单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
7021	2024-08-07	Loss of chromosome Y in regulatory T cells 2024-Mar-05, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10168-7 PMID:38443832	研究论文	研究探讨了染色体Y在调节性T细胞中的缺失情况及其对T淋巴细胞分化的影响	首次发现调节性T细胞中染色体Y的缺失显著增加，并影响淋巴细胞分化	研究样本量有限，需要进一步的大规模研究验证	探究染色体Y在特定CD4+ T淋巴细胞亚群中的缺失情况及其对疾病风险的影响	调节性T细胞及其他T淋巴细胞亚群	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	23个PBMC样本和32个CD4+ T淋巴细胞富集样本
7022	2024-08-07	Targeted knockdown of PGAM5 in synovial macrophages efficiently alleviates osteoarthritis 2024-Mar-04, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00318-8 PMID:38433252	研究论文	本研究探讨了磷酸甘油酸变位酶5（PGAM5）在滑膜巨噬细胞中的作用及其对骨关节炎（OA）的影响	首次发现PGAM5在OA滑膜巨噬细胞中的显著增加，并通过条件性敲除PGAM5减轻OA症状，促进软骨细胞的合成代谢	NA	研究PGAM5在滑膜巨噬细胞中的作用，探索其作为治疗骨关节炎的新策略	骨关节炎（OA）中的滑膜巨噬细胞和软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类样本的组织学分析和鼠模型的单细胞RNA测序结果
7023	2024-08-04	Drug resistance mechanisms in dopamine agonist-resistant prolactin pituitary neuroendocrine tumors and exploration for new drugs 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101056 PMID:38277755	研究论文	本研究探讨了耐多巴胺激动剂的泌乳素瘤中的耐药机制，并探索了新的潜在药物。	本研究首次发现耐多巴胺激动剂的泌乳素瘤与Focal Adhesion信号通路的上调相关，并筛选出了新药Genistein作为潜在的有效治疗药物。	研究主要集中在小样本量的组织模型和细胞系上，可能影响结果的普适性。	调查泌乳素瘤中的多巴胺激动剂耐药机制并识别新的潜在有效药物。	研究对象为27例耐多巴胺激动剂的泌乳素瘤和10例敏感泌乳素瘤的病例。	数字病理学	泌乳素瘤	转录组测序和单细胞测序	类器官模型	组织样本和细胞系	27例耐药泌乳素瘤，10例敏感泌乳素瘤，3例耐药和3例敏感的单细胞
7024	2024-08-07	Single-cell analysis reveals the transcriptional alterations in the submandibular glands of aged mice 2024-Mar, Journal of oral biosciences IF:2.6Q1 DOI:10.1016/j.job.2023.12.002 PMID:38142941	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了老年小鼠下颌下腺中每个细胞类型的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序揭示了老年小鼠下颌下腺中特定细胞类型的转录变化	NA	阐明老年小鼠下颌下腺中基因表达变化的精确分子机制	老年小鼠下颌下腺中的细胞类型及其基因表达	数字病理学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年和老年小鼠的下颌下腺细胞
7025	2024-08-07	MAFF confers vulnerability to cisplatin-based and ionizing radiation treatments by modulating ferroptosis and cell cycle progression in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101057 PMID:38266355	研究论文	本研究探讨了MAFF在肺腺癌中的作用及其对顺铂和电离辐射治疗的影响	首次揭示了MAFF通过调节铁死亡和细胞周期进程影响肺腺癌对顺铂和电离辐射治疗的敏感性	NA	研究MAFF在肺腺癌中的作用及其对化疗和放疗的影响	肺腺癌细胞和肿瘤模型	数字病理学	肺癌	CRISPR筛选、单细胞RNA测序、RNA和ChIP测序	NA	RNA	细胞和小鼠模型
7026	2024-08-07	The role of histone H1.2 in pancreatic cancer metastasis and chemoresistance 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2023.101027 PMID:38290407	研究论文	本研究探讨了胰腺癌（PC）中的化学耐药性和肿瘤转移之间的联系及其分子和细胞机制	构建并验证了一个转移和化学耐药性特征（MCS）评分系统，并发现H1-2的高表达与化学耐药性和上皮-间质转化（EMT）相关	NA	探索胰腺癌中化学耐药性和肿瘤转移之间的联系及其可能的分子和细胞机制	胰腺癌的化学耐药性和肿瘤转移	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7027	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis reveals the association between histone lactylation and cisplatin resistance in bladder cancer 2024-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101059 PMID:38295753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了组蛋白乳酸化与膀胱癌顺铂耐药性的关联	首次发现H3赖氨酸18乳酸化（H3K18la）在顺铂耐药膀胱癌细胞中的重要作用，并通过靶向抑制H3K18la恢复了顺铂敏感性	NA	探讨膀胱癌顺铂耐药的机制，并寻找新的干预靶点	膀胱癌顺铂耐药细胞及组蛋白乳酸化	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	特定数量的膀胱癌细胞
7028	2024-08-04	ITGAM-mediated macrophages contribute to basement membrane damage in diabetic nephropathy and atherosclerosis 2024-Feb-27, BMC nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1186/s12882-024-03505-1 PMID:38413872	研究论文	本研究分析了ITGAM介导的巨噬细胞在糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的作用	发现ITGAM作为关键基因参与了糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤	未提供研究中可能存在的具体局限性信息	研究糖尿病肾病和动脉粥样硬化中的基底膜损伤及其相关机制	糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者的转录组特征	生物信息学	糖尿病相关并发症	转录组分析、免疫浸润分析、单细胞测序	机器学习模型	基因表达数据	来源于基因表达综合数据库的糖尿病肾病和动脉粥样硬化患者样本
7029	2024-08-07	Interleukin-10 signaling in somatosensory neurons controls CCL2 release and inflammatory response 2024-02, Brain, behavior, and immunity DOI:10.1016/j.bbi.2023.12.013 PMID:38081433	研究论文	本文研究了白细胞介素-10（IL-10）在背根神经节感觉神经元中的信号传导如何控制CCL2的释放和炎症反应	首次证明抗炎细胞因子通过直接结合感觉神经元上的受体来限制炎症	NA	探讨IL-10在背根神经节（DRG）神经元中的信号传导对炎症反应的调控作用	背根神经节感觉神经元中的IL-10受体（IL-10R1）及其对CCL2释放和炎症反应的影响	NA	NA	scRNA-seq	NA	RNA	涉及IL-10R1缺失的小鼠和野生型小鼠
7030	2024-08-04	Connecting genomic results for psychiatric disorders to human brain cell types and regions reveals convergence with functional connectivity 2024-Jan-20, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.01.18.24301478 PMID:38410450	研究论文	本研究整合了精神障碍的基因组结果与人脑细胞类型和区域，揭示了功能连接的汇聚	本研究利用人类成年大脑综合图谱，重点关注精神障碍的特定神经元簇，并探讨了其与基因组和转录组数据的结合	先前的研究主要依赖于小鼠图谱，可能限制了结果的普遍适用性	探讨精神障碍的时间和空间脑区，促进针对性的神经生物研究	包括精神分裂症、双相障碍和重度抑郁障碍的神经元簇及其与智力、教育和神经质的关系	数字病理学	精神障碍	单细胞转录组技术	NA	基因组、转录组和功能MRI连接数据	精神分裂症患者与神经典型对照的功能MRI数据
7031	2024-08-04	A dynamical perspective: moving towards mechanism in single-cell transcriptomics 2024-Apr-22, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences DOI:10.1098/rstb.2023.0049 PMID:38432314	评论	本文探讨了单细胞转录组学中从表象描述转向机制理解的重要性	提出在单细胞分辨率下捕获动态信息的价值，以获取机制见解	未明确指出该研究的具体限制	目的在于促进对基因调控的机制理解	主要研究单细胞转录组学技术和动态信息	数字病理学	NA	NA	NA	NA	NA
7032	2024-08-04	Detecting horizontal gene transfer with metagenomics co-barcoding sequencing 2024-Mar-05, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03602-23 PMID:38315121	研究论文	本文开发了一种新的元基因组共条形码测序系统，以检测水平基因转移 (HGT)	引入了元基因组共条形码测序（MECOS），实现了长DNA片段提取和综合生物信息学管道	传统方法如短读长程元基因组测序和单细胞测序存在片段短、输入DNA量大、测序成本高等限制	旨在揭示微生物群落中水平基因转移的机制	研究对象为人类和小鼠的肠道微生物群落	数字病理学	NA	元基因组共条形码测序	NA	DNA序列	超过3000个HGT块，涉及约6000个基因和100个分类组
7033	2024-08-07	Identification and validation of RNA-binding protein SLC3A2 regulates melanocyte ferroptosis in vitiligo by integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-Mar-04, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10147-y PMID:38438962	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别并验证了RNA结合蛋白SLC3A2调控黑色素细胞铁死亡在白癜风中的作用。	首次确定了与白癜风相关的RNA结合蛋白基因及其潜在的发病机制，特别是在黑色素细胞中SLC3A2的下调促进铁死亡的作用。	研究主要集中在细胞实验层面，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	揭示白癜风的发病机制，特别是RNA结合蛋白在其中的作用。	白癜风患者的不同细胞亚群及其RNA结合蛋白基因。	数字病理学	白癜风	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	14种不同细胞类型，28种细胞亚群
7034	2024-08-04	Domain generalization enables general cancer cell annotation in single-cell and spatial transcriptomics 2024-Mar-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46413-6 PMID:38431724	研究论文	该文章介绍了一种基于领域泛化的深度学习算法Cancer-Finder，能够快速识别恶性细胞	提出了一种新的算法Cancer-Finder，具有95.16%的准确率并能跨多个数据集进行恶性细胞标注	目前研究未提及该算法在其他类型癌症样本上的表现	研究旨在提高单细胞和空间转录组数据中恶性细胞的注释准确性	研究对象为清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本	数字病理学	肾细胞癌	单细胞转录组测序和空间转录组测序	深度学习	基因表达数据	5个清晰细胞肾细胞癌的空间转录组样本
7035	2024-08-04	High-throughput mapping of single-neuron projection and molecular features by retrograde barcoded labeling 2024-Feb-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.85419 PMID:38390967	研究论文	该文章建立了一种新型的多重追踪方法，同时表征单神经元的投射组和转录组	提出了rAAV2-retro条形码的多重追踪方法，能够同时分析神经元投射和转录组特征	该研究在复杂脑网络中可能仍面临技术挑战	帮助揭示神经电路的组织原则和信息处理机制	探究腹内侧前额叶皮层(vmPFC)神经元的投射模式及其分子特征	神经科学	NA	条形码连接组学	NA	转录组数据	大量单神经元样本
7036	2024-08-07	Human archetypal pluripotent stem cells differentiate into trophoblast stem cells via endogenous BMP5/7 induction without transitioning through naive state 2024-02-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-53381-w PMID:38332235	研究论文	本研究展示了人类原始多能干细胞可以通过内源性BMP5/7诱导分化为滋养层干细胞，无需经过原始状态	本研究首次证明了人类原始多能干细胞可以直接分化为滋养层干细胞，无需添加外源性BMP4，通过激活EGF和WNT通路以及抑制TGFβ、HDAC和ROCK信号通路	NA	探索人类多能干细胞向滋养层干细胞分化的机制	人类多能干细胞和滋养层干细胞	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个原始诱导多能干细胞和胚胎干细胞系
7037	2024-08-07	Microglia sense astrocyte dysfunction and prevent disease progression in an Alexander disease model 2024-02-01, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awad358 PMID:37955589	研究论文	本研究探讨了微胶质细胞在亚历山大疾病模型中感知星形胶质细胞功能障碍并防止疾病进展的作用	首次展示了微胶质细胞通过P2Y12受体感知星形胶质细胞功能障碍，并通过改变形态和钙信号传导来保护对抗亚历山大疾病病理	NA	探究微胶质细胞在亚历山大疾病中的作用及其机制	微胶质细胞和星形胶质细胞在亚历山大疾病模型中的相互作用	神经科学	神经退行性疾病	免疫组织化学研究，钙成像，单细胞RNA测序，ATP成像	NA	图像数据	60TM小鼠模型和野生型小鼠
7038	2024-08-07	A novel batch-effect correction method for scRNA-seq data based on Adversarial Information Factorization 2024-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011880 PMID:38386700	研究论文	本文提出了一种基于对抗信息分解的新型批次效应校正方法，用于单细胞RNA测序数据	该方法不依赖于细胞类型的先验知识或特定的标准化策略，适用于任何下游分析任务，并在多种情况下优于现有技术	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	白血病	scRNA-seq	对抗信息分解	基因表达数据	NA
7039	2024-08-07	Soluble TREM2 triggers microglial dysfunction in neuromyelitis optica spectrum disorders 2024-01-04, Brain : a journal of neurology IF:10.6Q1 DOI:10.1093/brain/awad321 PMID:37740498	研究论文	研究探讨了可溶性触发受体表达于髓样细胞2（sTREM2）在神经脊髓炎视谱系疾病（NMOSD）中的病理生理作用及其作为生物标志物的潜力	通过孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序，揭示了sTREM2与NMOSD风险之间的遗传关联，并阐明了sTREM2介导的微胶质细胞功能障碍的分子机制	NA	阐明sTREM2在NMOSD中的病理生理作用及其作为治疗靶点的潜力	sTREM2在NMOSD患者中的表达及其对微胶质细胞功能的影响	神经科学	神经脊髓炎视谱系疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类巨噬细胞/微胶质样细胞样本
7040	2024-08-07	The BCL-2 inhibitor APG-2575 resets tumor-associated macrophages toward the M1 phenotype, promoting a favorable response to anti-PD-1 therapy via NLRP3 activation 2024-01, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-023-01112-y PMID:38062129	研究论文	研究探讨了BCL-2抑制剂APG-2575如何通过激活NLRP3信号通路，将肿瘤相关巨噬细胞重编程为M1表型，从而增强抗PD-1疗法的抗肿瘤效果	发现APG-2575能够将M2样免疫抑制性巨噬细胞极化为M1样免疫刺激性表型，增加CCL5和CXCL10的分泌，恢复T细胞功能，从而改善免疫治疗反应	NA	探索BCL-2抑制剂APG-2575与免疫治疗联合用于肿瘤治疗的效果	肿瘤相关巨噬细胞和T细胞	肿瘤学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了同基因和人类化CD34+小鼠模型