数据
908	2024-12-06	Dietary caloric restriction protects experimental autoimmune uveitis by regulating Teff/Treg balance 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111279 PMID:39628557	研究论文	研究探讨了饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响及其机制	首次详细研究了饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响，并揭示了其通过调节Teff/Treg平衡来减轻疾病的机制	研究仅在实验小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的治疗潜力	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞数据	小鼠颈部引流淋巴结样本
909	2024-12-06	A transcriptome-based risk model in sepsis enables prognostic prediction and drug repositioning 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111277 PMID:39628572	研究论文	本研究开发了一种基于转录组特征的脓毒症风险模型，用于早期风险分层和药物再定位	该模型在脓毒症诊断和预后方面表现优异，揭示了高风险患者的免疫抑制状态和低风险患者对氢化可的松的反应不佳，并通过单细胞转录组分析进一步阐明了四个基因在免疫细胞类型中的表达模式和效应	NA	开发一种基于转录组特征的脓毒症风险模型，用于早期风险分层和药物再定位	脓毒症患者的风险分层和药物再定位	生物信息学	脓毒症	转录组分析	风险评分模型	转录组数据	NA
910	2024-12-06	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	研究分析了心脏骤停和复苏后循环免疫细胞的变化，发现多样性NKT细胞在改善神经系统结果中起关键作用	首次发现多样性NKT细胞在心脏骤停后对神经系统保护的作用，并提出通过增强这些细胞的数量或功能来治疗心脏骤停的策略	研究主要基于小鼠模型和临床患者数据，需要进一步的临床试验验证	探讨心脏骤停后神经系统损伤的机制及潜在治疗策略	心脏骤停患者和小鼠模型	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞	大量心脏骤停患者和小鼠样本
911	2024-12-06	Complete Genomic Landscape Reveals Hidden Evolutionary History and Selection Signature in Asian Water Buffaloes (Bubalus bubalis) 2024-Dec-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407615 PMID:39630943	研究论文	研究揭示了亚洲水牛（Bubalus bubalis）的完整基因组图谱，揭示了其隐藏的进化历史和选择特征	首次对470个驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组进行了测序和整合，揭示了驯化和生产力的遗传决定因素	NA	识别亚洲水牛驯化和生产力的遗传决定因素	驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	470个驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组
912	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2024-Dec-04, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境（TME）的动态变化	发现了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞亚型和高表达IL-6的巨噬细胞亚型，并揭示了雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅收集了10个样本，可能影响结果的普适性	帮助泌尿科医生和临床研究人员深入了解膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）的复发过程	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	10个非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）的初发和复发样本
913	2024-12-06	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-Dec-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究报告了PHF16在肠道上皮再生后恢复稳态中的双重功能	首次揭示了PHF16通过调节HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化和CDC73的泛素化来恢复肠道上皮稳态	NA	研究PHF16在肠道上皮再生后的稳态恢复中的作用	PHF16在小鼠肠道上皮再生中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq), ATAC测序	NA	RNA, ATAC	Phf16小鼠的肠道器官样本
914	2024-12-06	Neutrophil-based single-cell sequencing combined with transcriptome sequencing to explore a prognostic model of sepsis 2024-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80791-7 PMID:39622858	研究论文	本研究利用单细胞测序和转录组测序数据，构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型	本研究首次结合单细胞测序和转录组测序数据，构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型，并展示了其强大的预测准确性	本研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差的问题	探索脓毒症的分子机制，并构建一个有效的预后模型	脓毒症患者的中性粒细胞及其基因表达	数字病理学	脓毒症	单细胞测序、转录组测序	Lasso回归模型	单细胞数据、基因表达数据	脓毒症患者的单细胞和基因表达数据来自公开数据库，具体样本数量未提及
915	2024-12-06	Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2024-Dec-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07308-w PMID:39622943	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析左心房组织，揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并识别出功能性生物标志物	首次通过单细胞和核RNA测序技术分析左心房组织，揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并发现Amphiregulin作为心房颤动的替代标志物	研究样本量较小，且仅限于左心房组织，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并寻找功能性生物标志物	心房颤动患者左心房组织中的巨噬细胞和单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞和核RNA测序	NA	转录组数据	心房颤动患者和健康对照组的左心房组织样本
916	2024-12-06	Multi-omics joint screening of biomarkers related to M2 macrophages in gastric cancer 2024-Dec-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01623-8 PMID:39623254	研究论文	本研究通过多组学联合筛选胃癌中与M2巨噬细胞相关的生物标志物，并构建诊断模型	本研究首次通过多组学分析筛选出与M2巨噬细胞相关的三个生物标志物，并构建了基于这些标志物的诊断模型	本研究主要基于公共数据库的数据进行分析，缺乏体内实验验证	探索胃癌中M2巨噬细胞作为生物标志物的潜力，并构建诊断模型	胃癌中的M2巨噬细胞及相关生物标志物	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、差异表达基因筛选（DESeq2）、差异表达蛋白筛选（limma）	诊断模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	4146个差异表达基因和1946个差异表达蛋白
917	2024-12-06	Cross-species single-cell analysis reveals divergence and conservation of peripheral blood mononuclear cells 2024-Dec-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11030-6 PMID:39623297	研究论文	本文通过跨物种单细胞转录组测序分析，揭示了外周血单核细胞在不同物种间的差异和保守性	首次在12个物种中进行外周血单核细胞的单细胞转录组比较分析，揭示了免疫细胞在进化过程中的保守性和特异性	NA	研究免疫细胞在不同物种间的进化保守性和差异	外周血单核细胞	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	12个物种的外周血单核细胞
918	2024-12-06	SMART: spatial transcriptomics deconvolution using marker-gene-assisted topic model 2024-Dec-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03441-1 PMID:39623485	研究论文	本文介绍了一种名为SMART的空间转录组解卷积方法，通过标记基因辅助主题模型同时推断每个点的细胞类型特异性基因表达谱和细胞组成	SMART方法在现实环境中优于现有方法，并提供两阶段方法以增强对细胞亚型的性能	NA	开发一种新的空间转录组解卷积方法，以提高细胞类型特异性基因表达和细胞组成的推断精度	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达和细胞组成	生物信息学	NA	空间转录组学	主题模型	基因表达数据	多个数据集
919	2024-12-06	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders 2024-Dec-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04084-6 PMID:39623507	研究论文	研究了造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性，及其对骨髓移植和血液疾病的临床意义	揭示了造血干细胞中血小板偏向性的进化保守性，并探讨了其在骨髓移植和衰老相关血液疾病中的临床意义	讨论了当前方法学的局限性，并提出了未来研究方向以优化基于造血干细胞的治疗	探讨造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性对骨髓移植和血液疾病的影响	造血干细胞及其在骨髓移植和血液疾病中的作用	NA	血液疾病	单细胞RNA测序和分子条码技术	NA	NA	NA
920	2024-12-06	Prediction of Tumor-Associated Macrophages and Immunotherapy Benefits Using Weakly Supervised Contrastive Learning in Breast Cancer Pathology Images 2024-Dec, Journal of imaging informatics in medicine DOI:10.1007/s10278-024-01166-y PMID:38886290	研究论文	本文提出了一种结合对比学习和弱监督学习的方法，用于从乳腺癌病理图像中预测肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	本文首次将对比学习和弱监督学习应用于病理图像分析，以量化预测肿瘤浸润免疫细胞，特别是巨噬细胞的浸润水平	本文的实验主要基于乳腺癌数据，未来需要验证该方法在其他癌症类型中的适用性	研究旨在通过病理图像分析预测肿瘤免疫微环境中的免疫细胞浸润情况，以及评估免疫治疗效果	研究对象为乳腺癌病理图像中的肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	数字病理学	乳腺癌	对比学习	对比学习模型	图像	两个独立的乳腺癌队列和空间转录组数据