单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7508 篇文献，本页显示第 7381 - 7400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7381 | 2024-08-05 |
Exploring the mechanism of Celastrol in the treatment of rheumatoid arthritis based on systems pharmacology and multi-omics
2024-01-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48248-5
PMID:38238321
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研究论文 | 本研究探索了Celastrol在类风湿关节炎治疗中的分子网络机制 | 提出了一种新的策略，将系统药理学、蛋白质组学、转录组学和单细胞转录组学相结合 | NA | 揭示Celastrol在类风湿关节炎治疗中的作用机制 | 类风湿关节炎相关基因和Celastrol的潜在靶标 | 系统药理学 | 类风湿关节炎 | 系统药理学、转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 195个靶标、2068个差异基因、294个差异蛋白 |
| 7382 | 2024-08-05 |
PROST: quantitative identification of spatially variable genes and domain detection in spatial transcriptomics
2024-Jan-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44835-w
PMID:38238417
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研究论文 | 本文提出了一个框架（PROST），用于定量识别空间转录组中的空间变异基因和组织域 | 提出了PROST Index，可以有效定量表征基因表达的空间变异，并通过自注意力机制进行空间域的无监督聚类 | 现有方法在均匀量化空间变异基因方面存在不足，且大部分方法在技术上将空间变异基因和空间域的描绘割裂开 | 研究空间转录组数据的定量识别和分析 | 针对空间表达模式的基因和组织域进行定量识别 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序 | 自注意力机制 | 基因表达数据 | 不同空间分辨率的样本，包括多细胞和细胞级别的数据 |
| 7383 | 2024-08-05 |
Anoikis related genes may be novel markers associated with prognosis for ovarian cancer
2024-01-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52117-0
PMID:38238592
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研究论文 | 本研究旨在确定与凋亡相关基因在卵巢癌中的预后意义，并基于ARG表达开发预后标志。 | 本研究首次提出ARG可能在卵巢癌预后中发挥新颖作用，并建立了基于ARG表达的预后签名。 | 需要进一步研究来验证结果并探索潜在机制。 | 探讨凋亡相关基因在卵巢癌预后中的作用。 | 卵巢癌患者的临床数据和单细胞测序数据的分析。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单样本基因集富集分析（ssGSEA），非负矩阵分解（NMF），LASSO | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | NA |
| 7384 | 2024-08-07 |
Immune characteristics of kidney transplant recipients with acute respiratory distress syndrome induced by COVID-19 at single-cell resolution
2024-Jan-18, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02682-9
PMID:38238762
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，构建了肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞免疫图谱，以探讨COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在KTRs中的免疫微环境异质性 | 本研究首次在单细胞分辨率下探讨了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征，揭示了KTRs在病毒感染和免疫抑制双重影响下的免疫微环境异质性 | 研究样本量较小，仅包括八名COVID-19诱导的ARDS患者和五名KTRs，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入理解COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征 | 肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 八名COVID-19诱导的ARDS患者，五名KTRs，五名健康个体 |
| 7385 | 2024-08-05 |
Multipotent progenitors instruct ontogeny of the superior colliculus
2024-Jan-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.009
PMID:38096816
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研究论文 | 这篇文章探讨了哺乳动物上丘的多能前体细胞如何指导细胞类型的多样性生成 | 首次建立了单细胞水平上哺乳动物上丘发育的新框架 | 目前尚不清楚其他因素如何进一步影响上丘细胞的多样性 | 研究上丘细胞类型多样性的生成原理 | 主要研究了上丘的放射胶质前体细胞的多能性 | 数字病理学 | NA | 基因马赛克分析和单细胞测序 | NA | 细胞谱系数据 | 使用了多个标记的遗传马赛克小鼠 |
| 7386 | 2024-08-05 |
Towards high-throughput parallel imaging and single-cell transcriptomics of microbial eukaryotic plankton
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0296672
PMID:38241213
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研究论文 | 该文章探讨了微生物真核浮游生物的单细胞转录组学，应用了一种新技术用于高通量成像。 | 首次将微阵列单细胞测序技术应用于微生物真核生物，并展示了其在不同细胞结构的微生物群体中的应用潜力。 | 在研究较小的硅藻细胞时，无法有效分离单细胞转录组与背景噪音，信噪比尚需提高。 | 探索微生物真核生物的转录组特征并揭示其对生态系统的影响。 | 研究三种重要浮游生物：纤毛虫Tetrahymena thermophila、硅藻Phaeodactylum tricornutum和甲藻Heterocapsa sp。 | 数字病理学 | NA | 微阵列单细胞测序技术 (MASC-seq) | NA | 图像和转录组数据 | 三种浮游生物物种的多个单细胞样本 |
| 7387 | 2024-08-05 |
Cross-species single-cell landscape of vertebrate pineal gland
2024-Jan, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12927
PMID:38018267
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研究论文 | 本研究详细分析了从鱼类到哺乳动物的松果体进化过程 | 揭示了松果体细胞在不同物种间的独特转录变化和配体-受体相互作用 | 研究样本主要局限于斑马鱼、老鼠和猴子，结果的普遍性需进一步验证 | 探讨松果体从鱼类到哺乳动物的进化及其功能多样性 | 斑马鱼、老鼠和猴子的松果体单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共计22,431个细胞 |
| 7388 | 2024-08-07 |
sc2MeNetDrug: A computational tool to uncover inter-cell signaling targets and identify relevant drugs based on single cell RNA-seq data
2024-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011785
PMID:38181047
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研究论文 | 开发了一种名为sc2MeNetDrug的计算工具，用于基于单细胞RNA测序数据揭示细胞间信号传导目标并识别相关药物 | sc2MeNetDrug工具专门设计用于识别疾病微环境中的细胞类型，揭示单个细胞类型内的功能障碍信号通路及不同细胞类型间的相互作用，并预测可能破坏细胞间信号传导的有效药物 | NA | 开发一种新的计算工具，帮助研究人员基于单细胞RNA测序数据发现新的细胞间信号传导和治疗方案 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间信号传导和相关药物 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 7389 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of the cellular landscape of vulvar melanoma provides new insight for immunotherapy administration
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-11839-0
PMID:38233802
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了外阴黑色素瘤的细胞景观，为免疫治疗提供了新的见解 | 发现了CD8+ T细胞激活在外阴黑色素瘤中的作用，以及抗原呈递分子功能在黑色素瘤转移中的参与 | 研究样本仅来自一位68岁女性患者，可能影响结果的普遍性 | 阐明外阴黑色素瘤中紊乱的免疫微环境在癌症进展中的作用 | 外阴黑色素瘤的细胞景观及其在免疫治疗中的潜在应用 | 数字病理学 | 外阴黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 12,243个单细胞 |
| 7390 | 2024-08-07 |
Splenic monocytes drive pathogenic subretinal inflammation in age-related macular degeneration
2024-Jan-17, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03011-z
PMID:38233865
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研究论文 | 本文研究了年龄相关性黄斑变性（AMD）中脾脏单核细胞在病理性视网膜下炎症中的作用 | 首次展示了血管紧张素II能够动员ATR1脾脏单核细胞，并通过单细胞RNA测序揭示了其转录特征，这些细胞在功能上与骨髓单核细胞不同 | NA | 探讨脾脏单核细胞在年龄相关性黄斑变性中的作用及其潜在的治疗策略 | 年龄相关性黄斑变性中的脾脏单核细胞 | NA | 年龄相关性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 7391 | 2024-08-07 |
Heterogeneous Expression Patterns of the Minichromosome Maintenance Complex Members in Retinoblastoma Unveil Its Clinical Significance
2024-Jan-02, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.1.31
PMID:38231525
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研究论文 | 研究探讨了微染色体维持（MCM）复合体成员在视网膜母细胞瘤（RB）中的表达模式及其临床意义 | 首次在单细胞水平上整合了来自正常视网膜、眼内和眼外RB样本的单细胞RNA测序数据，以表征MCM复合体成员的表达模式 | NA | 探索MCM复合体成员在视网膜母细胞瘤中的表达模式及其临床意义 | MCM复合体成员在视网膜母细胞瘤中的表达 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五个正常视网膜样本、六个眼内RB样本和五个眼外RB样本 |
| 7392 | 2024-08-07 |
scQA: A dual-perspective cell type identification model for single cell transcriptome data
2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.021
PMID:38235363
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研究论文 | 介绍了一种名为scQA的新方法，该方法能够从定性和定量两个角度同时识别细胞类型和细胞类型特异性关键基因 | scQA方法不仅识别细胞类型，还提取与这些细胞类型相关的关键基因，实现双向聚类，并采用创新的标签传播策略进行细胞聚类 | NA | 开发一种新的算法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞类型和关键基因 | 单细胞转录组数据中的细胞类型和关键基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双向聚类模型 | 转录组数据 | 20个公开可用的单细胞转录组数据集 |
| 7393 | 2024-08-07 |
Microgel-based carriers enhance skeletal stem cell reprogramming towards immunomodulatory phenotype in osteoarthritic therapy
2024-Apr, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2023.12.022
PMID:38235309
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研究论文 | 本研究探讨了微凝胶载体在骨关节炎治疗中对骨骼干细胞向免疫调节表型重编程的影响 | 首次揭示了微凝胶载体通过促进YAP蛋白核转位，增强骨骼干细胞的免疫调节能力，从而有效治疗骨关节炎 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需进一步验证在临床环境中的效果 | 探索微凝胶载体在骨骼干细胞治疗骨关节炎中的作用机制 | 骨骼干细胞及其在骨关节炎治疗中的应用 | 生物医学工程 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及骨关节炎大鼠模型 |
| 7394 | 2024-08-07 |
EMP3 as a prognostic biomarker correlates with EMT in GBM
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11796-0
PMID:38229014
|
研究论文 | 本文研究了EMP3作为GBM中的预后生物标志物与EMT的相关性 | EMP3被发现是与EMT相关的基因，可作为诊断胶质瘤患者的特异性生物标志物，并作为胶质瘤患者总体生存的独立预后因子 | NA | 探索EMP3促进GBM生长的可能机制，对GBM治疗具有重要意义 | EMP3在GBM中的作用及其与EMT的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 5个单细胞RNA测序数据集，EMP3沉默的U87和U251细胞系 |
| 7395 | 2024-08-07 |
Extraocular muscle stem cells exhibit distinct cellular properties associated with non-muscle molecular signatures
2024-Jan-17, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.202144
PMID:38240380
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研究论文 | 本研究通过克隆分析、活体成像和单细胞RNA测序，揭示了眼外肌干细胞与肢体肌肉干细胞在细胞特性和分子标志上的差异 | 首次发现眼外肌干细胞具有不同于传统肌肉细胞的分子特征，这些特征与非肌肉细胞的分子标志相关 | 研究主要集中在体外激活的眼外肌干细胞，对体内环境的影响尚未深入探讨 | 探究眼外肌干细胞与肢体肌肉干细胞在功能异质性上的机制 | 眼外肌干细胞与肢体肌肉干细胞的细胞特性和分子标志 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 7396 | 2024-08-07 |
Quercetin inhibits caspase-1-dependent macrophage pyroptosis in experimental folic acid nephropathy
2024-Jan-16, Chinese medicine
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s13020-024-00885-2
PMID:38229085
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研究论文 | 本研究探讨了槲皮素在实验性叶酸肾病中抑制依赖于caspase-1的巨噬细胞焦亡的作用 | 首次验证了槲皮素通过下调巨噬细胞中的caspase-1来保护细胞免受焦亡的影响 | NA | 验证焦亡在实验性叶酸肾病中的重要性，并探索槲皮素对焦亡的保护作用 | 槲皮素对巨噬细胞焦亡的影响及其在叶酸肾病中的作用 | NA | 肾病 | 基因集富集分析（GSEA），加权基因共表达网络分析（WGCNA），分子对接，单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据，细胞数据 | 动物模型和RAW264.7细胞系 |
| 7397 | 2024-08-05 |
CellSTAR: a comprehensive resource for single-cell transcriptomic annotation
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad874
PMID:37855686
|
研究论文 | 本研究开发了一个名为CellSTAR的综合单细胞转录组注释资源数据库 | 首次提供全面专家注释的参考数据，可用于注释数百种细胞类型，并结合数万个标记基因 | NA | 探讨细胞异质性和准确注释细胞类型的重要性 | 单细胞转录组信息和细胞类型的注释 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 包含数百种细胞类型的参考数据和数万个标记基因 |
| 7398 | 2024-08-07 |
CellCommuNet: an atlas of cell-cell communication networks from single-cell RNA sequencing of human and mouse tissues in normal and disease states
2024-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad906
PMID:37850657
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research paper | 介绍了一个名为CellCommuNet的综合数据资源，用于探索人类和小鼠组织在正常和疾病状态下基于单细胞RNA测序数据的细胞间通信网络 | CellCommuNet提供了一个全面的平台，用于分析和比较健康与疾病状态下的细胞间通信强度和相关信号通路 | NA | 研究细胞间通信在维持细胞、器官和整个生物体生物功能及微环境稳态中的作用 | 人类和小鼠组织在正常和疾病状态下的细胞间通信网络 | digital pathology | cancer | scRNA-seq | NA | scRNA-seq data | 376个单数据集，118个疾病与正常样本的比较数据集 |
| 7399 | 2024-08-05 |
Tumor immune microenvironment-based therapies in pancreatic ductal adenocarcinoma: time to update the concept
2024-Jan-02, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-023-02935-3
PMID:38167055
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综述 | 本文探讨了肿瘤免疫微环境在胰腺导管腺癌中的疗法及其最新研究进展 | 提出了通过单细胞测序技术对胰腺导管腺癌的免疫表型进行更全面的分类 | 未详细说明特定治疗对不同免疫表型患者的效果和适应性 | 增强对胰腺导管腺癌治疗中肿瘤免疫微环境的理解 | 肿瘤细胞、免疫细胞、癌症相关成纤维细胞（CAF）及细胞外基质（ECM） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 7400 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of liver immune microenvironment changes induced by microplastics in mice with non-alcoholic fatty liver
2024-Feb-20, The Science of the total environment
DOI:10.1016/j.scitotenv.2023.168308
PMID:37977403
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了微塑料暴露下非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫微环境的改变 | 首次揭示了微塑料暴露对非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫细胞亚群的影响及其分子机制 | 研究仅限于小鼠模型，未来需在人体中验证相关发现 | 探究微塑料暴露对非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫微环境的影响 | 非酒精性脂肪肝小鼠肝脏免疫细胞 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 43,480个细胞 |