单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2025-05-08	Serum and tear autoantibodies from NOD and NOR mice as potential diagnostic indicators of local and systemic inflammation in Sjögren's disease 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1516330 PMID:39936155	研究论文	研究通过分析NOD和NOR小鼠的血清和泪液自身抗体，探讨其在干燥综合征（SjD）相关局部和全身炎症中的潜在诊断价值	首次在两种SjD小鼠模型中系统比较了血清和泪液自身抗体的差异，并发现泪液IgA同型自身抗体比IgG更具多样性	研究仅使用雄性小鼠模型，可能无法完全反映人类SjD的性别差异特征	探索干燥综合征相关自身抗体的诊断标志物	NOD和NOR小鼠的泪腺组织、血清和泪液样本	自身免疫疾病研究	干燥综合征	免疫荧光、自身抗体微阵列、scRNA-Seq	NOD和NOR小鼠模型	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	两种SjD小鼠模型（具体数量未明确说明）与健康BALB/c小鼠对照
702	2025-05-07	Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data 2024-Dec, Physical review. E DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405 PMID:39916216	研究论文	提出了一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型	开发了一种生物物理模型，用于参数化多组数据，并评估多组数据相对于未注册的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的优势	未提及具体样本量或实验验证的局限性	研究如何联合分析染色质可及性和基因表达数据，以评估多组数据的优势	染色质动态和转录过程	生物信息学	NA	ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法	生物物理模型	测序数据	NA
703	2025-05-07	Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf031 PMID:39899596	研究论文	本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南	首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南	研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法	评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性	九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术	NA	RNA测序数据	五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据
704	2025-05-07	Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes 2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.19.599799 PMID:38948852	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子的协同作用对基因调控的影响	整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测了这些转录因子的重要性	研究主要基于计算模型预测，部分结果需要实验验证	探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达	少突胶质细胞及其转录因子	生物信息学	脑部疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq	深度学习模型	单细胞多组学数据	NA
705	2025-05-07	Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153 PMID:39896800	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤生物学特性及免疫微环境，为靶向和个性化免疫治疗策略提供见解	利用单细胞RNA测序技术系统研究HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境，发现与不良预后相关的C2 IGF2+肿瘤细胞亚型及其与肿瘤进展的关联	研究依赖于公开数据库的scRNA-seq数据，可能受限于样本量和数据质量	揭示HGSOC进展和治疗抵抗的分子机制，开发更有效的个性化治疗策略	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤细胞亚型及其免疫微环境	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	RNA测序数据	从GEO数据库获取的scRNA-seq数据
706	2025-05-07	Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984 PMID:39896814	研究论文	通过孟德尔随机化和转录组学分析，探讨循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及潜在生物标志物	结合孟德尔随机化和转录组学数据，首次系统性地研究了免疫细胞表型与IPF的因果关系，并鉴定了三个新的生物标志物	研究依赖于公开数据库的GWAS数据，可能存在样本选择偏倚	阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制	循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化患者	生物信息学	特发性肺纤维化	孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序	IVW等五种孟德尔随机化方法	基因组关联研究数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	来自公开数据库的GWAS数据和IPF患者样本
707	2025-05-07	Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327 PMID:39906743	研究论文	本研究通过分析焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），构建了一个六-lncRNA特征，用于预测乳腺癌患者的预后和免疫治疗反应	首次构建了一个结合焦亡和免疫相关lncRNA的特征，用于预测乳腺癌预后和免疫治疗反应，并揭示了不同的免疫细胞浸润模式	研究依赖于TCGA数据集，需要进一步的外部验证	识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并预测患者的预后和免疫治疗反应	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	Pearson相关系数、单变量Cox回归分析、LASSO方法、单细胞测序	六-lncRNA特征模型	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据集中的乳腺癌患者样本
708	2025-05-07	Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842 PMID:39911580	研究论文	研究通过分析肿瘤微环境中的免疫基因，区分热/冷肿瘤，并探索其对癌症治疗和患者预后的影响	开发了一个框架来区分不同癌症类型中具有临床意义的免疫亚型，并确定了几个潜在靶点用于将冷肿瘤转化为热肿瘤以提高抗癌治疗效果	尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少	探索免疫调控基因如何影响肿瘤微环境，从而影响癌症治疗和患者预后	33种不同类型的癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列	肿瘤免疫学	多种癌症（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌和宫颈鳞状细胞癌）	CIBERSORT算法、基因集变异分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的33种癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列
709	2025-05-04	TCR transgenic clone selection guided by immune receptor analysis and single-cell RNA expression of polyclonal responders 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98344 PMID:39854619	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞测序和TCR库分析快速选择最佳TCR转基因克隆的方法，并成功生成了针对SARS-CoV-2 Spike蛋白的特异性TCR转基因小鼠	结合单细胞测序和TCR库分析，无需杂交瘤筛选即可快速选择最佳TCR克隆，并生成特异性TCR转基因小鼠	方法依赖于单细胞测序和TCR库分析技术，可能对实验条件和技术要求较高	开发一种快速选择抗原特异性TCR序列并生成TCR转基因小鼠的方法	T细胞受体(TCR)转基因克隆和SARS-CoV-2 Spike蛋白特异性CD8 T细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序、TCR库分析、PCR克隆	CORSET8转基因小鼠模型	单细胞RNA表达数据、TCR序列数据	NA
710	2025-05-04	NK cell exhaustion in Wilson's disease revealed by single-cell RNA sequencing predicts the prognosis of cholecystitis 2024-Dec-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.98867 PMID:39854622	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示威尔逊病中NK细胞耗竭与胆囊炎预后的关系	首次在威尔逊病中发现NK细胞耗竭现象，并证实其与胆囊炎不良预后的相关性	研究为回顾性临床研究，需要进一步的前瞻性研究验证	探究威尔逊病中代谢异常如何影响胆囊炎风险及预后的机制	威尔逊病患者及其肝脏免疫细胞	数字病理学	威尔逊病, 胆囊炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床数据	未明确说明样本量的威尔逊病患者队列
711	2025-05-04	scMMAE: masked cross-attention network for single-cell multimodal omics fusion to enhance unimodal omics 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf010 PMID:39851073	研究论文	提出了一种名为scMMAE的新型框架，通过掩码自编码器和交叉注意力机制融合单细胞多组学数据，以增强单组学分析	scMMAE不仅关注不同组学间的对齐，还捕捉每种组学的独特信息，并将多组学知识迁移到单组学分析中	NA	开发计算方法来整合单细胞多组学数据并提升单组学分析性能	单细胞转录组学和蛋白质组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学分析	掩码自编码器（masked autoencoder）与交叉注意力机制（cross-attention）	单细胞转录组和蛋白质组数据	多个单细胞队列数据（具体数量未明确说明）
712	2025-05-04	Complex hierarchical structures analysis in single-cell data with Poincaré deep manifold transformation 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae687 PMID:39851075	研究论文	提出了一种名为PoincaréDMT的方法，用于在单细胞RNA测序数据中分析复杂的层次结构	通过将高维scRNA-seq数据映射到双曲Poincaré盘，结合图拉普拉斯矩阵和结构模块，实现了全局和局部结构的保留与校正，并整合批次图减轻批次效应	未明确提及具体局限性	解决scRNA-seq数据分析中结构保留不完整和嵌入高失真等问题，有效建模多分支复杂细胞轨迹	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	PoincaréDMT	基因表达数据	模拟和真实scRNA-seq数据集
713	2025-05-04	Immunotherapy drives mesenchymal tumor cell state shift and TME immune response in glioblastoma patients 2024-08-05, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noae085 PMID:38695342	研究论文	该研究通过单细胞RNA-seq分析，探讨了免疫检查点抑制剂nivolumab治疗胶质母细胞瘤患者时的肿瘤细胞和肿瘤微环境的表型和转录动态	发现了一种与免疫治疗相关的肿瘤细胞向间充质干细胞样状态转变的抵抗机制特征，并开发了一个潜在的免疫特征	研究样本量相对较小（76个肿瘤样本），虽然在大规模外部数据集（n=298）中验证了结果，但可能仍需更多独立研究验证	识别胶质母细胞瘤免疫治疗抵抗机制，为设计新型治疗策略提供依据	胶质母细胞瘤患者肿瘤样本	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	76个肿瘤样本（临床试验）+ 298个外部数据集样本
714	2025-05-04	Integrated cancer cell-specific single-cell RNA-seq datasets of immune checkpoint blockade-treated patients 2024-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.17.576110 PMID:38328153	research paper	本文整合了来自九种癌症类型的八个单细胞RNA测序数据集，旨在研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	整合了多个单细胞RNA测序数据集，提供了一个独特的资源，并设计了用户友好的界面，便于研究人员探索	样本量虽大但仍有限，且需要一定的编码技能进行数据探索	研究癌细胞对免疫检查点阻断治疗的反应	174名患者的90,270个癌细胞	digital pathology	various cancers	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	174名患者的90,270个癌细胞
715	2025-05-04	Heterogeneity and synaptic plasticity analysis of hippocampus based on db-/- mice induced diabetic encephalopathy 2024-01, Psychoneuroendocrinology IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.psyneuen.2023.106412 PMID:37898037	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病脑病模型中海马细胞的异质性和突触可塑性变化	首次在糖尿病认知障碍模型中构建了海马区单细胞转录图谱，发现了5个独特的少突胶质前体细胞亚群及其标记基因	研究仅基于db/db小鼠模型，结果向人类糖尿病脑病的推广需要进一步验证	探究长期高血糖状态下海马细胞异质性及其与认知功能障碍的关系	db/db糖尿病小鼠模型的海马组织细胞	神经科学	糖尿病脑病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，新物体识别(NOR)行为测试	db/db小鼠糖尿病模型	单细胞转录组数据	实验组21,379个细胞，对照组20,045个细胞
716	2025-05-04	Single-cell mitophagy patterns within the tumor microenvironment modulate intercellular communication, impacting the progression and prognosis of hepatocellular carcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1448878 PMID:39835122	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌肿瘤微环境中的线粒体自噬模式，探讨其对细胞间通讯及患者预后的影响	首次在单细胞水平揭示肝细胞癌肿瘤微环境中线粒体自噬的异质性模式及其与细胞通讯的关系	未证实线粒体自噬对免疫治疗效果的直接影响	探究肝细胞癌肿瘤微环境中线粒体自噬的细胞特异性模式及其临床意义	肝细胞癌患者的肿瘤微环境细胞	肿瘤微环境研究	肝细胞癌	scRNA-seq, NMF聚类, CellChat, Monocle, SCENIC	NA	单细胞转录组数据	来自肝细胞癌患者的25,189个细胞
717	2025-05-04	Single-cell sequencing analysis reveals cancer-associated pericyte subgroup in esophageal squamous cell carcinoma to predict prognosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1474673 PMID:39835116	research paper	通过单细胞测序分析揭示了食管鳞状细胞癌中与癌症相关的周细胞亚群，用于预测预后	识别了六种周细胞亚型，并发现其中两种亚型与预后显著相关，为免疫治疗提供了新的靶点	研究仅基于转录组数据，未深入探讨这些亚型在肿瘤微环境中的具体作用机制	探究食管鳞状细胞癌中癌症相关周细胞的异质性及其在肿瘤微环境中的作用	食管鳞状细胞癌中的癌症相关周细胞	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	scRNA-seq, Bulk RNA-seq, 多重免疫荧光, 药物预测与分子对接	NA	转录组数据, 图像数据	大样本单细胞转录组测序数据
718	2025-05-04	Single-cell transcriptome atlas of peripheral immune features to Omicron breakthrough infection under booster vaccination strategies 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1460442 PMID:39835127	研究论文	本研究通过单细胞转录组和T细胞/B细胞受体测序，分析了加强疫苗接种策略下Omicron突破感染的免疫特征	揭示了Omicron突破感染后免疫细胞的I型干扰素通路激活、T和B淋巴细胞的分化特征以及TCR/BCR克隆扩增的模式，并发现第四剂雾化Ad5-nCoV疫苗可能诱导'训练免疫'现象	样本量较小（15例PBMC样本），且仅针对特定疫苗（Ad5-nCoV）的效果进行了观察	探究加强疫苗接种策略下Omicron突破感染的免疫特征	外周血单个核细胞（PBMC）	免疫学	COVID-19	单细胞转录组测序、TCR/BCR测序	NA	单细胞RNA测序数据	15例PBMC样本（来自Omicron感染者和未感染的疫苗接种者）
719	2025-05-04	Single-cell RNA sequencing and immune microenvironment analysis reveal PLOD2-driven malignant transformation in cervical cancer 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1522655 PMID:39840054	研究论文	通过单细胞RNA测序和免疫微环境分析，揭示了PLOD2在宫颈癌恶性转化中的作用	鉴定了宫颈癌中的8种细胞类型和5种恶性上皮细胞亚群，建立了NNMT CAEPCs风险评分（NCRS）模型，并验证了PLOD2作为预后基因的重要性	研究主要基于公共数据库数据，实验验证部分仅限于体外实验	探索宫颈癌肿瘤微环境，寻找潜在治疗靶点	宫颈癌恶性上皮细胞（EPCs）及其亚群	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NCRS模型	RNA测序数据	来自UCSC和ArrayExpress数据库的数据
720	2025-05-04	Targeting immune cellular populations and transcription factors: unraveling the therapeutic potential of JQF for NAFLD 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1445924 PMID:39840059	研究论文	本研究探讨了降糖清热方（JQF）对非酒精性脂肪肝病（NAFLD）的治疗潜力及其作用机制	首次使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示JQF通过调节特定免疫细胞亚群和转录因子发挥治疗作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索JQF对NAFLD的治疗机制	高脂饮食诱导的NAFLD小鼠模型	NA	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据, 组织病理学数据	NAFLD小鼠模型（具体数量未说明）