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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2026-05-28 |
Coupled scRNA-seq and Bulk-seq reveal the role of HMMR in hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1363834
PMID:38633247
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序揭示HMMR在肝细胞癌中的作用 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序全面分析HMMR在肝细胞癌中的诊断、预后和治疗价值 | 未提及在动物模型或临床样本中验证HMMR的功能 | 探究HMMR在肝细胞癌中的作用及其作为分子标志物的潜力 | 肝细胞癌患者组织样本及细胞系 | 机器学习 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR | NA | 基因表达数据 | 多个队列研究及组织微阵列中的肝细胞癌样本 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2026-05-27 |
Pulmonary fibroblast activation during Aspergillus fumigatus infection enhances lung defense via immunomodulation and tissue remodeling
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.19.629499
PMID:39763713
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研究论文 | 本研究通过细胞谱系追踪、靶向细胞消融和单细胞RNA测序,揭示了肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的激活及其通过免疫调节和组织重塑增强宿主防御的作用 | 首次发现肺成纤维细胞在烟曲霉感染中的保护性角色,证明成纤维细胞通过免疫调节和细胞外基质分泌参与宿主防御,而非仅仅作为组织损伤的被动响应者 | 未明确说明研究局限性 | 探索肺成纤维细胞在烟曲霉感染引起的肺损伤中的功能响应及其对宿主防御的重要性 | 肺成纤维细胞及烟曲霉感染的小鼠模型 | 数字病理学 | 侵袭性曲霉病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 免疫正常和免疫抑制小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3′测序 |
| 863 | 2026-05-27 |
The opposite aging effect to single cell transcriptome profile among cell subsets
2024-11, Biogerontology
IF:4.4Q1
DOI:10.1007/s10522-024-10138-2
PMID:39261411
|
研究论文 | 该研究利用Tabula Muris Senis数据集,揭示了细胞亚群间对衰老效应的相反转录组变化 | 首次系统性地报告了不同细胞亚群之间衰老效应的相反模式,即衰老在一个细胞亚群中上调基因表达,在另一个亚群中下调表达 | 信息不足,无法提供 | 探究不同细胞亚群中衰老对基因表达的相反效应 | 小鼠的多个细胞亚群 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明,但使用了Tabula Muris Senis公共数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | NA |
| 864 | 2026-05-27 |
Personalized neoantigen vaccines as early intervention in untreated patients with lymphoplasmacytic lymphoma: a non-randomized phase 1 trial
2024-08-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50880-2
PMID:39128904
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研究论文 | 一项针对未治疗淋巴浆细胞淋巴瘤患者的个性化新抗原DNA疫苗一期临床试验,评估其安全性和免疫反应 | 首次在人体中使用个性化新抗原DNA疫苗治疗无症状淋巴浆细胞淋巴瘤患者,并通过单细胞转录组学揭示了肿瘤B细胞减少和耐药机制 | 样本量小(9名患者),且为非随机化试验,未来需联合疫苗与靶向浆细胞亚群或阻断IGF-1信号的策略 | 评估个性化新抗原DNA疫苗在未治疗淋巴浆细胞淋巴瘤患者中的安全性和免疫治疗效果 | 9名无症状淋巴浆细胞淋巴瘤患者 | 数字病理学 | 淋巴浆细胞淋巴瘤 | DNA疫苗,单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 9名未治疗的无症状淋巴浆细胞淋巴瘤患者 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3’测序 |
| 865 | 2026-05-27 |
Hydrogel crosslinking modulates macrophages, fibroblasts, and their communication, during wound healing
2024-08-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50072-y
PMID:39122702
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研究论文 | 本研究探讨明胶基水凝胶的交联程度如何影响伤口愈合过程中巨噬细胞和成纤维细胞的行为及其相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示不同交联程度水凝胶对巨噬细胞亚群形成及与成纤维细胞RANKL信号通路的差异性调控机制 | 未明确说明样本量及临床转化可行性 | 阐明水凝胶物理特性通过调控免疫-基质细胞通讯优化伤口愈合的机制 | 雌性小鼠的伤口愈合组织 | 机器学习 | 伤口愈合 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 明胶基水凝胶交联程度调控巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的单细胞转录组分析 |
| 866 | 2026-05-27 |
Deubiquitylase ubiquitin-specific protease 7 plays a crucial role in the lineage differentiation of preimplantation blastocysts†
2024-07-12, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioae034
PMID:38438135
|
研究论文 | 本研究探讨了去泛素化酶USP7在植入前胚胎发育中的关键作用,尤其对谱系分化的调控机制 | 首次揭示USP7通过稳定YAP蛋白调控桑椹胚向囊胚转换,并影响表观遗传修饰和关键基因表达 | 未详细说明动物实验的伦理审批及样本量统计效力 | 阐明USP7在植入前胚胎谱系分化和表观遗传重编程中的功能及机制 | 小鼠植入前胚胎 | 机器学习 | NA | RNA干扰,单细胞RNA测序,逆转录定量聚合酶链反应,蛋白质印迹,免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据,DNA甲基化数据,蛋白质数据 | 小鼠胚胎样本(具体数量未提及) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序平台(未说明具体型号) |
| 867 | 2026-05-27 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
|
研究论文 | 通过空间转录组学和单细胞RNA测序,揭示黑色素瘤治疗抵抗中微环境对内在命运的影响 | 首次通过空间转录组学揭示黑色素瘤抵抗程序与肿瘤微环境免疫特征的空间共定位关系,证明组织特征(如坏死区域)可影响抵抗命运的选择 | NA | 探究黑色素瘤治疗抵抗中内在细胞状态与肿瘤微环境的相互作用机制 | 黑色素瘤细胞系、患者样本、异种移植模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 共识非负矩阵分解 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据 | 多种细胞系、患者肿瘤样本、异种移植模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 868 | 2026-05-27 |
Targeting Monocyte Derived CCL17 Attenuates Murine Crescentic Glomerulonephritis by Affecting Renal CCR4+ Regulatory T-Cell Recruitment
2024, American journal of nephrology
IF:4.3Q1
DOI:10.1159/000534151
PMID:37742620
|
research paper | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现单核细胞来源的CCL17在肾小球肾炎中影响CCR4+调节性T细胞的招募,靶向CCL17可减轻小鼠新月体性肾小球肾炎 | 首次揭示了CCL17-CCR4轴在免疫介导的新月体性肾小球肾炎中对肾内调节性T细胞招募的功能重要性,并验证了靶向CCL17的治疗潜力 | 研究仅基于小鼠模型,结果向人类疾病转化需要进一步验证 | 探索CCR4及其配体CCL17和CCL22在免疫介导的新月体性肾小球肾炎中白细胞招募的功能意义 | 人类和小鼠肾小球肾炎肾脏中的白细胞,特别是CD4+ T细胞亚群和调节性T细胞 | machine learning | 肾小球肾炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类和鼠源性肾炎肾脏分离的白细胞样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 869 | 2026-05-25 |
CRISPRi-based screens in iAssembloids to elucidate neuron-glia interactions
2024-Nov-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538498
PMID:37163077
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研究论文 | 开发iAssembloids三维共培养系统并结合CRISPRi筛选,揭示神经元与胶质细胞相互作用机制 | 首次在三维类脑体结构中进行大规模CRISPRi筛选,发现GSK3β抑制NRF2介导的氧化应激保护反应的新机制 | 未提及具体局限性 | 阐明神经元-胶质细胞相互作用在脑健康与疾病中的分子机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的神经元和胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | CRISPRi筛选 | na | 单细胞转录组数据 | 未提及具体样本量 | 10x Genomics | 单细胞转录组测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 试剂盒 |
| 870 | 2026-05-25 |
Spatial transcriptomics data and analytical methods: An updated perspective
2024-03, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2024.103889
PMID:38244672
|
综述 | 综述空间转录组学数据分析方法的最新进展与未来展望 | 系统总结了基于深度学习模型在空间转录组数据处理中的最新应用,并指出了提升生物学相关性的持续需求 | 未提供具体实验验证或量化比较不同方法的性能 | 探讨空间转录组学数据分析技术的现状及未来在生物医学中的应用前景 | 空间转录组数据及相关分析方法和数据库 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 871 | 2026-05-24 |
TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism
2024-11-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396
PMID:38697771
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研究论文 | 研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节库普弗细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用 | 首次揭示selgantolimod通过调节库普弗细胞分化状态间接抑制HBV进入肝细胞的新机制,并发现IL-6在其中起关键作用 | 未完全阐明库普弗细胞分化调控的分子机制,且未在体内模型中进行验证 | 阐明selgantolimod在肝脏微环境中诱导的转录组变化和细胞间通讯事件 | 人类肝脏中的库普弗细胞和肝细胞 | 自然语言处理 | 慢性乙型肝炎 | 单细胞RNA测序、RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据、RNA测序数据 | 公开单细胞RNA-seq数据及HBV感染患者转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 872 | 2026-05-24 |
Targeting squalene epoxidase restores anti-PD-1 efficacy in metabolic dysfunction-associated steatohepatitis-induced hepatocellular carcinoma
2024-11-11, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331117
PMID:38744443
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研究论文 | 本研究揭示角鲨烯环氧酶通过诱导CD8+ T细胞功能障碍和增强髓源性抑制细胞活性,促进代谢功能障碍相关脂肪性肝炎相关肝细胞癌的免疫抑制,并证明靶向SQLE可恢复抗PD-1疗效 | 首次阐明SQLE在MASH-HCC中通过胆固醇积累导致CD8+ T细胞线粒体功能障碍及MDSC激活的双重免疫抑制机制,并证实靶向SQLE可逆转抗PD-1治疗耐药 | 未明确SQLE调控胆固醇代谢的具体分子通路;动物模型可能无法完全模拟人类MASH-HCC的异质性 | 探究角鲨烯环氧酶在MASH-HCC肿瘤免疫微环境中的作用及其对抗PD-1免疫治疗的影响 | 肝细胞特异性Sqle转基因和敲除小鼠、原位及人源化小鼠模型 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序、流式细胞术 | 基因敲除/转基因小鼠模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 873 | 2026-05-24 |
Spatial Transcriptomics Reveals the Temporal Architecture of the Seminiferous Epithelial Cycle and Precise Sertoli-Germ Synchronization
2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.28.620681
PMID:39554074
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研究论文 | 利用空间转录组学技术绘制小鼠精子发生过程中生精上皮周期的转录组图谱,揭示支持细胞与生殖细胞的同步化机制 | 首次通过空间转录组学RNA SeqFISH+技术精确重构生精上皮周期的时空转录模式,发现支持细胞独立维持周期性转录动态,并鉴定出内在的视黄酸循环和转录因子网络 | 研究中未提供明确的局限性说明 | 阐明生精上皮周期中转录组的时空变化及支持细胞与生殖细胞的同步化机制 | 小鼠睾丸组织中的支持细胞和生殖细胞 | 空间转录组学 | 并非专指某种疾病 | RNA SeqFISH+空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 216090个细胞,2638个基因 | NA | 空间转录组学 | RNA SeqFISH+ | RNA SeqFISH+技术用于小鼠睾丸组织的空间基因表达 profiling |
| 874 | 2025-11-03 |
Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion
2024-11, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010
PMID:39089570
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研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学方法,揭示心肌梗死中巨噬细胞不会转化为成纤维细胞,但会表达促纤维化的基质细胞蛋白 | 首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术,明确证明心肌梗死中的巨噬细胞不会转分化为成纤维细胞,同时发现其表达多种促纤维化基质蛋白的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究心肌梗死中巨噬细胞是否会发生成纤维细胞转化及其在细胞外基质表达中的作用 | 心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对照组和心肌梗死组小鼠的CSF1R+髓系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 875 | 2026-05-24 |
Cellular transitions during cranial suture establishment in zebrafish
2024-08-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50780-5
PMID:39138165
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研究论文 | 利用斑马鱼单细胞转录组学、谱系追踪和突变分析,揭示颅缝形成过程中调控骨形成的关键细胞转变 | 首次鉴定出颅缝中部间充质细胞亚群通过表达BMP拮抗剂(如grem1a)限制骨形成,从而确保颅缝正常形态的机制 | 未提及 | 探究颅缝在颅骨扩张过程中如何控制成骨活性以促进骨生长并防止异常骨融合 | 斑马鱼胚胎颅缝组织 | 单细胞转录组学 | 颅缝相关疾病 | 单细胞转录组测序、谱系追踪、突变分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 斑马鱼胚胎样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 876 | 2026-05-24 |
Single-cell long-read targeted sequencing reveals transcriptional variation in ovarian cancer
2024-08-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51252-6
PMID:39134520
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研究论文 | 开发单细胞靶向长读长测序方法scTaILoR-seq,揭示卵巢癌转录变异 | 提出scTaILoR-seq技术,通过杂交捕获靶向一千多个基因,将每个细胞的中位数靶向转录本数提高29倍,结合长读长变异检测揭示表达SNV与可变转录结构的关联,并测量等位基因失衡 | 长读长测序通量较低且可能意外测序伪影,该方法可能仍受限于靶向基因的选择和捕获效率 | 开发并验证一种单细胞长读长靶向测序方法,用于研究RNA异构体及转录变异 | 卵巢癌细胞系和原发肿瘤样本 | 单细胞测序 | 卵巢癌 | 长读长测序、靶向杂交捕获 | NA | RNA序列 | 10,796个单细胞转录组(来自卵巢癌细胞系和原发肿瘤) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 877 | 2026-05-24 |
Patient-derived organoid biobank identifies epigenetic dysregulation of intestinal epithelial MHC-I as a novel mechanism in severe Crohn's Disease
2024-08-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-332043
PMID:38857990
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研究论文 | 通过患者来源的类器官生物库,发现肠上皮MHC-I的表观遗传失调是严重克罗恩病的新机制 | 首次发现肠上皮MHC-I的表观遗传失调(DNA甲基化缺失)是克罗恩病发病的新型机制,并通过类器官-淋巴细胞共培养和基因敲除小鼠模型验证了功能影响 | 未明确提及 | 研究肠上皮DNA甲基化在克罗恩病发病机制中的作用 | 来自168名患者(72名CD、23名UC、73名健康对照)的312个肠上皮类器官 | 机器学习 | 克罗恩病 | DNA甲基化测序, 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 基因编辑 | 机器学习模型 | DNA甲基化数据, RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据 | 168名患者的312个肠上皮类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 878 | 2026-05-24 |
Human enteric nervous system progenitor transplantation improves functional responses in Hirschsprung disease patient-derived tissue
2024-08-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331532
PMID:38816188
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研究论文 | 本研究展示了人类多能干细胞衍生的肠神经系统祖细胞移植能够改善先天性巨结肠患者组织中的功能反应 | 首次证实人类多能干细胞衍生的肠神经系统祖细胞能够再定植并增加先天性巨结肠患者结肠组织的功能反应 | NA | 评估人类多能干细胞衍生的肠神经系统祖细胞移植对先天性巨结肠患者结肠组织的整合和功能影响 | 先天性巨结肠患者结肠组织样本,以及人类多能干细胞衍生的肠神经系统祖细胞 | 数字病理学 | 先天性巨结肠 | 单细胞RNA测序,蛋白质表达分析,钙成像,器官浴收缩性测试 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,钙成像数据 | 先天性巨结肠患者结肠组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序用于分析细胞转录组特征 |
| 879 | 2026-05-24 |
Comprehensive single-cell analysis deciphered microenvironmental dynamics and immune regulator olfactomedin 4 in pathogenesis of gallbladder cancer
2024-08-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2023-331773
PMID:38719336
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,揭示胆囊癌发病过程中微环境动态变化及免疫调控因子OLFM4的作用 | 首次构建胆囊疾病多病理状态单细胞图谱,发现OLFM4通过MAPK-AP1轴上调PD-L1促进免疫逃逸,提出其作为生物标志物和治疗靶点的潜力 | 部分发现需进一步在更大样本及临床队列中验证,体外和体内机制研究需补充更多分子细节 | 阐明胆囊癌及良性胆囊疾病的细胞生态系统和分子特征,为癌症预防和治疗提供新靶点 | 胆囊癌、胆囊炎、胆囊息肉、胆囊腺瘤及癌旁正常组织的细胞 | 机器学习 | 胆囊癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 230,737个细胞,来自15例胆囊癌、4例胆囊炎、3例胆囊息肉、5例胆囊腺瘤和16例癌旁正常组织 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 880 | 2026-05-24 |
Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy
2024-03, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology
IF:4.3Q1
DOI:10.1111/pai.14106
PMID:38520061
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综述 | 总结口服免疫治疗对食物过敏转录组变化的研究进展 | 利用单细胞测序等新技术深入描述口服免疫治疗后的基因表达变化及其与脱敏和缓解等临床结局相关的分子特征,并鉴定了与疾病活动相关且受治疗影响的T辅助2A细胞类型 | 目前研究仍存在显著空白,需要更多关注长期和明确临床结局的免疫特征的研究,以全面理解过敏缓解的路径 | 研究口服免疫治疗对食物过敏转录组变化的影响及其与临床结局的关系 | 食物过敏患者接受口服免疫治疗后的转录组变化及免疫机制 | 机器学习 | 食物过敏 | 单细胞测序,转录组测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |