单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2025-07-04	TLR8 agonist selgantolimod regulates Kupffer cell differentiation status and impairs HBV entry into hepatocytes via an IL-6-dependent mechanism 2024-Nov-11, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331396 PMID:38697771	研究论文	研究TLR8激动剂selgantolimod通过IL-6依赖机制调节Kupffer细胞分化状态并抑制HBV进入肝细胞的作用	揭示了selgantolimod通过调节Kupffer细胞转录组和细胞间通讯，间接抑制HBV进入肝细胞的新机制	研究主要基于体外实验和转录组数据分析，需要更多体内实验验证	阐明selgantolimod在肝脏微环境中的免疫调节作用和对HBV感染的抑制机制	Kupffer细胞、肝细胞和HBV病毒	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞RNA-seq、RNA-seq	NA	转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用了公开的单细胞RNA-seq数据和实验模型
62	2025-07-04	BDNF augmentation reverses cranial radiation therapy-induced cognitive decline and neurodegenerative consequences 2024-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.23.614590 PMID:39386496	研究论文	研究探讨了利鲁唑（RZ）通过增加BDNF水平逆转颅脑放疗引起的认知功能下降和神经退行性后果的潜力	首次在颅脑放疗小鼠模型中验证了RZ通过提升BDNF水平改善认知功能及神经保护作用，并采用空间转录组学揭示其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证效果	探索缓解颅脑放疗引起的认知功能障碍（RICD）的治疗方法	接受颅脑放疗的成年小鼠	神经科学	脑癌	空间转录组学分析、双免疫荧光染色、生化评估	小鼠颅脑放疗模型	基因表达数据、行为学数据、蛋白质水平数据	未明确说明小鼠数量，实验组包括RT+Veh和RT+RZ组
63	2025-07-04	Validation of an organ mapping antibody panel for cyclical immunofluorescence microscopy on normal human kidneys 2024-Jul-01, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00426.2023 PMID:38721662	研究论文	本文通过标准化方法验证了一组抗体，用于在人类肾脏中通过免疫荧光显微镜识别18种主要细胞类型和5种细胞外基质区室	开发了一种用于二维和三维循环免疫荧光(CyCIF)的器官映射抗体面板，提供了比标准荧光显微镜更详细的组织分割和体积评估方法	NA	解决抗体验证标准化不足导致的人类研究不可重复性问题	正常人肾脏组织	数字病理学	NA	循环免疫荧光显微镜(CyCIF)	NA	图像	NA
64	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-27, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4536158/v1 PMID:38978567	研究论文	本文介绍了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据即可识别细胞类型和状态	开发了TACIT算法，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	算法在泛化性方面可能存在挑战，因为细胞、邻域和生态位在健康和疾病中存在变异性	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的耗时和易错问题	细胞类型和状态	空间生物学	炎症性腺体疾病	多组学分析、空间转录组学和蛋白质组学	无监督算法	多组学数据	5个数据集（5,000,000个细胞；51种细胞类型）
65	2025-07-04	Spatial Deconvolution of Cell Types and Cell States at Scale Utilizing TACIT 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596861 PMID:38895230	research paper	开发了一种名为TACIT的无监督算法，用于细胞注释，无需训练数据，通过无偏阈值区分阳性细胞与背景，专注于相关标记以识别多组学分析中的模糊细胞	TACIT算法在无需训练数据的情况下，通过无偏阈值和专注于相关标记的方法，提高了细胞类型和状态识别的准确性和可扩展性	虽然TACIT在多个数据集中表现优异，但其在更广泛的组织类型和疾病模型中的通用性尚未验证	解决空间生物学中细胞类型和状态识别的时间消耗和易出错问题	细胞类型和状态	spatial biology	inflammatory gland diseases	spatial transcriptomics and proteomics	unsupervised algorithm	multiomic assays	5,000,000 cells; 51 cell types from three niches (brain, intestine, gland)
66	2025-07-04	Targeting ARNT attenuates chemoresistance through destabilizing p38α-MAPK signaling in glioblastoma 2024-05-28, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06735-1 PMID:38806469	研究论文	本研究探讨了芳烃受体核转位子（ARNT）在胶质母细胞瘤（GBM）发病机制中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	揭示了ARNT通过激活p38 MAPK信号通路促进GBM化疗耐药的新机制，并发现通过干扰ARNT/p38α蛋白相互作用可恢复替莫唑胺敏感性	研究主要基于体外实验和公共数据集分析，缺乏体内实验验证	探究ARNT在GBM发病机制中的作用及其作为治疗靶点的潜力	胶质母细胞瘤组织和细胞系	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	慢病毒shRNA沉默、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	公共数据集中的GBM组织样本和体外培养的GBM细胞系
67	2025-07-04	Cannabidiol protects against acute aortic dissection by inhibiting macrophage infiltration and PMAIP1-induced vascular smooth muscle cell apoptosis 2024-04, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.02.006 PMID:38387723	研究论文	本研究探讨了大麻二酚（CBD）在急性主动脉夹层（AAD）中的治疗作用及其机制	揭示了CBD通过抑制巨噬细胞浸润和PMAIP1诱导的血管平滑肌细胞凋亡来保护AAD的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床应用的直接证据尚不充分	探索CBD对AAD的治疗效果及其分子机制	小鼠AAD模型和人类主动脉血管平滑肌细胞（HAVSMCs）	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、批量RNA测序	小鼠AAD模型	RNA测序数据、病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠模型和人类AAD样本
68	2025-07-03	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制，发现特定的NKT细胞与良好的神经预后相关	首次发现多样NKT细胞（dNKT）在心脏骤停后神经保护中的作用，并验证了硫酸酯脂质治疗可改善神经功能	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制及潜在治疗靶点	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	临床样本数据和小鼠实验数据	大型OHCA患者队列和实验小鼠
69	2025-07-03	Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells 2024-11-27, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666 PMID:39602512	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，构建了儿童期狼疮性肾炎(cLN)肾脏组织的单细胞分辨率空间图谱，揭示了肾脏基质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用	首次在单细胞分辨率下结合空间信息解析cLN肾脏组织的细胞互作网络，发现了免疫细胞的特异性定位模式以及空间相关的基因表达模块	样本量较小(8例患者和4例对照)，且单个肾小球转录特征与组织学评分相关性较低	解析儿童期狼疮性肾炎的免疫发病机制	狼疮性肾炎患者的肾脏组织	数字病理学	狼疮性肾炎	空间转录组学	NA	空间转录组数据	8例cLN患者和4例对照个体的肾脏组织样本
70	2025-07-03	Monoclonal antibodies that block Roundabout 1 and 2 signaling target pathological ocular neovascularization through myeloid cells 2024-11-20, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn8388 PMID:39565875	研究论文	研究开发了针对ROBO1和ROBO2的单克隆抗体，用于阻断SLIT-ROBO信号通路，以治疗病理性眼血管新生	首次开发出能够阻断ROBO1和ROBO2信号传导的人源单克隆抗体，并证实其通过调节髓系细胞功能来减轻病理性眼血管新生	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	开发针对病理性眼血管新生的新型治疗策略	ROBO1和ROBO2受体及其信号通路	生物医学	眼科疾病	单克隆抗体开发、单细胞RNA测序	氧诱导视网膜病变(OIR)和激光诱导角膜新生血管(CNV)小鼠模型	基因表达数据、病理学数据	小鼠模型（具体数量未说明）
71	2025-07-03	Molecular pathology, developmental changes and synaptic dysfunction in (pre-) symptomatic human C9ORF72-ALS/FTD cerebral organoids 2024-09-18, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-024-01857-1 PMID:39289761	研究论文	研究通过iPSC衍生的脑类器官模型，揭示了C9ORF72基因六核苷酸重复扩增（HRE）导致的肌萎缩侧索硬化症（ALS）和额颞叶痴呆（FTD）的早期分子病理和突触功能障碍	首次在3D人脑类器官模型中揭示了C9-ALS/FTD的早期分子病理和突触功能障碍，包括细胞类型丰度和分布的变化	研究样本量有限，且类器官模型可能无法完全模拟人脑的复杂性	理解C9ORF72-HRE导致的ALS和FTD的早期病理机制	C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的iPSC衍生的脑类器官	分子病理学	肌萎缩侧索硬化症, 额颞叶痴呆	iPSC衍生技术, 单细胞RNA测序, 膜片钳电生理学	脑类器官模型	分子和细胞数据, 电生理数据	C9-ALS/FTD患者、无症状C9ORF72-HRE携带者和对照组的脑类器官
72	2025-07-03	Spatial transcriptomic analysis of adult hippocampal neurogenesis in the human brain 2024 Sep-Oct, Journal of psychiatry & neuroscience : JPN IF:4.1Q1 DOI:10.1503/jpn.240026 PMID:39414359	研究论文	通过空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，评估了人类死后海马样本中的成人海马神经发生现象	结合空间转录组学和多重荧光原位杂交技术，首次在人类死后海马样本中评估成人海马神经发生的存在	样本量小且仅包括男性样本	评估人类成人海马神经发生的存在及其特征	人类死后齿状回（DG）样本	神经科学	NA	空间转录组学, 多重荧光原位杂交	NA	空间转录组数据, 荧光原位杂交图像	婴儿（n = 1, 2岁）, 青少年（n = 1, 16岁）, 年轻成人（n = 2, 平均23.5岁）, 中年（n = 2, 平均42.5岁）, 以及固定冷冻的中年男性DG组织（n = 6, 平均43.5岁）
73	2025-07-03	Microglia-specific IL-10 gene delivery inhibits neuroinflammation and neurodegeneration in a mouse model of Parkinson's disease 2024-08-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adm8563 PMID:39167665	研究论文	本研究探讨了在小鼠帕金森病模型中，通过小胶质细胞特异性递送IL-10基因抑制神经炎症和神经退行性变的治疗效果	揭示了IL-10通过诱导小胶质细胞新状态增强吞噬和清除活性，并调节T淋巴细胞分化，为帕金森病治疗提供了新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证其安全性和有效性	探索通过调节神经炎症来保护多巴胺能神经元的新治疗方法	帕金森病小鼠模型中的小胶质细胞和多巴胺能神经元	神经科学	帕金森病	病毒基因递送技术、单细胞转录组学	小鼠帕金森病模型	基因表达数据、细胞表型数据	多个常用帕金森病小鼠模型
74	2025-07-03	Natural killer cells promote neutrophil extracellular traps and restrain macular degeneration in mice 2024-08-14, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi6626 PMID:39141700	研究论文	研究发现自然杀伤细胞（NK细胞）通过促进中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）的形成来抑制小鼠模型中的黄斑变性	首次揭示了NK细胞在nvAMD中的保护作用及其通过CCR5和NKG2D的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据有限	探究自然杀伤细胞在新生血管性年龄相关性黄斑变性（nvAMD）中的作用机制	自然杀伤细胞（NK细胞）、中性粒细胞胞外诱捕网（NETs）、小鼠模型和人类样本	免疫学	黄斑变性	Olink蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、基因敲除研究	小鼠模型	蛋白质组数据、RNA测序数据	小鼠模型和有限的人类供体样本
75	2025-07-03	Comparative single-cell analysis reveals IFN-γ as a driver of respiratory sequelae after acute COVID-19 2024-07-17, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn0136 PMID:39018367	研究论文	通过比较临床样本和动物模型的单细胞RNA测序数据，揭示了IFN-γ在急性COVID-19后呼吸道后遗症中的关键作用	首次在人类和小鼠模型中比较了呼吸道PASC的单细胞RNA测序数据，并确定了IFN-γ作为免疫异常的关键节点	研究主要基于呼吸道样本，可能无法完全代表其他器官系统的PASC症状	理解SARS-CoV-2感染后急性后遗症(PASC)的病因学	临床PASC样本和小鼠PASC模型	免疫学	COVID-19后遗症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	临床PASC样本和小鼠模型样本（具体数量未提及）
76	2025-07-03	Control of goal-directed and inflexible actions by dorsal striatal melanocortin systems, in coordination with the central nucleus of the amygdala 2024-Jul, Progress in neurobiology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.pneurobio.2024.102629 PMID:38763506	研究论文	研究揭示了背侧纹状体中表达黑素皮质素-4受体（MC4R）的多巴胺D1受体神经元在控制小鼠基于奖励可能性的行为灵活性中的作用	发现MC4R+神经元通过抑制背侧纹状体中的即刻早期基因水平来调控行为灵活性，并揭示了其与杏仁核中央核的功能性连接	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究背侧纹状体中MC4R在调控目标导向行为和刻板行为中的作用机制	小鼠的背侧纹状体和杏仁核中央核	神经科学	NA	空间转录组学分析、行为实验	NA	基因表达数据、行为数据	NA
77	2025-07-03	Wnt Signaling Inhibition Prevents Postnatal Inflammation and Disease Progression in Mouse Congenital Myxomatous Valve Disease 2024-07, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320388 PMID:38660802	研究论文	本研究探讨了Wnt信号通路在小鼠先天性黏液瘤性瓣膜病（MVD）中的作用及其作为早期治疗靶点的潜力	首次揭示了Wnt信号通路在MVD起始阶段的关键作用，并证明早期抑制Wnt信号可阻止疾病发展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明Wnt信号通路在MVD发病机制中的作用并探索潜在治疗策略	携带Fbn1C1039G/+基因变异的Marfan综合征小鼠模型	心血管疾病	先天性黏液瘤性瓣膜病	单细胞RNA测序，TCF/Lef-lacZ报告基因系统，免疫荧光	小鼠遗传模型	基因表达数据，组织学图像	野生型和Fbn1C1039G/+小鼠的瓣膜组织
78	2025-07-03	Salivary Gland Tissue Recombination Can Modify Cell Fate 2024-07, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241247484 PMID:38715201	研究论文	通过单细胞RNA测序和成像分析，研究胚胎小鼠唾液腺组织中间质和上皮重组对细胞命运的影响	首次全面无偏地分子表征了组织重组方法在探索细胞命运调控中的作用，并发现了双向诱导的证据	研究仅限于小鼠胚胎唾液腺组织，未涉及其他器官或发育阶段	阐明组织相互作用在细胞分化中的具体作用	胚胎小鼠的腮腺（浆液腺）和颌下腺（主要为粘液腺）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、成像分析	NA	基因表达数据、图像数据	胚胎小鼠唾液腺组织
79	2025-07-03	Similarity Network Analysis of the Adaptive Immune Response in the Proximal Airway 2024-Jul, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.31376 PMID:38450771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和相似性网络分析，探讨了特发性声门下狭窄（iSGS）患者近端气道黏膜中适应性免疫反应的T细胞克隆分布及其抗原靶点	首次揭示了健康气道黏膜中T细胞克隆在多个解剖亚位点的高度保守性，以及iSGS患者疤痕组织中低频率克隆共享抗原靶点的现象	样本量相对较小（iSGS患者32例，健康对照10例），且仅针对特发性声门下狭窄这一特定疾病	探究近端气道黏膜中适应性免疫反应的T细胞克隆分布及其抗原靶点	特发性声门下狭窄患者（iSGS）和健康对照者的气道黏膜组织	免疫学	特发性声门下狭窄	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）序列分析，GLIPH2算法	NA	RNA测序数据	iSGS患者32例，健康对照10例
80	2025-07-03	Non-canonical Wnt pathway expression in the developing mouse and human retina 2024-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.109947 PMID:38815793	研究论文	本研究通过分析小鼠和人类视网膜以及人类视网膜类器官的单细胞RNA测序数据，探讨了非经典Wnt通路在视网膜发育和突触形成中的作用	发现了小鼠和人类FZD3和WNT10A的差异表达模式，以及在小鼠Chat星爆无长突细胞中未描述的Wnt2b表达	研究主要依赖于公开可用的单细胞RNA测序数据，可能受限于数据的质量和覆盖范围	探讨非经典Wnt通路在小鼠和人类视网膜发育及突触形成中的作用	小鼠视网膜、人类视网膜和人类视网膜类器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNAseq)、荧光原位杂交(FISH)	NA	RNA测序数据、图像数据	多个发育时间点的小鼠视网膜、人类视网膜和人类视网膜类器官数据