单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-05-31	Multimodal analysis unveils tumor microenvironment heterogeneity linked to immune activity and evasion 2024-Aug-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110529 PMID:39161957	研究论文	通过多模态分析揭示与免疫活性和逃逸相关的肿瘤微环境异质性	提出了一种名为iHet的特征，用于表征肿瘤微环境的主要异质性来源，并证明其在多种癌症中保守且与抗肿瘤免疫相关	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖肿瘤微环境的所有方面	探索肿瘤微环境异质性及其与免疫治疗反应的关系	肺癌及其他癌症的肿瘤微环境	肿瘤免疫学	肺癌	转录组学分析、单细胞转录组学、空间转录组学	系统生物学方法	转录组数据	NA
862	2025-05-31	PURE-seq identifies Egr1 as a Potential Master Regulator in Murine Aging by Sequencing Long-Term Hematopoietic Stem Cells 2024-Aug-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4863813/v1 PMID:39184105	研究论文	本文介绍了一种名为PURE-seq的新技术，用于高效测序稀有细胞，并应用于小鼠长期造血干细胞的研究	开发了PURE-seq技术，能够直接从FACS加载细胞到PIP-seq反应中，减少细胞损失并高效捕获稀有细胞	NA	研究造血衰老过程中小鼠长期造血干细胞的转录组及其调控机制	小鼠长期造血干细胞	单细胞转录组学	衰老相关疾病	PURE-seq, 单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	稀有细胞捕获效率为百万分之一，60分钟分选可捕获数十个细胞
863	2025-05-31	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术解析了人类自然杀伤（NK）细胞的异质性，并鉴定了三个主要亚群及其六个亚组	首次使用单细胞RNA测序和CITE-seq技术全面解析NK细胞的异质性，并提出了标准化的术语以促进未来研究的一致性和可比性	研究主要基于健康人血液样本，对于其他组织或疾病状态下的NK细胞异质性分析可能不够全面	解析人类自然杀伤（NK）细胞的异质性及其分子特征	健康人血液中的NK细胞，以及肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞中的NK细胞	免疫学	NA	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据	健康人血液样本及22种肿瘤类型的样本
864	2025-05-31	The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection 2024-07-21, Viruses DOI:10.3390/v16071173 PMID:39066335	研究论文	本研究探讨了SIV诱导的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动态和抗病毒免疫反应的影响	首次在受控环境中直接评估HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持续性的影响	样本量较小（仅两只猪尾猕猴），可能影响结果的普遍性	评估免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响	慢性感染SIVmac239的猪尾猕猴	病毒学	HIV/AIDS和COVID-19	单细胞RNA测序	非人灵长类动物模型	生物样本数据和测序数据	两只SIV感染的猪尾猕猴和SIV未感染的对照猕猴
865	2025-05-31	Differential regulation by CD47 and thrombospondin-1 of extramedullary erythropoiesis in mouse spleen 2024-Jul-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92679 PMID:38979889	research paper	该研究探讨了CD47和thrombospondin-1在小鼠脾脏髓外造血中的差异调节作用	揭示了CD47和thrombospondin-1信号通路在调节脾脏髓外造血中的不同作用，特别是对早期和晚期红细胞生成的影响	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的验证	研究CD47和thrombospondin-1在脾脏髓外造血中的调控机制	小鼠脾脏中的造血细胞	NA	NA	单细胞转录组分析和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞标记数据	小鼠脾脏细胞
866	2025-05-31	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术，研究了猪肺部在H1N1pdm09感染或呼吸道免疫后的持久免疫学变化	首次在猪模型中利用scRNA-seq和流式细胞术详细描述了流感感染和呼吸道免疫后的持久免疫学影响，特别是IL-1β对Treg细胞功能的影响以及IFI6的上调对病毒复制的抑制作用	研究仅关注了感染或免疫后21天的免疫反应，未探讨更长期的影响	探究流感感染和呼吸道免疫对猪肺部免疫细胞的持久影响	猪肺部的白细胞亚群	免疫学	流感	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	猪的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞
867	2025-05-31	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	research paper	通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞(VSMC)	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组学, 表观遗传分析	基因调控网络	转录组数据, 表观遗传数据	NA
868	2025-05-31	Single cell RNA sequencing of human FAPs reveals different functional stages in Duchenne muscular dystrophy 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1399319 PMID:39045456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类FAPs在杜氏肌营养不良症中的不同功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD患者与健康对照组FAPs的转录组差异，并识别出不同的FAPs亚群及其功能特征	样本量相对较小（n=9验证样本），且仅聚焦于FAPs细胞，未全面研究其他细胞类型在DMD中的作用	探究杜氏肌营养不良症中FAPs的分子调控机制及其在肌肉退化和再生中的作用	人类纤维脂肪前体细胞（FAPs）	单细胞组学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNAseq），10X Genomics，Illumina，qPCR	Seurat分析	单细胞转录组数据	未明确总测序样本数，验证样本n=9
869	2025-05-29	HiDDEN: a machine learning method for detection of disease-relevant populations in case-control single-cell transcriptomics data 2024-11-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53666-8 PMID:39487129	研究论文	提出了一种名为HiDDEN的机器学习方法，用于在病例对照单细胞转录组数据中检测与疾病相关的细胞群体	HiDDEN方法能够精确地反映每个细胞的扰动状态，解决了传统方法在受影响细胞子集较小或扰动强度较弱时无法准确识别的问题	论文未明确提及具体局限性	开发一种计算方法，用于在单细胞RNA-seq研究中准确识别受疾病影响的细胞子集及其标记物	病例对照单细胞转录组数据	机器学习	多发性骨髓瘤前体条件、脱髓鞘疾病	单细胞RNA-seq	NA	单细胞转录组数据	模拟数据集、人类多发性骨髓瘤前体条件数据集、小鼠脱髓鞘模型数据集
870	2025-05-29	Prostaglandin E2-EP2/EP4 signaling induces immunosuppression in human cancer by impairing bioenergetics and ribosome biogenesis in immune cells 2024-11-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53706-3 PMID:39487111	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了前列腺素E2（PGE2）通过EP2/EP4信号通路在人类肿瘤微环境中诱导免疫抑制的机制	揭示了PGE2-EP2/EP4信号通过下调c-Myc和PGC-1，进而影响氧化磷酸化、糖酵解和核糖体蛋白合成，从而损害免疫细胞的功能和抗肿瘤活性的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本的直接证据有限	探究前列腺素E2在肿瘤微环境中的免疫抑制作用及其分子机制	肿瘤浸润的免疫细胞（包括CD8 T细胞和巨噬细胞）	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类癌症样本和雌性小鼠的同基因肿瘤模型
871	2025-05-28	Disrupting CENP-N mediated SEPT9 methylation as a strategy to inhibit aerobic glycolysis and liver metastasis in colorectal cancer 2024-Dec, Clinical & experimental metastasis IF:4.2Q2 DOI:10.1007/s10585-024-10316-z PMID:39424682	研究论文	本研究探讨了CENP-N介导的SEPT9甲基化在结直肠癌有氧糖酵解和肝转移中的作用	发现CENP-N通过介导SEPT9甲基化促进有氧糖酵解和肝转移的新通路	NA	探索抑制结直肠癌进展和肝转移的潜在治疗靶点	结直肠癌细胞	肿瘤学	结直肠癌	单细胞RNA测序、甲基化特异性PCR (MSP)、ChIP实验	NA	基因表达数据、甲基化数据	NA
872	2025-05-28	Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.19.624394 PMID:39605713	research paper	该研究开发了一种使用磁激活细胞分选（MACS）技术富集干细胞衍生胰岛（SC-islets）中CD49a标记的β细胞的方法，以提高其治疗1型糖尿病的潜力	首次利用MACS技术对SC-islets进行CD49a标记的β细胞富集，显著提升了β细胞比例和功能	研究仅针对CD49a标记进行富集，可能忽略了其他潜在的重要细胞标记	提高干细胞衍生胰岛中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的细胞替代治疗	人类多能干细胞（hPSCs）衍生的胰岛细胞	干细胞研究	1型糖尿病	磁激活细胞分选（MACS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、免疫染色图像	人类多能干细胞衍生的胰岛细胞样本
873	2025-05-28	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种名为GLM-EIV的新方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，解决了现有方法中的偏差和方差问题	提出了GLM-EIV方法，将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，并开发了跨数百个处理器部署的计算基础设施	未明确提及具体限制，但暗示了现有方法中存在难以选择的调谐参数问题	解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
874	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594208 PMID:38798590	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断供体的祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先信息，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能代表人类遗传多样性，通过推断供体祖先信息	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201名来自26个人群群体的个体
875	2025-05-25	Huntington's disease cellular phenotypes are rescued non-cell autonomously by healthy cells in mosaic telencephalic organoids 2024-Aug-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50877-x PMID:39095390	research paper	研究亨廷顿病（HD）细胞表型在镶嵌端脑类器官中通过健康细胞的非细胞自主机制得到挽救	揭示了健康细胞通过非细胞自主机制改善HD细胞表型，强调了细胞间通讯在疾病进展和治疗中的潜在作用	研究局限于端脑类器官模型，未涉及体内环境或其他脑区	探究HD细胞与健康细胞间的非细胞自主机制及其对疾病表型的影响	亨廷顿病（HD）细胞和健康细胞在端脑类器官中的相互作用	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	端脑类器官模型	转录组数据	健康或HD细胞单独培养或混合培养的端脑类器官
876	2025-05-24	SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies 2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009983 PMID:39455096	研究论文	本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力	首次揭示了SPI1+CD68+巨噬细胞亚群在胃癌中的特异性作用机制及其与抗血管生成和免疫治疗联合策略的相关性	研究主要基于实验室模型和小鼠腹膜转移模型，临床样本验证仍需进一步扩大	评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其临床意义	胃癌组织和相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、染色质免疫沉淀	小鼠腹膜转移模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，包含体外实验、动物模型和临床组织样本
877	2025-05-24	A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404 PMID:38718135	研究论文	该研究探讨了自体多克隆扩增调节性T细胞（expT）在新发1型糖尿病儿童中的安全性和有效性	首次在儿童和青少年中进行自体多克隆扩增调节性T细胞的随机二期临床试验，并评估其安全性和对β细胞功能的影响	单次剂量的expT未能显著阻止β细胞功能的下降，且治疗效果与T细胞的质量相关	评估自体多克隆扩增调节性T细胞在1型糖尿病治疗中的安全性和有效性	新发1型糖尿病的儿童和青少年	临床医学	1型糖尿病	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	110名儿童和青少年患者
878	2025-05-24	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591541 PMID:38746119	research paper	该研究通过单细胞测序技术，探索了不同细胞内信号域（ICD）结构如何影响CAR-T细胞的功能，特别是在分子水平上	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过信号传导影响CAR-T细胞的转录输出和功能，并发现了一种与持久性相关的独特信号特征	研究发现这种持久性信号特征仅适用于液体肿瘤，对实体瘤无效	解码CAR信号传导的设计原则，为下一代优化ICD结构的合理设计提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
879	2025-05-23	The IL-1β inhibitor canakinumab in previously treated lower-risk myelodysplastic syndromes: a phase 2 clinical trial 2024-11-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54290-2 PMID:39537648	研究论文	本文报道了一项关于IL-1β抑制剂canakinumab在先前治疗过的低风险骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的二期临床试验结果	首次在低风险MDS患者中评估了IL-1β抑制剂canakinumab的安全性和疗效，并通过单细胞RNA测序分析了其作用机制	研究样本量较小（25例患者），且为非随机单臂试验设计	评估靶向IL-1β信号通路是否能挽救MDS患者的无效红细胞生成	先前治疗过的低风险MDS患者	临床医学	骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	25例MDS患者（中位年龄74岁，60%男性）
880	2025-05-23	Reconstructing the regulatory programs underlying the phenotypic plasticity of neural cancers 2024-11-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-53954-3 PMID:39516198	研究论文	本文提出了一种名为'single-cell regulatory-driven clustering' (scregclust)的方法，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞调控程序	开发了scregclust算法，能高效地将目标基因划分为模块，并预测关键转录因子和激酶，计算时间短	对神经癌症细胞状态调控的理解仍有限	研究神经癌症的表型可塑性调控程序	成人和儿童脑癌	生物信息学	神经癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scregclust算法	单细胞RNA测序数据	15种肿瘤类型的数据