单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2024-12-09	Fibroblast heterogeneity and functions: insights from single-cell sequencing in wound healing, breast cancer, ovarian cancer and melanoma 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1304853 PMID:38525245	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨了成纤维细胞在伤口愈合、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤中的异质性和功能	利用单细胞RNA测序技术提供了更高的分辨率，揭示了成纤维细胞在不同疾病中的基因表达差异、表观遗传修饰、成纤维细胞谱系、新的临床相关基因和蛋白质以及与其他细胞类型的空间信号相互作用	NA	探讨成纤维细胞在不同疾病中的异质性和功能	成纤维细胞在伤口愈合、乳腺癌、卵巢癌和黑色素瘤中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
782	2024-12-09	CATD: a reproducible pipeline for selecting cell-type deconvolution methods across tissues 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae048 PMID:38638280	研究论文	本文介绍了一种可重复的细胞类型反卷积方法选择管道CATD，用于跨组织评估多种方法	提出了CATD管道，集成了生成参考数据和伪批量数据以及运行现有反卷积方法的功能，简化了大量样本的同时反卷积	NA	评估和选择适用于不同组织的细胞类型反卷积方法	31种细胞类型反卷积方法在人类和小鼠多种组织中的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	回归模型	转录组数据	涉及人类和小鼠的多种组织样本
783	2024-12-09	Exploration of the Development and Cell Communication of Aneuploid Osteoblasts and Osteoclasts in Giant Cell Tumour of Bone Using Single-Cell RNA Sequencing 2024, Folia biologica IF:1.1Q4 DOI:10.14712/fb2024070030166 PMID:39644111	研究论文	研究了巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯	首次使用单细胞RNA测序技术探索巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯	研究仅限于巨细胞瘤骨样本，结果可能不适用于其他类型的肿瘤	探索巨细胞瘤骨中非整倍体成骨细胞和破骨细胞的发育及细胞通讯	巨细胞瘤骨中的非整倍体成骨细胞和破骨细胞	数字病理学	骨肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	9117个细胞，包括八种细胞类型
784	2024-12-08	The role of the tricellular junction protein ILDR2 in glomerulopathies: Expression patterns and functional insights 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111329 PMID:39640577	研究论文	研究ILDR2蛋白在肾小球疾病中的表达模式和功能	首次探讨了ILDR2在足细胞中的作用及其在肾小球疾病中的保护作用	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨ILDR2在肾小球疾病中的作用及其对血滤的影响	ILDR2蛋白及其在足细胞中的表达和功能	NA	肾小球疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)、超分辨率显微镜、液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS)	NA	蛋白质	小鼠模型
785	2024-12-08	Molecular and functional profiling of primary normal ovarian cells defines insights into cancer development and drug responses 2024-Dec-19, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2024.200903 PMID:39634630	研究论文	研究通过分子和功能分析正常卵巢细胞，揭示了癌症发展和药物反应的见解	首次对正常卵巢细胞进行单细胞转录组学、高内涵图像细胞绘制和高通量药物测试的综合分析	研究仅限于两种正常卵巢细胞系和代表性的卵巢癌细胞系，可能无法完全代表所有卵巢癌的异质性	探讨正常卵巢细胞与卵巢癌细胞的分子特征差异，以及这些差异如何影响癌症发展和药物反应	正常卵巢细胞（HOSE1C和HOSE2C）和代表性的高级别浆液性卵巢癌细胞（HGSOC）	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组学、高内涵图像细胞绘制、高通量药物测试	NA	转录组数据、图像数据	两种正常卵巢细胞系（HOSE1C和HOSE2C）和代表性的卵巢癌细胞系
786	2024-12-08	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-Dec-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	研究了黏膜相关恒定T细胞（MAIT细胞）的适应性功能及其在抗菌免疫保护中的作用	定义了干扰素-γ（IFN-γ）产生型MAIT1细胞和白细胞介素-17A（IL-17A）产生型MAIT17细胞在体内的可塑性，并发现MAIT17细胞在特定条件下可以转化为MAIT1细胞，从而在黏膜组织中发挥抗菌作用	NA	探讨MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT1和MAIT17细胞亚群的功能和可塑性	免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
787	2024-12-08	Targeting the Epigenetic Regulator CBX5 Promotes Fibroblast Metabolic Reprogramming and Inhibits Lung Fibrosis 2024-Dec-06, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2024-0255OC PMID:39642371	研究论文	研究揭示了表观遗传调控因子CBX5在促进成纤维细胞代谢重编程和抑制肺纤维化中的关键作用	首次阐明CBX5在肺纤维化过程中通过调节成纤维细胞代谢重编程促进纤维化的机制	研究主要集中在体外和离体实验，缺乏体内实验验证	探讨表观遗传调控因子CBX5在肺纤维化中的作用及其机制	特发性肺纤维化中的成纤维细胞	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq, 免疫组化, RNA-seq	NA	基因表达数据	包括体外培养的IPF成纤维细胞和离体的IPF肺组织
788	2024-12-08	CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54354-3 PMID:39632829	研究论文	本文研究了CDK9在皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中的作用，发现CDK9通过招募E3连接酶HUWE1降解RARα，并提出了一种潜在的治疗策略	首次揭示了CDK9在CTCL中的驱动作用，并发现CDK9通过招募HUWE1降解RARα，为CTCL的治疗提供了新的靶点	NA	探讨CDK9在皮肤T细胞淋巴瘤中的作用及其治疗潜力	皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）细胞和CDK9蛋白	NA	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序、PROTAC介导的降解	NA	RNA	体外和体内模型
789	2024-12-08	The CCL5/CCR5/SHP2 axis sustains Stat1 phosphorylation and activates NF-κB signaling promoting M1 macrophage polarization and exacerbating chronic prostatic inflammation 2024-Dec-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01943-w PMID:39633456	研究论文	本研究旨在识别慢性前列腺炎（CP）中关键的细胞因子，并探讨其在驱动炎症反应中的作用	首次揭示了CCL5/CCR5/SHP2轴在维持Stat1磷酸化和激活NF-κB信号通路中的作用，促进M1巨噬细胞极化和加剧慢性前列腺炎炎症	NA	识别慢性前列腺炎中的关键细胞因子并探讨其驱动炎症反应的机制	慢性前列腺炎患者和实验性自身免疫性前列腺炎（EAP）模型小鼠	NA	前列腺疾病	细胞因子检测、实验性自身免疫性前列腺炎模型、药理学抑制、单细胞转录组学	NA	细胞因子、基因表达	48种细胞因子的检测面板，实验性自身免疫性前列腺炎模型小鼠，药理学抑制剂的使用
790	2024-12-08	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-Dec-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，对斑马鱼心脏内神经系统（IcNS）进行了全面的分类和功能分析	揭示了IcNS中多种神经元类型，包括类似于中枢神经系统中中央模式发生器网络的节律性神经元	NA	研究心脏内神经系统的组织和功能	斑马鱼心脏内神经系统中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	RNA序列	NA
791	2024-12-08	Single-cell immune profiling and validation of PBMCs in the onset of and recovery from herpes zoster 2024-Dec-04, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07289-w PMID:39633072	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和ATAC测序分析了带状疱疹发病和恢复期间外周血单核细胞的免疫细胞谱	首次详细描述了带状疱疹发病和恢复期间免疫细胞亚群的比例变化，并通过流式细胞术和血液常规数据进行了验证	研究样本主要来自男性患者，可能存在性别偏倚	深入了解带状疱疹的发病机制	带状疱疹发病和恢复期间的外周血单核细胞	数字病理学	带状疱疹	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和ATAC测序	NA	转录组和表观基因组数据	主要来自男性患者的外周血单核细胞
792	2024-12-08	Single-cell RNA sequencing analysis reveals potential key prognostic markers in hepatocellular carcinoma 2024-Dec-04, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01646-1 PMID:39633216	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肝细胞癌中的潜在关键预后标志物	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，识别出与肝细胞癌预后相关的566个基因，并筛选出11个关键基因用于预测患者的生存率	本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在一定的局限性	通过单细胞RNA测序分析，识别肝细胞癌患者的潜在预后标志物	肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据	2208个上调基因和1447个下调基因
793	2024-12-08	Investigating the role of KARS in lung adenocarcinoma via single-cell RNA sequencing 2024-Dec-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01633-6 PMID:39625565	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了KARS在肺腺癌中的表达和功能	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了KARS在肺腺癌中的表达及其与肿瘤微环境的关系	研究主要基于已发表的数据集，缺乏体内实验验证	探讨KARS在肺腺癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力	KARS在肺腺癌中的表达及其与临床病理特征和患者预后的关系	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA、GTEx和GEO的数据集
794	2024-12-08	The characteristics and functional significance of disulfidptosis-related genes in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01629-2 PMID:39625660	研究论文	研究了二硫化物凋亡相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的特征和功能意义	首次通过计算机辅助生物信息学分析，揭示了二硫化物凋亡相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的表达特征和功能意义	研究主要基于TCGA数据和单细胞测序数据，可能存在样本偏差和数据局限性	探讨二硫化物凋亡相关基因在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其临床意义	头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤微环境中的细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	非负矩阵分解 (NMF)	RNA测序数据	TCGA数据库中的头颈部鳞状细胞癌患者数据和单细胞测序数据
795	2024-12-08	Detecting global and local hierarchical structures in cell-cell communication using CrossChat 2024-Dec-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54821-x PMID:39627184	研究论文	本文开发了一种名为CrossChat的新型计算框架，用于推断和分析细胞间通信中的层次结构	CrossChat通过多分辨率聚类方法和树检测方法，分别推断全局和局部的细胞间通信层次结构，填补了现有方法在处理层次结构方面的不足	NA	研究细胞间通信中的层次结构，以理解其对复杂组织功能的影响	细胞间通信的层次结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	COVID-19患者和鼠胚胎皮肤的非空间scRNA-seq数据集，以及鼠胚胎和鼠受伤皮肤的立体空间转录组数据集
796	2024-12-08	Endothelial Pim3 kinase protects the vascular barrier during lung metastasis 2024-Dec-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54445-1 PMID:39627185	研究论文	研究了内皮细胞在肺转移微环境中对血管屏障的分子调控机制	首次揭示了Pim3激酶在肺转移过程中对内皮细胞屏障的保护作用	研究主要基于小鼠模型和人类肺部数据集，可能存在种属差异	探讨内皮细胞在肺转移中的分子调控机制及其对血管屏障的影响	内皮细胞、肺转移微环境、Pim3激酶	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	小鼠肺部内皮细胞样本，人类肺部数据集
797	2024-12-08	An adult myogenic cell line of the Japanese fire-bellied newt Cynops pyrrhogaster 2024-12-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-81899-6 PMID:39627485	研究论文	本文从日本红腹蝾螈的成年骨骼肌中建立了一种新的肌源性细胞系CpM01	首次在除东美螈以外的蝾螈物种中建立了肌源性细胞系	NA	研究肌肉发育、修复和再生	日本红腹蝾螈的肌源性细胞	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	从一只成年日本红腹蝾螈的前臂骨骼肌中提取
798	2024-12-08	Cross-species single-cell RNA-seq analysis reveals disparate and conserved cardiac and extracardiac inflammatory responses upon heart injury 2024-Dec-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07315-x PMID:39627536	研究论文	研究通过跨物种单细胞RNA测序分析，揭示了心脏损伤后心脏和心脏外炎症反应的差异和保守性	首次在斑马鱼和小鼠中进行跨物种单细胞RNA测序，比较了心脏损伤后的炎症反应，并发现了不同物种间单核细胞/巨噬细胞的转录簇差异	研究仅限于斑马鱼和小鼠，未涉及人类样本，可能影响结果的普适性	研究心脏损伤后不同物种间的炎症反应差异，探讨其对再生和纤维化过程的影响	斑马鱼和小鼠的心脏损伤模型	心血管研究	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	斑马鱼和小鼠的多个样本
799	2024-12-08	Single-cell view and a novel protective macrophage subset in perivascular adipose tissue in T2DM 2024-Dec-03, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-024-00668-5 PMID:39627688	研究论文	研究探讨了2型糖尿病（T2DM）中血管周围脂肪组织（PVAT）的单细胞景观及其在血管病变中的作用	首次揭示了T2DM中PVAT中单细胞水平的显著变化，并发现了一种新的具有保护作用的Pdpn+巨噬细胞亚群	研究主要基于大鼠模型，未来需要进一步在人类样本中验证	探讨T2DM中PVAT的细胞组成和功能变化及其在血管病变中的机制	血管周围脂肪组织（PVAT）中的细胞组成和功能	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	正常和T2DM大鼠的PVAT中的基质血管部分（SVF）
800	2024-12-08	Ketogenic diet modulates immune cell transcriptional landscape and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice 2024-Dec-03, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03308-z PMID:39627787	研究论文	研究探讨了生酮饮食对小鼠免疫细胞转录组景观的影响及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的缓解作用	首次系统研究了生酮饮食对免疫微环境的影响，特别是在实验性自身免疫性葡萄膜炎中的作用	研究仅限于小鼠模型，结果的临床转化尚需进一步验证	探讨生酮饮食对免疫细胞功能和葡萄膜炎的影响	小鼠的淋巴结和视网膜免疫细胞	免疫学	葡萄膜炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	RNA	小鼠的淋巴结和视网膜样本