单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
781	2025-05-03	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Response of Renal Lymphatic Endothelial Cells to Acute Kidney Injury 2024-May-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.0000000000000325 PMID:38506705	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究小鼠肾脏淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的反应	首次描述了肾脏淋巴管内皮细胞的异质性，并揭示了其在急性肾损伤中调节局部免疫反应的分子途径	研究仅基于小鼠模型，人类样本验证有限	探索淋巴管内皮细胞在急性肾损伤中的免疫调节作用	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞	生物医学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肾脏淋巴管内皮细胞样本
782	2025-05-03	Spatiotemporal Evolution of Developing Palate in Mice 2024-05, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241232317 PMID:38619065	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间增强分辨率组学测序技术，构建了小鼠腭部发育过程中的时空转录图谱，揭示了腭部细胞亚群的分布和功能	整合scRNA-seq和stereo-seq技术，首次在单细胞分辨率下解析了小鼠腭部发育的时空转录组特征，并鉴定了关键细胞亚群及其信号网络	研究仅针对C57BL/6J小鼠的特定胚胎阶段，人类腭部发育可能存在差异	探究腭部发育过程中的细胞群体组成及其功能机制	C57BL/6J小鼠胚胎12.5、14.5和16.5天的腭部组织	发育生物学	腭裂	scRNA-seq, stereo-seq, CellTrek	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	三个发育时间点(E12.5、E14.5、E16.5)的小鼠腭部样本
783	2025-05-03	Interleukin 21 Drives a Hypermetabolic State and CD4+ T-Cell-Associated Pathogenicity in Chronic Intestinal Inflammation 2024-05, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.01.026 PMID:38266738	research paper	该研究探讨了白细胞介素21（IL21）在调节性T细胞（Tregs）代谢状态中的作用及其在慢性肠道炎症中的致病机制	揭示了IL21通过影响线粒体-内质网接触及糖原合成酶激酶3β的功能，驱动Tregs进入高代谢状态并增强其炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，人类临床应用的转化仍需进一步验证	阐明Tregs代谢重编程在肠道炎症中的分子机制	人类调节性T细胞和小鼠结肠炎模型	免疫学	炎症性肠病（克罗恩病）	电子显微镜、共聚焦成像、邻近连接实验、免疫印迹、质谱流式细胞术、荧光激活细胞分选、代谢组学、基因表达分析、Seahorse XF实时代谢分析仪、单细胞RNA测序	CD4+ T细胞诱导的小鼠结肠炎模型	分子生物学数据、细胞影像数据、基因表达数据	人类Tregs样本和小鼠模型（具体数量未明确说明）
784	2025-05-03	Group 1 ILCs: Heterogeneity, plasticity, and transcriptional regulation 2024-05, Immunological reviews IF:7.5Q1 DOI:10.1111/imr.13327 PMID:38563448	review	本文综述了小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILCs）的基本特征，包括其发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	利用单细胞RNA测序技术揭示了第1组ILCs的异质性，并通过命运图谱研究增进了对这些细胞发育和效应成熟程序的理解	主要关注小鼠模型，人类ILCs的相关研究可能有所不同	探讨第1组ILCs的发育程序、表型异质性、可塑性及转录调控	小鼠第1组先天淋巴样细胞（ILC1s和NK细胞）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），命运图谱研究	NA	基因表达数据	NA
785	2025-05-03	Unveiling cell subpopulations in T1D mouse islets using single-cell RNA sequencing 2024-May-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00323.2023 PMID:38506753	research paper	利用单细胞RNA测序技术揭示T1D小鼠胰岛中的细胞亚群	首次在T1D小鼠模型中通过scRNA-Seq技术鉴定了11种主要的胰岛细胞类型，并发现α和β细胞的异质性可能在T1D发展中起关键作用	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类T1D尚需验证	探究T1D小鼠胰岛细胞的异质性及其与疾病发展的关系	链脲佐菌素诱导的T1D小鼠模型	digital pathology	diabetes	scRNA-Seq, flow cytometry	NA	RNA sequencing data	T1D小鼠胰岛组织
786	2025-05-03	Nfe2l3 promotes neuroprotection and long-distance axon regeneration after injury in vivo 2024-May, Experimental neurology IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.expneurol.2024.114741 PMID:38395216	研究论文	本研究探讨了Nfe2l3在神经保护和长距离轴突再生中的作用，并揭示了其在治疗中枢神经系统损伤和疾病中的潜在应用	首次揭示了Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的功能，并发现其与已知的神经保护和轴突再生机制相关	研究主要集中在小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究Nfe2l3在神经保护和轴突再生中的作用及其治疗潜力	小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）和皮质投射神经元	神经科学	中枢神经系统损伤和疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和病毒载体递送技术	NA	RNA-seq数据	小鼠的视网膜神经节细胞和皮质投射神经元
787	2025-05-03	How Mycobacterium tuberculosis builds a home: Single-cell analysis reveals M. tuberculosis ESX-1-mediated accumulation of anti-inflammatory macrophages in infected mouse lungs 2024-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.20.590421 PMID:38712150	research paper	研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，探讨了结核分枝杆菌（MTB）ESX-1分泌系统在感染小鼠肺部时对单核吞噬细胞（MNPs）的招募和分化的影响	首次揭示了MTB ESX-1系统如何通过调控MNPs的招募和分化，促进抗炎信号的上调，从而帮助MTB在宿主体内生存	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究MTB ESX-1系统在感染过程中对宿主免疫反应的调控机制	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）	infectious disease	tuberculosis	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	小鼠和鼠骨髓来源的巨噬细胞（BMDM）
788	2025-05-03	Multimodal hierarchical classification of CITE-seq data delineates immune cell states across lineages and tissues 2024-Apr-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.06.547944 PMID:37461466	研究论文	介绍了一种名为MMoCHi的多模态分层分类方法，用于整合CITE-seq数据中的基因和蛋白质表达信息，以准确注释免疫细胞类型	提出了一种不依赖参考图谱的标记方法MMoCHi，能够整合基因和蛋白质表达数据，优于现有的转录组分类器和多模态无监督聚类方法	未明确提及具体局限性	开发一种能够整合单细胞转录组和表面蛋白质组数据的分类器，以更准确地注释免疫细胞类型	免疫细胞，特别是T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集	单细胞测序数据分析	NA	CITE-seq, scRNA-seq	MMoCHi	单细胞转录组和表面蛋白质组数据	已分类的T淋巴细胞亚群和跨组织的人类免疫细胞数据集
789	2025-05-03	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2024-Feb-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.578066 PMID:38352515	meta-analysis	通过整合小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，研究上皮细胞可塑性在组织退化、再生和癌症中的作用	揭示了前列腺上皮细胞在正常、退化及癌症状态下的转录组相似性，并发现雄激素依赖性可塑性	研究主要基于转录组数据，可能缺乏蛋白质水平或功能实验的验证	探究前列腺上皮细胞的可塑性及其在前列腺癌发生和治疗反应中的作用	小鼠和人类前列腺的单细胞转录组数据	digital pathology	prostate cancer	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	多个已发表和新的scRNA-seq数据集
790	2025-05-03	Cellular Senescence Contributes to the Progression of Hyperoxic Bronchopulmonary Dysplasia 2024-Feb, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0038OC PMID:37874230	research paper	该研究探讨了细胞衰老在高氧性支气管肺发育不良（BPD）进展中的作用，并测试了几种潜在的治疗策略	首次提出细胞衰老在BPD进展中的关键作用，并验证了通过减少髓过氧化物酶氧化剂生成、内质网应激和细胞衰老来治疗BPD的潜在策略	研究主要基于动物模型，人类样本有限，临床转化需要进一步验证	探究细胞衰老在BPD发病机制中的作用并寻找潜在治疗靶点	人类尸检肺组织和暴露于高氧环境的Sprague-Dawley大鼠幼崽	呼吸系统疾病研究	支气管肺发育不良	组织学检查、转录组学分析、免疫印迹、单细胞RNA测序	动物模型（大鼠）	组织样本、基因表达数据	人类尸检肺组织样本和实验大鼠
791	2025-05-03	Transcriptomic profiling of thymic dysregulation and viral tropism after neonatal roseolovirus infection 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1375508 PMID:38895117	研究论文	通过单细胞RNA测序研究新生儿玫瑰疹病毒感染后胸腺的转录组变化和病毒趋向性	首次全面描述了玫瑰疹病毒在新生儿感染后的胸腺趋向性，并建立了首个体外易感MRV感染的细胞培养系统	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究新生儿玫瑰疹病毒感染如何导致胸腺功能失调和自身免疫疾病	小鼠玫瑰疹病毒(MRV)感染的胸腺细胞	转录组学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序(scRNAseq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，研究对象为MRV感染的小鼠胸腺细胞
792	2025-05-03	Metabolic reprogramming and macrophage expansion define ACPA-negative rheumatoid arthritis: insights from single-cell RNA sequencing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1512483 PMID:39830504	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究ACPA阴性类风湿关节炎（ACPA- RA）的代谢重编程和巨噬细胞扩增特征	首次整合单细胞RNA测序与机器学习，构建神经网络模型区分ACPA- RA患者与健康对照，并揭示其独特的代谢特征	样本来源仅限于外周血单个核细胞和滑膜组织，未涉及其他可能相关的组织或细胞类型	阐明ACPA- RA的独特细胞和代谢特征，以提供更有针对性的诊断和治疗策略	ACPA阴性和阳性类风湿关节炎患者及健康对照的外周血单个核细胞和滑膜组织	数字病理学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	RNA测序数据	ACPA- RA患者、ACPA+ RA患者及健康对照的外周血单个核细胞和滑膜组织样本
793	2025-05-03	Myeloid dendritic cells and periodontal disease association: integrated study of single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522281 PMID:39830509	研究论文	通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，探讨髓样树突状细胞与牙周病之间的关联	结合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，首次发现LIMA1基因在牙周病进展中的关键作用	研究样本来源于公开数据集，可能无法完全代表所有牙周病患者群体	阐明牙周病的发病机制，为精准医疗提供新靶点	牙周病患者和健康对照的免疫细胞	生物信息学	牙周病	scRNA-seq, 孟德尔随机化分析	Seurat, CellChat, ClusterProfilerR	单细胞RNA测序数据	GSE152042数据集中的样本
794	2025-05-03	scRNA-seq reveals elevated interferon responses and TNF-α signaling via NFkB in monocytes in children with uncomplicated malaria 2024, Experimental biology and medicine (Maywood, N.J.) DOI:10.3389/ebm.2024.10233 PMID:39830896	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究儿童无并发症疟疾中单核细胞的干扰素反应和TNF-α信号传导机制	首次在儿童无并发症疟疾中，利用单细胞RNA测序技术揭示了单核细胞中干扰素反应和TNF-α信号传导的增强现象	样本量相对较小（n=11），且仅针对无并发症疟疾儿童，结果可能不适用于其他人群或疾病阶段	探究宿主-寄生虫因素与症状性疟疾的关系，以及免疫反应的差异	224名个体（134名患者和90名无症状对照），其中11名进行了单细胞RNA测序	免疫学	疟疾	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	224名个体（11名进行scRNA-seq）
795	2025-05-02	Single-cell transcriptomic profiling of lung fibroblasts in a bleomycin-induced systemic sclerosis mouse model 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151017 PMID:39608052	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究系统性硬化症小鼠模型中肺成纤维细胞的作用	识别出两种不同的成纤维细胞亚群：nephronectin阳性(NPNT)和peptidase inhibitor 16阳性(PI16)细胞，并比较了皮下和气管内博来霉素诱导的小鼠模型	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全适用于人类	探索系统性硬化症相关肺纤维化的分子机制	系统性硬化症小鼠模型中的肺成纤维细胞	数字病理学	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	博来霉素诱导的小鼠模型
796	2025-05-02	Surface Molecular Markers for the Isolation of Viable Fibroblast Subpopulations in the Female Reproductive Tract: A Comprehensive Review 2024-Dec-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010233 PMID:39796089	综述	本文综述了女性生殖道中成纤维细胞亚群的表面分子标记及其在选择性细胞分离中的潜在应用	利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)和荧光激活细胞分选(FACS)技术，鉴定了女性生殖系统中多种成纤维细胞亚型及其特异性表面标记	成纤维细胞亚群的分子特征定义仍面临挑战	识别和表征成纤维细胞亚群及其特异性表面标记，探索其在临床应用中作为分子靶点的潜力	女性生殖系统中的成纤维细胞亚群	生物分子与医学研究	NA	scRNA-seq, FACS	NA	转录组数据	基于两千多篇研究文章的分析
797	2025-05-02	Differential Expression of CXCL12 in Human and Mouse Hair: Androgens Induce CXCL12 in Human Dermal Papilla and Dermal Sheath Cup 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010095 PMID:39795953	research paper	研究揭示了CXCL12在人和小鼠毛发中的差异表达，以及雄激素如何诱导人类真皮乳头和真皮鞘杯细胞中CXCL12的表达	首次证明雄激素诱导的CXCL12对人类真皮乳头细胞和真皮鞘杯细胞的直接影响，并提出了通过抗体抑制CXCL12作为治疗雄性激素性脱发的潜在策略	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未涉及体内治疗效果的直接验证	探究CXCL12在人和小鼠毛发中的表达差异及其在雄性激素性脱发中的作用机制	人类和小鼠的真皮乳头细胞(DPCs)和真皮鞘杯细胞(DSCs)	分子生物学	雄性激素性脱发(AGA)	单细胞RNA测序、免疫组织化学、毛发器官培养	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像	人类和小鼠的皮肤样本
798	2025-05-02	MPCD Index for Hepatocellular Carcinoma Patients Based on Mitochondrial Function and Cell Death Patterns 2024-Dec-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010118 PMID:39795978	研究论文	本研究基于线粒体功能和细胞死亡模式，构建了一个肝细胞癌患者的MPCD指数，用于分类患者并研究其多组学特征、免疫微环境和药物敏感性	首次结合线粒体功能和程序性细胞死亡模式构建MPCDI指数，并发现其与免疫治疗反应和药物敏感性的关联	研究结果需要进一步临床验证，且样本来源仅限于公开数据库	探索肝细胞癌中线粒体功能与细胞死亡模式的关系，并开发新的预后标志物	肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	scRNA-seq, RNA-seq	机器学习框架	单细胞数据和转录组数据	来自TCGA、GEO和ICGC数据库的数据
799	2025-05-02	Advances in DNA/RNA Sequencing and Their Applications in Acute Myeloid Leukemia (AML) 2024-Dec-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26010071 PMID:39795930	综述	探讨DNA/RNA测序技术在急性髓系白血病（AML）中的最新进展及其临床应用潜力与限制	总结了DNA/RNA测序技术（如WGS、WES、RNA-Seq和scRNA-Seq）在AML分子机制研究中的关键作用，特别是发现驱动突变和白血病干细胞（LSCs）亚群	临床广泛应用受限于成本、数据复杂性和伦理问题	提升AML的诊断、预后评估和个性化治疗开发	急性髓系白血病（AML）及其分子特征	基因组学	急性髓系白血病	WGS, WES, RNA-Seq, scRNA-Seq	NA	基因组和转录组数据	NA
800	2025-05-02	MICROGLIA AGING IN THE HIPPOCAMPUS ADVANCES THROUGH INTERMEDIATE STATES THAT DRIVE ACTIVATION AND COGNITIVE DECLINE 2024-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.09.588665 PMID:38645176	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和伪时间分析揭示了海马小胶质细胞在衰老过程中的转录异质性，并确定了小胶质细胞衰老的中间状态	发现了小胶质细胞衰老过程中的中间状态，并揭示了这些状态如何推动炎症激活和认知衰退	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究小胶质细胞在衰老过程中的状态转变及其对神经炎症和认知功能的影响	小鼠海马小胶质细胞	神经科学	老年疾病	单细胞RNA-Seq, 伪时间分析	异时共生实验模型, 条件性基因敲除小鼠模型	转录组数据	成年小鼠生命周期中的海马小胶质细胞