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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7101 | 2024-08-04 |
Unveiling the oncogenic role of CLDN11-secreting fibroblasts in gastric cancer peritoneal metastasis through single-cell sequencing and experimental approaches
2024-Mar-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111647
PMID:38335659
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研究论文 | 本研究探讨了纤维母细胞在胃癌腹膜转移中的作用 | 揭示了CXCR7阳性纤维母细胞通过CLDN11在胃癌腹膜转移中的致癌角色 | 本研究主要基于公用数据库数据,可能存在样本偏倚 | 研究胃癌腹膜转移中纤维母细胞的作用 | 研究了来自腹膜转移和胃癌组织的纤维母细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 从腹膜转移和胃癌组织提取的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7102 | 2024-08-04 |
High-throughput omics technologies in inflammatory bowel disease
2024-Mar-01, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2024.117828
PMID:38355001
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综述 | 该文章综述了高通量组学技术在炎症性肠病中的应用和进展 | 文章强调了高通量技术在炎症性肠病研究中的重要性和最新进展 | 需要更标准化的方法和大规模数据集处理以实现个体化医学的目标 | 阐明高通量技术在炎症性肠病病理机制研究中的应用 | 高通量技术在炎症性肠病的基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学等领域的应用 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 高通量组学技术 | NA | 大数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7103 | 2024-08-04 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Coronary Heterogeneity and Identifies CD133+TRPV4high Endothelial Subpopulation in Regulating Flow-Induced Vascular Tone in Mice
2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319516
PMID:38269590
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了冠状动脉内皮细胞的异质性并确定了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节流动诱导的血管张力中的作用 | 该研究发现了冠状动脉内皮细胞的异质性,并首次识别了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节冠状动脉血流中的重要性 | 本研究仅在小鼠模型中进行,可能无法完全适用于人类冠状动脉内皮细胞的研究 | 研究冠状动脉内皮细胞的异质性及其对血流的反应 | 研究对象为小鼠冠状动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 31,962个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7104 | 2024-08-07 |
Cinchophen induces RPA1 related DNA damage and apoptosis to impair ENS development of zebrafish
2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116032
PMID:38306819
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研究论文 | 研究探讨了非甾体抗炎药辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制 | 首次证实辛可芬通过诱导RPA1相关的DNA损伤和细胞凋亡,损害斑马鱼的肠道神经系统发育 | NA | 探究辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制 | 斑马鱼的肠道神经系统 | 数字病理学 | 先天性神经嵴病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7105 | 2024-08-07 |
2-bromoacetamide exposure impairs oocyte maturation in mice and humans primarily via disrupting the cytoskeleton
2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116105
PMID:38364760
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研究论文 | 研究探讨了2-溴乙酰胺(BAcAm)对小鼠和人类卵母细胞成熟的影响,发现BAcAm通过破坏细胞骨架主要干扰卵母细胞成熟 | 首次全面展示了BAcAm对卵母细胞成熟的毒性影响 | 研究主要基于体外培养系统,可能与体内环境存在差异 | 探究BAcAm对哺乳动物卵母细胞质量的毒性效应 | 小鼠和人类的卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 小鼠卵母细胞中识别了605个差异表达基因,其中366个上调,239个下调 | NA | NA | NA | NA |
| 7106 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-Seq reveals the earliest lineage specification and X chromosome dosage compensation in bovine preimplantation embryos
2024-Feb-29, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202302035RR
PMID:38363564
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研究论文 | 该研究揭示了牛胚胎早期谱系特征和X染色体剂量补偿的情况。 | 利用单细胞转录组学和基因组编辑方法探讨了牛胚胎中的谱系特征和X染色体剂量补偿的时序和调控。 | 该研究主要集中在牛胚胎模型,可能无法直接推广到其他物种。 | 旨在通过使用牛胚胎模型深入理解早期胚胎发育中的调控机制。 | 研究对象为286个牛个体细胞的转录组。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学,基因组编辑 | NA | 转录组数据 | 286个牛个体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7107 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of submandibular gland reveals collagen type XV-positive fibroblasts as a disease-characterizing cell population of IgG4-related disease
2024-02-20, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-024-03289-7
PMID:38378635
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了IgG4相关疾病患者下颌下腺中的非免疫细胞,发现表达胶原蛋白XV的成纤维细胞可能是该疾病的特征性细胞群 | 首次揭示了胶原蛋白XV阳性成纤维细胞在IgG4相关疾病中的作用,并提出其可能作为疾病监测的标志物 | NA | 探讨IgG4相关疾病中非免疫细胞的特征及其潜在的生物标志物 | IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞 | 数字病理学 | 自身免疫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7108 | 2024-08-04 |
BPTF cooperates with MYCN and MYC to link neuroblastoma cell cycle control to epigenetic cellular states
2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.11.579816
PMID:38405949
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研究论文 | 这篇文章探讨了核小体重塑因子BPTF如何与MYCN和MYC合作,将神经母细胞瘤细胞周期控制与表观遗传细胞状态联系起来 | 文章提出BPTF在神经母细胞瘤中扮演双重角色,既与MYCN/MYC共定位于细胞周期相关基因的启动子,又与CRC共定位于超级增强子以调节细胞身份 | NA | 探讨BPTF在神经母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的相关性 | 神经母细胞瘤细胞及其内在转录调控机制 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | Bulk RNA-seq, 单细胞测序, 组织微阵列, 免疫沉淀/质谱 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7109 | 2024-08-07 |
HHLA2 is more significantly associated with poor prognosis in TSCC than PD-L1
2024-Feb, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1111/jop.13514
PMID:38321252
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研究论文 | 本研究旨在探讨HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的潜力,并与PD-L1进行比较 | 本研究发现HHLA2在舌鳞状细胞癌中表达上调,且与不良预后显著相关,可能成为比PD-L1更有效的免疫治疗靶点 | NA | 研究HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的作用及与PD-L1的比较 | 舌鳞状细胞癌中的HHLA2和PD-L1表达及预后影响 | 数字病理学 | 舌鳞状细胞癌 | RNA测序, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序 | COX回归模型 | RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据 | RNA-seq数据来自TCGA,单细胞RNA测序数据来自GEO数据库 | NA | NA | NA | NA |
| 7110 | 2024-08-07 |
Analytical Workflows for Single-Cell Multiomic Data Using the BD Rhapsody Platform
2024-Feb, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.963
PMID:38353375
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研究论文 | 本文描述了一个详细的分析流程,包括六个管道,用于单细胞多组学数据的高质量分析 | 提出了一个包括六个管道的详细分析流程,用于处理和分析单细胞多组学数据 | NA | 开发一个高效的分析流程,以从单细胞多组学数据中提取生物学相关信息 | 单细胞多组学数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7111 | 2024-08-07 |
PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis
2024-01-22, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-023-03259-5
PMID:38254179
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞,发现PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞是一种新的炎症性T细胞亚群 | 本研究首次识别出PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群,并揭示了与PD-1信号传导相关的新基因 | 本研究仅限于类风湿关节炎患者,且需要进一步研究以全面了解PD-1在滑膜T细胞中的作用 | 探索PD-1信号传导在炎症性关节炎中的作用,并寻找新的治疗靶点 | 类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞 | 免疫学 | 类风湿关节炎 | 流式细胞术,CRISPR/Cas9筛选 | NA | RNA测序数据 | 类风湿关节炎患者的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7112 | 2024-08-07 |
Transcriptional profiling of human cartilage endplate cells identifies novel genes and cell clusters underlying degenerated and non-degenerated phenotypes
2024-01-03, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-023-03220-6
PMID:38173036
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序技术,对非退化和退化的人类软骨终板细胞进行转录组分析,以识别与退化和非退化表型相关的新基因和细胞簇。 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨终板细胞的表型异质性,并识别出多个具有独特基因表达和功能特征的软骨细胞和前体细胞亚群。 | 研究样本量较小,批量RNA测序仅包括4个非退化和4个退化样本,单细胞RNA测序仅包括1个非退化和1个退化样本。 | 旨在更好地表征软骨终板细胞的表型及其在软骨终板退化中的可能机制。 | 非退化和退化的人类腰椎软骨终板细胞。 | 数字病理学 | 腰痛 | RNA测序 | NA | RNA | 批量RNA测序:4个非退化样本,4个退化样本;单细胞RNA测序:1个非退化样本,1个退化样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 7113 | 2024-08-04 |
A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis
2024-Jan-26, Metabolites
IF:3.4Q2
DOI:10.3390/metabo14020090
PMID:38392982
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异 | 本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节 | 缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持 | 探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异 | 原发性肝癌及肝转移癌细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多种细胞类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7114 | 2024-08-07 |
Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies
2024-Jan-23, Biology
DOI:10.3390/biology13020067
PMID:38392286
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综述 | 本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展 | 介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法(如RiboTag和bacTRAP)及其在神经退行性疾病研究中的应用 | 转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少,且存在一定的局限性 | 探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性,以推进治疗策略的发展 | 研究对象包括肌萎缩侧索硬化症(ALS)、亨廷顿病(HD)、阿尔茨海默病(AD)以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症(FFI)和遗传性克雅氏病(gCJD) | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq)、RiboTag、bacTRAP | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7115 | 2024-08-07 |
Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation
2024-Feb-29, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094
PMID:38390172
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证,基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征 | 首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型,并构建了包含九个基因的SADG特征,这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关 | NA | 旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用 | 肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征 | 机器学习 | 肾癌 | 非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 7116 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice
2024-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45821-y
PMID:38383565
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研究论文 | 本研究描述了一种平台,结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法,以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应 | 创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集,并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征 | 本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应,结果可能不适用于其他性别或物种 | 本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应 | 研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞 | 数字病理学 | 脑卒中 | tDISCO、Visium、10X Chromium | NA | 转录组数据、蛋白组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7117 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of anaplastic ependymoma and H3K27M-mutant diffuse midline glioma
2024-Feb-21, BMC neurology
IF:2.2Q3
DOI:10.1186/s12883-024-03558-7
PMID:38383423
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤的细胞类型差异 | 揭示了两种脑肿瘤间的细胞异质性及其可能的细胞起源差异 | NA | 分析和比较两种常见脑肿瘤亚型的细胞类型差异 | 间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | 11,219个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7118 | 2024-08-07 |
Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level
2024-02-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54113-w
PMID:38383551
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研究论文 | 本文通过3'单细胞RNA测序技术,研究了高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)样本中L1表达的位点特异性,并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。 | 首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性,并发现L1表达主要在癌细胞中,但也存在于其他细胞类型中,如癌症相关成纤维细胞。 | 由于L1元素的重复性,使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。 | 探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。 | 高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 3'单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7119 | 2024-08-04 |
Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54643-3
PMID:38378721
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研究论文 | 本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响 | 提出了一种基于机器学习的框架,用于筛选潜在的治疗候选者,并开发了RCD.GP基因对评分系统 | 调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索 | 研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后 | 聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因 | 机器学习 | 胶质瘤 | qRT-PCR | Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta | 多组学数据,包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据 | 18个与RCD相关的标志物 | NA | NA | NA | NA |
| 7120 | 2024-08-07 |
New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54798-z
PMID:38378978
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研究论文 | 本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法(Copula、CTGAN和TVAE)在批量RNA序列反卷积中的应用,以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题 | 首次研究了数据增强对批量反卷积的影响,并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN,该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色 | NA | 旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性 | 批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用 | 数字病理学 | NA | RNA序列 | GAN | RNA序列数据 | 使用了四个公共数据集 | NA | NA | NA | NA |