单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7421	2024-08-05	Single-cell multi-omics in the study of digestive system cancers 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.007 PMID:38223343	review	本文全面回顾了单细胞组学技术在消化系统癌症研究中的进展	文章创新性地总结了单细胞多组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其未来发展趋势	文章未提及具体的实验数据或样本量	研究消化系统癌症的单细胞组学技术的应用	消化系统癌症	数字病理学	消化系统癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
7422	2024-08-07	T proliferating cells derived autophagy signature associated with prognosis and immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108701 PMID:38222108	研究论文	本研究通过手动整理自噬基因集，并在TCGA队列中比较恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌自噬特征，该特征源自T增殖细胞，并通过多个单细胞RNA测序数据集进行验证	首次揭示了泛癌自噬特征与免疫治疗抵抗和预后之间的关系，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞间相互作用	NA	探讨自噬特征在泛癌中的免疫治疗预测作用及其机制调控	泛癌自噬特征及其与免疫治疗抵抗和预后的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及转移性肾细胞癌、非小细胞肺癌、膀胱癌和黑色素瘤等多个队列
7423	2024-08-07	Expression of PD-1 mitigates phagocytic activities TAM in osteosarcoma 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23498 PMID:38223729	研究论文	本研究探讨了程序性死亡1（PD-1）在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的表达及其对骨肉瘤（OS）转移的影响	首次揭示了PD-1在TAMs中的表达抑制其吞噬能力，从而促进骨肉瘤转移的机制	NA	研究PD-1在TAMs中的表达对骨肉瘤转移的影响及其机制	骨肉瘤肺转移中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	15500个来自人骨肉瘤肺转移病变的单个细胞
7424	2024-08-05	What role does GPR65 play in the progression of osteosarcoma? Its mechanism and clinical significance 2024-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03216-5 PMID:38218960	研究论文	本研究旨在探讨GPR65在骨肉瘤的微环境、增殖及迁移中的作用	首次阐明GPR65在骨肉瘤发展中的作用及其机制，强调其作为预后生物标志物的潜力	研究样本均为术后标本，可能影响结果的普适性	探索GPR65在骨肉瘤进展中的机制及其临床意义	97名骨肉瘤患者的转录组数据及六个术后标本的单细胞测序数据	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq, 单细胞测序	NA	生物样本数据	97名骨肉瘤患者和六个手术标本
7425	2024-08-05	BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data 2024-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44560-w PMID:38218939	研究论文	本研究提出了一种名为BIDCell的自监督深度学习框架，用于亚细胞空间转录组数据的分割	BIDCell引入了生物学启发的损失函数，通过学习空间分布的基因表达与细胞形态之间的关系，克服了传统方法在细胞分割中的挑战	未提及具体的局限性	提高单细胞空间表达分析的精确度	使用来自公共库的单细胞转录组数据和细胞形态信息进行细胞分割	数字病理学	NA	自监督深度学习	NA	空间转录组数据	NA
7426	2024-08-05	Zhilong Huoxue Tongyu capsule alleviates myocardial fibrosis by improving endothelial cell dysfunction 2024-Jan, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.07.001 PMID:38223805	研究论文	该论文研究了智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的影响	首次提供了智龙活血通瘀胶囊通过调节内皮-间质转化和MHC-II表达来改善心肌纤维化的证据	缺乏对长期疗效和作用机制的深入探讨	研究智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的治疗效果	心肌纤维化过程中受到影响的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	免疫荧光染色、组织染色	小鼠模型	生物标志物、心脏超声波和组织学数据	使用异丙肾上腺素注射建立的小鼠模型
7427	2024-08-07	Single-cell transcriptomes of kidneys in a 6-month-old boy with Denys-Drash syndrome reveal stromal cell heterogeneity in the tumor microenvironment 2024-Jan, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad277 PMID:38223339	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞异质性	发现了一个新的WT1基因突变，并通过单细胞RNA测序揭示了Wilms肿瘤和肾脏组织中的细胞成分异质性	NA	探索Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞成分和相互作用	Denys-Drash综合征患者的肾脏组织	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	31,135个细胞
7428	2024-08-05	Update on Biomarkers in Renal Cell Carcinoma 2024-Jan, American Society of Clinical Oncology educational book. American Society of Clinical Oncology. Annual Meeting DOI:10.1200/EDBK_430734 PMID:38207251	研究论文	该文章更新了肾细胞癌生物标志物的相关进展	本文创新性地探索了宿主因素及其对免疫系统的深入特征化，并提出了新技术以克服现有技术面临的挑战	尽管对肿瘤内在特征进行了广泛研究，但尚未提供明确和可靠的预测生物标志物	本文旨在识别能够预测治疗反应和耐药性的生物标志物	研究对象主要是肾细胞癌及其相关的生物标志物	肿瘤病理学	肾癌	NA	NA	NA	NA
7429	2024-08-07	A proteome-wide screen identifies the calcium binding proteins, S100A8/S100A9, as clinically relevant therapeutic targets in aortic dissection 2024-Jan, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.107029 PMID:38056513	研究论文	本研究通过蛋白质组学分析，发现钙结合蛋白S100A8/S100A9在主动脉夹层中作为新的治疗靶点	首次确定S100A8/S100A9作为主动脉夹层的治疗靶点，并通过药物ABR-25757验证其安全性和有效性	NA	发现主动脉夹层的新治疗靶点	主动脉夹层患者和对照组的升主动脉样本	心血管疾病	主动脉夹层	蛋白质组学分析	NA	蛋白质数据	NA
7430	2024-08-07	Self-organized BMP signaling dynamics underlie the development and evolution of digit segmentation patterns in birds and mammals 2024-Jan-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2304470121 PMID:38175868	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间基因表达分析，结合数学模型，研究了鸟类和哺乳动物趾部分节模式的发育和进化机制	首次揭示了BMP信号通路中的自组织Turing系统如何形成周期性的关节模式，并能重现体内观察到的时空基因表达动态	NA	探讨BMP信号通路在鸟类和哺乳动物趾部分节模式发育中的作用	鸟类和哺乳动物的趾部分节模式	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
7431	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling of Pancreatic Islets From Early Diabetic Mice Identifies Anxa10 for Ca2+ Allostasis Toward β-Cell Failure 2024-Jan-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0212 PMID:37871012	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了早期糖尿病小鼠胰腺胰岛的转录组，发现Anxa10基因在钙离子异稳态中的作用及其与β细胞功能障碍的关系	发现了糖尿病特异性的内分泌和非内分泌细胞类型的转录组景观，并识别了一个新的前糖尿病基因Anxa10，该基因在代谢应激下诱导并调节钙离子流入	NA	揭示2型糖尿病中β细胞功能障碍的全面机制	早期糖尿病小鼠的胰腺胰岛	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	糖尿病db/db小鼠的胰腺胰岛
7432	2024-08-07	HAMSAB diet ameliorates dysfunctional signaling in pancreatic islets in autoimmune diabetes 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108694 PMID:38213620	研究论文	本文研究了HAMSAB饮食对自身免疫性糖尿病中胰腺胰岛功能障碍信号的影响	首次通过单细胞RNA测序分析了HAMSAB饮食对胰腺胰岛细胞基因表达的影响	研究主要在NOD小鼠模型中进行，需要进一步在人类患者中验证	探讨HAMSAB饮食对改善1型糖尿病血糖控制的作用机制	胰腺胰岛细胞及其中免疫细胞的基因表达	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NOD小鼠
7433	2024-08-05	Integrative analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing data revealed T cell marker genes based molecular sub-types and a prognostic signature in lung adenocarcinoma 2024-01-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-50787-w PMID:38200058	研究论文	本研究揭示了基于T细胞标记基因的肺腺癌分子亚型和预后特征	提出了一种基于T细胞标记基因的预后签名，具有预测肺腺癌患者免疫治疗结果的潜力	该研究的特定T细胞贡献尚未得到充分探讨	旨在基于T细胞标记基因 delineate 分子亚型和预后指标	研究肺腺癌（LUAD）中T细胞的作用及其相关基因	数字病理学	肺癌	RNA-seq	Cox分析	单细胞数据和批量RNA测序数据	NA
7434	2024-08-07	Identification of CD8+ T-cell exhaustion signatures for prognosis in HBV-related hepatocellular carcinoma patients by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Jan-10, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11804-3 PMID:38200408	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别了与HBV相关肝细胞癌患者预后相关的CD8+ T细胞耗竭特征。	建立了新的CD8+ T细胞耗竭指数（TEI）模型，该模型有望预测HBV相关肝细胞癌患者的临床预后和潜在的免疫治疗效果。	NA	研究CD8+ T细胞耗竭特征在HBV相关肝细胞癌患者中的预后价值及免疫治疗反应。	HBV相关肝细胞癌患者的CD8+ T细胞耗竭特征。	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	NA
7435	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Sequence Profiling on the Morphogenesis of Secondary Hair Follicles in Ordos Fine-Wool Sheep 2024-Jan-02, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25010584 PMID:38203755	研究论文	研究通过单细胞转录组测序分析了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生过程中的分子机制	首次揭示了Ordos细毛羊次级毛囊形态发生的分子机制，并通过伪时间分析构建了真皮系细胞和表皮系细胞的分化轨迹	NA	旨在分析Ordos细毛羊毛囊形成过程中的分子机制，以改善其纤维直径和羊毛产量	Ordos细毛羊的次级毛囊形态发生	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
7436	2024-08-05	Integrated Bulk and Single-cell RNA Sequencing Data Constructs and Validates a Prognostic Model for Non-small Cell Lung Cancer 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90768 PMID:38213729	研究论文	本研究整合了传统的肿瘤大块RNA测序和单细胞RNA测序数据，构建了非小细胞肺癌的预后模型	该研究创新性地将单细胞RNA-seq数据与大块RNA-seq数据相结合，并纳入临床特征来构建预后模型	研究未提及样本的长期随访数据与模型的外部验证	研究旨在为非小细胞肺癌患者开发精确的预后模型	研究对象为非小细胞肺癌患者的数据，包括基因表达和临床特征	数字病理学	肺癌	RNA-seq	LASSO和Cox回归模型	基因表达数据	参与研究的样本数量未明确提及
7437	2024-08-05	Batch correction of single-cell sequencing data via an autoencoder architecture 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbad186 PMID:38213820	研究论文	本文开发了一种基于自编码器的批次校正方法，用于整合单细胞测序数据集	提出了一种半监督深度学习架构，能有效去除批次效应并保持生物信号	未提及特定的限制	解决单细胞测序数据集中批次效应的问题	多个来自不同来源的单细胞测序数据集	数字病理学	NA	深度学习	自编码器	基因表达数据	四个单细胞测序数据集
7438	2024-08-05	Multi-omics identification of GPCR gene features in lung adenocarcinoma based on multiple machine learning combinations 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.90990 PMID:38213730	研究论文	本研究通过多组学分析识别肺腺癌中的GPCR基因特征	构建了包含10种机器学习算法及其多重组合的新机器学习框架，以建立共识GPCR相关特征	未在不同类型的肺腺癌样本中进行广泛验证	旨在识别与肺腺癌预后相关的GPCR基因特征	肺腺癌中的GPCR相关基因	机器学习	肺癌	单细胞转录组学, 大规模转录组学, RT-qPCR	多重机器学习组合	基因组数据, 转录组数据	单细胞和大规模转录组数据涉及的样本数量未具体说明
7439	2024-08-07	PRMT1 Integrates Immune Microenvironment and Fatty Acid Metabolism Response in Progression of Hepatocellular Carcinoma 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S443130 PMID:38213310	研究论文	本研究探讨了蛋白精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在肝细胞癌（HCC）中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	首次详细研究了PRMT1在HCC中的表达与免疫细胞浸润及脂肪酸代谢的关系，并探讨了其潜在的生物学机制	研究主要基于单细胞RNA测序和临床病理数据，未来研究需要更多的实验验证和临床试验	探究PRMT1在肝细胞癌中的作用及其对免疫微环境和脂肪酸代谢的影响	肝细胞癌（HCC）及其免疫微环境和脂肪酸代谢	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
7440	2024-08-07	Biomarkers of UVB radiation-related senescent fibroblasts 2024-01-09, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-51058-4 PMID:38195709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了UVB辐射下和正常对照小鼠皮肤细胞的差异表达基因，鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物。	首次在单细胞水平上鉴定了与光老化相关的衰老成纤维细胞的生物标志物，并探讨了其与细胞免疫炎症的关系及潜在药物靶点。	研究仅限于小鼠皮肤细胞，未来需在人类皮肤样本中进一步验证。	旨在理解光老化过程中皮肤细胞的生物功能特性及分子改变，为开发抗光老化干预措施提供新思路。	UVB辐射下和正常对照的小鼠皮肤细胞。	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	Seurat	RNA测序数据	GSE173385数据集中的UVB辐射和正常对照小鼠皮肤样本