单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-04-25	SUB1 promotes colorectal cancer metastasis by activating NF-κB signaling via UBR5-mediated ubiquitination of UBXN1 2024-06, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2429-5 PMID:38240906	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，发现转录共激活因子SUB1与结直肠癌（CRC）转移相关，并揭示了SUB1通过激活NF-κB信号通路促进CRC转移的机制	首次发现SUB1通过调控UBR5介导的UBXN1泛素化降解，激活NF-κB信号通路，从而促进CRC转移	研究未涉及SUB1在其他癌症类型中的作用，且体内外实验的转化效果需进一步验证	探究SUB1在结直肠癌转移中的作用及其分子机制	结直肠癌细胞及转移过程	癌症生物学	结直肠癌	单细胞RNA-seq (scRNA-seq), 批量RNA-seq	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
842	2025-04-25	IL-12/IL23 blockade reveals patterns of asynchronous inflammation in pyoderma gangrenosum 2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.591387 PMID:38746177	research paper	本研究探讨了IL-12/IL-23阻断在坏疽性脓皮病(PG)中的免疫调节作用及其对炎症模式的影响	首次描述了PG病变皮肤中B细胞的主要浸润和三级淋巴结构的形成，并揭示了IL-12/IL-23阻断对不同炎症通路的异质性影响	研究样本量较小(仅2名患者)，且未阐明B细胞在PG耐药性中的具体作用机制	阐明PG的免疫失调机制及IL-12/IL-23阻断对病变皮肤的影响	坏疽性脓皮病患者的病变皮肤组织	免疫学	坏疽性脓皮病	空间转录组学，比较计算分析	NA	转录组数据	2名患者的病变皮肤活检样本(治疗前后)
843	2025-04-25	Multi-organ single-cell RNA sequencing in mice reveals early hyperglycemia responses that converge on fibroblast dysregulation 2024-02-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302003R PMID:38305779	研究论文	通过小鼠多器官单细胞RNA测序研究高血糖早期反应，揭示成纤维细胞失调的共性机制	首次在单细胞分辨率下进行多器官分析，揭示1型糖尿病早期高血糖引起的跨器官成纤维细胞保守性失调模式	研究仅使用雄性小鼠模型且观察时间限于8周，未涵盖性别差异和疾病晚期阶段	解析高血糖驱动的糖尿病并发症早期分子机制	链脲佐菌素诱导的1型糖尿病雄性小鼠模型的心脏、肾脏、肝脏和脾脏细胞	单细胞组学	糖尿病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	67,611个细胞（来自糖尿病和对照组小鼠的四个器官）
844	2025-04-24	Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078 PMID:38913513	研究论文	本文提出了一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模稀疏单细胞RNA-seq数据中提取小加权细胞子集，以促进下游数据分析任务	scCoreset框架能够从大规模单细胞RNA-seq数据中提取小加权子集，使下游分析任务在子集上运行的结果与原始数据结果相似，显著提高了分析效率	未明确提及具体限制，但可能涉及对特定类型单细胞数据的适用性或子集提取的优化程度	解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	scCoreset框架	单细胞RNA-seq数据	多种单细胞数据集（未明确提及具体数量）
845	2025-04-24	SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400 PMID:38976461	research paper	本文提出了一种基于图学习的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病(AD)的基因调控机制	提出了一种基于图神经网络和γ衰减启发式链接预测的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络	仅基于三个公认的AD基因(APOE、CX3CR1和P2RY12)构建调控网络，可能未能涵盖所有相关基因	研究阿尔茨海默病的潜在基因调控机制，发现相关生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, UMAP降维分析	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，包含AD和正常样本
846	2025-04-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.28.569014 PMID:38168452	research paper	该研究探讨了谷胱甘肽（GSH）在植物细胞周期和细胞重编程中的作用	发现GSH在细胞重编程过程中通过缩短G1期加速细胞分裂，并提出了一个GSH释放促进细胞周期退出和重编程的模型	研究主要基于拟南芥根部细胞，可能不适用于其他植物组织或物种	研究细胞重编程过程中的细胞周期动态	拟南芥根部细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和活体成像	NA	RNA-seq数据和图像数据	拟南芥根部细胞（具体数量未提及）
847	2025-04-24	Retinoic acid induces human gastruloids with posterior embryo-like structures 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01487-8 PMID:39164488	research paper	研究展示了视黄酸（RA）和Matrigel如何诱导人类类原肠胚形成具有后部胚胎样结构的模型	首次利用视黄酸和Matrigel诱导人类类原肠胚形成后部胚胎样结构，包括神经管、分节体节及多种细胞类型	未提及具体样本量或实验重复次数，可能影响结果的可重复性	解码早期人类胚胎发生过程	人类类原肠胚	发育生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	RA-gastruloids	基因表达数据	未明确说明
848	2025-04-24	Astrocyte-induced Cdk5 expedites breast cancer brain metastasis by suppressing MHC-I expression to evade immune recognition 2024-10, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-024-01509-5 PMID:39304713	研究论文	本研究揭示了星形胶质细胞通过诱导乳腺癌脑转移中神经元特异性激酶Cdk5的过表达，抑制MHC-I的表达，从而帮助肿瘤逃避免疫识别	首次揭示了星形胶质细胞通过Cdk5-Irf2bp1-Stat1-importin α-Nlrc5通路抑制MHC-I表达，促进乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究乳腺癌脑转移的免疫逃逸机制及潜在治疗靶点	乳腺癌脑转移模型小鼠	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠移植瘤模型	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量
849	2025-04-24	Highly Multiplexed Spatial Transcriptomics in Bacteria 2024-Jun-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.27.601034 PMID:38979245	research paper	开发了一种名为bacterial-MERFISH的高通量空间转录组学方法，用于研究细菌中的单细胞异质性	结合1000倍体积膨胀与MERFISH技术，创建了bacterial-MERFISH方法，实现了对单个细菌内数千个操纵子的高分辨率空间分析	未提及具体的技术限制或样本量不足等问题	研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为	细菌的mRNA和操纵子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重误差稳健荧光杂交）	NA	图像	未明确提及具体样本数量
850	2025-04-24	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了早期生命暴露于BDE-99会重编程肠-肝轴，促进雄性小鼠在成年后期的促炎性代谢特征	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对肝脏细胞类型特异性基因表达和细胞间通讯的长期影响，并阐明了肠道微生物组在维持肝脏免疫耐受中的必要性	研究仅针对雄性小鼠，未考虑性别差异；且仅关注了BDE-99这一种PBDE同系物的影响	探究新生儿期BDE-99暴露对肠-肝轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	毒理学	代谢性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微生物组移植	NA	基因表达数据、微生物组数据	雄性C57BL/6小鼠幼崽（实验组和对照组）
851	2025-04-24	Genetic lineage tracing identifies adaptive mechanisms of pancreatic islet β cells in various mouse models of diabetes with distinct age of initiation 2024-03, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-022-2372-y PMID:37930473	research paper	该研究通过遗传谱系追踪技术，探索了不同年龄启动的糖尿病小鼠模型中胰岛β细胞的适应性机制	首次在不同年龄启动的T1D和T2D小鼠模型中系统比较了β细胞的命运转变机制，并揭示了线粒体功能、染色质修饰等关键通路在β细胞动态转变中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明糖尿病发病过程中胰岛β细胞的适应性机制	糖尿病小鼠模型的胰岛β细胞	分子生物学	糖尿病	遗传谱系追踪技术、scRNA-seq	Cre-LoxP系统	基因表达数据	多种糖尿病小鼠模型（HFD和STZ处理）
852	2025-04-23	FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979 PMID:37467096	研究论文	介绍了一种名为FaStaNMF的快速稳定非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的解卷积分析	FaStaNMF在保证NMF结果全局稳定性的同时，兼顾了准确性和速度，解决了传统NMF方法无法保证全局唯一解的问题	未明确说明方法在更复杂数据集上的表现或计算资源需求	开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法用于基因表达数据的解卷积分析	基因表达数据（特别是混合细胞类型的样本）	生物信息学	NA	非负矩阵分解（NMF）	FaStaNMF（基于NMF的改进方法）	基因表达数据	四个已知真实值的数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成）
853	2025-04-23	Human Umbilical Cord Mesenchymal Stromal Cell-Derived Extracellular Vesicles Induce Fetal Wound Healing Features Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2024-05-28, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c01401 PMID:38751164	research paper	该研究利用单细胞RNA测序技术探究了人脐带间充质干细胞来源的细胞外囊泡对小鼠皮肤伤口微环境的影响	揭示了hucMSC-EVs诱导的造血成纤维细胞和MMP13+成纤维细胞的出现，并发现了一条独特的PIEZO1-钙-HIF1α-VEGF-MMP13通路	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究hucMSC-EVs在伤口愈合中的作用机制	小鼠皮肤伤口微环境中的成纤维细胞和角质形成细胞	单细胞测序	伤口愈合	scRNA-seq	小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明小鼠数量
854	2025-04-23	A Panoramic View of Cell Population Dynamics in Mammalian Aging 2024-Mar-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.01.583001 PMID:38496474	research paper	该研究通过单细胞转录组图谱PanSci，分析了623个小鼠组织样本中的2000多万个细胞，揭示了哺乳动物衰老过程中细胞群体动态的全景视图	创建了一个全面的单细胞转录组图谱，识别了3000多个独特的细胞状态和200多个与衰老相关的细胞群体，揭示了细胞动态的时间结构和器官特异性变化	研究仅基于小鼠模型，可能不完全适用于人类衰老过程	阐明衰老过程中全身细胞群体动态的变化	小鼠组织样本中的细胞群体	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据	623个小鼠组织样本，超过2000万个细胞
855	2025-04-23	Multiplex generation and single cell analysis of structural variants in a mammalian genome 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.22.576756 PMID:38405830	研究论文	开发了一种名为'的方法，用于在哺乳动物基因组中多重生成和定位结构变异（SVs）	提出了一种基于'混洗盒'的新方法，能够同时生成多种SVs，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行识别和定位	诱导的SVs在细胞群体中随时间迅速减少，可能是由于Cre介导的毒性或对重排本身的负选择	系统探索SVs对基因表达、染色质景观和3D核结构的功能影响	小鼠胚胎干细胞（mESCs）	基因组学	NA	Cre-loxP位点特异性重组、T7介导的转录、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	数千个基因组SVs在小鼠胚胎干细胞中诱导和定位
856	2025-04-22	Nanoceria-Mediated Cyclosporin A Delivery for Dry Eye Disease Management through Modulating Immune-Epithelial Crosstalk 2024-04-30, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.3c11514 PMID:38632691	research paper	该研究开发了一种基于纳米酶的滴眼液，用于通过调节免疫-上皮细胞间的相互作用来治疗干眼病	开发了具有长期抗氧化和抗炎能力的纳米酶滴眼液，通过再生活性氧清除能力和持续释放环孢素A来打破氧化应激-炎症的恶性循环	NA	开发一种新型干眼病治疗方法，通过调节角膜微环境中的免疫-上皮细胞相互作用	干眼病(DED)患者	纳米医学	干眼病	流式细胞术、单细胞测序	NA	实验数据	NA
857	2025-04-22	Interleukin-1β polarization in M1 macrophage mediates myocardial fibrosis in diabetes 2024-Apr-20, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111858 PMID:38492336	研究论文	本研究探讨了M1巨噬细胞通过白细胞介素-1β（IL-1β）与成纤维细胞相互作用介导糖尿病心肌纤维化的机制	揭示了M1巨噬细胞通过IL-1β与成纤维细胞相互作用在糖尿病心肌纤维化中的关键作用	研究主要基于db/db小鼠模型，人类样本的验证尚未进行	探究巨噬细胞在糖尿病心肌纤维化中的机制	db/db小鼠的心脏组织、巨噬细胞、成纤维细胞和内皮细胞	糖尿病研究	糖尿病心肌病	超声心动图、Masson三色染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	db/db小鼠模型	基因表达数据、图像数据	db/db小鼠的心脏组织样本
858	2025-04-20	Exploring wound management in dental pulp: Utilizing single-cell RNA sequencing for global transcriptomic analysis in healthy and inflamed pulpal tissues 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14804 PMID:38385817	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了健康与炎症牙髓组织在伤口愈合过程中的转录组学变化	首次在牙髓伤口管理中应用单细胞RNA测序技术，揭示了炎症条件下细胞组成和基因表达的显著变化	样本量相对较小（50例患者），且仅关注了牙髓组织，未考虑其他口腔组织的影响	研究牙髓伤口愈合过程中信号级联、细胞反应和细胞外基质动态的复杂相互作用	健康与炎症状态的人类牙髓组织	数字病理	牙科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	50例患者的牙髓组织样本
859	2025-04-20	Evaluating the role of wound-healing genes in conjunction with stool routine and serum tumor markers for colorectal cancer diagnosis and prognostic implications 2024-Mar, International wound journal IF:2.6Q1 DOI:10.1111/iwj.14768 PMID:38446012	研究论文	本研究探讨了伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结合粪便常规和血清肿瘤标志物提高了结直肠癌的诊断准确性，并探索了伤口愈合基因在疾病进展中的潜在作用	样本量较小（56例结直肠癌患者和56例健康对照）	评估伤口愈合基因与粪便常规和血清肿瘤标志物在结直肠癌诊断和预后中的联合应用价值	结直肠癌患者和健康对照	数字病理学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞RNA测序	NA	临床信息、粪便样本、血清样本、RNA测序数据	56例结直肠癌患者和56例健康对照
860	2025-04-19	PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity 2024-Dec-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945 PMID:39579770	研究论文	研究肥胖小鼠中PPARγ激动剂治疗对脂肪组织前体细胞翻译机制的影响	揭示了PPARγ激动剂通过调控核糖体因子表达和翻译选择性促进脂肪组织可塑性的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究PPARγ激动剂如何改善肥胖状态下脂肪组织的适应性	肥胖小鼠的脂肪组织基质血管部分(SVF)细胞	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序，多核糖体分析	小鼠模型	RNA测序数据	肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织SVF