单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
761	2025-05-04	Exploring the shared mechanism of fatigue between systemic lupus erythematosus and myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome: monocytic dysregulation and drug repurposing 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1440922 PMID:39845969	研究论文	探索系统性红斑狼疮(SLE)和肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)之间疲劳的共同机制，包括单核细胞失调和药物再利用	首次识别了SLE和ME/CFS共有的58个重叠基因，并确定了5个关键靶点(IL1β、CCL2、TLR2、STAT1、IFIH1)，发现这些靶点在单核细胞中富集，并通过RT-qPCR验证了在激活的单核细胞中的上调表达	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索SLE和ME/CFS中疲劳的共同机制并预测潜在治疗药物	系统性红斑狼疮(SLE)和肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征(ME/CFS)	生物信息学	自身免疫性疾病/神经系统疾病	生物信息学分析(GO、KEGG、PPI网络构建)、单细胞聚类、RT-qPCR、分子对接	THP-1细胞炎症模型	基因表达数据	NA
762	2025-05-04	Exploring the role of metabolic pathways in TNBC immunotherapy: insights from single-cell and spatial transcriptomics 2024, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2024.1528248 PMID:39850483	review	本文综述了三阴性乳腺癌（TNBC）中代谢途径与免疫功能之间的相互作用，强调了单细胞和空间转录组学技术的最新进展	探讨了代谢重编程在调节免疫细胞功能中的关键作用，并提出了针对代谢途径的策略可能增强免疫检查点抑制剂（ICI）治疗的响应性	NA	研究TNBC中代谢途径与免疫功能的相互作用及其对免疫治疗的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的免疫细胞	digital pathology	breast cancer	single-cell transcriptomics, spatial transcriptomics	NA	transcriptomics data	NA
763	2025-05-04	Integrated single-cell RNA sequencing reveals the tumor heterogeneity and microenvironment landscape during liver metastasis in adenocarcinoma of esophagogastric junction 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1484234 PMID:39850884	research paper	利用单细胞RNA测序技术揭示食管胃结合部腺癌肝转移过程中的肿瘤异质性和微环境景观	首次在AEGJ肝转移中鉴定出一种特定的成纤维细胞类型，并发现SFRP2基因在周细胞中的高表达可能通过Wnt通路影响血管稳定性和血管生成	样本量较小，未进行功能验证实验	探究食管胃结合部腺癌肝转移的细胞和分子机制	食管胃结合部腺癌肝转移患者的肿瘤组织和微环境	digital pathology	esophagogastric junction adenocarcinoma	single-cell RNA sequencing, immunofluorescence staining	NA	RNA-seq data, immunofluorescence images	AEGJ肝转移患者样本（具体数量未明确说明）
764	2025-05-04	Combining single-cell analysis and molecular docking techniques to construct a prognostic model for colon adenocarcinoma and uncovering inhibin subunit βb as a novel therapeutic target 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1524560 PMID:39850875	研究论文	结合单细胞分析和分子对接技术构建结肠腺癌预后模型，并揭示抑制素亚基βb作为新型治疗靶点	首次结合单细胞RNA测序数据和分子对接技术，构建基于失巢凋亡相关基因的结肠腺癌预后模型，并发现INHBB作为潜在治疗靶点	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验	探索失巢凋亡与结肠腺癌的生物学联系及其在肿瘤进展中的机制，寻找新的治疗靶点	结肠腺癌患者和细胞系	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序、分子对接、基因敲除	Cox比例风险模型、Lasso回归	转录组数据、临床信息	TCGA和GEO数据库中的结肠腺癌患者数据
765	2025-05-04	Integrated single-cell and bulk transcriptome analysis of R-loop score-based signature with regard to immune microenvironment, lipid metabolism and prognosis in HCC 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1487372 PMID:39850878	research paper	该研究通过整合单细胞和批量转录组分析，构建了一个基于R-loop评分的特征模型，以探索其在HCC免疫微环境、脂质代谢和预后中的作用	首次构建了基于R-loop评分的特征模型，揭示了R-loop调节基因（RLRGs）与HBV感染、脂质代谢及HCC进展的关系，并发现CLTC作为潜在的治疗靶点	研究主要基于转录组数据，缺乏对R-loop形成和功能机制的深入实验验证	探索R-loop在HCC进展中的作用，并构建预后风险模型以识别潜在治疗靶点	HCC患者的单细胞和批量转录组数据，以及体外和体内实验验证	digital pathology	hepatocellular carcinoma	scRNA-seq, WGCNA分析	预后风险模型	转录组数据	来自GSE149614和CRA002308的HCC患者数据，以及TCGA数据库的数据
766	2025-05-04	Macrophage heterogeneity and oncogenic mechanisms in lung adenocarcinoma: insights from scRNA-seq analysis and predictive modeling 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1491872 PMID:39850883	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析探索了肺腺癌中巨噬细胞的异质性及其潜在的致癌机制，并基于巨噬细胞相关基因构建了一个预后模型	揭示了巨噬细胞亚群的复杂性及其在肺腺癌中的潜在致癌作用，构建了一个基于巨噬细胞标记基因的预后模型，并验证了其在预测预后和免疫治疗效果方面的有效性	研究主要依赖于TCGA数据，可能受到样本量和数据质量的限制，且细胞实验仅验证了COL5A1的致癌机制	探索肺腺癌中巨噬细胞的特性及其对预后的影响，并构建一个有效的预后模型	肺腺癌患者及其肿瘤微环境中的巨噬细胞	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RT-PCR	Lasso regression, multivariate Cox regression	scRNA-seq data, clinical data	TCGA数据集及多个外部验证数据集
767	2025-05-04	The emergence of DNAM-1 as the facilitator of NK cell-mediated killing in ovarian cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1477781 PMID:39835114	研究论文	本研究探讨了DNAM-1在卵巢癌中促进NK细胞介导的杀伤作用	揭示了DNAM-1在卵巢癌中作为NK细胞杀伤促进因子的新作用，并发现PVR/DNAM-1轴在肿瘤免疫逃逸中的关键作用	样本量相对有限(80例)，且主要为观察性研究，缺乏机制层面的深入探索	探索卵巢癌中NK细胞的表型和功能特征及其与临床预后的关系	80名卵巢癌患者的血液、原发肿瘤和转移组织中的NK细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	流式细胞术、scRNA-seq	NA	细胞表型数据、基因表达数据	80名卵巢癌患者样本
768	2025-05-04	Integrating single cell analysis and machine learning methods reveals stem cell-related gene S100A10 as an important target for prediction of liver cancer diagnosis and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1534723 PMID:39840058	研究论文	结合单细胞分析和机器学习方法，揭示干细胞相关基因S100A10作为肝癌诊断和免疫治疗预测的重要靶点	首次将单细胞RNA测序与机器学习技术结合，识别出与肝癌干细胞相关的关键基因S100A10，并验证其作为预后标志物的潜力	研究仅针对肝癌，未在其他癌症类型中验证S100A10的普适性	提高肝癌的诊断精度和免疫治疗效果	肝癌干细胞相关基因	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	XGBoost	基因表达数据	多个数据集（具体数量未提及）
769	2025-05-03	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化及其对血脑屏障破坏的影响	揭示了S100A8/A9高表达中性粒细胞诱导的内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的新机制，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod具有神经保护作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的功能验证	探究缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障之间的相互作用机制	中性粒细胞、内皮细胞和T细胞	生物医学	缺血性中风	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	未明确说明样本数量
770	2025-05-03	Revealing the roles of IL-7R in abdominal aortic aneurysm through integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq 2024-12-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151042 PMID:39586133	研究论文	通过整合单细胞RNA-seq和批量RNA-seq分析，揭示IL-7R在腹主动脉瘤中的作用	首次通过整合单细胞和批量RNA-seq数据，发现IL-7R在腹主动脉瘤中的关键作用及其通过JAK/STAT通路促进IFN-γ分泌的机制	研究主要基于公共数据库数据，缺乏临床样本验证	探索腹主动脉瘤的发病机制及潜在治疗靶点	腹主动脉瘤组织中的基因表达及免疫细胞	生物信息学	心血管疾病	批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 免疫荧光染色	NA	RNA-seq数据, 单细胞数据	三个批量RNA-seq数据集及单细胞RNA-seq数据
771	2025-05-03	Explainable deep neural networks for predicting sample phenotypes from single-cell transcriptomics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae673 PMID:39814561	研究论文	开发了一个名为singleDeep的端到端流程，用于通过训练深度神经网络分析和分类单细胞RNA测序数据，以预测样本表型	提出了singleDeep，一个针对单细胞RNA测序数据优化的新型分类算法，能够提供样本表型的稳健预测和特征描述，并在诊断性能上优于传统机器学习方法和替代单细胞方法	未明确提及具体局限性，但暗示现有单细胞分析方法在可用性方面存在不足	开发适用于单细胞RNA测序数据的分类算法，用于精准医学应用中的样本表型预测	单细胞RNA测序数据	机器学习	系统性红斑狼疮, 阿尔茨海默病, 新冠肺炎	scRNA-Seq	深度神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多种疾病条件下的数据集
772	2025-05-03	scGO: interpretable deep neural network for cell status annotation and disease diagnosis 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf018 PMID:39820437	research paper	介绍了一种名为scGO的深度学习框架，用于单细胞RNA测序数据的可解释性细胞状态注释和疾病诊断	scGO利用稀疏神经网络和基因本体论（GO）的内在生物学关系，提高了可解释性并降低了计算成本	未明确提及具体局限性	开发一种可解释的深度学习模型，用于细胞状态注释和疾病诊断	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	deep neural network	RNA sequencing data	多种scRNA-seq数据集
773	2025-05-03	BIOTIC: a Bayesian framework to integrate single-cell multi-omics for transcription factor activity inference and improve identity characterization of cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf013 PMID:39833103	研究论文	介绍了一种名为BIOTIC的贝叶斯框架，用于整合单细胞多组学数据以推断转录因子活性并改善细胞身份表征	BIOTIC是首个基于生物机制的框架，利用单细胞多组学数据建模基因表达过程，并通过变分推断定义转录因子的调控活性	未明确提及具体局限性，但模型结构可适应更多生物因素的加入，暗示当前版本可能未涵盖所有相关因素	在基因调控水平上推断转录因子活性并阐明细胞身份状态，以更深入理解转录因子与基因表达之间的复杂相互作用	单细胞多组学数据，转录因子活性，细胞身份表征	生物信息学	NA	单细胞多组学测序，单细胞转录组测序	贝叶斯模型，变分推断	单细胞多组学数据	NA
774	2025-05-03	FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics 2024-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01021-y PMID:39039320	research paper	介绍了一种名为FIND-seq的高通量核酸细胞计数技术，用于罕见单细胞转录组学研究	开发了基于RNA或DNA标记的核酸细胞计数平台FIND-seq，能够分离罕见细胞并进行转录组分析	需要具备微流体、光学和分子生物学知识	提供实验方法以访问细胞图谱中发现的细胞亚群，以及那些无法通过其他方法分离的细胞	罕见细胞，包括感染病原体的细胞、具有特定DNA突变或独特转录或剪接特征的细胞	digital pathology	HIV	FIND-seq, 单细胞转录组测序	NA	RNA或DNA序列数据	NA
775	2025-05-03	Tracking Rare Single Donor and Recipient Immune and Leukemia Cells after Allogeneic Hematopoietic Cell Transplantation Using Mitochondrial DNA Mutations 2024-Nov-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0138 PMID:39236287	研究论文	该研究利用线粒体DNA突变追踪异基因造血干细胞移植后供体和受体的免疫及白血病细胞，为移植后监测提供了新方法	首次将线粒体DNA突变与单细胞表型分析相结合，实现0.1%-1%频率的供受体细胞同步追踪和表型鉴定	当前通量限制需要未来单细胞测序技术的进一步发展	开发移植后白血病复发监测的新方法	异基因造血干细胞移植后的供受体细胞及白血病细胞	单细胞测序技术	白血病	ASAP-seq（单细胞染色质可及性测序）	NA	单细胞多组学数据（DNA突变+表观遗传+表面标记）	未明确样本量（聚焦技术验证）
776	2025-05-03	Small Molecule Hydrogels Loading Small Molecule Drugs from Chinese Medicine for the Enhanced Treatment of Traumatic Brain Injury 2024-10-22, ACS nano IF:15.8Q1 DOI:10.1021/acsnano.4c09097 PMID:39383335	研究论文	该研究开发了一种负载中药小分子药物的小分子水凝胶（GBR-gel），用于增强创伤性脑损伤（TBI）的治疗效果	GBR-gel无需额外药物负载或无活性成分，在生理条件下即可自组装，具有制备简便、成本效益高和生物相容性高等优势	研究未提及GBR-gel在长期使用中的潜在副作用或大规模生产的可行性	开发一种新型小分子水凝胶药物递送系统，用于创伤性脑损伤的及时干预	创伤性脑损伤（TBI）	生物医学工程	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序	NA	实验数据	未明确说明样本数量
777	2025-05-03	Role of macrophages in regression of myocardial fibrosis following alleviation of left ventricular pressure overload 2024-05-01, American journal of physiology. Heart and circulatory physiology DOI:10.1152/ajpheart.00240.2023 PMID:38363214	research paper	该研究探讨了巨噬细胞在左心室压力超负荷缓解后心肌纤维化消退中的作用	首次揭示了巨噬细胞在压力超负荷缓解后对胶原降解和间质纤维化部分消退的潜在益处	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	确定心肌巨噬细胞表型在压力超负荷和缓解后的时间变化，以及巨噬细胞耗竭是否改变胶原降解	小鼠心肌巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫组织化学、流式细胞术、RT-PCR、免疫印迹、单细胞测序分析	小鼠横向主动脉缩窄(TAC)模型	基因表达数据、蛋白质数据	控制组(非TAC)、2周和4周TAC组、2周、4周和6周unTAC组小鼠
778	2025-05-03	Notch ligands are biomarkers of anti-TNF response in RA patients 2024-May, Angiogenesis IF:9.2Q1 DOI:10.1007/s10456-023-09897-2 PMID:37796367	research paper	研究Notch配体在类风湿性关节炎(RA)患者中对抗TNF治疗反应的生物标志物作用	发现RA中的Notch配体（如JAG1、DLL4）可作为抗TNF治疗反应的生物标志物，并揭示其在RA滑膜组织细胞中的表达调控机制	研究主要关注Notch配体在RA中的表达变化，未涉及其他潜在生物标志物或治疗靶点	探讨Notch通路在RA发病机制中的作用及其作为治疗反应标志物的潜力	类风湿性关节炎患者的滑膜组织细胞（包括巨噬细胞、成纤维样滑膜细胞和内皮细胞）	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、形态学研究	NA	转录组数据、形态学数据	未明确说明样本数量，但涉及RA患者的滑膜组织细胞
779	2025-05-03	SOCS3 regulates pathological retinal angiogenesis through modulating SPP1 expression in microglia and macrophages 2024-May-01, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.03.025 PMID:38504518	research paper	该研究揭示了SOCS3通过调节小胶质细胞和巨噬细胞中SPP1的表达在病理性视网膜血管生成中的关键作用	首次发现SOCS3/STAT3/SPP1轴在病理性视网膜血管生成中的调控机制，并证明药物激活SOCS3或阻断SPP1可显著减少病理性新生血管形成	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	探究免疫系统与血管变化在眼部新生血管形成中的细胞和分子机制	小胶质细胞和巨噬细胞	分子生物学	视网膜病变	单细胞RNA测序	血管生成小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量（使用小鼠模型）
780	2025-05-03	Macrophages in necrotic liver lesion repair: opportunities for therapeutical applications 2024-05-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00053.2024 PMID:38618702	综述	本文讨论了肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其潜在的治疗应用	通过更特异的巨噬细胞标记物、靶向细胞耗竭和单细胞RNA测序，揭示了单核细胞来源巨噬细胞在肝脏损伤和修复中的不同功能亚群	未明确区分驻留巨噬细胞和浸润巨噬细胞的功能差异	探讨肝脏巨噬细胞在坏死性肝脏病变修复中的作用及其治疗潜力	肝脏巨噬细胞（包括Kupffer细胞和单核细胞来源巨噬细胞）	肝脏病理学	急性肝衰竭和慢加急性肝衰竭	单细胞RNA测序	NA	NA	NA