单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2024-12-06	Dietary caloric restriction protects experimental autoimmune uveitis by regulating Teff/Treg balance 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111279 PMID:39628557	研究论文	研究探讨了饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响及其机制	首次详细研究了饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响，并揭示了其通过调节Teff/Treg平衡来减轻疾病的机制	研究仅在实验小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨饮食热量限制对实验性自身免疫性葡萄膜炎的治疗潜力	实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞数据	小鼠颈部引流淋巴结样本
862	2024-12-06	A transcriptome-based risk model in sepsis enables prognostic prediction and drug repositioning 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111277 PMID:39628572	研究论文	本研究开发了一种基于转录组特征的脓毒症风险模型，用于早期风险分层和药物再定位	该模型在脓毒症诊断和预后方面表现优异，揭示了高风险患者的免疫抑制状态和低风险患者对氢化可的松的反应不佳，并通过单细胞转录组分析进一步阐明了四个基因在免疫细胞类型中的表达模式和效应	NA	开发一种基于转录组特征的脓毒症风险模型，用于早期风险分层和药物再定位	脓毒症患者的风险分层和药物再定位	生物信息学	脓毒症	转录组分析	风险评分模型	转录组数据	NA
863	2024-12-06	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	研究分析了心脏骤停和复苏后循环免疫细胞的变化，发现多样性NKT细胞在改善神经系统结果中起关键作用	首次发现多样性NKT细胞在心脏骤停后对神经系统保护的作用，并提出通过增强这些细胞的数量或功能来治疗心脏骤停的策略	研究主要基于小鼠模型和临床患者数据，需要进一步的临床试验验证	探讨心脏骤停后神经系统损伤的机制及潜在治疗策略	心脏骤停患者和小鼠模型	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞	大量心脏骤停患者和小鼠样本
864	2024-12-06	Complete Genomic Landscape Reveals Hidden Evolutionary History and Selection Signature in Asian Water Buffaloes (Bubalus bubalis) 2024-Dec-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407615 PMID:39630943	研究论文	研究揭示了亚洲水牛（Bubalus bubalis）的完整基因组图谱，揭示了其隐藏的进化历史和选择特征	首次对470个驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组进行了测序和整合，揭示了驯化和生产力的遗传决定因素	NA	识别亚洲水牛驯化和生产力的遗传决定因素	驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组	NA	NA	基因组测序	NA	基因组数据	470个驯化河流和沼泽水牛及其假定祖先野生水牛的基因组
865	2024-12-06	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence 2024-Dec-04, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-02044-2 PMID:39633115	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）复发过程中肿瘤微环境（TME）的动态变化	发现了与NMIBC复发相关的肿瘤相关成纤维细胞亚型和高表达IL-6的巨噬细胞亚型，并揭示了雌激素在复发性尿路上皮癌细胞中的上调	样本量较小，仅收集了10个样本，可能影响结果的普适性	帮助泌尿科医生和临床研究人员深入了解膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的变化	非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）的复发过程	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	10个非肌层浸润性膀胱癌（NMIBC）的初发和复发样本
866	2024-12-06	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-Dec-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究报告了PHF16在肠道上皮再生后恢复稳态中的双重功能	首次揭示了PHF16通过调节HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化和CDC73的泛素化来恢复肠道上皮稳态	NA	研究PHF16在肠道上皮再生后的稳态恢复中的作用	PHF16在小鼠肠道上皮再生中的功能	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), RNA测序 (RNA-seq), ATAC测序	NA	RNA, ATAC	Phf16小鼠的肠道器官样本
867	2024-12-06	Neutrophil-based single-cell sequencing combined with transcriptome sequencing to explore a prognostic model of sepsis 2024-12-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-80791-7 PMID:39622858	研究论文	本研究利用单细胞测序和转录组测序数据，构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型	本研究首次结合单细胞测序和转录组测序数据，构建了一个基于中性粒细胞的脓毒症预后模型，并展示了其强大的预测准确性	本研究依赖于公开数据库的数据，可能存在数据质量和样本偏差的问题	探索脓毒症的分子机制，并构建一个有效的预后模型	脓毒症患者的中性粒细胞及其基因表达	数字病理学	脓毒症	单细胞测序、转录组测序	Lasso回归模型	单细胞数据、基因表达数据	脓毒症患者的单细胞和基因表达数据来自公开数据库，具体样本数量未提及
868	2024-12-06	Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2024-Dec-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07308-w PMID:39622943	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析左心房组织，揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并识别出功能性生物标志物	首次通过单细胞和核RNA测序技术分析左心房组织，揭示了心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并发现Amphiregulin作为心房颤动的替代标志物	研究样本量较小，且仅限于左心房组织，未来需要更大规模的研究来验证结果	识别心房颤动患者中巨噬细胞和单核细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并寻找功能性生物标志物	心房颤动患者左心房组织中的巨噬细胞和单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞和核RNA测序	NA	转录组数据	心房颤动患者和健康对照组的左心房组织样本
869	2024-12-06	Multi-omics joint screening of biomarkers related to M2 macrophages in gastric cancer 2024-Dec-02, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01623-8 PMID:39623254	研究论文	本研究通过多组学联合筛选胃癌中与M2巨噬细胞相关的生物标志物，并构建诊断模型	本研究首次通过多组学分析筛选出与M2巨噬细胞相关的三个生物标志物，并构建了基于这些标志物的诊断模型	本研究主要基于公共数据库的数据进行分析，缺乏体内实验验证	探索胃癌中M2巨噬细胞作为生物标志物的潜力，并构建诊断模型	胃癌中的M2巨噬细胞及相关生物标志物	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、差异表达基因筛选（DESeq2）、差异表达蛋白筛选（limma）	诊断模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	4146个差异表达基因和1946个差异表达蛋白
870	2024-12-06	Cross-species single-cell analysis reveals divergence and conservation of peripheral blood mononuclear cells 2024-Dec-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-11030-6 PMID:39623297	研究论文	本文通过跨物种单细胞转录组测序分析，揭示了外周血单核细胞在不同物种间的差异和保守性	首次在12个物种中进行外周血单核细胞的单细胞转录组比较分析，揭示了免疫细胞在进化过程中的保守性和特异性	NA	研究免疫细胞在不同物种间的进化保守性和差异	外周血单核细胞	单细胞测序	NA	单细胞转录组测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	12个物种的外周血单核细胞
871	2024-12-06	SMART: spatial transcriptomics deconvolution using marker-gene-assisted topic model 2024-Dec-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03441-1 PMID:39623485	研究论文	本文介绍了一种名为SMART的空间转录组解卷积方法，通过标记基因辅助主题模型同时推断每个点的细胞类型特异性基因表达谱和细胞组成	SMART方法在现实环境中优于现有方法，并提供两阶段方法以增强对细胞亚型的性能	NA	开发一种新的空间转录组解卷积方法，以提高细胞类型特异性基因表达和细胞组成的推断精度	空间转录组数据中的细胞类型特异性基因表达和细胞组成	生物信息学	NA	空间转录组学	主题模型	基因表达数据	多个数据集
872	2024-12-06	Hematopoietic stem cell heterogeneity and age-related platelet bias: implications for bone marrow transplantation and blood disorders 2024-Dec-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-04084-6 PMID:39623507	研究论文	研究了造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性，及其对骨髓移植和血液疾病的临床意义	揭示了造血干细胞中血小板偏向性的进化保守性，并探讨了其在骨髓移植和衰老相关血液疾病中的临床意义	讨论了当前方法学的局限性，并提出了未来研究方向以优化基于造血干细胞的治疗	探讨造血干细胞的异质性和与年龄相关的血小板偏向性对骨髓移植和血液疾病的影响	造血干细胞及其在骨髓移植和血液疾病中的作用	NA	血液疾病	单细胞RNA测序和分子条码技术	NA	NA	NA
873	2024-12-06	Prediction of Tumor-Associated Macrophages and Immunotherapy Benefits Using Weakly Supervised Contrastive Learning in Breast Cancer Pathology Images 2024-Dec, Journal of imaging informatics in medicine DOI:10.1007/s10278-024-01166-y PMID:38886290	研究论文	本文提出了一种结合对比学习和弱监督学习的方法，用于从乳腺癌病理图像中预测肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	本文首次将对比学习和弱监督学习应用于病理图像分析，以量化预测肿瘤浸润免疫细胞，特别是巨噬细胞的浸润水平	本文的实验主要基于乳腺癌数据，未来需要验证该方法在其他癌症类型中的适用性	研究旨在通过病理图像分析预测肿瘤免疫微环境中的免疫细胞浸润情况，以及评估免疫治疗效果	研究对象为乳腺癌病理图像中的肿瘤相关巨噬细胞和免疫治疗效果	数字病理学	乳腺癌	对比学习	对比学习模型	图像	两个独立的乳腺癌队列和空间转录组数据
874	2024-12-06	Dynamic single-cell sequencing unveils the tumor microenvironment evolution of gastric cancer abdominal wall metastases during radiotherapy 2024-Dec, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16308 PMID:39327670	研究论文	研究了放射治疗对胃癌腹壁转移瘤微环境的影响，通过单细胞RNA和T细胞受体测序分析了细胞组成和功能的变化	揭示了放射治疗期间胃癌腹壁转移瘤微环境中细胞组成和功能的动态变化，特别是免疫检查点基因的上调和T淋巴细胞的减少	仅基于一个患者的样本，结果的普适性有限	探讨放射治疗如何重塑胃癌腹壁转移瘤的微环境，以促进抗肿瘤免疫	胃癌腹壁转移瘤的微环境及其在放射治疗期间的动态变化	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	单细胞RNA数据，T细胞受体数据	一个患者的四个肿瘤样本，分别在基线和放射治疗期间采集
875	2024-12-06	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了来自多种神经疾病和中枢神经系统区域的215,680个活体人小胶质细胞，识别出与疾病相关的亚群和工具化合物	本文首次通过大规模单细胞RNA测序揭示了小胶质细胞在不同神经疾病中的异质性，并验证了化合物在体外重现特定亚型的能力	研究主要集中在体外和模型系统中，尚未在临床环境中验证化合物的效果	揭示小胶质细胞在神经疾病中的异质性，并寻找潜在的治疗靶点	活体人小胶质细胞及其在不同神经疾病中的亚群	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	215,680个活体人小胶质细胞，来自74个捐赠者
876	2024-12-06	Single-cell Sequencing of Circulating Human Plasmablasts during Staphylococcus aureus Bacteremia 2024-Dec-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300858 PMID:39451041	研究论文	研究了金黄色葡萄球菌菌血症患者外周血中的浆母细胞反应，并鉴定了四种针对金黄色葡萄球菌表面的功能性单克隆抗体	通过单细胞转录组基因表达和重链及轻链Ig基因测序，揭示了浆母细胞的高多样性，并发现了四种新的单克隆抗体，其中三种对表皮葡萄球菌具有交叉反应性	NA	研究金黄色葡萄球菌菌血症患者的浆母细胞反应，并鉴定新的治疗性单克隆抗体	金黄色葡萄球菌菌血症患者的外周血浆母细胞	NA	菌血症	单细胞测序	NA	基因表达数据	17名金黄色葡萄球菌菌血症患者
877	2024-12-06	Single-cell sequencing insights into the transcriptional landscape of Parkinson's disease 2024-Dec, Ageing research reviews IF:12.5Q1 DOI:10.1016/j.arr.2024.102553 PMID:39454761	综述	本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病研究中的应用，探讨了这些技术在揭示疾病细胞异质性和分子特征方面的最新进展	本文介绍了单细胞T细胞受体测序和单细胞B细胞受体测序技术在帕金森病研究中的应用，提供了对免疫组库多样性的新见解	本文主要讨论了单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，但未深入探讨这些技术的局限性	探讨单细胞测序技术在帕金森病研究中的应用，揭示疾病的细胞异质性和分子机制	帕金森病中的退行性神经元、激活的神经胶质细胞和促炎性免疫细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）、单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	RNA	NA
878	2024-12-06	Identifying T-cell clubs by embracing the local harmony between TCR and gene expressions 2024-Dec, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-024-00070-5 PMID:39496799	研究论文	本文介绍了一种名为TCRclub的新方法，通过整合单细胞RNA测序数据和单细胞TCR测序数据，利用局部和谐性来识别功能相似的T细胞群	TCRclub方法在整合TCR和基因表达数据方面具有创新性，能够识别功能相似的T细胞群	NA	开发一种有效的方法来整合TCR和基因表达数据，以识别功能相似的T细胞群，从而为癌症和传染病开发更有效的免疫治疗策略	T细胞、TCR和基因表达数据	生物信息学	癌症、传染病	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序	局部和谐性模型	基因表达数据、TCR数据	298,106个T细胞，涵盖七种不同疾病的数据集
879	2024-12-06	Cutaneous T cell lymphoma atlas reveals malignant TH2 cells supported by a B cell-rich tumor microenvironment 2024-Dec, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-02018-1 PMID:39558094	研究论文	研究通过单细胞和空间转录组学分析皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本，揭示了恶性TH2细胞与B细胞丰富的肿瘤微环境之间的关系	首次揭示了恶性CTCL细胞通过T辅助2（T2）细胞免疫基因程序的共选择，并模拟肿瘤微环境以支持其生存，同时发现了与疾病进展相关的B细胞富集	研究仅限于皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL），未涵盖其他类型的淋巴瘤	揭示皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中恶性TH2细胞与肿瘤微环境的关系，并寻找潜在的诊断标志物和治疗策略	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）患者的皮肤样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞和空间转录组学分析	NA	转录组数据	三个独立患者队列
880	2024-12-06	Molecular characterization and sub-retinal transplantation of hypoimmunogenic human retinal sheets in a minipig model of severe photoreceptor degeneration 2024-Dec-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.203071 PMID:39633598	研究论文	研究使用低免疫原性的人类视网膜片在小型猪模型中进行亚视网膜移植，以治疗严重的光感受器退化	利用低免疫原性的诱导多能干细胞生成自发极化的视网膜片，并通过单细胞RNA测序分析其发育过程	移植的视网膜片在功能上仍处于不成熟阶段，且研究样本量较小	开发治疗视网膜退行性疾病的新方法	视网膜片及其在光感受器退化模型中的移植效果	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及一只移植的小型猪