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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6841 | 2024-08-04 |
Principled and interpretable alignability testing and integration of single-cell data
2024-Mar-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313719121
PMID:38416677
|
研究论文 | 该文章提出了一种可解释的单细胞数据对齐测试和集成的方法。 | 文章创新性地提出了SMAI框架,提供了严谨的统计检验以评估单细胞数据集的对齐能力,并保持数据结构的完整性。 | 现有方法缺乏对高维单细胞数据集是否可对齐的严格统计检验,并且在对齐过程中可能会严重扭曲数据。 | 研究旨在改进单细胞数据集成的方法,以提高分析的可靠性和可解释性。 | 本研究的对象是不同的单细胞数据集,包括真实和模拟的基准数据集。 | 数字病理学 | NA | 统计检验 | 谱流形对齐与推断框架 | 单细胞数据 | 多种真实和模拟的基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6842 | 2024-08-07 |
Adipocyte Precursor-Derived NRG1 Promotes Resistance to FGFR Inhibition in Urothelial Carcinoma
2024-03-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1398
PMID:38175774
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研究论文 | 本文研究了脂肪细胞前体衍生的NRG1如何促进尿路上皮癌对FGFR抑制剂的抵抗 | 发现脂肪细胞前体通过旁分泌方式促进对erdafitinib的抵抗,并揭示了NRG1通过激活ERBB3信号传导介导的抵抗机制 | NA | 探讨尿路上皮癌对FGFR抑制剂的抵抗机制 | 尿路上皮癌及其对FGFR抑制剂的抵抗 | 数字病理学 | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6843 | 2024-08-07 |
Adipose Stromal Cell-Derived Cancer-Associated Fibroblasts Suppress FGFR Inhibitor Efficacy
2024-03-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3904
PMID:38437636
|
研究论文 | 研究揭示了脂肪组织中的前体细胞通过分泌神经调节蛋白1(NRG1)激活HER3信号通路,导致尿路上皮癌对FGFR抑制剂erdafitinib产生耐药性 | 发现NRG1介导的FGFR抑制剂耐药性可通过pertuzumab抗体进行干预 | NA | 探讨脂肪组织来源的细胞如何影响癌症治疗效果 | 脂肪组织中的前体细胞及其在癌症治疗中的作用 | NA | 尿路上皮癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6844 | 2024-08-04 |
Stromal Signals Dominate Gene Expression Signature Scores That Aim to Describe Cancer Cell-intrinsic Stemness or Mesenchymality Characteristics
2024-02-23, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0383
PMID:38349551
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤微环境对EMT相关基因表达特征分数的影响 | 揭示了肿瘤样本中细胞成分主导EMT特征分数的现象 | 未能深入探讨非癌细胞的具体影响机制 | 验证非癌细胞在肿瘤特征评分中的主导作用 | 已发表的11个与EMT相关的基因表达特征 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序(RNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 分析了多个肿瘤类型的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6845 | 2024-08-07 |
EZH2 Inhibition Promotes Tumor Immunogenicity in Lung Squamous Cell Carcinomas
2024-02-13, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0399
PMID:38265267
|
研究论文 | 本研究探讨了抑制甲基转移酶增强子zeste 2 (EZH2)是否能增加肺鳞状细胞癌(LSCC)对免疫检查点抑制剂(ICI)的反应 | 首次证明EZH2抑制剂能增加MHC I/II类分子的表达,并通过单细胞RNA测序和免疫细胞分析揭示了肿瘤抑制表型的变化 | NA | 研究EZH2抑制剂在肺鳞状细胞癌中增强免疫检查点抑制剂反应的作用 | 肺鳞状细胞癌(LSCC) | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | 染色质免疫沉淀测序 | NA | mRNA和蛋白质 | 使用二维人类癌细胞系和三维小鼠及患者来源的类器官进行体外实验 | NA | NA | NA | NA |
| 6846 | 2024-08-07 |
Data-driven detection of age-related arbitrary monotonic changes in single-cell gene expression distributions
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16851
PMID:38344300
|
研究论文 | 本研究介绍了一种新的工作流程,用于检测单细胞表达谱中与年龄相关的任意单调变化分布 | 使用信息论量化分布差异,并通过距离矩阵进行关联分析 | NA | 理解衰老背后的机制 | 单细胞基因表达随年龄的变化 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6847 | 2024-08-04 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals the Heterogeneity of the Immune Landscape of IDH-Wild-Type High-Grade Gliomas
2024-02-02, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0211
PMID:38091354
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研究论文 | 本研究构建了IDH野生型高等级胶质瘤的免疫细胞单细胞转录组景观 | 揭示了肿瘤相关巨噬细胞的异质性及其在胶质瘤进展中的潜在作用,并探讨了T细胞的功能失调调节因子AHR | 研究主要聚焦于IDH-WT高等级胶质瘤,可能不适用于其他类型的胶质瘤 | 全面了解IDH-WT高等级胶质瘤的免疫微环境 | IDH-WT高等级胶质瘤患者的肿瘤组织和外周血单核细胞样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞转录组测序 | NA | RNA数据 | 肿瘤组织和外周血单核细胞的样本来自IDH-WT高等级胶质瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6848 | 2024-08-04 |
Signaling Pathway Alterations Driven by BRCA1 and BRCA2 Germline Mutations are Sufficient to Initiate Breast Tumorigenesis by the PIK3CAH1047R Oncogene
2024-01-05, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0330
PMID:38059556
|
研究论文 | 本研究生成了BRCA1和BRCA2突变携带者乳腺组织的单细胞转录组图谱,并与健康非携带者进行了比较 | 首次揭示了BRCA1和BRCA2突变对乳腺上皮细胞转录组的特定影响,并阐明了其与肿瘤发生的关系 | 本研究的样本仅限于BRCA1和BRCA2突变携带者,未能涵盖所有类型的乳腺癌变异 | 研究BRCA1和BRCA2突变在乳腺肿瘤发生中的信号通路改变 | BRCA1和BRCA2突变携带者及健康非携带者的乳腺上皮细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | BRCA1和BRCA2突变携带者的乳腺组织样本与健康非携带者样本进行比较 | NA | NA | NA | NA |
| 6849 | 2024-08-04 |
Spatial Distribution of Immune Cells Drives Resistance to Neoadjuvant Chemotherapy in Triple-Negative Breast Cancer
2024-01-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0076
PMID:37856875
|
研究论文 | 本研究利用空间转录组学探讨三阴性乳腺癌中免疫细胞的空间分布对新辅助化疗的影响 | 研究通过空间转录组学的方法,更深入地理解了三阴性乳腺癌生态系统的复杂元素及其与新辅助化疗反应之间的关系 | 研究基于回顾性病例系列,样本量相对较小,仅包含24名患者 | 旨在探索三阴性乳腺癌对新辅助化疗反应的机制 | 涉及24名三阴性乳腺癌患者,其中12名患者经历了病理完全反应,12名患者则未反应或疾病进展 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 24例三阴性乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6850 | 2024-08-07 |
Bexmarilimab Activates Human Tumor-Associated Macrophages to Support Adaptive Immune Responses in Interferon-Poor Immune Microenvironments
2024-01-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0350
PMID:37922365
|
研究论文 | 本文研究了bexmarilimab在干扰素贫乏的免疫微环境中激活人肿瘤相关巨噬细胞以支持适应性免疫反应的作用。 | 首次揭示了bexmarilimab在低基线干扰素信号的巨噬细胞中效果最佳,并阐明了其在免疫冷肿瘤中的应用潜力。 | 目前尚不清楚bexmarilimab在个体患者中治疗结果的机制。 | 探讨bexmarilimab在卵巢癌腹水巨噬细胞中的反应,并评估其在免疫冷肿瘤中的治疗效果。 | 卵巢癌腹水巨噬细胞及bexmarilimab的治疗效果。 | 免疫学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 6851 | 2024-08-07 |
Combination of Anti-PD-1 and Electroacupuncture Induces a Potent Antitumor Immune Response in Microsatellite-Stable Colorectal Cancer
2024-01-03, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0309
PMID:37956404
|
研究论文 | 研究电针(EA)与抗PD-1联合治疗在微卫星稳定(MSS)结直肠癌中的抗肿瘤效果 | 首次探讨了电针与抗PD-1联合治疗在MSS结直肠癌中的应用,并发现这种联合疗法通过激活STING通路增强了肿瘤的免疫反应 | 研究主要在动物模型中进行,需要进一步的临床试验验证其安全性和有效性 | 探索电针与抗PD-1联合治疗在MSS结直肠癌中的抗肿瘤效果及机制 | 微卫星稳定的结直肠癌 | 肿瘤学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个MSS结直肠癌小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 6852 | 2024-08-04 |
BCG vaccination stimulates integrated organ immunity by feedback of the adaptive immune response to imprint prolonged innate antiviral resistance
2024-Jan, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-023-01700-0
PMID:38036767
|
研究论文 | 本研究探讨了BCG疫苗如何通过适应性免疫反应反馈刺激整合的器官免疫。 | 展示了BCG疫苗通过CD4 T细胞在组织巨噬细胞和上皮细胞中的反馈作用,促进了持久的广泛先天抗病毒抵抗力。 | 仅在小鼠模型中进行,没有在人类实验中验证结果 | 揭示BCG疫苗对异源病原体的非特异性保护机制 | BCG疫苗接种的小鼠 | 免疫学 | 呼吸道疾病 | 流式细胞术, 空间转录组学 | 小鼠模型 | 生物样本数据 | 小鼠数量不明确,但涉及多种病毒感染 | NA | NA | NA | NA |
| 6853 | 2024-08-04 |
The exploration of mitochondrial-related features helps to reveal the prognosis and immunotherapy methods of colorectal cancer
2024-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.1914
PMID:37903487
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研究论文 | 该文章探讨了线粒体相关特征如何揭示结直肠癌的预后和免疫疗法方法 | 文章通过线粒体相关基因风险评分构建预后模型,并与其他模型进行比较,展示了新的预后评估方法 | 该研究可能仅限于数据库中的数据,临床实用性需要进一步验证 | 研究结直肠癌中线粒体特征与肿瘤微环境及免疫景观的关系 | 使用非负矩阵分解(NMF)对结直肠癌患者数据进行亚组分析 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 免疫组化和单细胞测序 | 风险评分模型 | 临床数据和基因数据 | 使用内外部队列的 CRC 患者数据进行广泛测试 | NA | NA | NA | NA |
| 6854 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA-sequencing to analyze the heterogeneity of hepatocellular carcinoma and establish a prognostic model
2024-01, Cancer reports (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/cnr2.1935
PMID:37994394
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据,分析肝细胞癌的异质性,并建立了一个预测模型 | 本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据,探讨了肝细胞癌肿瘤异质性与治疗反应和预后的关联,并开发了一个新的预测模型 | NA | 研究肝细胞癌肿瘤异质性与治疗反应和预后的关联 | 肝细胞癌的肿瘤细胞异质性 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | Cox比例风险模型 | RNA测序数据 | 数据来自TCGA和GEO数据库,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 6855 | 2024-08-07 |
The challenge of defining rare genetic programs by single-cell RNA sequencing: Insights from phloem studies
2024-01-01, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2023.12.012
PMID:38115581
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6856 | 2024-08-07 |
Deciphering the molecular and clinical characteristics of TREM2, HCST, and TYROBP in cancer immunity: A comprehensive pan-cancer study
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26993
PMID:38468942
|
研究论文 | 本研究全面分析了TREM2、HCST和TYROBP在多种癌症中的分子和临床特征,探讨了它们在肿瘤免疫治疗中的作用 | 首次进行了TREM2、HCST和TYROBP的泛癌分析,揭示了它们在免疫相关通路和巨噬细胞分化中的关键作用,并探讨了它们作为免疫治疗标志物的潜力 | NA | 探讨TREM2、HCST和TYROBP在肿瘤免疫治疗中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | TREM2、HCST和TYROBP在多种癌症中的分子和临床特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | mRNA表达数据 | 多种癌症类型 | NA | NA | NA | NA |
| 6857 | 2024-08-07 |
A gene signature linked to fibroblast differentiation for prognostic prediction of mesothelioma
2024-Mar-10, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01180-7
PMID:38462627
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研究论文 | 本研究旨在通过分析与成纤维细胞分化相关的基因集,开发一种新的恶性间皮瘤分类和预后预测模型 | 本研究首次识别了六种成纤维细胞亚型和三种分化状态,并基于这些发现提出了新的分类和预后模型 | 研究结果需要在更多的临床样本中进行验证 | 开发一种新的恶性间皮瘤分类和预后预测模型 | 恶性间皮瘤的成纤维细胞分化相关基因 | 数字病理学 | 间皮瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了来自NCBI-GEO, TCGA和MET-500数据库的数据,包括单细胞RNA测序数据、批量RNA测序数据和骨转移肿瘤的RNA测序信息 | NA | NA | NA | NA |
| 6858 | 2024-08-07 |
Knocking down of Xkr8 enhances chemotherapy efficacy through modulating tumor immune microenvironment
2024-Mar-10, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society
IF:10.5Q1
DOI:10.1016/j.jconrel.2024.03.011
PMID:38471639
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研究论文 | 本研究评估了通过调节肿瘤免疫微环境来增强化疗效果的策略,特别是通过敲低Xkr8与化疗联合治疗的效果。 | 本研究首次通过深度单细胞RNA测序揭示了Xkr8敲低如何影响肿瘤免疫微环境,并展示了其在增强化疗疗效中的应用。 | NA | 探讨Xkr8敲低与化疗联合治疗在增强抗肿瘤免疫反应和克服化疗免疫抵抗中的作用。 | Xkr8基因、化疗药物与肿瘤免疫微环境。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 6859 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals diverse B cell phenotypes in patients with anti-NMDAR encephalitis
2024-Mar, Psychiatry and clinical neurosciences
IF:5.0Q1
DOI:10.1111/pcn.13627
PMID:38063052
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序、单细胞B细胞受体测序等技术,分析了抗NMDAR脑炎患者与对照组的B细胞表型差异 | 首次详细描述了抗NMDAR脑炎患者脑脊液和外周血中B细胞亚群的组成和转录组特征,并发现非DN细胞在体外能分化为DN细胞和抗体分泌细胞 | 需要进一步研究DN细胞亚群对抗NMDAR脑炎中NR1-IgG抗体产生的潜在贡献 | 探讨抗NMDAR脑炎患者B细胞亚群的表型特征 | 抗NMDAR脑炎患者和对照组的B细胞 | 数字病理学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序, 流式细胞术, 酶联免疫吸附测定 | NA | RNA, B细胞受体序列, 细胞 | 抗NMDAR脑炎患者和对照组的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6860 | 2024-08-04 |
Quantifying the clusterness and trajectoriness of single-cell RNA-seq data
2024-Feb, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011866
PMID:38416795
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research paper | 本文提出了多个分数来量化单细胞RNA-seq数据的“聚类性”和“轨迹性”,即数据是呈现为独立的聚类还是连续的进程轨迹 | 引入了基于成对距离分布、持久同源性、向量大小、Ripley's K和连接度的多个新分数来评估数据的特性 | 研究可能受到模拟数据和真实数据领域的局限性影响 | 研究单细胞RNA-seq数据的聚类和轨迹推断的可视化差异 | 单细胞RNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 数据集 | 使用模拟数据集和真实单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |