单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
741	2024-12-10	Joint Bayesian estimation of cell dependence and gene associations in spatially resolved transcriptomic data 2024-04-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-60002-z PMID:38664448	研究论文	本文提出了一种联合贝叶斯方法，用于同时估计空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性	本文的创新点在于提出了一种联合贝叶斯方法，能够同时估计基因和空间细胞的相关性，从而保留基因表达的依赖结构	本文的局限性在于仅通过模拟和真实数据集进行了方法的验证，未探讨其在其他类型数据上的适用性	本文的研究目的是开发一种新的方法，用于分析空间转录组数据中的基因关联和细胞依赖性	本文的研究对象是空间转录组数据中的基因表达和细胞空间位置	生物信息学	NA	空间转录组学	贝叶斯模型	基因表达数据	多个真实空间转录组数据集
742	2024-12-10	Cross-modality mapping using image varifolds to align tissue-scale atlases to molecular-scale measures with application to 2D brain sections 2024-Apr-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47883-4 PMID:38664422	研究论文	本文提出了一种在分子尺度转录组学和组织尺度图谱之间建立对应关系的方法	通过将空间转录组数据表示为编码位置和高维特征（基因、细胞类型）身份的广义函数，解决了传统图像表示无法有效建模高维数据的问题	NA	解决在图谱构建和跨样本/技术对齐中，由于样本稀少和传统图像表示无法有效建模高维数据的问题	小鼠脑图谱与基于基因和细胞的转录组数据（来自MERFISH和BARseq技术）以及组织病理学和跨物种图谱	数字病理学	NA	LDDMM	NA	图像	NA
743	2024-12-10	Glioblastoma-instructed microglia transition to heterogeneous phenotypic states with phagocytic and dendritic cell-like features in patient tumors and patient-derived orthotopic xenografts 2024-04-02, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-024-01321-8 PMID:38566128	研究论文	研究了胶质母细胞瘤（GBM）患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中，GBM诱导的微胶质细胞向具有吞噬和树突状细胞样特征的异质表型状态的转变	首次系统地描述了GBM患者肿瘤和PDOX中肿瘤微环境（TME）的单细胞和空间水平特征，揭示了GBM细胞与宿主细胞之间的相互作用及其在TME中的异质性	研究主要集中在GBM患者肿瘤和PDOX中的TME，未涉及其他类型的肿瘤或更广泛的免疫细胞群体	深入了解GBM生态系统及其在临床前模型中的再现，以提高临床试验的准确性和成功率	GBM患者肿瘤和患者来源的同种异体移植瘤中的肿瘤微环境（TME）	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多色流式细胞术、免疫组化	NA	基因表达数据	不同肿瘤表型的GBM PDOX和患者肿瘤样本
744	2024-12-10	Detecting early-warning biomarkers associated with heart-exosome genetic-signature for acute myocardial infarction: A source-tracking study of exosome 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18334 PMID:38661439	研究论文	本研究通过源追踪分析，检测与急性心肌梗死相关的心脏外泌体遗传特征的早期预警生物标志物	本研究首次通过源追踪分析，结合单细胞测序、加权基因共表达网络和机器学习分析，识别出与急性心肌梗死相关的心脏外泌体遗传特征的早期预警生物标志物	本研究仅在急性心肌梗死患者中验证了生物标志物与临床指标的相关性，未来需要在更大样本和不同疾病阶段进行验证	检测与急性心肌梗死相关的心脏外泌体遗传特征的早期预警生物标志物	急性心肌梗死患者的外泌体	数字病理学	心血管疾病	单细胞测序	机器学习	基因数据	急性心肌梗死患者
745	2024-12-10	Integrated analysis of disulfidptosis-related immune genes signature to boost the efficacy of prognostic prediction in gastric cancer 2024-Mar-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03294-5 PMID:38528532	研究论文	研究探讨了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值，并构建了一个预测模型	首次揭示了二硫化物应激相关免疫基因在胃癌中的潜在生物标志物价值	NA	探索二硫化物应激与免疫相关基因在胃癌中的内在关联，并评估其作为生物标志物的潜力	胃癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	Cox和LASSO分析	基因表达数据	63对胃癌组织样本
746	2024-12-10	Integrative genotyping of cancer and immune phenotypes by long-read sequencing 2024-01-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44137-7 PMID:38167262	研究论文	本文介绍了一种名为nanoranger的长读长测序工作流程和分析管道，用于整合癌症和免疫表型的基因分型	开发了一种灵活的长读长测序工作流程和分析管道nanoranger，能够检测细胞系定义特征，如单核苷酸变异、融合基因、异构体等	NA	提高单细胞肿瘤和免疫细胞共进化的追踪能力	急性髓系白血病（AML）的亚克隆和骨髓浸润免疫细胞的异质性异构体景观	数字病理学	血液病	长读长测序	NA	基因组数据	数千个骨髓浸润免疫细胞
747	2024-12-10	Single-cell sequencing reveals the evolution of immune molecules across multiple vertebrate species 2024-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.02.017 PMID:36871615	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了多个脊椎动物物种免疫细胞的转录组特征，揭示了免疫分子在进化过程中的变化	本文首次通过单细胞RNA测序技术，系统地比较了多个脊椎动物物种的免疫细胞转录组特征，揭示了免疫分子在进化过程中的保守性和特异性	本文仅分析了七个脊椎动物物种的免疫细胞，可能无法全面代表所有脊椎动物的免疫进化特征	研究免疫系统在不同脊椎动物物种中的进化特征	七个脊椎动物物种的免疫细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	七个脊椎动物物种的免疫细胞
748	2024-12-09	PTX3 exacerbates hepatocyte pyroptosis in hepatic ischemia-reperfusion injury by promoting macrophage M1 polarization 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113604 PMID:39549552	研究论文	研究探讨了PTX3在肝缺血-再灌注损伤中通过促进巨噬细胞M1极化加剧肝细胞焦亡的作用	首次揭示了PTX3在肝缺血-再灌注损伤中通过调节巨噬细胞极化影响肝细胞焦亡的作用	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨PTX3在巨噬细胞介导的肝缺血-再灌注损伤中的潜在作用	PTX3在肝缺血-再灌注损伤中的表达及其对巨噬细胞极化和肝细胞焦亡的影响	NA	肝病	RNA测序	NA	基因表达数据	人类和鼠肝缺血-再灌注损伤模型样本
749	2024-11-29	Corrigendum to "Single-cell RNA sequencing reveals heterogeneity in ovarian cancer and constructs a prognostic signature for prognostic prediction and immunotherapy" [Int. Immunopharmacol. 140 (2024) 112855] 2024-Dec-25, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113489 PMID:39603953	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
750	2024-12-09	Dynamic transcriptome analysis of osteal macrophages identifies a distinct subset with senescence features in experimental osteoporosis 2024-Dec-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182418 PMID:39480497	研究论文	研究了实验性骨质疏松症中骨髓巨噬细胞的动态转录组分析，识别出具有衰老特征的特定亚群	首次揭示了骨质疏松症中骨髓巨噬细胞的异质性及其在衰老和炎症过程中的作用	实验仅在卵巢切除的小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	探讨骨髓巨噬细胞在实验性骨质疏松症中的具体功能及其在骨病理生理学中的潜在作用	骨髓巨噬细胞及其在骨质疏松症中的基因表达变化	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	卵巢切除的小鼠模型中的骨髓巨噬细胞样本
751	2024-12-09	NK cell subsets define sustained remission in rheumatoid arthritis 2024-Dec-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182390 PMID:39418106	研究论文	研究旨在通过高维表型平台定义类风湿性关节炎持续缓解的免疫学特征	首次发现CD8+CD57+KIR2DL1+ NK细胞与类风湿性关节炎的持续缓解相关	研究仅限于外周血和滑液中的NK细胞分析，未涉及其他免疫细胞类型	探索类风湿性关节炎持续缓解的免疫学标志物	类风湿性关节炎患者的外周血和滑液中的NK细胞	免疫学	类风湿性关节炎	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及外周血和滑液中的NK细胞样本
752	2024-12-09	Metabolism and spatial transcription resolved heterogeneity of glutamine metabolism in cervical carcinoma 2024-Dec-06, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-13275-6 PMID:39639273	研究论文	研究通过AFADESI-MSI和空间转录组技术分析宫颈鳞状细胞癌（CSCC）的代谢和转录特征，揭示了谷氨酰胺代谢的异质性及其与ASCT2表达的关系	首次结合AFADESI-MSI和空间转录组技术，全面分析了CSCC的代谢和转录特征，揭示了谷氨酰胺代谢的异质性及其与ASCT2表达的关系	研究样本量有限，且仅限于CSCC，未来需扩大样本量并验证其他类型癌症中的适用性	探讨宫颈鳞状细胞癌中谷氨酰胺代谢的异质性及其潜在机制	宫颈鳞状细胞癌（CSCC）及其正常组织	数字病理学	宫颈癌	AFADESI-MSI和空间转录组技术	NA	代谢和转录数据	122例宫颈癌和30例宫颈炎
753	2024-12-09	Computer-aided analysis reveals metallothionein-positive cancer-associated fibroblasts promote angiogenesis in gastric adenocarcinoma 2024-Dec-05, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01614-9 PMID:39636347	研究论文	研究分析了胃腺癌中的肿瘤微环境，特别是癌症相关成纤维细胞和巨噬细胞的异质性及其在肿瘤血管生成中的作用	首次发现了一种新型金属硫蛋白阳性癌症相关成纤维细胞（mtCAF），其高表达金属硫蛋白1X（MT1X）并分泌血管内皮生长因子A（VEGFA），可能在胃腺癌的血管生成中起重要作用	研究主要基于单细胞测序和空间转录组数据，缺乏体内实验验证	探讨胃腺癌肿瘤微环境的异质性及其在肿瘤血管生成中的作用	胃腺癌中的肿瘤细胞、癌症相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序、空间转录组	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据	56个胃腺癌单细胞测序样本
754	2024-12-09	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的平台，通过纳米液滴分裂技术同时测量单细胞的转录组和蛋白质组	首次实现了通过纳米液滴分裂技术同时测量单细胞的转录组和蛋白质组，提供了全面的基因调控网络、细胞多样性和时间动态的见解	NA	开发一种能够同时测量单细胞转录组和蛋白质组的新技术，以深入理解基因调控网络和细胞多样性	单细胞的转录组和蛋白质组	生物信息学	NA	RNA测序和基于质谱的蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及从人胰腺胰岛分离的初级细胞
755	2024-12-09	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	研究论文	本文通过Drosophila FlyWire脑连接组生成果蝇昼夜节律钟的全面连接图	发现了额外的背侧时钟神经元，揭示了新的间接光输入途径和时钟神经元与下游高级脑中心及神经分泌细胞的稀疏单突触连接	NA	研究果蝇昼夜节律网络的连接和功能	果蝇的昼夜节律神经网络	神经科学	NA	单细胞转录组学和受体映射	NA	连接组数据	约240个神经元
756	2024-12-09	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-Dec-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率的空间转录组学数据与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间微环境对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的微环境相互作用，这些相互作用调控细胞状态变化，从而影响组织发育和稳态	NA	理解细胞状态的调节机制，特别是在组织发育、稳态和疾病中的作用	细胞状态的内在和外在驱动因素，特别是微环境对细胞状态的影响	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠胚胎发育、成年小肠和肝脏的数据
757	2024-12-09	Engineering regional diversity: A morphogen screen for patterned brain organoids 2024-Dec-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.11.007 PMID:39642861	研究论文	本文介绍了一种结合形态发生素调节剂筛选和单细胞测序的平台，用于增强脑类器官的区域化	本文首次系统性地利用形态发生素信号在干细胞分化中实现神经系统发育的细胞多样性	NA	探索形态发生素在神经系统发育中的作用，并开发一种系统性方法来利用这些信号	脑类器官	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
758	2024-12-09	Oxygen-dependent alternative mRNA splicing and a cone-specific motor protein revealed by single-cell RNA sequencing in hypoxic retinas 2024-Dec-03, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110190 PMID:39638278	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示了低氧条件下视网膜细胞的转录组变化，特别是光感受器细胞中的特定响应	首次在低氧视网膜中鉴定并确认了一种特异性诱导的驱动蛋白（Kif4），并发现了RNA结合蛋白在低氧条件下的异构体切换	研究仅限于小鼠模型，且未探讨这些变化在人类视网膜疾病中的潜在应用	探究低氧条件下特定视网膜细胞类型的响应机制	低氧条件下的小鼠视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠视网膜样本
759	2024-12-09	Hypoxia regulates small extracellular vesicle biogenesis and cargo sorting through HIF-1α/HRS signaling pathway in head and neck squamous cell carcinoma 2024-Dec-02, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111546 PMID:39631619	研究论文	研究探讨了缺氧条件下头颈鳞状细胞癌中HIF-1α/HRS信号通路对小细胞外囊泡生成和货物分选的调控机制	首次揭示了缺氧通过HIF-1α/HRS信号通路调控小细胞外囊泡生成和货物分选的具体机制	研究主要集中在细胞和分子水平，缺乏体内实验验证	探讨缺氧如何影响头颈鳞状细胞癌中小细胞外囊泡的生成和货物分选	头颈鳞状细胞癌细胞和小细胞外囊泡	数字病理学	头颈癌	空间转录组学和免疫组化	NA	蛋白质	NA
760	2024-12-09	Single-cell RNA sequencing combined with proteomics of infected macrophages reveals prothymosin-α as a target for treatment of apical periodontitis 2024-Dec, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2024.01.018 PMID:38237771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序结合蛋白质组学分析感染的巨噬细胞，揭示了prothymosin-α作为根尖周炎治疗靶点的潜力	本研究首次通过单细胞RNA测序和蛋白质组学结合的方法，揭示了prothymosin-α在根尖周炎中的上调表达及其对炎症反应和破骨细胞分化的调节作用	本研究主要集中在体外和动物模型中的验证，尚未进行临床试验验证其治疗效果	探索根尖周炎组织中单核细胞群体的异质性，寻找缓解根尖周炎的新靶点，并通过蛋白质组学和体内外评估进一步验证	根尖周炎组织中的单核细胞群体和健康对照组织中的单核细胞群体	数字病理学	口腔疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据	根尖周炎组织和健康对照组织的单核细胞群体，以及THP-1衍生的感染巨噬细胞