本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-03-19 |
Apolipoprotein L genes are novel mediators of inflammation in beta cells
2024-01, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-023-06033-z
PMID:37924378
|
研究论文 | 本研究探讨了载脂蛋白L(APOL)基因家族在炎症诱导的胰岛β细胞损伤中的作用 | 首次发现APOL基因在人类胰岛β细胞中表达,并通过JAK-STAT通路上调,揭示了APOL1通过增加内质网应激调控细胞死亡的新机制 | 研究主要基于体外细胞模型和单细胞转录组数据,体内功能验证和临床转化潜力仍需进一步探索 | 探究炎症导致β细胞功能障碍的分子机制 | 人类胰岛β细胞(包括EndoC-βH1细胞系和原代胰岛) | 单细胞转录组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量(使用公共数据集GSE218316及实验室生成数据) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 62 | 2026-03-18 |
HIV-SEQ REVEALS GLOBAL HOST GENE EXPRESSION DIFFERENCES BETWEEN HIV-TRANSCRIBING CELLS FROM VIREMIC AND SUPPRESSED PEOPLE WITH HIV
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.17.629023
PMID:39763963
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为HIV-seq的新方法,用于更有效地捕获HIV转录本,并通过单细胞RNA-seq分析HIV感染者细胞,揭示了病毒转录细胞在病毒血症和抑制期间的基因表达差异 | 开发了HIV-seq方法,通过添加针对HIV基因组保守区域的自定义捕获序列,提高了HIV RNA+细胞的检测效率达44%,并结合CITE-seq进行表面表型分析,首次系统比较了病毒血症和ART抑制期间HIV转录细胞的转录特征 | 样本量相对较小,仅基于配对血液样本,可能无法完全代表所有组织中的HIV转录细胞,且方法依赖于自定义捕获序列的设计,可能对HIV变异株的覆盖不完全 | 研究HIV感染者中病毒转录细胞的基因表达差异,特别是在病毒血症和抗逆转录病毒治疗抑制期间的比较,以理解活跃病毒库细胞的持久性机制 | HIV感染者的血液样本,包括病毒血症和ART抑制期间的配对样本 | 单细胞测序 | HIV感染 | 单细胞RNA-seq, CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据, 表面表型数据 | 配对血液样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 表面表型分析 | NA | NA |
| 63 | 2026-03-18 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
|
研究论文 | 本研究通过BCR受体克隆、表达及单细胞转录组学分析,探讨了人类对普遍存在的N-乙酰-D-葡萄糖胺(GlcNAc)表位的B细胞库,并揭示了抗糖抗体在生发中心依赖的亲和力成熟过程 | 结合BCR克隆表达与单细胞转录组学,首次系统分析了人类抗GlcNAc B细胞库的免疫系统发育史,揭示了其在早期儿童期通过生发中心进行亲和力成熟的新机制 | 研究主要关注GlcNAc表位,可能未全面覆盖其他糖类抗原;样本队列和年龄范围可能限制结论的普遍性 | 解析人类抗体库对碳水化合物抗原的广泛反应性机制,特别是针对GlcNAc表位的B细胞选择与成熟过程 | 人类队列中的循环抗GlcNAc B细胞及其BCR受体 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、BCR序列数据 | 人类队列(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 64 | 2026-03-18 |
Single-cell multidimensional profiling of tumor cell heterogeneity in supratentorial ependymomas
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.07.607066
PMID:41738029
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学、空间转录组学和活细胞成像技术,系统描绘了幕上室管膜瘤的肿瘤细胞异质性、空间组织和动态行为 | 首次在单细胞和空间维度上整合分析了幕上室管膜瘤的细胞状态、空间架构及微环境影响,揭示了肿瘤内两种不同的祖细胞样状态,并发现了脑内常驻细胞对肿瘤细胞向神经元样表型转化的新作用 | 未明确说明样本数量及具体技术平台细节,且研究聚焦于特定亚型,结论的普适性有待进一步验证 | 解析幕上室管膜瘤的肿瘤异质性、空间组织模式及其与神经微环境的相互作用 | 幕上室管膜瘤(一种儿童侵袭性脑肿瘤)的肿瘤细胞及其微环境 | 数字病理学 | 脑肿瘤(幕上室管膜瘤) | 单细胞转录组测序, 空间转录组学, 活细胞成像 | NA | 转录组数据, 空间位置数据, 影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 65 | 2026-03-18 |
Development of robust antiviral assays using relevant apical-out human airway organoids
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.02.573939
PMID:38260306
|
研究论文 | 本研究开发了一种使用顶端向外人类气道类器官进行高通量抗病毒药物筛选的标准化方法 | 引入了具有反向双极性的气道类器官,实现了单类器官每孔的高通量培养和分析,提高了病毒感染效率和药物筛选的标准化水平 | 研究主要作为SARS-CoV-2的概念验证应用,尚未广泛扩展到其他病毒或疾病模型 | 开发标准化的类器官平台用于抗病毒药物发现和评估 | 人类气道类器官和SARS-CoV-2病毒株 | 数字病理学 | 呼吸道疾病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 类器官模型 | 转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2026-03-17 |
Multi-sample non-negative spatial factorization
2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.01.599554
PMID:39005356
|
研究论文 | 本文提出了一种用于分析多样本空间转录组数据的无对齐框架mNSF,通过模拟和真实数据验证了其有效性 | 将单样本空间因子分解扩展至多样本数据集,无需空间对齐,并整合了样本特异性空间相关性建模 | 未明确提及具体局限性,但暗示在空间对齐可行时性能与基于对齐的方法相当 | 开发一种用于多样本空间转录组数据分析的稳健方法 | 多样本空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非负空间因子分解 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2026-03-17 |
ADAMTS7 Promotes Smooth Muscle Foam Cell Expansion in Atherosclerosis
2024-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582156
PMID:38463994
|
研究论文 | 本研究探讨了ADAMTS7在动脉粥样硬化中促进平滑肌泡沫细胞扩增的机制 | 揭示了ADAMTS7通过上调PU.1和CD36表达促进平滑肌细胞氧化低密度脂蛋白摄取的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 阐明ADAMTS7在动脉粥样硬化中的细胞特异性促动脉粥样硬化机制 | 平滑肌细胞、内皮细胞、小鼠模型、人类颈动脉粥样硬化组织 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠、转基因小鼠 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 68 | 2026-03-17 |
Endothelial-adipocyte Cx43 Mediated Gap Junctions Can Regulate Adiposity
2024-09-10, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae029
PMID:38984993
|
研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞与脂肪细胞间通过Cx43介导的间隙连接在调节脂肪组织功能和肥胖中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和透射电镜揭示了脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞间的直接异细胞接触,并发现Cx43介导的间隙连接在调节脂肪堆积和脂质代谢中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;体外共培养系统可能无法完全模拟体内复杂微环境 | 研究脂肪毛细血管内皮细胞与脂肪细胞相互作用的机制及其对代谢功能的影响 | 高脂饮食小鼠的脂肪组织、内皮细胞和脂肪细胞 | 单细胞组学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、透射电镜(TEM) | NA | 单细胞转录组数据、图像数据 | 高脂饮食小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 69 | 2026-03-17 |
Single Cell RNAseq Analysis of Cytokine-Treated Human Islets: Association of Cellular Stress with Impaired Cytokine Responsiveness
2024-07-11, Function (Oxford, England)
DOI:10.1093/function/zqae015
PMID:38985000
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析细胞因子处理的人胰岛,揭示了细胞应激与细胞因子反应性受损之间的关联 | 首次在单细胞水平上比较人胰岛与小鼠胰岛对细胞因子的基因表达响应差异,并发现核糖体蛋白高表达与应激反应相关,限制了细胞因子响应 | 研究未详细探讨供体死亡原因和胰岛分离方法对细胞应激的具体影响,样本来源和处理可能引入偏差 | 研究细胞因子对人胰岛基因表达的影响,特别是细胞应激如何调节细胞因子响应 | 人胰岛细胞,包括β细胞等内分泌细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及人胰岛细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 70 | 2026-03-17 |
The Absence of Intra-Tumoral Tertiary Lymphoid Structures is Associated with a Worse Prognosis and mTOR Signaling Activation in Hepatocellular Carcinoma with Liver Transplantation: A Multicenter Retrospective Study
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202309348
PMID:38498682
|
研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌肝移植患者肿瘤内三级淋巴结构的缺失与预后不良及mTOR信号通路激活的关系,并构建了基于影像组学的非侵入性预测模型 | 首次在肝细胞癌肝移植患者中系统研究肿瘤内三级淋巴结构与预后的关系,并利用大规模影像组学数据构建了首个非侵入性预测三级淋巴结构丰度的分类器 | 这是一项多中心回顾性研究,可能存在选择偏倚,且需要前瞻性研究进一步验证影像组学模型的临床适用性 | 探究肝细胞癌肝移植患者肿瘤内三级淋巴结构的临床意义及其与非侵入性预测方法的关联 | 肝细胞癌肝移植患者的肿瘤组织及影像数据 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, 影像组学 | 分类器 | RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 影像数据 | 最大规模的具有可用影像组学数据的肝细胞癌患者队列 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-03-15 |
Gene Regulatory Network Analysis of Decidual Stromal Cells and Natural Killer Cells
2024-10, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-024-01653-1
PMID:39090334
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组数据分析,首次对早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞进行了基因调控网络分析,揭示了与妊娠成功相关的关键转录因子 | 首次对早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞亚群进行基因调控网络分析,发现了新的蜕膜化驱动转录因子(如DDIT3和BRF2)以及免疫耐受相关的转录因子(如IRX3和RELB) | 研究基于第一孕期妊娠终止样本的单细胞转录组数据,样本来源和时间点可能存在局限性 | 研究蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞的转录调控网络,以理解其在妊娠成功中的作用机制 | 早孕期蜕膜基质细胞和自然杀伤细胞 | 单细胞转录组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络分析 | 单细胞转录组数据 | 第一孕期妊娠终止样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 72 | 2026-03-15 |
Age-related epithelial defects limit thymic function and regeneration
2024-Sep, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01915-9
PMID:39112630
|
研究论文 | 本研究通过单细胞和空间转录组学等技术,揭示了胸腺衰老过程中出现的两种非典型胸腺上皮细胞状态,它们限制了胸腺功能和再生能力 | 首次发现并定义了两种与年龄相关的非典型胸腺上皮细胞状态,揭示了它们通过消耗TEC生长因子和干扰再生通路来限制胸腺功能的机制 | 未明确aaTECs的具体起源和调控其形成的上游信号通路,也未在人体中验证这些发现 | 探究胸腺随年龄增长功能衰退和再生能力下降的细胞和分子机制 | 小鼠胸腺中的非造血基质细胞,特别是胸腺上皮细胞 | 空间转录组学 | 衰老相关免疫缺陷 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 谱系追踪, 先进成像技术 | NA | 转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 73 | 2026-03-15 |
Gut-Derived Exosomes Mediate the Microbiota Dysbiosis-Induced Spermatogenesis Impairment by Targeting Meioc in Mice
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202310110
PMID:38526201
|
研究论文 | 本研究揭示了肠道菌群失调通过肠道来源的外泌体miR-211-5p靶向睾丸中的Meioc基因,从而干扰减数分裂过程并损害精子发生 | 首次阐明了非生殖组织来源的外泌体在精子发生调控中的作用,定义了“肠道-睾丸”轴的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类中验证;具体信号通路细节需进一步探索 | 探究肠道菌群失调导致雄性生育能力下降的调控机制 | 小鼠(包括肠道菌群失调模型和野生型小鼠) | 生殖生物学 | 生育障碍 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 未明确指定样本数量的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 74 | 2026-03-15 |
Pan-Cancer Single-Cell and Spatial-Resolved Profiling Reveals the Immunosuppressive Role of APOE+ Macrophages in Immune Checkpoint Inhibitor Therapy
2024-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202401061
PMID:38569519
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组数据,揭示了APOE+巨噬细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的免疫抑制角色,并构建了一个预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序、机器学习及空间转录组技术,系统性地探究了APOE+巨噬细胞在泛癌种ICI治疗中的免疫抑制机制,并开发了基于巨噬细胞特征的预测模型 | 模型验证主要基于回顾性数据,前瞻性临床验证有待加强;机制研究虽结合了体内外实验,但具体信号通路细节仍需进一步阐明 | 探究巨噬细胞异质性对免疫检查点抑制剂治疗响应的影响,并开发预测模型 | 泛癌种患者样本、三阴性乳腺癌患者样本、4T1荷瘤小鼠模型 | 数字病理学 | 泛癌种(重点关注三阴性乳腺癌) | 单细胞RNA测序,空间转录组技术,多重免疫组化,机器学习 | 机器学习算法(具体未指明,如SVM、随机森林等) | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据,空间转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-03-15 |
Tracking in situ checkpoint inhibitor-bound target T cells in patients with checkpoint-induced colitis
2024-May-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.04.010
PMID:38744246
|
研究论文 | 本研究利用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学追踪检查点抑制剂(CPI)结合T细胞在肠道组织中的分布,以揭示CPI诱导结肠炎的机制 | 首次在患者肠道组织中应用多模态单细胞和亚细胞空间转录组学技术追踪CPI结合T细胞,并识别出与炎症相关的特定微域和细胞间信号通路 | 研究样本可能有限,且机制分析主要基于观察性数据,需要进一步实验验证 | 探究检查点抑制剂诱导结肠炎的免疫机制,识别关键细胞类型和空间分布特征 | 接受检查点抑制剂治疗并出现结肠炎的患者的肠道组织样本 | 数字病理学 | 结肠炎 | 多模态单细胞和亚细胞空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 76 | 2026-03-14 |
A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01764-7
PMID:39406950
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名不同神经系统疾病和中枢神经系统区域捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞,揭示了小胶质细胞的异质性,并识别了与疾病相关的亚群及能模拟其状态的化合物 | 构建了一个跨疾病的活体人类小胶质细胞资源库,识别了与疾病相关的亚群,并验证了能在体外模拟特定亚群状态的化合物,如喜树碱 | NA | 理解人类小胶质细胞的异质性,以促进针对其状态或功能的靶向治疗开发 | 活体人类小胶质细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 215,680个细胞来自74名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 77 | 2026-03-14 |
Leveraging deep single-soma RNA sequencing to explore the neural basis of human somatosensation
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01794-1
PMID:39496796
|
研究论文 | 本研究利用单细胞体深度RNA测序和空间转录组学技术,构建了人类背根神经节神经元图谱,揭示了人类体感生理学的新见解 | 首次通过单细胞体深度RNA测序技术,从个体人类背根神经节神经元中检测到平均超过9,000个独特基因,并识别出16种神经元类型,结合跨物种分析揭示了人类特异性神经元类型的存在 | 技术难度可能限制了样本获取和处理,且研究依赖于特定实验条件,可能影响结果的普适性 | 探索人类体感系统的神经基础,特别是背根神经节神经元的分子特征和功能 | 人类背根神经节神经元 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, 空间转录组学, RNAscope原位杂交 | NA | RNA序列数据, 空间转录组数据 | 个体人类背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 78 | 2024-11-07 |
Mapping out multiple sclerosis with spatial transcriptomics
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01798-x
PMID:39501034
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 79 | 2026-03-14 |
Cell type mapping reveals tissue niches and interactions in subcortical multiple sclerosis lesions
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01796-z
PMID:39501036
|
研究论文 | 本研究利用单核和空间转录组学技术,绘制了皮层下多发性硬化病变区域的细胞类型图谱,揭示了组织微环境中的细胞组成、相互作用及病变进展机制 | 首次结合单核与空间转录组学,系统性地绘制了皮层下多发性硬化病变中特定组织微环境(如血管周围空间、病变边缘)的细胞类型图谱,并揭示了慢性活动期病变边缘的细胞间通讯网络 | 研究主要聚焦于皮层下病变,可能未全面涵盖其他脑区或疾病阶段的微环境变化;样本量相对有限,需进一步扩大验证 | 解析多发性硬化病变中组织微环境的细胞组成、相互作用及病变进展的分子机制 | 皮层下多发性硬化病变组织及对照组织 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | NA | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2026-03-14 |
CD4+ T cells reactive to a hybrid peptide from insulin-chromogranin A adopt a distinct effector fate and are pathogenic in autoimmune diabetes
2024-10-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2024.07.024
PMID:39214091
|
研究论文 | 本研究探讨了在非肥胖糖尿病小鼠中,针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的动态性和致病性,特别关注了InsC-ChgA特异性CD4 T细胞的独特致病作用 | 通过单细胞RNA测序揭示了胰岛抗原特异性T细胞命运的多样性,并首次证明InsC-ChgA特异性CD4 T细胞偏向于独特的Th1效应表型且具有致病性 | 研究仅限于非肥胖糖尿病小鼠模型,未在人类中验证,且样本规模可能有限 | 探究自身免疫性糖尿病中T细胞介导的胰岛破坏机制,特别是针对胰岛素衍生表位的CD4 T细胞反应的异质性和致病性 | 非肥胖糖尿病小鼠的胰腺CD4 T细胞,特别是针对四种胰岛素衍生表位的反应 | 免疫学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序,四聚体分选 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |