单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7519 篇文献，本页显示第 7021 - 7040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7021 | 2024-08-05 |
Mapping cancer biology in space: applications and perspectives on spatial omics for oncology
2024-01-30, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-01941-z
PMID:38291400
|
研究论文 | 本文探讨了空间组学技术在肿瘤生物学中的应用和前景 | 提出了通过空间技术映射肿瘤异质性和微环境的新方法 | 缺乏针对特定模型应用空间技术的详细说明 | 研究空间组学在肿瘤学中的应用以解决肿瘤异质性等问题 | 聚焦于肿瘤及其微环境的空间特征 | 数字病理学 | 癌症 | 空间组学技术 | NA | 组织样本 | NA |
| 7022 | 2024-08-07 |
Identification of HSP90B1 in pan-cancer hallmarks to aid development of a potential therapeutic target
2024-01-20, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-023-01920-w
PMID:38243263
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析和队列验证，探讨了HSP90B1在泛癌中的动态表达，并全面评估其作为新型生物标志物的潜力，以助力精准癌症诊断和治疗的发展。 | 本研究首次全面评估HSP90B1作为癌症诊断和治疗的新型生物标志物，并发现其表达与多种癌症特征的相关性，包括免疫浸润、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷和肿瘤代谢等。 | NA | 探讨HSP90B1在泛癌中的表达及其作为潜在治疗靶点的可能性。 | HSP90B1在泛癌中的表达及其与癌症发展和预后的关系。 | 数字病理学 | NA | 多组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个癌症类型的肿瘤样本 |
| 7023 | 2024-08-05 |
Assembling spatial clustering framework for heterogeneous spatial transcriptomics data with GRAPHDeep
2024-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae023
PMID:38243703
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研究论文 | 本文提出了GRAPHDeep以组装异构空间转录组数据的空间聚类框架 | 提出了新的空间聚类方法并比较了现有算法的有效性，强调了基因或蛋白质数量在空间聚类算法中的重要性 | 需要进一步探索适当的图深度学习模块和图神经网络 | 研究空间转录组数据分析中的空间聚类问题 | 异构空间转录组数据 | 计算机视觉 | NA | 图神经网络 | 变分图自编码器 | 空间组学数据 | NA |
| 7024 | 2024-08-05 |
scMAE: a masked autoencoder for single-cell RNA-seq clustering
2024-01-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae020
PMID:38230824
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研究论文 | 提出了一种基于掩码自编码器的细胞聚类新方法scMAE | scMAE通过引入掩码预测器，捕捉基因之间的关系，从而增强了聚类性能 | 未提及具体的限制 | 旨在提高scRNA-seq数据分析中的细胞聚类效果 | 针对15个来自不同测序平台的scRNA-seq数据集进行细胞聚类 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | 掩码自编码器 | 基因表达数据 | 15个scRNA-seq数据集 |
| 7025 | 2024-08-07 |
Ribogenesis boosts controlled by HEATR1-MYC interplay promote transition into brain tumour growth
2024-Jan, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-023-00017-1
PMID:38225354
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研究论文 | 本文揭示了脑肿瘤启动细胞（TICs）在向肿瘤生长过渡期间，通过HEATR1-MYC相互作用增强核糖体生物发生的过程。 | 首次提出脑TICs在肿瘤生长前增强核糖体生物发生，并揭示了HEATR1与MYC结合促进核糖体RNA生成和TIC扩大的机制。 | NA | 研究肿瘤启动细胞向肿瘤生长过渡的早期事件及其分子机制。 | 脑肿瘤启动细胞（TICs）及其在肿瘤生长过程中的分子调控。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用果蝇神经干细胞模型进行研究 |
| 7026 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Revealed That the Enrichment of TPI1+ Malignant Hepatocytes Was Linked to HCC Metastasis and Immunosuppressive Microenvironment
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S453249
PMID:38410699
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了TPI1+恶性肝细胞在肝细胞癌（HCC）转移和免疫抑制微环境中的作用 | 首次发现TPI1+恶性肝细胞群与HCC转移和免疫抑制微环境的关联，为HCC免疫治疗提供了新的潜在生物标志物 | 研究样本量较小，仅基于10个HCC样本的数据，可能影响结果的普遍性 | 探讨HCC转移相关微环境中特定细胞群的作用 | HCC组织及其邻近和正常组织样本中的恶性肝细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 10个HCC样本 |
| 7027 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell RNA-seq datasets with substantial batch effects
2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.03.565463
PMID:37961672
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研究论文 | 本文提出了一种新模型，旨在优化单细胞RNA测序数据集的整合，解决批次效应问题 | 通过引入和比较一系列正则化约束，提出了结合VampPrior和循环一致性损失的新模型，提高了生物变异的保留和批次校正 | 依赖KL正则化强度调节会在不区分生物信息和批次信息的情况下去除两者 | 优化单细胞RNA测序数据集的整合，以改善批次效应的去除和生物变异的保留 | 不同的单细胞RNA测序数据集，包括跨器官、物种和不同协议的数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 条件变分自编码器（cVAE） | RNA序列数据 | NA |
| 7028 | 2024-08-04 |
Applications of single‑cell omics and spatial transcriptomics technologies in gastric cancer (Review)
2024-Apr, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2024.14285
PMID:38406595
|
综述 | 本文综述了单细胞组学和空间转录组学技术在胃癌研究中的应用与进展 | 综述了单细胞组学和ST技术在胃癌分子特征及肿瘤异质性研究中的独特见解 | 缺乏大规模临床数据验证应用效果的讨论 | 探讨单细胞组学和ST技术对胃癌研究的影响 | 单细胞组学和空间转录组学在胃癌中的具体应用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞组学、空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 7029 | 2024-08-04 |
Bulk and single-cell sequencing identified a prognostic model based on the macrophage and lipid metabolism related signatures for osteosarcoma patients
2024-Feb-29, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26091
PMID:38404899
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研究论文 | 本研究利用大规模和单细胞测序技术，探讨了与巨噬细胞和脂质代谢相关的预后模型在骨肉瘤患者中的应用 | 创新地建立了一个基于巨噬细胞和脂质代谢的风险模型，为骨肉瘤患者的化疗效果提供了新的预测工具 | 未提及具体的样本量和外部验证的有效性 | 研究巨噬细胞的分化状态与骨肉瘤化疗效果间的关系 | 骨肉瘤患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 大规模和单细胞测序 | 风险模型 | 基因相关数据 | NA |
| 7030 | 2024-08-07 |
Cutting-Edge Skin Ageing Research on tissue stem cell
2024-Feb-26, Journal of biochemistry
IF:2.1Q4
DOI:10.1093/jb/mvae022
PMID:38408191
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综述 | 本文综述了干细胞衰老的机制及其对健康的影响，并探讨了干细胞疗法在皮肤领域的应用潜力 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的进展 | NA | 探讨干细胞衰老的机制及其对健康的影响 | 干细胞及其在组织修复和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 7031 | 2024-08-07 |
Development of a CD8+ T cell associated signature for predicting the prognosis and immunological characteristics of gastric cancer by integrating single-cell and bulk RNA-sequencing
2024-02-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54273-9
PMID:38402299
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种与CD8+ T细胞相关的预测胃癌预后和免疫特征的标志物 | 本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的预测胃癌预后和免疫特征的标志物 | 本研究主要基于TCGA和GEO队列的数据，未来需要更多队列验证其普适性 | 开发一种能够预测胃癌预后和免疫特征的标志物 | 胃癌患者的预后和免疫特征 | 数字病理学 | 胃癌 | RNA测序 | LASSO回归 | RNA测序数据 | 703个CD8+ T细胞特征基因，其中8个用于构建预测标志物 |
| 7032 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics identifies the differentiation trajectory from inflammatory monocytes to pro-resolving macrophages in a mouse skin allergy model
2024-Feb-23, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46148-4
PMID:38396021
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学揭示了小鼠皮肤过敏模型中炎症单核细胞向促解析巨噬细胞的分化轨迹 | 本研究阐明了Ly6C经典单核细胞向Ly6C促解析巨噬细胞的逐步分化过程 | 本研究局限于小鼠模型，未验证在人类过敏反应中的适用性 | 研究炎症单核细胞在小鼠皮肤过敏中向巨噬细胞的分化过程 | 研究对象为Ly6C经典单核细胞及其向促解析巨噬细胞的分化过程 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq，流式细胞术分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 7033 | 2024-08-07 |
Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys
2024-02-23, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-54956-3
PMID:38396136
|
研究论文 | 研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞（DPT细胞）的特征和功能 | 首次详细研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞的存在和功能 | 研究主要集中在小鼠模型和人类肾细胞癌样本，可能需要进一步研究以涵盖更广泛的肾脏疾病 | 探讨双阳性T细胞在肾脏中的存在、功能及其在肾脏损伤后的变化 | 小鼠肾脏中的双阳性T细胞，以及人类肾细胞癌患者的肾脏样本 | NA | 肾细胞癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠肾脏样本和人类肾细胞癌患者的肾脏样本 |
| 7034 | 2024-08-04 |
Identifying PLAUR as a Pivotal Gene of Tumor Microenvironment and Regulating Mesenchymal Phenotype of Glioblastoma
2024-Feb-19, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16040840
PMID:38398231
|
研究论文 | 本研究确定了PLAUR作为胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键基因，并调控其间质表型 | 识别PLAUR作为胶质母细胞瘤间质表型的中心基因，揭示其在肿瘤相关巨噬细胞和胶质瘤细胞之间的配体-受体相互作用 | 尚未详细探讨PLAUR在不同肿瘤微环境条件下的具体作用机制 | 识别能够通过肿瘤内在和外在机制调节胶质母细胞瘤间质表型的基因 | 胶质母细胞瘤及其相关的微环境组成部分 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞测序，功能富集分析，WGCNA | BALB/c裸鼠异种移植模型 | 基因表达数据 | 涉及细胞系、原代胶质瘤细胞及BALB/c裸鼠的实验 |
| 7035 | 2024-08-04 |
Harnessing the Transcriptional Signatures of CAR-T-Cells and Leukemia/Lymphoma Using Single-Cell Sequencing Technologies
2024-Feb-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25042416
PMID:38397092
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综述 | 本文探讨了利用单细胞测序技术分析CAR-T细胞和白血病/淋巴瘤的转录特征 | 采用现代单细胞测序技术，深入剖析白血病细胞与CAR-T细胞的转录复杂性 | 未提及文章的具体限制 | 讨论导致CAR-T免疫治疗临床失败的潜在机制 | 探讨CAR-T细胞的生物特征和影响临床反应的机制 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 7036 | 2024-08-04 |
Peripheral Lymphocytes in Primary Liver Cancers: Elevated NK and CD8+ T Cells and Dysregulated Selenium Metabolism
2024-Feb-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14020222
PMID:38397459
|
研究论文 | 该研究探讨了原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响，特别关注NK细胞和CD8+ T细胞的变化以及硒代谢的失调 | 首次揭示了原发性肝癌对外周血淋巴细胞数量和硒蛋白代谢的显著影响 | 该研究的样本可能有限，且主要数据来自特定数据库，可能存在选择偏倚 | 研究原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响 | 研究对象包括肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）患者的外周血淋巴细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序技术 | Cox回归模型 | 细胞型数据，转录组数据，蛋白质组数据 | 研究涉及的样本数量不明确，主要来源于GEO数据库和肿瘤切除患者的外周血样本 |
| 7037 | 2024-08-04 |
Microarray Gene Expression Analysis of Lesional Skin in Canine Pemphigus Foliaceus
2024-Feb-14, Veterinary sciences
IF:2.0Q2
DOI:10.3390/vetsci11020089
PMID:38393106
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研究论文 | 本研究旨在表征犬类脓疱性皮肤病患者皮肤损伤中的分子机制和生物通路变化 | 本研究发现犬类脓疱性皮肤病损伤与人类脓疱性皮肤损伤的免疫特征相似，提供了新的分子机制见解 | 研究样本量相对较小，仅包括7例病变皮肤和5例健康皮肤 | 阐明犬类脓疱性皮肤病的发病机制及其生物通路变化 | 犬类脓疱性皮肤病患者的损伤皮肤与健康皮肤样本 | 数字病理学 | 自体免疫性疾病 | RNA微阵列 | NA | 基因表达数据 | 7例犬类脓疱性皮肤病患者和5例健康犬样本 |
| 7038 | 2024-08-07 |
scMGCN: A Multi-View Graph Convolutional Network for Cell Type Identification in scRNA-seq Data
2024-Feb-13, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25042234
PMID:38396909
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scMGCN的多视角图卷积网络模型，用于从scRNA-seq数据中识别细胞类型 | 引入了多视角学习和多图构建方法来捕捉scRNA-seq数据中的全面细胞信息，并结合图卷积网络与注意力机制提取细胞间的高阶共享信息 | NA | 开发一种稳定且可解释的方法来从大规模scRNA-seq数据中识别细胞类型 | scRNA-seq数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 图卷积网络 | 多视角图卷积网络模型 | scRNA-seq数据 | 多种数据集，包括单数据集、跨物种和跨平台实验 |
| 7039 | 2024-08-07 |
Comparison of Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts as Donor Nuclei for Handmade Cloning in Sheep Using a Single-Cell Transcriptome
2024-Feb-10, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani14040589
PMID:38396557
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研究论文 | 本文比较了脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核在手工克隆绵羊中的应用，使用单细胞转录组学方法分析了八细胞胚胎的转录组特征。 | 首次探索了脐带间充质干细胞作为供体核在核转移技术中的应用，并提供了细胞重编程机制的新见解。 | 文章未明确提及研究的局限性。 | 研究旨在提高核转移技术的效率，并探索脐带间充质干细胞作为供体核的优势。 | 研究对象包括脐带间充质干细胞、成纤维细胞和八细胞胚胎。 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 研究涉及脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核的八细胞胚胎。 |
| 7040 | 2024-08-07 |
Correlation of Myeloid-Derived Suppressor Cell Expansion with Upregulated Transposable Elements in Severe COVID-19 Unveiled in Single-Cell RNA Sequencing Reanalysis
2024-Jan-29, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12020315
PMID:38397917
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研究论文 | 本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，探讨了可转座元件（TEs）在严重COVID-19患者中的表达与髓源抑制细胞（MDSCs）扩增之间的关联。 | 首次在单细胞水平上研究了可转座元件表达与COVID-19免疫反应中细胞功能的可能关联。 | 研究样本量较小，仅包括六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的支气管肺泡灌洗样本。 | 评估可转座元件表达与严重COVID-19患者中由SARS-CoV-2引发的免疫反应之间的可能关联。 | 严重COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本中的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的样本 |