单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7241	2024-08-07	Comprehensive analysis of single cell and bulk data develops a promising prognostic signature for improving immunotherapy responses in ovarian cancer 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0298125 PMID:38346070	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量数据集成的优势，分析卵巢癌的肿瘤异质性，并开发了一种新的预后标志物，以改善卵巢癌患者的免疫治疗反应	首次综合利用单细胞和批量数据来解码卵巢癌的肿瘤异质性，并开发了一种稳定的细胞特征基因相关预后标志物（CCIS）	研究基于公开数据集，可能存在样本选择偏倚；预后标志物的临床应用需要进一步的验证	探索卵巢癌的肿瘤异质性，并开发新的预后标志物以改善患者的免疫治疗反应	卵巢癌患者的肿瘤异质性及预后标志物	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	随机森林算法	基因表达数据	包括E-MTAB-8107、TCGA-OV、GSE63885和GSE26193四个队列的公开数据集
7242	2024-08-07	Scrutinizing the human TEX genes in the context of human male infertility 2024-Mar, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.13511 PMID:37594251	研究论文	本文通过筛选1305名男性的外显子测序数据，包括1056名隐匿性和无精子症患者，以及分析睾丸特异性单细胞RNA测序数据，研究了人类TEX基因在男性不育中的作用，并验证了先前描述的疾病关联。	本文发现了TEX10、ZFAND3（TEX27）和TEX33作为新的潜在候选基因，这些基因可能与非阻塞性无精子症相关。	NA	旨在筛选人类TEX基因中的新型潜在候选基因，并验证先前描述的疾病关联。	人类TEX基因及其在男性不育中的作用。	NA	男性不育	外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因数据	1305名男性，包括1056名隐匿性和无精子症患者
7243	2024-08-07	ADAR1 Inhibits Macrophage Apoptosis and Alleviates Sepsis-induced Liver Injury Through miR-122/BCL2A1 Signaling 2024-Feb-28, Journal of clinical and translational hepatology IF:3.1Q2 DOI:10.14218/JCTH.2023.00171 PMID:38343614	研究论文	研究探讨了ADAR1通过miR-122/BCL2A1信号通路抑制巨噬细胞凋亡并减轻脓毒症引起的肝损伤的作用机制	首次揭示了ADAR1通过miR-122/BCL2A1信号通路减轻脓毒症引起的肝损伤	NA	研究ADAR1在脓毒症引起肝损伤中的作用及其机制	ADAR1在脓毒症中的作用及通过miR-122/BCL2A1信号通路的影响	NA	脓毒症	转录组和单细胞RNA测序	NA	RNA	包括来自脓毒症患者的PBMCs和CLP诱导的脓毒症小鼠模型
7244	2024-08-04	Prior dengue virus serotype 3 infection modulates subsequent plasmablast responses to Zika virus infection in rhesus macaques 2024-Feb-13, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03160-23 PMID:38349142	研究论文	本研究探讨了先前登革热病毒3型感染如何影响恒河猴对寨卡病毒的浆细胞响应	本研究揭示了先前登革热病毒感染对后续寨卡病毒感染的抗体反应质量的影响	样本量较小，仅包括4只恒河猴	理解先前的登革热病毒感染如何影响后续的寨卡病毒免疫反应	研究对象为感染过登革热病毒3型的恒河猴	免疫学	寨卡病毒感染	单细胞测序	NA	生物样本	4只恒河猴
7245	2024-08-07	Decoding the mechanisms of chimeric antigen receptor (CAR) T cell-mediated killing of tumors: insights from granzyme and Fas inhibition 2024-02-02, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06461-8 PMID:38307835	研究论文	研究揭示了嵌合抗原受体（CAR）T细胞介导的肿瘤杀伤机制，特别是通过抑制粒酶B和Fas的途径	发现CAR T细胞杀伤肿瘤的机制具有冗余性，需要同时抑制多个特定于肿瘤细胞的途径	研究主要集中在特定的细胞系和特定的抑制剂，可能需要进一步的临床验证	提高CAR T细胞治疗癌症的疗效并识别导致肿瘤逃逸的T细胞失败机制	CAR T细胞、肿瘤细胞、粒酶B抑制剂PI9、Fas途径	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	涉及多种肿瘤细胞系和患者输注产品
7246	2024-08-04	Single-cell transcriptomics of the immune system in ME/CFS at baseline and following symptom provocation 2024-01-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101373 PMID:38232699	研究论文	本文研究了慢性疲劳综合症 (ME/CFS) 中免疫系统的单细胞转录组特征	首次通过单细胞RNA测序揭示ME/CFS患者在基线和剧烈运动后免疫细胞的变化	样本大小和特定群体的选择可能限制了研究结果的普遍适用性	探讨ME/CFS中免疫系统的失调	ME/CFS患者与对照组的免疫细胞	数字病理学	慢性疲劳综合症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	ME/CFS患者和对照组的免疫细胞样本
7247	2024-08-07	Targeting cell-type-specific, choroid-peripheral immune signaling to treat age-related macular degeneration 2024-01-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101353 PMID:38232696	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了65名包括AMD患者和对照组的外周血单核细胞，并整合现有脉络膜数据，生成AMD中失调的脉络膜-外周免疫交互网络，验证了CYR61在抑制CNV中的作用。	首次揭示了CYR61在脉络膜静脉中的上调及其对循环中单核细胞的信号作用，并验证了其在小鼠模型中抑制CNV的作用。	NA	旨在通过靶向细胞特异性、脉络膜外周免疫信号来治疗年龄相关性黄斑变性。	年龄相关性黄斑变性患者的外周血单核细胞和脉络膜。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	65名个体
7248	2024-08-07	Melatonin alleviates the toxic effect of di(2-ethylhexyl) phthalate on oocyte quality resulting from CEBPB suppression during primordial follicle formation 2024-03-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132997 PMID:38008054	研究论文	本研究通过建立暴露于邻苯二甲酸二(2-乙基己基)酯（DEHP）和褪黑素的怀孕小鼠模型，利用单细胞转录组技术探讨了褪黑素对卵巢细胞中DEHP影响的缓解作用	研究发现褪黑素通过增强CEBPB表达，改善了由DEHP引起的原始卵泡形成过程中的损害，并减少了卵巢细胞的凋亡	NA	探讨褪黑素如何缓解DEHP对卵子质量的毒性影响，特别是在原始卵泡形成过程中CEBPB抑制的作用	怀孕小鼠及其卵巢细胞	NA	生殖健康	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	NA
7249	2024-08-07	Defining Endogenous Mitochondrial Transfer in Muscle After Rotator Cuff Injury 2024-02, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/03635465231214225 PMID:38174367	研究论文	研究肩袖损伤后肌肉中纤维脂肪原性前体细胞（FAPs）向肌源性细胞的线粒体横向转移及其对β-激动剂处理的反应	描述了一种新的内源性线粒体转移过程，该过程在肩袖损伤后FAPs和肌源性细胞之间发生	尚未完全阐明FAPs发挥其有益作用的机制	研究FAPs向肌源性细胞的线粒体横向转移，并探讨β-激动剂对此过程的影响	纤维脂肪原性前体细胞（FAPs）和肌源性细胞	NA	肩袖损伤	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选，流式细胞术，荧光显微镜，旋转盘共聚焦显微镜，双光子显微镜	NA	RNA	小鼠模型，C2C12肌母细胞
7250	2024-08-07	Intercellular crosstalk shapes purinergic metabolism and signaling in cancer cells 2024-01-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113643 PMID:38175748	研究论文	本文评估了五种癌症细胞系在常氧和缺氧条件下所有关键嘌呤外酶的酶动力学，并结合单细胞RNA测序数据分析了嘌呤代谢的异质性	发现嘌呤代谢在癌症组织中具有空间异质性，且在不同细胞类型间存在差异	NA	研究细胞间对话如何影响癌症细胞中的嘌呤代谢和信号传导	五种癌症细胞系（霍奇金淋巴瘤、多发性骨髓瘤、胰腺腺癌、膀胱癌和胶质母细胞瘤）的嘌呤外酶酶动力学	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	五种癌症细胞系，包括恶性细胞、基质细胞和免疫细胞
7251	2024-08-07	Single-Cell Transcriptional Analysis of Lamina Propria Lymphocytes in the Jejunum Reveals Innate Lymphoid Cell-like Cells in Pigs 2024-01-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300463 PMID:37975680	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析猪空肠中的淋巴细胞，发现猪空肠固有层淋巴细胞中存在类似先天淋巴细胞的细胞	首次详细描述了猪空肠先天淋巴细胞的基因表达、亚型分类及各种先天淋巴细胞的标记物	NA	探索猪肠道黏膜免疫的深入研究	猪空肠固有层淋巴细胞中的先天淋巴细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	猪空肠中的多种细胞类型
7252	2024-08-04	Alternative Polyadenylation Characterizes Epithelial and Fibroblast Phenotypic Heterogeneity in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-Feb-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16030640 PMID:38339391	研究论文	这篇文章探讨了3'非翻译区选择性聚腺苷酸化(3' UTR-APA)如何特征化胰腺导管腺癌中的表型异质性	文章首次揭示了3' UTR-APA事件在肿瘤细胞状态表型异质性中的作用	目前未能完全理解转录和表型异质性的机制驱动因素	研究3' UTR-APA如何影响肿瘤细胞状态的表型异质性	胰腺导管腺癌中的不同细胞状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	NA	最大的单细胞人胰腺导管腺癌(PDAC)数据集
7253	2024-08-04	Identification of Hypoxia Prognostic Signature in Glioblastoma Multiforme Based on Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2024-Feb-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16030633 PMID:38339384	研究论文	本研究旨在基于多组学分析识别脑胶质瘤中的缺氧预后标志	提出了一种由六个基因组成的缺氧相关预后标志，并揭示其与免疫细胞浸润的相关性	研究可能受限于公共数据库样本的选择和多组学分析的复杂性	识别缺氧相关的差异表达基因并构建脑胶质瘤患者的预后模型	脑胶质瘤患者的缺氧相关基因	数字病理	脑胶质瘤	RNA-Seq	Cox回归	基因表达数据	从多个公共数据库收集的样本数量不详
7254	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Differences in Chromatin Remodeling and Energy Metabolism among In Vivo-Developed, In Vitro-Fertilized, and Parthenogenetically Activated Embryos from the Oocyte to 8-Cell Stages in Pigs 2024-Jan-31, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14030465 PMID:38338108	研究论文	该文章分析了体外受精和孤雌发育胚胎与体内发育胚胎在小猪早期胚胎发育过程中的转录组差异	揭示了体外胚胎在早期发展中与体内胚胎相比面临的独特转录组特征和挑战	未涉及不同发育阶段后续的长远影响	探讨小猪胚胎在不同受精方式下的基因表达差异	小猪的体内发育、体外受精和孤雌发育胚胎	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	对小猪的多个胚胎样本进行了分析
7255	2024-08-07	scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data 2024-Jan-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45227-w PMID:38291052	研究论文	介绍了一种名为scDisInFact的深度学习框架，用于处理多批次多条件单细胞RNA测序数据中的批次效应和条件效应	scDisInFact能够分离条件效应和批次效应，同时执行批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测	NA	开发一种能够同时处理批次效应和条件效应的深度学习框架，以提高多批次多条件单细胞RNA测序数据整合和预测的准确性	多批次多条件单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
7256	2024-08-07	RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis 2024-Jan-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45177-3 PMID:38287033	research paper	本文通过稳态、新生和单细胞RNA测序策略，全面分析了雄性生殖细胞群体中的基因表达，揭示了RNA聚合酶II（Pol II）在精子分化早期暂停的必要性及其在调控基因活性和完成减数分裂中的作用。	发现RNA聚合酶II在精子分化早期的暂停对于建立发育过程中的基因活性景观至关重要，并揭示了Pol II暂停在减数分裂调控中的新角色。	NA	旨在解析雄性生殖细胞发育过程中基因调控的机制，并为治疗相关不孕症提供新见解。	雄性生殖细胞的基因表达调控及其在精子发生中的作用。	NA	infertility	RNA sequencing	NA	RNA	涉及多种雄性生殖细胞群体
7257	2024-08-04	CHOIR improves significance-based detection of cell types and states from single-cell data 2024-Jan-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.18.576317 PMID:38328105	研究论文	CHOIR是一种通过随机森林分类器和置换检验优化单细胞数据聚类的工具	提出了CHOIR来统计性确定聚类结果，以改进细胞类型和状态的识别	未提及特定的限制	提升单细胞数据分析中细胞类型和状态检测的准确性	单细胞RNA-seq、ATAC-seq、空间转录组学和多组学数据集	数字病理学	NA	随机森林	NA	单细胞数据	100个模拟数据集和4个真实数据集
7258	2024-08-04	Multiomics characterization of pyroptosis in the tumor microenvironment and therapeutic relevance in metastatic melanoma 2024-01-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03175-0 PMID:38229080	研究论文	该文章研究了肿瘤微环境中热焦亡的多组学特征及其在转移性黑素瘤中的治疗相关性	提出了一种计算模型PScore来评估热焦亡状态，并展示其在预测免疫疗法有效性方面的潜力	对不同肿瘤免疫微环境中热焦亡角色的理解仍然不足，限制了相关治疗的发展	研究热焦亡在转移性黑素瘤中的作用及其与免疫反应的关系	研究对象为1388例黑素瘤样本及多个公开独立队列	数字病理学	黑素瘤	多组学数据分析	计算模型（PScore）	基因表达数据	1388例黑素瘤样本和其他多个公开独立队列
7259	2024-08-04	Comprehensive benchmark of differential transcript usage analysis for static and dynamic conditions 2024-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.14.575548 PMID:38313260	研究论文	本文对差异转录使用分析中的多种工具进行全面基准测试	通过考虑不同实验条件和数据类型，提供了工具选择的系统比较和推荐	主要集中于现有工具的比较，对新工具的开发和优化没有深入探讨	帮助用户选择最适合其实验任务的转录组分析工具	模拟和实际的转录组数据集，包括时间序列数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了模拟的和实际的转录组数据集，包括时间序列数据
7260	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in donor and end-stage heart failure patients identifies NLRP3 as a therapeutic target for arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy 2024-01-08, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03232-8 PMID:38185631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了供体和终末期心力衰竭患者的血液及双心室心肌细胞，识别出NLRP3作为治疗心律失常右室心肌病的潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术在心律失常右室心肌病患者中发现NLRP3的表达与右室扩张和功能障碍相关，并验证了其作为治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅包括8名研究参与者，且仅使用了Dsg2mut/mut小鼠模型进行验证	探索心律失常右室心肌病的新治疗靶点	心律失常右室心肌病患者的血液及双心室心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8名研究参与者，包括6名终末期心力衰竭的心律失常右室心肌病患者和2名正常对照