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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 701 | 2025-10-06 |
Proximity sequencing for the detection of mRNA, extracellular proteins and extracellular protein complexes in single cells
2024-12, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01030-x
PMID:39147984
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研究论文 | 介绍一种能够同时检测单细胞中mRNA、细胞外蛋白和细胞外蛋白复合物的邻近测序方法 | 首次实现单细胞水平上同时测量蛋白质、mRNA和数百种位于细胞外膜的蛋白复合物 | 需要基本的分子生物学和单细胞测序专业知识,实验过程需要数天时间完成 | 开发能够同时检测单细胞中多种生物分子的测序方法 | 单细胞中的mRNA、细胞外蛋白和细胞外蛋白复合物 | 单细胞测序 | NA | 邻近测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 702 | 2025-10-06 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
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研究论文 | 提出了一种名为CosGeneGate的新模型,用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因 | 结合细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优势来选择标记基因 | NA | 开发更有效的单细胞测序标记基因选择方法 | 单细胞测序数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序分析 | CosGeneGate | 单细胞测序数据 | 公共数据集和新测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 703 | 2025-10-06 |
FIND-seq: high-throughput nucleic acid cytometry for rare single-cell transcriptomics
2024-11, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01021-y
PMID:39039320
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研究论文 | 介绍FIND-seq高通量核酸流式技术及其在稀有单细胞转录组分析中的应用 | 开发了基于核酸序列检测的细胞分选平台,可基于RNA或DNA标记分离稀有细胞并进行转录组分析 | 需要微流体学、光学和分子生物学专业知识 | 建立稀有细胞分离和测序的技术平台 | 稀有细胞亚群,包括HIV感染细胞、具有特定DNA突变或转录特征的细胞 | 单细胞测序技术 | HIV感染 | 核酸流式技术,单细胞转录组测序 | NA | RNA,DNA,转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,核酸检测 | FIND-seq | 基于微流体的核酸检测和测序平台,支持稀有细胞分离和全转录组测序 |
| 704 | 2025-10-06 |
The single-cell transcriptomic landscape of the topological differences in mammalian auditory receptors
2024-11, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2672-1
PMID:39083201
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示哺乳动物听觉受体拓扑差异的转录组景观 | 首次在单细胞水平系统揭示毛细胞拓扑分子梯度,发现Ptn、Rxra和Nfe2l2等新型音位分布相关基因,并预测调控这些梯度的转录因子 | NA | 探索哺乳动物耳蜗毛细胞音位分布图的分子组织机制 | 哺乳动物内毛细胞和外毛细胞 | 单细胞转录组学 | 听觉系统疾病 | 单细胞RNA测序 | SCENIC算法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 705 | 2025-10-06 |
Single-cell immune landscape of measurable residual disease in acute myeloid leukemia
2024-11, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2666-8
PMID:39034351
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序描绘了急性髓系白血病可测量残留病的免疫细胞图谱 | 首次在单细胞水平揭示MRD阳性与阴性状态下免疫细胞组成的差异,并发现巨噬细胞迁移抑制因子通路在调节MRD-_CD8细胞簇中的作用 | 样本量相对有限(共32例患者),需要更大规模研究验证发现 | 探究急性髓系白血病可测量残留病的免疫细胞特征和转化机制 | 异基因造血干细胞移植后患者的骨髓样本 | 单细胞组学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 32例患者骨髓样本(20例MRD阳性,12例MRD阴性),共184,231个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 706 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveal individual and synergistic effects of Trisomy 21 and GATA1s on hematopoiesis
2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.24.595827
PMID:38826323
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析21三体综合征和GATA1s对造血过程的个体和协同效应 | 首次使用同源人类诱导多能干细胞模型分离21三体综合征和GATA1s的个体发育影响 | 研究基于体外干细胞模型,可能无法完全反映体内造血微环境 | 解析21三体综合征和GATA1s对造血过程的独立和协同作用机制 | 人类诱导多能干细胞衍生的造血祖细胞 | 单细胞生物学 | 唐氏综合征相关血液疾病 | 单细胞RNA测序 | 轨迹推断分析 | 单细胞转录组数据 | 同源人类诱导多能干细胞系(差异仅在于21号染色体和GATA1状态) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 707 | 2025-10-06 |
A versatile tissue-rolling technique for spatial-omics analyses of the entire murine gastrointestinal tract
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01001-2
PMID:38906985
|
研究论文 | 开发一种组织卷曲技术用于小鼠整个胃肠道的空间组学分析 | 提出简单易行的组织包埋技术,可在单张玻片上分析从口腔到直肠的完整胃肠道 | 需要具备小鼠手术技能和标准组织学方法的研究人员操作 | 开发最大化组织分析面积的空间组学技术 | 小鼠胃肠道组织 | 空间组学 | NA | 组织染色、免疫组织化学、原位杂交、多重抗体染色、空间转录组学 | NA | 图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组学 |
| 708 | 2025-10-06 |
High-throughput single-cell transcriptomics of bacteria using combinatorial barcoding
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01007-w
PMID:38886529
|
研究论文 | 开发了一种名为microSPLiT的高通量细菌单细胞转录组测序方法 | 通过四轮组合条形码标记,无需专用设备即可在单次实验中分析数十万革兰氏阴性和阳性细菌的转录状态 | 需要基础分子生物学技术经验、细菌样本处理能力和DNA文库制备知识;数据分析需要计算资源、Unix命令行熟悉度及Python或R基础 | 开发适用于细菌的高通量单细胞转录组测序技术 | 革兰氏阴性和阳性细菌 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序,组合条形码标记 | NA | 转录组数据 | 单次实验最多100万个细菌细胞和96个样本 | NA | 单细胞RNA-seq | microSPLiT | 微生物分裂池连接转录组学技术,采用96孔板进行四轮组合条形码标记 |
| 709 | 2025-10-06 |
All-optical voltage imaging-guided postsynaptic single-cell transcriptome profiling with Voltage-Seq
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01005-y
PMID:38834919
|
研究论文 | 开发了一种结合全光学电压成像和单细胞转录组测序的新方法Voltage-Seq,用于靶向特定突触后反应类型的神经元分析 | 首次将基因编码电压指示器Voltron与单细胞RNA测序结合,实现基于特定突触后反应类型的神经元靶向采集和转录组分析 | 需要6周完成工作流程,包括4-5周的病毒传感器表达时间,且需要操作者具备微操作技能和分子生物学、生物信息学经验 | 开发高通量方法研究突触后神经元的连接特性和转录组特征 | 小鼠急性脑切片中的突触后神经元 | 神经科学 | NA | 全光学电压成像,单细胞RNA测序 | 分类器 | 图像,基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 710 | 2025-10-06 |
ProBac-seq, a bacterial single-cell RNA sequencing methodology using droplet microfluidics and large oligonucleotide probe sets
2024-10, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-01002-1
PMID:38769144
|
研究论文 | 介绍ProBac-seq细菌单细胞RNA测序方法,利用液滴微流控和大规模寡核苷酸探针组解决细菌单细胞转录组分析的技术难题 | 开发了专门针对细菌的mRNA特异性探针方法,克服了细菌mRNA缺乏polyA尾、转录本不稳定和细胞形态不兼容等传统单细胞RNA测序技术的关键限制 | 协议完成时间较长(约7天),且需要针对不同生物体设计特异性探针组 | 建立适用于细菌的单细胞RNA测序方法 | 细菌细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序、液滴微流控、原位杂交 | NA | 基因表达数据 | 数千个细菌细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基于液滴微流控的单细胞封装技术 |
| 711 | 2025-10-06 |
Probing Dermal Immunity to Mycobacteria through a Controlled Human Infection Model
2024-09-01, ImmunoHorizons
DOI:10.4049/immunohorizons.2400053
PMID:39283647
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研究论文 | 通过受控人类感染模型研究皮肤对分枝杆菌的免疫反应 | 首次在BCG初治人群中系统分析皮肤分枝杆菌感染的免疫反应动态,发现非免疫细胞在免疫应答中的潜在作用 | 样本量较小(10名参与者),仅使用单一菌株(BCG Tice株),治疗组间未观察到显著差异 | 探究皮肤对分枝杆菌的免疫反应机制 | 人类参与者接种BCG后的皮肤免疫反应 | 免疫学 | 分枝杆菌感染 | 流式细胞术, bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞计数数据 | 10名参与者 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 712 | 2025-10-06 |
TRANSCRIPTOMIC DIFFERENCES IN PERIPHERAL MONOCYTE POPULATIONS IN SEPTIC PATIENTS BASED ON OUTCOME
2024-08-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002379
PMID:38713581
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者外周血单核细胞亚群的转录组差异与临床结局的关系 | 首次在单细胞水平揭示不同临床结局脓毒症患者的经典与非经典单核细胞转录组差异,发现TNF-α产生相关的基因表达模式 | 样本量未明确说明,研究结果需要更大规模验证 | 阐明决定脓毒症患者不同临床轨迹的免疫学机制 | 脓毒症患者的外周血经典和非经典单核细胞 | 单细胞转录组学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,通路分析 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 713 | 2025-10-06 |
Scanorama: integrating large and diverse single-cell transcriptomic datasets
2024-08, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-00991-3
PMID:38844552
|
研究论文 | 介绍用于整合大型多样化单细胞转录组数据集的Scanorama工具及其使用流程 | 开发了能够有效整合来自不同实验、实验室和技术的单细胞RNA测序数据的工具,解决了数据集间技术变异问题 | 需要用户具备细胞生物学、转录组技术和生物信息学的基础知识 | 提高异质性单细胞RNA测序数据的质量和解释能力 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 714 | 2025-10-06 |
Dynamic intrauterine crosstalk promotes porcine embryo implantation during early pregnancy
2024-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-023-2557-x
PMID:38748354
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示猪胚胎着床过程中母胎对话的动态机制 | 开发了新型工具ExtraCellTalk构建母胎对话动态图谱,并发现保守的RBP4/STRA6信号通路 | 研究局限于猪模型,人类临床适用性需进一步验证 | 探究胚胎着床过程中的母胎对话机制 | 猪围植入期胚胎和对应母体子宫内膜 | 单细胞组学 | 生殖医学 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 715 | 2025-10-06 |
DIMINISHED EXPRESSION OF GLS IN CD4 + T CELLS SERVES AS A PROGNOSTIC INDICATOR ASSOCIATED WITH CUPROPTOSIS IN SEPTIC PATIENTS
2024-07-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002370
PMID:38662604
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研究论文 | 本研究通过分析脓毒症患者铜死亡相关基因表达,发现CD4+T细胞中GLS表达降低可作为预后指标 | 首次将铜死亡相关基因表达与脓毒症患者免疫细胞亚群分类和预后关联,并发现GLS表达变化与铜螯合治疗的独特响应模式 | GLS表达变化与铜关联机制尚未完全阐明,需要进一步研究 | 探索脓毒症患者铜死亡相关分子标志物以辅助分层和改善预后 | 脓毒症患者外周血样本和Jurkat细胞系 | 免疫学 | 脓毒症 | scRNA-seq, WGCNA, 免疫印迹, 流式细胞术, 免疫荧光, CFSE分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | 脓毒症患者外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 716 | 2025-10-06 |
Differential chromatin accessibility and transcriptional dynamics define breast cancer subtypes and their lineages
2024-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00773-6
PMID:39478117
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研究论文 | 通过多组学技术分析乳腺癌亚型及其谱系的染色质可及性和转录动态特征 | 首次在单细胞水平整合配对转录组和染色质可及性分析,揭示乳腺癌亚型特异性谱系的调控网络 | 样本量相对有限(37例患者),需要更大规模验证 | 研究乳腺癌亚型特异性肿瘤-正常谱系的转录调控网络 | 乳腺癌患者组织样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞多组学, 空间转录组学, 多重成像 | 调控网络分析 | 基因组, 转录组, 表观基因组, 图像 | 37例患者的61个样本 | NA | 单细胞多组学, 空间转录组学, 多重成像, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 717 | 2025-10-06 |
Stress-free single-cell transcriptomic profiling and functional genomics of murine eosinophils
2024-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-024-00967-3
PMID:38504138
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研究论文 | 开发了一种无应激小鼠嗜酸性粒细胞单细胞转录组分析方案,并展示了其在结肠炎研究中的应用 | 建立了首个无应激的嗜酸性粒细胞单细胞转录组捕获方法,结合基因组CRISPR筛选技术研究其分化机制 | 方法主要针对小鼠模型,人类样本的适用性需要进一步验证 | 开发嗜酸性粒细胞单细胞转录组分析和功能基因组学研究方法 | 小鼠组织驻留嗜酸性粒细胞 | 单细胞组学 | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 多组织来源的小鼠嗜酸性粒细胞 | BD Biosciences | 单细胞RNA-seq | BD Rhapsody | 微孔板单细胞RNA捕获系统 |
| 718 | 2025-10-06 |
CHST4 associates with high-abundance immune infiltration in hormone receptor-positive breast cancer
2024-12-31, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae190
PMID:39213175
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研究论文 | 本研究揭示了CHST4在激素受体阳性乳腺癌中通过调节免疫细胞浸润影响肿瘤进展的新机制 | 首次发现CHST4在HR+ BRCA中异常下调并与淋巴结转移相关,揭示了其通过调节硫酸化外周淋巴结地址素增强免疫细胞浸润的新功能 | 研究主要基于生物信息学分析和免疫组化验证,缺乏体内功能实验直接证明CHST4的因果作用 | 探究CHST4在激素受体阳性乳腺癌免疫浸润调控中的作用机制 | 激素受体阳性乳腺癌组织和相关免疫细胞 | 肿瘤免疫学 | 乳腺癌 | 免疫组化染色、富集分析、单细胞测序分析 | NA | 组织样本、单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 719 | 2025-10-06 |
Immune landscape of isocitrate dehydrogenase-stratified primary and recurrent human gliomas
2024-Dec-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noae139
PMID:39126294
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和光谱流式细胞术解析人类胶质瘤的免疫景观 | 发现表达颗粒溶素的新型炎症性小胶质细胞亚群,建立超越M1/M2范式的巨噬细胞极化基因组框架,提供胶质瘤特异性肿瘤免疫微环境参考特征 | 样本量相对有限,未完全阐明遗传差异和治疗效果对免疫的长期影响 | 解析IDH分层的人类原发性和复发性胶质瘤的免疫特征 | 48例人类胶质瘤样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞转录组测序, 光谱流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据 | 144,678个单细胞转录组, 超过200万个免疫细胞, 来自48例人类胶质瘤 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 720 | 2025-10-06 |
Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure
2024-Nov, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08008-5
PMID:39443792
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研究论文 | 本研究通过多组学单细胞分析揭示了心力衰竭中免疫-成纤维细胞通讯的分子机制 | 首次在人类心脏疾病中系统描绘免疫-成纤维细胞通讯机制,并发现IL-1β信号通路在驱动FAP/POSTN成纤维细胞形成中的关键作用 | 研究样本量有限(45例),体外培养系统未能完全重现人类疾病表型 | 探索心力衰竭中免疫细胞与成纤维细胞间的通讯机制及其治疗潜力 | 健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织 | 单细胞多组学 | 心血管疾病 | 单细胞基因表达谱、表位图谱、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 单细胞多组学数据、空间转录组数据 | 45例人类心脏样本(包括健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |