单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7141	2024-08-07	Cinchophen induces RPA1 related DNA damage and apoptosis to impair ENS development of zebrafish 2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116032 PMID:38306819	研究论文	研究探讨了非甾体抗炎药辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制	首次证实辛可芬通过诱导RPA1相关的DNA损伤和细胞凋亡，损害斑马鱼的肠道神经系统发育	NA	探究辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制	斑马鱼的肠道神经系统	数字病理学	先天性神经嵴病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
7142	2024-08-07	2-bromoacetamide exposure impairs oocyte maturation in mice and humans primarily via disrupting the cytoskeleton 2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116105 PMID:38364760	研究论文	研究探讨了2-溴乙酰胺（BAcAm）对小鼠和人类卵母细胞成熟的影响，发现BAcAm通过破坏细胞骨架主要干扰卵母细胞成熟	首次全面展示了BAcAm对卵母细胞成熟的毒性影响	研究主要基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	探究BAcAm对哺乳动物卵母细胞质量的毒性效应	小鼠和人类的卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠卵母细胞中识别了605个差异表达基因，其中366个上调，239个下调
7143	2024-08-07	Advancing parathyroid anatomy understanding through single-cell RNA sequencing in uremic secondary hyperparathyroidism 2024-Mar, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.005 PMID:38388141	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨了尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中甲状旁腺的细胞动态变化	利用单细胞RNA测序揭示了主细胞和高嗜酸细胞的分化过程，挑战了传统观点	NA	通过单细胞RNA测序技术深入理解甲状旁腺的解剖结构	尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中的甲状旁腺细胞	数字病理学	尿毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
7144	2024-08-04	Single-cell RNA-Seq reveals the earliest lineage specification and X chromosome dosage compensation in bovine preimplantation embryos 2024-Feb-29, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302035RR PMID:38363564	研究论文	该研究揭示了牛胚胎早期谱系特征和X染色体剂量补偿的情况。	利用单细胞转录组学和基因组编辑方法探讨了牛胚胎中的谱系特征和X染色体剂量补偿的时序和调控。	该研究主要集中在牛胚胎模型，可能无法直接推广到其他物种。	旨在通过使用牛胚胎模型深入理解早期胚胎发育中的调控机制。	研究对象为286个牛个体细胞的转录组。	数字病理学	NA	单细胞转录组学，基因组编辑	NA	转录组数据	286个牛个体细胞
7145	2024-08-04	Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories 2024-Feb-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013 PMID:38086373	研究论文	研究了小鼠体内表达生长抑素的细胞的多样性及其发育过程	首次将单细胞RNA测序和空间转录组学结合，揭示了发育过程中生长抑素表达神经元的差异化轨迹	仅限于小鼠模型，可能无法完全代表其他哺乳动物的发育过程	探讨哺乳动物皮层抑制性神经元的细胞多样性及其发育机制	小鼠体内的生长抑素（SST+）表达细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
7146	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of submandibular gland reveals collagen type XV-positive fibroblasts as a disease-characterizing cell population of IgG4-related disease 2024-02-20, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03289-7 PMID:38378635	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了IgG4相关疾病患者下颌下腺中的非免疫细胞，发现表达胶原蛋白XV的成纤维细胞可能是该疾病的特征性细胞群	首次揭示了胶原蛋白XV阳性成纤维细胞在IgG4相关疾病中的作用，并提出其可能作为疾病监测的标志物	NA	探讨IgG4相关疾病中非免疫细胞的特征及其潜在的生物标志物	IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞	数字病理学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞样本
7147	2024-08-04	BPTF cooperates with MYCN and MYC to link neuroblastoma cell cycle control to epigenetic cellular states 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579816 PMID:38405949	研究论文	这篇文章探讨了核小体重塑因子BPTF如何与MYCN和MYC合作，将神经母细胞瘤细胞周期控制与表观遗传细胞状态联系起来	文章提出BPTF在神经母细胞瘤中扮演双重角色，既与MYCN/MYC共定位于细胞周期相关基因的启动子，又与CRC共定位于超级增强子以调节细胞身份	NA	探讨BPTF在神经母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的相关性	神经母细胞瘤细胞及其内在转录调控机制	数字病理学	神经母细胞瘤	Bulk RNA-seq, 单细胞测序, 组织微阵列, 免疫沉淀/质谱	NA	基因表达数据	NA
7148	2024-08-07	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data Reveals Memory-like NK Cell Subset Associated with Mycobacterium tuberculosis Latency 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040293 PMID:38391906	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了外周血自然杀伤（NK）细胞的表型和分子特征，并探讨了NK细胞在结核分枝杆菌（Mtb）潜伏感染中的作用	本研究首次揭示了与结核分枝杆菌潜伏感染相关的记忆样NK细胞亚群，并通过流式细胞术验证了这些细胞的存在	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探讨NK细胞在结核分枝杆菌潜伏感染中的作用及其分子特征	外周血NK细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	小样本量
7149	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals HIF1A as a Severity-Sensitive Immunological Scar in Circulating Monocytes of Convalescent Comorbidity-Free COVID-19 Patients 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040300 PMID:38391913	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了无并发症的COVID-19康复患者循环单核细胞中HIF1A作为敏感性免疫疤痕的作用	首次在单细胞水平上研究了无并发症COVID-19康复患者在不同时间点的转录组免疫细胞失调，并揭示了HIF1A在康复期的长期免疫作用	NA	研究无并发症COVID-19康复患者的免疫细胞转录组失调，以识别不同疾病严重程度的康复标志	无并发症的COVID-19康复患者的循环单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
7150	2024-08-07	HHLA2 is more significantly associated with poor prognosis in TSCC than PD-L1 2024-Feb, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13514 PMID:38321252	研究论文	本研究旨在探讨HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的潜力，并与PD-L1进行比较	本研究发现HHLA2在舌鳞状细胞癌中表达上调，且与不良预后显著相关，可能成为比PD-L1更有效的免疫治疗靶点	NA	研究HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的作用及与PD-L1的比较	舌鳞状细胞癌中的HHLA2和PD-L1表达及预后影响	数字病理学	舌鳞状细胞癌	RNA测序, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	COX回归模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	RNA-seq数据来自TCGA，单细胞RNA测序数据来自GEO数据库
7151	2024-08-07	Analytical Workflows for Single-Cell Multiomic Data Using the BD Rhapsody Platform 2024-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.963 PMID:38353375	研究论文	本文描述了一个详细的分析流程，包括六个管道，用于单细胞多组学数据的高质量分析	提出了一个包括六个管道的详细分析流程，用于处理和分析单细胞多组学数据	NA	开发一个高效的分析流程，以从单细胞多组学数据中提取生物学相关信息	单细胞多组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达矩阵	数千个单个细胞
7152	2024-08-07	Recommendations on single-cell RNA sequencing of skin xenografts in the study of genetic skin diseases 2024-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15036 PMID:38389155	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7153	2024-08-07	Characterization of the m6A/m1A/m5C/m7G-related regulators on the prognosis and immune microenvironment of glioma by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2024-Feb, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3666 PMID:38391150	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，分析了m6A、m1A、m5C和m7G相关调控因子在胶质瘤预后和免疫微环境中的作用	首次整合了四种RNA甲基化调控因子（m6A、m1A、m5C和m7G）在胶质瘤中的研究，并分析了它们与胶质瘤预后和肿瘤内异质性的关系	NA	探讨m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子在胶质瘤中的作用，并提供新的可靠的胶质瘤预后和治疗生物标志物	胶质瘤中的m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子及其与预后和免疫微环境的关系	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习方法和多元Cox回归分析	RNA序列数据	三个自有的单细胞RNA测序数据集和公开的批量RNA测序数据集
7154	2024-08-04	Continually adapting pre-trained language model to universal annotation of single-cell RNA-seq data 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae047 PMID:38388681	研究论文	提出了一种名为CANAL的通用细胞类型注释工具，用于单细胞RNA测序数据的持续细胞类型注释	结合了持续学习和预训练语言模型的方法，以解决细胞类型注释中的灾难性遗忘问题	未在摘要中提到具体的局限性	开发一个能够适应新数据并持续更新细胞类型注释的工具	针对单细胞RNA-seq数据中的细胞类型进行注释	自然语言处理	NA	预训练语言模型	变换器模型	RNA-seq数据	涉及大量未标记的RNA-seq数据和新到达的标注数据
7155	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2024-01-22, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03259-5 PMID:38254179	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞是一种新的炎症性T细胞亚群	本研究首次识别出PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群，并揭示了与PD-1信号传导相关的新基因	本研究仅限于类风湿关节炎患者，且需要进一步研究以全面了解PD-1在滑膜T细胞中的作用	探索PD-1信号传导在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9筛选	NA	RNA测序数据	类风湿关节炎患者的多个样本
7156	2024-08-07	Transcriptional profiling of human cartilage endplate cells identifies novel genes and cell clusters underlying degenerated and non-degenerated phenotypes 2024-01-03, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03220-6 PMID:38173036	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，对非退化和退化的人类软骨终板细胞进行转录组分析，以识别与退化和非退化表型相关的新基因和细胞簇。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨终板细胞的表型异质性，并识别出多个具有独特基因表达和功能特征的软骨细胞和前体细胞亚群。	研究样本量较小，批量RNA测序仅包括4个非退化和4个退化样本，单细胞RNA测序仅包括1个非退化和1个退化样本。	旨在更好地表征软骨终板细胞的表型及其在软骨终板退化中的可能机制。	非退化和退化的人类腰椎软骨终板细胞。	数字病理学	腰痛	RNA测序	NA	RNA	批量RNA测序：4个非退化样本，4个退化样本；单细胞RNA测序：1个非退化样本，1个退化样本。
7157	2024-08-04	Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87201 PMID:38389849	研究论文	该研究揭示了巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用	通过单细胞转录组分析，发现了五种功能不同的平滑肌细胞亚型，特别是具有中间表型的促炎巨噬细胞样平滑肌细胞	该研究对个别平滑肌细胞表型及其分子动态的贡献仍然缺乏深入的剖析	探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化进展中的作用及其分子机制	人类颈动脉斑块中的平滑肌细胞组成及其功能	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序、RNA测序	NA	转录组数据	人类颈动脉斑块样本
7158	2024-08-07	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297897 PMID:38363784	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨了两种与结直肠癌相关的病原共生菌对肠道上皮细胞和局部免疫系统的影响	首次详细描述了Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis在结直肠癌模型中对转录表型和免疫细胞的具体影响	研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异	探讨特定病原共生菌在结直肠癌发展中的作用及其分子机制	Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis对结直肠癌的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型
7159	2024-08-07	Androgen deprivation induces double-null prostate cancer via aberrant nuclear export and ribosomal biogenesis through HGF and Wnt activation 2024-Feb-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45489-4 PMID:38336745	研究论文	本文探讨了雄激素剥夺疗法通过异常核输出和核糖体生物合成诱导双阴性前列腺癌的机制	揭示了雄激素剥夺疗法通过激活HGF/MET和Wnt/β-catenin信号通路诱导双阴性前列腺癌的新机制	NA	研究雄激素剥夺疗法诱导双阴性前列腺癌的分子机制	雄激素剥夺疗法对前列腺癌的影响及其分子机制	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类和鼠类的双阴性前列腺癌样本
7160	2024-08-04	A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis 2024-Jan-26, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14020090 PMID:38392982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异	本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节	缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持	探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异	原发性肝癌及肝转移癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型的样本