单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 821 - 840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2026-05-30 |
Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings
2024-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105
PMID:39265479
|
研究论文 | 提出基于节点链接的可视化技术ManiGraph，通过构建动态介观结构图来解读非线性降维中的不确定性 | 首次通过动态介观结构图重新评估高低维空间之间的邻域保真度，并引入区域自适应的可信度度量 | 未明确提及，但散点图可视化的过度绘制问题在大规模数据集上仍有挑战 | 解决概率非线性降维方法中虚假邻域关系导致的误导性可视化问题 | 高维数据的低维嵌入可视化结果 | 计算机视觉 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 单细胞RNA测序数据集及组织病理学-MNIST数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 822 | 2026-05-30 |
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109082
PMID:39255657
|
研究论文 | 提出了一种名为Proximogram的基于图的多组学网络框架，整合单细胞组学和空间数据以捕获组织异质性 | 首次提出Proximogram图表示方法，能够将独立获取的组学数据和空间数据整合到统一框架中，并通过图深度学习模型提高疾病分类性能 | 未提及具体局限性 | 开发一种可定制且可扩展的方法，联合利用多模态生物数据以提升疾病诊断能力 | 来自正常、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌患者的复用免疫荧光图像和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图深度学习模型 | 图像 | 两种胰腺疾病患者样本，包括正常、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 823 | 2026-05-30 |
Glycoengineered extracellular vesicles released from antibacterial hydrogel facilitate diabetic wound healing by promoting angiogenesis
2024-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70013
PMID:39600241
|
研究论文 | 研究了一种由明胶甲基丙烯酰、糖工程化细胞外囊泡和聚赖氨酸组成的新型水凝胶敷料，通过促进血管生成来治疗感染的糖尿病伤口 | 通过糖工程化改造细胞外囊泡表面表达sLeX配体，增强其靶向E-选择素的能力，并结合水凝胶实现持续释放，用于糖尿病伤口治疗 | 研究局限于小鼠模型，临床转化尚需进一步验证 | 开发一种新型水凝胶敷料，利用糖工程化细胞外囊泡促进糖尿病伤口愈合 | 糖尿病伤口、细胞外囊泡、血管生成、E-选择素 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、慢病毒转染 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台 |
| 824 | 2026-05-30 |
RIPK3 causes mitochondrial dysfunction and albuminuria in diabetic podocytopathy through PGAM5-Drp1 signaling
2024-10, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.155982
PMID:39089491
|
研究论文 | 研究RIPK3通过PGAM5-Drp1信号通路导致糖尿病足细胞病变中线粒体功能障碍和蛋白尿的机制 | 首次揭示RIPK3在糖尿病肾病的足细胞损伤中通过PGAM5-Drp1信号调控线粒体分裂，并证明血浆RIPK3水平可作为肾功能恶化的生物标志物 | 未明确说明 | 阐明RIPK3在糖尿病肾病肾小球损伤中的作用及其分子机制 | 糖尿病肾病患者、2型糖尿病前瞻性观察队列、高脂饮食诱导的Ripk3敲除和野生型小鼠、系膜细胞及永生化足细胞 | NA | 糖尿病肾病 | ELISA、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床生化指标 | 活检确诊的糖尿病肾病患者（数量未明确）、2型糖尿病前瞻性队列（数量未明确）、Ripk3敲除和野生型小鼠（数量未明确） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 825 | 2026-05-30 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-10, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
|
研究论文 | 通过单细胞分析揭示白细胞介素1β在三阴性乳腺癌中促进癌细胞增殖的机制 | 首次发现浆细胞通过细胞间粘附分子2-整合素aLb2复合物与T细胞相互作用，释放IL1B促进TNBC肿瘤生长，并鉴定IL1B为新的预后标志物 | 未明确说明 | 探究浆细胞在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中调控肿瘤迁移进展的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的浆细胞和肿瘤微环境 | 机器学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个TNBC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 826 | 2026-05-30 |
TGF-β1 mediates hypoxia-preconditioned olfactory mucosa mesenchymal stem cells improved neural functional recovery in Parkinson's disease models and patients
2024-07-22, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00550-7
PMID:39034405
|
研究论文 | 本文研究了低氧预处理嗅黏膜间充质干细胞通过TGF-β1信号通路改善帕金森病模型和患者的神经功能恢复 | 首次在临床级低氧预处理嗅黏膜间充质干细胞治疗帕金森病的研究中，结合单细胞RNA测序、ATAC-seq和全长转录本异构体测序等多种技术，揭示TGF-β1通过激活ALK/PI3K/Akt信号通路调节小胶质细胞免疫调节和线粒体功能恢复的机制，并开展了I期首次人体临床试验 | I期临床试验样本量较小，需要更大规模临床试验进一步验证安全性和有效性 | 探索低氧预处理嗅黏膜间充质干细胞对帕金森病模型和患者的神经功能恢复作用及其机制 | 帕金森病模型（小鼠）和帕金森病患者 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 全长转录本异构体测序 | NA | NA | I期临床试验中严重帕金森病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 827 | 2026-05-30 |
MR1-restricted T cell clonotypes are associated with "resistance" to Mycobacterium tuberculosis infection
2024-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166505
PMID:38716731
|
研究论文 | 本研究探讨MR1限制性T细胞克隆型与结核分枝杆菌感染抵抗性的关联 | 首次揭示MR1限制性T细胞克隆型在结核感染抵抗者中富集，并发现其通过TCR依赖方式识别分枝杆菌感染细胞 | 仅涉及8名捐赠者的样本，且未明确功能验证机制 | 阐明供体非限制性T细胞（DURTs）与结核感染抵抗性的关系 | 乌干达结核病例家庭接触者中的抵抗者（RSTRs）和潜伏感染者（LTBIs） | 机器学习 | 结核病 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名捐赠者的18,251个MR1T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于MR1T细胞的转录组分析 |
| 828 | 2026-05-30 |
High-Frequency Spinal Stimulation Suppresses Microglial Kaiso-P2X7 Receptor Axis-Induced Inflammation to Alleviate Neuropathic Pain in Rats
2024-05, Annals of neurology
IF:8.1Q1
DOI:10.1002/ana.26898
PMID:38450773
|
研究论文 | 该文章通过建立临床前脊髓刺激模型，发现高频脊髓刺激可通过抑制小胶质细胞中Kaiso-P2X7受体轴介导的炎症反应，从而缓解大鼠神经病理性疼痛 | 揭示了10kHz高频脊髓刺激通过调控小胶质细胞Kaiso-P2X7R通路减轻神经炎症的新机制，并证明靶向该通路可增强传统脊髓刺激的治疗效果 | 研究仅基于大鼠模型，临床转化仍需验证；未深入探讨HF10 SCS对其他类型免疫细胞或长期效应的具体影响 | 探究高频脊髓刺激缓解神经病理性疼痛的潜在机制，为优化临床脊髓刺激治疗方案提供科学依据 | 神经病理性疼痛大鼠模型的脊髓背角组织及小胶质细胞 | 机器学习 | 神经病理性疼痛 | 大量RNA测序, 单细胞RNA测序, 慢病毒系统基因操作 | NA | 测序数据, 行为学数据 | 神经病理性疼痛大鼠模型样本，未明确具体数量 | Illumina | 大量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina测序平台 | 未提供具体平台配置详情 |
| 829 | 2026-05-30 |
Shotgun lipidomics of human subretinal fluids under rod-dominant retina reveals cone-dominated lipids
2024-03, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.109807
PMID:38278468
|
研究论文 | 使用鸟枪法脂质组学鉴定孔源性视网膜脱离患者视网膜下液中的脂质分子，发现其与视锥细胞外节脂质谱相似 | 首次对孔源性视网膜脱离患者视网膜下液进行全面的脂质分子鉴定，并通过与公开单细胞测序数据对比，提出视锥细胞外节降解产物持续释放到光感受器间基质的假设 | 样本量只有两例患者，脂质来源的验证主要依赖公开数据库的基因表达数据，缺乏直接证据 | 阐明孔源性视网膜脱离患者视网膜下液中的脂质成分及其来源，为外视网膜相关疾病发病机制提供线索 | 孔源性视网膜脱离患者视网膜下液样本中的脂质分子 | 数字病理学 | 视网膜疾病（孔源性视网膜脱离） | 鸟枪法脂质组学、质谱、串联质谱、电喷雾电离四极杆飞行时间质谱 | NA | 质谱数据、单细胞测序数据 | 2例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 830 | 2026-05-30 |
Single-cell transcriptomics analysis of cellular heterogeneity and immune mechanisms in neurodegenerative diseases
2024-02, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.16242
PMID:38221677
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学分析在神经退行性疾病中细胞异质性和免疫机制研究中的应用 | 深入探讨了单细胞转录组学技术在揭示神经退行性疾病中细胞异质性和免疫调控机制方面的最新进展 | NA | 强调单细胞转录组学技术的原理及其在神经退行性疾病细胞异质性和免疫机制研究中的最新进展 | 神经退行性疾病中的单细胞转录组 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 831 | 2026-05-29 |
Neuronal cell populations in circumoral nerve ring of sea cucumber Apostichopus japonicus: Ultrastructure and transcriptional profile
2024-12, Comparative biochemistry and physiology. Part D, Genomics & proteomics
DOI:10.1016/j.cbd.2024.101263
PMID:38850626
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术研究了仿刺参围口神经环中神经元的超微结构和转录谱，鉴定出六种神经元细胞类型 | 首次对海参神经元细胞进行单细胞转录组分析，鉴定了六种神经元类型及神经肽前体基因和G蛋白偶联受体的表达模式 | 仅聚焦于围口神经环区域，未涵盖海参其他神经组织；尚未对鉴定出的神经元类型进行功能验证 | 阐明海参神经元细胞的类型、分子特征和进化意义 | 仿刺参（Apostichopus japonicus）围口神经环中的神经元细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 832 | 2026-05-29 |
Dual spatial host-bacterial gene expression in Mycobacterium abscessus respiratory infections
2024-10-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06929-5
PMID:39384974
|
研究论文 | 该文章展示了在福尔马林固定石蜡包埋组织中利用定制细菌探针进行空间转录组学分析，以同时检测宿主和细菌基因表达的方法 | 首次在FFPE组织中成功实现宿主和病原体双空间转录组分析，揭示了宿主-病原体相互作用的时空信息 | 研究基于小鼠模型和特定细菌（脓肿分枝杆菌），可能未涵盖所有感染类型 | 探索使用定制细菌探针在FFPE组织中进行宿主和病原体空间转录组分析的可行性 | 慢性感染脓肿分枝杆菌的小鼠肺组织 | 空间转录组学 | 分枝杆菌感染 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肺组织样本（具体数量未提供） | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium FFPE空间转录组学平台 |
| 833 | 2026-05-29 |
Imputing spatial transcriptomics through gene network constructed from protein language model
2024-10-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06964-2
PMID:39369061
|
研究论文 | 提出stImpute方法，利用蛋白质语言模型ESM-2构建基因网络，基于参考单细胞RNA-seq数据对空间转录组学进行基因表达插补 | 首次将蛋白质语言模型ESM-2用于构建基因-基因关系网络，结合自编码器和图神经网络提升空间转录组学基因插补准确性和细胞聚类能力 | 未明确阐述局限性，但依赖参考scRNA-seq数据质量，且仅适用于有限基因检测的空间转录组学技术 | 开发一种基于基因网络的空间转录组学缺失基因插补方法，提升预测准确性和细胞群体识别能力 | 图像型空间转录组学数据与参考单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序、单细胞RNA测序 | 自编码器、图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 834 | 2026-05-29 |
Spatial multi-omics in whole skeletal muscle reveals complex tissue architecture
2024-10-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-024-06949-1
PMID:39369093
|
研究论文 | 结合RNA断层扫描和质谱成像技术，揭示整个小鼠胫骨前肌的空间转录组、代谢组和脂质组组织，发现肌纤维类型比例的显著区域化分布 | 首次结合两种空间组学技术（RNA断层扫描和质谱成像）在全肌肉水平上解析三维空间组织，发现基因表达沿近端-远端轴的意外强烈区域化及代谢差异 | 仅针对小鼠胫骨前肌进行了分析，尚未验证在其他肌肉或物种中的普遍性 | 阐明整个骨骼肌组织的完整空间结构，揭示肌纤维类型比例、基因表达和代谢的沿轴区域化分布 | 小鼠胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌的整个肌肉组织 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 质谱成像 | NA | 图像, 文本 | 24只小鼠的胫骨前肌、趾长伸肌和比目鱼肌样本 | NA | 空间转录组学, 空间代谢组学, 空间脂质组学 | NA | RNA tomography（RNA断层扫描）和MSI（质谱成像） |
| 835 | 2026-05-29 |
STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data
2024-10, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出STPDA框架，利用空间-时间模式分析空间转录组数据，实现基因表达空间动态的高分辨率解析 | 创新性结合ARMA和LSTM模型同时捕捉全局与局部时空动态，将空间-时间模式整合进下游分析流程，实现配体-受体相互作用识别和细胞类型分类等任务性能超越现有方法 | 未提及验证数据集多样性及计算资源需求等局限性 | 开发适用于空间转录组数据下游分析的时空模式计算框架 | 空间转录组数据中的基因表达时空模式及细胞类型、配体-受体相互作用 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | ARMA, LSTM | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 836 | 2026-05-29 |
Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes
2024-10, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 该研究通过单细胞转录组测序分析糖尿病小鼠心肌细胞的代谢变化和微环境变化 | 通过单细胞转录组测序揭示糖尿病诱导的代谢重组及心肌细胞与心肌成纤维细胞、淋巴内皮细胞等微环境成分间配体-受体相互作用改变 | 仅基于一个公开数据集进行分析，缺乏实验验证；研究对象为小鼠模型，结论向人类转化需进一步验证 | 探究糖尿病对心肌细胞异质性及细胞间通讯特性的影响 | 对照组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏 | 单细胞转录组学 | 糖尿病性心肌病 | 单细胞RNA测序 | 无明确模型应用 | 基因表达数据 | GEO数据库GSE213337数据集，包含糖尿病和对照小鼠心脏组织 | NA | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | NA |
| 837 | 2026-05-29 |
XgCPred: Cell type classification using XGBoost-CNN integration and exploiting gene expression imaging in single-cell RNAseq data
2024-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109066
PMID:39180857
|
研究论文 | 提出一种结合XGBoost和CNN的新方法XgCPred，用于单细胞RNA-seq数据中的细胞类型分类 | 首次将XGBoost与CNN集成应用于scRNA-seq细胞类型分类，利用KEGG BRITE数据库中基因层级组织生成基因表达图像表示 | 未明确提及局限性，但隐含了对不同数据集适应性的潜在挑战 | 提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型分类的准确性和可靠性 | 单细胞RNA-seq数据集中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost, CNN | 基因表达图像 | 多个scRNA-seq数据集，涵盖不同细胞数量、基因表达多样性和细胞异质性 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 838 | 2026-05-29 |
Comprehensive profiling of the human fecal proteome from IBD patients with DIA-MS enables evaluation of disease-relevant proteins
2024-09, Proteomics. Clinical applications
DOI:10.1002/prca.202300075
PMID:38552248
|
研究论文 | 使用DIA-MS技术对炎症性肠病（IBD）患者粪便蛋白质组进行综合分析，识别与疾病活动相关的非侵入性生物标志物 | 首次采用数据非依赖采集（DIA）LC-MS/MS方法系统分析IBD患者的粪便蛋白质组，在两个独立队列中鉴定了523种常见蛋白质，并发现了新的粪便蛋白质与免疫细胞浸润和溃疡/直肠出血等IBD病理标志相关 | 样本量相对较小（健康对照组25例，UC患者15例，CD患者15例），研究结果需在更大规模队列中验证 | 识别可用于监测炎症性肠病疾病活动性的非侵入性粪便生物标志物 | 炎症性肠病（IBD）患者，包括溃疡性结肠炎（UC）和克罗恩病（CD）患者，以及健康对照者 | 蛋白质组学 | 炎症性肠病 | DIA-MS（数据非依赖采集质谱） | NA | 蛋白质质谱数据，单细胞RNA测序数据 | 队列1：健康5例，UC 5例，CD 5例；队列2：健康20例，UC 10例，CD 10例（共计健康25例，UC 15例，CD 15例） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 839 | 2026-05-29 |
Perturbed liver gene zonation in a mouse model of non-alcoholic steatohepatitis
2024-05, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.155830
PMID:38428673
|
研究论文 | 结合空间转录组学、批量RNA测序和原位杂交技术，研究非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型中肝脏基因分区模式的扰动 | 首次在NASH小鼠模型中系统揭示Wnt信号通路调控的肝脏基因分区扰动，发现Rspo3表达区域从中央静脉周围扩展到门静脉周围，并通过AAV介导的过表达和基因敲除实验验证其因果作用 | 未观察到Rspo3调控对NASH病理特征（脂肪变性、炎症、纤维化）的影响，可能无法直接解释疾病进展 | 探究NASH疾病状态下肝脏基因分区及其调控因子的变化机制 | 非酒精性脂肪性肝炎小鼠模型（对照与NASH模型小鼠） | 计算机视觉, 自然语言处理, 空间转录组学 | 非酒精性脂肪性肝炎 | 空间转录组学, 批量RNA测序, 原位杂交, AAV介导的基因调控 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA（未在摘要中明确样本数量） | NA | 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 840 | 2026-05-29 |
Synergistic induction of tertiary lymphoid structures by chemoimmunotherapy in bladder cancer
2024-04, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02598-7
PMID:38332180
|
research paper | 研究化疗免疫联合疗法在膀胱癌中诱导三级淋巴结构形成的协同作用 | 首次系统揭示免疫治疗和化疗对三级淋巴结构（TLS）形成的各自影响，并证明联合疗法在促进TLS成熟和提高治疗反应率方面具有协同优势 | NA | 探究免疫治疗联合其他治疗方式能否增强免疫反应，从而改善膀胱癌患者的总体缓解率 | 膀胱癌患者的肿瘤组织样本及转录组数据 | machine learning | bladder cancer | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 包括IMvigor 210研究队列和RJBLC-I2N003队列中的膀胱癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |