单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7421	2024-08-05	Single-cell sequencing analysis within biologically relevant dimensions 2024-01-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.12.005 PMID:38198894	研究论文	本文提出了一种基于生物相关维度的单细胞分析策略Seqtometry	Seqtometry跳过了无监督聚类和单个聚类的注释，结合了定性和定量的细胞类型识别	NA	探索和分析基因表达及可及性在不同器官系统中的变化	多种免疫细胞以及其他来自不同器官和疾病诱导状态的细胞，包括多发性骨髓瘤和阿尔茨海默病	数字病理学	阿尔茨海默病, 多发性骨髓瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
7422	2024-08-07	Comprehensive analysis the prognostic and immune characteristics of mitochondrial transport-related gene SFXN1 in lung adenocarcinoma 2024-Jan-17, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11646-z PMID:38233752	研究论文	本研究旨在探讨线粒体运输相关基因SFXN1在肺腺癌中的预后和免疫特性	首次评估SFXN1作为肺腺癌潜在预后生物标志物的可能性	NA	识别和评估SFXN1作为肺腺癌的潜在预后生物标志物	SFXN1基因在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫环境的影响	数字病理学	肺腺癌	实时定量PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学	NA	mRNA, 蛋白质	90例临床样本
7423	2024-08-05	Identification and exploration of aging-related subtypes and distinctive role of SERPINE1 in heart failure based on single-cell and bulk RNA sequencing data 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3631 PMID:38062883	研究论文	本研究探讨了与衰老相关的基因在心力衰竭中的生物学意义。	通过识别与衰老相关的心力衰竭特异性基因和开发新的诊断模型，揭示了SERPINE1在心力衰竭中的关键作用。	仅使用了小样本量的血液样本进行验证，对结果的普遍适用性有所限制。	探索心力衰竭与衰老之间的关系，寻找新的诊断生物标志物和治疗策略。	心力衰竭患者和正常对照的样本。	数字病理学	心力衰竭	单细胞和整体RNA测序	NA	基因表达数据	总共157个差异表达基因，10个正常对照和10个心力衰竭患者的血样本
7424	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma 2024-Jan, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2023.106654 PMID:38061122	研究论文	该研究探讨了乳头状甲状腺癌（PTC）转移机制，发现MIF信号通路通过抑制巨噬细胞而促进PTC的淋巴结转移	首次通过单细胞RNA测序揭示了乳头状甲状腺癌抑制巨噬细胞的MIF信号通路	研究样本数量有限，仅分析了61个肿瘤样本	研究乳头状甲状腺癌的潜在转移机制	从一名年轻女性获得的甲状腺肿瘤、正常甲状腺和转移的淋巴结肿瘤样本	数字病理学	乳头状甲状腺癌	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	61个肿瘤样本（31个有转移和30个无转移）
7425	2024-08-05	Construction of multiplexed transcriptome NGS libraries of microdissected tissue samples based on combinational DNA barcode microbeads 2024-Jan, Biotechnology journal IF:3.2Q2 DOI:10.1002/biot.202300294 PMID:37818700	研究论文	本文提出了一种基于组合DNA条形码的中通量转录组分析方法	文章首次介绍了组合DNA条形码（CDB）测序的应用，结合了Smart-3SEQ和CDB磁微珠以提高转录组分析的通量	文中没有明确提及CDB-seq方法在其他类型组织样本中的适用性	研究旨在开发一种成本效益高的中通量转录组分析方法	研究对象为微切割的组织样本，包括小鼠脑组织样本	数字病理学	NA	NGS	NA	RNA提取物	数十个微切割样本
7426	2024-08-05	Peroxisome proliferator-activated receptors signature reveal the head and neck squamous cell carcinoma energy metabolism phenotype and clinical outcome 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3605 PMID:37932968	研究论文	本研究揭示了过氧化物酶体增殖物激活受体在头颈部鳞状细胞癌中的作用及其与能量代谢表型和临床结果的关系	研究发现PPAR相关基因在HNSC中的能量代谢和免疫功能的重要性，构建了高准确度的预后模型	研究可能受限于数据集的多样性以及样本量的大小	全面分析头颈部鳞状细胞癌中PPAR相关基因的功能和临床意义	研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者及其相关基因	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	多种数据集，包括TCGA-HNSC等多个研究的样本
7427	2024-08-05	Cross-talk of pyroptosis-based subtypes, the development of a risk classifier and immune responses in cervical cancer 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3566 PMID:37469224	研究论文	该文章探讨了基于炎性坏死的亚型、风险分类器的开发以及宫颈癌中的免疫响应	提出了一个基于52个与炎性坏死相关基因的风险分类器，并发现CDH3在宫颈癌中的作用	未提及具体限制，可能包括样本量或特定基因的局限性	评估宫颈癌的预后和免疫代谢状态	宫颈癌患者的不同亚型和相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序分析	风险分类模型	基因表达数据	结合了两个独立的宫颈癌队列，样本规模为501（259和242）
7428	2024-08-07	COL3A1-positive endothelial cells influence LUAD prognosis and regulate LUAD carcinogenesis by NCL-PI3K-AKT axis 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3573 PMID:37547956	研究论文	本文研究了COL3A1阳性内皮细胞对肺腺癌（LUAD）预后和致癌过程的影响，并探讨了NCL-PI3K-AKT轴的作用。	首次揭示了COL3A1阳性内皮细胞在LUAD发展中的重要作用，并识别了关键目标基因NCL及其通过PI3K-AKT途径影响细胞凋亡和增殖的机制。	NA	探讨COL3A1阳性内皮细胞对LUAD预后和致癌过程的影响，并研究NCL-PI3K-AKT轴的作用。	肺腺癌（LUAD）中的内皮细胞和恶性细胞。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	16个LUAD样本
7429	2024-08-07	Cytotoxic T-lymphocytes in acute myeloid leukemia: Monitoring prognosis and guiding treatment choice 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3587 PMID:37697474	研究论文	本研究强调了细胞毒性T淋巴细胞（CTL）在急性髓系白血病（AML）中的作用，并探讨了CTL的细胞遗传学标记在监测AML预后和临床治疗反应中的作用。	本研究建立了基于CTL细胞遗传学标记的随机森林回归模型，有助于AML的预后分层，并可能指导AML患者的治疗选择。	NA	研究CTL在急性髓系白血病中的作用及其在监测预后和指导治疗选择中的应用。	急性髓系白血病（AML）患者的细胞毒性T淋巴细胞（CTL）及其细胞遗传学标记。	NA	白血病	单细胞RNA测序	随机森林模型	单细胞RNA测序数据	GSE116256数据集中包含的AML细胞类型
7430	2024-08-07	Machine learning reveals PANoptosis as a potential reporter and prognostic revealer of tumour microenvironment in lung adenocarcinoma 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3599 PMID:37800684	研究论文	本研究通过整合多种细胞死亡模式构建PANoptosis基因集，并利用单细胞RNA测序数据分析其在肺腺癌中的作用	首次将PANoptosis作为肿瘤微环境的潜在报告和预后标志物进行研究	研究样本量较小，需要进一步在大规模样本中验证	探索PANoptosis在肺腺癌中的预后价值及其与肿瘤微环境和免疫调控的关系	肺腺癌及其相关的PANoptosis基因集	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	11个肺腺癌样本
7431	2024-08-07	Immune infiltration and clinical significance analyses of the cancer-associated fibroblast-related signature in skin cutaneous melanoma 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3614 PMID:37847069	研究论文	本研究旨在建立与皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）特征，以提供新的视角来指示SKCM患者的预后和指导治疗方案	构建了一个包含10个基因的CAF相关模型，该模型能够预测患者的生存预后、肿瘤免疫景观及对化疗/免疫治疗的反应	NA	建立CAF相关特征以指示SKCM患者的预后和指导治疗方案	皮肤皮肤黑色素瘤（SKCM）患者的CAF相关基因和治疗反应	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组分析	基因共表达分析	基因表达数据	TCGA-SKCM队列中的SKCM样本
7432	2024-08-07	Macrophage heterogeneity in atherosclerosis: A matter of context 2024-Jan, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350464 PMID:37943053	综述	本文综述了在动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能特化，探讨了其在疾病发展中的多样性来源和作用	强调了巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其表型和功能的影响	主要集中在综述现有研究，未涉及具体实验数据或新发现	探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化，以及局部微环境对其的影响	巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7433	2024-08-07	Exploring the mechanism underlying the therapeutic effects of butein in colorectal cancer using network pharmacology and single-cell RNA sequencing data 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3628 PMID:37963584	研究论文	本研究通过网络药理学和单细胞RNA测序数据探索了白藜芦醇在结直肠癌中的治疗机制，并识别了潜在的生物标志物。	本研究结合网络药理学和单细胞分析，揭示了白藜芦醇在结直肠癌中的作用机制，并发现UBE2C作为一个有前景的生物标志物。	NA	揭示白藜芦醇在结直肠癌中的精确作用机制，并识别潜在的生物标志物。	白藜芦醇在结直肠癌中的作用机制及潜在生物标志物。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	232个白藜芦醇的目标基因，520个疾病相关基因，727个疾病-药物-基因网络中的目标，56个关键基因。
7434	2024-08-07	Prognosis and therapy in thyroid cancer by gene signatures related to natural killer cells 2024-Jan, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3657 PMID:38282150	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后和治疗	首次利用自然杀伤细胞相关的基因KLF2、OSTF1和TAPBP构建了甲状腺癌的新型预后风险特征	NA	开发与自然杀伤细胞相关的基因风险特征，用于预测甲状腺癌的预后	甲状腺癌患者	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox分析	RNA测序数据	7个甲状腺癌样本和502名甲状腺癌患者
7435	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the underlying mechanism of folliculotropism in folliculotropic mycosis fungoides 2024-Jan, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14992 PMID:38284188	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7436	2024-08-07	Bioengineered hydrogels enhance ex vivo preservation of patient-derived tumor explants for drug evaluation 2024-Mar, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2023.122460 PMID:38246018	研究论文	本文展示了生物工程水凝胶如何通过识别关键的基质参数，显著提高患者来源肿瘤组织切片（PDTS）的体外存活率，并维持肿瘤微环境中的细胞间通讯网络。	利用生物工程水凝胶增强PDTS的存活率，并维持肿瘤微环境中的细胞组成和细胞间通讯网络。	NA	研究如何通过生物工程水凝胶提高患者来源肿瘤组织切片在体外培养中的存活率，并维持其生物学特性。	患者来源的肿瘤组织切片（PDTS）及其在体外培养中的存活率和生物学特性。	生物工程	头颈癌	单细胞RNA测序，高维流式细胞术	NA	细胞	NA
7437	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals keratinocyte subpopulations contributing to psoriasis in corneum and granular layer 2024-Feb, Skin research and technology : official journal of International Society for Bioengineering and the Skin (ISBS) [and] International Society for Digital Imaging of Skin (ISDIS) [and] International Society for Skin Imaging (ISSI) IF:2.0Q3 DOI:10.1111/srt.13572 PMID:38279596	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了角质形成细胞亚群在银屑病发病中的作用及其分子机制	首次详细描述了角质形成细胞在银屑病中的特定亚群及其相关的信号通路	NA	揭示与银屑病相关的角质形成细胞亚群及其分子机制	正常和银屑病皮肤组织中的角质形成细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	正常和银屑病皮肤组织的单细胞转录组数据
7438	2024-08-07	The activator protein-1 complex governs a vascular degenerative transcriptional programme in smooth muscle cells to trigger aortic dissection and rupture 2024-Jan-27, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehad534 PMID:37992083	研究论文	本文研究了激活蛋白-1复合体在平滑肌细胞中调控血管退行性转录程序，从而触发主动脉夹层和破裂的机制	首次揭示了激活蛋白-1复合体在主动脉夹层发展中的动态作用，并提出了通过调节肿瘤坏死因子-氧化磷酸化-激活蛋白-1轴来干预主动脉重塑的新策略	研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨激活蛋白-1复合体在主动脉夹层中的作用机制，并寻找潜在的治疗干预策略	主动脉夹层患者和心脏移植患者的升主动脉组织，以及平滑肌细胞	心血管疾病	主动脉夹层	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组	9名升主动脉置换患者和5名心脏移植患者的升主动脉组织，以及93,397个细胞
7439	2024-08-05	Glomerular spatial transcriptomics of IgA nephropathy according to the presence of mesangial proliferation 2024-01-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52581-8 PMID:38278877	研究论文	本研究探讨了根据系膜增生的存在，IgA肾病（IgAN）肾小球的基因表达谱	使用空间特异性转录组分析，揭示了M1-IgAN与对照之间基因表达的显著差异	研究仅涵盖了12个病例，且各病例仅分析了三个肾小球	研究IgAN中系膜增生对肾小球基因表达的影响	IgAN患者及供体控制样本的肾小球组织	数字病理学	肾病	GeoMx数字空间分析	NA	基因表达数据	12个病例，分析每个病例的3个肾小球
7440	2024-08-07	Multi-omics reveals the role of ENO1 in bladder cancer and constructs an epithelial-related prognostic model to predict prognosis and efficacy 2024-01-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52573-8 PMID:38273010	研究论文	研究探讨ENO1在膀胱癌中的作用，并通过多组学分析构建了一个与上皮细胞相关的预测模型，用于预测膀胱癌的预后和治疗反应	通过多组学分析揭示了ENO1在膀胱癌中的高表达及其与不良预后、CD8+ T细胞耗竭和上皮异质性的关联，并构建了一个新的预测模型	NA	探索ENO1在膀胱癌中的作用，并构建一个预测膀胱癌预后和治疗反应的模型	ENO1在膀胱癌中的表达及其对预后和治疗反应的影响	数字病理学	膀胱癌	IHC, RNA-seq, scRNA-seq	LASSO分析	组织样本, 细胞样本	249个关键基因