单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7581	2024-08-05	Single-cell Transcriptomic Analysis Reveals an Immunosuppressive Network Between POSTN CAFs and ACKR1 ECs in TKI-resistant Lung Cancer 2024 Jan-Feb, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20430 PMID:38151287	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了TKI耐药性肺癌中POSTN CAFs与ACKR1 ECs之间的免疫抑制网络	首次探讨了TKI治疗中血管内皮细胞与癌相关成纤维细胞亚群的关系	未能详细探讨不同CAF和EC亚群在其他癌症中的作用	探讨非小细胞肺癌中TKI治疗耐药的机制	47个不同阶段的非小细胞肺癌组织样本	数字病理学	肺癌	scRNA-seq	NA	RNA数据	49个晚期非小细胞肺癌样本
7582	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals immune microenvironment of small cell lung cancer-associated malignant pleural effusion 2024-Jan, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15145 PMID:38010064	研究论文	本文利用10×基因组单细胞转录组测序技术揭示了小细胞肺癌（SCLC）恶性胸腔积液（MPE）患者的肿瘤免疫微环境特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了SCLC相关恶性胸腔积液中的免疫细胞组成和基因表达特征	NA	揭示小细胞肺癌恶性胸腔积液的免疫微环境特征	小细胞肺癌患者的恶性胸腔积液中的免疫细胞和肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	共获得8008个高质量细胞进行后续生物信息学分析
7583	2024-08-07	Identification of basement membrane-related signatures for estimating prognosis, immune infiltration landscape and drug candidates in pancreatic adenocarcinoma 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.89665 PMID:38169540	研究论文	本研究通过分析TCGA数据库中的数据，构建了与基底膜（BM）相关的基因风险评分系统，用于评估胰腺腺癌（PAAD）患者的预后、免疫浸润景观和潜在药物候选物	本研究首次开发了一种与基底膜相关的基因签名，为PAAD的诊断、预后评估、候选药物和治疗管理提供了新的见解和靶点	NA	探索基底膜相关基因在评估胰腺腺癌患者预后、微环境和治疗反应中的作用	胰腺腺癌（PAAD）患者	数字病理学	胰腺癌	单变量和LASSO Cox回归分析	NA	基因表达数据	使用TCGA数据库中的数据
7584	2024-08-07	Identification of a PANoptosis-related Gene Signature for Predicting the Prognosis, Tumor Microenvironment and Therapy Response in Breast Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90113 PMID:38169571	研究论文	本研究通过Cox回归分析、随机森林算法和LASSO算法识别了与PANoptosis相关的基因特征，用于预测乳腺癌的预后、肿瘤微环境和治疗反应	首次构建了基于PANoptosis相关评分的精确预测模型，并揭示了PANoptosis相关基因特征在调节乳腺癌肿瘤微环境和药物敏感性的重要性	NA	探索PANoptosis在乳腺癌中的作用，并开发预测乳腺癌预后和治疗反应的生物标志物	乳腺癌患者的PANoptosis相关基因特征及其对预后、肿瘤微环境和治疗反应的影响	数字病理学	乳腺癌	随机森林算法、LASSO算法、RNA测序	LASSO	RNA测序数据	涉及大量RNA和单细胞RNA测序数据
7585	2024-08-05	Integrating Single-cell and Bulk RNA-seq to Construct a Metastasis-related Model for Evaluating Immunotherapy and Chemotherapy in Uveal Melanoma 2024-Jan-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673286355231222054226 PMID:38173196	研究论文	本文探讨了原发性和转移性葡萄膜黑色素瘤的异质性，并构建了一个与转移相关的模型。	通过整合单细胞和大规模RNA测序数据，发现了调控UM转移的潜在分子并建立了预后模型。	未提及该研究的具体限制。	改进转移性葡萄膜黑色素瘤患者的精准治疗。	焦点是原发性和转移性葡萄膜黑色素瘤及其细胞类型。	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	RNA-seq	LASSO和Cox回归分析	基因表达数据	包含157个转录差异基因
7586	2024-08-07	Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Role of Cancer-associated Fibroblasts in Skin Melanoma 2024-Jan-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673282799231211113347 PMID:38173195	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据揭示了皮肤黑色素瘤中癌症相关成纤维细胞的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了癌症相关成纤维细胞在皮肤黑色素瘤中的分子机制	研究仅基于三个病例的单细胞RNA测序数据，可能存在样本量不足的问题	揭示癌症相关成纤维细胞在皮肤黑色素瘤中的作用及其分子机制	皮肤黑色素瘤中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个皮肤黑色素瘤病例
7587	2024-08-05	Single-cell transcriptomics and chromatin accessibility profiling elucidate the kidney-protective mechanism of mineralocorticoid receptor antagonists 2024-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI157165 PMID:37906287	研究论文	本文使用单细胞转录组学和染色质可及性分析来阐明矿物皮质激素受体拮抗剂的肾脏保护机制	研究揭示了矿物皮质激素的靶基因和细胞类型，以及不同拮抗剂在高血压和心肾损伤模型中的保护作用	主要在大鼠模型中进行研究，可能在临床应用上存在局限性	探讨矿物皮质激素受体拮抗剂对高血压相关肾病的保护机制	矿物皮质激素拮抗剂及其在大鼠模型中的应用	数字病理学	高血压相关肾病	单细胞表达分析和染色质可及性分析	大鼠模型	基因表达数据，细胞类型数据	大鼠模型，样本数量未具体说明
7588	2024-08-07	Establishment and characterization of a recurrent malignant peripheral nerve sheath tumor cell line: RsNF 2024-Jan, Human cell IF:3.4Q3 DOI:10.1007/s13577-023-01000-7 PMID:37938540	研究论文	本文建立并描述了一种复发性恶性周围神经鞘瘤细胞系RsNF，该细胞系源自NF1患者，并通过全外显子测序检测到NF1和SUZ12体细胞突变。	通过肿瘤分子标记物靶向测序和单细胞转录组测序，发现该细胞系中染色体7的拷贝数变异增加，并过度表达ZNF804B和EGFR等基因。	NA	研究恶性周围神经鞘瘤的肿瘤异质性并开发多样化的治疗选择。	复发性恶性周围神经鞘瘤细胞系RsNF。	数字病理学	软组织肉瘤	全外显子测序	NA	基因组数据	单个细胞系
7589	2024-08-05	Integrative analysis reveals chemokines CCL2 and CXCL5 mediated shear stress-induced aortic dissection formation 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23312 PMID:38163105	研究论文	本研究通过定量生物信息学分析探讨了与剪切应力相关的主动脉夹层形成中的关键分子	通过整合分析确定了与剪切应力相关的核心AD差异基因及其潜在治疗剂	本研究未能完全阐明剪切应力对主动脉夹层的所有影响机制	探讨剪切应力诱导的主动脉夹层形成过程中关键分子的作用	主要研究与剪切应力诱导的主动脉夹层相关的化学因子和基因	心血管疾病	主动脉夹层	RNA测序	无具体模型类型提及	基因表达数据	分析三个数据集的临床样本及公共RNA测序数据库，共计367个基因
7590	2024-08-05	Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods 2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:38160299	研究论文	本文章提出了一种新方法，通过整合空间转录组学和组织病理图像数据，以捕捉患者数据中的生物学意义模式	整合空间转录组学与组织病理图像数据的新方法，强调了图像感知深度学习在肿瘤分析中的应用	没有提到具体的局限性	研究如何使用深度学习技术更好地分析空间转录组学数据	针对高度侵袭性的癌症类型，如胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌	数字病理学	胶质母细胞瘤，三阴性乳腺癌	深度学习	ResNet	图像，基因表达数据	未提及样本量
7591	2024-08-07	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-Jan, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	研究论文	本文通过鹌鹑-鸡嵌合体分析，展示了胚胎内ASC细胞分化为多种细胞类型，包括心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，并特别关注了其在甲状腺血管形成中的作用。	本研究揭示了ASC细胞在心脏和甲状腺发育中的新角色，特别是其在甲状腺内血管形成中的作用。	文中提到的胚胎内ASC细胞的分化过程和最终分布的详细情况仍大部分未知。	研究ASC细胞在心血管发育中的作用，特别是其在甲状腺血管形成中的作用。	研究对象包括ASC细胞的分化过程及其在胚胎内的分布，特别是其在心脏和甲状腺发育中的作用。	心血管疾病	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	鹌鹑-鸡嵌合体
7592	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals the pulmonary inflammation induced by inhalation of subway fine particles 2024-02-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132896 PMID:37951166	研究论文	本研究揭示了地铁细颗粒物如何引起肺部炎症。	首次实验研究地铁PM引起的肺部炎症损伤	研究主要在小鼠模型中进行，可能不完全适用于人类	探索地铁细颗粒物对肺部炎症的影响及其机制	小鼠及其免疫细胞亚群	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本和生物液体	小鼠样本，具体数量未提及
7593	2024-08-07	Isolation and functional identification of immune cells in hemolymph of blood clams Tegillarca granosa 2024-Jan, Fish & shellfish immunology IF:4.1Q1 DOI:10.1016/j.fsi.2023.109320 PMID:38122950	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，对血蛤Tegillarca granosa的血液细胞进行了分子层面的分类和功能鉴定	首次报道了血蛤Tegillarca granosa免疫细胞的分离和鉴定，为理解其免疫防御机制提供了新视角	NA	旨在深入研究红血软体动物的先天免疫系统	血蛤Tegillarca granosa的免疫细胞	NA	NA	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
7594	2024-08-07	Immune cell profiling of preeclamptic pregnant and postpartum women by single-cell RNA sequencing 2024, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2022.2144291 PMID:36369864	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的外周血单个核细胞（PBMCs）的免疫细胞组成和异质性	首次在单细胞水平上揭示了先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫细胞组成和活性变化	样本量较小，仅包括三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照	探究先兆子痫患者在孕期和产后阶段的免疫系统变化	早发型先兆子痫孕妇和产后妇女的PBMCs	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共获取了80,429个单细胞转录组数据，来自三名早发型先兆子痫孕妇和两名健康对照
7595	2024-08-07	Profiling joint tissues at single-cell resolution: advances and insights 2024-Jan, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-023-01052-x PMID:38057475	研究论文	本文探讨了在单细胞分辨率下对人类关节组织进行分析的进展及其对健康和疾病中这些组织的结构和功能的洞察	通过单细胞RNA测序和时间飞行流式细胞术等技术，识别了构成关节组织的不同亚群，并构建了关节组织的单细胞图谱	NA	旨在揭示关节组织在健康和疾病中的组织和功能，并探索潜在的治疗靶点	关节组织，包括软骨、骨和滑膜	数字病理学	骨关节炎，类风湿性关节炎	单细胞RNA测序，时间飞行流式细胞术	NA	单细胞数据	具体样本数量未提及
7596	2024-08-07	PANoptosis signaling enables broad immune response in psoriasis: From pathogenesis to new therapeutic strategies 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.049 PMID:38125299	研究论文	本文探讨了PANoptosis信号在银屑病中的作用及其作为潜在治疗策略的可能性	首次揭示了PANoptosis在银屑病中的作用，并通过多转录组分析和实验验证确定了PANoptosis信号及其相关基因	NA	揭示PANoptosis在银屑病中的作用，探索新的治疗策略	银屑病患者中的PANoptosis信号及其对免疫细胞浸润的影响	NA	银屑病	RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
7597	2024-08-07	SCInter: A comprehensive single-cell transcriptome integration database for human and mouse 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.11.024 PMID:38125297	研究论文	本文开发了一个全面的单细胞转录组整合数据库SCInter，用于人类和小鼠的基因表达数据	SCInter数据库提供了手动 curated 的基因表达数据，支持跨不同细胞类型的样本级别分析，并包含多种分析工具	NA	旨在支持单细胞RNA测序数据的综合和有效注释与分析	人类和小鼠的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	115个整合数据集和1016个样本，覆盖近150个组织/细胞系，包含8016,646个细胞标记
7598	2024-08-05	Translatome Profiling of Tissue-Resident Macrophages Using the RiboTag Approach 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_17 PMID:37639128	研究论文	本文讨论了一种新的方法RiboTag，用于从粗糙的组织提取物中获取组织驻留巨噬细胞的转录组。	提出了RiboTag方法，可以避免传统细胞分离中的偏差和伪影	只集中于脑巨噬细胞的研究，没有涉及其他类型的组织巨噬细胞	探索RiboTag方法在组织驻留巨噬细胞研究中的应用	脑巨噬细胞，包括小胶质细胞和边界相关细胞	数字病理学	NA	RiboTag	NA	转录组	NA
7599	2024-08-07	Hemocyte Nuclei Isolation from Adult Drosophila melanogaster for snRNA-seq 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3437-0_4 PMID:37639115	研究论文	本文提供了一种从成年果蝇中分离血细胞核用于单核RNA测序（snRNA-seq）的详细方案	首次提供了从成年果蝇血细胞中分离核用于snRNA-seq的具体方法	NA	研究果蝇血细胞在不同实验条件下的功能和特性	成年果蝇的血细胞核	NA	NA	snRNA-seq	NA	RNA	具体样本数量未提及
7600	2024-08-05	Computational immunogenomic approaches to predict response to cancer immunotherapies 2024-Jan, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-023-00830-6 PMID:37907723	综述	本文综述了用于分析癌症免疫治疗反应的计算免疫基因组方法	提出了新颖的计算方法和机器学习算法，以从基因组和转录组测序数据中提取临床有用的信息	未能充分探讨计算方法和测序技术在改善癌症患者管理中的真实潜力和局限性	研究计算免疫基因组方法在癌症免疫疗法中的应用与影响	主要研究肿瘤、基质及免疫细胞的基因组和转录组数据	计算生物学	癌症	单细胞转录组测序和多组学方法	机器学习算法	基因组和转录组数据	涉及多种癌症类型的大规模基因组数据