单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-04-19	PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance 2024-11-29, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj7615 PMID:39607940	research paper	本研究探讨了PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞（ISC）微环境中的作用及其对干细胞命运决定和维持的影响	揭示了PIEZO通道如何感知细胞外机械刺激以调节ISC功能，阐明了PIEZO激活协调ISC命运决定和维持的机制级联	研究主要基于小鼠模型和体外器官培养系统，可能不完全反映人类ISC的机械传感机制	探究PIEZO机械敏感通道在肠道干细胞微环境中的作用机制	肠道干细胞（ISC）及其微环境	细胞生物学	NA	小鼠遗传学、单细胞RNA测序分析、3D和2D器官培养系统、生物工程基质和拉伸装置	NA	基因表达数据、机械性能测量数据	NA
862	2025-04-19	Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013 PMID:38340719	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探索阿尔茨海默病（AD）外周免疫系统的表观遗传和转录变化	揭示了AD外周免疫细胞中开放染色质的显著数量，发现了CD8 T细胞中的顺式调控DNA元件和单核细胞中AD特异性的RELA转录因子结合位点，以及载脂蛋白E基因型依赖的表观遗传变化	研究仅关注外周免疫系统，未涉及中枢神经系统	探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录变化	阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞	表观遗传学	阿尔茨海默病	单细胞测序，转座酶可及染色质测定（ATAC-seq），RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	未明确提及样本数量
863	2025-04-19	Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease 2024-Apr-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024 PMID:38402606	review	探讨阿尔茨海默病（AD）性别差异的潜在生物学机制	综述了性别激素和性染色体如何与衰老过程中的多种疾病机制相互作用，导致男女在疾病进展中的独特特征	NA	理解阿尔茨海默病性别差异的生物学机制	阿尔茨海默病（AD）	NA	geriatric disease	single-cell RNA sequencing, metabolomics, multi-omics analyses	NA	NA	NA
864	2025-04-18	Current insights into human pathogenic phenuiviruses and the host immune system 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2384563 PMID:39072499	综述	本文综述了人类致病性phenuiviruses与宿主免疫系统的最新研究进展	全面概述了phenuiviruses的宿主识别机制、病毒免疫逃逸及潜在治疗方法，特别关注RVFV和SFTSV	NA	探讨phenuiviruses的致病机制及宿主免疫反应	人类致病性phenuiviruses（如RVFV、SFTSV和HRTV）及其与宿主免疫系统的相互作用	病毒学	病毒感染	宏基因组学、代谢组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、基因编辑、单克隆抗体和疫苗	NA	NA	NA
865	2025-04-18	Hidden liver-joint axis: HBV infection causes rheumatoid arthritis via TRAFD1 with imbalance of HBV X protein and trans-ferulic acid 2024-12, Virulence IF:5.5Q1 DOI:10.1080/21505594.2024.2422540 PMID:39484999	研究论文	该研究揭示了乙型肝炎病毒（HBV）通过TRAFD1和HBx蛋白与反式阿魏酸（TFA）的失衡导致类风湿性关节炎（RA）的机制	首次发现HBV通过上调TRAFD1促进RA中的纤维母细胞-肌纤维母细胞转化（FMT），并识别出TFA通过抑制TRAFD1表达改善HBx诱导的RA	研究主要基于细胞和小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探究HBV感染与RA之间的关联及其分子机制	HBV感染患者、RA患者、纤维母细胞样滑膜细胞（FLS）、HBV转基因小鼠、HBx转基因小鼠和TRAFD1敲除小鼠	分子生物学与免疫学	类风湿性关节炎	孟德尔随机化分析、单细胞转录组分析、代谢组学、WGCNA	CIA小鼠模型	转录组数据、代谢组数据	未明确说明样本数量，但涉及患者样本、细胞模型和小鼠模型
866	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00838-6 PMID:39394434	research paper	该研究通过建立一种多功能体内平台，探究前列腺癌进展中的神经内分泌谱系转化机制	揭示了ASCL1在前列腺癌神经内分泌转化中的动态作用及其对治疗时机的重要性	研究依赖于小鼠模型，可能无法完全模拟人类前列腺癌的复杂性	探究前列腺癌神经内分泌转化的机制及其对治疗的影响	移植的小鼠前列腺类器官和神经内分泌前列腺癌(NEPC)	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光和空间转录组学	小鼠前列腺类器官模型	基因表达数据和图像数据	使用具有不同驱动突变的小鼠前列腺类器官
867	2025-04-18	A targetable type III immune response with increase of IL-17A expressing CD4+ T cells is associated with immunotherapy-induced toxicity in melanoma 2024-09, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00810-4 PMID:39210005	研究论文	该研究探讨了免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发的免疫相关不良事件与III型免疫反应及IL-17A表达CD4+ T细胞增加之间的关系	首次揭示了III型CD4 T细胞在免疫治疗相关不良事件发展中的潜在作用，并提供了使用抗IL-17A治疗这些不良事件的临床前证据	样本量较小，仅在两例患者中测试了抗IL-17A的效果	研究免疫检查点抑制剂治疗黑色素瘤时引发免疫相关不良事件的机制	黑色素瘤患者	免疫治疗	黑色素瘤	蛋白质组学分析、多重细胞因子和趋化因子检测、流式细胞术、多重免疫组化、空间转录组学	NA	血清样本、外周血、皮肤疹和结肠炎组织	未明确说明总样本量，仅提及在两例患者中进行了抗IL-17A治疗
868	2025-04-18	The proteogenomic landscape of multiple myeloma reveals insights into disease biology and therapeutic opportunities 2024-08, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-024-00784-3 PMID:38942927	研究论文	本文通过多组学分析揭示了多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征，为疾病生物学和治疗提供了新的见解	首次系统评估了多发性骨髓瘤的蛋白质组，并整合了(磷)蛋白质组学、RNA测序和纳米孔DNA测序数据，发现了与疾病侵袭性相关的预后蛋白标志物	样本量相对有限(138例)，且未明确说明随访时间	探索多发性骨髓瘤的蛋白质基因组学特征以改善风险分层和发现新治疗靶点	138例原发性患者来源的浆细胞恶性肿瘤(包括初治MM、浆细胞白血病和意义未明的单克隆丙种球蛋白病)及健康对照	癌症研究	多发性骨髓瘤	定量全局(磷)蛋白质组学、RNA测序、纳米孔DNA测序、单细胞RNA测序	NA	蛋白质组数据、基因组数据、转录组数据	138例患者样本(包括不同疾病阶段)及健康对照
869	2025-04-18	An atlas of transcribed enhancers across helper T cell diversity for decoding human diseases 2024-07-05, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.add8394 PMID:38963856	研究论文	通过5'单细胞RNA测序方法，构建了人类CD4 T细胞中增强子RNA及其他编码和非编码RNA的转录起始位点图谱，揭示了细胞异质性和分化轨迹	整合单细胞染色质图谱，发现具有双向RNA转录的活性增强子具有高度细胞类型特异性，且疾病遗传性在这些增强子中显著富集	NA	解码人类疾病相关的辅助性T细胞多样性	人类CD4 T细胞	基因组学	免疫介导疾病	5'单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据、染色质图谱数据	NA
870	2025-04-18	TNBC response to paclitaxel phenocopies interferon response which reveals cell cycle-associated resistance mechanisms 2024-Jun-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.04.596911 PMID:38895265	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）对紫杉醇的反应，揭示了与干扰素反应相似的现象及细胞周期相关的耐药机制	通过单细胞RNA测序和转录因子富集分析，发现了紫杉醇诱导的干扰素样反应及关键转录因子ELF3在耐药性中的作用	研究主要基于体外细胞实验和公共数据库分析，缺乏临床样本验证	解析TNBC对紫杉醇的耐药机制并寻找潜在生物标志物	三阴性乳腺癌细胞系	癌症生物学	乳腺癌	scRNA-seq, siRNA敲除, 活细胞成像	NA	基因表达数据, 影像数据	未明确提及具体样本量（基于细胞系实验）
871	2025-04-18	The neuroendocrine transition in prostate cancer is dynamic and dependent on ASCL1 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588557 PMID:38645223	research paper	该研究描述了前列腺癌中神经内分泌转化的动态过程及其对ASCL1的依赖性	开发了一个多功能平台来识别和探究前列腺癌进展不同阶段神经内分泌谱系转化的分子决定因素，揭示了ASCL1+细胞来源于KRT8+腔上皮细胞	该谱系转化需要原生微环境，而传统的类器官培养无法复制这一条件	探究前列腺癌中神经内分泌谱系转化的分子机制	前列腺癌模型中的神经内分泌转化过程	癌症研究	前列腺癌	多重免疫荧光、空间转录组学和PrismSpot技术	NA	基因表达数据和空间转录组数据	使用原发性小鼠前列腺类器官进行原位移植
872	2025-04-18	Multiomic spatial landscape of innate immune cells at human central nervous system borders 2024-Jan, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-023-02673-1 PMID:38123840	研究论文	通过多组学空间分析，揭示了人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的多样性和分布特征	整合单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术和单细胞空间转录组学，首次全面表征了人类CNS界面的免疫系统	样本量相对有限（102名个体），且主要关注髓系细胞	探索人类中枢神经系统边界先天免疫细胞的时空分布特征	人类中枢神经系统边界的先天免疫细胞（如小胶质细胞和CNS相关巨噬细胞）	免疫学	神经胶质瘤	单细胞RNA测序、飞行时间质谱流式细胞术、单细胞空间转录组学、命运图谱、高级免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	102名个体的356,000个转录组，15名接受外周血干细胞移植的个体
873	2025-04-17	A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 2024-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442 PMID:38838779	research paper	该研究利用空间转录组学等技术，首次详细描绘了人类皮脂腺分化过程中的转录变化图谱	首次在细胞分辨率水平上揭示了皮脂腺分化过程中四个阶段的连续转录调控程序	研究主要基于皮脂腺增生样本，可能无法完全反映正常生理状态下的皮脂腺功能	解析皮脂腺细胞分化过程中的转录调控机制及其与皮肤健康的关系	人类皮脂腺细胞及其分化过程	转录组学	皮肤疾病	空间转录组学、伪时间分析、RNA速率分析	无监督聚类	转录组数据	未明确说明样本数量（使用皮脂腺增生样本）
874	2025-04-17	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学揭示了自闭症谱系障碍(ASD)中的分子级联和细胞类型特异性特征	利用深度单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)及空间转录组学，鉴定了ASD中细胞类型特异性基因调控网络(GRNs)的失调	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	理解自闭症谱系障碍的分子机制及其与遗传易感性的关系	自闭症个体的死后脑组织	基因组学	自闭症谱系障碍	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞基因组数据	未明确提及样本数量
875	2025-04-17	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-05-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	该研究通过单细胞转录组、B细胞受体库和染色质可及性数据，解码了20种不同癌症类型中肿瘤浸润B细胞的功能	揭示了B细胞的异质性，识别出15个亚群，并分为两条独立的发育路径（滤泡外与生发中心），发现滤泡外路径与较差的临床结果和免疫治疗抵抗相关	研究样本量相对有限（477个样本，269名患者），且未涵盖所有癌症类型	解码肿瘤浸润B细胞的功能，探索其在癌症中的作用	肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组测序、B细胞受体库分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、B细胞受体库数据、染色质可及性数据	477个样本，来自269名患者，涵盖20种癌症类型
876	2025-04-17	Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing 2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65863 PMID:38314826	研究论文	本文提出了一种用于从小鼠颈动脉制备单细胞悬浮液的方案，以进行单细胞测序	设计了一种两步消化方法，结合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的消化过程，以减少细胞损伤	该方案可能需要针对其他组织的血管进行适当修改	开发一种适用于单细胞测序的小鼠颈动脉单细胞悬浮液制备方案	小鼠颈动脉	单细胞测序	颈动脉粥样硬化	单细胞测序，AO/PI双荧光计数	NA	单细胞转录组数据	小鼠颈动脉细胞
877	2025-04-16	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2024-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.06.583775 PMID:38496441	research paper	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，利用高质量的长读单细胞RNA测序数据检测体细胞单核苷酸变异（SNVs）、线粒体变异（mtSNVs）、拷贝数变异（CNAs）和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	LongSom能够在不需要正常样本的情况下检测体细胞变异，并通过体细胞SNVs和融合发现具有不同治疗预测结果的亚克隆	未提及具体限制	研究癌症进化、克隆异质性和治疗抵抗	人类卵巢癌样本	digital pathology	ovarian cancer	long-read single-cell RNA sequencing (LR scRNA-seq)	NA	RNA-seq data	未提及具体样本数量
878	2025-04-16	ApoE ε4-dependent alteration of CXCR3 + CD127 + CD4 + T cells is associated with elevated plasma neurofilament light chain in Alzheimer's disease 2024-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.28.596276 PMID:38853824	研究论文	研究探讨了阿尔茨海默病(AD)患者外周血中适应性免疫细胞组成与神经炎症的关系	发现CXCR3+CD127+Th1细胞在AD患者外周血中的丰度与神经丝轻链蛋白(NfL)呈负相关，且这种相关性依赖于ApoE ε4基因型	研究样本量未明确说明，且机制研究尚不深入	探究AD患者外周适应性免疫系统与神经炎症的关联	阿尔茨海默病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)和脑脊液(CSF)	神经免疫学	阿尔茨海默病	单细胞质谱流式技术(CyTOF), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞蛋白质组数据, 单细胞转录组数据	NA
879	2025-04-16	Genome-wide Cas9-mediated screening of essential non-coding regulatory elements via libraries of paired single-guide RNAs 2024-07, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-024-01204-8 PMID:38778183	研究论文	本文报告了一种通过配对单导RNA库靶向非编码调控元件（NCREs）两端的方法，用于在全基因组范围内研究NCREs的功能	开发了一种高通量筛选系统，利用Cas9介导的删除技术研究NCREs的功能，并发现了一些超保守元件具有沉默子活性	研究仅使用了K562、293T细胞系和人胚胎干细胞，可能不适用于其他细胞类型	系统研究非编码调控元件的功能及其在细胞生长和药物反应中的作用	非编码调控元件（NCREs）	基因组学	NA	Cas9介导的删除技术、单细胞测序	NA	基因组数据	K562和293T细胞系及人胚胎干细胞
880	2025-04-16	Transcript and protein signatures derived from shared molecular interactions across cancers are associated with mortality 2024-05-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05268-7 PMID:38734658	研究论文	通过分析多种实体癌中的共享细胞间相互作用，构建了一个共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与癌症死亡率相关的基因特征	首次构建了一个跨癌种的共享多细胞肿瘤模型，并从中提取了一个与死亡率相关的基因特征，揭示了基质癌相关成纤维细胞在肿瘤微环境中的调控作用	研究仅基于五种癌症类型的数据，可能无法完全代表所有癌症类型	识别跨癌种的共享细胞间相互作用及其与癌症死亡率的关系	乳腺癌、结肠癌、肝癌、肺癌和卵巢癌	肿瘤微环境	多种实体癌	单细胞RNA测序、NicheNet分析	共享多细胞肿瘤模型(shared-MCTM)	RNA测序数据、蛋白质组学数据	TCGA队列(9185个肿瘤样本和727个对照，22种癌症)和UK生物银行队列(10,384名癌症患者和5063名对照，17种癌症)