单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7706 篇文献，本页显示第 821 - 840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2024-12-08 |
The Impact of SIV-Induced Immunodeficiency on SARS-CoV-2 Disease, Viral Dynamics, and Antiviral Immune Response in a Nonhuman Primate Model of Coinfection
2024-Jul-21, Viruses
DOI:10.3390/v16071173
PMID:39066335
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研究论文 | 研究SIV感染导致的免疫缺陷对SARS-CoV-2疾病、病毒动力学和抗病毒免疫反应的影响 | 首次在受控环境中直接研究HIV相关免疫缺陷对COVID-19疾病和病毒持久性的影响 | 样本量较小，仅涉及两只SIV感染的猪尾猕猴 | 探讨HIV相关免疫缺陷对SARS-CoV-2感染的影响 | SIV感染的猪尾猕猴和SIV阴性的猪尾猕猴 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 两只SIV感染的猪尾猕猴和两只SIV阴性的猪尾猕猴 |
| 822 | 2024-12-08 |
Harmonized cross-species cell atlases of trigeminal and dorsal root ganglia
2024-Jun-21, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adj9173
PMID:38905344
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研究论文 | 构建了跨物种的三叉神经节和背根神经节细胞图谱，描述并促进了六种物种和31个数据集中18种神经元和11种非神经元细胞类型的比较 | 通过单细胞RNA测序构建了跨物种的背根神经节和三叉神经节细胞图谱，并发现该图谱有助于稀有神经元亚型的注释 | NA | 研究背根神经节和三叉神经节中感觉神经元的多样性，并促进跨物种和跨研究的细胞类型比较 | 背根神经节和三叉神经节中的感觉神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及六种物种和31个数据集 |
| 823 | 2024-12-08 |
CAraCAl: CAMML with the integration of chromatin accessibility
2024-Jun-13, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05833-3
PMID:38872103
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAraCAl的生物信息学方法，用于在scATAC-seq数据上进行细胞类型注释 | CAraCAl通过整合染色质可及性数据，改进了CAMML方法，使其能够更有效地处理scATAC-seq数据 | 当scRNA-seq数据存在时，CAraCAl的性能并未超过CAMML，仅在仅有scATAC-seq数据时表现较好 | 开发一种新的方法来注释scATAC-seq数据中的细胞类型 | scATAC-seq数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 824 | 2024-12-08 |
Interstitial macrophages are a focus of viral takeover and inflammation in COVID-19 initiation in human lung
2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20232192
PMID:38597954
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研究论文 | 研究定义了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的细胞嗜性和转录组效应 | 首次详细描述了SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中对间质巨噬细胞的感染及其引发的炎症和纤维化反应 | 研究仅限于健康人肺组织的体外实验，未涉及临床患者样本 | 揭示COVID-19早期阶段病毒感染和炎症反应的机制 | SARS-CoV-2病毒在人类肺组织中的感染和转录组变化 | 数字病理学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康人肺组织样本 |
| 825 | 2024-12-08 |
scDMAE: A Generative Denoising Model Adopted Mask Strategy for scRNA-Seq Data Recovery
2024-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3383921
PMID:38568766
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研究论文 | 本文提出了一种名为scDMAE的生成去噪模型，采用掩码策略用于单细胞RNA测序数据的恢复 | scDMAE模型融合了基因表达特征和拓扑特征，使用带有掩码策略的自编码器来建模丢失事件并分离潜在噪声，结合原始数据恢复真实的生物表达值 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的去噪和恢复准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 多种类型的单细胞RNA测序数据集 |
| 826 | 2024-12-08 |
Cell-specific housekeeping role of lncRNAs in COVID-19-infected and recovered patients
2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae023
PMID:38426128
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研究论文 | 研究了lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达动态及其在调节疾病和康复中的功能 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的时空表达动态，并发现了调节免疫功能的细胞类型特异性lncRNA | 研究主要集中在lncRNA的表达变化，未深入探讨其具体的调控机制 | 探讨lncRNA在COVID-19感染和康复患者中的时空表达模式及其功能 | lncRNA在健康、SARS-CoV-2感染和康复个体中的表达及其对免疫功能的调节作用 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康、SARS-CoV-2感染和康复个体 |
| 827 | 2024-12-08 |
Comparative analysis of cell-cell communication at single-cell resolution
2024-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01782-z
PMID:37169965
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scriabin的灵活且可扩展的框架，用于在单细胞分辨率下进行细胞间通信的比较分析 | Scriabin能够在不进行细胞聚合或降采样的情况下，准确恢复预期的细胞间通信边并识别被聚合方法掩盖的通信网络 | NA | 揭示健康和疾病中微环境与表型关系的完整结构 | 细胞间通信的比较分析 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用多个已发表的图谱规模数据集、遗传扰动筛选和直接实验验证 |
| 828 | 2024-12-08 |
A systematic evaluation of state-of-the-art deconvolution methods in spatial transcriptomics: insights from cardiovascular disease and chronic kidney disease
2024, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2024.1352594
PMID:38601476
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研究论文 | 本文系统评估了三种空间转录组学去卷积方法在心血管疾病和慢性肾病中的表现 | 首次在心血管疾病和慢性肾病样本中进行去卷积方法的基准测试 | 所有方法在去卷积过程中都需要较少的参考数据，但Cell2location在计算上更为密集 | 评估不同去卷积方法在特定疾病样本中的表现 | 心血管疾病和慢性肾病患者的组织样本 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 慢性肾病 | 去卷积方法 | NA | 转录组数据 | 来自不同病理状态的心血管疾病和慢性肾病患者样本 |
| 829 | 2024-12-08 |
A generalizable and easy-to-use COVID-19 stratification model for the next pandemic via immune-phenotyping and machine learning
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1372539
PMID:38601145
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研究论文 | 本文开发并验证了一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，利用机器学习算法 | 提出了基于cDCs和LDH水平的机器学习模型，用于预测COVID-19的严重程度 | NA | 开发一种可推广且易于使用的COVID-19严重程度分层模型，为未来疫情提供参考 | COVID-19患者的免疫特征和实验室参数 | 机器学习 | COVID-19 | CyTOF、单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 免疫特征数据、实验室参数数据 | 发现队列39例，验证队列840例 |
| 830 | 2024-12-08 |
Uncovering the dual roles of peripheral immune cells and their connections to brain cells in stroke and post-stroke stages through single-cell sequencing
2024, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2024.1443438
PMID:39633897
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在揭示中风及中风后阶段外周免疫细胞与脑细胞相互作用中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术无偏倚地识别中风期间和之后脑和外周血单核细胞的细胞异质性 | NA | 探索中风期间和之后不同角色细胞的表型景观，并揭示外周免疫细胞的双重作用 | 中风期间和之后的外周免疫细胞及其与脑细胞的相互作用 | NA | 中风 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 831 | 2024-12-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals key molecular drivers and immune landscape in uveal melanoma: implications for targeted therapy and prognostic modeling
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1493752
PMID:39635521
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，并开发了一种新的预后模型，为靶向治疗和预后预测提供了新思路 | 本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了葡萄膜黑色素瘤中C5 PCOLCE+肿瘤细胞的关键作用，并开发了一种新的预后模型PTRS，识别出CITED1作为高风险基因 | 本研究主要基于GSE139829数据集，样本量有限，需要进一步的大规模验证 | 揭示葡萄膜黑色素瘤的分子驱动因素和免疫景观，开发新的预后模型和治疗靶点 | 葡萄膜黑色素瘤的肿瘤细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 8例原发性葡萄膜黑色素瘤患者和3例转移性疾病的患者 |
| 832 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing reveals immune-related SPP1+ macrophages as a potential strategy for predicting the prognosis and treatment of liver fibrosis and hepatocellular carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1455383
PMID:39635536
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量RNA测序，识别与肝纤维化和肝细胞癌相关的基因、细胞亚群和信号通路，并建立预测模型和潜在治疗药物 | 首次整合单细胞和批量RNA测序，识别出与肝纤维化和肝细胞癌相关的40个致病基因和15个关键细胞亚群，并发现SPP1+巨噬细胞与免疫浸润和预后发展的正相关性 | NA | 研究肝纤维化和肝细胞癌的致病基因、细胞亚群、调控机制、预后基因及潜在小分子药物 | 肝纤维化和肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、批量测序、分子对接技术 | 机器学习 | RNA | NA |
| 833 | 2024-12-08 |
Exploring the shared pathogenic mechanisms of tuberculosis and COVID-19: emphasizing the role of VNN1 in severe COVID-19
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1453466
PMID:39639868
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研究论文 | 研究探讨了结核病和COVID-19之间的共同发病机制，特别强调了VNN1在严重COVID-19中的作用 | 识别了GMNN、SCD和FUT7作为COVID-19的强诊断标记，并发现VNN1与严重COVID-19的进展密切相关 | NA | 探讨结核病和COVID-19的共同发病机制，并寻找新的诊断和治疗靶点 | COVID-19和结核病的共同发病基因和免疫细胞浸润 | 生物信息学 | 传染病 | 机器学习、单细胞测序、分子对接 | 随机森林分析 | 基因表达数据 | 从GEO数据库中获取的COVID-19和结核病数据 |
| 834 | 2024-12-08 |
Identification of key biomarkers related to fibrocartilage chondrocytes for osteoarthritis based on bulk, single-cell transcriptomic data
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1482361
PMID:39640258
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和微阵列数据，探索了纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别了与纤维软骨细胞相关的关键生物标志物 | 本研究首次通过多组学方法识别了六个与纤维软骨细胞相关的骨关节炎生物标志物，并构建了一个探索性的风险模型 | 本研究仅在有限的样本中验证了生物标志物的蛋白质表达水平，未来需要在更大规模的样本中进行验证 | 探索纤维软骨细胞在骨关节炎进展中的作用，并识别相关的关键生物标志物 | 纤维软骨细胞及其在骨关节炎中的生物标志物 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | 风险模型 | 基因表达数据 | 骨关节炎和正常软骨样本 |
| 835 | 2024-12-08 |
Human placental cells are resistant to SARS-CoV-2 infection and replication
2024, Wellcome open research
DOI:10.12688/wellcomeopenres.20514.2
PMID:39640372
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研究论文 | 研究了人类胎盘细胞对SARS-CoV-2感染和复制的抵抗力 | 首次量化了胎盘细胞对SARS-CoV-2感染的易感性，并确定了它们是否支持病毒释放 | 研究主要基于体外实验，可能无法完全反映体内情况 | 探讨SARS-CoV-2在妊娠期间的感染和传播机制 | 人类胎盘细胞及其对SARS-CoV-2的感染和复制能力 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和共聚焦显微镜 | NA | RNA | 包括第一孕期和足月胎盘细胞，以及多种胎盘衍生细胞系 |
| 836 | 2024-12-08 |
The role of epigenetic regulation in pancreatic ductal adenocarcinoma progression and drug response: an integrative genomic and pharmacological prognostic prediction model
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1498031
PMID:39640482
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研究论文 | 研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）进展和药物反应中的表观遗传调控作用，并构建了一个综合的基因组和药理学预测模型 | 首次在单细胞分辨率下全面描绘了PDAC中的表观遗传调控图谱，并构建了一个基于表观遗传特征的预测模型，该模型在预测1年、3年和5年生存率方面表现优于现有模型 | 研究主要基于公共数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题 | 探讨表观遗传调控在胰腺导管腺癌进展和药物反应中的作用，并构建一个预测模型 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的表观遗传调控、细胞异质性、突变模式、免疫微环境和药物敏感性 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析（WGCNA） | 机器学习模型（Lasso和随机生存森林） | 基因组数据、临床数据 | 多个公共数据库的数据 |
| 837 | 2024-12-07 |
Stem cell expressed CXCR4 regulates tissue composition in the vomeronasal organ
2024-Dec-06, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.263451
PMID:39639824
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研究论文 | 研究CXCR4在犁鼻器组织组成中的调控作用 | 首次揭示CXCR4在犁鼻器中对干细胞和基底神经元谱系的调控作用 | NA | 探讨CXCR4在犁鼻器组织组成中的作用 | 犁鼻器中的干细胞和神经元谱系 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、谱系追踪 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 838 | 2024-12-07 |
The quality of SIV-specific fCD8 T cells limits SIV RNA production in Tfh cells during antiretroviral therapy
2024-Dec-06, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.00812-24
PMID:39641620
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研究论文 | 研究了在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产量的限制作用 | 揭示了在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞与Tfh细胞中SIV RNA产量之间的负相关关系，并发现治疗组和自然控制组中fCD8 T细胞的基因表达模式不同 | 研究仅限于cynomolgus猕猴模型，可能无法完全代表人类HIV感染的情况 | 探讨在抗逆转录病毒治疗期间，SIV特异性fCD8 T细胞对Tfh细胞中SIV RNA产量的影响 | SIV感染的cynomolgus猕猴、Tfh细胞和fCD8 T细胞 | 免疫学 | HIV/SIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15只cynomolgus猕猴，其中8只为进展者，7只为自然控制者 |
| 839 | 2024-12-07 |
Single-cell RNA-seq reveals diverse molecular signatures associated with Methotrexate resistance in primary central nervous system lymphoma cells
2024-Dec-05, Journal of neuro-oncology
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s11060-024-04893-y
PMID:39636551
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了与甲氨蝶呤耐药性相关的分子特征 | 利用单细胞测序技术识别了与甲氨蝶呤耐药性相关的关键基因和信号通路 | 研究仅限于培养的PCNSL细胞，未涉及临床样本 | 探索甲氨蝶呤耐药性的分子机制，寻找新的治疗策略 | 原发性中枢神经系统淋巴瘤细胞及其对甲氨蝶呤的耐药性 | 数字病理学 | 中枢神经系统淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及HKBML和TK两个数据集的细胞样本 |
| 840 | 2024-12-07 |
Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma
2024-Dec-05, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15214
PMID:39639424
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研究论文 | 研究了头颈部横纹肌肉瘤（RMS）微环境的细胞成分和免疫学特征 | 发现RMS样本中施万细胞浸润与M2样巨噬细胞浸润增加相关，并鉴定了施万细胞与M2样巨噬细胞之间的受体-配体对 | NA | 探讨头颈部横纹肌肉瘤（RMS）微环境的细胞成分和免疫学特征 | 头颈部横纹肌肉瘤（RMS）微环境中的细胞成分和免疫学特征 | 数字病理学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组学、CellChat、CIBERSORT、流式细胞术、免疫组化 | NA | 转录组数据 | NA |