本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2026-07-04 |
Insulin-like growth factor 2 drives fibroblast-mediated tumor immunoevasion and confers resistance to immunotherapy
2024-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183366
PMID:39545420
|
研究论文 | 揭示胰岛素样生长因子2驱动成纤维细胞介导的肿瘤免疫逃逸并导致免疫治疗耐药性 | 首次揭示IGF2在免疫排斥肿瘤中主要由癌症相关成纤维细胞分泌,并通过CXCL12和PD-L1促进CAF与T细胞相互作用,证明IGF2缺陷可增强CD8+ T细胞浸润和细胞毒性 | 未明确说明 | 研究胰岛素样生长因子2在肿瘤免疫排斥和免疫治疗耐药中的作用机制 | 免疫排斥肿瘤中癌症相关成纤维细胞和T细胞 | 机器学习 | 泛癌种 | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | 不适用 | 空间和单细胞转录组数据 | 使用系统性或成纤维细胞特异性IGF2敲除小鼠模型 | 10x Genomics | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | 10x Visium、10x Chromium | 10x Visium用于空间转录组学,10x Chromium用于单细胞RNA测序 |
| 62 | 2026-07-04 |
Attenuated kidney oxidative metabolism in young adults with type 1 diabetes
2024-10-22, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183984
PMID:39436695
|
研究论文 | 本论文研究了1型糖尿病年轻成人中肾脏氧化代谢减弱及其与糖尿病肾病早期发展的关系 | 首次结合单细胞RNA测序、空间代谢组学与伪时间轨迹分析,揭示1型糖尿病患者肾近端小管细胞亚型转换与氧化代谢减弱的分子机制 | 样本量较小(T1D组30例,对照组20例),且未进行纵向随访验证因果关系 | 探究1型糖尿病中胰岛素敏感性下降是否通过改变肾脏氧化代谢促进糖尿病肾病发生 | 年轻1型糖尿病成人患者与健康对照者 | digital pathology | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,空间代谢组学,伪时间轨迹分析 | Slingshot算法 | 基因表达数据,代谢物空间分布数据 | 30例1型糖尿病年轻患者和20例健康对照者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间代谢组学 | NA | 使用11C-醋酸盐PET进行氧化代谢成像 |
| 63 | 2026-07-04 |
Evaluation of single-cell sorting accuracy using antibody-derived tag-based qPCR
2024-10, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24888
PMID:39132928
|
研究论文 | 开发了一种基于抗体衍生标签的qPCR方法,用于评估单细胞分选准确性 | 首次利用抗体衍生标签(ADTs)结合多路TaqMan qPCR来确认分选后单细胞的蛋白表达,从而验证单细胞分选准确性 | 未在标题和摘要中明确提及局限性 | 开发一种新型检测方法,以确认分选单细胞的蛋白表达,并评估单细胞分选准确性 | 分选后的单细胞及全细胞裂解液 | NA | NA | qPCR, 荧光激活细胞分选(FACS), 抗体衍生标签(ADTs) | NA | NA | NA | Thermo Fisher | NA | TaqMan | 多路TaqMan qPCR |
| 64 | 2026-07-04 |
CXCL8 secreted by immature granulocytes inhibits WT hematopoiesis in chronic myelomonocytic leukemia
2024-09-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI180738
PMID:39545419
|
研究论文 | 本研究探讨了未成熟粒细胞分泌的CXCL8抑制慢性粒单核细胞白血病中正常造血干细胞增殖的机制 | 首次发现未成熟粒细胞通过分泌CXCL8选择性抑制正常造血干细胞,而白血病干细胞因下调CXCL8受体得以逃逸,并证明阻断CXCL8可恢复正常造血 | 未提及具体局限性,但需进一步验证CXCL8靶向治疗的临床可行性 | 阐明未成熟粒细胞在CMML进展中的炎症作用及其对正常造血的抑制机制 | 慢性粒单核细胞白血病患者的未成熟粒细胞、正常和白血病造血干细胞与祖细胞 | 数字病理学, 机器学习 | 慢性粒单核细胞白血病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 65 | 2026-07-04 |
Points2Regions: Fast, interactive clustering of imaging-based spatial transcriptomics data
2024-09, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24884
PMID:38958502
|
研究论文 | 介绍了一种用于成像空间转录组学数据快速交互聚类的工具Points2Regions | 通过将mRNA点栅格化到金字塔网格上进行快速特征提取,并结合层次聚类和K-means聚类实现高效的多尺度区域发现,无需依赖分割细胞等补充数据 | 未明确提及局限性,可能包括对真实数据集的验证有限或需要进一步评估不同实验条件下的性能 | 开发一种快速交互式的计算工具,用于识别成像空间转录组学数据中具有相似mRNA组成区域,支持多尺度分析 | 成像空间转录组学数据中的mRNA空间点数据 | 数字病理学 | NA | 成像空间转录组学 | 层次聚类和K-means聚类 | 图像 | 两个模拟数据集和多个真实世界数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 66 | 2026-07-04 |
Impact of different tissue dissociation protocols on endothelial cell recovery from developing mouse lungs
2024-07, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.24843
PMID:38668123
|
研究论文 | 评估不同组织解离方案对从发育中小鼠肺中回收内皮细胞的影响 | 首次系统比较胶原酶A和分散酶两种酶解方法对幼年和成年小鼠肺内皮细胞回收效率及亚型组成的影响,并利用单细胞RNA-Seq揭示不同方法导致的细胞亚型偏差 | 仅限于小鼠肺组织,未涉及其他组织或物种;未深入探讨酶解对细胞功能的影响 | 比较不同组织解离方案对内皮细胞回收效率及亚型组成的影响 | 幼年和成年小鼠肺组织中的内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠肺组织样本(幼年和成年) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 67 | 2026-07-04 |
Advances in preclinical assessment of therapeutic targets for bladder cancer precision medicine
2024-07-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001177
PMID:38602053
|
综述 | 综述膀胱癌精准医学治疗靶点的临床前评估进展 | 重点介绍了抗体-药物偶联物(ADC)联合免疫疗法、单细胞RNA测序技术及功能精准医学等新策略在膀胱癌靶向治疗中的应用 | 未提及具体临床验证数据及治疗方案的长期效果评估 | 旨在改善膀胱癌患者个体化治疗和疗效 | 膀胱癌患者 | 机器学学习 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 68 | 2026-07-04 |
Recent contributions of single-cell and spatial profiling to the understanding of bladder cancer
2024-07-01, Current opinion in urology
IF:2.1Q2
DOI:10.1097/MOU.0000000000001183
PMID:38650456
|
综述 | 总结了单细胞和空间组学方法在理解膀胱癌生物学方面的最新进展及其对开发新型治疗策略的潜在影响 | 整合单细胞RNA测序与空间组学技术,以前所未有的分辨率揭示膀胱癌肿瘤微环境、异质性、癌症干细胞性和细胞可塑性 | 将研究成果转化为临床实践和实施个性化治疗策略仍面临挑战 | 探讨单细胞和空间组学技术对膀胱癌生物学理解的贡献及对治疗方案的影响 | 膀胱癌肿瘤微环境中的恶性细胞亚群、免疫细胞、癌症相关成纤维细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 空间组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Visium | NA |
| 69 | 2026-07-04 |
Comprehensive single-cell atlas of the mouse retina
2024-Jun-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109916
PMID:38812536
|
研究论文 | 生成了迄今最大规模的小鼠视网膜单细胞RNA测序数据集,并整合公共数据构建了涵盖12个主要类别和138种细胞类型的小鼠视网膜细胞图谱(MRCA) | 通过抗体介导的磁珠分选富集稀有细胞群体,生成了约190,000个单细胞的最大视网膜scRNA-seq数据集,并整合公共数据构建了包含330,000个细胞、138种细胞类型的综合图谱,发现新细胞类型并提供了公共访问资源 | 未提及具体局限性 | 构建全面的小鼠视网膜单细胞基因表达图谱,填补现有数据集的局限性 | C57BL/6J小鼠视网膜细胞 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞基因表达数据 | 约190,000个单细胞(来自C57BL/6J小鼠视网膜),整合后超过330,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 70 | 2026-07-04 |
Silencing XIST on the future active X: Searching human and bovine preimplantation embryos for the repressor
2024-04, European journal of human genetics : EJHG
IF:3.7Q2
DOI:10.1038/s41431-022-01115-9
PMID:35585273
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和qRT-PCR技术,研究人类和牛胚胎着床前XIST基因在活性X染色体上的沉默机制 | 首次在人类和牛胚胎中系统检测了XIST在活性X染色体上的表达时间,并确定了DNMT1、UHRF1、SAFB和SAFB2在XIST抑制中的潜在作用 | 仅分析了人类和牛胚胎着床前的特定阶段,未涉及其他哺乳动物或更广泛的发育时期 | 探索活性X染色体免受XIST介导失活的保护机制 | 人类和牛着床前胚胎中XIST的表达调控机制 | 基因表达调控 | NA | 单细胞RNA测序、qRT-PCR | NA | 单细胞转录组数据、基因表达数据 | 人类胚胎和牛胚胎的多个发育阶段(4-8细胞期、桑椹胚期、早期囊胚期) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 71 | 2026-07-03 |
Side- and Disease-Dependent Changes in Human Aortic Valve Cell Population and Transcriptomic Heterogeneity Determined by Single-Cell RNA Sequencing
2024-12-19, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes15121623
PMID:39766890
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类主动脉瓣膜细胞群体和转录组异质性在侧别和疾病依赖性上的变化 | 首次通过单细胞RNA测序独立分析纤维层和心室层的内皮细胞,发现侧别依赖的细胞亚型和转录因子(如AP-1家族)在病变中的差异表达 | 样本量较小(仅5名供体),缺乏对非编码RNA或表观遗传调控的深入分析 | 探究钙化性主动脉瓣疾病在纤维层优先发展的细胞和分子机制 | 人类主动脉瓣膜的纤维层和心室层内皮细胞、间质细胞及免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5名供体的主动脉瓣膜样本,包含82,356个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 72 | 2026-07-03 |
Optimizing CAR-T cell Culture: Differential effects of IL-2, IL-12, and IL-21 on CAR-T cells
2024-12, Cytokine
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.cyto.2024.156758
PMID:39299100
|
research paper | 研究了IL-2、IL-12和IL-21对CAR-T细胞培养的影响,发现IL-21可防止细胞衰老和耗竭 | 首次通过scRNA-seq系统比较三种细胞因子对CAR-T细胞转录组、表观遗传、代谢及衰老状态的不同影响,揭示IL-21的独特保护作用 | 未提及具体样本量和体内验证实验 | 优化CAR-T细胞培养条件,确定最有效的细胞因子组合 | 经不同细胞因子(IL-2、IL-12、IL-21)和抗原处理的CAR-T细胞 | machine learning, 数字病理学 | 血液恶性肿瘤, 实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3'测序 |
| 73 | 2026-07-03 |
Lung Tissue Multilayer Network Analysis Uncovers the Molecular Heterogeneity of Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2024-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202303-0500OC
PMID:38626356
|
研究论文 | 利用新型多层网络分析方法整合COPD患者肺组织的mRNA、microRNA和甲基化组数据,揭示了与临床特征相关的分子异质性 | 首次采用多层网络模型整合多组学数据识别COPD患者亚群,并结合空间转录组学验证不同亚群的小气道分子差异 | 样本仅限于既往吸烟的COPD患者,可能无法代表所有COPD亚型;需在更大独立队列中验证结果 | 通过无偏整合多组学数据揭示COPD的分子异质性及其与临床特征的关系 | 135名既往吸烟的COPD患者的肺组织样本 | 机器学习 | 慢性阻塞性肺疾病 | mRNA测序、microRNA测序、甲基化测序、空间转录组学 | 多层网络优化、机器学习分类器 | 基因表达、microRNA表达、甲基化数据、空间转录组学数据 | 135名COPD患者(主队列)及独立验证队列 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 74 | 2026-07-03 |
SpottedPy quantifies relationships between spatial transcriptomic hotspots and uncovers environmental cues of epithelial-mesenchymal plasticity in breast cancer
2024-11-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03428-y
PMID:39529126
|
研究论文 | SpottedPy量化空间转录组热点关系并揭示乳腺癌上皮-间质可塑性的环境线索 | 开发了Python包SpottedPy,用于识别肿瘤热点并绘制癌症生态系统内的空间相互作用,为探索组织内异质性提供了灵活的工具 | 未提及 | 量化空间转录组热点关系并揭示肿瘤微环境动态 | 乳腺癌肿瘤热点及上皮-间质可塑性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 75 | 2026-07-03 |
IAMSAM: image-based analysis of molecular signatures using the Segment Anything Model
2024-11-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03380-x
PMID:39529142
|
研究论文 | IAMSAM是一个基于网页的工具,利用Segment Anything Model分析空间转录组学数据,专注于形态学特征 | 首次将Segment Anything Model应用于空间转录组学图像分割,实现基于形态学特征的半自动感兴趣区域选择,并整合下游分析功能 | 未提及 | 开发用户友好的工具,用于空间转录组学数据的形态学特征分析和解释 | 空间转录组学数据中的组织图像和基因表达信息 | 计算机视觉,数字病理学 | 不适用 | 空间转录组学 | Segment Anything Model(SAM) | 图像,基因表达数据 | 不适用 | 不适用 | 空间转录组学 | 不适用 | 不适用 |
| 76 | 2026-07-03 |
Adenine base editors induce off-target structure variations in mouse embryos and primary human T cells
2024-11-11, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03434-0
PMID:39529170
|
研究论文 | 本研究通过全基因组测序和单细胞RNA-seq分析,探讨了腺嘌呤碱基编辑器在小鼠胚胎和原代人T细胞中诱导脱靶结构变异的情况 | 首次发现腺嘌呤碱基编辑器在小鼠胚胎和原代人T细胞中诱导脱靶结构变异,且脱靶现象在多种细胞类型中普遍存在 | 未对脱靶结构变异的具体分子机制进行深入探讨,且高保真ABE变体的长期安全性仍需进一步验证 | 评估CRISPR/Cas9、腺嘌呤碱基编辑器和胞嘧啶碱基编辑器在基因编辑中的脱靶结构变异风险 | 小鼠胚胎和原代人T细胞 | 机器学习 | NA | 全基因组测序,单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据,转录组数据 | 涉及小鼠胚胎和原代人T细胞,具体数量未在摘要中说明 | 10x Genomics, Illumina | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium, Illumina NovaSeq | 10x Chromium单细胞RNA-seq,Illumina NovaSeq全基因组测序 |
| 77 | 2026-07-03 |
scDOT: optimal transport for mapping senescent cells in spatial transcriptomics
2024-11-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03426-0
PMID:39516853
|
研究论文 | scDOT利用最优传输将空间转录组数据和单细胞RNA测序数据结合,以构建单细胞分辨率的空间图谱并识别衰老细胞 | 提出scDOT方法,整合最优传输与表达解卷积技术,学习细胞与空间点之间的非线性耦合,用于推断细胞位置 | 未明确提及 | 提高空间转录组数据的单细胞分辨率,识别衰老细胞及其空间组织 | 肺空间转录组数据中的衰老细胞及其邻近细胞 | 计算机视觉 | 肺部疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 78 | 2026-07-03 |
GraphPCA: a fast and interpretable dimension reduction algorithm for spatial transcriptomics data
2024-11-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03429-x
PMID:39511664
|
研究论文 | 提出GraphPCA算法,一种用于空间转录组数据快速可解释降维的准线性方法 | 结合图正则化和主成分分析,开发出可解释且高效的准线性降维算法 | 未明确说明局限 | 解决空间转录组数据高维度和噪声问题,提升下游分析性能 | 模拟和多种平台生成的多分辨率空间转录组数据集 | 机器学习 | NA | 空间转录组测序 | 图正则化PCA | 基因表达数据 | 模拟及多平台多分辨率空间转录组数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 79 | 2026-07-03 |
Genomic insights into the contribution of de novo lipogenesis to intramuscular fat deposition in chicken
2024-11, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2023.12.003
PMID:38065407
|
研究论文 | 通过基因组学揭示从头脂肪生成对鸡肌内脂肪沉积的贡献 | 首次通过大规模基因组分析和单细胞RNA测序证实从头脂肪生成是鸡肌内脂肪沉积的重要途径,并鉴定FASN基因为关键调控基因 | 样本仅限于特定品种和性别,可能不能代表所有鸡品种;肌内脂肪沉积的完整调控机制仍有待进一步阐明 | 阐明鸡肌内脂肪沉积的调控机制,为改善鸡肉品质提供策略 | 516只黄羽鸡和3只63日龄雌性JXY鸡的胸肌组织 | 基因组学 | NA | 全基因组重测序、单细胞RNA测序、转录组测序、13C同位素示踪 | NA | 基因组序列、转录组数据、同位素示踪数据 | 516只鸡(全基因组重测序)、3只鸡(单细胞RNA测序)、JXY鸡不同发育阶段胸肌组织(转录组测序) | Illumina | 全基因组测序、单细胞RNA测序、转录组测序 | Illumina NovaSeq | 全基因组重测序、单细胞RNA测序、转录组测序 |
| 80 | 2026-07-03 |
Unveiling the dynamics and molecular landscape of a rare chronic lymphocytic leukemia subpopulation driving refractoriness: insights from single-cell RNA sequencing
2024-10, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13663
PMID:38770541
|
research paper | 利用单细胞RNA测序揭示慢性淋巴细胞白血病罕见亚群动力学及其驱动耐药性的分子特征 | 首次在治疗前阶段追踪到高基因组复杂度的耐药细胞亚群,并通过单细胞RNA测序表征其B细胞去分化特征 | 仅基于单一患者样本,结论普适性需更大规模队列验证 | 早期识别耐药癌细胞并解析其克隆演化与分子机制 | 慢性淋巴细胞白血病患者疾病进展与治疗反应过程中细胞亚群动态 | 单细胞基因组学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序, 批量基因组分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 1例慢性淋巴细胞白血病患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |