单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-04-27	Endogenous antigens shape the transcriptome and TCR repertoire in an autoimmune arthritis model 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI174647 PMID:39589811	research paper	该研究通过RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了自身免疫性关节炎模型中内源性抗原如何影响转录组和TCR库	揭示了Zap70信号通路缺陷如何导致自身反应性CD4+ T细胞的激活和持续存在，并发现内源性逆转录病毒通过破坏外周耐受促进自身免疫性关节炎的发展	研究仅限于SKG小鼠模型，结果是否适用于人类自身免疫性疾病尚需验证	探究自身免疫性关节炎中致病性自身反应性CD4+ T细胞的发育机制	BALB/c-Zap70*W163C (SKG)小鼠的初始CD4+ T细胞	免疫学	自身免疫性关节炎	bulk RNA-Seq, scRNA-Seq, scTCR-Seq	NA	RNA测序数据, T细胞受体序列数据	SKG小鼠和野生型小鼠的CD4+ T细胞
822	2025-04-27	The peripheral Atf3 + neuronal population is responsible for nerve regeneration at the early stage of nerve injury revealed by single-cell RNA sequencing 2024-Nov-13, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.3724/abbs.2024169 PMID:39539109	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了早期神经损伤阶段外周Atf3+神经元群体在神经再生中的作用	发现了一种新的CCI诱导的神经元群体(CIP)，该群体高表达再生相关基因，并与卫星胶质细胞(SGCs)有密切的细胞间通讯	研究仅关注了早期神经损伤阶段(损伤后3天)的转录组变化，未涵盖整个再生过程	探究体感神经元在神经再生过程中的转录组变化及其分子机制	小鼠背根神经节(DRG)细胞	神经科学	神经损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学	NA	单细胞转录组数据	慢性压迫性损伤(CCI)后3天的小鼠DRG细胞
823	2025-04-27	Arabidopsis uses a molecular grounding mechanism and a biophysical circuit breaker to limit floral abscission signaling 2024-Oct-29, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2405806121 PMID:39453742	研究论文	本文研究了拟南芥中花器官脱落的分子机制，揭示了HAESA和HAESA LIKE-2受体样蛋白激酶在调控脱落过程中的核心作用	利用单细胞RNA测序技术鉴定了脱落核心基因表达程序，发现MKP1作为该通路的负调控因子，并揭示了IDA肽家族基因在脱落区细胞中的表达模式形成生物物理断路器机制	研究仅针对拟南芥花器官脱落机制，可能不适用于其他植物或器官脱落过程	探究植物器官脱落的分子调控机制	拟南芥花器官(萼片、花瓣和雄蕊)的脱落过程	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
824	2025-04-27	Aberrant activation of wound healing programs within the metastatic niche facilitates lung colonization by osteosarcoma cells 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.10.575008 PMID:38260361	research paper	该研究通过单细胞转录组学和空间转录组学技术，揭示了骨肉瘤细胞如何通过激活肺微环境中的伤口愈合程序促进肺转移，并测试了抗纤维化药物nintedanib在抑制转移中的效果	首次揭示了骨肉瘤肺转移过程中肿瘤细胞诱导肺组织纤维化的分子机制，并验证了抗纤维化药物nintedanib的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的患者样本，临床转化效果需要进一步验证	阐明骨肉瘤肺转移微环境形成的细胞和分子机制，寻找转移特异性治疗靶点	骨肉瘤细胞和肺转移微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	scRNA-seq, 空间转录组学, 多参数免疫荧光	免疫健全小鼠转移模型和免疫缺陷人源异种移植模型	转录组数据, 蛋白质表达数据, 空间分布数据	小鼠模型和有限的患者样本（具体数量未明确说明）
825	2025-04-27	Exploring the causal role of immune cells in cerebral aneurysm through single-cell transcriptomics and Mendelian randomization analysis 2024-Jul-12, Clinical and experimental immunology IF:3.4Q3 DOI:10.1093/cei/uxae042 PMID:38661482	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析探讨了免疫细胞在脑动脉瘤中的因果作用	整合单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了免疫细胞与脑动脉瘤之间的复杂双向相互作用	研究仅基于GSE193533数据集的未破裂脑动脉瘤样本，可能无法完全代表所有脑动脉瘤情况	探索免疫细胞与脑动脉瘤形成之间的复杂相互作用	未破裂脑动脉瘤及其对照样本	生物信息学	脑动脉瘤	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	NA	单细胞转录组数据	GSE193533数据集中的未破裂脑动脉瘤及对照样本
826	2025-04-27	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	review	本文综述了非洲锥虫病宿主-寄生虫相互作用的免疫学进展，包括单细胞转录组学的应用	介绍了利用单细胞和空间测序技术研究寄生虫生命周期阶段及宿主细胞的最新进展	NA	深入了解寄生虫生物学和宿主免疫，以开发新的疫苗接种和治疗策略	锥虫及其与哺乳动物宿主的相互作用	免疫学	非洲锥虫病	单细胞转录组学、空间测序	NA	转录组数据	NA
827	2025-04-26	Identification of RNA-binding protein RBMS3 as a potential biomarker for immunotherapy in bladder cancer 2024-Dec, Cancer biomarkers : section A of Disease markers IF:2.2Q3 DOI:10.3233/CBM-230489 PMID:39392600	研究论文	本研究旨在开发基于RNA结合蛋白（RBP）的预后标志物，并识别膀胱癌（BLCA）中的关键枢纽RBP	首次将RBMS3识别为膀胱癌免疫治疗的潜在生物标志物，并揭示了其在肿瘤微环境重塑中的作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	开发RBP预后标志物并识别膀胱癌中的关键RBP	膀胱癌（BLCA）	生物信息学	膀胱癌	scRNA-Seq, 生物信息学分析	风险模型	RNA-seq数据, 蛋白质表达数据	NA
828	2025-04-26	Defective ribosome assembly impairs leukemia progression in a murine model of acute myeloid leukemia 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114864 PMID:39412990	研究论文	本研究探讨了核糖体组装在白血病细胞功能中的作用，并揭示了其在急性髓系白血病（AML）治疗中的潜在价值	揭示了核糖体组装缺陷如何通过影响蛋白质合成速率和转录因子调控来抑制AML进展，并证明了其在p53缺陷型AML中的抗白血病效果	研究主要基于小鼠模型和患者数据集，尚未进行临床试验验证	探索核糖体组装在AML发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	混合谱系白血病重排AML中的未成熟白血病细胞	癌症研究	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	小鼠AML模型	基因表达数据、蛋白质组数据	患者数据集和实验小鼠模型
829	2025-04-26	Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779 PMID:39489938	研究论文	研究小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）在辐射条件后的多克隆再生机制	揭示了BM-ECs在辐射后再生过程中的异质性变化，开发了单细胞体外克隆形成实验，并利用Rainbow小鼠和基于机器学习的模型证明BM-ECs的再生主要是多克隆驱动的	研究主要基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需进一步验证	探究骨髓内皮细胞在辐射条件后的再生机制	小鼠骨髓内皮细胞（BM-ECs）	细胞生物学	造血干细胞移植相关疾病	单细胞RNA测序、成像技术、流式细胞术、机器学习模型	机器学习模型	单细胞RNA测序数据、图像数据、流式细胞数据	使用Rainbow小鼠模型进行实验
830	2025-04-26	Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq 2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574 PMID:39471116	研究论文	提出了一种名为D2AN的判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应并进行细胞类型注释	结合对抗域适应策略、对比损失和自步学习机制，实现了全局分布匹配和判别性特征表示，优于现有方法	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	解决单细胞RNA测序分析中的批次效应问题并提高细胞类型注释准确性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	判别性域适应网络(D2AN)	基因表达数据	多个真实数据集（未提及具体数量）
831	2025-04-26	Scm6A: A Fast and Low-cost Method for Quantifying m6A Modifications at the Single-cell Level 2024-Oct-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae039 PMID:39436235	research paper	介绍了一种基于机器学习的单细胞m6A定量方法Scm6A，用于快速、低成本地检测单细胞水平的m6A修饰	Scm6A结合m6A转录调控因子表达水平和顺式序列特征，提供了高效可靠的预测，并在多种细胞类型和疾病样本中验证了其可靠性	NA	开发一种快速、低成本且可靠的单细胞m6A定量方法，以解决现有方法在检测细胞间m6A特异性方面的挑战	外周血单个核细胞（PBMCs）中的CD4+和CD8+ T细胞、肺癌组织和COVID-19患者血液样本	machine learning	lung cancer, COVID-19	scRNA-seq, m6A-seq, MACS	machine learning-based approach	RNA sequencing data	外周血单个核细胞（PBMCs）、肺癌组织和COVID-19患者血液样本
832	2025-04-26	MSIsensor-RNA: Microsatellite Instability Detection for Bulk and Single-cell Gene Expression Data 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae004 PMID:39341794	research paper	开发了一种名为MSIsensor-RNA的软件，用于基于基因表达数据检测微卫星不稳定性（MSI）状态	首次提出了适用于单细胞基因表达数据的MSI检测方法，填补了该领域的空白	未明确说明在特定癌症类型或临床场景下的验证结果	开发一种准确、稳健且适应性强的MSI检测工具，扩展MSI检测的临床应用范围	批量基因表达数据和单细胞基因表达数据	生物信息学	癌症	RNA-seq, 微阵列, 单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
833	2025-04-26	SCancerRNA: Expression at the Single-cell Level and Interaction Resource of Non-coding RNA Biomarkers for Cancers 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae023 PMID:39341795	research paper	介绍了一个名为SCancerRNA的数据库，该数据库总结了实验支持的长链非编码RNA、微RNA、PIWI相互作用RNA、小核仁RNA和环状RNA生物标志物的数据，以及它们在细胞水平上的差异表达数据	开发了一个全面且组织良好的在线资源SCancerRNA，用于提供单细胞水平上非编码RNA生物标志物的表达数据及其相互作用网络，这在之前是不可用的	NA	促进非编码RNA生物标志物在癌症诊断、进展监测和靶向治疗中的应用	非编码RNA生物标志物及其在单细胞水平上的表达和相互作用	digital pathology	cancers	single-cell RNA sequencing (scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	NA
834	2025-04-26	SuperFeat: Quantitative Feature Learning from Single-cell RNA-seq Data Facilitates Drug Repurposing 2024-Sep-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae036 PMID:39401181	研究论文	本研究开发了一个名为SuperFeat的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习定量特征，以促进药物再利用	提出了SuperFeat框架，能够训练机器学习模型并评估病理组织中的典型细胞状态/特征，从而识别潜在药物靶点	NA	开发一个计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中学习特征，以促进药物再利用	单细胞RNA测序数据集，涵盖细胞特征发育过程中的特定细胞谱系	机器学习	癌症	单细胞RNA测序	人工神经网络	基因表达谱	NA
835	2025-04-26	DVsc: An Automated Framework for Efficiently Detecting Viral Infection from Single-cell Transcriptomics Data 2024-Jul-03, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzad007 PMID:39215426	research paper	介绍了一个名为DVsc的开源框架，用于从单细胞转录组数据中高效检测病毒感染	DVsc是首个针对scRNA-seq数据设计的计算框架，能够精确量化病毒感染，并支持多种单细胞测序平台	未提及具体的技术限制或样本多样性不足的问题	开发一个高效检测病毒感染的计算框架，以研究病毒感染对疾病的影响	临床样本中的单细胞转录组数据	生物信息学	病毒感染	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	转录组数据	约200个临床样本，感染了超过10种不同的病毒
836	2025-04-26	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分辨率互作组学，揭示了牙周炎中与牙齿相关角质形成细胞的相互作用及其在炎症中的作用	首次整合了人类牙周组织的单细胞RNA测序图谱，并揭示了牙周炎中角质形成细胞的特定免疫相互作用和空间表型	需要进一步研究以支持在慢性炎症状态下的精准牙周干预	研究牙周炎中牙周生态位细胞类型与微生物的关系	人类牙周组织中的角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物的相互作用	单细胞组学	牙周炎	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞宏基因组学、荧光原位杂交、高度多重免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据、空间表型数据	34个样本，105,918个细胞
837	2025-04-26	Multimodal Learning for Mapping the Genotype-Phenotype Dynamics 2024-May-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4355413/v1 PMID:38798675	研究论文	本文提出了一种计算整合遗传学框架，用于同时分析和解释基因型及其相关表型的高维景观	整合单细胞RNA测序和语言模型等先进学习方法，开发了一个多模态基础模型，探索人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系流形	NA	定量表征基因型与表型之间的复杂关系	人类转录组在细胞水平上的基因型-表型关系	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	语言模型	转录组数据	NA
838	2025-04-26	Spinster homolog 2 reduces malignancies of glioblastoma via PTEN/PI3K/AKT pathway 2024-03, IUBMB life IF:3.7Q2 DOI:10.1002/iub.2785 PMID:37728571	research paper	该研究探讨了Spinster homolog 2 (SPNS2)在胶质母细胞瘤(GBM)中的生物学功能和分子作用，发现SPNS2通过抑制PTEN/PI3K/AKT通路抑制GBM细胞的恶性进展、干细胞性和免疫浸润	首次揭示了SPNS2在GBM中的抑癌作用及其通过PTEN/PI3K/AKT通路的分子机制，并发现SPNS2与肿瘤免疫浸润的相关性	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要更多体内实验验证	探究SPNS2在胶质母细胞瘤中的生物学功能和分子机制	胶质母细胞瘤细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	RNA测序、单细胞测序、生物信息学分析	NA	基因表达数据、临床数据	TCGA和CGGA数据库中的胶质瘤样本
839	2025-04-25	Metabolic reprogramming by mutant GNAS creates an actionable dependency in intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas 2024-Dec-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-332412 PMID:39277181	研究论文	本文研究了KRAS和GNAS突变在胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)中的作用，揭示了GNAS R201C突变如何导致代谢重编程和糖酵解依赖性	首次揭示了GNAS R201C突变导致胃(幽门型)化生的基因特征，并发现KRAS G12D和GNAS R201C共表达细胞对糖酵解途径的依赖性	研究主要基于小鼠模型和体外细胞系，人类IPMNs中的验证仍需进一步研究	阐明GNAS R201C突变对胰腺肿瘤表型、转录组特征和基因组依赖性的影响	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMNs)及其小鼠模型	癌症生物学	胰腺癌	CRISPR/Cas9筛选、RNA测序(包括单细胞和空间转录组)、实时代谢分析	p48Cre; KrasLSL-G12D; Rosa26LSL-rtTA; Tg (TetO-GnasR201C)小鼠模型	基因组数据、转录组数据、代谢数据	NA
840	2025-04-25	Transcriptional profiles of murine oligodendrocyte precursor cells across the lifespan 2024-Oct-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.27.620502 PMID:39554158	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探究了小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）在整个生命周期中的转录组变化	创建了一种新型转基因小鼠系，用于高分辨率解析OPCs从静止到增殖和分化的关键转变过程中的转录变化	研究仅针对小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究衰老如何影响少突胶质前体细胞（OPCs）的转录组特征及其功能	小鼠少突胶质前体细胞（OPCs）	生物医学	神经系统疾病	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	RNA-seq数据	30至720天龄的小鼠OPCs