单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7706 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2024-12-08 |
Spatially Informed Graph Structure Learning Extracts Insights from Spatial Transcriptomics
2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202403572
PMID:39382177
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STAGUE的创新框架，用于从空间转录组数据中同时学习细胞图结构和低维嵌入 | STAGUE通过图结构学习参数化和优化细胞图邻接矩阵，生成可学习的图视图用于有效的对比学习，从而提高了空间聚类准确性和发现新的细胞间相互作用 | NA | 探索空间转录组数据中的细胞图结构和低维嵌入 | 空间转录组数据中的细胞图结构和细胞间相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 图结构学习 | 对比学习 | 空间转录组数据 | 86个真实和模拟的空间转录组数据集 |
| 802 | 2024-12-08 |
Single-Cell Analysis of Bone Marrow CD8+ T Cells in Myeloid Neoplasms Reveals Pathways Associated with Disease Progression and Response to Treatment with Azacitidine
2024-Dec-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0310
PMID:39485042
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研究论文 | 本文研究了骨髓中单细胞水平的CD8+ T细胞在骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中的免疫表型，并探讨了与阿扎胞苷治疗反应相关的信号通路 | 通过单细胞RNA测序分析，揭示了干扰素信号通路与治疗反应的关联，以及转化生长因子β信号通路与治疗失败的关联 | NA | 探讨骨髓增生异常综合征和急性髓系白血病患者中CD8+ T细胞的免疫表型与阿扎胞苷治疗反应的关系 | 骨髓中的CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 803 | 2024-12-08 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
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研究论文 | 本研究利用深度单细胞RNA测序技术探索人类体感神经的分子基础 | 首次对单个人类背根神经节（hDRG）神经元进行深度RNA测序，识别出16种神经元类型，并结合空间转录组学和RNAscope原位杂交技术进行验证 | NA | 揭示人类体感神经的分子基础和功能 | 单个人类背根神经节（hDRG）神经元的转录组 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过9,000个独特基因的单个hDRG神经元 |
| 804 | 2024-12-08 |
Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01796-z
PMID:39501036
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研究论文 | 研究使用单核和空间转录组学技术，分析了多发性硬化症（MS）亚皮质病灶中的细胞类型及其相互作用 | 首次详细描述了MS病灶中特定组织微环境的细胞类型组成及其在慢性活动性和非活动性阶段的相互作用 | NA | 揭示多发性硬化症病灶中细胞类型的组成及其相互作用 | 多发性硬化症亚皮质病灶及其对照组织 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单核和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 805 | 2024-12-08 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜和蛋白质组学分析，探讨了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫反应 | 首次通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序，系统分析了免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者心脏、肿瘤和血液中的免疫细胞分布和功能变化 | 样本量相对较小，且仅限于免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者，研究结果的普适性有待进一步验证 | 探讨免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏、肿瘤和血液样本 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、T细胞受体测序、显微镜、蛋白质组学 | NA | 细胞 | 28名免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者和41名未受影响个体的样本 |
| 806 | 2024-12-08 |
A dataset examining technical factors on fixed white blood cell single-cell RNA-seq
2024-Dec, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2024.111096
PMID:39633974
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研究论文 | 本文评估了两种商业平台在去红细胞全血细胞上的固定单细胞RNA测序性能 | 引入了固定单细胞RNA测序方法来解决脆弱细胞在测序中的挑战 | 需要进一步校正存储时间和固定细胞数量引入的批次和技术效应 | 评估固定单细胞RNA测序技术在脆弱细胞中的应用效果 | 去红细胞全血细胞，特别是中性粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 807 | 2024-12-08 |
Airway-derived emphysema-specific alveolar type II cells exhibit impaired regenerative potential in COPD
2024-Dec, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.02071-2023
PMID:39147413
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研究论文 | 研究探讨了COPD患者中特定亚群的肺泡II型细胞在肺组织再生中的受损潜力 | 发现了COPD患者中一种特定的肺泡II型细胞亚群，并揭示了其在肺组织再生中的功能障碍 | 研究主要基于单细胞RNA测序和细胞定位，缺乏体内实验验证 | 探讨COPD患者肺组织再生受损的潜在驱动因素 | COPD患者中的肺泡II型细胞和气道杯状细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类和鼠类COPD模型中的肺泡II型细胞亚群 |
| 808 | 2024-12-08 |
Integrating Bulk RNA and Single-Cell RNA Sequencing Identifies and Validates Lactylation-Related Signatures for Intervertebral Disc Degeneration
2024-Dec, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70262
PMID:39636180
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研究论文 | 研究揭示了乳酸化水平升高与椎间盘退变（IVDD）发展之间的复杂关联，并通过多种bulk RNA测序数据分析了相关基因的表达水平，建立了与IVDD相关的基因特征 | 首次系统分析了乳酸化相关基因（LRGs）在椎间盘退变中的作用，并确定了CBX3作为关键基因，以及atosiban acetate作为潜在的治疗候选药物 | NA | 探讨乳酸化在椎间盘退变中的作用及其相关基因特征 | 乳酸化相关基因（LRGs）及其在椎间盘退变中的表达和功能 | 数字病理学 | 椎间盘退变 | RNA测序 | NA | RNA | 多种bulk RNA测序数据 |
| 809 | 2024-12-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of glioblastoma reveals pericytes contributing to the blood-brain-tumor barrier and tumor progression
2024-Dec, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70014
PMID:39640361
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析研究了胶质母细胞瘤中的周细胞，揭示了周细胞在血脑肿瘤屏障中的作用及其与肿瘤进展的关系 | 本文首次鉴定了与血脑肿瘤屏障功能相关的周细胞标记物PTH1R，并揭示了其在胶质母细胞瘤中的表达与预后的关联 | 本文主要基于单细胞RNA测序数据和细胞系实验，缺乏体内实验的直接证据 | 旨在识别与血脑肿瘤屏障相关的周细胞，并研究其在胶质母细胞瘤中的作用 | 胶质母细胞瘤中的周细胞及其在血脑肿瘤屏障中的作用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个胶质母细胞瘤样本和正常脑组织样本 |
| 810 | 2024-12-08 |
Comprehensive gene set enrichment and variation analyses identify SUV39H1 as a potential prognostic biomarker for glioblastoma immunorelevance
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2024.11.016
PMID:39640533
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研究论文 | 本研究通过基因集富集分析和变异分析，识别出SUV39H1作为胶质母细胞瘤免疫相关性的潜在预后生物标志物 | 首次揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤中的高表达与不良预后和免疫细胞浸润的相关性，并验证了其作为预后预测和免疫治疗靶点的潜力 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，体外实验验证样本量有限 | 探讨SUV39H1在胶质母细胞瘤中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 胶质母细胞瘤患者样本及其免疫相关性 | 数字病理学 | 脑癌 | 基因集富集分析（GSEA）和基因集变异分析（GSVA） | NA | 转录组数据 | 使用TCGA数据库中的胶质母细胞瘤转录组和临床数据，体外实验涉及U87和U251胶质母细胞瘤细胞系以及CSC1589和TS576胶质母细胞瘤干细胞系 |
| 811 | 2024-12-08 |
Identification of PANoptosis-based signature for predicting the prognosis and immunotherapy response in AML
2024-Nov-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e40267
PMID:39634422
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研究论文 | 本研究通过筛选PANoptosis相关基因，建立了PANoptosis风险特征，用于预测急性髓系白血病（AML）的预后和免疫治疗反应 | 首次探索了基于PANoptosis特征在AML中的作用，并验证了其作为独立预后因子的有效性 | NA | 建立和验证基于PANoptosis的风险特征，以预测AML患者的生存和免疫治疗反应 | 急性髓系白血病（AML）患者的预后和免疫治疗反应 | 数字病理学 | 白血病 | LASSO回归分析、Cox回归分析、分子对接、分子动力学模拟 | NA | RNA测序数据 | 使用了TCGA、bulk RNA测序和单细胞测序的数据 |
| 812 | 2024-12-08 |
Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages
2024-Nov-28, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007
PMID:39615587
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，比较了人角膜类器官与胎儿角膜发育阶段的相似性 | 首次通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，评估了人角膜类器官的成熟度，并发现其与胎儿角膜发育阶段的相似性 | 研究仅限于两个iPSC系，且未探讨类器官成熟度的优化方法 | 评估人角膜类器官的成熟度及其与胎儿角膜发育阶段的相似性 | 人角膜类器官及其与胎儿角膜的比较 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫组织化学 | NA | RNA | 两个iPSC系（IMR90.4和NCRM-1）生成的人角膜类器官及不同发育阶段的胎儿角膜样本 |
| 813 | 2024-12-08 |
Controlling human stem cell-derived islet composition using magnetic sorting
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.19.624394
PMID:39605713
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研究论文 | 研究通过磁性细胞分选技术控制人干细胞衍生的胰岛细胞组成 | 开发了一种磁性激活细胞分选（MACS）协议，用于富集与功能性胰岛素产生β细胞相关的CD49a标记的干细胞衍生的胰岛细胞 | NA | 提高干细胞衍生的胰岛细胞中β细胞的比例和功能，以改善1型糖尿病的治疗效果 | 人多能干细胞衍生的胰岛细胞 | NA | 1型糖尿病 | 磁性激活细胞分选（MACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 从人多能干细胞衍生的胰岛细胞，包括CD49a富集、CD49a耗竭和未分选的胰岛细胞 |
| 814 | 2024-12-08 |
Pharmacological and toxicological characteristics of baicalin in preventing spontaneous abortion and recurrent pregnancy loss: A multi-level critical review
2024-Oct-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e38633
PMID:39640688
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综述 | 本文综述了黄芩苷在预防自然流产和反复妊娠丢失中的药理学和毒理学特性 | 提出了基于病理动力学的多模态立体测序研究，结合单细胞RNA测序、空间转录组学和单细胞多模态组学，深入探讨黄芩苷的保胎机制 | 从临床角度阐述了使用黄芩苷的局限性 | 探讨黄芩苷在母胎界面上的代谢、毒理学和药理学效应，以及其在预防自然流产和反复妊娠丢失中的作用机制 | 黄芩苷及其代谢产物黄芩素在母胎界面上的生物效应 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、单细胞多模态组学 | NA | NA | NA |
| 815 | 2024-12-08 |
scACT: Accurate Cross-modality Translation via Cycle-consistent Training from Unpaired Single-cell Data
2024-Oct, Proceedings of the ... ACM International Conference on Information & Knowledge Management. ACM International Conference on Information and Knowledge Management
DOI:10.1145/3627673.3679576
PMID:39628660
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scACT的深度生成模型，用于从未配对的单细胞数据中提取跨模态生物学见解 | scACT通过对抗训练对齐未配对的多模态数据，利用循环一致训练实现无先验知识的跨模态翻译，并通过模拟扰动探索可解释的调控相互联系 | NA | 解决现有跨模态翻译方法依赖于稀缺的高质量共测数据的问题 | 单细胞数据中的跨模态翻译 | 机器学习 | NA | 深度生成模型 | 对抗训练和循环一致训练 | 单细胞数据 | 多种单细胞数据集 |
| 816 | 2024-12-08 |
The pericardium forms as a distinct structure during heart formation
2024-Sep-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.18.613484
PMID:39345600
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研究论文 | 本文研究了心脏形成过程中心包膜的发育起源 | 通过活体成像、谱系追踪和单细胞转录组学技术，发现心包膜起源于侧板中胚层的特定前部间皮祖细胞，与经典心脏区域不同 | NA | 探讨心包膜在心脏形成过程中的发育起源及其与心脏形态发生的关系 | 心包膜的发育起源及其在心脏形态发生中的作用 | NA | NA | 活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学 | 机器学习 | 图像 | 斑马鱼胚胎 |
| 817 | 2024-12-08 |
Leveraging cell type-specificity for gene set analysis of single cell transcriptomics
2024-Sep-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.25.615040
PMID:39386631
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研究论文 | 本文描述了一种利用单细胞转录组数据中的细胞类型特异性信息来定制基因集的方法 | 提出了一种利用人类蛋白质图谱（HPA）单细胞类型图谱中的平均基因表达信息来计算细胞类型特异性基因和基因集权重的方法，以改进基因集测试的效力和可解释性 | NA | 改进单细胞转录组数据的基因集测试效力和可解释性 | 单细胞转录组数据中的基因集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 81种人类细胞类型 |
| 818 | 2024-12-08 |
The proteomic landscape and temporal dynamics of mammalian gastruloid development
2024-Sep-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.609098
PMID:39282277
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研究论文 | 研究通过定量蛋白质组学分析人类和小鼠胚胎发育的关键阶段，揭示了蛋白质动力学和调控网络 | 首次将定量蛋白质组学应用于人类和小鼠胚胎发育模型，结合RNA-seq和磷酸化位点数据，揭示了翻译后调控的物种特异性差异 | 研究主要集中在胚胎发育的特定阶段，未涵盖整个发育过程 | 通过蛋白质组学分析，填补早期哺乳动物发育中蛋白质动力学和调控的空白 | 人类和小鼠的胚胎发育模型 | 生物信息学 | NA | 定量蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 人类和小鼠胚胎发育模型的四个关键阶段 |
| 819 | 2024-12-08 |
Graph Fourier transform for spatial omics representation and analyses of complex organs
2024-Aug-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51590-5
PMID:39209833
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研究论文 | 本文介绍了空间图傅里叶变换（SpaGFT）并应用于多种空间组学平台，生成可解释的表示 | SpaGFT在空间变异基因识别和基因表达插补方面优于现有工具，并能检测罕见的亚细胞器 | NA | 开发一种新的方法来分析复杂器官的空间组学数据 | 人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据 | 机器学习 | NA | 空间图傅里叶变换（SpaGFT） | 图信号处理 | 空间组学数据 | 人类和小鼠的空间转录组数据，以及人类淋巴结和扁桃体的空间蛋白质组数据 |
| 820 | 2024-12-08 |
Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles
2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.19.563173
PMID:37905060
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研究论文 | 开发了一种名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种单细胞转录组数据的插补和比较 | 首次实现了跨物种单细胞基因表达谱的准确预测，并揭示了哺乳动物X染色体上调的进化和多样性适应 | NA | 理解进化过程中的调控变化，并将从模式生物学到的知识转移到人类 | 跨物种单细胞转录组数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 神经网络 | 基因表达数据 | NA |