单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-09-06	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2024-Dec-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.26.590643 PMID:38712198	研究论文	通过整合单核RNA测序和空间转录组数据，构建了人类海马体的分子图谱	首次结合snRNA-seq和SRT技术，在保留细胞结构组织的同时解析海马体细胞类型的分子特征和空间分布	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限	揭示人类海马体的细胞类型分子特征和空间组织结构	人类前海马体组织	空间转录组学	NA	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学(SRT), 非负矩阵分解(NMF)	NMF	空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据	10名成年神经典型捐赠者的海马体组织切片
62	2025-09-06	Shear stress is uncoupled from atheroprotective KLK10 in atherosclerotic plaques 2024-Nov, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2024.118622 PMID:39413592	研究论文	本研究通过比较健康与动脉粥样硬化条件下内皮细胞对生理剪切力的转录组响应，揭示动脉粥样斑块中保护性因子KLK10与剪切力信号解耦的机制	首次发现动脉粥样硬化病变中生理剪切力与保护性因子KLK10的表达解耦，并鉴定出疾病状态下内皮细胞亚群的炎症和凋亡特征	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；单细胞测序样本量有限	探究动脉粥样硬化动脉对生理剪切力保护性效应的响应机制	小鼠动脉内皮细胞（健康C57BL/6、轻度病变Apoe-/-正常饮食、重度病变Apoe-/-高脂饮食模型）	心血管生物学	心血管疾病	3D光片成像、计算流体动力学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、成像数据	三组小鼠模型（具体数量未明确说明）
63	2025-09-06	Identification of Disulfidptosis-Related Genes in Ischemic Stroke by Combining Single-Cell Sequencing, Machine Learning Algorithms, and In Vitro Experiments 2024-09-15, Neuromolecular medicine IF:3.3Q2 DOI:10.1007/s12017-024-08804-2 PMID:39278970	研究论文	本研究结合单细胞测序、机器学习算法和体外实验，探索二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制及其与免疫病理特征的相关性	首次将二硫键死亡（disulfidptosis）机制与缺血性脑卒中研究结合，并利用多算法机器学习模型和单细胞通讯网络分析揭示基因与免疫微环境的相互作用	研究主要基于公共数据库和体外模型，缺乏大规模临床样本验证	探究二硫键死亡相关基因在缺血性脑卒中发病机制中的作用及免疫关联	缺血性脑卒中患者外周血样本、体外氧糖剥夺（OGD）模型小胶质细胞	生物信息学与计算生物学	缺血性脑卒中	单细胞测序、机器学习算法（LASSO/随机森林/SVM-RFE）、氧糖剥夺模型	LASSO, Random Forest, SVM-RFE, 诺莫图预测模型	基因表达数据、单细胞测序数据	GEO数据库中缺血性脑卒中患者外周血样本（未明确数量）及体外细胞模型
64	2025-09-06	Osr1-mediated mesothelial transition of liver mesenchymal cells exacerbates fibrotic liver damage 2024-Sep-04, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.02.024 PMID:38414241	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和谱系追踪揭示肝星状细胞在损伤后向间皮细胞样状态逆转的过程，并发现靶向Osr1可减轻肝纤维化	首次发现肝星状细胞在损伤后发生间质-间皮转化（MMT），并鉴定出关键转录因子Osr1调控这一过程	研究主要基于小鼠NASH模型，人类临床相关性需进一步验证	探究慢性肝病中肝纤维化的形成机制并寻找治疗靶点	肝星状细胞（HSCs）及其转化产生的损伤相关中间细胞（DIHMs）	数字病理学	肝纤维化/肝硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq），体内谱系追踪，双重组酶系统	NA	基因表达数据	NASH模型小鼠（具体数量未在摘要中说明）
65	2025-09-06	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024, BMC methods DOI:10.1186/s44330-024-00015-2 PMID:40893796	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出模块化决策树步骤和On-Target Fraction指标，显著提升紧密相关细胞类型的标记基因选择性能	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型身份的最大分类精度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据集（人脑、肾脏和肺）
66	2025-09-05	Spatial microenvironments tune immune response dynamics in the Drosophila larval fat body 2024-Sep-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.12.612587 PMID:39345471	研究论文	本研究通过活体光片荧光显微镜技术揭示果蝇幼虫脂肪体中抗菌肽表达的空间模式及其免疫微环境特征	首次在果蝇脂肪体中发现可重复的空间免疫应答模式，并证明该模式与血流微生物定位相关但非由其引起，揭示了组织空间分区化免疫活动的进化保守性	研究局限于果蝇模型系统，尚未在高等生物中直接验证空间组织的保守性	探究组织空间免疫应答的动态调控机制与生物学逻辑	果蝇幼虫脂肪体（功能类似肝脏的器官）	生物医学成像	感染性疾病	活体光片荧光显微镜、空间转录组学	NA	显微成像数据、基因表达数据	果蝇幼虫整体样本（未明确具体数量）
67	2025-09-05	Differential Contributions of Fibroblast Subpopulations to Intercellular Communication in Eosinophilic Esophagitis 2024-Jun-21, Biology DOI:10.3390/biology13070461 PMID:39056656	研究论文	通过单细胞RNA测序分析嗜酸性粒细胞性食管炎中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的作用	首次在EoE中鉴定出至少两个功能不同的成纤维细胞亚群（F_A和F_B），并揭示F_B亚群通过ECM-受体信号在疾病活动中起主导作用	基于公共数据库的回顾性分析，IL-13处理模型可能无法完全模拟体内复杂环境	解析EoE疾病中成纤维细胞亚群的异质性及其在细胞间通讯中的贡献	嗜酸性粒细胞性食管炎患者的食管活检组织和IL-13处理的成纤维细胞培养模型	单细胞生物学	嗜酸性粒细胞性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞培养模型	NA	基因表达数据	公共数据集GSE201153中的EoE食管活检样本
68	2025-09-05	Human Motor Neurons Elicit Pathological Hallmarks of ALS and Reveal Potential Biomarkers of the Disease in Response to Prolonged IFNγ Exposure 2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1787-23.2024 PMID:38413232	研究论文	研究通过长时间IFNγ暴露诱导人源运动神经元出现ALS病理特征并揭示潜在生物标志物	首次证明IFNγ单独暴露可直接引发TDP-43细胞质聚集和p53通路激活，无需遗传突变或神经胶质细胞参与	研究基于体外诱导多能干细胞模型，需进一步体内验证	探究炎症因子IFNγ在肌萎缩侧索硬化症发病机制中的作用	人诱导多能干细胞来源的脊髓运动神经元	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	单细胞转录组分析，电生理功能检测	NA	转录组数据，电生理数据	NA
69	2025-09-05	Single-Cell Analysis of Rohon-Beard Neurons Implicates Fgf Signaling in Axon Maintenance and Cell Survival 2024-04-17, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.1600-23.2024 PMID:38423763	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示斑马鱼Rohon-Beard神经元分为三个亚类，并发现Fgf信号通路在轴突维持和细胞存活中的关键作用	首次在斑马鱼幼虫中通过scRNA-seq鉴定出三种Rohon-Beard神经元亚类，并发现Fgf通路缺陷可导致轴突退化和细胞死亡，且该表型可通过Sarm1缺失挽救	研究聚焦斑马鱼幼虫阶段，哺乳动物系统的直接适用性需进一步验证	探究Rohon-Beard神经元的分子分类及其维持机制	斑马鱼幼虫的Rohon-Beard神经元	神经科学	周围神经病变	scRNA-seq, 药理学抑制, 遗传学操作	NA	单细胞转录组数据	斑马鱼幼虫Rohon-Beard神经元（未注明具体数量）
70	2025-09-03	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	利用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑，实现比现有方法快数个数量级的计算速度	NA	开发高效降维方法以解析空间转录组数据中的组织域结构	人类和小鼠组织的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	PCA	空间基因表达数据	四个公开ST数据集（涉及人类和小鼠组织）
71	2025-09-03	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-Sep, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	本研究揭示PD-L2通过动态改变肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKI耐药，并发现天然小分子抑制剂锌十一烯酸盐可逆转耐药	首次发现PD-L2/PD-1信号通路是介导EGFR-TKI耐药的关键驱动因素，并鉴定出新型天然PD-L2抑制剂	研究基于细胞系和同源肿瘤小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究EGFR-TKI耐药机制并开发靶向治疗策略	EGFR突变肿瘤细胞系和同源肿瘤小鼠	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序、体内外功能实验	NA	测序数据、实验数据	细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
72	2025-09-03	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的关键作用	首次证明肠道CFTR功能缺陷通过维持病原性微生物群、增加肠道通透性和炎症环境，是CFLD样肝病发展的必要因素	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肠-肝轴在CFLD发病机制中的作用	野生型、全身性Cftr敲除和肠道校正CFTR小鼠	疾病机制研究	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、蛋白质组阵列、FITC-葡聚糖检测	NA	转录组数据、微生物组数据、蛋白质数据	多组基因修饰小鼠模型（具体数量未明确说明）
73	2025-09-03	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨在小鼠创伤后骨关节炎模型中，损伤和β-肾上腺素能激活对代谢及炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在雌性小鼠中特异性抑制促纤维化和促炎基因表达，并首次发现损伤后关节滑液代谢物的显著变化	研究仅使用小鼠模型，结果可能无法直接外推至人类；代谢组学变化未受异丙肾上腺素显著影响	研究β-肾上腺素能受体刺激对创伤后骨关节炎相关炎症的调控作用	12周龄雄性和雌性小鼠的膝关节组织（髌下脂肪垫和滑膜）及滑液	骨关节疾病研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达检测、代谢组学分析、机械性异常性疼痛测试	NA	基因表达数据、代谢物数据、组织图像数据、行为学数据	雄性和雌性小鼠膝关节样本（具体数量未明确说明）
74	2025-09-03	Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State 2024-Sep, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.22886 PMID:38989586	研究论文	本研究探讨了肾素表达抑制的表观遗传调控机制，揭示了从活跃状态向预备状态转变的开关	首次发现肾素表达抑制涉及表观遗传状态切换，并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化	研究基于小鼠肿瘤源细胞系(As4.1)，可能不完全代表体内正常肾素细胞行为	阐明肾素表达的表观遗传调控机制及细胞表型转换的分子基础	小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系	表观遗传学	心血管疾病	ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, ChIP-seq	NA	基因组学数据，表观遗传学数据	经三种抑制剂处理和对照的As4.1细胞生物学重复样本
75	2025-09-03	Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110017 PMID:39097072	研究论文	研究通过干扰肽4D3(E)逆转损伤诱导的视网膜神经节细胞基因表达变化，探索其神经保护机制	首次利用单细胞RNA测序技术分析PDE4D3位移对损伤后RGC基因表达的影响，揭示其通过增强核周PKA信号通路实现神经保护	研究基于小鼠视神经压伤模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究PDE4D3位移促进神经保护的分子机制	小鼠视网膜神经节细胞(RGCs)	神经科学	青光眼等视神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、腺相关病毒载体技术	NA	基因表达数据	经视神经压伤处理并注射AAV-4D3(E)-mCherry的小鼠视网膜样本
76	2025-09-03	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术检测方案	开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合，首次系统描述了瘢痕组织与正常组织在细胞组成上的差异	样本量较小（9对样本），且为单中心研究	阐明iSGS的细胞机制并建立标准化检测平台	特发性声门下狭窄患者的成对正常和瘢痕组织样本	病理学	呼吸道疾病	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞样本	9对来自iSGS患者的正常和瘢痕组织样本
77	2025-09-03	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	利用机器学习算法识别区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物	首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习分类器，筛选出10个高精度基因标志物用于两种病毒的鉴别诊断	研究仅基于体外细胞系数据（Huh7细胞），且仅分析24小时时间点，需进一步实验验证	开发基于基因表达的诊断方法以区分寨卡病毒和登革热病毒感染	人类肝癌细胞系（Huh7）感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	Logistic回归，支持向量机，随机森林，决策树	基因表达矩阵	GSE110496数据集中的24小时时间点样本（具体数量未明确说明）
78	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
79	2025-09-01	Integration of Imaging-based and Sequencing-based Spatial Omics Mapping on the Same Tissue Section via DBiTplus 2024-Dec-11, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5398491/v1 PMID:39711562	研究论文	介绍DBiTplus技术，整合基于测序和成像的空间组学方法在同一组织切片上实现转录组和蛋白质组的空间映射	开发了DBiTplus多模态空间组学方法，首次在同一组织切片上结合测序空间转录组和成像空间蛋白质分析，实现单细胞分辨率细胞分型和基因组尺度通路研究	NA	推进对异质性细胞过程的理解并连接细胞类型与功能	小鼠胚胎、正常人淋巴结、人类淋巴瘤FFPE组织	空间组学	淋巴瘤	空间转录组测序、CODEX高复用蛋白质成像、微流控DNA寡核苷酸递送、RNaseH酶处理	NA	空间转录组数据、蛋白质成像数据	多种组织类型包括小鼠胚胎、人淋巴结和淋巴瘤FFPE样本
80	2025-09-01	Role of Dual Specificity Phosphatase 1 (DUSP1) in influencing inflammatory pathways in macrophages modulated by Borrelia burgdorferi lipoproteins 2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.20.624562 PMID:39605372	研究论文	本研究探讨了双特异性磷酸酶1（DUSP1）在伯氏疏螺旋体脂蛋白调控巨噬细胞炎症通路中的作用	应用单细胞RNA测序和无偏蛋白质组学方法，首次揭示DUSP1在早期宿主响应中的上调及其对NLRP3炎症信号和线粒体变化的双向调控作用	研究基于小鼠骨髓来源巨噬细胞模型，结果向人体或自然宿主的直接推广需进一步验证	解析宿主细胞对伯氏疏螺旋体脂蛋白的响应机制，并探索DUSP1作为治疗靶点的潜力	小鼠骨髓来源巨噬细胞（BMDMs）	免疫学与感染性疾病	莱姆病	scRNA-Seq, 蛋白质组学分析	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	用不同浓度脂蛋白处理的小鼠BMDMs样本