单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7466 篇文献，本页显示第 741 - 760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2025-10-06 |
Associations between cuprotosis-related genes and the spectrum of metabolic dysfunction-associated fatty liver disease: An exploratory study
2024-12, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.15946
PMID:39285685
|
研究论文 | 本研究探索铜死亡相关基因与代谢功能障碍相关脂肪肝疾病谱系之间的关联 | 首次系统研究铜死亡相关基因在MAFLD不同疾病阶段（包括肝癌）中的表达变化和功能作用 | 样本量相对有限，需要进一步功能验证实验 | 探索铜死亡相关基因在MAFLD疾病进展中的作用机制 | 代谢功能障碍相关脂肪肝疾病患者和MAFLD相关肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 代谢功能障碍相关脂肪肝疾病 | RNA测序，单细胞RNA测序，全基因组关联分析 | 逻辑回归分析，差异相关性分析 | 基因表达数据，临床数据 | MAFLD患者331例，MAFLD相关HCC患者271例，验证队列656例 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 742 | 2025-10-06 |
Mapping the gene space at single-cell resolution with gene signal pattern analysis
2024-Dec, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00734-0
PMID:39706866
|
研究论文 | 提出一种名为基因信号模式分析(GSPA)的图信号处理方法，用于从单细胞数据中学习基因表征 | 首次系统性地构建了基因嵌入问题，并开发了基于细胞-细胞图上扩散小波字典的基因表征学习方法 | NA | 开发能够从单细胞数据中学习基因表征的计算方法 | 单细胞测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序，图信号处理 | GSPA（基因信号模式分析） | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 743 | 2025-10-06 |
[Ionizing radiation-induced damage (IRD) to and repair mechanisms of the male reproductive system: Report of testicular function changes in a case of IRD]
2024-Aug, Zhonghua nan ke xue = National journal of andrology
PMID:40778793
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研究论文 | 研究电离辐射对睾丸结构和功能的损伤机制及L-肉碱的干预效果 | 首次结合单细胞转录组测序与动物模型验证，揭示电离辐射通过干扰Leydig细胞和巨噬细胞的脂代谢通路导致生殖损伤 | 仅基于单个病例报告和小鼠模型，样本量有限 | 探究电离辐射对男性生殖系统的损伤机制及防治策略 | 人类睾丸组织和小鼠模型 | 生殖医学 | 生殖系统疾病 | 单细胞转录组测序, 辐射剂量模拟, 精液分析, 激素检测, 电子显微镜 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据, 精液样本, 激素水平数据, 电子显微镜图像 | 1例人类病例+小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 744 | 2025-10-06 |
Distinct mesenchymal cell states mediate prostate cancer progression
2024-01-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44210-1
PMID:38191471
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示前列腺癌进展中不同间充质细胞状态的关键作用 | 首次在跨物种水平系统鉴定前列腺癌间质细胞亚群，发现晚期小鼠疾病与人类骨转移的间质特征相似性，并建立超越Gleason评分的转移预测基因标签 | 研究主要基于基因工程小鼠模型，人类样本验证相对有限 | 解析前列腺癌肿瘤微环境中间充质细胞的分子特征及其在癌症进展中的作用 | 基因工程小鼠模型和人类前列腺癌样本中的间充质细胞 | 单细胞生物学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 四个基因工程小鼠模型及对应人类肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 745 | 2025-10-06 |
WEST is an ensemble method for spatial transcriptomics analysis
2024-Nov-18, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100886
PMID:39515332
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研究论文 | 提出一种名为WEST的集成方法，用于提升空间转录组学数据分析的性能和鲁棒性 | 利用集成技术整合多种分析方法，在空间域检测方面提供更高的准确性和灵活性 | 未在文章中明确说明 | 开发能够有效整合基因表达和空间信息的空间转录组学数据分析方法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 集成方法 | 空间转录组数据 | 合成数据集和真实数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 746 | 2025-10-06 |
Sensitive Multiplexed MicroRNA Spatial Profiling and Data Classification Framework Applied to Murine Breast Tumors
2024-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.4c01773
PMID:39044395
|
研究论文 | 开发了一种高灵敏度的多重microRNA空间分析方法和数据分类框架，并应用于小鼠乳腺肿瘤 | 结合滚环扩增技术和双扫描方法，在纳升孔阵列中实现7种miRNA的同时定量和空间检测，检测限达0.17 zeptomoles | NA | 开发高灵敏度的空间转录组学方法用于miRNA检测 | 小鼠乳腺肿瘤组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 滚环扩增, 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 纳升孔阵列与嵌入式水凝胶柱 |
| 747 | 2025-10-06 |
Evaluation of nanoscale versus hybrid micro/nano surface topographies for endosseous implants
2024-01-01, Acta biomaterialia
IF:9.4Q1
DOI:10.1016/j.actbio.2023.10.030
PMID:37918471
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研究论文 | 评估纳米级与混合微/纳米级表面形貌对骨整合过程中细胞行为的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术鉴定体内植入物表面早期细胞群，并比较纯纳米级与混合微/纳米级表面形貌的差异 | 研究主要关注短期效应（21天内），长期效果需要进一步验证 | 研究不同表面形貌对骨整合过程中细胞功能的影响 | 间充质干细胞和骨髓来源巨噬细胞 | 生物材料 | 骨科植入 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，组织学数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 748 | 2025-10-06 |
Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment
2024-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01890-9
PMID:39227743
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌肿瘤微环境在治疗过程中的重塑过程 | 开发了空间约束最优输运相互作用分析(SCOTIA)模型，整合空间距离和配体-受体基因表达来解析细胞间相互作用 | NA | 解析胰腺癌肿瘤微环境在放化疗治疗过程中的重塑机制 | 人类胰腺癌组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学 | 最优输运模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
| 749 | 2025-10-06 |
MerlinS13 phosphorylation regulates meningioma Wnt signaling and magnetic resonance imaging features
2024-09-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52284-8
PMID:39251601
|
研究论文 | 本研究揭示了Merlin丝氨酸13位点磷酸化通过调控Wnt信号通路影响脑膜瘤生长的机制，并发现了一种可用于指导治疗的MRI影像学生物标志物 | 首次发现Merlin S13去磷酸化通过减弱与β-连环蛋白的抑制性相互作用激活Wnt通路驱动脑膜瘤生长，并鉴定ADC作为Merlin完整脑膜瘤的影像学生物标志物 | 对Merlin完整脑膜瘤生长的生化机制理解仍不完全，缺乏可用于指导治疗降级或影像监测的非侵入性生物标志物 | 阐明Merlin完整脑膜瘤的生化机制并开发影像学生物标志物 | 脑膜瘤异种移植模型和患者样本 | 数字病理 | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序,邻近标记蛋白质组质谱,磁共振成像 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据,影像数据 | 脑膜瘤异种移植模型和患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组质谱,空间转录组学 | NA | NA |
| 750 | 2025-10-06 |
Cardiac Development at a Single-Cell Resolution
2024, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14
PMID:38884716
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在哺乳动物心脏发育研究中的应用与进展 | 利用单细胞RNA测序技术首次实现了对心脏发育过程中异质性细胞群体的精细解析 | NA | 探索哺乳动物心脏发育的分子机制和细胞多样性 | 人类和小鼠的心脏发育过程 | 单细胞生物学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序，单细胞多组学 | NA | 转录组数据，表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 751 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomic and spatial analysis reveal the immunosuppressive microenvironment in relapsed/refractory angioimmunoblastic T-cell lymphoma
2024-12-18, Blood cancer journal
IF:12.9Q1
DOI:10.1038/s41408-024-01199-0
PMID:39695118
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研究论文 | 通过单细胞转录组和空间分析揭示复发/难治性血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤的免疫抑制微环境特征 | 首次结合单细胞RNA测序和成像质谱流式技术系统比较初诊与复发/难治性AITL的细胞组成和空间结构，发现YY1驱动的恶性Tfh细胞增殖、B细胞恶性转化中间状态及髓系细胞功能失调等新机制 | 样本量有限，主要基于观察性分析，缺乏功能性验证实验 | 解析复发/难治性AITL免疫抑制微环境的细胞和分子特征 | 血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤患者样本 | 数字病理 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 成像质谱流式 | NA | 单细胞转录组数据, 空间蛋白表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 752 | 2025-10-06 |
Analyzing Large-Scale Single-Cell RNA-Seq Data Using Coreset
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3418078
PMID:38913513
|
研究论文 | 提出一种名为scCoreset的数据摘要框架，用于从大规模单细胞RNA-seq数据中提取加权细胞子集以促进下游分析 | 开发了专门针对高维稀疏单细胞RNA-seq数据的核心集框架，相比现有方法在可视化和聚类等下游任务中表现更优 | 未明确说明该方法对特定细胞类型或生物背景的适用性限制 | 解决大规模单细胞RNA-seq数据的计算和分析挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 核心集算法 | 单细胞基因表达数据 | 多个单细胞数据集（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 753 | 2025-10-06 |
FaStaNMF: A Fast and Stable Non-Negative Matrix Factorization for Gene Expression
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3296979
PMID:37467096
|
研究论文 | 提出一种快速稳定的非负矩阵分解方法FaStaNMF，用于基因表达数据的细胞类型特异性表达解析 | 在保证非负矩阵分解准确性和速度的同时，实现了结果的全局稳定性，提高了实验间和实验室间的可重复性 | 方法在四个已知真实值的数据集上验证，但未提及在更广泛生物数据中的应用限制 | 开发一种快速稳定的非负矩阵分解方法，用于基因表达数据的去卷积分析 | 基因表达数据，特别是混合细胞类型样本的解析 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解(NMF) | FaStaNMF | 基因表达数据 | 四个数据集（基于公开数据或RNAGinesis模拟生成） | NA | NA | NA | NA |
| 754 | 2025-10-06 |
SCRN: Single-Cell Gene Regulatory Network Identification in Alzheimer's Disease
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3424400
PMID:38976461
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研究论文 | 提出一种基于图神经网络的单细胞基因调控网络识别方法SCRN，用于研究阿尔茨海默病的基因调控机制 | 开发了基于γ衰减启发式链接预测和图神经网络的SCRN方法，能够利用局部闭合子图识别可靠的基因调控网络 | NA | 识别阿尔茨海默病中的基因调控网络，发现潜在生物标志物和治疗靶点 | 阿尔茨海默病患者和正常样本的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 755 | 2025-10-06 |
A New Graph Autoencoder-Based Multi-Level Kernel Subspace Fusion Framework for Single-Cell Type Identification
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3459960
PMID:39264790
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研究论文 | 提出了一种基于图自编码器的多级核子空间融合框架scGAMF，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 首次将深度特征嵌入和核空间分析统一到单一框架中，通过多级核空间融合策略充分挖掘细胞间深层潜在关系 | 未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制 | 开发更准确的单细胞聚类方法用于细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器(GAE), 谱聚类 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 756 | 2025-10-06 |
Using Multi-Encoder Semi-Implicit Graph Variational Autoencoder to Analyze Single-Cell RNA Sequencing Data
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3458170
PMID:39255084
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研究论文 | 提出一种基于变分图自编码器和图注意力网络的多编码器半隐式图变分自编码器(MSVGAE)，用于分析单细胞RNA测序数据 | 引入多编码器学习不同尺度特征并控制非信息特征，通过添加不同噪声促进图结构信息和分布不确定性的传播 | NA | 解决单细胞RNA测序数据高维度和高稀疏性分析难题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 变分图自编码器,图注意力网络 | 基因表达数据 | 24个模拟数据集和8个真实数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 757 | 2025-10-06 |
Discriminative Domain Adaption Network for Simultaneously Removing Batch Effects and Annotating Cell Types in Single-Cell RNA-Seq
2024 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2024.3487574
PMID:39471116
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研究论文 | 提出一种判别性域适应网络，用于同时消除单细胞RNA测序中的批次效应和注释细胞类型 | 结合对抗域适应策略、对比损失、类中心语义对齐和自步学习机制，实现全局分布匹配和判别性特征表示 | NA | 开发同时消除批次效应和注释细胞类型的计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 判别性域适应网络(D2AN) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 758 | 2025-10-06 |
Single-Cell Antigen Receptor Sequencing in Pigs with Influenza
2024-Oct-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.13.617920
PMID:39464079
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研究论文 | 本研究开发了适用于猪的单细胞抗原受体测序方法，用于分析流感感染后猪肺部的T细胞和B细胞受体谱系 | 首次在猪中实现了单细胞RNA测序与配对的T细胞受体α/β链和B细胞受体重链/轻链的联合分析 | 研究样本数量有限，且仅针对流感病毒感染模型 | 研究自然杀伤T细胞是否改变肺部T细胞和B细胞受体谱系选择 | 猪肺部T细胞和B细胞 | 单细胞测序 | 流感 | 单细胞RNA测序，VDJ测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，抗原受体序列数据 | 冷冻保存的猪肺细胞，流式分选的T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序，VDJ测序 | 10x Chromium | 10x Genomics VDJ测序方案 |
| 759 | 2025-10-06 |
Uncovering Plaque-Glia Niches in Human Alzheimer's Disease Brains Using Spatial Transcriptomics
2024-Sep-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.05.611566
PMID:39314329
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学和免疫组化技术揭示了阿尔茨海默病患者大脑中淀粉样斑块与周围胶质细胞相互作用的分子机制 | 首次结合空间转录组学和免疫组化技术系统解析人类AD大脑中斑块-胶质细胞微环境的转录组特征 | 研究样本为死后脑组织，无法观察疾病动态过程；样本量相对有限 | 探究阿尔茨海默病患者大脑中Aβ斑块与周围胶质细胞的相互作用机制 | 21名个体的78个死后脑切片，共258,987个空间转录组位点 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学，免疫组化，iPSC衍生微胶质细胞模型 | NA | 空间转录组数据，免疫组化图像 | 21名个体的78个脑切片，258,987个ST位点 | NA | 空间转录组学，单细胞多组学 | NA | NA |
| 760 | 2025-10-06 |
PoweREST: Statistical Power Estimation for Spatial Transcriptomics Experiments to Detect Differentially Expressed Genes Between Two Conditions
2024-Sep-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610564
PMID:39257799
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研究论文 | 开发用于空间转录组学实验中差异表达基因检测统计功效估计的工具PoweREST | 首个专门针对空间转录组学数据差异表达基因检测的统计功效计算工具 | 目前仅支持10X Genomics Visium数据，尚未扩展到其他空间转录组技术平台 | 解决空间转录组学实验中统计功效计算缺失的问题 | 空间转录组学数据中的差异表达基因 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计功效计算模型 | 空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10X Genomics Visium空间转录组技术 |