单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 7464 篇文献，本页显示第 741 - 760 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 741 | 2025-10-05 |
FICTURE: scalable segmentation-free analysis of submicron-resolution spatial transcriptomics
2024-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02415-2
PMID:39266749
|
研究论文 | 提出一种名为FICTURE的无分割空间因子分析方法，用于分析亚微米分辨率空间转录组数据 | 开发了首个可扩展至全转录组分析的无分割空间因子推断方法，能够处理数十亿个亚微米分辨率空间坐标数据 | 未提及具体的数据验证范围或与其他方法的全面比较 | 解决高分辨率空间转录组数据分析中的细胞分割难题 | 空间转录组数据，特别是血管、纤维化、肌肉和脂质富集区域的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组技术 | 多层狄利克雷模型的随机变分推断 | 空间坐标数据，基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 兼容测序基和成像基空间转录组数据 |
| 742 | 2025-10-05 |
No Evidence for Persistent Enteroviral B Infection of Pancreatic Islets in Patients With Type 1 Diabetes and Prediabetes From RNA Sequencing Data
2024-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-0076
PMID:39083653
|
研究论文 | 通过分析RNA测序数据评估1型糖尿病和糖尿病前期患者胰腺中是否存在持续性肠道病毒B感染 | 首次利用大规模bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据系统评估肠道病毒B在1型糖尿病胰腺中的存在情况 | 无法排除极低水平持续性肠道病毒B感染的可能性 | 验证持续性肠道病毒B感染是否与1型糖尿病病因相关 | 1型糖尿病和糖尿病前期患者的胰腺细胞 | 生物信息学 | 糖尿病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | Kraken2, STAR aligner | RNA测序数据 | 243个bulk RNA文库和79个单细胞RNA文库 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 743 | 2025-10-05 |
Laminin Beta 2 Is Localized at the Sites of Blood-Brain Barrier and Its Disruption Is Associated With Increased Vascular Permeability, Histochemical, and Transcriptomic Study
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241281896
PMID:39340425
|
研究论文 | 本研究定位层粘连蛋白β2在血脑屏障的位置，并探讨其破坏与血管通透性增加的关系 | 首次明确层粘连蛋白β2在血脑屏障微血管的定位，并发现其在病理条件下的表达变化规律 | 研究主要基于组织化学和转录组分析，缺乏功能性验证实验 | 探究层粘连蛋白β2在血脑屏障中的作用及其与血管通透性的关系 | 正常脑组织和高级别胶质瘤的微血管系统 | 神经科学 | 脑胶质瘤 | 组织化学、单细胞RNA测序、磁共振成像 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 744 | 2025-10-05 |
Intestinal Tuft Cells Are Enriched With Protocadherins
2024-10, The journal of histochemistry and cytochemistry : official journal of the Histochemistry Society
DOI:10.1369/00221554241287267
PMID:39360911
|
研究论文 | 本研究揭示了原钙粘蛋白在肠道簇细胞中的富集现象及其在微绒毛结构中的潜在作用 | 首次发现CDHR2和CDHR5等原钙粘蛋白在人和小鼠肠道簇细胞中特异性富集，揭示了这些蛋白在簇细胞微绒毛组织中的新功能 | 未完全阐明原钙粘蛋白在簇细胞中的具体分子机制和功能意义 | 探究肠道簇细胞中微绒毛间粘附复合体(IMACs)的组成和分布特征 | 小鼠和人类肠道组织中的肠道簇细胞 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序 | NA | 图像数据、基因表达数据 | 小鼠肠道组织、人类肠道组织单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 745 | 2025-10-05 |
Multi-pronged analysis of pediatric low-grade glioma reveals a unique tumor microenvironment associated with BRAF alterations
2024-Apr-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588294
PMID:38645202
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序、空间转录组学和细胞因子分析揭示儿童低级别胶质瘤肿瘤微环境的异质性特征 | 首次采用多组学方法系统分析pLGG肿瘤微环境，发现BRAF基因改变与特定肿瘤免疫表型的关联 | 需要进一步研究免疫细胞浸润和肿瘤-免疫相互作用的机制 | 深入了解儿童低级别胶质瘤生物学特性以开发更有效的治疗方法 | 儿童低级别胶质瘤（pLGG）样本，包括毛细胞星形细胞瘤（PA）和神经节胶质瘤（GG） | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 细胞因子分析 | NA | 单细胞基因表达数据, 空间基因表达数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 746 | 2025-10-05 |
Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation
2024-Sep-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10763-8
PMID:39294566
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)的统计方法，用于分析小鼠血液单细胞RNA测序数据以预测细胞类型和衰老状态 | 提出了惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA)这一新型统计方法，用于单细胞RNA测序数据的降维表示学习 | 仅使用小鼠血液数据进行验证，未在其他组织或物种中进行测试 | 开发计算方法来分析单细胞RNA测序数据，以理解衰老过程中的转录组变化 | 小鼠血液细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | 惩罚性潜在狄利克雷分配(pLDA) | 基因表达计数数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 747 | 2025-10-05 |
scRNA-seq identifies unique macrophage population in murine model of ozone induced asthma exacerbation
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604740
PMID:39211080
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了臭氧诱导哮喘加重小鼠模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次在臭氧诱导哮喘加重模型中鉴定出独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群，并揭示了其特异性基因表达通路 | 研究仅限于小鼠模型，结果向人类转化需要进一步验证 | 探究臭氧暴露导致哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 尘螨、豚草和臭氧暴露的小鼠肺部免疫细胞 | 单细胞组学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 暴露于DRA、臭氧或DRA+臭氧的小鼠肺部免疫细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 748 | 2025-10-05 |
Reusability report: Leveraging supervised learning to uncover phenotype-relevant biology from single-cell RNA sequencing data
2024-Mar, Nature machine intelligence
IF:18.8Q1
DOI:10.1038/s42256-024-00804-y
PMID:41020135
|
研究论文 | 评估PENCIL监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的可重复性和可转移性 | 通过基因集变异分析增强PENCIL的细胞亚群识别能力，创建了预测皮肤癌免疫检查点阻断反应的细胞毒性T细胞免疫治疗反应特征 | 对输入扰动敏感，原始版本存在可重复性问题 | 评估和改进监督学习框架在单细胞RNA测序数据中识别表型相关细胞的性能 | 12个单细胞RNA测序数据集，代表四种不同表型 | 机器学习 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序，监督学习，基因集变异分析 | PENCIL框架 | 单细胞RNA测序数据 | 12个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 749 | 2025-10-05 |
Comparison of imaging-based single-cell resolution spatial transcriptomics profiling platforms using formalin-fixed, paraffin-embedded tumor samples
2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.13.628390
PMID:39763763
|
研究论文 | 使用福尔马林固定石蜡包埋肿瘤样本系统比较三种成像型单细胞空间转录组学平台的性能 | 首次使用严格对照实验系统评估商业空间转录组平台在单细胞分辨率下的表现差异 | 研究仅针对特定肿瘤类型（肺腺癌和胸膜间皮瘤），样本量有限 | 比较不同空间转录组学平台在肿瘤研究中的性能差异 | 福尔马林固定石蜡包埋的肺腺癌和胸膜间皮瘤手术切除样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学, 免疫荧光, RNA测序 | NA | 图像, 转录组数据 | 组织微阵列中的连续5微米切片样本 | CosMx, MERFISH, Xenium | 单细胞空间转录组学, 多重免疫荧光, 数字空间分析 | CosMx, MERFISH, Xenium, GeoMx Digital Spatial Profiler | 单细胞分辨率空间转录组学平台（包括单模态和多模态） |
| 750 | 2025-10-05 |
A specific gene expression program underlies antigen archiving by lymphatic endothelial cells in mammalian lymph nodes
2024-Dec-10, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5493746/v1
PMID:39711554
|
研究论文 | 本研究揭示了淋巴结中淋巴内皮细胞通过特定基因表达程序实现抗原归档的机制 | 首次定义了淋巴内皮细胞抗原归档的独特转录程序，并证明该程序能预测不同疾病状态和物种中的抗原归档能力 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 探究淋巴内皮细胞如何实现持久抗原归档及其独特转录特征 | 淋巴结淋巴内皮细胞和树突状细胞 | 空间转录组学 | 病毒感染（基孔肯雅病毒） | 单细胞测序, 空间转录组学, 机器学习 | 机器学习模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | 多个时间点的免疫后淋巴结组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 751 | 2025-10-05 |
SPACE: Spatially variable gene clustering adjusting for cell type effect for improved spatial domain detection
2024-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.23.609477
PMID:39229093
|
研究论文 | 提出SPACE框架，通过调整细胞类型混杂效应改进空间可变基因聚类，以提升空间域检测精度 | 无需基因簇数量、空间模式或细胞类型信息的先验知识，通过调整细胞类型混杂效应实现空间可变基因的准确聚类 | 未明确说明方法在特定组织类型或数据质量下的性能限制 | 改进空间转录组学中空间可变基因的聚类方法以提升空间域检测准确性 | 空间可变基因(SVGs) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学分析 | SPACE框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 752 | 2025-10-05 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
|
研究论文 | 开发了一个基于网络的工具FUSION，用于深度探索多组学数据与明场组织学的关联分析 | 将分子数据与组织病理学特征整合到单一工作空间，提供端到端的功能性组织单元分析 | NA | 开发一个能够连接分子特征与组织病理学特征的分析平台 | 健康与疾病组织样本的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习算法 | 全切片图像, 空间组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 福尔马林固定石蜡包埋和冷冻制备的数据集 |
| 753 | 2025-10-05 |
Endothelial POFUT1 controls injury-induced liver fibrosis by repressing fibrinogen synthesis
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.032
PMID:38460791
|
研究论文 | 本研究揭示了内皮细胞POFUT1通过抑制纤维蛋白原合成控制损伤诱导的肝纤维化的机制 | 首次发现POFUT1通过NOTCH/HES1/STAT3信号通路抑制纤维蛋白原表达，并鉴定纤维蛋白原作为新的促纤维化旁分泌信号激活肝星状细胞 | 研究主要基于小鼠模型，临床相关性仍需进一步验证 | 探究肝窦内皮细胞表达的POFUT1在肝纤维化中的作用机制 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠、肝窦内皮细胞、肝星状细胞、肝硬化患者样本 | 分子生物学 | 肝纤维化/肝硬化 | RNA测序、qPCR、蛋白质印迹、ELISA、组织学分析、电子显微镜、免疫染色、RNA原位杂交 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质数据、组织学图像 | 内皮特异性Pofut1敲除小鼠模型、肝硬化患者和健康个体的单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 754 | 2025-10-05 |
Van Gogh-like 2 is essential for the architectural patterning of the mammalian biliary tree
2024-07, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.030
PMID:38460794
|
研究论文 | 本研究揭示了平面细胞极性蛋白VANGL2在哺乳动物胆管系统结构模式形成中的关键作用 | 首次发现VANGL2通过调控细胞间接触形成和肌动蛋白细胞骨架极化来协调胆管模式形成 | 研究主要基于小鼠胚胎肝脏模型，在人类系统中的直接适用性需要进一步验证 | 阐明胆管板从简单上皮细胞片转变为复杂连接胆管系统的机制 | 小鼠胚胎肝脏胆管上皮细胞 | 发育生物学 | 肝胆疾病 | 单细胞RNA测序,遗传学工具,类器官模型 | NA | 基因表达数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 755 | 2025-10-05 |
Leveraging single-cell transcriptomic data to uncover immune suppressive cancer cell subsets in triple-negative canine breast cancers
2024, Frontiers in veterinary science
IF:2.6Q1
DOI:10.3389/fvets.2024.1434617
PMID:39376916
|
研究论文 | 利用单细胞转录组数据识别三阴性犬乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群 | 首次通过整合分析已发表单细胞测序数据揭示犬三阴性乳腺癌的免疫抑制亚群及其作用机制 | 基于已发表数据集进行二次分析，缺乏原始实验验证 | 鉴定和表征犬三阴性乳腺癌中的免疫抑制癌细胞亚群 | 犬三阴性乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 30只狗分为6组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 756 | 2025-10-05 |
Positional information modulates transient regeneration-activated cell states during vertebrate appendage regeneration
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110737
PMID:39286507
|
研究论文 | 本研究通过非洲鳉鱼尾鳍再生模型，揭示了基底表皮中短暂再生激活细胞状态如何通过调节细胞外基质传递位置信息调控附肢再生 | 首次发现基底表皮中的短暂再生激活细胞状态能够根据截肢位置特异性调节再生过程，并通过CRISPR-Cas9技术证明ECM修饰因子可解耦再生生长速率与截肢位置的关系 | 研究仅限于非洲鳉鱼尾鳍再生模型，在其它物种和组织的普适性有待验证 | 探索位置信息在脊椎动物附肢再生过程中的调控机制 | 非洲鳉鱼尾鳍再生过程中的细胞状态和组织动态 | 发育生物学 | 组织损伤与再生 | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据, 组织形态数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 757 | 2025-10-05 |
KRT17high/CXCL8+ Tumor Cells Display Both Classical and Basal Features and Regulate Myeloid Infiltration in the Pancreatic Cancer Microenvironment
2024-Jun-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1421
PMID:37851080
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序识别胰腺导管腺癌中的KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞及其对肿瘤微环境的影响 | 首次发现KRT17high/CXCL8+中间亚型肿瘤细胞具有独特的细胞因子谱，能够局部和系统性地调节髓系细胞浸润 | 样本量相对较小（18例PDAC样本），需要更大规模研究验证 | 表征胰腺导管腺癌中间亚型肿瘤细胞的特性及其在肿瘤微环境中的作用 | 人类PDAC样本、患者来源的PDAC类器官、匹配的血液和肿瘤样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 18例人类PDAC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 758 | 2025-10-05 |
Biallelic Loss-of-Function Variants in UBAP1L and Nonsyndromic Retinal Dystrophies
2024-Nov-01, JAMA ophthalmology
IF:7.8Q1
DOI:10.1001/jamaophthalmol.2024.3836
PMID:39325468
|
研究论文 | 本研究通过临床和分子特征分析，发现UBAP1L基因的双等位基因功能丧失变异与非综合征性视网膜营养不良相关 | 首次将UBAP1L基因鉴定为新的视网膜营养不良致病基因，并通过小鼠模型和单细胞RNA测序验证其功能 | 样本量较小（仅6名患者），小鼠模型未表现出视网膜退化表型 | 阐明遗传性视网膜营养不良的遗传基础，改善临床诊断和预后 | 6名来自4家三级医院的遗传性视网膜营养不良患者 | 遗传学 | 视网膜营养不良 | 外显子组测序,基因组测序,单细胞RNA测序,小基因检测,基因敲除小鼠模型 | 基因敲除小鼠模型 | 基因组数据,转录组数据,临床评估数据 | 6名患者，来自6个家庭 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 759 | 2025-10-05 |
An aberrant immune-epithelial progenitor niche drives viral lung sequelae
2024-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07926-8
PMID:39232171
|
研究论文 | 本研究通过建立小鼠模型揭示了病毒性肺后遗症中异常免疫-上皮祖细胞生态位驱动纤维化的机制 | 首次发现肺驻留CD8 T细胞-巨噬细胞相互作用通过IFNγ+TNF-IL-1β轴损害肺泡再生并驱动纤维化后遗症 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者样本验证仍需进一步扩展 | 阐明呼吸道病毒后遗症（PASC）的细胞分子机制 | 三个呼吸道PASC患者队列和病毒后肺病小鼠模型 | 空间转录组学 | COVID-19后遗症 | 空间转录组学、成像技术 | 小鼠疾病模型 | 空间转录组数据、图像数据 | 三个患者队列和相应小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 760 | 2025-10-05 |
Coxsackievirus B infection invokes unique cell-type specific responses in primary human pancreatic islets
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604861
PMID:39211206
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了柯萨奇病毒B感染在人类胰岛不同细胞类型中引发的特异性转录反应 | 首次在单细胞分辨率上系统揭示了CVB感染对不同胰岛细胞类型的特异性转录响应，并发现β细胞中长链非编码RNA与病毒感染的关系 | 使用尸体来源的胰岛样本，可能无法完全反映体内真实情况；研究时间点仅限于24和48小时 | 探究柯萨奇病毒B感染对人类胰岛不同细胞类型的特异性影响及其与1型糖尿病的关系 | 人类尸体来源的胰岛细胞 | 单细胞生物学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类尸体胰岛样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |