单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-05-02	Neutrophils with low production of reactive oxygen species are activated during immune priming and promote development of arthritis 2024-12, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103401 PMID:39471640	研究论文	通过单细胞测序技术分析II型胶原诱导的关节炎模型中骨髓源性中性粒细胞的表型特征，揭示了ROS在免疫启动中的保护作用	首次系统鉴定了ROS调控下中性粒细胞的功能和炎症表型特征，并揭示了Ncf1缺陷中性粒细胞的代谢重编程机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类RA患者中验证	探究类风湿性关节炎(RA)发病机制并寻找新的治疗靶点	II型胶原诱导的关节炎(CIA)模型小鼠的骨髓源性中性粒细胞	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞测序技术、代谢组学	CIA小鼠模型	单细胞转录组数据、代谢组数据	未明确说明具体样本数量，使用CIA模型小鼠
802	2025-05-02	[Molecular mechanism of Xinyang Tablets in improving myocardial fibrosis in uremic cardiomyopathy based on single-cell sequencing technology] 2024-Dec, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20240730.401 PMID:39805763	研究论文	本研究利用单细胞测序技术探讨了心阳片对尿毒症心肌病心肌纤维化的改善作用	首次在单细胞水平上揭示心阳片通过抑制内源性和外源性OPN改善心肌纤维化的分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究心阳片改善尿毒症心肌病心肌纤维化的分子机制	尿毒症心肌病小鼠模型	单细胞测序	心血管疾病	单细胞测序(10×Genomics)	小鼠疾病模型(5/6肾切除诱导)	单细胞基因表达数据	三组小鼠(模型组、心阳片组和假手术组)
803	2025-05-02	Supervised analysis of alternative polyadenylation from single-cell and spatial transcriptomics data with spvAPA 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae720 PMID:39799000	research paper	提出了一种名为spvAPA的监督分析框架，专门用于从单细胞和空间转录组数据中分析选择性多聚腺苷酸化(APA)	spvAPA框架整合了基因表达和APA模态，设计了基于加权最近邻的迭代插补方法来恢复缺失的APA特征，并采用基于稀疏偏最小二乘判别分析的监督特征选择方法识别区分细胞类型或空间形态的APA特征	未明确提及具体局限性	开发专门用于APA分析的监督分析框架，以发现传统基因表达分析中不可见的细胞亚群	单细胞和空间转录组数据中的选择性多聚腺苷酸化(APA)	生物信息学	NA	单细胞转录组测序、空间转录组测序	稀疏偏最小二乘判别分析	基因表达数据、APA数据	九个单细胞和空间转录组数据集
804	2025-05-02	Integrating scRNA-seq and scATAC-seq with inter-type attention heterogeneous graph neural networks 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae711 PMID:39800872	研究论文	本文提出了一种名为scMI的异构图嵌入方法，用于整合单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据，通过跨模态关系学习将细胞和模态特征编码到共享潜在空间	设计了跨类型注意力机制，有效捕捉基因和峰之间的长程跨模态相互作用，不依赖motif数据库	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	开发单细胞多组学数据整合方法以提高下游任务性能	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	异构图神经网络	单细胞多组学数据	未明确说明具体样本量
805	2025-05-02	Deep learning in integrating spatial transcriptomics with other modalities 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae719 PMID:39800876	综述	本文系统回顾了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的应用	首次全面综述了深度学习在整合空间转录组学与其他模态数据中的方法与应用	未提及具体方法的性能比较或实验验证	促进开发更全面的多模态信息计算方法	空间转录组学数据与其他模态数据的整合方法	生物信息学	NA	空间转录组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、深度学习	深度学习(DL)	空间转录组学数据、组织学图像、染色质图像、scRNA-seq数据	NA
806	2025-05-02	CellMsg: graph convolutional networks for ligand-receptor-mediated cell-cell communication analysis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae716 PMID:39800874	研究论文	提出了一种名为CellMsg的计算框架，用于基于图卷积网络分析配体-受体介导的细胞间通讯	结合多模态特征和图卷积网络识别高置信度配体-受体相互作用，并采用三点估计法评估通讯强度	未提及具体样本量限制或数据类型的局限性	开发计算工具以解析细胞间通讯，特别是在肿瘤组织中的作用	配体-受体相互作用及细胞间通讯	生物信息学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，分子对接	图卷积网络(GCN)	单细胞RNA-seq数据	NA
807	2025-05-02	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	research paper	该研究通过空间转录组学技术揭示了胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性谱系的差异	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次定义了IPMN的三种转录组状态，并与胰腺导管腺癌（PDAC）的风险相关联	样本量较小（仅10个IPMN标本），可能影响结果的普遍性	提高IPMN风险分类的准确性，改善患者管理策略	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）	digital pathology	pancreatic cancer	digital spatial RNA profiling (DSP-RNA), Illumina sequencing	NA	RNA-seq数据	10个IPMN标本
808	2025-05-02	Robust single nucleus RNA sequencing reveals depot-specific cell population dynamics in adipose tissue remodeling during obesity 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588525 PMID:38645263	研究论文	本文提出了一种稳健的单核RNA测序技术，用于研究肥胖期间脂肪组织重塑中的细胞群动态变化	开发了一种适用于多种组织类型的核分离技术，显著提高了snRNA-seq数据质量，并首次全面描述了肥胖期间脂肪组织重塑的细胞动态变化	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有可能的脂肪组织亚型	研究肥胖期间脂肪组织重塑的细胞机制	脂肪组织中的各种细胞类型	单细胞组学	肥胖	单核RNA测序(snRNA-seq), 批量核RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多种脂肪组织类型
809	2025-05-02	Decoding functional hematopoietic progenitor cells in the adult human lung 2024-Feb-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3576483/v2 PMID:38077002	research paper	该研究揭示了成人肺中存在功能性造血祖细胞，这些细胞具有增殖和移植能力，且其基因特征与骨髓中的造血祖细胞不同	首次在人类肺中鉴定出功能性造血祖细胞，并发现其具有独特的基因特征和造血潜力	研究未涉及这些肺源性造血祖细胞在疾病状态下的功能变化	探索成人肺中是否存在功能性造血祖细胞及其特征	成人肺组织中的CD34阳性造血祖细胞	NA	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
810	2025-05-02	Recruitment and Maintenance of CX3CR1+CD4+ T Cells during Helminth Infection 2024-02-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300451 PMID:38180236	研究论文	本研究通过命运映射小鼠模型和单细胞RNA测序分析，揭示了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持及其异质性	首次详细描述了CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的动态变化及其维持机制，并发现BCL6在维持这些细胞中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究CX3CR1+CD4+ T细胞在蠕虫感染期间的招募、维持机制及其功能特性	CX3CR1+CD4+ T细胞	免疫学	蠕虫感染	命运映射小鼠模型、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠模型（急性Nippostrongylus brasiliensis和慢性Schistosoma mansoni感染模型）
811	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045 PMID:39661516	研究论文	本研究探讨了过敏反应中气道伤害感受神经元的分子变化及其重编程机制	发现了一类特定的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究过敏反应中伤害感受神经元获得促炎特性的机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白诱导的小鼠过敏性气道炎症模型	基因表达数据、免疫细胞数据	小鼠模型
812	2025-05-01	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞的异质性和动态变化	首次构建了包含超过167K细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子类型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对较小（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	研究健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	人类子宫（子宫内膜和肌层）细胞	单细胞生物学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20名健康绝经前女性（5个新样本+15个已发表样本）的50,000多个子宫细胞
813	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	研究探讨了在过敏性气道炎症中，气道伤害感受神经元如何通过细胞因子重编程获得促炎表型	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白小鼠模型	基因表达数据	哮喘小鼠模型
814	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	research paper	该论文介绍了一种新的统计方法GBCD，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性，以识别与癌症进展相关的共享转录模式	提出了一种新的统计方法GBCD，能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享组分	方法在存在强烈的肿瘤间异质性时表现更优，但在其他情况下可能效果有限	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的共享转录模式	胰腺癌腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq	GBCD	RNA测序数据	来自三项研究的数据
815	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物
816	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量
817	2025-05-01	Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts 2024-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44427-0 PMID:38172108	研究论文	通过血管生成芯片与单细胞RNA测序结合，揭示了血管生成芽中自噬的空间差异性激活	首次利用血管生成芯片重建具有清晰端点的3D血管芽，并通过单细胞RNA测序揭示了自噬在血管芽中的空间差异性激活	研究模型可能无法完全模拟体内复杂的血管生成环境	探究自噬在血管生成芽中内皮细胞的功能异质性	血管生成芽中的内皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序	血管生成芯片	RNA测序数据	NA
818	2025-04-27	Interleukin-1β modulates lymphoid differentiation of Flt3-positive multipotent progenitors after transplantation 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114890 PMID:39425929	research paper	研究揭示了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能及其对多能祖细胞（MPPs）命运动态的潜在调控作用	发现了IL-1β在促进B淋巴细胞生成中的新功能，并揭示了其对MPPs细胞命运动态的调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类模型中验证	探究移植后多能祖细胞（MPPs）分化的调控机制	表达Flt3基因的小鼠多能祖细胞（MPPs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）、谱系追踪、克隆分析	NA	RNA-seq数据	小鼠多能祖细胞（MPPs）
819	2025-04-27	Spatial, transcriptomic, and epigenomic analyses link dorsal horn neurons to chronic pain genetic predisposition 2024-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.114876 PMID:39453813	研究论文	该研究通过多物种方法探讨慢性疼痛遗传变异对背角神经元调控基因组学的影响	整合猕猴、人类和小鼠的单核RNA测序数据，构建跨物种保守的神经元亚型图谱，并利用空间转录组学确定神经元亚型的精确层位	未明确说明样本量是否足够大以覆盖所有相关神经元亚型	解析慢性疼痛遗传易感性背后的背角神经元调控机制	背角神经元	基因组学	慢性疼痛	单核RNA测序(snRNA-seq)、空间转录组学、开放染色质分析	NA	转录组数据、表观基因组数据	猕猴、人类和小鼠的神经元样本（具体数量未明确说明）
820	2025-04-27	IL-2-inducible T cell kinase deficiency sustains chimeric antigen receptor T cell therapy against tumor cells 2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178558 PMID:39589809	研究论文	本文探讨了IL-2诱导性T细胞激酶（ITK）缺陷对CAR-T细胞疗法抗肿瘤效果的增强作用	首次揭示了ITK在CAR信号传导中的作用，并通过CRISPR-Cas9技术成功构建ITK缺陷的CD19-CAR-T细胞，显著改善了CAR-T细胞的持久性和抗肿瘤效果	研究仅针对CD19-CAR-T细胞，未验证在其他CAR-T细胞中的普适性	提高CAR-T细胞疗法的治疗效果，解决CAR-T细胞衰竭和持久性不足的问题	CD19-CAR-T细胞	免疫治疗	白血病	CRISPR-Cas9基因编辑、RNA测序（bulk和单细胞）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量