单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7361	2024-08-07	Metabolomics, Transcriptome and Single-Cell RNA Sequencing Analysis of the Metabolic Heterogeneity between Oral Cancer Stem Cells and Differentiated Cancer Cells 2024-Jan-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16020237 PMID:38254728	研究论文	本研究通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序分析，探讨口腔癌干细胞与分化癌细胞之间的代谢异质性	首次综合运用代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序技术，深入分析口腔癌干细胞与分化癌细胞的代谢差异	研究仅限于细胞系和多细胞肿瘤球体模型，未涉及更多临床样本	理解癌干细胞的独特代谢特征，以应对与之相关的临床挑战	口腔癌干细胞与分化癌细胞的代谢特征	数字病理学	口腔癌	代谢组学、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	代谢物、基因表达数据	使用CAL27和HSC3细胞系及六个口腔癌患者的单细胞RNA测序数据
7362	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Alterations in Patient Immune Cells with Pulmonary Long COVID-19 Complications 2024-Jan-02, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb46010029 PMID:38248331	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了患有长期COVID-19并发症患者的免疫细胞变化	首次详细分析了长期COVID-19患者免疫细胞的动态变化，特别是幼稚中性粒细胞和CD8+ NKT样细胞的增加	研究样本量较小，仅包括一名患者，可能影响结果的普遍性	深入研究长期COVID-19患者的免疫景观	长期COVID-19患者的免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	一名71岁COVID-19患者及对照组
7363	2024-08-07	Correction to 'Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno' 2024-Jan-25, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1229 PMID:38109292	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7364	2024-08-07	InClust+: the deep generative framework with mask modules for multimodal data integration, imputation, and cross-modal generation 2024-Jan-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05656-2 PMID:38267858	研究论文	本文介绍了inClust+，一个用于多组学数据整合、插补和跨模态生成的深度生成框架，该框架通过增加两个掩码模块来增强其处理多模态数据的能力	inClust+框架引入了输入掩码模块和输出掩码模块，专门设计用于处理多模态数据，提高了数据整合和跨模态生成的效率	NA	开发一种能够有效整合和处理多模态数据的计算方法	单细胞技术产生的多组学数据，包括基因表达、染色质可及性和蛋白质丰度等	机器学习	NA	深度学习	生成对抗网络（GAN）	多模态数据	涉及多种类型的单细胞数据集，包括scRNA-seq、MERFISH和CITE-seq数据
7365	2024-08-05	A novel protein encoded by circKANSL1L regulates skeletal myogenesis via the Akt-FoxO3 signaling axis 2024-Feb, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2023.128609 PMID:38056741	研究论文	该文章报道了一种新型蛋白质circKANSL1L在骨骼肌生成中的作用	发现了由circKANSL1L编码的新型蛋白质及其在肌生成中的潜在功能	研究主要集中在猪的肌肉，可能不适用于其他物种	探究circKANSL1L如何通过Akt-FoxO3信号通路调控骨骼肌生成	Lantang和Landrace猪的长背肌肉样本	数字病理学	NA	circRNAome-seq和Ribo-seq	NA	代谢组学和单细胞转录组学数据	来自Lantang和Landrace小猪的长背肌肉样本
7366	2024-08-05	Cellular and molecular mechanisms of highly active mesenchymal stem cells in the treatment of senescence of rhesus monkey ovary 2024-01-08, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03631-x PMID:38191526	研究论文	这篇文章研究了高活性间充质干细胞在猴子卵巢抗衰老中的细胞和分子机制	这项研究首次揭示了高活性间充质干细胞对卵巢衰老的多种细胞和分子机制	该研究主要在猕猴卵巢进行，可能无法直接推广到人类	探讨高活性间充质干细胞在猴子卵巢衰老治疗中的作用机制	猕猴卵巢的老化细胞群和高活性间充质干细胞	数字病理学	衰老相关疾病	单核转录组测序	NA	基因表达数据	使用了不说明数量的猕猴卵巢样本和高活性间充质干细胞
7367	2024-08-07	Comparative single-cell analysis reveals heterogeneous immune landscapes in adenocarcinoma of the esophagogastric junction and gastric adenocarcinoma 2024-01-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06388-6 PMID:38182569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管胃结合部腺癌（AEG）和胃腺癌（GAC）的肿瘤微环境（TME），揭示了AEG中异质性恶性细胞和肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的特征	首次全面解析了AEG的TME，识别了具有多样生物功能和内在恶性特性的异质性AEG恶性细胞，并揭示了AEG中T细胞的转录特征和TCR谱系	NA	旨在深入理解食管胃结合部腺癌（AEG）的肿瘤微环境（TME）	食管胃结合部腺癌（AEG）和胃腺癌（GAC）的肿瘤和邻近正常组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四名AEG患者和公开的GAC单细胞数据集
7368	2024-08-05	Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma 2024-01-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.032 PMID:38134933	研究论文	此研究介绍了一种新技术Zman-seq，该技术记录了胶质母细胞瘤中免疫细胞的转录动态。	Zman-seq技术引入时间戳以捕获单细胞转录组学动态，解决了当前缺乏能够记录细胞动态变化的体内基因组技术的问题	NA	本研究旨在揭示胶质母细胞瘤中的免疫适应过程中的细胞状态转变	研究对象为在胶质母细胞瘤微环境中变化的免疫细胞，特别是细胞毒性自然杀伤细胞和单核细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	Zman-seq	NA	转录组数据	NA
7369	2024-08-07	CD317+ MSCs expanded with chemically defined media have enhanced immunological anti-inflammatory activities 2024-01-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03618-8 PMID:38169422	研究论文	本研究探讨了使用化学定义培养基扩增的CD317+ MSCs在免疫抗炎活性方面的增强作用	发现CD317+ MSCs具有改善的分化能力和增强的免疫抑制活性，其抗炎功能增强与TSG6水平升高有关	研究主要集中在体外和体内实验，临床应用的实际效果和安全性需要进一步验证	探索MSCs在治疗免疫相关疾病中的应用潜力	CD317+ MSCs及其在免疫抗炎活性中的作用	细胞生物学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自脐带的MSCs样本
7370	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of peripheral blood mononuclear cells indicates impaired immune and inflammatory responses in alcohol-associated hepatitis 2024-Jan, Human immunology IF:3.1Q3 DOI:10.1016/j.humimm.2023.110735 PMID:38040543	研究论文	这篇文章探讨了酒精相关肝炎中外周血单核细胞的单细胞转录组学，揭示了免疫和炎症反应受损的情况	利用单细胞RNA测序技术，文章首次表明酒精相关肝炎患者PBMC的特定亚型在免疫和炎症反应中涉及不同机制	由于样本复杂性和异质性，可能无法完全揭示所有潜在的分子机制	旨在更好地理解酒精相关肝炎患者的系统免疫反应	研究对象为酒精相关肝炎患者的外周血单核细胞	数字病理学	酒精相关肝炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	外周血单核细胞样本
7371	2024-08-07	Increased expression of CXCL6 in secretory cells drives fibroblast collagen synthesis and is associated with increased mortality in idiopathic pulmonary fibrosis 2024-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00088-2023 PMID:37918852	研究论文	本研究探讨了在特发性肺纤维化（IPF）中，气道上皮细胞表达的趋化因子CXCL6对纤维母细胞胶原蛋白合成的影响及其与患者生存率的关系	发现CXCL6在IPF患者的远端肺部气道上皮细胞中表达增加，并与患者的不良生存率相关	NA	探究趋化因子CXCL6在特发性肺纤维化中的作用及其对患者生存率的影响	特发性肺纤维化患者的肺部组织和纤维母细胞	NA	肺纤维化	转录组学分析、免疫染色、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、蛋白质水平数据	179名特发性肺纤维化患者
7372	2024-08-07	Unraveling dedifferentiation and metastasis traces in pancreatic ductal adenocarcinoma ductal cells: Insights from single-cell RNA sequencing analysis of ITGB4 and C19orf33 2024-Jan, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2023.155012 PMID:38071887	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）中ITGB4和C19orf33基因的表达模式，揭示了这些基因在肿瘤发生和转移中的潜在作用	首次发现ITGB4和C19orf33在PDAC样本中具有差异表达，并且它们的表达模式与肿瘤的转移机制相关	研究仅限于特定的细胞系和化疗药物处理，可能需要进一步的临床样本验证	探讨胰腺导管腺癌中ITGB4和C19orf33基因的表达及其在肿瘤发生和转移中的作用	胰腺导管腺癌的导管细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及MIA PaCa-2和PANC-1两种胰腺导管腺癌细胞系，以及PDAC样本与邻近正常组织的比较
7373	2024-08-05	Exosomal lncCRLA is predictive for the evolvement and development of lung adenocarcinoma 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216588 PMID:38097132	研究论文	本研究揭示了lncCRLA在肺腺癌发展中的预测作用	发现plasmatic lncCRLA作为一种新型循环生物标志物，能够预测肺腺癌的发生和演变	研究主要集中在lncCRLA的作用机制，缺乏对其长期临床应用的验证	探讨lncCRLA在肺腺癌进展中的作用及其作为生物标志物的潜力	主要研究对象为肺腺癌细胞及其相关lncRNA	数字病理学	肺癌	单细胞测序、RNA-Mutect技术和空间转录组学	转基因小鼠模型	细胞和组织样本	使用了少量的肺腺癌细胞和转基因小鼠
7374	2024-08-05	Single-cell transcriptome profiling of primary tumors and paired organoids of pancreatobiliary cancer 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216586 PMID:38081505	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术比较了原发性胰胆道癌及其配对的类器官的转录组特征	揭示了原发肿瘤和其配对类器官在转录组水平上的异同，并确认了类器官模型在胰胆道癌研究中的应用前景	尚不清楚类器官是否能忠实反映原发胰胆道癌的异质性	探讨类器官模型在胰胆道癌的适用性	来自一例胆道癌和两例胰腺导管腺癌患者的原发肿瘤及其配对类器官	数字病理学	胰胆道癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	类器官模型	转录组数据	3个患者（1个胆管癌和2个胰腺导管腺癌）
7375	2024-08-07	Single-Cell Mapping of Large and Small Arteries During Hypertensive Aging 2024-Feb-01, The journals of gerontology. Series A, Biological sciences and medical sciences DOI:10.1093/gerona/glad188 PMID:37531301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了高血压老化过程中大动脉和小动脉的细胞组成和动脉重塑的变化	首次系统地描绘了高血压老化过程中血管壁细胞多样性和细胞间通讯动态变化的综合细胞图谱，并鉴定了骨桥蛋白（OPN）作为高血压老化过程中血管重塑的潜在调控因子	NA	探讨高血压老化过程中血管老化与高血压之间的相互作用	雄性Wistar Kyoto大鼠和雄性自发性高血压大鼠的主动脉、股动脉和肠系膜动脉	数字病理学	高血压	单细胞RNA测序	NA	RNA	12个数据集，包括16周和72周龄的雄性Wistar Kyoto大鼠和雄性自发性高血压大鼠的动脉样本
7376	2024-08-07	Deciphering the immune modulation through deep transcriptomic profiling and therapeutic implications of DNA damage repair pattern in hepatocellular carcinoma 2024-02-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216594 PMID:38135208	研究论文	本研究通过深度转录组分析和机器学习框架，探讨了DNA损伤修复（DDR）在肝细胞癌（HCC）中的免疫调节作用及其治疗意义	引入了一种创新的深度机器学习框架，用于精确评估DDR，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA-seq数据	NA	深入理解DDR在HCC中的作用及其对肿瘤微环境的影响，探索免疫调节机制	肝细胞癌（HCC）中的DNA损伤修复（DDR）及其对免疫细胞和免疫调节途径的影响	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA-seq，反相蛋白阵列（RPPA）	机器学习模型	RNA-seq数据	总共分析了85,628个细胞，包括1027名患者的数据和22个肝癌细胞系的RNA-seq数据
7377	2024-08-05	Single-cell Technologies Provide Novel Insights into Liver Physiology and Pathology 2024-Jan-28, Journal of clinical and translational hepatology IF:3.1Q2 DOI:10.14218/JCTH.2023.00224 PMID:38250462	综述	本文全面总结了单细胞技术在肝脏生理和病理中的应用	创新点在于总结了多种单细胞技术，并探讨了其在肝脏疾病免疫治疗中的潜在应用	未具体提及研究样本的数量和种类	研究肝脏生理和病理机制，以实现肝脏疾病的精确个体化治疗	单细胞群体及其分子特征与肝脏疾病的相关性	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7378	2024-08-05	IRGM is a novel regulator of PD-L1 via promoting S6K1-mediated phosphorylation of YBX1 in hepatocellular carcinoma 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216495 PMID:37993085	研究论文	本研究揭示了IRGM在肝细胞癌中作为PD-L1新调节因子的作用	首次发现IRGM通过促进S6K1介导的YBX1磷酸化来调节PD-L1的表达	研究中对IRGM在其他类型癌症中的作用和机制缺乏探讨	探讨IRGM在肝细胞癌发展中的作用及其机制	肝细胞癌患者及其肿瘤细胞模型	数字病理学	肝癌	单细胞测序、免疫沉淀-质谱分析	NA	NA	NA
7379	2024-08-05	Immuno-genomic analysis reveals eosinophilic feature and favorable prognosis of female non-smoking esophageal squamous cell carcinomas 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216499 PMID:38013050	研究论文	本研究分析了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的免疫基因组特征及其预后。	首次揭示了非吸烟女性食管鳞状细胞癌的年龄相关突变特征和特定的肿瘤免疫微环境。	对仅有20个非吸烟女性病例的分析样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。	明确非吸烟女性食管鳞状细胞癌的基因组和免疫特征。	分析了94例食管鳞状细胞癌患者的全基因组或转录组测序数据。	数字病理学	食管癌	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA数据	94例食管鳞状细胞癌样本，其中包括20例非吸烟女性病例
7380	2024-08-05	Deciphering the tumor-suppressive role of PSMB9 in melanoma through multi-omics and single-cell transcriptome analyses 2024-01-28, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216466 PMID:37944578	研究论文	通过多组学和单细胞转录组分析揭示PSMB9在黑色素瘤中的肿瘤抑制作用	确定了PSMB9作为潜在的黑色素瘤抑制因子，并建立了一个基于机器学习的IFN-g敏感性特征	仅关注了PSMB9的作用，未探讨其他可能影响肿瘤异质性的因素	揭示PSMB9在黑色素瘤免疫治疗中的作用和潜在的预后价值	黑色素瘤患者的组织样本以及两种SKCM细胞系	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA-seq，RNA-seq，机器学习	NA	组织样本，细胞系	10个探针特征的甲基化和表达队列，以及两个SKCM细胞系