单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7161	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
7162	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
7163	2024-08-07	Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094 PMID:38390172	研究论文	本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证，基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征	首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型，并构建了包含九个基因的SADG特征，这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关	NA	旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用	肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征	机器学习	肾癌	非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证
7164	2024-08-04	Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice 2024-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45821-y PMID:38383565	研究论文	本研究描述了一种平台，结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法，以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应	创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集，并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征	本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应，结果可能不适用于其他性别或物种	本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应	研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞	数字病理学	脑卒中	tDISCO、Visium、10X Chromium	NA	转录组数据、蛋白组数据	NA
7165	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of anaplastic ependymoma and H3K27M-mutant diffuse midline glioma 2024-Feb-21, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03558-7 PMID:38383423	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤的细胞类型差异	揭示了两种脑肿瘤间的细胞异质性及其可能的细胞起源差异	NA	分析和比较两种常见脑肿瘤亚型的细胞类型差异	间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	11,219个细胞
7166	2024-08-07	Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level 2024-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54113-w PMID:38383551	研究论文	本文通过3'单细胞RNA测序技术，研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）样本中L1表达的位点特异性，并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。	首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性，并发现L1表达主要在癌细胞中，但也存在于其他细胞类型中，如癌症相关成纤维细胞。	由于L1元素的重复性，使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。	探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。	高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。	数字病理学	卵巢癌	3'单细胞RNA测序	NA	RNA	11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本
7167	2024-08-04	Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54643-3 PMID:38378721	研究论文	本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响	提出了一种基于机器学习的框架，用于筛选潜在的治疗候选者，并开发了RCD.GP基因对评分系统	调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索	研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后	聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因	机器学习	胶质瘤	qRT-PCR	Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta	多组学数据，包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据	18个与RCD相关的标志物
7168	2024-08-07	New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54798-z PMID:38378978	研究论文	本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法（Copula、CTGAN和TVAE）在批量RNA序列反卷积中的应用，以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题	首次研究了数据增强对批量反卷积的影响，并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN，该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色	NA	旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性	批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用	数字病理学	NA	RNA序列	GAN	RNA序列数据	使用了四个公共数据集
7169	2024-08-07	Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54888-y PMID:38379084	研究论文	本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因，构建了一个风险指数，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应	首次构建了基于NETs相关基因的风险指数，并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性	NA	研究NETs相关基因在TNBC中的作用，并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明
7170	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases 2024-Feb-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473 PMID:38359792	研究论文	本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略，评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用	本研究首次识别了12个独立基因程序，这些程序控制着CD4 T细胞的异质性，并能解释典型聚类的模糊性	NA	揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用	循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过180万个外周CD4 T细胞，来自953名个体
7171	2024-08-04	BiGATAE: a bipartite graph attention auto-encoder enhancing spatial domain identification from single-slice to multi-slices 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae045 PMID:38385877	研究论文	本文介绍了BiGATAE，一种改进的双分图注意力自编码器，用于多切片空间转录组数据的识别	BiGATAE通过利用相邻组织切片的基因表达信息，扩展了现有单切片分析方法的适用性，实现了对多切片聚类的增强	本文未解决所有可能的空间领域识别的复杂性和多样性问题	研究旨在提高空间转录组学中多切片聚类的性能	本文研究的对象是组织切片中的基因表达模式及其空间域	数字病理学	NA	空间转录组学	图注意力网络	基因表达数据	三种不同的数据集
7172	2024-08-04	Expression of EPB41L2 in Cancer-Associated Fibroblasts: Prognostic Implications for Bladder Cancer and Response to Immunotherapy 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102927 PMID:38154234	研究论文	研究了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的表达及其对免疫治疗的预后意义	首次确认了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的上调及其与肿瘤微环境重塑的相关性	未提供关于其他潜在生物标志物比较的数据	评估EPB41L2作为预测膀胱癌免疫治疗反应的生物标志物的潜力	膀胱癌患者的肿瘤微环境及相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织切片	IMvigor210队列的患者样本和正常组织对照
7173	2024-08-07	ABHD5-CPT1B: An Important Way of Regulating Placental Lipid Metabolism in Gestational Diabetes Mellitus 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102925 PMID:38042031	研究论文	本研究探讨了妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的调控机制，特别是ABHD5-CPT1B的作用	首次揭示了ABHD5-CPT1B在妊娠期糖尿病胎盘脂质代谢中的重要调控作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模验证	探究妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的分子机制	妊娠期糖尿病患者的胎盘和正常孕妇的胎盘	NA	妊娠期糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名妊娠期糖尿病患者和15名正常孕妇
7174	2024-08-07	Leveraging baseline transcriptional features and information from single-cell data to power the prediction of influenza vaccine response 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1243586 PMID:38384303	研究论文	本研究利用基因表达数据和单细胞数据，探索构建流感疫苗反应预测模型的改进策略	本研究采用了组合建模策略，并利用单细胞水平的信息来优化流感疫苗反应预测模型	NA	探索利用基因表达数据和单细胞数据构建流感疫苗反应预测模型的改进策略	流感疫苗反应预测模型的构建	生物信息学	流感	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用来自Immune Signatures Data Resource (IS2)的基因表达和免疫反应数据，具体样本数量未提及
7175	2024-08-07	Comprehensive analysis of genetic associations and single-cell expression profiles reveals potential links between migraine and multiple diseases: a phenome-wide association study 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1301208 PMID:38385040	研究论文	本研究通过综合分析遗传关联和单细胞表达谱，揭示了偏头痛与其他多种疾病之间的潜在联系	首次通过单细胞RNA测序和PheWAS研究，揭示了偏头痛与多种疾病之间的多效性关系及其生物学基础	NA	探究偏头痛与其他复杂疾病之间的遗传和生物学联系	偏头痛及其与416种表型的关联	遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序, qPCR	NA	基因表达数据	73个偏头痛易感基因在不同脑细胞类型中的表达
7176	2024-08-07	CCDC66 mutations are associated with high myopia through affected cell mitosis 2024-Feb-21, Journal of medical genetics IF:3.5Q2 DOI:10.1136/jmg-2023-109434 PMID:37852749	研究论文	本研究通过外显子测序和Sanger测序技术，鉴定了与高度近视（HM）相关的CCDC66基因突变，并探讨了其在细胞有丝分裂中的作用	首次发现CCDC66基因突变与高度近视的关联，并通过单细胞RNA测序和CRISPR/Cas9系统揭示了该基因在视网膜发育中的功能	研究样本主要集中在家族性高度近视和散发的病例，可能需要更广泛的样本验证	识别与高度近视相关的致病基因，并探索其在高度近视发病机制中的作用	CCDC66基因及其在高度近视中的突变	遗传学	眼科疾病	外显子测序, Sanger测序, 单细胞RNA测序, CRISPR/Cas9	NA	基因序列, 细胞表达	一个高度近视家族，200例散发高度近视患者
7177	2024-08-07	Lipocalin-2 expression identifies an intestinal regulatory neutrophil population during acute graft-versus-host disease 2024-Feb-21, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adi1501 PMID:38381845	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在急性移植物抗宿主病（aGVHD）的小鼠模型中，发现了一种表达脂质运载蛋白2（LCN2）的肠道调节性中性粒细胞群体，并探讨了其在aGVHD中的作用机制。	首次鉴定出表达LCN2的肠道中性粒细胞群体，并揭示了LCN2通过诱导胰岛素样生长因子1受体（IGF-1R）信号在巨噬细胞中的作用，减少主要组织相容性复合体II类（MHCII）表达并增加白细胞介素-10（IL-10）产生，从而减轻aGVHD的严重程度。	NA	探讨LCN2在急性移植物抗宿主病中的作用及其机制，为aGVHD的治疗提供新的策略。	急性移植物抗宿主病（aGVHD）中的肠道中性粒细胞群体及其表达的脂质运载蛋白2（LCN2）。	NA	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个aGVHD患者肠道活检样本
7178	2024-08-04	Combining Global-Constrained Concept Factorization and a Regularized Gaussian Graphical Model for Clustering Single-Cell RNA-seq Data 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00587-7 PMID:37815679	研究论文	本文提出了一种新颖的计算方法GCFG，用于聚类单细胞RNA测序数据	该方法考虑了全局和局部信息，通过概念分解和正则化高斯图模型相结合来增强聚类性能	虽然GCFG在多个数据集上表现出色，但仍需在更多应用场景中验证其有效性	旨在提高单细胞RNA-seq数据聚类的准确性和可用性	研究对象为单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	RNA-seq	正则化高斯图模型	基因组数据	14个真实的单细胞RNA-seq数据集
7179	2024-08-07	Comprehensive scRNA-seq Model Reveals Artery Endothelial Cell Heterogeneity and Metabolic Preference in Human Vascular Disease 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00591-x PMID:37976024	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，结合深度学习算法，分析了人类血管疾病中的动脉内皮细胞异质性和代谢偏好	本研究开发了一种基于细胞聚类的基因集评分系统，有助于识别血管疾病发展的相对阶段，并使用图形神经网络模型估计代谢偏好模式	NA	揭示血管疾病中内皮细胞的变化，为临床治疗提供新靶点	人类血管疾病中的动脉内皮细胞	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序	图形神经网络	scRNA-seq数据	多个类型的人类血管疾病数据集
7180	2024-08-04	Integrating single-cell and bulk expression data to identify and analyze cancer prognosis-related genes 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25640 PMID:38379985	研究论文	本研究整合了单细胞和批量表达数据，以识别和分析与癌症预后相关的基因	该研究结合单细胞测序技术和批量表达分析，提高了对癌症预后相关生物标志物的识别能力	研究主要集中在乳腺癌和肺癌，对于其他类型癌症的适用性需要进一步验证	探讨利用单细胞和批量表达数据构建癌症预后模型的可能性	乳腺癌和肺癌的相关基因及其表达模式	数字病理学	乳腺癌, 肺癌	单细胞测序	Cox回归分析	基因表达数据	涉及多个乳腺癌和正常组织的样本