单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6881	2024-08-04	BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis 2024-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01664-3 PMID:38413725	研究论文	本研究提出了一种名为BANKSY的算法，用于统一细胞类型和组织区域的空间聚类问题	通过将细胞嵌入到自身和局部邻域转录组的乘积空间中，BANKSY提供了一种新的空间特征增强策略，显著提高了任务性能	NA	研究旨在提供一种准确且可扩展的框架，以分析空间分辨的组学数据	主要研究对象为细胞类型和组织域在空间组学数据中的聚类	数字病理学	NA	RNA测序，蛋白质成像	NA	RNA和蛋白质图像数据	数百万个细胞数据集
6882	2024-08-07	Temporal transcriptomic dynamics in developing macaque neocortex 2024-Feb-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90325 PMID:38415809	研究论文	研究描述了猕猴新皮质发育过程中的转录组动态变化	首次通过单细胞RNA测序技术，构建了猕猴新皮质发育的转录组图谱，揭示了从干细胞到神经元的分化轨迹	NA	探究人类和非人灵长类新皮质神经发生中的转录调控	猕猴的顶叶新皮质在不同发育阶段的转录组变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	在E40、E50、E70、E80和E90五个时间点采集的猕猴顶叶样本
6883	2024-08-04	The E3 ubiquitin ligase MARCH2 protects against myocardial ischemia-reperfusion injury through inhibiting pyroptosis via negative regulation of PGAM5/MAVS/NLRP3 axis 2024-Feb-27, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00622-3 PMID:38409220	研究论文	本研究揭示了E3泛素连接酶MARCH2通过负调控PGAM5/MAVS/NLRP3通路抑制心肌细胞焦亡，从而保护心脏免受缺血-再灌注损伤的机制	发现MARCH2通过促进PGAM5的K48连接聚泛素化和蛋白酶体降解，抑制心肌细胞中的NLRP3炎症小体激活	本研究未涉及在临床试验中的应用及长期效应	研究MARCH2在心肌缺血-再灌注损伤中的保护作用及其机制	人心脏和小鼠心脏中的MARCH2表达水平及其对心肌细胞的影响	心血管疾病	心肌缺血	单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	人心脏和小鼠心脏的样本
6884	2024-08-04	Molecular classification and tumor microenvironment characteristics in pheochromocytomas 2024-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87586 PMID:38407266	研究论文	本研究对嗜铬细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境进行了单细胞转录组分析	提出了一种基于单细胞转录组的分子分类和微环境特征分析，为嗜铬细胞瘤的潜在治疗策略提供线索	CD8 T细胞浸润缺乏的情况限制了对免疫治疗效果的评估	探讨嗜铬细胞瘤的细胞分子特征及其免疫微环境	对4名散发性未分类嗜铬细胞瘤患者和1名具有冯·希佩尔-林道综合征的遗传性患者的组织进行研究	数字病理学	嗜铬细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	16个组织样本，来自5名患者
6885	2024-08-07	The platelet-related genes associated with the prognosis of HCC by regulating cycling T cell and prolif-TAMs 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26798 PMID:38486758	研究论文	本研究通过TCGA和ICGC数据库分析了92个与肝细胞癌（HCC）相关的差异表达的血小板相关基因（PRGs），并开发了PRGs预后标志物，揭示了这些基因在HCC中的潜在机制。	首次详细探讨了血小板相关基因在HCC中的预后价值及其对免疫微环境的调控作用。	研究主要基于数据库分析，需要进一步的实验验证。	构建与HCC相关的血小板相关基因风险标志物，并揭示其调控免疫微环境的潜在机制。	血小板相关基因在HCC中的表达及其预后价值。	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	92个差异表达的血小板相关基因
6886	2024-08-04	MSX1+PDGFRAlow limb mesenchyme-like cells as an efficient stem cell source for human cartilage regeneration 2024-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.02.001 PMID:38428414	研究论文	本文探讨了MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞在人体软骨再生中的潜在应用	识别和表征了具有优异骨软骨再生能力的MSX1间充质前体细胞，并开发出从人类多能干细胞生成的MSX1PDGFRA肢体间充质样细胞	对于临床应用的长期效果和细胞的复杂相互作用仍需进一步研究	查明并开发替代的干细胞来源以促进人类软骨再生	MSX1+PDGFRAlow肢体间充质样细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
6887	2024-08-04	The HIF-1α/PLOD2 axis integrates extracellular matrix organization and cell metabolism leading to aberrant musculoskeletal repair 2024-Mar-12, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00320-0 PMID:38472175	研究论文	本文研究了HIF-1α/PLOD2轴在异常骨骼修复中的作用	揭示了HIF-1α在间充质前体细胞中调控胶原蛋白交叉链接的分子机制	实验仅在小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类情况	探讨缺氧信号在肌肉骨骼损伤后细胞命运和细胞外基质组织中的作用	研究对象是间充质前体细胞和异位骨化模型	数字病理学	异位骨化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学分析	NA	RNA序列数据	小鼠模型
6888	2024-08-07	ER stress and lipid imbalance drive diabetic embryonic cardiomyopathy in an organoid model of human heart development 2024-Mar-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2024.01.003 PMID:38335962	研究论文	本文利用先进的人类心脏类器官系统，模拟了妊娠前糖尿病条件下胚胎心脏发育的情况，并探讨了其病理机制及潜在的治疗策略。	首次使用人类心脏类器官模型模拟妊娠前糖尿病对胚胎心脏发育的影响，并通过单细胞RNA测序、成像和脂质组学技术揭示了特定的细胞类型功能障碍和代谢改变。	研究主要基于类器官模型，可能与真实的人类胚胎心脏发育环境存在差异。	探索妊娠前糖尿病条件下胚胎心脏发育的病理机制，并寻找可能的预防和治疗策略。	人类心脏类器官，特别是心肌细胞和心外膜细胞在妊娠前糖尿病条件下的功能和代谢变化。	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序, 脂质组学	类器官模型	细胞类型特异性RNA数据, 脂质代谢数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
6889	2024-08-04	Molecular, Metabolic, and Subcellular Mapping of the Tumor Immune Microenvironment via 3D Targeted and Non-Targeted Multiplex Multi-Omics Analyses 2024-Feb-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16050846 PMID:38473208	研究论文	本研究开发了一种整合多重空间分辨的多组学平台，研究肿瘤免疫微环境的三维映射	提出了一种新颖的方法，通过多重组学分析实现了对肿瘤免疫微环境的空间和单细胞分辨率的研究	在研究中仅使用了两种妇科肿瘤样本，可能不足以普遍适用于所有类型的肿瘤	研究肿瘤免疫微环境中细胞间及细胞与细胞外基质的相互作用	两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）妇科肿瘤样本	数字病理学	NA	非靶向质谱成像、空间转录组学、靶向seqIF	NA	图像	两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本
6890	2024-08-04	scDOT: enhancing single-cell RNA-Seq data annotation and uncovering novel cell types through multi-reference integration 2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae072 PMID:38436563	研究论文	本文介绍了一种基于距离度量学习和最优传输的单细胞RNA注释方法scDOT，用于整合多个参考数据集并发现新型细胞类型	提出了一种新颖的优化框架，结合距离度量学习和最优传输，同时开发了可解释的评分系统	NA	提高单细胞RNA-seq数据中细胞类型的注释精度	多样化的基准数据集，包括各种组织和细胞类型	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	生物数据	使用了两组不同的基准数据集
6891	2024-08-07	Short cell cycle duration is a phenotype of human epidermal stem cells 2024-Mar-13, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-024-03670-y PMID:38475896	研究论文	本研究通过体外培养和单细胞RNA测序技术，探讨了人类表皮干细胞的细胞周期持续时间及其与分化程度更高的前体细胞的差异	发现人类表皮干细胞的细胞周期持续时间比传统观点认为的更短，且比分化程度更高的前体细胞更快	NA	探究人类表皮干细胞的细胞周期特性及其与前体细胞的差异	人类表皮干细胞及其前体细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞图像和RNA序列	多个表皮干细胞和前体细胞样本
6892	2024-08-04	CD7 activation regulates cytotoxicity-driven pathology in systemic sclerosis, yielding a target for selective cell depletion 2024-Mar-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/ard-2023-224827 PMID:38123919	研究论文	该研究揭示了CD7在系统性硬皮病中的作用，并提出其作为选择性细胞去除的靶点	发现CD7作为调节细胞毒性病理的关键共刺激分子，并提出其在选择性去除致病细胞中的新应用	研究样本量有限，且仅限于受影响的皮肤和血液样本分析	探讨系统性硬皮病中细胞毒性T细胞和自然杀伤细胞的调节机制	165名系统性硬皮病患者与80名健康个体的皮肤和血液样本	数字病理学	系统性硬皮病	单细胞转录组学，流式细胞术，多重免疫荧光染色	NA	组织和血液样本	165名系统性硬皮病患者和80名健康个体
6893	2024-08-04	Single-cell division tracing and transcriptomics reveal cell types and differentiation paths in the regenerating lung 2024-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46469-4 PMID:38472236	研究论文	本研究结合小鼠模型和单细胞转录组学，揭示了再生肺的细胞类型和分化路径	首次展示了Krt13基底细胞与Krt15俱乐部细胞之间的中间细胞状态，并揭示了腺泡细胞作为积极分裂的前体细胞	未提及具体的样本数量和实验限制	理解肺上皮再生中的分子和细胞过程，以促进肺疾病的治疗方法发展	特定上皮细胞类型的损伤小鼠模型，细胞分裂功能标记细胞和单细胞转录组学	数字病理学	肺疾病	单细胞转录组学	NA	细胞	NA
6894	2024-08-04	Single-cell RNA-seq reveals keratinocyte and fibroblast heterogeneity and their crosstalk via epithelial-mesenchymal transition in psoriasis 2024-Mar-12, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06583-z PMID:38472183	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析揭示了银屑病中角质形成细胞和成纤维细胞的异质性及其通过上皮-间质转化的相互作用	创新点在于首次展示了银屑病的单细胞图谱，并揭示了特定的角质形成细胞亚型与成纤维细胞亚型之间的相互作用	研究的局限性在于仍需更多的验证实验以确认发现的信号通路和交互作用	旨在深入理解银屑病的发病机制	研究对象为来自银屑病模型小鼠及野生型小鼠的94,759个单细胞样本	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	NA	细胞	13个样本，包括银屑病模型小鼠和野生型小鼠
6895	2024-08-05	Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels 2024-Mar-12, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291009240219055808 PMID:38485675	研究论文	本研究探讨了反应性氧种（ROS）在肺腺癌中的作用机制	该研究提供了ROS在肺腺癌单细胞和整体组织水平上的新见解，揭示了其对病理的影响	NA	探索ROS在肺腺癌发展和治疗中的机制	反应性氧种对肺腺癌进展的影响	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	LUAD组织中识别的七种细胞类型
6896	2024-08-07	Differentiation route determines the functional outputs of adult megakaryopoiesis 2024-Mar-12, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.02.006 PMID:38447571	研究论文	本文通过命运图谱系统区分了两种巨核细胞生成途径，并比较了它们的数量和功能输出	揭示了直接途径和逐步途径在巨核细胞生成中的不同作用和调控机制	NA	探讨两种不同巨核细胞生成途径的功能输出和生理需求	巨核细胞的生成途径及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
6897	2024-08-07	Combined IL6 and CCR2 blockade potentiates antitumor activity of NK cells in HPV-negative head and neck cancer 2024-Mar-12, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03002-1 PMID:38468260	研究论文	本研究探讨了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中，联合阻断IL6和CCR2通路对NK细胞抗肿瘤活性的增强作用	首次展示了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中，通过联合阻断IL6和CCR2通路可以有效增强NK细胞的抗肿瘤活性	NA	探索增强NK细胞在HPV阴性头颈部鳞状细胞癌中的抗肿瘤活性的新治疗方法	HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了HPV阳性和阴性的头颈部鳞状细胞癌细胞系及同种异体小鼠模型
6898	2024-08-07	Single-cell integrative analysis reveals consensus cancer cell states and clinical relevance in breast cancer 2024-Mar-12, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03127-0 PMID:38472225	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了乳腺癌中跨患者复现的七种共识癌细胞状态及其临床相关性	首次系统地阐明了共识癌细胞状态的生物学功能、亚型特异性分布、潜在起源细胞及其相互关系，并揭示了肿瘤微环境中内部调节子和外部细胞成分对这些状态的贡献	NA	揭示乳腺癌中常见的癌细胞状态及其驱动因素，并探索其与临床结果的关联	乳腺癌中的癌细胞状态及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个独立数据集
6899	2024-08-07	Decoding gene regulatory circuitry underlying TNBC chemoresistance reveals biomarkers for therapy response and therapeutic targets 2024-Mar-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-024-00529-6 PMID:38472332	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）化疗耐药性的基因调控机制，并发现了潜在的治疗反应生物标志物和治疗靶点	本研究首次通过单细胞转录组数据和全基因组H3K27ac标记映射，揭示了TNBC化疗耐药性的表观遗传和转录因子网络	NA	揭示三阴性乳腺癌化疗耐药性的分子机制，并发现新的治疗策略	三阴性乳腺癌患者及其化疗耐药性	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组	NA	转录组数据	NA
6900	2024-08-04	Mefloquine enhances the efficacy of anti-PD-1 immunotherapy via IFN-γ-STAT1-IRF1-LPCAT3-induced ferroptosis in tumors 2024-Mar-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008554 PMID:38471712	研究论文	本研究探讨了美氟喹如何通过IFN-γ-STAT1-IRF1-LPCAT3诱导肿瘤中的铁死亡来增强抗PD-1免疫疗法的疗效	发现美氟喹通过激活IFN-γ诱导的STAT1-IRF1信号通路来调节LPCAT3的表达，这一机制尚未被阐明	本研究未提供不同肿瘤类型的广泛比较数据	探讨美氟喹增强抗PD-1免疫疗法的机制	研究对象包括黑色素瘤和肺癌细胞	数字病理学	黑色素瘤与肺癌	RNA测序、实时定量PCR、蛋白质印迹、染色质免疫沉淀-qPCR	NA	转录组数据、单细胞RNA测序数据	临床数据分析涉及黑色素瘤患者与对照个体，具体样本大小未明确