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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7001 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis
2024-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.21.525036
PMID:36711576
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研究论文 | 本文研究了抗整合素疗法对溃疡性结肠炎中细胞不同群体的影响 | 首次通过单细胞转录组和蛋白组分析揭示了VDZ对炎症细胞的影响及其在溃疡性结肠炎中的作用 | 本研究未详细阐明VDZ对于其他细胞亚群体的广泛影响 | 确定参与溃疡性结肠炎的炎症细胞及其受VDZ影响的程度 | 健康对照组及接受VDZ或其他疗法的溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本 | 数字病理学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞转录组学和蛋白组学分析 | NA | 外周血和结肠活检样本 | 健康对照组和接受不同治疗的溃疡性结肠炎患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7002 | 2024-08-04 |
Conceptual Framework of Epigenetic Analyses of Plant Responses to Sedentary Endoparasitic Nematodes
2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3638-1_12
PMID:38427303
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章节 | 本章节提供了一种用于研究植物与寄生线虫相互作用的表观遗传调控的概念框架 | 提供了针对miRNA调控和功能的当前及新兴方法的详细分析 | 文章提到了一些方法的局限性并讨论如何克服这些问题 | 阐明植物与寄生线虫相互作用过程中的表观遗传调控 | 关注植物表观基因组中各种成分在寄生线虫感染中的作用 | NA | NA | 单细胞测序技术、基因组编辑 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7003 | 2024-08-04 |
Endothelial downregulation of nuclear m6A reader YTHDC1 promotes pulmonary vascular remodeling in sugen hypoxia model of pulmonary hypertension
2024-Feb-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24963
PMID:38318069
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研究论文 | 本文分析了YTHDC1在苏根缺氧小鼠模型中的表达变化及其在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用 | 首次分析了苏根缺氧小鼠模型中m6A调节因子的表达和生物功能变化,建立了YTHDC1与PAECs功能障碍之间的因果关系 | 目前对m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的具体机制尚不完全清楚 | 研究m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用 | 鼠类模型中的肺动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞测序 | 苏根缺氧模型 | RNA测序数据 | 苏根缺氧小鼠模型的肺动脉内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7004 | 2024-08-07 |
Centrosome amplification-related signature correlated with immune microenvironment and treatment response predicts prognosis and improves diagnosis of hepatocellular carcinoma by integrating machine learning and single-cell analyses
2024-Feb, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-023-10538-5
PMID:37154991
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研究论文 | 本研究通过整合机器学习和单细胞分析,构建了与免疫微环境和治疗反应相关的中心体扩增相关特征,用于预测肝细胞癌的预后和改善诊断 | 首次详细探讨了中心体扩增在肝细胞癌中的作用,并构建了一个具有高敏感性和特异性的预后和诊断特征 | 研究主要基于TCGA和ICGC数据集,可能需要更多临床数据验证 | 探讨中心体扩增在肝细胞癌中的分子机制及其对临床特征、肿瘤微环境和临床药物反应的影响 | 肝细胞癌患者及其中心体扩增相关基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO-惩罚Cox回归算法 | 基因表达数据 | 134个中心体扩增相关预后基因,其中6个关键预后基因 | NA | NA | NA | NA |
| 7005 | 2024-08-07 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing reveals CK19 + cancer stem cells and their specific SPP1 + tumor-associated macrophage niche in HBV-related hepatocellular carcinoma
2024-Feb, Hepatology international
IF:5.9Q1
DOI:10.1007/s12072-023-10615-9
PMID:38159218
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术,揭示了HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其特异的SPP1阳性肿瘤相关巨噬细胞微环境 | 首次全面探索了HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞,并揭示了其异质性和免疫抑制特性 | NA | 探索HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞的特性,为临床治疗提供新思路 | HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 64,581个单细胞来自人类肝细胞癌及邻近正常组织 | NA | NA | NA | NA |
| 7006 | 2024-08-05 |
Development of a novel head and neck squamous cell carcinoma prognostic signature by bulk/single-cell sequencing data integration
2024-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14443
PMID:36398480
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研究论文 | 本研究旨在为头颈鳞状细胞癌(HNSCC)开发一种新的预后标志物 | 通过整合单细胞和大规模转录组数据,识别与不良预后相关的特定癌细胞亚群,并开发了一种包含六个基因的新预后标志物 | 独立验证仅在我们的患者队列中进行,可能需要更广泛的样本验证 | 识别与癌症不良预后相关的细胞亚群并开发预后签名 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的特定癌细胞亚群 | 数字病理学 | 头颈癌 | RNA测序 | Cox回归模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7007 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics dissects premalignant progression in proliferative verrucous leukoplakia
2024-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14347
PMID:35950708
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研究论文 | 该研究利用单细胞转录组技术剖析了增生性疣状白斑(PVL)的前恶性进展 | 首次描绘了PVL的细胞景观,发现了两个新的细胞亚型(INSR+内皮细胞和ASPN+成纤维细胞)在微环境重塑中的关键作用 | 研究仅基于三个活检样本,可能无法全面代表PVL进展的所有特征 | 旨在勾勒PVL进展过程中的分子特征变化及关键细胞亚型 | 研究对象为三份来自大面积PVL病变的活检样本 | 数字病理学 | 前恶性病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自一个大PVL病变的三个活检样本,共27,611个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7008 | 2024-08-05 |
Single-cell and spatial transcriptomics in endocrine research
2024-Feb-28, Endocrine journal
IF:1.3Q4
DOI:10.1507/endocrj.EJ23-0457
PMID:38220200
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综述 | 本综述探讨了单细胞和空间转录组学在内分泌研究中的应用及其局限性 | 提出了单细胞和空间转录组学在研究内分泌器官及其疾病中的潜在未来应用 | 这些技术在内分泌研究中的应用仍然有限 | 揭示内分泌器官中细胞异质性及其细胞间相互作用的功能角色 | 主要研究内分泌器官的细胞类型及其互作 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7009 | 2024-08-07 |
Identification of common stria vascularis cellular alteration in sensorineural hearing loss based on ScRNA-seq
2024-Feb-27, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10122-7
PMID:38413848
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序(scRNA-seq)数据,分析了耳蜗血管纹(SV)在感音神经性听力损失(SNHL)中的细胞间通讯变化及其在病理发生中的作用。 | 发现了新的保守基因和下调通路,并预测了转录因子Nfe2l2作为多个共享细胞通路的上游调控因子。 | NA | 旨在通过分析公共可用的单细胞转录组测序数据,识别感音神经性听力损失中常见的调控信号通路。 | 耳蜗血管纹(SV)的细胞间通讯及其在感音神经性听力损失(SNHL)病理发生中的作用。 | 数字病理学 | 感音神经性听力损失 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 来自感音神经性听力损失小鼠和正常成年小鼠的耳蜗血管纹(SV)样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7010 | 2024-08-07 |
Metabolic Landscape of Osteosarcoma: Reprogramming of Lactic Acid Metabolism and Metabolic Communication
2024-Feb-22, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902083
PMID:38420794
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研究论文 | 本研究探讨了乳酸代谢在骨肉瘤微环境中的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了骨肉瘤中乳酸代谢的高亚群及其与其他亚群的独特代谢通信模式,并确定了与乳酸代谢相关的重要基因NDUFAF6 | NA | 探索骨肉瘤微环境中乳酸代谢的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响 | 骨肉瘤细胞的乳酸代谢及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞基因表达数据分析 | NA | 转录组数据 | 涉及骨肉瘤样本的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 7011 | 2024-08-05 |
Immune Response Associated Gene Signatures in Aortic Dissection Compared to Aortic Aneurysm
2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902064
PMID:38420822
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研究论文 | 该文章研究了与免疫反应相关的基因在主动脉夹层和主动脉瘤中的差异 | 本研究识别了37个在主动脉夹层中显著失调的基因,这些基因之前未与此病相关联 | 样本量较小,且研究仅限于特定基因的分析,可能无法全面反映所有相关的生物过程 | 探讨主动脉夹层中免疫系统的作用及相关基因的特征 | 以主动脉夹层患者、主动脉瘤患者及对照组为对象进行基因表达分析 | 数字病理学 | 主动脉夹层 | 微阵列技术和RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 主动脉夹层4个、主动脉瘤3个及对照组的RNA样本,共37个分析数据点 | NA | NA | NA | NA |
| 7012 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Identified Core Genes and Transcription Factors in Mesenchymal Cell Differentiation during Liver Cirrhosis
2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902062
PMID:38420807
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,识别了肝硬化过程中间质细胞分化中的核心基因和转录因子 | 首次通过单细胞转录组和批量RNA测序数据,揭示了肝纤维化过程中间质细胞分化的核心基因和转录因子 | 小鼠模型在反映人类疾病进展和结果方面可能不够准确 | 研究肝纤维化和肝硬化中间质细胞分化的机制 | 人肝硬化和健康肝脏组织以及小鼠健康和纤维化肝脏的间质细胞 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞转录组测序, RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过50,000个人类单细胞和多个小鼠肝脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7013 | 2024-08-07 |
Normalizing need not be the norm: count-based math for analyzing single-cell data
2024-Feb, Theory in biosciences = Theorie in den Biowissenschaften
DOI:10.1007/s12064-023-00408-x
PMID:37947999
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研究论文 | 本文提出了一种不进行归一化处理,而是利用基于计数的代数方法来分析单细胞数据的新方法 | 本文创新地避免了归一化和转换步骤,采用基于计数的代数方法来分析单细胞RNA测序数据,这种方法更简单直观,且避免了常见转换带来的问题 | NA | 探索不进行归一化处理的新方法来分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 计数数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7014 | 2024-08-07 |
Microglia-endothelial cross-talk regulates diabetes-induced retinal vascular dysfunction through remodeling inflammatory microenvironment
2024-Mar-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109145
PMID:38414848
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了糖尿病视网膜病变中微胶质细胞和内皮细胞的转录组特征,并探讨了它们之间的相互作用及其在炎症反应和血管发育中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了糖尿病视网膜病变中微胶质细胞和内皮细胞的亚群及其相互作用,特别是在CSF1和CSF1R信号通路中的作用 | NA | 阐明糖尿病诱导的视网膜血管功能障碍中微胶质细胞和内皮细胞之间的相互作用及其在炎症微环境重塑中的作用 | 微胶质细胞和内皮细胞在糖尿病视网膜病变中的相互作用及其分子机制 | NA | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7015 | 2024-08-04 |
Single-Cell RNA Sequencing Transcriptomics Revealed HCMV IE2-Related Microglia Responses in Alzheimer's-Like Disease in Transgenic Mice
2024-Mar, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-023-03553-y
PMID:37700217
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研究论文 | 本文研究了人类巨细胞病毒IE2蛋白如何促进小胶质细胞激活,从而导致类似阿尔茨海默病的疾病。 | 建立了IE2转基因小鼠模型,揭示HCMV IE2对小胶质细胞的激活作用及其与阿尔茨海默病的关系 | 研究主要集中在转基因小鼠模型,可能未能全面反映人类AD的复杂性 | 探讨HCMV IE2蛋白与阿尔茨海默病之间的关系及其机制 | 转基因小鼠,特别是表达IE2蛋白的小鼠 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠 | 基因表达数据 | IE2转基因小鼠的脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7016 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies senescence as therapeutic target in rhabdomyolysis-induced acute kidney injury
2024-Feb-28, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfad199
PMID:37697719
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,在横纹肌溶解诱导的急性肾损伤模型中,识别出与细胞衰老相关的过渡性巨噬细胞亚群,并探讨了衰老抑制剂的治疗潜力。 | 首次揭示了横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中存在与细胞衰老相关的过渡性巨噬细胞亚群,并证明了衰老抑制剂在肾保护中的作用。 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中进行验证;衰老抑制剂的具体作用机制和长期效果仍需进一步研究。 | 探索横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中免疫细胞的变化,特别是细胞衰老在其中的作用,并评估衰老抑制剂的治疗效果。 | 横纹肌溶解诱导的急性肾损伤中的免疫细胞,特别是巨噬细胞和肾小管上皮细胞。 | 数字病理学 | 肾损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约17,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 7017 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals roles of unique retinal microglia types in early diabetic retinopathy
2024-Feb-26, Diabetology & metabolic syndrome
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s13098-024-01282-3
PMID:38409074
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了独特的视网膜小胶质细胞类型在早期糖尿病视网膜病变中的作用 | 首次定义了三种新的小胶质细胞亚型,并构建了一个涉及小胶质细胞和其他视网膜细胞的炎症网络 | 样本量较小,仅包含五个视网膜标本,可能影响结果的普适性 | 探讨早期糖尿病视网膜病变中小胶质细胞的变化及其在炎症反应中的作用 | 采用SD大鼠捐赠的视网膜标本分析早期糖尿病视网膜病变中的细胞变化 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 五个视网膜标本 | NA | NA | NA | NA |
| 7018 | 2024-08-07 |
Single-cell multi-omics analysis of lineage development and spatial organization in the human fetal cerebellum
2024-Feb-26, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-024-00656-1
PMID:38409116
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学分析,探讨了人类胎儿小脑从妊娠第13周到第18周的细胞多样性和发育程序的涌现。 | 本研究首次鉴定了跨物种保守的过渡性颗粒细胞前体,并揭示了小脑叶的物种特异性基因表达模式,以及小脑中潜在的神经上皮新簇。 | NA | 探索人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。 | 人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学分析 | NA | 基因表达数据 | 妊娠第13周到第18周的胎儿样本 | NA | NA | NA | NA |
| 7019 | 2024-08-07 |
Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells
2024-Feb-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45614-3
PMID:38409141
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研究论文 | 研究人巨细胞病毒(HCMV)如何利用STING信号通路并对抗干扰素/干扰素刺激基因(IFN/ISG)的诱导,以促进树突状细胞的感染 | 首次揭示了HCMV通过激活STING信号通路并抑制干扰素-β的转录,从而促进其在树突状细胞中的复制 | 研究主要集中在单核细胞衍生的树突状细胞上,可能无法完全代表所有树突状细胞类型对HCMV的反应 | 探讨HCMV如何影响树突状细胞的免疫反应,以及病毒如何调控宿主的抗病毒反应 | 人巨细胞病毒(HCMV)和单核细胞衍生的树突状细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及的样本包括单核细胞衍生的树突状细胞的三个亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 7020 | 2024-08-04 |
Microfluidic-assisted single-cell RNA sequencing facilitates the development of neutralizing monoclonal antibodies against SARS-CoV-2
2024-02-13, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d3lc00749a
PMID:38165771
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研究论文 | 本研究探讨了微流控辅助的单细胞RNA测序在抗SARS-CoV-2中和单克隆抗体开发中的应用 | 提出了结合单细胞RNA测序技术的新方法,以提高中和单克隆抗体的开发效率 | 未提供具体的实验数据和样本量 | 研究开发有效的针对SARS-CoV-2的中和单克隆抗体 | 中和单克隆抗体候选者及其相关的B细胞转录组 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |