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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2026-06-17 |
Characteristics and functions of an atypical inflammation-associated GZMK+GZMB+CD8+ T subset in people living with HIV-1
2024-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.07.003
PMID:39053388
|
研究论文 | 分析了HIV-1感染者中一个非典型炎症相关GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群的特征和功能 | 首次详细描述了GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群在HIV-1慢性感染中的异质性、分化状态和炎症诱导功能,揭示了其与疾病标志物的相关性 | 对GZMK+GZMB+CD8+ T细胞亚群的机制研究主要基于体外实验,体内功能尚未完全阐明 | 阐明慢性HIV-1感染中GZMK+CD8+ T细胞亚群的表型、功能特征及其与疾病的相关性 | HIV-1感染者的CD8+ T细胞亚群,特别是GZMK+和GZMB+细胞 | 单细胞转录组学 | HIV-1感染 | 单细胞RNA测序, T细胞受体测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据, 流式细胞术数据 | 未明确说明样本数量 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 单细胞3' 测序 |
| 742 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptome sequencing partially revealed the changes of T cells in the early stage of aging kidney
2024-09, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.005
PMID:39059207
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序部分揭示了早期衰老肾脏中T细胞的变化 | 首次在单细胞水平上分析早期衰老肾脏中T细胞的分子表型和组成变化,并鉴定出GZMK CD8 T细胞和Il17a T细胞两个亚群 | 仅关注肾脏老化的早期阶段,未涵盖整个衰老过程;且主要基于小鼠模型,人类肾脏老化的适用性需进一步验证 | 探究肾脏早期衰老过程中免疫细胞特别是T细胞的分子变化及其在炎症和组织损伤中的作用 | 早期衰老小鼠的肾脏组织 | 单细胞转录组学 | 肾脏衰老 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠肾脏样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 743 | 2024-08-07 |
Corrigendum to "Single-cell transcriptomics reveals CD8+ T cell structure and developmental trajectories in idiopathic pulmonary fibrosis" [Mol. Immunol. 172 (2024) 85-95]
2024-Sep, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.07.013
PMID:39088936
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 744 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics reveals CD8+ T cell structure and developmental trajectories in idiopathic pulmonary fibrosis
2024-08, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.06.008
PMID:38936318
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研究论文 | 利用单细胞转录组学揭示特发性肺纤维化中CD8+ T细胞的结构和发育轨迹 | 首次通过单细胞RNA测序详细描绘了IPF患者肺部CD8+ T细胞的动态免疫状态、细胞转化及其在纤维化中的潜在作用 | 研究样本量较小(5名IPF患者和3名对照),且未进行功能验证实验 | 探究特发性肺纤维化中CD8+ T细胞亚群的转录谱、发育轨迹及其在纤维化发病机制中的贡献 | IPF患者和正常对照的肺部免疫细胞 | 单细胞转录组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | Monocle | 单细胞转录组数据 | 5名IPF患者和3名非纤维化肺受试者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 745 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptomics reveal differences between chorionic and basal plate cytotrophoblasts and trophoblast stem cells
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603155
PMID:39071344
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析,揭示了第一孕期绒毛膜板和基底板细胞滋养层细胞与滋养层干细胞之间的差异 | 首次在单细胞水平上比较了第一孕期不同胎盘区域(绒毛膜板和基底板)的细胞滋养层细胞与滋养层干细胞,发现了滋养层干细胞更倾向于分化为绒毛外滋养层细胞而非合体滋养层细胞 | 研究仅基于6个正常胎盘样本,样本量较小;TSC系可能不完全代表体内所有CTB亚型 | 探究第一孕期细胞滋养层细胞的转录多样性,并比较滋养层干细胞与不同CTB亚群的相似性 | 6个第一孕期正常胎盘(4个早期6-8周,2个晚期12-14周)和3个TSC系 | 单细胞转录组学 | 正常胎盘发育 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6个胎盘组织样本(4个早期第一孕期,2个晚期第一孕期)和3个TSC细胞系 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 测序平台 |
| 746 | 2026-06-17 |
Single-cell analyzing of tumor microenvironment and cell adhesion between early and late-stage lung cancer
2024-07, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.04.013
PMID:38696904
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析早期与晚期肺腺癌的肿瘤微环境及细胞黏附差异,发现TNS1基因在早期肿瘤细胞中高表达并可能作为预后标志物 | 首次系统揭示TNS1基因家族在早期肺腺癌中的高表达与细胞黏附功能关联,并发现其通过Akt/mTOR信号通路调控肿瘤进展 | 研究主要依赖公共数据库数据(GEO和TCGA),缺乏独立队列验证;TNS1的功能机制仍需更多体外和体内实验证实 | 阐明早期与晚期肺腺癌肿瘤微环境差异及细胞黏附机制 | 肺腺癌肿瘤微环境中的上皮细胞、成纤维细胞及肿瘤细胞 | 单细胞测序 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | GEO数据库中的肺腺癌单细胞RNA测序样本,TCGA数据库中的肺腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 747 | 2026-06-17 |
SFTPB in serum extracellular vesicles as a biomarker of progressive pulmonary fibrosis
2024-06-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177937
PMID:38855869
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研究论文 | 探讨血清细胞外囊泡中的SFTPB作为进行性肺纤维化生物标志物的研究 | 首次发现血清细胞外囊泡中的SFTPB(尤其是其前体形式pro-SFTPB)比已知标志物KL-6和SP-D能更好地预测间质性肺病进展,并独立于性别-年龄-生理学指数 | 未明确说明限制 | 识别进行性肺纤维化的新型生物标志物,用于早期检测高风险患者 | 进行性肺纤维化患者及健康对照组的血清细胞外囊泡和小鼠模型 | 数字病理学 | 进行性肺纤维化 | 蛋白质组学分析,单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 蛋白质组学数据,单细胞RNA测序数据 | 多个患者队列(具体数目未说明)和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 748 | 2026-06-17 |
Cross-species single-cell analysis uncovers the immunopathological mechanisms associated with IgA nephropathy progression
2024-05-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.173651
PMID:38716725
|
研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示了IgA肾病进展相关的免疫病理机制 | 首次在人类IgAN小鼠和大鼠模型中进行跨物种单细胞RNA测序,识别出IgAN系膜细胞与巨噬细胞之间的特异性相互作用轴(如CXCL12/CXCR4、CSF1/IL-34/CSF1受体),并通过功能实验验证了CXCL12/CXCR4通路的阻断可减轻肾损伤 | 未提及具体局限性,但可能包括样本量有限、跨物种模型的人类疾病模拟不完全等 | 探究IgA肾病进展的免疫病理机制 | 人类IgAN患者及小鼠和大鼠IgAN模型 | 单细胞组学 | IgA肾病 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 | 21个进展性和28个非进展性IgAN样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序平台 |
| 749 | 2026-06-17 |
Liver sinusoidal endothelial cells contribute to portal hypertension through collagen type IV-driven sinusoidal remodeling
2024-05-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.174775
PMID:38713515
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研究论文 | 该论文研究了肝窦内皮细胞通过IV型胶原蛋白驱动的肝窦重塑导致门静脉高压的机制 | 首次发现肝窦内皮细胞是纤维化肝脏中IV型胶原蛋白上调的主要来源,并揭示了TNF-α/NF-κB依赖的表观遗传调控机制,以及通过CRISPRi-dCas9-KRAB进行表观基因组编辑可沉默COL4基因表达 | 未提及具体局限性,但研究主要基于小鼠模型和体外实验,需要进一步在人体中验证 | 探究IV型胶原蛋白在肝纤维化和门静脉高压中调控肝窦重塑的作用及机制 | 肝窦内皮细胞和IV型胶原蛋白 | 数字病理学 | 肝病、门静脉高压 | RNA-seq、单细胞RNA-seq、CRISPRi-dCas9-KRAB | NA | 文本、图像 | 人类肝硬化肝样本及小鼠纤维化肝模型 | Illumina | bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | Illumina NovaSeq | NA |
| 750 | 2026-06-17 |
Human IL-6 fosters long-term engraftment of patient-derived disease-driving myeloma cells in immunodeficient mice
2024-05-07, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177300
PMID:38713510
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研究论文 | 使用人IL-6转基因NSG小鼠建立多发性骨髓瘤患者来源异种移植模型,并验证其在临床前药物开发中的应用 | 首次证明白消安预处理的人IL-6转基因NSG小鼠能可靠支持恶性及癌前浆细胞的长期植入,涵盖从意义未明的单克隆丙种球蛋白病到浆细胞白血病和轻链淀粉样变性等多种疾病阶段 | 未提及具体局限性 | 建立有效且广泛可用的多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病的患者来源异种移植模型 | 多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病患者的恶性及癌前浆细胞 | 机器学习 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自多发性骨髓瘤及相关浆细胞疾病患者的样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 751 | 2026-06-17 |
To be or not to be - Decoding the Trabecular Meshwork Cell Identity
2024-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.26.591346
PMID:38746421
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序对比原代人小梁网细胞培养物与组织,解码小梁网细胞身份 | 首次采用单细胞RNA测序方法比较原代hTM细胞培养物与组织中的细胞身份和可翻译性 | 未明确说明局限性 | 揭示原代hTM细胞培养物与组织之间的细胞身份差异及其可翻译性 | 原代人小梁网细胞培养物和小梁网组织 | 单细胞转录组学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14个原代hTM样本,包括4个来自青光眼患者的样本,传代1-4次 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 752 | 2026-06-17 |
Opto-combinatorial indexing enables high-content transcriptomics by linking cell images and transcriptomes
2024-04-16, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00866e
PMID:38506394
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研究论文 | 提出一种结合光学索引与单细胞转录组学的综合分析方法,通过细胞与水凝胶珠的光学索引组合实现细胞图像与转录组的链接 | 引入光学组合索引实现高通量成像与单细胞RNA测序的直接关联,无需复杂设备即可进行多路化学转录组学分析 | 未提及方法在异质性组织样本中的适用性或大规模验证的局限性 | 开发一种整合细胞图像与单细胞转录组数据的简单方法,用于揭示细胞表型与基因表达的关系 | 混合物种实验细胞、经电穿孔和脂质体转染标记的细胞、紫杉醇处理的HeLa细胞 | 计算机视觉 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 未明确说明样本数量,涉及混合物种实验和HeLa细胞多浓度处理 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | 下一代测序平台用于DNA分子条形码测序 |
| 753 | 2026-06-17 |
Differentiation signals induce APOBEC3A expression via GRHL3 in squamous epithelia and squamous cell carcinoma
2024-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3997426/v1
PMID:38496447
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组和功能实验,研究APOBEC3A和APOBEC3B在健康与恶性黏膜上皮中的表达,揭示分化信号通过GRHL3诱导APOBEC3A表达及其在鳞状细胞癌中的突变机制 | 首次发现APOBEC3A主要在终末分化细胞中表达,需GRHL3调控;在鳞状细胞癌中,APOBEC3A表达扩展到DNA复制的细胞亚群,与APOBEC3B在增殖细胞中的表达共同驱动突变 | 未提供具体局限性信息 | 阐明APOBEC3A和APOBEC3B在正常组织和鳞状细胞癌中的表达模式及调控机制 | 健康与恶性黏膜上皮组织中的角质形成细胞及鳞状细胞癌细胞 | 数字病理学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、图像 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 754 | 2026-06-17 |
Empagliflozin attenuates inflammation levels in autoimmune myocarditis through the STAT3 pathway and macrophage phenotype transformation
2024-03, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.02.006
PMID:38354482
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研究论文 | 探究恩格列净通过STAT3通路和巨噬细胞表型转化减轻自身免疫性心肌炎炎症水平的作用及机制 | 首次揭示SGLT-2抑制剂恩格列净通过STAT3通路调节巨噬细胞M2表型转化从而减轻自身免疫性心肌炎炎症 | NA | 研究SGLT-2抑制剂恩格列净对自身免疫性心肌炎的抗炎作用及其分子机制 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型及巨噬细胞 | 机器学习和数字病理学 | 自身免疫性心肌炎 | 单细胞测序、Western blot、ELISA、免疫荧光染色、逆转录聚合酶链反应 | NA | 基因表达数据、图像数据 | EAM小鼠模型(具体数量未提及)及单细胞测序数据(第0天和第21天) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Genomic Spatial Event 142564数据集 |
| 755 | 2026-06-17 |
The activator protein-1 complex governs a vascular degenerative transcriptional programme in smooth muscle cells to trigger aortic dissection and rupture
2024-01-27, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehad534
PMID:37992083
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了激活蛋白-1复合物在平滑肌细胞中调控血管退行性转录程序,从而引发主动脉夹层和破裂的机制 | 首次在单细胞水平系统描绘主动脉夹层进展中平滑肌细胞表型转化的时间动态特征,并鉴定了肿瘤坏死因子-氧化磷酸化-AP-1轴作为潜在治疗靶点 | 基于横截面数据而非纵向追踪,且样本量有限,动物模型结果向临床转化仍需验证 | 阐明主动脉夹层发病过程中平滑肌细胞表型转化的分子机制及潜在干预策略 | Stanford A型主动脉夹层患者升主动脉组织及β-氨基丙腈单富马酸盐诱导的主动脉夹层动物模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例主动脉夹层患者和5例心脏移植对照者的升主动脉组织样本,共93,397个单细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 756 | 2026-06-17 |
Research progress in isolation and identification of rumen probiotics
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1411482
PMID:38836057
|
综述 | 综述了瘤胃益生菌分离与鉴定的研究进展 | 介绍了基于液滴的高通量细胞培养和单细胞测序技术以及培养组学技术在瘤胃益生菌开发中的潜力 | 未详细讨论各技术的具体实验操作步骤和实际应用中的挑战 | 为瘤胃微生物学研究提供技术参考以推动该领域发展 | 瘤胃益生菌 | 数字病理学 | NA | 培养组学,单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 757 | 2026-06-17 |
Single-cell transcriptional profiling reveals aberrant gene expression patterns and cell states in autoimmune diseases
2024-01, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2023.12.010
PMID:38159454
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示多发性硬化症、原发性干燥综合征和系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病中异常的基因表达模式和细胞状态 | 首次在单细胞水平上比较三种自身免疫性疾病(MS、pSS、SLE)患者与健康对照的PBMC转录组,揭示共享的免疫细胞亚群变化和信号通路差异 | NA | 探索自身免疫性疾病在单细胞层面的细胞类型和状态,以理解发病机制和治疗靶点 | 17名初治患者(5名MS、5名pSS、7名SLE)和10名健康对照的外周血单核细胞(PBMC) | 转录组学 | 多发性硬化症、原发性干燥综合征、系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 153550个细胞,来自17名患者和10名健康对照 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 758 | 2026-06-15 |
Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV
2024-12-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgae369
PMID:38820087
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析HIV感染者皮下脂肪中的促纤维化细胞,发现其与内脏脂肪组织体积相关 | 首次在HIV感染者中揭示了皮下脂肪组织特异性的细胞组成和转录程序与内脏脂肪组织体积的关联,特别是中间巨噬细胞、肌成纤维细胞和MYOC+成纤维细胞的比例升高 | 需要进一步的纵向研究来确定方向性和机制 | 表征HIV感染者皮下脂肪组织细胞类型特异性组成和转录程序,探索与内脏脂肪组织体积增大的关联 | 长期接受抗逆转录病毒治疗的HIV感染者 | 机器学习 | 心血管疾病, 代谢性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 92名参与者进行批量RNA测序,43名进行单细胞RNA测序 | Illumina | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序使用10x Chromium平台 |
| 759 | 2026-06-15 |
Dual decoding of cell types and gene expression in spatial transcriptomics with PANDA
2024-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae876
PMID:39404057
|
研究论文 | 提出PANDA方法,同时从空间转录组学数据中解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达 | PANDA方法整合原型分析捕获细胞类型内异质性,并在解卷积过程中动态学习每个点的细胞类型特征,同时推断细胞类型比例和特异性基因表达,克服了现有方法忽略细胞内异质性的局限 | NA | 开发一种新方法以同时从空间转录组学数据中解码细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达,揭示组织内异质性 | 空间转录组学数据,包括肿瘤、大脑和发育中心脏等多种组织 | 机器学习和数字病理学 | 肿瘤和其他疾病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 概率模型和原型分析 | 空间转录组学数据 | 多种组织样本,包括肿瘤、大脑和发育中心脏 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 760 | 2026-06-15 |
IRescue: uncertainty-aware quantification of transposable elements expression at single cell level
2024-10-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkae793
PMID:39271103
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研究论文 | 介绍IRescue软件,一种在单细胞水平量化转座元件表达的软件,能够处理单细胞RNA测序数据中的多映射读段计数问题 | 提出独特的UMI去重算法纠正测序错误,并使用期望最大化程序有效重新分配多映射读段计数 | 未提及具体限制 | 解决单细胞RNA测序中因转座元件广泛分布和遗传相似性导致的表达量化挑战 | 人类结直肠癌、大脑、皮肤老化及SARS-CoV-2感染和恢复期间的外周血单核细胞的模拟和真实单细胞及细胞核RNA测序数据 | 计算生物学 | 结直肠癌, 神经系统疾病, 皮肤老化, 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基于模拟数据和来自四类真实样本的数据:人类结直肠癌、大脑、皮肤老化及SARS-CoV-2感染和恢复期间的外周血单核细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞核RNA测序 | NA | NA |