单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6981	2024-08-07	S100A9+CD14+ monocytes contribute to anti-PD-1 immunotherapy resistance in advanced hepatocellular carcinoma by attenuating T cell-mediated antitumor function 2024-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02985-1 PMID:38454445	研究论文	本研究探讨了S100A9+CD14+单核细胞在晚期肝细胞癌患者中通过减弱T细胞介导的抗肿瘤功能，促进对PD-1免疫疗法的抵抗作用	本研究首次揭示了S100A9+CD14+单核细胞作为预测免疫检查点抑制剂治疗效果的生物标志物，并提出了通过抑制S100A9来增强免疫疗法效果的新策略	NA	旨在探索晚期肝细胞癌患者接受PD-1单药治疗前可预测治疗效果的外周生物标志物，并阐明免疫检查点阻断抵抗的分子机制	晚期肝细胞癌患者及其对PD-1免疫疗法的反应	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	血液样本	晚期肝细胞癌患者的血液样本
6982	2024-08-07	Single-cell profiling identifies IL1Bhi macrophages associated with inflammation in PD-1 inhibitor-induced inflammatory arthritis 2024-Mar-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46195-x PMID:38453911	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎（PD-1-IA）和类风湿性关节炎（RA）患者的外周血和滑液中的CD45细胞，发现PD-1-IA中IL1B髓系细胞的显著扩张及其与耗竭的CD8 T细胞的相互作用。	首次揭示了PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎中IL1B髓系细胞的扩张及其与耗竭CD8 T细胞的相互作用，为该疾病的治疗提供了新的潜在靶点。	研究仅限于外周血和滑液样本，未涉及其他组织或器官，可能限制了对疾病机制的全面理解。	探讨PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎与类风湿性关节炎在细胞和分子水平上的差异。	PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎和类风湿性关节炎患者的外周血和滑液中的CD45细胞。	数字病理学	炎症性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	PD-1抑制剂诱导的炎症性关节炎和类风湿性关节炎患者的外周血和滑液样本
6983	2024-08-04	Spatial transcriptomics data and analytical methods: An updated perspective 2024-Mar, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2024.103889 PMID:38244672	综述	本文讨论了空间转录组学的数据库和基于深度学习的空间转录组数据分析模型	本文为空间转录组学领域的分析方法提供了更新的视角，强调了AI技术的整合	尽管在ST数据分析技术方面取得了显著进展，但模型的生物学相关性仍需提升	研究空间转录组学数据分析方法及其在生物医学中的应用	空间转录组学相关的数据库和深度学习模型	数字病理学	NA	高分辨率成像与转录组学	深度学习模型	转录组数据	NA
6984	2024-08-04	Construction and analysis of a joint diagnostic model of machine learning for cryptorchidism based on single-cell sequencing 2024-Mar, Birth defects research IF:1.6Q4 DOI:10.1002/bdr2.2316 PMID:38459615	研究论文	本研究开发了一种新型的隐睾诊断模型，并确定了与隐睾相关的新生物标志物	创新点在于利用人工神经网络构建隐睾的新型诊断模型，并通过单细胞测序分析验证中心基因	未提及此模型在临床应用中的局限性	研究的目的是开发隐睾的新诊断模型并识别新的生物标志物	研究对象为隐睾患者的RNA测序数据	数字病理学	隐睾	RNA测序	人工神经网络	基因表达数据	样本来源于南通大学医院和基因表达综合数据库(GEO)
6985	2024-08-07	Staphylococcus aureus lysate induces an IgE response via memory B cells in nasal polyps 2024-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.10.033 PMID:38056634	研究论文	研究探讨了金黄色葡萄球菌裂解物在慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中诱导IgE合成的机制	首次揭示了金黄色葡萄球菌通过IgE阴性记忆B细胞在CRSwNP患者中诱导IgE反应的机制	NA	研究金黄色葡萄球菌是否能在CRSwNP中诱导异常IgE合成及其潜在机制	金黄色葡萄球菌裂解物对CRSwNP中IgE合成的影响及机制	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	ELISA, 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 定量逆转录PCR, 免疫组织化学, 免疫荧光	NA	细胞	NA
6986	2024-08-07	Altered tumor signature and T-cell profile after chemotherapy reveal new therapeutic opportunities in high-grade serous ovarian carcinoma 2024-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16074 PMID:38226451	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，探讨了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者在接受化疗后肿瘤标志物和T细胞谱的变化	揭示了化疗后肿瘤标志物和T细胞谱的显著变化，为克服治疗抵抗提供了新的治疗策略线索	NA	理解并解决高级别浆液性卵巢癌患者化疗抵抗的问题	高级别浆液性卵巢癌患者的组织样本	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序，T细胞受体测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
6987	2024-08-07	β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice 2024-Mar, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894 PMID:38311286	研究论文	研究探讨了肥胖小鼠β细胞中Jagged1对Notch信号活性和胰岛素分泌缺陷的影响	首次证明了β细胞中Jagged1的表达与肥胖小鼠的Notch信号活性和胰岛素分泌缺陷有关	遗传缺失功能实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的来源	探究Jagged1在肥胖小鼠β细胞中的作用及其对Notch信号和胰岛素分泌的影响	肥胖小鼠和高脂饮食喂养的小鼠的β细胞	生物医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括高脂饮食喂养的小鼠、瘦素受体缺陷小鼠以及糖尿病患者和非糖尿病患者的胰岛
6988	2024-08-04	Nicotinamide riboside activates renal metabolism and protects the kidney in a model of Alport syndrome 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	这篇文章展示了烟酰胺核糖在Alport综合征小鼠模型中激活肾脏代谢并保护肾脏的作用	首次在Alport小鼠模型中发现烟酰胺核糖补充恢复近端肾小管中的脂肪酸氧化，并揭示了性别差异	当前对NAD补充的保护机制及其主要负责的细胞类型理解较少	研究烟酰胺核糖对慢性肾病的保护作用及其机制	使用Alport综合征小鼠模型进行研究	数字病理学	慢性肾病	RNA测序	小鼠模型	转录组数据	NA
6989	2024-08-07	WITHDRAWN: The effect of ischemia on expression quantitative trait loci (eQTL) in human myocardium and insights into myocardial injury etiology 2024-Feb-20, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3967889/v1 PMID:38464039	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了118名接受主动脉瓣置换手术患者的心肌组织样本，探讨缺血对人类心肌表达数量性状位点（eQTL）的影响及其与心肌损伤病因的关系	本研究首次在人类心肌组织中识别并复制了缺血条件下的局部表达数量性状位点（cis-eQTL），并结合基因组关联研究，确定了心肌损伤的因果基因	研究样本主要集中在接受特定心脏手术的患者，可能限制了结果的普遍性	旨在理解人类心肌缺血的病理过程，并探索心肌损伤的病因	人类心肌组织样本及心肌损伤的因果基因	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	118名患者的心肌组织样本及2,371名患者的独立队列
6990	2024-08-04	Spatial analyses: Focusing on immune-stromal interactions to understand immunity in the tissue context 2024-Feb, Seminars in arthritis and rheumatism IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.semarthrit.2023.152319 PMID:38040516	研究论文	本文探讨免疫细胞在组织环境中的作用，重点分析免疫-基质相互作用	运用多重免疫荧光组织学结合基于机器学习的细胞分割和注释方法，以识别和定位稀有免疫细胞群体	是否类似的机制适用于其他与纤维化相关的疾病尚待进一步研究	全面了解免疫细胞在组织环境中的功能及其微环境的影响	研究不同人类组织中的免疫细胞，特别是固有淋巴细胞	数字病理学	肺纤维化	多重免疫荧光组织学	机器学习	组织切片	涉及多种人类组织中的稀有免疫细胞群体
6991	2024-08-07	Transcriptome network analysis of inflammation and fibrosis in keloids 2024-Feb, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2023.12.007 PMID:38242738	研究论文	本文通过转录组测序和微小RNA测序，分析了人类瘢痕疙瘩组织与正常皮肤组织中的炎症和纤维化转录组图谱，并利用单细胞RNA测序研究了细胞间通讯网络和成纤维细胞的多样性	本文首次通过多组学数据揭示了瘢痕疙瘩中炎症细胞与成纤维细胞之间的细胞间对话，并发现了可能与瘢痕疙瘩发展相关的miRNA和基因	研究样本量较小，仅包括六个瘢痕疙瘩组织和两个正常皮肤样本，可能影响结果的普遍性	探究瘢痕疙瘩中炎症和纤维化的转录组图谱	瘢痕疙瘩组织和正常皮肤组织	数字病理学	皮肤肿瘤	转录组测序、微小RNA测序、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、微小RNA数据、单细胞RNA数据	六个瘢痕疙瘩组织和两个正常皮肤样本，共24,086个细胞
6992	2024-08-07	Single-cell RNA profiling reveals classification and characteristics of mononuclear phagocytes in colorectal cancer 2024-Feb, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011176 PMID:38408082	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对结直肠癌中的单核吞噬细胞进行了分类和特征分析	本研究发现了与结直肠癌预后相关的新亚群，并揭示了调控单核吞噬细胞分化的转录因子调控网络	NA	深入全面地理解单核吞噬细胞的免疫功能	结直肠癌中的单核吞噬细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	6种不同的单核吞噬细胞亚群
6993	2024-08-07	Quantifying and correcting bias in transcriptional parameter inference from single-cell data 2024-01-02, Biophysical journal IF:3.2Q2 DOI:10.1016/j.bpj.2023.10.021 PMID:37885177	研究论文	本文开发了一种理论，用于解释在使用标准电报模型从单细胞数据推断参数时估计偏差的大小和符号	本文发现了特定偏差特征，这些特征取决于外在噪声的来源（即哪个参数在细胞间变化最大）和转录活性模式	本文假设没有外在噪声，即参数在细胞间不变化，因此估计的参数应理解为近似群体中的平均值	量化并修正从单细胞数据推断转录参数时的偏差	单细胞数据中的mRNA计数分布和转录参数	分子生物学	NA	单分子荧光原位杂交，单细胞RNA测序	两状态电报模型	单细胞数据	NA
6994	2024-08-07	Combined BRAF, MEK, and heat-shock protein 90 inhibition in advanced BRAF V600-mutant melanoma 2024-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35029 PMID:37776537	研究论文	本研究探讨了在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中，联合使用BRAF、MEK抑制剂及热休克蛋白90（HSP90）抑制剂的效果。	本研究首次尝试在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中联合使用BRAF、MEK及HSP90抑制剂，并评估了其疗效和安全性。	联合治疗显示出显著的毒性，需要频繁减少剂量，这可能导致了相对较低的无进展生存期，尽管肿瘤反应率较高。	评估在晚期BRAF V600突变型黑色素瘤中，联合使用BRAF、MEK及HSP90抑制剂的疗效和安全性。	晚期BRAF V600突变型黑色素瘤患者。	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	25名患者
6995	2024-08-07	Corrigendum: Dissecting the single-cell transcriptome network of immune environment underlying cervical premalignant lesion, cervical cancer and metastatic lymph nodes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1386072 PMID:38464538	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6996	2024-08-07	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-Apr, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	本文研究了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生过程中的作用，特别是在心肌切除后早期再生事件中的功能。	首次揭示了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生中对心外膜细胞的快速激活作用，并通过scRNA-seq分析确定了FGF和MAPK/ERK信号通路在中性粒细胞介导的心外膜再生反应中的关键作用。	NA	探讨中性粒细胞在斑马鱼心脏再生中的作用及其分子机制。	中性粒细胞在斑马鱼心脏再生中的功能及分子机制。	NA	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
6997	2024-08-07	Fallopian tube single cell analysis reveals myeloid cell alterations in high-grade serous ovarian cancer 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108990 PMID:38384837	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析输卵管和高度浆液性卵巢癌组织，揭示了免疫和基质细胞的转录多样性及其在肿瘤进展中的作用	首次综合分析了人类输卵管单细胞RNA测序数据和高度浆液性卵巢癌相关组织，发现了输卵管中丰富的单核细胞，并揭示了单核细胞和巨噬细胞在肿瘤和正常组织中的特定交互作用和功能通路	NA	探索高度浆液性卵巢癌早期检测标志物的发现	输卵管和高度浆液性卵巢癌组织中的免疫和基质细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及两个独立队列的输卵管和高度浆液性卵巢癌相关组织
6998	2024-08-04	Single cell transcriptome analysis of the THY-Tau22 mouse model of Alzheimer's disease reveals sex-dependent dysregulations 2024-Mar-07, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-024-01885-9 PMID:38453894	研究论文	本文通过单细胞转录组分析THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型，揭示了与性别相关的失调现象。	研究首次深入探讨了阿尔茨海默病中早期分子变化的性别依赖性，并识别了关键的调控因子。	研究主要集中于小鼠模型，可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的复杂性。	旨在探讨阿尔茨海默病的早期分子变化及其性别差异。	研究对象是THY-Tau22阿尔茨海默病小鼠模型。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	THY-Tau22小鼠模型的样本量NA
6999	2024-08-07	NeuroTri2-VISDOT: An open-access tool to harness the power of second trimester human single cell data to inform models of Mendelian neurodevelopmental disorders 2024-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.01.578438 PMID:38352329	研究论文	本文介绍了一个名为NeuroTri2-VISDOT的网络工具，用于探索第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据，以支持孟德尔神经发育障碍的研究	开发了一个易于访问的网络工具，降低了使用单细胞数据分析的门槛，促进了孟德尔神经发育障碍的转化研究	NA	提供一个易于访问的工具，帮助研究人员利用第二孕期人类大脑的单细胞数据来构建孟德尔神经发育障碍的模型	第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经发育障碍	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	由Bhaduri等人在2021年产生的第二孕期人类大脑的单细胞RNA测序数据集
7000	2024-08-04	Tissue-resident memory T cell signatures from single-cell analysis associated with better melanoma prognosis 2024-Mar-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109277 PMID:38455971	研究论文	本研究系统性地探讨了组织驻留记忆T细胞与黑色素瘤肿瘤免疫微环境之间的关系	提出了基于T细胞浸润的22基因风险评分，以有效分类黑色素瘤患者的生存风险	NA	阐明组织驻留记忆T细胞在黑色素瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其与患者生存的关系	黑色素瘤患者的组织驻留记忆T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	机器学习模型	基因表达数据	多个临床单细胞RNA-seq数据集