单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7061	2024-08-07	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data Reveals Memory-like NK Cell Subset Associated with Mycobacterium tuberculosis Latency 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040293 PMID:38391906	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了外周血自然杀伤（NK）细胞的表型和分子特征，并探讨了NK细胞在结核分枝杆菌（Mtb）潜伏感染中的作用	本研究首次揭示了与结核分枝杆菌潜伏感染相关的记忆样NK细胞亚群，并通过流式细胞术验证了这些细胞的存在	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探讨NK细胞在结核分枝杆菌潜伏感染中的作用及其分子特征	外周血NK细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	小样本量
7062	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals HIF1A as a Severity-Sensitive Immunological Scar in Circulating Monocytes of Convalescent Comorbidity-Free COVID-19 Patients 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040300 PMID:38391913	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了无并发症的COVID-19康复患者循环单核细胞中HIF1A作为敏感性免疫疤痕的作用	首次在单细胞水平上研究了无并发症COVID-19康复患者在不同时间点的转录组免疫细胞失调，并揭示了HIF1A在康复期的长期免疫作用	NA	研究无并发症COVID-19康复患者的免疫细胞转录组失调，以识别不同疾病严重程度的康复标志	无并发症的COVID-19康复患者的循环单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
7063	2024-08-07	HHLA2 is more significantly associated with poor prognosis in TSCC than PD-L1 2024-Feb, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13514 PMID:38321252	研究论文	本研究旨在探讨HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的潜力，并与PD-L1进行比较	本研究发现HHLA2在舌鳞状细胞癌中表达上调，且与不良预后显著相关，可能成为比PD-L1更有效的免疫治疗靶点	NA	研究HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的作用及与PD-L1的比较	舌鳞状细胞癌中的HHLA2和PD-L1表达及预后影响	数字病理学	舌鳞状细胞癌	RNA测序, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	COX回归模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	RNA-seq数据来自TCGA，单细胞RNA测序数据来自GEO数据库
7064	2024-08-07	Analytical Workflows for Single-Cell Multiomic Data Using the BD Rhapsody Platform 2024-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.963 PMID:38353375	研究论文	本文描述了一个详细的分析流程，包括六个管道，用于单细胞多组学数据的高质量分析	提出了一个包括六个管道的详细分析流程，用于处理和分析单细胞多组学数据	NA	开发一个高效的分析流程，以从单细胞多组学数据中提取生物学相关信息	单细胞多组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达矩阵	数千个单个细胞
7065	2024-08-07	Recommendations on single-cell RNA sequencing of skin xenografts in the study of genetic skin diseases 2024-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15036 PMID:38389155	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
7066	2024-08-07	Characterization of the m6A/m1A/m5C/m7G-related regulators on the prognosis and immune microenvironment of glioma by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2024-Feb, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3666 PMID:38391150	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，分析了m6A、m1A、m5C和m7G相关调控因子在胶质瘤预后和免疫微环境中的作用	首次整合了四种RNA甲基化调控因子（m6A、m1A、m5C和m7G）在胶质瘤中的研究，并分析了它们与胶质瘤预后和肿瘤内异质性的关系	NA	探讨m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子在胶质瘤中的作用，并提供新的可靠的胶质瘤预后和治疗生物标志物	胶质瘤中的m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子及其与预后和免疫微环境的关系	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习方法和多元Cox回归分析	RNA序列数据	三个自有的单细胞RNA测序数据集和公开的批量RNA测序数据集
7067	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2024-01-22, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03259-5 PMID:38254179	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞是一种新的炎症性T细胞亚群	本研究首次识别出PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群，并揭示了与PD-1信号传导相关的新基因	本研究仅限于类风湿关节炎患者，且需要进一步研究以全面了解PD-1在滑膜T细胞中的作用	探索PD-1信号传导在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9筛选	NA	RNA测序数据	类风湿关节炎患者的多个样本
7068	2024-08-07	Transcriptional profiling of human cartilage endplate cells identifies novel genes and cell clusters underlying degenerated and non-degenerated phenotypes 2024-01-03, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03220-6 PMID:38173036	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，对非退化和退化的人类软骨终板细胞进行转录组分析，以识别与退化和非退化表型相关的新基因和细胞簇。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨终板细胞的表型异质性，并识别出多个具有独特基因表达和功能特征的软骨细胞和前体细胞亚群。	研究样本量较小，批量RNA测序仅包括4个非退化和4个退化样本，单细胞RNA测序仅包括1个非退化和1个退化样本。	旨在更好地表征软骨终板细胞的表型及其在软骨终板退化中的可能机制。	非退化和退化的人类腰椎软骨终板细胞。	数字病理学	腰痛	RNA测序	NA	RNA	批量RNA测序：4个非退化样本，4个退化样本；单细胞RNA测序：1个非退化样本，1个退化样本。
7069	2024-08-07	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297897 PMID:38363784	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨了两种与结直肠癌相关的病原共生菌对肠道上皮细胞和局部免疫系统的影响	首次详细描述了Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis在结直肠癌模型中对转录表型和免疫细胞的具体影响	研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异	探讨特定病原共生菌在结直肠癌发展中的作用及其分子机制	Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis对结直肠癌的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型
7070	2024-08-04	A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis 2024-Jan-26, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14020090 PMID:38392982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异	本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节	缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持	探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异	原发性肝癌及肝转移癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型的样本
7071	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
7072	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
7073	2024-08-07	Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094 PMID:38390172	研究论文	本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证，基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征	首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型，并构建了包含九个基因的SADG特征，这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关	NA	旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用	肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征	机器学习	肾癌	非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证
7074	2024-08-04	Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice 2024-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45821-y PMID:38383565	研究论文	本研究描述了一种平台，结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法，以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应	创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集，并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征	本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应，结果可能不适用于其他性别或物种	本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应	研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞	数字病理学	脑卒中	tDISCO、Visium、10X Chromium	NA	转录组数据、蛋白组数据	NA
7075	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of anaplastic ependymoma and H3K27M-mutant diffuse midline glioma 2024-Feb-21, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03558-7 PMID:38383423	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤的细胞类型差异	揭示了两种脑肿瘤间的细胞异质性及其可能的细胞起源差异	NA	分析和比较两种常见脑肿瘤亚型的细胞类型差异	间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	11,219个细胞
7076	2024-08-07	Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level 2024-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54113-w PMID:38383551	研究论文	本文通过3'单细胞RNA测序技术，研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）样本中L1表达的位点特异性，并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。	首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性，并发现L1表达主要在癌细胞中，但也存在于其他细胞类型中，如癌症相关成纤维细胞。	由于L1元素的重复性，使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。	探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。	高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。	数字病理学	卵巢癌	3'单细胞RNA测序	NA	RNA	11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本
7077	2024-08-04	Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54643-3 PMID:38378721	研究论文	本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响	提出了一种基于机器学习的框架，用于筛选潜在的治疗候选者，并开发了RCD.GP基因对评分系统	调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索	研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后	聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因	机器学习	胶质瘤	qRT-PCR	Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta	多组学数据，包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据	18个与RCD相关的标志物
7078	2024-08-07	New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54798-z PMID:38378978	研究论文	本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法（Copula、CTGAN和TVAE）在批量RNA序列反卷积中的应用，以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题	首次研究了数据增强对批量反卷积的影响，并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN，该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色	NA	旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性	批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用	数字病理学	NA	RNA序列	GAN	RNA序列数据	使用了四个公共数据集
7079	2024-08-07	Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54888-y PMID:38379084	研究论文	本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因，构建了一个风险指数，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应	首次构建了基于NETs相关基因的风险指数，并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性	NA	研究NETs相关基因在TNBC中的作用，并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明
7080	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases 2024-Feb-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473 PMID:38359792	研究论文	本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略，评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用	本研究首次识别了12个独立基因程序，这些程序控制着CD4 T细胞的异质性，并能解释典型聚类的模糊性	NA	揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用	循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过180万个外周CD4 T细胞，来自953名个体