单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6981	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals peripheral blood leukocyte responses to spinal cord injury in mice with humanised immune systems 2024-Mar-01, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03048-0 PMID:38429643	研究论文	本研究利用人源化免疫系统的小鼠模型和单细胞RNA测序技术，探讨了人免疫细胞在脊髓损伤后的反应和变化	首次在人源化小鼠模型中使用单细胞RNA测序技术研究脊髓损伤后免疫细胞的反应和变化	研究仅限于特定的人源化小鼠模型，可能不完全代表人类脊髓损伤后的免疫反应	深入研究脊髓损伤后免疫抑制综合征（SCI-IDS）以及人白细胞在损伤部位的迁移和变化	人源化NSG-SGM3小鼠脊髓损伤后的免疫细胞	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	11种人免疫细胞（亚）类型或状态
6982	2024-08-07	Traditional Chinese Medicine Shi-Bi-Man ameliorates psoriasis via inhibiting IL-23/Th17 axis and CXCL16-mediated endothelial activation 2024-Mar-01, Chinese medicine IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s13020-024-00907-z PMID:38429819	研究论文	研究中药石壁曼通过抑制IL-23/Th17轴和CXCL16介导的内皮细胞活化来改善银屑病的作用机制	首次探讨了石壁曼通过抑制IL-23/Th17细胞轴和CXCL16表达来减轻银屑病样皮肤炎症的作用	研究仅在动物模型中进行，需要进一步的人体临床试验验证	寻找银屑病的新治疗策略并探究其作用机制	石壁曼对银屑病样皮肤炎症的影响及其分子机制	NA	银屑病	单细胞RNA测序, 免疫荧光, 反转录定量聚合酶链反应(RT-qPCR)	NA	细胞	使用咪喹莫特诱导的银屑病小鼠模型
6983	2024-08-04	IL6-STAT3-C/EBPβ-IL6 positive feedback loop in tumor-associated macrophages promotes the EMT and metastasis of lung adenocarcinoma 2024-Feb-29, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02989-x PMID:38424624	研究论文	本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）通过IL6-STAT3-C/EBPβ-IL6正反馈环路促进肺腺癌的上皮间质转化（EMT）和转移的机制	揭示了巨噬细胞促进肿瘤进展的新机制，IL6-STAT3-C/EBPβ-IL6信号级联可能成为肺癌治疗的新靶点	研究的样本主要来自单一医院，样本容量相对较小	研究肿瘤相关巨噬细胞在肺癌转移中的调控机制	研究对象包括来自公共数据库和14名肺癌患者的正常及肿瘤组织样本	数字病理	肺癌	单细胞测序，RT-qPCR，Western blotting，免疫荧光，双荧光素酶报告实验，ChIP	NA	组织样本	14名手术患者的肿瘤和正常组织样本
6984	2024-08-07	The Role of CD8A in the Immune Microenvironment of Breast Cancer 2024-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902073 PMID:38420798	研究论文	研究探讨了CD8A在三阴性乳腺癌（TNBC）免疫微环境中的作用及其与预后的关系	通过使用单细胞RNA测序数据和临床样本评估，揭示了CD8A在转移性乳腺癌免疫微环境中的表达及其对预后的影响	NA	寻找新的治疗靶点和策略，改善三阴性乳腺癌的预后	三阴性乳腺癌及其免疫微环境中的CD8A表达	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了GSE102818、GSE118389和GSE202695等多个数据集，具体样本数量未详细说明
6985	2024-08-04	Single-cell and spatial multi-omics highlight effects of anti-integrin therapy across cellular compartments in ulcerative colitis 2024-Jan-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.21.525036 PMID:36711576	研究论文	本文研究了抗整合素疗法对溃疡性结肠炎中细胞不同群体的影响	首次通过单细胞转录组和蛋白组分析揭示了VDZ对炎症细胞的影响及其在溃疡性结肠炎中的作用	本研究未详细阐明VDZ对于其他细胞亚群体的广泛影响	确定参与溃疡性结肠炎的炎症细胞及其受VDZ影响的程度	健康对照组及接受VDZ或其他疗法的溃疡性结肠炎患者的外周血和结肠活检样本	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞转录组学和蛋白组学分析	NA	外周血和结肠活检样本	健康对照组和接受不同治疗的溃疡性结肠炎患者的样本
6986	2024-08-04	Conceptual Framework of Epigenetic Analyses of Plant Responses to Sedentary Endoparasitic Nematodes 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3638-1_12 PMID:38427303	章节	本章节提供了一种用于研究植物与寄生线虫相互作用的表观遗传调控的概念框架	提供了针对miRNA调控和功能的当前及新兴方法的详细分析	文章提到了一些方法的局限性并讨论如何克服这些问题	阐明植物与寄生线虫相互作用过程中的表观遗传调控	关注植物表观基因组中各种成分在寄生线虫感染中的作用	NA	NA	单细胞测序技术、基因组编辑	NA	NA	NA
6987	2024-08-07	Enabling methanol fixation of pediatric nasal wash during respiratory illness for single cell sequencing in comparison with fresh samples 2024-Feb, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-023-02780-2 PMID:37758866	研究论文	本研究开发了一种协议，允许在甲醇固定的儿童鼻洗样本中进行单细胞RNA测序，并与新鲜样本进行比较	首次展示了甲醇固定儿童鼻洗样本进行单细胞RNA测序的可行性，并发现其与新鲜样本在定性和定量参数上无显著差异	NA	探索甲醇固定儿童鼻洗样本在单细胞RNA测序中的应用	儿童鼻洗样本	数字病理学	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6988	2024-08-04	Endothelial downregulation of nuclear m6A reader YTHDC1 promotes pulmonary vascular remodeling in sugen hypoxia model of pulmonary hypertension 2024-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24963 PMID:38318069	研究论文	本文分析了YTHDC1在苏根缺氧小鼠模型中的表达变化及其在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用	首次分析了苏根缺氧小鼠模型中m6A调节因子的表达和生物功能变化，建立了YTHDC1与PAECs功能障碍之间的因果关系	目前对m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的具体机制尚不完全清楚	研究m6A调节因子在肺动脉内皮细胞功能障碍中的作用	鼠类模型中的肺动脉内皮细胞	数字病理学	肺动脉高压	单细胞测序	苏根缺氧模型	RNA测序数据	苏根缺氧小鼠模型的肺动脉内皮细胞
6989	2024-08-07	Centrosome amplification-related signature correlated with immune microenvironment and treatment response predicts prognosis and improves diagnosis of hepatocellular carcinoma by integrating machine learning and single-cell analyses 2024-Feb, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-023-10538-5 PMID:37154991	研究论文	本研究通过整合机器学习和单细胞分析，构建了与免疫微环境和治疗反应相关的中心体扩增相关特征，用于预测肝细胞癌的预后和改善诊断	首次详细探讨了中心体扩增在肝细胞癌中的作用，并构建了一个具有高敏感性和特异性的预后和诊断特征	研究主要基于TCGA和ICGC数据集，可能需要更多临床数据验证	探讨中心体扩增在肝细胞癌中的分子机制及其对临床特征、肿瘤微环境和临床药物反应的影响	肝细胞癌患者及其中心体扩增相关基因	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO-惩罚Cox回归算法	基因表达数据	134个中心体扩增相关预后基因，其中6个关键预后基因
6990	2024-08-07	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing reveals CK19 + cancer stem cells and their specific SPP1 + tumor-associated macrophage niche in HBV-related hepatocellular carcinoma 2024-Feb, Hepatology international IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12072-023-10615-9 PMID:38159218	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序技术，揭示了HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其特异的SPP1阳性肿瘤相关巨噬细胞微环境	首次全面探索了HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞，并揭示了其异质性和免疫抑制特性	NA	探索HBV相关肝细胞癌中CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞的特性，为临床治疗提供新思路	HBV相关肝细胞癌中的CK19阳性癌症干细胞及其肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	64,581个单细胞来自人类肝细胞癌及邻近正常组织
6991	2024-08-07	A novel subpopulation of monocytes with a strong interferon signature indicated by SIGLEC-1 is present in patients with in recent-onset type 1 diabetes 2024-Apr, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-024-06098-4 PMID:38349399	研究论文	本研究探讨了1型糖尿病发病初期的病理性免疫反应，并发现了新的免疫治疗靶点	识别出一类新的SIGLEC-1+单核细胞亚群，该亚群在1型糖尿病患者中比例显著增加，并具有强烈的干扰素特征	NA	探索1型糖尿病发病初期的病理性免疫反应及新的免疫治疗靶点	新诊断的成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者和健康对照者的外周血样本	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列	4名LADA患者和4名健康对照者，以及包括54名LADA患者、17名成人2型糖尿病患者和26名健康成人的验证队列
6992	2024-08-05	Development of a novel head and neck squamous cell carcinoma prognostic signature by bulk/single-cell sequencing data integration 2024-Mar, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.14443 PMID:36398480	研究论文	本研究旨在为头颈鳞状细胞癌(HNSCC)开发一种新的预后标志物	通过整合单细胞和大规模转录组数据，识别与不良预后相关的特定癌细胞亚群，并开发了一种包含六个基因的新预后标志物	独立验证仅在我们的患者队列中进行，可能需要更广泛的样本验证	识别与癌症不良预后相关的细胞亚群并开发预后签名	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的特定癌细胞亚群	数字病理学	头颈癌	RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	NA
6993	2024-08-05	Single-cell transcriptomics dissects premalignant progression in proliferative verrucous leukoplakia 2024-Mar, Oral diseases IF:2.9Q1 DOI:10.1111/odi.14347 PMID:35950708	研究论文	该研究利用单细胞转录组技术剖析了增生性疣状白斑（PVL）的前恶性进展	首次描绘了PVL的细胞景观，发现了两个新的细胞亚型（INSR+内皮细胞和ASPN+成纤维细胞）在微环境重塑中的关键作用	研究仅基于三个活检样本，可能无法全面代表PVL进展的所有特征	旨在勾勒PVL进展过程中的分子特征变化及关键细胞亚型	研究对象为三份来自大面积PVL病变的活检样本	数字病理学	前恶性病变	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自一个大PVL病变的三个活检样本，共27,611个细胞
6994	2024-08-05	Single-cell and spatial transcriptomics in endocrine research 2024-Feb-28, Endocrine journal IF:1.3Q4 DOI:10.1507/endocrj.EJ23-0457 PMID:38220200	综述	本综述探讨了单细胞和空间转录组学在内分泌研究中的应用及其局限性	提出了单细胞和空间转录组学在研究内分泌器官及其疾病中的潜在未来应用	这些技术在内分泌研究中的应用仍然有限	揭示内分泌器官中细胞异质性及其细胞间相互作用的功能角色	主要研究内分泌器官的细胞类型及其互作	数字病理学	NA	单细胞转录组学和空间转录组学	NA	NA	NA
6995	2024-08-07	Identification of common stria vascularis cellular alteration in sensorineural hearing loss based on ScRNA-seq 2024-Feb-27, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10122-7 PMID:38413848	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据，分析了耳蜗血管纹（SV）在感音神经性听力损失（SNHL）中的细胞间通讯变化及其在病理发生中的作用。	发现了新的保守基因和下调通路，并预测了转录因子Nfe2l2作为多个共享细胞通路的上游调控因子。	NA	旨在通过分析公共可用的单细胞转录组测序数据，识别感音神经性听力损失中常见的调控信号通路。	耳蜗血管纹（SV）的细胞间通讯及其在感音神经性听力损失（SNHL）病理发生中的作用。	数字病理学	感音神经性听力损失	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	来自感音神经性听力损失小鼠和正常成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）样本
6996	2024-08-07	Metabolic Landscape of Osteosarcoma: Reprogramming of Lactic Acid Metabolism and Metabolic Communication 2024-Feb-22, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902083 PMID:38420794	研究论文	本研究探讨了乳酸代谢在骨肉瘤微环境中的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响	首次揭示了骨肉瘤中乳酸代谢的高亚群及其与其他亚群的独特代谢通信模式，并确定了与乳酸代谢相关的重要基因NDUFAF6	NA	探索骨肉瘤微环境中乳酸代谢的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响	骨肉瘤细胞的乳酸代谢及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	骨肉瘤	单细胞基因表达数据分析	NA	转录组数据	涉及骨肉瘤样本的单细胞RNA测序数据
6997	2024-08-05	Immune Response Associated Gene Signatures in Aortic Dissection Compared to Aortic Aneurysm 2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902064 PMID:38420822	研究论文	该文章研究了与免疫反应相关的基因在主动脉夹层和主动脉瘤中的差异	本研究识别了37个在主动脉夹层中显著失调的基因，这些基因之前未与此病相关联	样本量较小，且研究仅限于特定基因的分析，可能无法全面反映所有相关的生物过程	探讨主动脉夹层中免疫系统的作用及相关基因的特征	以主动脉夹层患者、主动脉瘤患者及对照组为对象进行基因表达分析	数字病理学	主动脉夹层	微阵列技术和RNA-seq	NA	基因表达数据	主动脉夹层4个、主动脉瘤3个及对照组的RNA样本，共37个分析数据点
6998	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Identified Core Genes and Transcription Factors in Mesenchymal Cell Differentiation during Liver Cirrhosis 2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2902062 PMID:38420807	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，识别了肝硬化过程中间质细胞分化中的核心基因和转录因子	首次通过单细胞转录组和批量RNA测序数据，揭示了肝纤维化过程中间质细胞分化的核心基因和转录因子	小鼠模型在反映人类疾病进展和结果方面可能不够准确	研究肝纤维化和肝硬化中间质细胞分化的机制	人肝硬化和健康肝脏组织以及小鼠健康和纤维化肝脏的间质细胞	数字病理学	肝硬化	单细胞转录组测序, RNA测序	NA	转录组数据	超过50,000个人类单细胞和多个小鼠肝脏样本
6999	2024-08-04	Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools 2024-Feb, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00595-7 PMID:38374363	研究论文	介绍CellBarcode和CellBarcodeSim工具，以提高细胞条形码的提取和过滤效率	提供了一种新的工具包，支持多种条形码类型的提取和过滤，并探索影响条形码识别的因素	目前工具在支持的条形码类型多样性和分析策略上存在局限	开发更灵活有效的条形码提取与过滤工具	细胞条形码，从批量或单细胞测序数据中提取	数字病理学	NA	PCR，测序	NA	生物数据	NA
7000	2024-08-07	Single-cell transcriptomic profiling reveals immune cell heterogeneity in acute myeloid leukaemia peripheral blood mononuclear cells after chemotherapy 2024-Feb, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-023-00853-2 PMID:37615858	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受化疗后的外周血单个核细胞（PBMC）的免疫细胞异质性	本研究首次揭示了AML患者化疗后PBMC中T细胞、自然杀伤细胞（NK细胞）、单核细胞、树突状细胞（DCs）和造血干细胞前体（HSC-Prog）的亚群多样性及其转录因子和染色体拷贝数变异（CNV）的显著变化	NA	探索AML患者化疗后的免疫微环境，为精准医疗和免疫治疗提供见解	AML患者化疗后的PBMC微环境	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	5名AML患者和6名健康捐赠者的PBMC