单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7761	2024-08-05	Single-Cell RNA Sequencing Technology Landscape in 2023 2024-Jan-13, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxad077 PMID:37934608	综述	本文概述了2023年单细胞RNA测序技术的发展与应用	提出了多种单细胞RNA测序技术的比较及其在干细胞研究中的重要性	未具体讨论各技术在不同实验场景下的优缺点	提供单细胞RNA测序技术的全景视图及其在细胞生物学和疾病机制研究中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）技术	数字病理学	NA	RNA测序	NA	NA	NA
7762	2024-08-07	Tuft cells and fibroblasts promote thymus regeneration through ILC2-mediated type 2 immune response 2024-Jan-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq6930 PMID:38215193	研究论文	研究使用地塞米松诱导的急性胸腺退化小鼠模型，探讨胸腺造血细胞（不包括T细胞）如何促进胸腺再生	揭示了胸腺杯状细胞和成纤维细胞通过激活2型免疫反应在胸腺再生中的新作用	NA	研究胸腺再生的机制	胸腺杯状细胞、成纤维细胞和先天淋巴细胞2型（ILC2）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型
7763	2024-08-05	Update on Biomarkers in Renal Cell Carcinoma 2024-Jan, American Society of Clinical Oncology educational book. American Society of Clinical Oncology. Annual Meeting DOI:10.1200/EDBK_430734 PMID:38207251	研究论文	该文章更新了肾细胞癌生物标志物的相关进展	本文创新性地探索了宿主因素及其对免疫系统的深入特征化，并提出了新技术以克服现有技术面临的挑战	尽管对肿瘤内在特征进行了广泛研究，但尚未提供明确和可靠的预测生物标志物	本文旨在识别能够预测治疗反应和耐药性的生物标志物	研究对象主要是肾细胞癌及其相关的生物标志物	肿瘤病理学	肾癌	NA	NA	NA	NA
7764	2024-08-07	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-Jan, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析，发现钙结合蛋白S100A8/S100A9在主动脉夹层中作为新的治疗靶点	首次确定S100A8/S100A9作为主动脉夹层的治疗靶点，并通过药物ABR-25757验证其安全性和有效性	NA	发现主动脉夹层的新治疗靶点	主动脉夹层患者和对照组的升主动脉样本	心血管疾病	主动脉夹层	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	NA
7765	2024-08-07	Self-organized BMP signaling dynamics underlie the development and evolution of digit segmentation patterns in birds and mammals 2024-Jan-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304470121 PMID:38175868	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间基因表达分析，结合数学模型，研究了鸟类和哺乳动物趾部分节模式的发育和进化机制	首次揭示了BMP信号通路中的自组织Turing系统如何形成周期性的关节模式，并能重现体内观察到的时空基因表达动态	NA	探讨BMP信号通路在鸟类和哺乳动物趾部分节模式发育中的作用	鸟类和哺乳动物的趾部分节模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
7766	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling of Pancreatic Islets From Early Diabetic Mice Identifies Anxa10 for Ca2+ Allostasis Toward β-Cell Failure 2024-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0212 PMID:37871012	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了早期糖尿病小鼠胰腺胰岛的转录组，发现Anxa10基因在钙离子异稳态中的作用及其与β细胞功能障碍的关系	发现了糖尿病特异性的内分泌和非内分泌细胞类型的转录组景观，并识别了一个新的前糖尿病基因Anxa10，该基因在代谢应激下诱导并调节钙离子流入	NA	揭示2型糖尿病中β细胞功能障碍的全面机制	早期糖尿病小鼠的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	糖尿病db/db小鼠的胰腺胰岛
7767	2024-08-07	HAMSAB diet ameliorates dysfunctional signaling in pancreatic islets in autoimmune diabetes 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108694 PMID:38213620	研究论文	本文研究了HAMSAB饮食对自身免疫性糖尿病中胰腺胰岛功能障碍信号的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了HAMSAB饮食对胰腺胰岛细胞基因表达的影响	研究主要在NOD小鼠模型中进行，需要进一步在人类患者中验证	探讨HAMSAB饮食对改善1型糖尿病血糖控制的作用机制	胰腺胰岛细胞及其中免疫细胞的基因表达	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NOD小鼠
7768	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed T cell marker genes based molecular sub-types and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50787-w PMID:38200058	研究论文	本研究揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型和预后特征	提出了一种基于T细胞标记基因的预后签名，具有预测肺腺癌患者免疫治疗结果的潜力	该研究的特定T细胞贡献尚未得到充分探讨	旨在基于T细胞标记基因 delineate 分子亚型和预后指标	研究肺腺癌（LUAD）中T细胞的作用及其相关基因	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox分析	单细胞数据和批量RNA测序数据	NA
7769	2024-08-07	Identification of CD8+ T-cell exhaustion signatures for prognosis in HBV-related hepatocellular carcinoma patients by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Jan-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11804-3 PMID:38200408	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别了与HBV相关肝细胞癌患者预后相关的CD8+ T细胞耗竭特征。	建立了新的CD8+ T细胞耗竭指数（TEI）模型，该模型有望预测HBV相关肝细胞癌患者的临床预后和潜在的免疫治疗效果。	NA	研究CD8+ T细胞耗竭特征在HBV相关肝细胞癌患者中的预后价值及免疫治疗反应。	HBV相关肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	NA
7770	2024-08-07	Identifying immune signatures of sepsis to increase diagnostic accuracy in very preterm babies 2024-Jan-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44387-5 PMID:38195661	研究论文	本研究通过多参数流式细胞术、单细胞RNA测序和血浆分析，对极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液进行纵向分析，识别出败血症的动态变化的血液免疫特征。	本研究首次识别出即使在C反应蛋白未升高的情况下也能表征败血症的血液免疫特征，并通过单细胞RNA测序验证了败血症期间白细胞中amphiregulin的上调。	NA	研究早期生命败血症相关的免疫途径，并识别可能作为标准测试辅助诊断的免疫分析物。	极早产儿（<32周妊娠）在侵袭性细菌感染（败血症）期间的血液免疫特征。	数字病理学	新生儿疾病	多参数流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	血液样本	极早产儿（<32周妊娠）的血液样本
7771	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Sequence Profiling on the Morphogenesis of Secondary Hair Follicles in Ordos Fine-Wool Sheep 2024-Jan-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010584 PMID:38203755	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生过程中的分子机制	首次揭示了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生的分子机制，并通过伪时间分析构建了真皮系细胞和表皮系细胞的分化轨迹	NA	旨在分析Ordos细毛羊毛囊形成过程中的分子机制，以改善其纤维直径和羊毛产量	Ordos细毛羊的次级毛囊形态发生	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
7772	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data Constructs and Validates a Prognostic Model for Non-small Cell Lung Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90768 PMID:38213729	研究论文	本研究整合了传统的肿瘤大块RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了非小细胞肺癌的预后模型	该研究创新性地将单细胞RNA-seq数据与大块RNA-seq数据相结合，并纳入临床特征来构建预后模型	研究未提及样本的长期随访数据与模型的外部验证	研究旨在为非小细胞肺癌患者开发精确的预后模型	研究对象为非小细胞肺癌患者的数据，包括基因表达和临床特征	数字病理学	肺癌	RNA-seq	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	参与研究的样本数量未明确提及
7773	2024-08-05	Batch correction of single-cell sequencing data via an autoencoder architecture 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad186 PMID:38213820	研究论文	本文开发了一种基于自编码器的批次校正方法，用于整合单细胞测序数据集	提出了一种半监督深度学习架构，能有效去除批次效应并保持生物信号	未提及特定的限制	解决单细胞测序数据集中批次效应的问题	多个来自不同来源的单细胞测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	自编码器	基因表达数据	四个单细胞测序数据集
7774	2024-08-05	Multi-omics identification of GPCR gene features in lung adenocarcinoma based on multiple machine learning combinations 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90990 PMID:38213730	研究论文	本研究通过多组学分析识别肺腺癌中的GPCR基因特征	构建了包含10种机器学习算法及其多重组合的新机器学习框架，以建立共识GPCR相关特征	未在不同类型的肺腺癌样本中进行广泛验证	旨在识别与肺腺癌预后相关的GPCR基因特征	肺腺癌中的GPCR相关基因	机器学习	肺癌	单细胞转录组学, 大规模转录组学, RT-qPCR	多重机器学习组合	基因组数据, 转录组数据	单细胞和大规模转录组数据涉及的样本数量未具体说明
7775	2024-08-07	PRMT1 Integrates Immune Microenvironment and Fatty Acid Metabolism Response in Progression of Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S443130 PMID:38213310	研究论文	本研究探讨了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	首次详细研究了PRMT1在HCC中的表达与免疫细胞浸润及脂肪酸代谢的关系，并探讨了其潜在的生物学机制	研究主要基于单细胞RNA测序和临床病理数据，未来研究需要更多的实验验证和临床试验	探究PRMT1在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境和脂肪酸代谢	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
7776	2024-08-07	Biomarkers of UVB radiation-related senescent fibroblasts 2024-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-51058-4 PMID:38195709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了UVB辐射下和正常对照小鼠皮肤细胞的差异表达基因，鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物。	首次在单细胞水平上鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物，并探讨了其与细胞免疫炎症的关系及潜在药物靶点。	研究仅限于小鼠皮肤细胞，未来需在人类皮肤样本中进一步验证。	旨在理解光老化过程中皮肤细胞的生物功能特性及分子改变，为开发抗光老化干预措施提供新思路。	UVB辐射下和正常对照的小鼠皮肤细胞。	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	Seurat	RNA测序数据	GSE173385数据集中的UVB辐射和正常对照小鼠皮肤样本
7777	2024-08-07	IL-4-secreting CD40L+ MAIT cells support antibody production in the peripheral blood of Heonch-Schönlein purpura patients 2024-Jan, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-023-01816-x PMID:38147125	研究论文	本研究探讨了Henoch-Schönlein紫癜（HSP）患者外周血中MAIT细胞的表型和功能	发现HSP患者中的MAIT细胞表现出更激活的表型，并具有Th2样特征，能够产生更多的IL-4和IL-5，且IL-4与HSP患者血清中的IgA水平相关	NA	探索HSP患者外周血中MAIT细胞的表型和功能	HSP患者和健康供者（HDs）的外周血样本中的MAIT细胞	免疫学	Henoch-Schönlein紫癜	流式细胞术，单细胞RNA测序，细胞因子结合阵列（CBA）	NA	血液样本	HSP患者和健康供者的血液样本
7778	2024-08-07	Single-cell transcriptional profiling reveals aberrant gene expression patterns and cell states in autoimmune diseases 2024-Jan, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2023.12.010 PMID:38159454	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的细胞类型和状态	首次在单细胞水平上全面描绘了这些自身免疫性疾病的细胞类型和状态，揭示了异常的基因表达模式和细胞状态	研究样本仅包括17名未经治疗的患者和10名健康对照，样本量相对较小	旨在更好地理解自身免疫性疾病的发病机制和治疗方法	多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	17名未经治疗的患者和10名健康对照，共分析了153550个细胞
7779	2024-08-07	Integrative Analyses of Pyrimidine Salvage Pathway-Related Genes Revealing the Associations Between UPP1 and Tumor Microenvironment 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S440295 PMID:38204987	研究论文	本研究通过综合分析六种与嘧啶补救途径相关的基因（CDA, UCK1, UCK2, UCKL1, UPP1, UPP2），探讨了UPP1与肿瘤微环境的关系	首次全面分析了嘧啶补救途径相关基因在多种癌症中的作用，特别是UPP1与肿瘤微环境的关联	NA	旨在描绘嘧啶补救途径相关基因在不同癌症中的特征	嘧啶补救途径相关基因及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, RT-qPCR, 流式细胞术, 组织微阵列	NA	基因表达数据, 蛋白质组数据	使用了TCGA数据集, 单细胞RNA测序数据集及患者样本
7780	2024-08-05	ImmunoPET imaging of Trop2 expression in solid tumors with nanobody tracers 2024-Jan, European journal of nuclear medicine and molecular imaging IF:8.6Q1 DOI:10.1007/s00259-023-06454-3 PMID:37792026	研究论文	本文研究了使用纳米抗体探针在固体肿瘤中进行Trop2表达的免疫正电子发射成像（immunoPET）	构建了特异性针对Trop2的免疫PET探针，并评估了其在前临床胰腺癌和胃癌模型中的诊断能力	文中未提及样本量的具体大小及其对结果的影响	评估Trop2在胰腺癌和胃癌中的表达及其作为靶向治疗的潜力	胰腺癌细胞系及其相关患者来源的胃癌模型	数字病理学	胰腺癌，胃癌	免疫正电子发射成像（immunoPET）	NA	组织微阵列，单细胞测序	未明确提及具体样本量