本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7101 | 2024-08-07 |
Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level
2024-02-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54113-w
PMID:38383551
|
研究论文 | 本文通过3'单细胞RNA测序技术,研究了高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)样本中L1表达的位点特异性,并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。 | 首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性,并发现L1表达主要在癌细胞中,但也存在于其他细胞类型中,如癌症相关成纤维细胞。 | 由于L1元素的重复性,使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。 | 探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。 | 高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 3'单细胞RNA测序 | NA | RNA | 11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7102 | 2024-08-04 |
Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54643-3
PMID:38378721
|
研究论文 | 本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响 | 提出了一种基于机器学习的框架,用于筛选潜在的治疗候选者,并开发了RCD.GP基因对评分系统 | 调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索 | 研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后 | 聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因 | 机器学习 | 胶质瘤 | qRT-PCR | Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta | 多组学数据,包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据 | 18个与RCD相关的标志物 | NA | NA | NA | NA |
| 7103 | 2024-08-07 |
New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54798-z
PMID:38378978
|
研究论文 | 本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法(Copula、CTGAN和TVAE)在批量RNA序列反卷积中的应用,以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题 | 首次研究了数据增强对批量反卷积的影响,并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN,该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色 | NA | 旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性 | 批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用 | 数字病理学 | NA | RNA序列 | GAN | RNA序列数据 | 使用了四个公共数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 7104 | 2024-08-07 |
Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer
2024-02-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54888-y
PMID:38379084
|
研究论文 | 本研究通过分析中性粒细胞外陷阱(NETs)相关基因,构建了一个风险指数,用于预测三阴性乳腺癌(TNBC)患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应 | 首次构建了基于NETs相关基因的风险指数,并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性 | NA | 研究NETs相关基因在TNBC中的作用,并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应 | 三阴性乳腺癌(TNBC)患者 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据,具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 7105 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases
2024-Feb-14, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473
PMID:38359792
|
研究论文 | 本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略,评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用 | 本研究首次识别了12个独立基因程序,这些程序控制着CD4 T细胞的异质性,并能解释典型聚类的模糊性 | NA | 揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用 | 循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过180万个外周CD4 T细胞,来自953名个体 | NA | NA | NA | NA |
| 7106 | 2024-08-04 |
Expression of EPB41L2 in Cancer-Associated Fibroblasts: Prognostic Implications for Bladder Cancer and Response to Immunotherapy
2024-01, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102927
PMID:38154234
|
研究论文 | 研究了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的表达及其对免疫治疗的预后意义 | 首次确认了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的上调及其与肿瘤微环境重塑的相关性 | 未提供关于其他潜在生物标志物比较的数据 | 评估EPB41L2作为预测膀胱癌免疫治疗反应的生物标志物的潜力 | 膀胱癌患者的肿瘤微环境及相关生物标志物 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 免疫组化(IHC)和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、组织切片 | IMvigor210队列的患者样本和正常组织对照 | NA | NA | NA | NA |
| 7107 | 2024-08-07 |
ABHD5-CPT1B: An Important Way of Regulating Placental Lipid Metabolism in Gestational Diabetes Mellitus
2024-01, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102925
PMID:38042031
|
研究论文 | 本研究探讨了妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的调控机制,特别是ABHD5-CPT1B的作用 | 首次揭示了ABHD5-CPT1B在妊娠期糖尿病胎盘脂质代谢中的重要调控作用 | 研究样本量较小,需要进一步的大规模验证 | 探究妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的分子机制 | 妊娠期糖尿病患者的胎盘和正常孕妇的胎盘 | NA | 妊娠期糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15名妊娠期糖尿病患者和15名正常孕妇 | NA | NA | NA | NA |
| 7108 | 2024-08-07 |
Leveraging baseline transcriptional features and information from single-cell data to power the prediction of influenza vaccine response
2024, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2024.1243586
PMID:38384303
|
研究论文 | 本研究利用基因表达数据和单细胞数据,探索构建流感疫苗反应预测模型的改进策略 | 本研究采用了组合建模策略,并利用单细胞水平的信息来优化流感疫苗反应预测模型 | NA | 探索利用基因表达数据和单细胞数据构建流感疫苗反应预测模型的改进策略 | 流感疫苗反应预测模型的构建 | 生物信息学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用来自Immune Signatures Data Resource (IS2)的基因表达和免疫反应数据,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 7109 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of genetic associations and single-cell expression profiles reveals potential links between migraine and multiple diseases: a phenome-wide association study
2024, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2024.1301208
PMID:38385040
|
研究论文 | 本研究通过综合分析遗传关联和单细胞表达谱,揭示了偏头痛与其他多种疾病之间的潜在联系 | 首次通过单细胞RNA测序和PheWAS研究,揭示了偏头痛与多种疾病之间的多效性关系及其生物学基础 | NA | 探究偏头痛与其他复杂疾病之间的遗传和生物学联系 | 偏头痛及其与416种表型的关联 | 遗传学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, qPCR | NA | 基因表达数据 | 73个偏头痛易感基因在不同脑细胞类型中的表达 | NA | NA | NA | NA |
| 7110 | 2024-08-04 |
Combining Global-Constrained Concept Factorization and a Regularized Gaussian Graphical Model for Clustering Single-Cell RNA-seq Data
2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00587-7
PMID:37815679
|
研究论文 | 本文提出了一种新颖的计算方法GCFG,用于聚类单细胞RNA测序数据 | 该方法考虑了全局和局部信息,通过概念分解和正则化高斯图模型相结合来增强聚类性能 | 虽然GCFG在多个数据集上表现出色,但仍需在更多应用场景中验证其有效性 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据聚类的准确性和可用性 | 研究对象为单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 正则化高斯图模型 | 基因组数据 | 14个真实的单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 7111 | 2024-08-07 |
Comprehensive scRNA-seq Model Reveals Artery Endothelial Cell Heterogeneity and Metabolic Preference in Human Vascular Disease
2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00591-x
PMID:37976024
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,结合深度学习算法,分析了人类血管疾病中的动脉内皮细胞异质性和代谢偏好 | 本研究开发了一种基于细胞聚类的基因集评分系统,有助于识别血管疾病发展的相对阶段,并使用图形神经网络模型估计代谢偏好模式 | NA | 揭示血管疾病中内皮细胞的变化,为临床治疗提供新靶点 | 人类血管疾病中的动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 图形神经网络 | scRNA-seq数据 | 多个类型的人类血管疾病数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 7112 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell and bulk expression data to identify and analyze cancer prognosis-related genes
2024-Feb-29, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25640
PMID:38379985
|
研究论文 | 本研究整合了单细胞和批量表达数据,以识别和分析与癌症预后相关的基因 | 该研究结合单细胞测序技术和批量表达分析,提高了对癌症预后相关生物标志物的识别能力 | 研究主要集中在乳腺癌和肺癌,对于其他类型癌症的适用性需要进一步验证 | 探讨利用单细胞和批量表达数据构建癌症预后模型的可能性 | 乳腺癌和肺癌的相关基因及其表达模式 | 数字病理学 | 乳腺癌, 肺癌 | 单细胞测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 涉及多个乳腺癌和正常组织的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7113 | 2024-08-04 |
Signature construction and molecular subtype identification based on liver-specific genes for prediction of prognosis, immune activity, and anti-cancer drug sensitivity in hepatocellular carcinoma
2024-Feb-19, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03242-3
PMID:38374122
|
研究论文 | 文章探讨了基于肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类及其预后、免疫活性和抗癌药物敏感性的预测 | 提出了肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类和五基因预后模型,提供了个性化治疗的新线索 | 样本数量及其来源可能限制了结果的普遍性 | 研究肝特异性基因在肝细胞癌中的作用和分类 | 研究对象为肝细胞癌患者的RNA测序数据及相应细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 从TCGA、ICGC和GEO数据库获取的HCC样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7114 | 2024-08-07 |
Deconvolution at the single-cell level reveals ovarian cell-type-specific transcriptomic changes in PCOS
2024-Feb-19, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-024-01195-w
PMID:38373962
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据对多囊卵巢综合征(PCOS)中的卵巢细胞类型特异性转录组变化进行了解卷积分析 | 首次使用单细胞RNA测序数据对PCOS中的卵巢细胞类型进行解卷积分析,揭示了细胞类型特异性的转录组变化 | 研究仅基于30个样本(15个对照 vs 15个PCOS),样本量相对较小 | 探究PCOS中卵巢组织的分子改变和细胞组成 | 多囊卵巢综合征(PCOS)中的卵巢细胞类型 | 数字病理学 | 生殖内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 30个样本(15个对照 vs 15个PCOS) | NA | NA | NA | NA |
| 7115 | 2024-08-04 |
The cycling and aging mouse female reproductive tract at single-cell resolution
2024-Feb-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.01.021
PMID:38325365
|
研究论文 | 本研究系统性地表征了小鼠女性生殖道在生殖周期、妊娠和衰老过程中的形态学和基因表达变化 | 通过单细胞和空间转录组学分析,首次揭示了成纤维细胞在生殖道重塑中的中心和器官特异性角色 | 未提及具体的样本量和实验限制 | 探究生殖周期和衰老如何影响女性生殖道的重塑 | 小鼠的卵巢、输卵管、子宫、宫颈和阴道 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7116 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing to understand host-virus interactions
2024-Feb, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2023.11.009
PMID:38008383
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术在解析宿主与病毒相互作用中的应用及其优缺点 | scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用 | NA | 深入探讨scRNA-seq在病毒学研究中的应用,以更好地理解致病机制并发现更有效的治疗策略 | 宿主与病毒的相互作用及免疫图谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7117 | 2024-08-07 |
Genome-wide DNA methylation of lesional and peri-lesional skin in vitiligo: a comparative and integrated analysis of multi-omics in Chinese population
2024-Feb, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-023-02630-5
PMID:38182908
|
研究论文 | 本研究通过比较和整合分析中国人群中白癜风病变和周围皮肤的全基因组DNA甲基化情况 | 首次报道了临床白癜风及其周围皮肤的综合DNA甲基化图谱 | NA | 研究白癜风病变和周围皮肤的DNA甲基化特征,并整合转录组数据以识别差异甲基化和表达基因 | 白癜风患者的病变皮肤、周围皮肤和健康皮肤样本 | 数字病理学 | 白癜风 | Illumina 850K甲基化芯片 | NA | DNA甲基化数据和转录组数据 | 6个病变皮肤样本,6个周围皮肤样本,8个健康皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7118 | 2024-08-07 |
Unraveling T cell exhaustion in the immune microenvironment of osteosarcoma via single-cell RNA transcriptome
2024-Jan-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03585-2
PMID:38280005
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了骨肉瘤中的T细胞耗竭现象,并构建了预测模型以评估其对患者预后的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了骨肉瘤中T细胞耗竭的分子特征及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | NA | 探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫微环境中的作用及其对疾病进展的影响 | 骨肉瘤中的T细胞耗竭现象及其相关基因表达 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 7119 | 2024-08-04 |
Joint L2,p-norm and random walk graph constrained PCA for single-cell RNA-seq data
2024 Jan-Mar, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2023.2188106
PMID:36912759
|
研究论文 | 本文提出了一种称为RWPPCA的新方法用于改善单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | RWPPCA结合了随机游走算法和图正则化,以更精确地确定数据点之间的局部几何关系,并引入-Lp范数使主成分更稀疏,提升了解释性 | 传统PCA在挖掘数据的非线性流形结构时存在缺陷,可能会受主成分过密的影响 | 提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别的有效性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 高维数据 | 模拟数据和单细胞RNA测序数据的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7120 | 2024-08-04 |
Association of peripheral B cells and delirium: combined single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis
2024, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2024.1343726
PMID:38379709
|
研究论文 | 本研究探讨了外周B细胞与谵妄的关联,分析了炎症压力下的免疫细胞亚群变化。 | 首次结合单细胞测序和孟德尔随机化法来探究外周免疫细胞与谵妄的因果关系 | 本研究的结果可能受到样本量和遗传数据的限制 | 研究外周免疫细胞亚群在炎症应激情况下的变化及其与谵妄的因果关联 | 人类外周血单核细胞(PBMC)及其亚群 | 数字病理学 | 谵妄 | 单细胞转录组测序 | NA | 基因型数据、单细胞转录组数据 | 70个与PBMC相关的免疫性状 | NA | NA | NA | NA |