单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7181	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Differences in Chromatin Remodeling and Energy Metabolism among In Vivo-Developed, In Vitro-Fertilized, and Parthenogenetically Activated Embryos from the Oocyte to 8-Cell Stages in Pigs 2024-Jan-31, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14030465 PMID:38338108	研究论文	该文章分析了体外受精和孤雌发育胚胎与体内发育胚胎在小猪早期胚胎发育过程中的转录组差异	揭示了体外胚胎在早期发展中与体内胚胎相比面临的独特转录组特征和挑战	未涉及不同发育阶段后续的长远影响	探讨小猪胚胎在不同受精方式下的基因表达差异	小猪的体内发育、体外受精和孤雌发育胚胎	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	对小猪的多个胚胎样本进行了分析
7182	2024-08-07	scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data 2024-Jan-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45227-w PMID:38291052	研究论文	介绍了一种名为scDisInFact的深度学习框架，用于处理多批次多条件单细胞RNA测序数据中的批次效应和条件效应	scDisInFact能够分离条件效应和批次效应，同时执行批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测	NA	开发一种能够同时处理批次效应和条件效应的深度学习框架，以提高多批次多条件单细胞RNA测序数据整合和预测的准确性	多批次多条件单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
7183	2024-08-07	RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis 2024-Jan-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45177-3 PMID:38287033	research paper	本文通过稳态、新生和单细胞RNA测序策略，全面分析了雄性生殖细胞群体中的基因表达，揭示了RNA聚合酶II（Pol II）在精子分化早期暂停的必要性及其在调控基因活性和完成减数分裂中的作用。	发现RNA聚合酶II在精子分化早期的暂停对于建立发育过程中的基因活性景观至关重要，并揭示了Pol II暂停在减数分裂调控中的新角色。	NA	旨在解析雄性生殖细胞发育过程中基因调控的机制，并为治疗相关不孕症提供新见解。	雄性生殖细胞的基因表达调控及其在精子发生中的作用。	NA	infertility	RNA sequencing	NA	RNA	涉及多种雄性生殖细胞群体
7184	2024-08-04	Multiomics characterization of pyroptosis in the tumor microenvironment and therapeutic relevance in metastatic melanoma 2024-01-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03175-0 PMID:38229080	研究论文	该文章研究了肿瘤微环境中热焦亡的多组学特征及其在转移性黑素瘤中的治疗相关性	提出了一种计算模型PScore来评估热焦亡状态，并展示其在预测免疫疗法有效性方面的潜力	对不同肿瘤免疫微环境中热焦亡角色的理解仍然不足，限制了相关治疗的发展	研究热焦亡在转移性黑素瘤中的作用及其与免疫反应的关系	研究对象为1388例黑素瘤样本及多个公开独立队列	数字病理学	黑素瘤	多组学数据分析	计算模型（PScore）	基因表达数据	1388例黑素瘤样本和其他多个公开独立队列
7185	2024-08-04	Comprehensive benchmark of differential transcript usage analysis for static and dynamic conditions 2024-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.14.575548 PMID:38313260	研究论文	本文对差异转录使用分析中的多种工具进行全面基准测试	通过考虑不同实验条件和数据类型，提供了工具选择的系统比较和推荐	主要集中于现有工具的比较，对新工具的开发和优化没有深入探讨	帮助用户选择最适合其实验任务的转录组分析工具	模拟和实际的转录组数据集，包括时间序列数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了模拟的和实际的转录组数据集，包括时间序列数据
7186	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in donor and end-stage heart failure patients identifies NLRP3 as a therapeutic target for arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy 2024-01-08, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03232-8 PMID:38185631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了供体和终末期心力衰竭患者的血液及双心室心肌细胞，识别出NLRP3作为治疗心律失常右室心肌病的潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术在心律失常右室心肌病患者中发现NLRP3的表达与右室扩张和功能障碍相关，并验证了其作为治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅包括8名研究参与者，且仅使用了Dsg2mut/mut小鼠模型进行验证	探索心律失常右室心肌病的新治疗靶点	心律失常右室心肌病患者的血液及双心室心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8名研究参与者，包括6名终末期心力衰竭的心律失常右室心肌病患者和2名正常对照
7187	2024-08-04	LCP1 knockdown in monocyte-derived macrophages: mitigating ischemic brain injury and shaping immune cell signaling and metabolism 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.88678 PMID:38164159	研究论文	本研究探讨了LCP1在单核细胞来源的巨噬细胞中对缺血性脑损伤的影响	研究首次揭示了LCP1在缺血性脑损伤中的作用，并阐明了其对免疫细胞信号和代谢的调节机制	尚不清楚LCP1在缺血性中风中作用的完整机制以及临床应用的可行性	旨在深入理解LCP1在缺血性脑伤害和免疫反应中的功能	研究对象为单核细胞来源的巨噬细胞及其对缺血性脑损伤的影响	数字病理学	缺血性中风	CyTOF 技术	小鼠模型	单细胞测序数据	小鼠样本数量未知
7188	2024-08-04	Palmitoylation of PKCδ by ZDHHC5 in hypothalamic microglia presents as a therapeutic target for fatty liver disease 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89602 PMID:38250049	研究论文	本研究发现PKCδ的棕榈酰化在下丘脑小胶质细胞中作为脂肪肝疾病的治疗靶点	首次揭示了抗疟药物阿莫西林通过抑制小胶质细胞的活化，改善脂质代谢，并确定了PKCδ作为直接靶 alvo	该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	探讨下丘脑小胶质细胞中PKCδ的棕榈酰化在脂肪肝疾病中的作用	高脂饮食诱导的小鼠及人类脑组织样本	数字病理学	脂肪肝疾病	生物素标记化学探针	NA	组织样本	高脂饮食诱导的小鼠和人类脑组织样本
7189	2024-08-07	Reciprocal interactions between malignant cells and macrophages enhance cancer stemness and M2 polarization in HBV-associated hepatocellular carcinoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87962 PMID:38169544	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV相关肝细胞癌患者的肿瘤微环境，揭示了恶性细胞与巨噬细胞之间的相互作用如何增强癌症干细胞特性和M2极化	首次详细描述了HBV相关肝细胞癌中恶性细胞与巨噬细胞之间的相互作用，以及这种作用如何影响癌症干细胞特性和M2极化	研究仅基于九名患者的样本，可能存在样本量较小的问题	探讨肿瘤微环境中恶性细胞与巨噬细胞的相互作用对癌症干细胞特性和M2极化的影响	HBV相关肝细胞癌患者的恶性细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	九名HBV相关肝细胞癌患者
7190	2024-08-07	Exosomes derived from CD271+CD56+ bone marrow mesenchymal stem cell subpopoulation identified by single-cell RNA sequencing promote axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89008 PMID:38169566	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现了一种特殊的骨髓间充质干细胞亚群，该亚群能够促进脊髓损伤后的轴突再生，并探讨了其治疗效果及机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种能够促进脊髓损伤后轴突再生的骨髓间充质干细胞亚群，并开发了一种持续释放系统的治疗方法	NA	探索能够增强脊髓损伤后轴突再生的途径	骨髓间充质干细胞亚群及其衍生的外泌体在脊髓损伤后的治疗效果	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
7191	2024-08-07	Comprehensive characterization of early-programmed tumor microenvironment by tumor-associated macrophages reveals galectin-1 as an immune modulatory target in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.88917 PMID:38169569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在早期肿瘤发展中对肿瘤微环境（TME）的调控作用，并发现Galectin-1作为免疫调节靶点	首次揭示了TAMs在早期肿瘤发展中对TME的全面调控作用，并确定了Galectin-1作为关键分子因子	NA	研究TAMs在早期肿瘤发展中对TME的调控作用及关键分子因子	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、肿瘤微环境（TME）、Galectin-1	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7192	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk transcriptomics develops a robust neuroendocrine cell-intrinsic signature to predict prostate cancer progression 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.92336 PMID:38250042	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量转录组学数据，开发了一种稳健的神经内分泌细胞内在特征，用于预测前列腺癌的进展	开发了一种集成分析流程，识别了762个高质量的神经内分泌标记物，并创建了一个名为NEPAL的R包，用于预测神经内分泌前列腺癌的风险评分	NA	精确识别神经内分泌前列腺癌细胞，为研究和临床应用提供重要意义	神经内分泌前列腺癌细胞及其在前列腺癌进展中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	共包含210,879个单细胞，包括66个肿瘤样本
7193	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals S100a9hi macrophages promote the transition from acute inflammation to fibrotic remodeling after myocardial ischemia‒reperfusion 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91180 PMID:38323308	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和流式细胞术探讨了心肌缺血再灌注后巨噬细胞亚型及其在炎症和纤维化过程中的作用	首次鉴定出一种独特的S100a9巨噬细胞亚型，该亚型参与急性炎症和纤维化过程，并揭示了其在心肌缺血再灌注后的作用机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类中验证这些发现	探讨心肌缺血再灌注后巨噬细胞的异质性和转化机制	心肌缺血再灌注后的巨噬细胞及其在炎症和纤维化中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用S100a9小鼠建立心肌缺血再灌注模型，并进行了骨髓来源的巨噬细胞再灌注实验
7194	2024-08-07	Tumor cell senescence-induced macrophage CD73 expression is a critical metabolic immune checkpoint in the aging tumor microenvironment 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.91119 PMID:38323313	研究论文	本研究探讨了衰老细胞在肿瘤微环境中的代谢重塑作用，特别是肿瘤细胞诱导的肿瘤相关巨噬细胞CD73上调对腺苷积累的影响	首次揭示了衰老肿瘤微环境的代谢景观，特别是肿瘤细胞诱导的肿瘤相关巨噬细胞CD73上调对腺苷积累的影响	NA	探索从代谢角度增强衰老细胞诱导的抗肿瘤免疫的精确靶点	衰老细胞在肿瘤微环境中的代谢重塑作用	数字病理学	肺癌	流式细胞术, 免疫荧光染色, 单细胞转录组测序	NA	肿瘤间质液, 临床样本	使用8 Gy×3放射治疗或顺铂化疗诱导的衰老模型, 以及10 Gy照射或顺铂处理的模型
7195	2024-08-04	Integrating leiomyoma genetics, epigenomics, and single-cell transcriptomics reveals causal genetic variants, genes, and cell types 2024-Feb-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45382-0 PMID:38326302	研究论文	本研究整合了基因组学、表观基因组学和单细胞转录组学，以揭示与子宫纤维瘤相关的遗传变异、基因和细胞类型	首次将多组学数据与特定位点的表观遗传编辑方法相结合，识别与疾病相关的基因和细胞类型	具体的遗传变异和基因靶点之间的因果关系仍然理解不足	探讨与子宫纤维瘤相关的遗传因素及其生物机制	与子宫纤维瘤相关的遗传变异和基因	数字病理学	NA	CRISPR	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞基因表达数据	24个与子宫纤维瘤相关的风险位点，394个基因
7196	2024-08-07	The HSP90-MYC-CDK9 network drives therapeutic resistance in mantle cell lymphoma 2024-Feb-07, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-024-00484-9 PMID:38326887	研究论文	研究探讨了在套细胞淋巴瘤中，HSP90-MYC-CDK9网络如何驱动对Bruton酪氨酸激酶抑制剂和CAR-T疗法的抗药性	揭示了HSP90-MYC-CDK9网络是治疗抗性的主要驱动力，并提出了药物联合靶向HSP90和CDK9以减少MYC活性的策略	NA	解析套细胞淋巴瘤中对Bruton酪氨酸激酶抑制剂和CAR-T疗法的连续抗药性的潜在机制	套细胞淋巴瘤患者样本	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	66个样本来自25名患者
7197	2024-08-04	Single-cell transcriptomics reveals that glial cells integrate homeostatic and circadian processes to drive sleep-wake cycles 2024-Feb, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01549-4 PMID:38263460	研究论文	本研究揭示了胶质细胞如何整合生理平衡和昼夜节律过程以驱动睡眠-觉醒周期	发现胶质细胞在睡眠生理平衡和昼夜节律之间的交互作用，以及其基因表达如何影响睡眠动态	研究限制在特定的果蝇模型，结果可能无法直接推广到其他物种	研究不同脑细胞群体中昼夜节律和睡眠生理过程的分子影响及其相互作用	成年人果蝇的大脑胶质细胞及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	成年人果蝇的大脑样本
7198	2024-08-04	Increased heterogeneity in expression of genes associated with cancer progression and drug resistance 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101879 PMID:38262110	研究论文	本文探讨了与癌症进展及药物耐受性相关的基因表达噪声的增加。	通过单细胞RNA测序数据，识别出37个在肺腺癌患者癌症进展过程中表现出表达噪声增加趋势的基因，揭示了线粒体在异质性生成中的重要作用。	该研究对实际癌症患者的表达噪声变化的探讨仍然不足，具体机制尚需进一步研究。	分析癌症进展过程中基因表达噪声的变化，以揭示肿瘤内部异质性的生成机制。	研究对象为不同阶段的肺腺癌患者的基因表达噪声。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同阶段的肺腺癌患者的单细胞 RNA 数据
7199	2024-08-07	The role of tertiary lymphoid structure and B cells in nasopharyngeal carcinoma: Based on bioinformatics and experimental verification 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101885 PMID:38295746	研究论文	本研究探讨了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLS）和浸润B细胞的转录组特征及预后作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了鼻咽癌中不同B细胞亚群的转录特征，并验证了B细胞和TLS作为鼻咽癌患者生存预后标志物的可能性	NA	探究鼻咽癌中浸润B细胞和TLS的转录组特征及其临床相关性	鼻咽癌患者的转录组数据和临床样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	88名鼻咽癌患者
7200	2024-08-07	Newcastle disease virus infection remodels plasma phospholipid metabolism in chickens 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108962 PMID:38322989	研究论文	本文研究了新城疫病毒感染对鸡血浆磷脂代谢网络的影响	首次揭示了新城疫病毒感染如何重塑鸡血浆磷脂代谢网络	NA	探讨新城疫病毒感染对鸡血浆代谢网络的影响	鸡血浆磷脂代谢网络及肺组织细胞	NA	新城疫	代谢组学和脂质组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢数据，RNA序列数据	具体样本数量未提及