本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2025-10-06 |
The origin and structural evolution of de novo genes in Drosophila
2024-Jan-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45028-1
PMID:38280868
|
研究论文 | 本研究通过基因组比对和计算结构建模系统分析了果蝇谱系特异性从头基因的起源、进化和蛋白质结构演化 | 首次结合高质量全基因组比对和计算结构建模方法,系统研究果蝇谱系特异性从头基因的蛋白质结构演化规律 | 研究主要基于计算预测和序列分析,缺乏实验验证蛋白质结构和功能 | 探究果蝇中从头基因的起源和结构演化机制 | 黑腹果蝇及其近缘种中的555个从头基因候选 | 基因组学 | NA | 全基因组比对,计算结构建模,单细胞RNA-seq,祖先序列重建 | 计算结构模型 | 基因组序列,转录组数据 | 555个从头基因候选 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 822 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing analysis and multiple machine-learning models revealed the cellular crosstalk of dendritic cells and identified FABP5 and KLRB1 as novel biomarkers for psoriasis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1374763
PMID:38596682
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析和多种机器学习模型揭示了树突状细胞在银屑病中的细胞相互作用,并鉴定出FABP5和KLRB1作为新型生物标志物 | 首次发现树突状细胞通过CD70/CD27信号通路调控T细胞在银屑病炎症反应中的作用,并鉴定出FABP5和KLRB1作为新型生物标志物 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探索银屑病的发病机制并识别有价值的生物标志物 | 银屑病皮肤组织、树突状细胞、T细胞、HaCaT细胞 | 生物信息学 | 银屑病 | 单细胞测序, 机器学习, RT-qPCR, 免疫组织化学, 免疫荧光 | 多种机器学习模型 | 单细胞测序数据, 基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 823 | 2025-10-06 |
Deconvolution of synovial myeloid cell subsets across pathotypes and role of COL3A1+ macrophages in rheumatoid arthritis remission
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1307748
PMID:38601143
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据,鉴定滑膜髓系细胞亚群并发现COL3A1+巨噬细胞在类风湿关节炎缓解中的潜在作用 | 首次发现COL3A1+巨噬细胞这一成纤维细胞样M2亚型在髓系病理型中富集,并揭示其通过表达抗炎因子、增强黏附和形成物理屏障缓解关节炎的机制 | 研究样本量有限(81例患者),且部分功能验证仍需进一步实验确认 | 探究单核/巨噬细胞亚群在类风湿关节炎活动中的作用及特定亚型在疾病缓解中的生物学功能 | 类风湿关节炎患者的滑膜组织和髓系细胞亚群 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 多色免疫荧光, 流式细胞术, 免疫组化染色, 黏附实验, RT-qPCR | Liger整合算法, 反卷积分析 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据, 流式细胞数据, 图像数据 | 81例早期关节炎队列患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 824 | 2025-10-06 |
Integrative single-cell analysis of LUAD: elucidating immune cell dynamics and prognostic modeling based on exhausted CD8+ T cells
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1366096
PMID:38596689
|
研究论文 | 本研究通过单细胞分析构建了肺腺癌免疫微环境图谱,并基于耗竭CD8+ T细胞建立预后模型 | 首次整合单细胞分析揭示肺腺癌免疫细胞动态特征,基于CD8_Tex-LAYN基因建立预后模型,并发现GALNT2作为潜在治疗靶点 | 样本量相对有限(19例患者),需要在更大队列中验证模型的普适性 | 阐明肺腺癌免疫微环境特征并建立有效的预后预测模型 | 肺腺癌患者肿瘤微环境中的免疫细胞(CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、髓系细胞等) | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,RT-PCR,细胞实验 | Cox回归模型 | 单细胞RNA测序数据,临床数据 | 19例肺腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 825 | 2025-10-06 |
Immune cell single-cell RNA sequencing analyses link an age-associated T cell subset to symptomatic benign prostatic hyperplasia
2024-Dec-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.30.629739
PMID:39803459
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现与年龄相关的CD8 T细胞亚群与症状性良性前列腺增生相关 | 首次发现年龄相关的CD8 T细胞亚群(Taa)通过颗粒酶K介导的前列腺基质成纤维细胞SASP因子产生促进症状性BPH | 研究样本量有限,机制研究主要在体外进行 | 探究年龄相关免疫细胞变化在良性前列腺增生发病机制中的作用 | 人类前列腺组织和患者来源的前列腺成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺增生 | 单细胞RNA测序,体外细胞培养,细胞因子检测 | NA | 单细胞RNA测序数据,临床评分数据 | 未明确样本数量的人类前列腺组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 826 | 2025-10-06 |
STING Activation in Macrophages and Microglia Drives Poststroke Inflammation: Implications for Neuroinflammatory Mechanisms and Therapeutic Interventions
2024-12, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70106
PMID:39698742
|
研究论文 | 本研究揭示了STING激活通过I型干扰素信号驱动巨噬细胞和小胶质细胞向促炎表型转变的机制及其在脑卒中后神经炎症中的作用 | 首次阐明持续性吞噬作用通过激活STING信号通路促使巨噬细胞和小胶质细胞表型转变的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究脑卒中后巨噬细胞和小胶质细胞表型转变的分子机制 | 巨噬细胞、小胶质细胞及脑卒中模型小鼠 | 神经科学 | 脑卒中 | 单细胞RNA测序、免疫染色、细胞培养 | 动物疾病模型 | 基因表达数据、行为学数据、影像数据 | C57BL/6雄性小鼠及原代细胞培养 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 827 | 2025-10-06 |
Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction
2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.07.570640
PMID:38106186
|
研究论文 | 本研究开发了一种单细胞eQTL定位方法,在酵母中揭示了生长与繁殖之间的权衡关系 | 开发了'一锅法'单细胞eQTL定位方法,首次在单细胞水平系统识别eQTL与细胞周期阶段的互作效应 | 研究仅限于酵母模型,尚未在更复杂生物系统中验证 | 探索遗传变异在单细胞水平对基因表达和性状影响的精细机制 | 酵母单细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | eQTL定位模型 | 单细胞基因表达数据 | 超过100,000个单细胞,来自三个杂交组合 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 828 | 2025-10-06 |
Gastroduodenal injury and repair mechanisms
2024-Nov-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001049
PMID:38935320
|
综述 | 本文综述了胃十二指肠黏膜损伤与修复机制的最新研究进展 | 揭示了成熟上皮细胞或定向干细胞去分化、重编程、增殖和再生黏膜的新机制,以及腺病毒疗法、植物基化合物递送系统和RNA技术在黏膜修复中的应用 | 关于急性浅表性病变的研究在过去一年中较为稀疏 | 探讨胃十二指肠黏膜损伤后的修复机制 | 胃十二指肠黏膜组织 | NA | 胃十二指肠疾病 | 单细胞RNA测序, 腺病毒疗法, 纳米颗粒技术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 829 | 2025-10-06 |
Construction of a Prognostic Model for Mitochondria and Macrophage Polarization Correlation in Glioma Based on Single-Cell and Transcriptome Sequencing
2024-11, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70083
PMID:39491527
|
研究论文 | 基于单细胞和转录组测序构建胶质瘤中线粒体与巨噬细胞极化相关性的预后模型 | 首次整合线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因构建胶质瘤预后模型,并通过单细胞RNA测序在细胞水平验证基因表达 | 研究基于生物信息学分析,需要进一步实验验证 | 探讨线粒体相关基因和巨噬细胞极化相关基因与胶质瘤预后的关系 | 胶质瘤患者数据集和组织样本 | 生物信息学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序,转录组测序,WGCNA | 风险模型,列线图 | 基因表达数据 | 多个胶质瘤数据集(TCGA-GBMLGG, mRNA-seq-325, mRNA-seq-693, GSE16011, GSE4290, GSE138794) | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 830 | 2025-10-06 |
Glutaminase inhibition in combination with azacytidine in myelodysplastic syndromes: a phase 1b/2 clinical trial and correlative analyses
2024-Oct, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00811-3
PMID:39300320
|
临床研究论文 | 评估telaglenastat(CB-839)联合阿扎胞苷在晚期骨髓增生异常综合征患者中的安全性和疗效 | 首次将选择性谷氨酰胺酶抑制剂与去甲基化药物联合应用于MDS治疗,并通过单细胞RNA测序验证疗效机制 | 单臂开放标签研究设计,样本量有限(共30名参与者) | 开发骨髓增生异常综合征的代谢和表观遗传联合治疗方法 | 晚期骨髓增生异常综合征患者 | 临床医学 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据,单细胞RNA测序数据 | 30名参与者(6名剂量递增研究,24名剂量扩展研究) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 831 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals the protective effects of lactate-mediated lactylation of microglia-related proteins on spinal cord injury
2024-09, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70028
PMID:39218784
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析,揭示了乳酸介导的小胶质细胞蛋白乳酸化对脊髓损伤的保护作用 | 首次发现乳酸通过调节小胶质细胞蛋白乳酸化影响其炎症表型,为脊髓损伤治疗提供新靶点 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 阐明糖酵解来源乳酸通过乳酸化对小胶质细胞功能的调控机制及其在脊髓损伤中的神经保护作用 | 小鼠脊髓损伤模型和小胶质细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 成年雄性C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 832 | 2025-10-06 |
Molecular Pathways and Cellular Subsets Associated with Adverse Clinical Outcomes in Overlapping Immune-Related Myocarditis and Myositis
2024-Aug-01, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0011
PMID:38768394
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎患者的组织样本,揭示相关的分子通路和免疫细胞亚群 | 首次在活体患者中鉴定出与免疫相关心肌炎和肌炎不良临床结局相关的CD8+ T细胞和髓系细胞亚群,特别是表达FcγRIIIa和IL1B+TNF+的炎症性髓系细胞 | 样本量较小(n=20),仅包含接受免疫检查点治疗的癌症患者,所有活检均在临床表现96小时内获取 | 阐明免疫检查点疗法引发的心肌炎和肌炎的分子机制和免疫细胞基础 | 接受免疫检查点治疗的癌症患者并发心肌炎和/或肌炎的组织样本 | 单细胞组学 | 心肌炎和肌炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 单细胞转录组数据,组织图像数据 | 20例患者(10例重叠心肌炎加肌炎,1例单纯心肌炎,9例对照)共58,523个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 833 | 2025-10-06 |
New tools to study renal fibrogenesis
2024-07-01, Current opinion in nephrology and hypertension
IF:2.2Q2
DOI:10.1097/MNH.0000000000000988
PMID:38587103
|
综述 | 本文综述了单细胞和空间多组学技术在研究肾脏纤维化机制中的最新进展和应用前景 | 强调了单细胞RNA测序和空间多组学技术为研究人类肾脏纤维化提供了新的研究途径,特别是在细胞谱系、细胞可塑性和细胞间通讯方面 | 需要精心设计和优化多组学实验以解决肾脏纤维化中的具体科学问题 | 探索肾脏纤维化的发病机制和病理过程 | 人类肾脏组织,包括健康肾脏和慢性肾脏病患者的肾脏样本 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 空间多组学技术 | NA | 单细胞转录组数据, 空间多组学数据 | 健康人类肾脏和慢性肾脏病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间多组学 | NA | NA |
| 834 | 2025-10-06 |
Developmental regulation of primitive erythropoiesis
2024-05-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000806
PMID:38415349
|
综述 | 本文综述原始红细胞生成的最新研究进展,重点关注其胚胎起源、物种特异性发育调控差异以及终末分化的分子和代谢通路 | 结合单细胞转录组学和先进谱系追踪技术揭示原始红细胞起源,发现转录延伸调控因子和表观遗传修饰剂DOT1L的非经典功能,揭示磷酸戊糖途径等关键代谢通路的激活 | 基于小鼠模型和罕见人类胚胎样本的研究,人类样本数量有限且存在物种差异 | 解析原始红细胞生成的发育调控机制,为体外生成治疗性红细胞提供理论基础 | 小鼠胚胎和人类早期胚胎中的原始红细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组学,谱系追踪,代谢组学,蛋白质组学 | NA | 转录组数据,表观遗传数据,代谢数据 | 未明确样本数量,使用小鼠胚胎和罕见人类胚胎样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 835 | 2025-10-06 |
Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics
2024-Apr, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2023.103068
PMID:38176357
|
研究论文 | 提出空间特征测度LDDMM算法,用于将空间转录组数据映射到标准图谱的通用坐标系中 | 首次在微分同胚空间中计算测地线的算法系列,扩展了LDDMM算法家族以处理带标记粒子的空间特征作用 | NA | 开发空间转录组数据的跨模态配准算法,实现分子和细胞尺度种群在通用坐标系中的统计平均 | 小鼠脑部空间转录组数据 | 计算解剖学 | NA | MERFISH, 空间转录组学 | LDDMM, 空间特征测度LDDMM | 空间基因表达数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 自动化显微镜 | MERFISH | NA |
| 836 | 2025-10-06 |
Targeting HIV persistence in the tissue
2024-03-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000836
PMID:38169333
|
综述 | 探讨HIV在人体组织中持久存在的机制及靶向清除策略 | 提出针对不同组织微环境的HIV储存库靶向治疗新思路,整合单细胞测序等前沿技术 | 组织特异性潜伏机制复杂,缺乏统一有效的清除策略 | 研究HIV在组织储存库中的持久性机制和清除方法 | HIV感染者的淋巴组织、滤泡辅助T细胞、CD4+T细胞和组织巨噬细胞 | 传染病学 | HIV/AIDS | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选, mRNA技术, 组织类器官 | NA | NA | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 837 | 2025-10-06 |
Single-cell insights into development of the bovine placenta†
2024-01-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioad123
PMID:37707543
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究牛胎盘发育过程中的细胞类型和分子机制 | 首次构建了牛胚胎发育过程中胎盘细胞的数字图谱,揭示了滋养层细胞分化的轨迹和关键转录因子 | 样本数量有限(每个时间点3-4个样本),仅分析了特定发育时间点 | 探究牛胎盘发育的细胞和分子调控机制 | 牛胚胎和绒毛膜组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 第17天牛胚胎和24、30、50天绒毛膜组织,每个时间点3-4个样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞测序平台 |
| 838 | 2025-10-06 |
The many faces of the megakaryocytes and their biological implications
2024-01-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000793
PMID:37910197
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序揭示的巨核细胞谱系转录异质性和功能可塑性 | 通过单细胞RNA测序技术首次系统识别巨核细胞的多个功能亚群及其组织分布特征 | NA | 探讨巨核细胞亚群的功能表型可塑性及其在健康与疾病中的作用 | 巨核细胞及其转录亚群 | 单细胞生物学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 839 | 2025-10-06 |
The immune landscape of fetal chorionic villous tissue in term placenta
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1506305
PMID:39872537
|
研究论文 | 本研究深入表征了足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型和功能多样性 | 首次系统描绘足月胎盘绒毛组织的免疫景观,并揭示孕前肥胖对绒毛髓系细胞表型和功能的调控作用 | 样本来源仅限于无并发症的足月妊娠,未涵盖病理妊娠状态 | 探究足月胎盘绒毛组织中免疫细胞的表型特征和功能状态 | 人类足月胎盘绒毛组织中的免疫细胞 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, CITE-seq, 单核ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据, 蛋白质表达数据 | 足月无并发症妊娠的绒毛组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 单细胞ATAC测序 | NA | CITE-seq(细胞表面蛋白与转录组联合测序), snATAC-seq(单核染色质可及性测序) |
| 840 | 2025-10-06 |
Itaconate facilitates viral infection via alkylating GDI2 and retaining Rab GTPase on the membrane
2024-12-27, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-02077-8
PMID:39730330
|
研究论文 | 本研究揭示了衣康酸通过烷基化GDI2并保留Rab GTPase在膜上促进病毒感染的机制 | 首次发现衣康酸通过直接烷基化GDI2蛋白的多个半胱氨酸位点,调节Rab GTPases的膜分布,从而促进病毒感染 | NA | 探究衣康酸在病毒感染中的作用机制 | 巨噬细胞、上皮细胞、中性粒细胞、VSV和IAV病毒 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |