单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6961	2024-08-04	scFSNN: a feature selection method based on neural network for single-cell RNA-seq data 2024-Mar-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10160-1 PMID:38459442	研究论文	提出了一种基于神经网络的特征选择方法scFSNN，用于单细胞RNA测序数据的分类问题	scFSNN可以在模型训练过程中自动选择特征并控制假发现率，还能够自适应确定要消除的特征数量	NA	解决单细胞RNA测序数据的分类问题	单细胞RNA测序数据中的基因特征	机器学习	NA	NA	神经网络	基因表达数据	进行了广泛的模拟和真实数据研究
6962	2024-08-07	Integrated analysis reveals FLI1 regulates the tumor immune microenvironment via its cell-type-specific expression and transcriptional regulation of distinct target genes of immune cells in breast cancer 2024-Mar-06, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10174-9 PMID:38448802	研究论文	本文通过综合分析揭示了FLI1在乳腺癌中通过其细胞类型特异性表达和转录调控免疫细胞的不同靶基因来调节肿瘤免疫微环境	本文通过SMR分析和ncRNA网络构建，以及单细胞RNA测序数据的整合分析，验证了FLI1甲基化到基因表达再到乳腺癌发生的因果途径，并构建了以FLI1为中心的ceRNA网络	NA	探讨FLI1在乳腺癌中的具体作用及其在免疫调节中的角色	FLI1在乳腺癌中的表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	乳腺癌	GWAS, eQTLs, mQTLs, scRNA-seq	NA	基因组数据, 表达数据, 甲基化数据, 单细胞RNA测序数据	使用乳腺癌基因组关联研究总结数据，血液中的表达数量性状位点和DNA甲基化数量性状位点，以及一系列的单细胞RNA测序数据
6963	2024-08-07	Deciphering the molecular regulatory of RAB32/GPRC5A axis in chronic obstructive pulmonary disease 2024-Mar-06, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02724-2 PMID:38448858	研究论文	本研究通过多种生物信息学挖掘和实验验证，探讨了RAB32在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的分子调控机制，并识别了GPRC5A作为与RAB32相互作用的潜在分子。	本研究首次详细探讨了RAB32与GPRC5A在COPD中的相互作用及其在肺组织中的共定位，为COPD的机制研究提供了新的视角。	研究主要基于生物信息学分析和实验室检测，未来需要更多的临床数据和实验验证来进一步证实这些发现。	旨在揭示RAB32在COPD中的分子调控轴及其与GPRC5A的相互作用。	RAB32在COPD中的分子调控机制及其与GPRC5A的相互作用。	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	RT-qPCR, 免疫荧光, WGCNA, mfuzz聚类, Spearman相关分析	NA	RNA序列, 蛋白质	从中山医院收集的肺组织手术样本，以及来自Gene Expression Omnibus (GEO)的四个COPD微阵列数据集和GSE173896数据集的COPD相关上皮细胞scRNA-seq数据。
6964	2024-08-04	Integrated single-nuclei and spatial transcriptomic analysis reveals propagation of early acute vein harvest and distension injury signaling pathways following arterial implantation 2024-Mar-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.564995 PMID:37961724	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了静脉移植物收获和扩张后信号通路的传播。	首次应用单核RNA测序和空间转录组学分析研究静脉病理，提供了对静脉移植物损伤响应的深入理解。	使用的模型数量有限，仅包含4个犬模型，可能限制结果的广泛适用性。	揭示静脉移植物收获和移植后的响应，识别导致移植物失败的关键不适应性通路。	研究对象为犬模型中的静脉移植物，重点关注其在收获和扩张后的基因组效应。	数字病理学	心血管疾病	单核RNA测序（snRNA-seq）、空间转录组学（ST）	犬模型	基因组数据	4个犬模型的静脉移植物样本
6965	2024-08-07	Reciprocal regulation of SIRT1 and AMPK by Ginsenoside compound K impedes the conversion from plasma cells to mitigate for podocyte injury in MRL/lpr mice in a B cell-specific manner 2024-Mar, Journal of ginseng research IF:6.8Q1 DOI:10.1016/j.jgr.2023.11.006 PMID:38465215	研究论文	研究了人参有效成分人参皂苷复合K（CK）通过调节SIRT1和AMPK的相互作用，减少MRL/lpr小鼠中浆细胞转化，从而减轻足细胞损伤的机制	揭示了SIRT1和AMPK在调节肾脏B细胞亚群中的协同作用，为治疗狼疮性肾炎提供了新的治疗策略	NA	探讨人参皂苷复合K在狼疮性肾炎中的治疗作用及其机制	MRL/lpr小鼠的肾脏B细胞亚群和足细胞功能	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞RNA测序, 流式细胞术, 代谢组学分析	NA	RNA, 蛋白质	雌性MRL/lpr小鼠
6966	2024-08-04	Plant biotechnology research with single-cell transcriptome: recent advancements and prospects 2024-Feb-21, Plant cell reports IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s00299-024-03168-0 PMID:38381195	综述	本文回顾了植物单细胞转录组学技术的最新进展，以及这些技术在植物生物学和生物技术研究中的潜在作用	突出单细胞转录组学在植物研究中的快速应用和先进技术	批判性地审视单细胞技术的固有挑战和限制	旨在提升对植物发展和生物技术研究的理解	重点研究单细胞转录组学在植物中的应用与发展	植物生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
6967	2024-08-05	[The characteristics and impact on prognosis of cytopenia after anti-BCMA-CAR-T therapy in patients with relapsed and refractory multiple myeloma] 2024-Feb-20, Zhonghua yi xue za zhi DOI:10.3760/cma.j.cn112137-20230926-00563 PMID:38317362	研究论文	研究复发和难治性多发性骨髓瘤患者在接受BCMA CAR-T免疫治疗后细胞减少症的特征及其预后影响。	首次全面分析了BCMA CAR-T细胞治疗后复发和难治性多发性骨髓瘤患者细胞减少症的发生率及其对生存预后的影响。	研究基于单中心数据，样本量较小，可能影响结果的普遍适用性。	探讨细胞减少症的特征及其对复发和难治性多发性骨髓瘤患者预后的影响。	36名接受BCMA CAR-T治疗的复发和难治性多发性骨髓瘤患者。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞测序	NA	临床数据	36名复发和难治性多发性骨髓瘤患者
6968	2024-08-04	PARD3 drives tumorigenesis through activating Sonic Hedgehog signalling in tumour-initiating cells in liver cancer 2024-Feb-06, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02967-3 PMID:38317186	研究论文	本研究探讨了PARD3在肝癌肿瘤发生中的作用	揭示了PARD3通过激活Sonic Hedgehog信号通路调控肿瘤干细胞，并对肝癌发生具有重要影响	未明确说明其他潜在影响因素和机制	研究PARD3在肝脏肿瘤发生中的作用	主要研究肝癌中的肿瘤发生细胞及其调控机制	数字病理	肝癌	RNA测序	NA	组织样本	在饮食诱导的肝癌模型中进行了评估，研究是否包括具体样本数未说明
6969	2024-08-07	Dynamics of host immune responses and a potential function of Trem2hi interstitial macrophages in Pneumocystis pneumonia 2024-Feb-05, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02709-1 PMID:38317180	研究论文	本研究通过时间分辨的单细胞RNA测序分析，探讨了Pneumocystis肺炎过程中宿主免疫反应的变化及Trem2hi间质巨噬细胞的潜在作用	首次详细描述了Pneumocystis肺炎过程中免疫细胞的动态转录变化，并揭示了PCP相关巨噬细胞（PAM）在疾病中的作用	研究主要基于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	阐明Pneumocystis肺炎过程中宿主免疫反应的动态变化及Trem2hi间质巨噬细胞的功能	Pneumocystis肺炎感染的小鼠肺组织中的CD45+细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	感染Pneumocystis的小鼠肺组织中的CD45+细胞
6970	2024-08-07	Neutrophils in the era of single-cell RNA sequencing: functions and targeted therapies in cancer 2024-02-05, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2024.0012 PMID:38318923	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
6971	2024-08-05	Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers 2024-02-01, Cancer IF:6.1Q1 DOI:10.1002/cncr.35030 PMID:37751191	研究论文	本研究评估了内膜癌中错配修复/微卫星不稳定性状态的特征及其影响因素	首次揭示了具有亚克隆或异质性MMR IHC的内膜癌病例的较高复发率，以及它们与群体特征的关系	本研究的限制在于其样本的单一性，且仅评估了特定的亚克隆和异质性	研究内膜癌中的MMR表达异质性及其对治疗的影响	研究对象包括666例内膜癌，评估其MMR状态和表达异质性	数字病理学	内膜癌	IHC, MSI测试, 全转录组分析, 下一代测序	NA	基因表达数据	666个内膜癌样本
6972	2024-08-05	Single-cell and spatial profiling identify three response trajectories to pembrolizumab and radiation therapy in triple negative breast cancer 2024-01-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.012 PMID:38194915	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和空间蛋白组学分析三阴性乳腺癌对pembrolizumab和放疗的反应轨迹	首次识别了三阴性乳腺癌患者对pembrolizumab和联合放疗的三种不同反应轨迹	该研究的样本主要集中于三阴性乳腺癌，可能不适用于其他类型的癌症	旨在改善对接受单一免疫疗法或需要额外治疗的患者的识别	三阴性乳腺癌活检样本，比较治疗前后的免疫微环境	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞转录组学和空间蛋白组学	小鼠模型	生物样本	NA
6973	2024-08-07	Neoadjuvant radioimmunotherapy synergy in triple-negative breast cancer: Is microenvironment-guided patient selection on the horizon? 2024-01-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.009 PMID:38194911	研究论文	研究探讨了新辅助化疗联合免疫治疗在三阴性乳腺癌中的应用，并通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学分析揭示了放疗与pembrolizumab之间的协同作用。	通过单细胞RNA测序和空间蛋白质组学分析，揭示了放疗与pembrolizumab在三阴性乳腺癌中的协同作用。	NA	研究新辅助化疗联合免疫治疗在三阴性乳腺癌中的效果及潜在的协同机制。	三阴性乳腺癌患者及其肿瘤微环境。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6974	2024-08-04	Prediction of immunotherapy responsiveness in melanoma through single-cell sequencing-based characterization of the tumor immune microenvironment 2024-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101910 PMID:38417293	研究论文	该文章分析黑色素瘤患者的单细胞测序数据，以预测免疫疗法的响应。	文章提出了一种基于免疫成分组成的免疫疗法响应预测模型，并在黑色素瘤患者中经过验证，表现优于其他现有模型。	研究仅限于黑色素瘤患者，可能无法普遍适用于所有类型的癌症。	探讨黑色素瘤患者对免疫检查点抑制剂的反应差异，并建立预测模型。	研究对象为接受免疫检查点抑制剂治疗的黑色素瘤患者。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	集成自多位黑色素瘤患者的单细胞测序数据
6975	2024-08-07	Multi-omics analysis-based macrophage differentiation-associated papillary thyroid cancer patient classifier 2024-May, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101889 PMID:38382228	研究论文	本研究通过多组学分析，构建了一个基于巨噬细胞分化特征的甲状腺乳头状癌患者分类器	本研究首次从免疫学角度探讨甲状腺肿瘤的预后差异机制，并利用巨噬细胞的分化特性为甲状腺乳头状癌的亚型分类提供新方法	NA	重新分类甲状腺乳头状癌	甲状腺乳头状癌患者的巨噬细胞分化特征	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	从公共数据库获取的甲状腺乳头状癌浸润髓样细胞的单细胞RNA测序数据
6976	2024-08-07	A BET inhibitor, NHWD-870, can downregulate dendritic cells maturation via the IRF7-mediated signaling pathway to ameliorate imiquimod-induced psoriasis-like murine skin inflammation 2024-Apr-05, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2024.176382 PMID:38311277	研究论文	研究了BET抑制剂NHWD-870通过IRF7介导的信号通路下调树突状细胞成熟，从而减轻咪喹莫特诱导的类牛皮癣小鼠皮肤炎症的效果	发现NHWD-870能通过抑制IRF7的表达来抑制树突状细胞的成熟和激活，从而减轻牛皮癣样皮肤病变	NA	探讨NHWD-870对咪喹莫特诱导的类牛皮癣小鼠模型和体外树突状细胞成熟的影响	NHWD-870对咪喹莫特诱导的类牛皮癣小鼠皮肤炎症和树突状细胞成熟的影响	NA	牛皮癣	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型和树突状细胞
6977	2024-08-04	Comprehensive analyses and experimental verification of NETs and an EMT gene signature for prognostic prediction, immunotherapy, and chemotherapy in pancreatic adenocarcinoma 2024-Apr, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24082 PMID:38088494	研究论文	本文探讨了中性粒细胞外网和上皮-间充质转化基因在胰腺腺癌预后预测中的作用	建立了一个基于八个NET和EMT相关基因的风险模型，并进行了实验验证	未详细描述样本数量和外部数据库的选择标准	探究NET和EMT基因与胰腺腺癌患者预后的相关性	胰腺腺癌患者及其相关的基因	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	Cox回归模型	转录组数据	NA
6978	2024-08-07	Bioinformatics analyses and experimental validation of the role of phagocytosis in low-grade glioma 2024-Apr, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24095 PMID:38112449	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，探讨了吞噬作用在低级别胶质瘤中的作用及其分子特征	首次研究了低级别胶质瘤中吞噬作用的改变，并构建了吞噬作用相关的预后标志物	NA	揭示吞噬作用的分子特征，并为低级别胶质瘤的个性化治疗奠定基础	低级别胶质瘤中的吞噬作用及相关基因	生物信息学	脑瘤	非负矩阵分解聚类、LASSO回归分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学技术	NA	mRNA、拷贝数变异、单核苷酸变异、甲基化水平、单细胞RNA测序数据	涉及多种癌症类型的样本及低级别胶质瘤样本
6979	2024-08-07	Single-cell profiling of bronchoalveolar cells reveals a Th17 signature in neutrophilic severe equine asthma 2024-Apr, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.13745 PMID:38153159	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序分析了马匹的支气管肺泡细胞，揭示了中性粒细胞性严重马哮喘中的Th17特征	首次通过单细胞mRNA测序揭示了中性粒细胞性严重马哮喘中的Th17免疫反应，并发现了与该疾病相关的基因失调	研究样本仅限于11匹温血马，可能影响结果的普遍性	揭示驱动中性粒细胞性严重马哮喘的免疫机制	马匹的支气管肺泡细胞	数字病理学	哮喘	单细胞mRNA测序	NA	细胞	11匹温血马，其中5匹为对照组，6匹为哮喘组
6980	2024-08-07	A specific inflammatory suppression fibroblast subpopulation characterized by MHCII expression in human dilated cardiomyopathy 2024-Mar-10, Molecular and cellular biochemistry IF:3.5Q3 DOI:10.1007/s11010-024-04939-9 PMID:38462549	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，鉴定了在扩张型心肌病中表达MHCII基因的特定抗原呈递成纤维细胞亚群，并探讨了其在心肌炎症微环境中的作用	首次鉴定了在扩张型心肌病中表达MHCII基因的特定抗原呈递成纤维细胞亚群，并揭示了其在抑制炎症中的作用	研究样本量相对较小，且仅限于人类心脏组织	旨在鉴定扩张型心肌病中的特定成纤维细胞亚群，并探讨其在心肌炎症微环境中的作用	扩张型心肌病中的成纤维细胞及其与免疫细胞的相互作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4个健康心脏和6个扩张型心肌病心脏的左心室组织，以及3个严重心衰的扩张型心肌病患者的组织