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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7281 | 2024-08-05 |
Comparison of high-throughput single-cell RNA-seq methods for ex vivo drug screening
2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqae001
PMID:38288374
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研究论文 | 本研究比较了三种高通量单细胞RNA测序方法用于药物筛选的效果 | 该研究展示了一种集成实验系统,能够在一次单细胞测序实验中实现多种药物条件的条形码标记 | 本文未提及不同药物条件下的具体影响以及所使用细胞系的局限性 | 优化基于癌细胞特征的个性化药物选择 | 研究重点为糖皮质激素耐药的急性淋巴细胞白血病E/R+ Reh细胞系 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 27,327个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7282 | 2024-08-05 |
DMT-EV: An Explainable Deep Network for Dimension Reduction
2024-Mar, IEEE transactions on visualization and computer graphics
IF:4.7Q1
DOI:10.1109/TVCG.2022.3223399
PMID:36409811
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研究论文 | DMT-EV是一种可解释的深度网络,用于进行维度减少。 | 提出了一种新方法DMT-EV,结合了优秀的结构保持性能和可解释性。 | 未提及具体的局限性 | 探索和改进维度减少技术的性能和可解释性。 | 高维数据的嵌入过程和结构保持。 | 机器学习 | NA | 深度神经网络 | NA | 高维数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7283 | 2024-08-07 |
Thrombospondin 2 is a key determinant of fibrogenesis in non-alcoholic fatty liver disease
2024-Feb, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15792
PMID:38010940
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研究论文 | 本研究旨在确定非酒精性脂肪肝病(NAFLD)中表达血栓调节蛋白2(THBS2/TSP2)的特定细胞,并探讨THBS2/TSP2上调的潜在机制 | 首次揭示了THBS2/TSP2在NAFLD患者肝星状细胞(HSCs)中的高表达,并发现其与纤维化进程的相关性 | NA | 研究THBS2/TSP2在NAFLD中的表达及其对纤维化的影响 | 非酒精性脂肪肝病(NAFLD)患者的肝细胞和肝星状细胞(HSCs) | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),定量聚合酶链反应(qPCR) | NA | 基因数据 | 分析了包含1433个可变基因的遗传数据集,使用了来自NAFLD患者的肝脏组织和LX-2细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7284 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell, fibroblast, and key gene alterations in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2024-01-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52341-8
PMID:38280891
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞、成纤维细胞及关键基因的改变 | 首次在单细胞水平上揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉中上皮细胞和成纤维细胞的动态变化及关键基因WFDC2和CCL26的作用 | NA | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉发展过程中上皮细胞和成纤维细胞的变化及其关键基因 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉中的上皮细胞、成纤维细胞及关键基因 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 7285 | 2024-08-07 |
A resource of single-cell gene expression profiles in a planarian Dugesia japonica
2024-Jan, Development, growth & differentiation
DOI:10.1111/dgd.12893
PMID:37779230
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研究论文 | 本文收集了Dugesia japonica细胞并进行了单细胞RNA测序分析,通过一种新颖的自动迭代细胞聚类策略,生成了包含3,404个细胞的数据集,这些细胞可根据基因表达谱分为63种细胞类型 | 引入了一种新颖的自动迭代细胞聚类策略,生成了包含3,404个细胞的数据集,并展示了该数据集在功能相关基因表达分析中的应用 | NA | 研究Dugesia japonica中的干细胞和再生机制 | Dugesia japonica的单细胞基因表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 3,404个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7286 | 2024-08-07 |
Intratumor APOL3 delineates a distinctive immunogenic ferroptosis subset with prognosis prediction in colorectal cancer
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16009
PMID:37986654
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研究论文 | 本研究探讨了APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3被发现促进免疫活性微环境,通过促进铁死亡、下调巨噬细胞和上调CD8+ T细胞浸润,作为独立预后因子和预测标志物 | NA | 研究APOL3在结直肠癌中的表达及其对预后和生物学预测价值的影响 | APOL3在结直肠癌中的表达及其生物学功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录数据, 蛋白质表达 | 911个肿瘤微阵列样本, 412个转录数据样本, 30个单细胞RNA测序样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7287 | 2024-08-07 |
Identification of target cells of human papillomavirus 18 using squamocolumnar junction organoids
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15988
PMID:37996972
|
研究论文 | 本研究通过建立HPV18LCR-GFP载体并将其转导至患者来源的鳞状柱状交界处类器官,以识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | 本研究建立了一种新的实验模型,用于识别HPV18早期启动子活性的相关基因,这些分子可能作为HPV18感染宫颈病变的治疗靶点 | NA | 识别HPV18感染的细胞并阐明其复制机制 | HPV18感染的细胞及其复制机制 | NA | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | GFP阳性细胞和GFP阴性细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7288 | 2024-08-07 |
A novel iTreg-related signature for prognostic prediction in lung adenocarcinoma
2024-Jan, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.16015
PMID:38015097
|
研究论文 | 本研究探讨了诱导性调节T细胞(iTregs)相关基因在肺腺癌(LUAD)中的预后价值和治疗效果 | 构建了一个基于七个iTreg相关基因的预后风险特征,用于预测肺腺癌患者的预后和化疗敏感性 | NA | 识别肺腺癌的新型预后生物标志物 | 肺腺癌患者及其iTreg相关基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序 | Cox回归分析 | RNA测序数据 | 数据来自The Cancer Genome Atlas、Gene Expression Omnibus和Tumor Immune Single-cell Hub 2数据库的LUAD患者 | NA | NA | NA | NA |
| 7289 | 2024-08-07 |
[Single-cell RNA sequencing combined experimental verifies the core genes of dendritic cells in chronic obstructive pulmonary disease]
2024-Feb, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology
PMID:38284250
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序(scRNA-Seq)结合实验验证,识别慢性阻塞性肺疾病(COPD)中树突状细胞的核心基因 | 首次通过scRNA-Seq技术结合实验验证,识别出COPD中树突状细胞的核心基因IL1RN、S100A8和S100A9,并分析了它们在COPD发病机制中的作用 | 研究仅限于识别和验证特定基因,未涉及这些基因在临床治疗中的具体应用 | 识别和验证COPD中树突状细胞的核心基因,为后续的COPD免疫治疗提供靶点和理论基础 | COPD中的树突状细胞及其核心基因 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | GSE173896数据集包含18个树突状细胞差异表达基因(DC-DEGs),GSE38974数据集包含646个差异表达基因(DEGs),最终识别出3个共同DC-DEGs | NA | NA | NA | NA |
| 7290 | 2024-08-05 |
Inference of differentiation trajectories by transfer learning across biological processes
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.002
PMID:38128536
|
研究论文 | 这篇文章研究了细胞分化轨迹的推断方法,使用迁移学习在不同生物过程中量化可预测性 | 提出了一种新的框架,通过迁移学习推断不同行为过程中的细胞分化,并展示了非线性方法的优越性 | 在成人造血过程中,预测结果与真实数据的一致性较低 | 量化和利用细胞分化轨迹的可预测性 | 早期胚胎发育和成人造血过程中的细胞分化 | 计算生物学 | NA | 迁移学习,自定义变分自编码器 | 变分自编码器 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7291 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing analysis within biologically relevant dimensions
2024-01-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.12.005
PMID:38198894
|
研究论文 | 本文提出了一种基于生物相关维度的单细胞分析策略Seqtometry | Seqtometry跳过了无监督聚类和单个聚类的注释,结合了定性和定量的细胞类型识别 | NA | 探索和分析基因表达及可及性在不同器官系统中的变化 | 多种免疫细胞以及其他来自不同器官和疾病诱导状态的细胞,包括多发性骨髓瘤和阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病, 多发性骨髓瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7292 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis the prognostic and immune characteristics of mitochondrial transport-related gene SFXN1 in lung adenocarcinoma
2024-Jan-17, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11646-z
PMID:38233752
|
研究论文 | 本研究旨在探讨线粒体运输相关基因SFXN1在肺腺癌中的预后和免疫特性 | 首次评估SFXN1作为肺腺癌潜在预后生物标志物的可能性 | NA | 识别和评估SFXN1作为肺腺癌的潜在预后生物标志物 | SFXN1基因在肺腺癌中的表达及其对预后和免疫环境的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 实时定量PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学 | NA | mRNA, 蛋白质 | 90例临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7293 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq reveals MIF-(CD74 + CXCR4) dependent inhibition of macrophages in metastatic papillary thyroid carcinoma
2024-Jan, Oral oncology
IF:4.0Q2
|
研究论文 | 该研究探讨了乳头状甲状腺癌(PTC)转移机制,发现MIF信号通路通过抑制巨噬细胞而促进PTC的淋巴结转移 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了乳头状甲状腺癌抑制巨噬细胞的MIF信号通路 | 研究样本数量有限,仅分析了61个肿瘤样本 | 研究乳头状甲状腺癌的潜在转移机制 | 从一名年轻女性获得的甲状腺肿瘤、正常甲状腺和转移的淋巴结肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳头状甲状腺癌 | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 61个肿瘤样本(31个有转移和30个无转移) | NA | NA | NA | NA |
| 7294 | 2024-08-05 |
Construction of multiplexed transcriptome NGS libraries of microdissected tissue samples based on combinational DNA barcode microbeads
2024-Jan, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202300294
PMID:37818700
|
研究论文 | 本文提出了一种基于组合DNA条形码的中通量转录组分析方法 | 文章首次介绍了组合DNA条形码(CDB)测序的应用,结合了Smart-3SEQ和CDB磁微珠以提高转录组分析的通量 | 文中没有明确提及CDB-seq方法在其他类型组织样本中的适用性 | 研究旨在开发一种成本效益高的中通量转录组分析方法 | 研究对象为微切割的组织样本,包括小鼠脑组织样本 | 数字病理学 | NA | NGS | NA | RNA提取物 | 数十个微切割样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7295 | 2024-08-07 |
Macrophage heterogeneity in atherosclerosis: A matter of context
2024-Jan, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202350464
PMID:37943053
|
综述 | 本文综述了在动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能特化,探讨了其在疾病发展中的多样性来源和作用 | 强调了巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化,以及局部微环境对其表型和功能的影响 | 主要集中在综述现有研究,未涉及具体实验数据或新发现 | 探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化,以及局部微环境对其的影响 | 巨噬细胞在动脉粥样硬化中的异质性和功能特化 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7296 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the underlying mechanism of folliculotropism in folliculotropic mycosis fungoides
2024-Jan, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14992
PMID:38284188
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7297 | 2024-08-07 |
The activator protein-1 complex governs a vascular degenerative transcriptional programme in smooth muscle cells to trigger aortic dissection and rupture
2024-Jan-27, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehad534
PMID:37992083
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研究论文 | 本文研究了激活蛋白-1复合体在平滑肌细胞中调控血管退行性转录程序,从而触发主动脉夹层和破裂的机制 | 首次揭示了激活蛋白-1复合体在主动脉夹层发展中的动态作用,并提出了通过调节肿瘤坏死因子-氧化磷酸化-激活蛋白-1轴来干预主动脉重塑的新策略 | 研究主要基于单细胞RNA测序和动物模型,需要进一步的人体临床试验验证 | 探讨激活蛋白-1复合体在主动脉夹层中的作用机制,并寻找潜在的治疗干预策略 | 主动脉夹层患者和心脏移植患者的升主动脉组织,以及平滑肌细胞 | 心血管疾病 | 主动脉夹层 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组 | 9名升主动脉置换患者和5名心脏移植患者的升主动脉组织,以及93,397个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7298 | 2024-08-05 |
Glomerular spatial transcriptomics of IgA nephropathy according to the presence of mesangial proliferation
2024-01-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52581-8
PMID:38278877
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研究论文 | 本研究探讨了根据系膜增生的存在,IgA肾病(IgAN)肾小球的基因表达谱 | 使用空间特异性转录组分析,揭示了M1-IgAN与对照之间基因表达的显著差异 | 研究仅涵盖了12个病例,且各病例仅分析了三个肾小球 | 研究IgAN中系膜增生对肾小球基因表达的影响 | IgAN患者及供体控制样本的肾小球组织 | 数字病理学 | 肾病 | GeoMx数字空间分析 | NA | 基因表达数据 | 12个病例,分析每个病例的3个肾小球 | NA | NA | NA | NA |
| 7299 | 2024-08-07 |
Multi-omics reveals the role of ENO1 in bladder cancer and constructs an epithelial-related prognostic model to predict prognosis and efficacy
2024-01-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52573-8
PMID:38273010
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研究论文 | 研究探讨ENO1在膀胱癌中的作用,并通过多组学分析构建了一个与上皮细胞相关的预测模型,用于预测膀胱癌的预后和治疗反应 | 通过多组学分析揭示了ENO1在膀胱癌中的高表达及其与不良预后、CD8+ T细胞耗竭和上皮异质性的关联,并构建了一个新的预测模型 | NA | 探索ENO1在膀胱癌中的作用,并构建一个预测膀胱癌预后和治疗反应的模型 | ENO1在膀胱癌中的表达及其对预后和治疗反应的影响 | 数字病理学 | 膀胱癌 | IHC, RNA-seq, scRNA-seq | LASSO分析 | 组织样本, 细胞样本 | 249个关键基因 | NA | NA | NA | NA |
| 7300 | 2024-08-07 |
Identification of gene signatures and molecular mechanisms underlying the mutual exclusion between psoriasis and leprosy
2024-01-25, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52783-0
PMID:38273053
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研究论文 | 本研究旨在揭示牛皮癣和麻风病相互排斥的分子机制,通过分析差异表达基因和富集分析,识别出关键的相互排斥基因并探讨其与免疫细胞浸润的关系。 | 本研究首次识别出APOE, CYP27A1, 和SOAT1作为牛皮癣和麻风病相互排斥的关键基因,并通过胆固醇代谢途径解释了两者之间的负相关机制。 | 本研究主要基于数据库中的数据进行分析,未来需要更多的实验验证和临床数据支持。 | 揭示牛皮癣和麻风病相互排斥的分子机制 | 牛皮癣和麻风病的差异表达基因及相互排斥机制 | NA | 牛皮癣, 麻风病 | DEseq2, 单样本基因集富集分析 (ssGSEA) | 蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络 | 基因表达数据 | 1098个差异表达基因在麻风病数据集中,3839个差异表达基因在牛皮癣数据集中 | NA | NA | NA | NA |