单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7241	2024-08-07	Single-Cell mRNA-sncRNA Co-sequencing of Preimplantation Embryos 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_487 PMID:37278916	研究论文	本文介绍了一种方法，通过在同一胚胎细胞上同时进行单细胞RNA测序（Smart-Seq2）和单细胞小非编码RNA测序（Small-Seq），来阐明胚胎的细胞动力学	本文创新地结合了单细胞RNA测序和小非编码RNA测序技术，以更全面地研究胚胎细胞的多样性和异质性	NA	研究胚胎细胞的分子机制和细胞动力学	胚胎细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（Smart-Seq2）和小非编码RNA测序（Small-Seq）	NA	RNA	NA
7242	2024-08-07	Evaluation of Stem-Cell Embryo Models by Integration with a Human Embryo Single-Cell Transcriptome Atlas 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/7651_2023_492 PMID:37351839	研究论文	本文通过整合人类胚胎单细胞转录组图谱，评估了干细胞胚胎模型的转录组景观	利用单细胞RNA测序技术，实现了对早期胚胎分子过程的深入理解，并提供了评估早期胚胎细胞组成的手段	不同实验室和不同技术获取的单细胞数据集之间的比较存在挑战	通过比较分析胚胎的转录组景观，以更好地理解和改进基于干细胞的胚胎模型	人类囊胚模型（blastoids）与人类胚胎数据集及二维体外早期发育模型系统的整合分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	具体样本数量未提及
7243	2024-08-05	Single-cell transcriptomics is revolutionizing the improvement of plant biotechnology research: recent advances and future opportunities 2024-Mar, Critical reviews in biotechnology IF:8.1Q1 DOI:10.1080/07388551.2023.2165900 PMID:36775666	评论	单细胞转录组学的现代进展促进了植物生物技术研究	提供了单细胞转录组学在植物中的最新进展，并探讨了其未来研究的潜力	分析了单细胞技术面临的各种技术障碍和固有限制	探讨单细胞转录组学在植物生物技术中的应用和发展	植物的单细胞转录组数据	植物生物学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
7244	2024-08-05	Skin single-cell transcriptomics reveals a core of sebaceous gland-relevant genes shared by mice and humans 2024-Feb-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10008-8 PMID:38310227	研究论文	本研究揭示了小鼠和人类皮肤中与皮脂腺相关的基因的核心。	首次通过单细胞转录组学方法比较了小鼠和人类皮脂腺相关基因的表达差异，发现种间间存在显著差异。	研究中观察到在小鼠和人类样本中，皮脂腺特有转录本的重叠极少，可能限制了其跨物种的比较分析。	探索并比较小鼠和人类皮脂腺中特有的基因表达模式。	小鼠和人类的皮肤样本，通过单细胞RNA测序进行分析。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠与人类皮肤样本
7245	2024-08-07	Single-cell transcriptome analyses reveal critical regulators of spermatogonial stem cell fate transitions 2024-Feb-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10072-0 PMID:38310206	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了精原干细胞命运转变的关键调控因子	本研究首次描述了静止状态的精原干细胞亚群，即Eomes+精原细胞，并提供了精原干细胞命运决定的动态转录图谱	NA	探索未分化精原细胞亚群的分子特征和关键调控因子	精原干细胞及其前体细胞的命运转变	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	从小鼠中分离的未分化精原细胞
7246	2024-08-05	Comparison of preparation methods of rat kidney single-cell suspensions 2024-02-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53270-2 PMID:38307992	研究论文	本文探讨了一种名为逐步酶消化（StE）的方法以制备大鼠整个肾脏组织的单细胞悬液。	StE方法在收获率、单细胞率和细胞活性方面优于传统的机械研磨法和简单酶消化法。	文章没有提到本文方法的临床应用或长期效果的评估。	研究旨在提高大鼠肾脏单细胞悬液的制备效率与质量。	研究对象为大鼠的整个肾脏组织。	数字病理学	NA	酶消化	NA	NA	NA
7247	2024-08-05	Analysis of brain and blood single-cell transcriptomics in acute and subacute phases after experimental stroke 2024-Feb, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01711-x PMID:38177281	研究论文	本研究探讨了缺血性中风后脑部和血液单细胞转录组学的变化	首次揭示了缺血性中风后微胶质细胞、单核细胞来源的巨噬细胞和中性粒细胞的时间动态和多样性	对外周白细胞和脑内常驻细胞的具体动态变化尚不够了解	研究缺血性中风后脑细胞和血细胞的转录组动态	小鼠在缺血性中风后2天和14天的脑和血液细胞	数字病理学	脑卒中	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠样本，具体数量未提供
7248	2024-08-05	Single-cell transcriptomics analysis of cellular heterogeneity and immune mechanisms in neurodegenerative diseases 2024-Feb, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.16242 PMID:38221677	综述	本文章主要分析了单细胞转录组学在神经退行性疾病中的细胞异质性和免疫机制方面的应用	强调了单细胞转录组技术在揭示神经退行性疾病中细胞异质性和免疫机制方面的重要性	未明确提及具体的实验研究或数据支持	探讨神经退行性疾病的发病机制及开发新的治疗方法	神经退行性疾病中的单细胞转录组和免疫细胞	数字病理	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
7249	2024-08-07	Association of HBsAg levels with differential gene expression in NK, CD8 T, and memory B cells in treated patients with chronic HBV 2024-Feb, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100980 PMID:38314025	研究论文	本研究探讨了在慢性HBV感染治疗过程中，循环HBsAg水平对NK、CD8 T和记忆B细胞基因表达的影响。	首次发现HBsAg对NK、CD8 T和记忆B细胞亚群在血液和肝脏中有特定影响。	研究样本量较小，且仅限于接受NUC治疗的慢性HBV感染患者。	旨在研究高和低循环HBsAg水平对免疫调节的影响，以增进对HBV免疫反应的理解。	慢性HBV感染治疗中的NK、CD8 T和记忆B细胞。	免疫学	肝炎	10x Genomics单细胞RNA测序	NA	RNA	18名接受tenofovir/entecavir治疗的慢性HBV感染患者
7250	2024-08-05	The molecular mechanism of "Dahuang-Shengjiang-Banxia decoction" in the treatment of diabetic kidney disease was verified based on network pharmacology and molecular docking 2024-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24776 PMID:38312712	研究论文	探索大黄生姜半夏汤在糖尿病肾病中的分子机制	利用网络药理学和分子对接技术，揭示了大黄生姜半夏汤对糖尿病肾病的多成分、多途径和多靶点效应	未提及具体的临床试验数据支持所述结果	研究大黄生姜半夏汤治疗糖尿病肾病的分子机制	大黄生姜半夏汤及其在糖尿病肾病中的有效成分和靶点	数字药理学	糖尿病肾病	网络药理学、分子对接	NA	靶点数据、成分数据	共筛选出177种大黄生姜半夏汤成分和2906种糖尿病肾病靶点
7251	2024-08-07	Taste receptor type 1 member 3 is required for the fertility of male mice 2024-Jan-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24577 PMID:38312691	research paper	本文研究了味觉受体类型1成员3（TAS1R3）在雄性小鼠生育中的作用	首次揭示了TAS1R3通过PKA/CREB/StAR信号通路在雄性生育中的关键作用	NA	探究TAS1R3对雄性小鼠生殖功能的影响	野生型和敲除（KO）小鼠	NA	男性不育	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	野生型和敲除小鼠
7252	2024-08-05	Cebp1 and Cebpβ transcriptional axis controls eosinophilopoiesis in zebrafish 2024-Jan-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45029-0 PMID:38280871	研究论文	本研究分析了斑马鱼中嗜酸性粒细胞的分化、分布和调节	建立了一个特异性标记嗜酸性粒细胞谱系的斑马鱼报告线，并揭示了Cebp1和Cebpβ转录轴在嗜酸性粒细胞分化中的作用	未明确提到本研究的限制	研究嗜酸性粒细胞的发育模式和调节机制	斑马鱼嗜酸性粒细胞谱系及其发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了特异性标记的嗜酸性粒细胞谱系细胞
7253	2024-08-05	scCAN: Clustering With Adaptive Neighbor-Based Imputation Method for Single-Cell RNA-Seq Data 2024 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2023.3337231 PMID:38285569	研究论文	提出了一种新的适应性邻域聚类基础的缺失值插补方法scCAN，用于单细胞RNA测序数据	本研究创新性地设计了一个方法，通过不断更新细胞相似性信息来改善缺失值的插补	未提及具体的局限性	研究单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	使用模拟和真实单细胞RNA测序数据进行研究	计算机视觉	NA	RNA-seq	NA	RNA测序数据	四个模拟和八个真实的单细胞RNA-seq数据
7254	2024-08-05	Presence of onco-fetal neighborhoods in hepatocellular carcinoma is associated with relapse and response to immunotherapy 2024-Jan, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00672-2 PMID:38168935	研究论文	本文研究了肝细胞癌中的肿瘤生态系统的癌胎编程及其与免疫治疗反应和复发的关系	首次提出POSTN外源性基质癌相关成纤维细胞作为关键的癌胎相互作用中心，并探讨其在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的影响	未明确阐述样本量与研究设计的具体限制	研究肝细胞癌中的癌胎邻域与复发及免疫治疗反应的关系	研究特定细胞亚群，包括POSTN CAFs、FOLR2巨噬细胞和PLVAP内皮细胞在肝细胞癌复发和免疫治疗反应中的作用	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、整体RNA测序	NA	NA	NA
7255	2024-08-05	An emerging biomarker for the diagnosis and treatment of esophageal squamous cell carcinoma - Aurora A 2024-01, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107759 PMID:38043467	研究论文	研究表明Aurora A在食管鳞状细胞癌中是一种潜在的预后和治疗生物标志物	本研究首次揭示了Aurora A在食管鳞状细胞癌中的作用及其对细胞增殖和药物敏感性的影响	本研究仅基于公共数据库的数据，可能存在数据集的局限性	探讨Aurora A在食管鳞状细胞癌中的分子机制及其作为生物标志物的潜力	研究对象为食管鳞状细胞癌患者的RNA-seq数据	数字病理学	食管癌	RNA-seq	NA	文本	来自公共数据库的RNA-seq数据集，具体样本量未明确提供
7256	2024-08-07	Genetic variants in BCL-2 family genes influence the risk of non-syndromic cleft lip with or without cleft palate 2024-Jan, Birth defects research IF:1.6Q4 DOI:10.1002/bdr2.2288 PMID:38108593	研究论文	本研究探讨了BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联	发现了位于增强子区域的rs3943258与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂的风险相关，并表现出BCL2的eQTL效应	NA	研究BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险之间的关联	BCL-2家族基因中的遗传变异与非综合征性唇裂伴或不伴腭裂风险	遗传学	口腔疾病	多标记基因组注释的多标记分析（Multi-marker Analysis of GenoMic Annotation）、批量RNA测序、单细胞RNA测序	逻辑回归模型	基因组数据、RNA测序数据	第一阶段队列包括565例病例和1269例对照，候选SNPs通过额外的dbGaP病例-父母三联体进行复制
7257	2024-08-07	Gclc as a Marker for Injured Distal Nephron in Ischemia-Reperfusion Induced Acute Kidney Injury 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S451402 PMID:38313210	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和转录组学分析，探讨了缺血-再灌注诱导的急性肾损伤中远端肾小管的作用，并验证了Gclc作为损伤远端肾小管的潜在标志物。	首次识别了LOH-Inj和DCT-Inj亚型，并发现Gclc在多种急性肾损伤模型中的高表达，特别是在损伤的远端肾小管中。	NA	理解远端肾小管在急性肾损伤中的作用，并识别损伤远端肾小管的标志物，以揭示肾脏损伤机制并寻找新的治疗靶点。	远端肾小管在急性肾损伤中的作用及损伤标志物Gclc。	NA	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了缺血-再灌注、单侧输尿管阻塞、顺铂、草酸钠和脂多糖诱导的AKI小鼠模型及肾脏转录组样本。
7258	2024-08-07	Bulk RNA-sequencing, single-cell RNA-sequencing analysis, and experimental validation reveal iron metabolism-related genes CISD2 and CYP17A1 are potential diagnostic markers for recurrent pregnancy loss 2024-Apr-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148168 PMID:38244949	研究论文	本研究通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析，结合实验验证，发现铁代谢相关基因CISD2和CYP17A1可能是复发性流产的潜在诊断标志物	首次揭示CISD2和CYP17A1基因在复发性流产中的作用，并验证了它们作为诊断和治疗标志物的潜力	NA	探索复发性流产的潜在诊断和治疗标志物	复发性流产患者的铁代谢相关基因	数字病理学	生殖系统疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	涉及520个铁代谢相关基因，具体样本数量未详细说明
7259	2024-08-05	Can uric acid affect the immune microenvironment in bladder cancer? A single-center multi-omics study 2024-Mar, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23664 PMID:38018692	研究论文	本研究探讨尿酸在膀胱癌免疫微环境中的作用	建立了与尿酸相关的11基因特征，并开发了用于预测膀胱癌患者生存率的命名图	仅在单中心进行研究，样本量有限	探索尿酸在膀胱癌代谢和免疫治疗中的影响	39名接受PD-1治疗的膀胱癌患者和169名接受根治性膀胱切除术的患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序，流式细胞术	小鼠模型	基因组数据，免疫细胞数据	39名膀胱癌患者和169名接受根治性膀胱切除术的患者
7260	2024-08-07	Revealing PPP1R12B and COL1A1 as piRNA pathway genes contributing to abdominal aortic aneurysm through integrated analysis and experimental validation 2024-Mar-01, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2023.148068 PMID:38070790	研究论文	本研究通过综合生物信息学方法发现并验证了piRNA通路基因PPP1R12B和COL1A1作为腹主动脉瘤的生物标志物，并探讨了其可能的分子机制	首次揭示了piRNA通路基因在腹主动脉瘤中的作用，并验证了PPP1R12B和COL1A1作为诊断标志物的潜力	需要进一步的临床试验来验证这些基因作为诊断标志物的有效性	探索piRNA通路基因在腹主动脉瘤中的作用及其作为生物标志物的潜力	腹主动脉瘤及其相关piRNA通路基因	生物信息学	心血管疾病	qRT-PCR, 免疫组织化学, 蛋白质印迹, scRNA-seq	多因素逻辑回归, 极端梯度提升, 人工神经网络	基因表达数据	涉及腹主动脉瘤和正常血管组织的样本，以及小鼠腹主动脉瘤模型