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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2025-11-08 |
Advancing bone biology: The mutual promotion of biology and pioneering technologies
2024-Sep-16, The innovation life
DOI:10.59717/j.xinn-life.2024.100078
PMID:41189598
|
综述 | 回顾骨生物学发展历程并探讨前沿技术对骨生物学研究的推动作用 | 系统梳理骨生物学历史里程碑,强调多组学方法和人工智能等新兴技术的整合潜力 | NA | 探讨骨生物学发展历程与前沿技术的相互促进作用 | 骨组织生物学研究 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 多组学方法 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 62 | 2025-11-08 |
Multi-model analysis of gallbladder cancer reveals the role of OxLDL-absorbing neutrophils in promoting liver invasion
2024-May-31, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-024-00521-7
PMID:38822440
|
研究论文 | 通过多模型分析揭示胆囊癌中吸收氧化低密度脂蛋白的中性粒细胞在促进肝脏侵袭中的作用 | 发现通过细胞间接触诱导的OLR1介导的oxLDL吸收中性粒细胞亚群在胆囊癌肝侵袭中的促瘤作用 | NA | 研究胆囊癌肝侵袭的肿瘤微环境特征及中性粒细胞的作用机制 | 胆囊癌患者样本 | 单细胞分析 | 胆囊癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,蛋白质组学,多重免疫组化 | 多模型分析 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,蛋白质组数据,组织图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 63 | 2025-11-07 |
Spatiotemporal lineage tracing reveals the dynamic spatial architecture of tumor growth and metastasis
2024-Oct-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.21.619529
PMID:39484491
|
研究论文 | 本研究整合空间转录组学和谱系追踪技术,揭示了肺腺癌肿瘤生长和转移过程中的时空动态结构 | 首次将高分辨率空间转录组学与演化谱系追踪技术相结合,阐明肿瘤扩张、可塑性和转移与微环境重塑的协同演化关系 | 研究基于小鼠模型,结果向人类临床转化的适用性需要进一步验证 | 探究肿瘤进展过程中癌细胞与微环境相互作用的时空动态演化机制 | Kras驱动的肺腺癌小鼠模型 | 空间转录组学 | 肺腺癌 | 空间转录组学, 谱系追踪 | 小鼠模型 | 空间转录组数据, 谱系追踪数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞技术 | NA | NA |
| 64 | 2025-11-06 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.03.565463
PMID:37961672
|
研究论文 | 本文提出一种改进的条件变分自编码器方法,用于整合具有显著批次效应的单细胞RNA测序数据集 | 引入并比较多种正则化约束策略,提出结合VampPrior和循环一致性损失的新模型sysVI | 方法主要针对cVAE框架,对其他整合方法的适用性需要进一步验证 | 开发能够有效处理显著批次效应同时保留生物学变异的单细胞数据整合方法 | 单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器(cVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 65 | 2025-11-05 |
A second wave of Notch signaling diversifies the intestinal secretory lineage
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603542
PMID:39071399
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小肠中罕见分泌细胞CHEs的命运特化机制 | 发现Notch信号通路在分泌谱系中发生第二波激活以特化CHEs细胞群体 | CHEs细胞在大鼠和人类中存在但小鼠中缺失,限制了部分实验模型的适用性 | 探究小肠分泌细胞谱系多样化的分子机制 | 大鼠和人类小肠中的C FTR高表达细胞(CHEs) | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 66 | 2025-11-05 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
|
研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺,揭示了干燥综合征中特定腺泡细胞被靶向的机制 | 首次发现新型浆黏液腺泡细胞类型,并鉴定出GZMK+CD8+ T细胞特异性靶向其中一类腺泡细胞的免疫机制 | 未明确说明样本数量和技术平台的详细配置信息 | 解析干燥综合征的发病机制和细胞靶向特性 | 人类小唾液腺组织 | 数字病理学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 67 | 2025-11-03 |
Expression of novel androgen receptors in three GnRH neuron subtypes in the cichlid brain
2024-11, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.13429
PMID:38986626
|
研究论文 | 本研究通过多种技术方法揭示了慈鲷鱼脑中三种GnRH神经元亚型表达新型雄激素受体的特异性模式 | 首次在慈鲷鱼中明确区分了ar1和ar2基因在三种GnRH神经元亚型中的差异表达,揭示了GnRH1神经元存在遗传学上不同的亚型 | 研究仅针对A. burtoni物种,结果在其他硬骨鱼中的普适性需要进一步验证 | 探究雄激素受体基因在GnRH神经元中的特异性表达模式 | 慈鲷鱼(A. burtoni)脑中的三种GnRH神经元亚型(GnRH1、GnRH2、GnRH3) | 神经科学 | NA | 免疫组织化学, 原位杂交链式反应(HCR), 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 68 | 2025-11-03 |
In situ reprogramming of cardiac fibroblasts into cardiomyocytes in mouse heart with chemicals
2024-Nov, Acta pharmacologica Sinica
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41401-024-01308-6
PMID:38890526
|
研究论文 | 本研究通过化学混合物在小鼠心脏中原位将心脏成纤维细胞重编程为心肌细胞 | 首次在全心脏水平使用化学混合物CRFVPTM实现原位成纤维细胞向心肌细胞转分化,并采用组织透明化技术进行三维观察 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类中验证 | 探索化学诱导原位心脏成纤维细胞向心肌细胞转分化的可行性 | 小鼠心脏成纤维细胞 | 再生医学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 组织透明化技术, 3D成像 | NA | 基因表达数据, 图像数据 | 两种品系的基因示踪小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CUBIC组织透明化技术 |
| 69 | 2025-11-03 |
Establishment of a conditionally reprogrammed primary eccrine sweat gland culture for evaluation of tissue-specific CFTR function
2024-Nov, Journal of cystic fibrosis : official journal of the European Cystic Fibrosis Society
IF:5.4Q1
DOI:10.1016/j.jcf.2024.06.013
PMID:38969603
|
研究论文 | 建立条件性重编程的原代外泌汗腺培养体系,用于评估组织特异性CFTR功能 | 首次报道应用条件性重编程和单细胞RNA测序技术研究显微解剖的外泌汗腺 | 样本量有限,仅包含非CF供体和少数CF患者 | 表征外泌汗腺离子转运特性并评估CFTR调节剂疗效 | 外泌汗腺细胞和鼻上皮细胞 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序, 短路电流测量, 条件性重编程培养 | 原代细胞培养模型 | 基因表达数据, 电生理数据 | 非CF皮肤供体和两名CF患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2025-11-03 |
Macrophages in the infarcted heart acquire a fibrogenic phenotype, expressing matricellular proteins, but do not undergo fibroblast conversion
2024-Nov, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.07.010
PMID:39089570
|
研究论文 | 本研究通过谱系追踪和单细胞转录组学方法,揭示心肌梗死中巨噬细胞不会转化为成纤维细胞,但会表达促纤维化的基质细胞蛋白 | 首次结合谱系追踪和单细胞RNA测序技术,明确证明心肌梗死中的巨噬细胞不会转分化为成纤维细胞,同时发现其表达多种促纤维化基质蛋白的新功能 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究心肌梗死中巨噬细胞是否会发生成纤维细胞转化及其在细胞外基质表达中的作用 | 心肌梗死小鼠模型中的巨噬细胞和成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 谱系追踪,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 对照组和心肌梗死组小鼠的CSF1R+髓系细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2025-11-03 |
Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders
2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021
PMID:39098508
|
研究论文 | 通过空间转录组学揭示皮肤肉芽肿性疾病中免疫激活的空间组织模式 | 首次在皮肤肉芽肿性疾病中应用空间转录组学技术,揭示了不同类型疾病特有的空间组织化免疫激活模式 | 样本量有限,仅包含四种皮肤肉芽肿性疾病 | 理解皮肤肉芽肿性疾病的空间基因表达特征 | 皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死病和坏死性黄色肉芽肿患者组织样本 | 空间转录组学 | 皮肤肉芽肿性疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | CS、GA、NL、NXG病例组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 72 | 2025-11-03 |
Computational methods for allele-specific expression in single cells
2024-Nov, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2024.07.003
PMID:39127549
|
综述 | 本文综述了单细胞等位基因特异性表达数据的计算分析方法 | 系统梳理了单细胞ASE分析的计算方法,并强调了整合优化生物信息学流程的需求 | 作为综述文章,不包含原始实验数据和新方法开发 | 总结单细胞等位基因特异性表达分析的计算方法现状与未来方向 | 单细胞RNA测序数据中的等位基因特异性表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 73 | 2025-11-03 |
Spatial Transcriptomic Approach to Understanding Coronary Atherosclerotic Plaque Stability
2024-Nov, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320330
PMID:39234691
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学方法分析冠状动脉粥样硬化斑块的稳定性 | 首次将GeoMx空间分析平台与全转录组图谱结合,在保留细胞间信号的同时实现斑块细胞形态和空间分辨的转录组分析 | 样本量较小(每组5例患者),仅使用尸检来源的冠状动脉 | 研究稳定和不稳定斑块中血管微环境的分子特征 | 尸检获取的冠状动脉粥样硬化斑块 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 空间转录组学,空间反卷积分析 | NA | 空间转录组数据,组织形态学数据 | 10例患者(稳定斑块组5例,不稳定斑块组5例) | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx | GeoMx空间分析平台与全转录组图谱 |
| 74 | 2025-11-03 |
Hepatocellular carcinoma-specific epigenetic checkpoints bidirectionally regulate the antitumor immunity of CD4 + T cells
2024-Nov, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-024-01215-0
PMID:39300319
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研究论文 | 本研究揭示了MATR3作为肝细胞癌特异性表观遗传检查点,双向调节CD4+T细胞的抗肿瘤免疫 | 首次发现MATR3在肝细胞癌中作为表观遗传检查点,通过招募SWI/SNF复合物调节TOX启动子区域染色质状态,双向调控Tconv细胞的抗肿瘤免疫功能 | NA | 探索肝细胞癌中CD4+T细胞的表观遗传调控机制及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 肝细胞癌浸润的常规CD4+T细胞(Tconvs) | 表观遗传学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,体内外实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 75 | 2025-11-03 |
Localized ablative immunotherapy enhances antitumor immunity by modulating the transcriptome of tumor-infiltrating Gamma delta T cells
2024-Nov-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.217267
PMID:39307410
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析激光消融免疫疗法对肿瘤浸润γδT细胞转录组的调控作用 | 首次揭示LAIT疗法通过调节γδT细胞转录组增强抗肿瘤免疫的机制,发现LAIT独特地增加IL17-producing γδT细胞比例 | 研究仅在小鼠乳腺癌模型中进行,尚未在人体直接验证 | 探究激光消融免疫疗法对肿瘤浸润γδT细胞功能动态的影响 | 小鼠乳腺癌模型中的肿瘤浸润γδT细胞 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 对照组、PTT组、GC组和LAIT组的小鼠肿瘤样本 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 76 | 2025-11-03 |
Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339
PMID:39303666
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示甲氨蝶呤在系统性炎症下通过损害肺泡上皮细胞干性加重间质性肺病 | 首次在单细胞水平揭示甲氨蝶呤通过损害肺泡上皮细胞干性加重肺纤维化的机制 | 基于小鼠模型的研究结果需在人类患者中进一步验证 | 探究甲氨蝶呤和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病的影响 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 | 单细胞转录组学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 77 | 2025-11-02 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
|
研究论文 | 提出了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的矩量法框架工具Memento | 开发了可同时分析均值表达、变异性和基因相关性的稳健高效差异分析工具,可扩展至数百万细胞和数千样本 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中区分生物和技术变异源、评估细胞组间定量比较统计显著性的挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩量法框架 | 基因表达数据 | 70,000气管上皮细胞、160,000 CRISPR-Cas9扰动T细胞、120万外周血单核细胞、5000万细胞CELLxGENE数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 78 | 2025-11-02 |
STimage-1K4M: A histopathology image-gene expression dataset for spatial transcriptomics
2024-Jun-20, ArXiv
PMID:38947920
|
研究论文 | 介绍了一个名为STimage-1K4M的新型空间转录组学数据集,该数据集将组织病理学图像与基因表达数据相结合 | 首次提供了亚图像切片与高维基因表达数据的配对,实现了前所未有的数据粒度 | NA | 解决现有医学图像-文本数据集中文本描述过于概括、缺乏亚区域细节的问题 | 组织病理学图像和基因表达数据 | 计算病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像, 基因表达数据 | 1,149张图像,4,293,195对亚切片图像-基因表达配对 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2025-10-31 |
scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable genes from spatial transcriptomic data
2024-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.06.592851
PMID:38765956
|
研究论文 | 开发了一个名为scBSP的快速准确工具,用于从空间转录组数据中识别空间可变基因 | 实现了稀疏矩阵运算,显著提高了计算效率和内存使用,能在10秒内处理包含19,950个基因和181,367个点的高清空间转录组数据 | NA | 开发高效识别空间可变基因的计算工具 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 稀疏矩阵运算 | 空间转录组数据 | 19,950个基因,181,367个点,可达数百万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 80 | 2025-10-30 |
Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA
2024-Aug-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.08.607264
PMID:39149388
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研究论文 | 开发了一种无需超参数调优的广义对比主成分分析方法,用于比较高维数据集间的差异模式 | 提出了超参数自由的广义对比PCA方法,解决了传统对比PCA需要手动调参且无法对称比较两个实验条件的问题 | 论文未明确说明方法在极端高维情况下的计算效率限制或对特定数据分布的适用性限制 | 开发一种能够对称比较两个高维数据集的降维方法,提取条件特异性模式 | 高维生物数据,包括神经生理记录和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | II型糖尿病 | 单细胞RNA测序,神经生理记录分析 | 广义对比PCA | 高维生物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |