单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7706 篇文献，本页显示第 701 - 720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2024-12-11 |
Childhood-onset lupus nephritis is characterized by complex interactions between kidney stroma and infiltrating immune cells
2024-Nov-27, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adl1666
PMID:39602512
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研究论文 | 本文利用空间转录组技术生成儿童期狼疮性肾炎（cLN）患者肾脏组织的空间分辨单细胞图谱，揭示了肾脏间质与浸润免疫细胞之间的复杂相互作用 | 首次通过空间转录组技术解析了cLN患者肾脏组织中免疫细胞的空间分布及其与肾脏间质细胞的相互作用 | 组织学评分与单个肾小球细胞转录组特征之间的相关性较低 | 研究儿童期狼疮性肾炎中肾脏间质与浸润免疫细胞之间的相互作用 | 儿童期狼疮性肾炎患者的肾脏组织 | NA | 自身免疫性疾病 | 空间转录组 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名cLN患者和4名对照个体 |
| 702 | 2024-12-11 |
Post-ischemic inactivation of HIF Prolyl Hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis
2024-Nov-26, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176207
PMID:39621585
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研究论文 | 本文研究了缺血性急性肾损伤（AKI）后内皮细胞中缺氧诱导因子脯氨酰羟化酶（PHD）的失活如何通过诱导糖酵解促进不良的肾脏修复 | 首次揭示了内皮细胞中PHD1、PHD2和PHD3的同时失活通过诱导糖酵解和上调SLC16A3基因编码的乳酸转运蛋白MCT4，促进不良肾脏修复的机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行大规模验证 | 探讨缺血性急性肾损伤后内皮细胞功能障碍的机制，并寻找潜在的治疗靶点 | 内皮细胞中的PHD1、PHD2和PHD3酶及其在缺血性急性肾损伤后的作用 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类肾脏样本 |
| 703 | 2024-12-11 |
OrthologAL: A Shiny application for quality-aware humanization of non-human pre-clinical high-dimensional gene expression data
2024-Nov-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.25.625000
PMID:39651293
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研究论文 | 本文介绍了一个名为OrthologAL的Shiny应用程序，用于将非人类临床前高维基因表达数据进行质量控制的人类同源转换 | OrthologAL利用BioMart数据库访问Ensembl的不同基因集，无需用户生成代码即可实现服务器间的交互，并能高效转换单细胞、单核和空间转录组数据 | NA | 开发一个工具，将非人类临床前研究中的基因表达数据转换为人类同源数据，以便利用现有的人类注释数据库进行功能性小分子预测 | 单细胞、单核和空间转录组数据，来自常见临床前模型，如髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包括髓母细胞瘤的患者来源同种异体移植模型以及小鼠和大鼠的脊髓损伤模型 |
| 704 | 2024-12-11 |
iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics
2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.03.29.24305092
PMID:39649598
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研究论文 | 本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于推断单细胞转录组学中的生物学机制 | iGTP框架结合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用，能够生成具有生物学意义的潜在空间，并在功能富集任务中超越其他深度学习模型和传统生物信息学方法 | NA | 开发一种能够推断单细胞转录组学中生物学机制的可解释模型 | 单细胞转录组数据及其生物学机制 | 机器学习 | NA | 深度学习模型（如变分自编码器）和图神经网络 | 变分自编码器（VAE）和图神经网络 | 单细胞转录组数据 | NA |
| 705 | 2024-12-11 |
Key Regulatory Elements of the TGFβ-LRRC15 Axis Predict Disease Progression and Immunotherapy Resistance Across Cancer Types
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.22.624939
PMID:39651139
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研究论文 | 本文研究了TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，揭示其在不同癌症类型中预测疾病进展和免疫治疗抵抗的潜力 | 本文通过结合功能性化合物筛选和单细胞RNA测序，揭示了调控TGFβ增加LRRC15表达的关键基因特征，并验证了这些基因在预测免疫治疗反应中的潜力 | 本文主要基于细胞模型进行验证，尚未在临床试验中验证其效果 | 揭示TGFβ-LRRC15轴的关键调控元件，并探索其在个性化免疫治疗中的应用 | TGFβ-LRRC15轴的关键调控基因及其在癌症进展和免疫治疗抵抗中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因表达数据 | 细胞模型 |
| 706 | 2024-12-11 |
An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.23.619172
PMID:39651157
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研究论文 | 本文研究了雌激素受体信号传导程序与激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的关系 | 首次定义并研究了与雌激素受体信号传导（ERS）和免疫信号相关的基因模块，揭示了ERS与T细胞浸润减少的潜在机制 | 研究主要基于批量和单细胞转录组数据，缺乏功能验证实验 | 探讨雌激素受体信号传导在激素受体阳性乳腺癌中免疫逃避的机制 | 激素受体阳性乳腺癌组织和细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序，多重免疫荧光 | NA | 转录组数据，免疫荧光图像 | 来自多个临床来源的乳腺癌组织和人类细胞系 |
| 707 | 2024-12-11 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
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研究论文 | 本文提出了一种名为CosGeneGate的新模型，用于选择多功能的可信生物标志物，以提高单细胞分析中的标记基因选择效果 | CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优势，以选择更具代表性的标记基因 | NA | 提高单细胞测序分析中标记基因选择的有效性 | 单细胞测序分析中的标记基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | CosGeneGate | 基因表达数据 | 包括公共数据集和新测序数据集 |
| 708 | 2024-12-11 |
Phospholipid Scramblase 1 (PLSCR1) Regulates Interferon-Lambda Receptor 1 (IFN-λR1) and IFN-λ Signaling in Influenza A Virus (IAV) Infection
2024-Nov-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.20.624469
PMID:39605457
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研究论文 | 研究PLSCR1在流感病毒感染中通过调节IFN-λ信号通路的作用 | 首次揭示了PLSCR1通过调节IFN-λ受体1（Ifn-λr1）表达和下游ISGs的表达来保护宿主免受流感病毒感染，并通过蛋白-蛋白相互作用调节IFN-λ信号通路 | 仅在有限的小鼠模型中进行了研究，尚未完全探索PLSCR1在不同组织水平上的作用机制 | 探讨PLSCR1在流感病毒感染中的抗病毒机制及其对IFN-λ信号通路的调节作用 | PLSCR1在流感病毒感染中的作用及其对IFN-λ信号通路的调节 | NA | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型，包括Plscr1敲除小鼠和纤毛上皮细胞特异性Plscr1过表达小鼠 |
| 709 | 2024-12-11 |
Single-cell analyses reveal that monocyte gene expression profiles influence HIV-1 reservoir size in acutely treated cohorts
2024-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.12.623270
PMID:39605411
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研究论文 | 研究探讨了单核细胞基因表达特征对急性感染期间开始抗逆转录病毒治疗（ART）的HIV-1潜伏库大小的影响 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了单核细胞活动与HIV-1潜伏库大小之间的关联，并验证了这种关联在不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列中的存在 | 研究仅限于急性感染期间开始ART的个体，且样本量相对较小 | 探讨宿主基因表达差异是否调节HIV-1潜伏库大小 | 外周血单核细胞（PBMC）中的单核细胞基因表达 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 14名急性感染期间开始ART的个体和38名不同遗传背景和HIV-1亚型感染的独立队列 |
| 710 | 2024-12-11 |
MobiChIP: a compatible library construction method of single-cell ChIP-seq based droplets
2024-Nov-08, Molecular omics
IF:3.0Q3
DOI:10.1039/d4mo00111g
PMID:39513632
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MobiChIP的单细胞ChIP-seq文库构建方法，该方法基于现有的测序平台，能够高效捕获来自不同物种和组织的片段，并揭示染色质的调控景观 | MobiChIP方法无需定制引物，提供了强大的核小体扩增和灵活的测序能力，并且在识别基因簇的表观遗传抑制方面优于ATAC-seq | NA | 开发一种适用于单细胞应用的ChIP-seq文库构建方法，以揭示表观遗传异质性 | 外周血单核细胞（PBMCs）中的活性（H3K27ac）和抑制性（H3K27me3）组蛋白修饰 | 表观遗传学 | NA | ChIP-seq | NA | 基因组数据 | 来自不同组织或物种的样本 |
| 711 | 2024-12-11 |
Epitranscriptomic regulation of cardiac fibrosis via YTHDF1-dependent PIEZO2 mRNA m6A modification
2024-Nov-05, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae239
PMID:39498803
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研究论文 | 研究通过YTHDF1依赖的m6A修饰调控Piezo2 mRNA在心脏纤维化中的表观转录组调控机制 | 首次揭示了YTHDF1通过m6A修饰调控Piezo2表达，进而影响心脏成纤维细胞自噬和纤维化的新型表观转录组机制 | 实验主要在动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨Piezo家族在心脏纤维化中的分子机制 | Piezo2在心脏纤维化中的作用及其调控机制 | NA | 心血管疾病 | RNA测序、单细胞测序、组织学和生化分析 | NA | RNA | 使用ISO/Ang-II/TAC处理的小鼠模型，以及YTHDF1和Piezo2基因敲除的小鼠 |
| 712 | 2024-12-11 |
Prenatal p25-activated Cdk5 induces pituitary tumorigenesis through MCM2 phosphorylation-mediated cell proliferation
2024-11, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2024.101054
PMID:39366214
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研究论文 | 研究揭示了产前p25激活的Cdk5通过MCM2磷酸化介导的细胞增殖诱导垂体肿瘤发生 | 首次揭示了Cdk5和Mcm2在垂体腺瘤肿瘤发生中的新作用，并提供了一种新的中间叶来源的垂体腺瘤小鼠模型 | NA | 探讨Cdk5在垂体肿瘤发生中的作用及其机制 | Cdk5、Mcm2以及中间叶来源的垂体肿瘤 | NA | 垂体肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型和293T细胞系 |
| 713 | 2024-12-11 |
IgG autoantibodies in bullous pemphigoid directly induce a pathogenic MyD88-dependent pro-inflammatory response in keratinocytes
2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.07.616103
PMID:39569141
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研究论文 | 研究探讨了天疱疮（BP）中的IgG自身抗体如何直接诱导角质形成细胞中的病理性MyD88依赖性促炎反应 | 首次揭示了BP-IgG自身抗体依赖的角质形成细胞反应在天疱疮病理中的作用，并证明了MyD88在BP-IgG诱导的炎症反应中的关键作用 | 研究主要集中在体外实验和小鼠模型上，尚未完全阐明这些发现在人类中的直接应用 | 探讨天疱疮中IgG自身抗体对角质形成细胞的直接影响及其在疾病病理中的作用 | 天疱疮患者的IgG自身抗体、角质形成细胞、MyD88信号通路 | NA | 天疱疮 | 多重免疫分析、bulk RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括天疱疮患者和对照组的IgG处理过的原代角质形成细胞，以及患病和对照皮肤样本 |
| 714 | 2024-12-11 |
Graph-Regularized Non-Negative Matrix Factorization for Single-Cell Clustering in scRNA-Seq Data
2024-08, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2024.3400050
PMID:38787664
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研究论文 | 本文提出了一种基于图正则化的非负矩阵分解方法（Sc-GNNMF），用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 创新点在于采用图正则化的非负矩阵分解算法（GNNMF），通过拉普拉斯核和p-最近邻图估计细胞间和基因间的稀疏相似性，并使用加权p-最近已知邻居优化单细胞RNA测序数据 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性，揭示细胞异质性的潜在机制 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 图正则化非负矩阵分解（GNNMF） | 基因表达数据 | 11个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 715 | 2024-12-11 |
Mutual information for detecting multi-class biomarkers when integrating multiple bulk or single-cell transcriptomic studies
2024-Jun-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.11.598484
PMID:38915481
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研究论文 | 提出了一种基于互信息的统计框架MICA，用于检测多类生物标志物，并整合多个bulk或单细胞转录组学研究 | 创新点在于提出了MICA方法，通过互信息从信息论的角度检测具有一致多类表达模式的生物标志物，适用于多类设计的研究 | 文章未提及具体的局限性 | 旨在开发一种新的统计方法，用于检测多类生物标志物并整合多个转录组学研究 | 研究对象包括来自多个疾病亚型、治疗、组织或细胞类型的样本，以及单细胞RNA-Seq数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及多个研究的数据集，具体样本量未详细说明 |
| 716 | 2024-12-11 |
Holliday junction recognition protein (HJURP) could reflect the clinical outcomes of lung adenocarcinoma patients, and impact the choice of precision therapy
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1475511
PMID:39649097
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研究论文 | 本文研究了HJURP蛋白在肺腺癌患者中的表达及其对临床结果和精准治疗选择的影响 | 首次揭示了HJURP作为肺腺癌的可靠预后生物标志物，并探讨了其在精准治疗中的潜在作用 | 研究结果需要在更大规模的队列中进行验证 | 识别肺腺癌的可靠预后生物标志物和潜在治疗靶点，以改善患者预后 | HJURP蛋白在肺腺癌中的表达及其与临床结果、遗传改变、免疫细胞浸润和治疗反应的关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序、空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 共1507例肺腺癌患者（TCGA-LUAD: 453例，GSE31210: 226例，GSE68465: 442例，GSE72094: 386例） |
| 717 | 2024-12-10 |
[Research progress of single-cell RNA sequencing in ophthalmology]
2024-Dec-11, [Zhonghua yan ke za zhi] Chinese journal of ophthalmology
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在眼科领域的最新进展 | 单细胞RNA测序技术提供了研究细胞间基因表达和功能特征差异的强大工具 | 本文未提及具体的局限性 | 提供关于眼科疾病发病机制的新见解，并改进诊断和治疗策略 | 眼科疾病的发病机制和诊断治疗策略 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 718 | 2024-12-10 |
DRIM modulates Src activation and regulates angiogenic functions in vascular endothelial cells
2024-Dec-08, Cell biology international
IF:3.3Q3
DOI:10.1002/cbin.12265
PMID:39648301
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研究论文 | 研究探讨了DRIM蛋白在血管内皮细胞中的表达及其对Src激活和血管生成功能的影响 | 首次揭示了DRIM在血管内皮细胞中的双重定位及其对Src激活的关键作用 | 研究主要集中在体外细胞实验，缺乏体内实验验证 | 探讨DRIM在血管内皮细胞中的功能及其对Src激活的影响 | DRIM蛋白在血管内皮细胞中的表达及其对Src激活和血管生成功能的影响 | NA | NA | 蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质 | 人类血管内皮细胞 |
| 719 | 2024-12-10 |
CRISPR-Cas9 screening identifies the role of FER as a tumor suppressor
2024-Dec-08, The Journal of pathology
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/path.6374
PMID:39648412
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研究论文 | 本研究使用CRISPR-Cas9筛选技术，识别出FER作为肿瘤抑制基因在肿瘤发生和发展中的重要作用 | 首次通过体内全基因组CRISPR-Cas9筛选技术识别出FER作为肿瘤抑制基因，并揭示了其在肿瘤发生和发展中的关键作用 | 研究主要集中在体内实验，缺乏体外实验验证；样本量较小，可能影响结果的普适性 | 系统识别肿瘤抑制基因，以增进对肿瘤发生机制的理解，并开发早期诊断和疾病进展缓解策略 | FER基因在肿瘤发生和发展中的作用 | NA | NA | CRISPR-Cas9筛选技术，单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 720 | 2024-12-10 |
Prenatal exposure on nanoplastics: A study of spatial transcriptomics in hippocampal offspring
2024-Dec-05, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2024.125480
PMID:39644950
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研究论文 | 研究了母体暴露于纳米塑料对后代海马体区域空间转录组的影响 | 首次使用空间转录组学技术研究母体暴露于纳米塑料对后代海马体区域的影响，揭示了纳米塑料干预后细胞类型和基因表达的变化 | 研究仅限于大鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨母体暴露于纳米塑料对后代大脑发育的影响及其机制 | 大鼠后代的海马体区域 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 大鼠后代海马体区域样本 |