单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7706 篇文献，本页显示第 6801 - 6820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6801 | 2024-08-07 |
An organism-wide atlas of hormonal signaling based on the mouse lemur single-cell transcriptome
2024-Mar-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46070-9
PMID:38467625
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研究论文 | 本研究利用鼠狐猴（Microcebus murinus）的全器官单细胞转录组图谱，系统地绘制了84类激素的源细胞和目标细胞 | 该研究揭示了先前未被表征的激素调控位点，并展示了激素信号网络密集连接、分散且富含反馈回路的特性 | NA | 旨在系统地研究激素信号在全器官水平上的作用 | 鼠狐猴的激素信号网络及其与人类的比较 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 涉及84类激素的源细胞和目标细胞 |
| 6802 | 2024-08-07 |
G protein subunit alpha i2's pivotal role in angiogenesis
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.92909
PMID:38505600
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研究论文 | 本研究探讨了Gαi2（G蛋白亚基alpha i2）在血管内皮细胞功能和血管生成中的潜在作用 | 首次详细研究了Gαi2在血管生成中的作用，并揭示了其在NFAT激活和内皮细胞激活中的关键角色 | NA | 研究Gαi2在血管生成中的作用及其对内皮细胞功能的影响 | Gαi2在血管内皮细胞中的表达及其对细胞增殖、迁移、侵袭和毛细血管形成的影响 | 生物学 | 糖尿病视网膜病变 | shRNA, CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及多种内皮细胞类型和实验小鼠模型 |
| 6803 | 2024-08-07 |
Dynamic pathological analysis reveals a protective role against skin fibrosis for TREM2-dependent macrophages
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.94121
PMID:38505612
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研究论文 | 本研究通过建立小鼠疾病模型并进行单细胞RNA测序，探讨了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用 | 首次揭示了TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的保护作用，并发现疾病相关TREM2巨噬细胞可能经历类似胎儿皮肤的再编程 | NA | 探讨TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的作用及其分子机制 | TREM2依赖性巨噬细胞在皮肤纤维化中的作用 | 数字病理学 | 皮肤纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类样本 |
| 6804 | 2024-08-07 |
An advanced comprehensive muti-cell-type-specific model for predicting anti-PD-1 therapeutic effect in melanoma
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.91626
PMID:38505619
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研究论文 | 本研究通过单核测序和多色免疫荧光染色技术，分析了黑色素瘤患者在接受抗PD-1治疗前后肿瘤组织的细胞亚群变化，并开发了一个基于这些亚群的预测模型，用于评估抗PD-1治疗的疗效 | 本研究首次描述了与抗PD-1治疗效果密切相关的四个细胞亚群，并构建了一个基于这些亚群的预测模型，为评估抗PD-1治疗效果提供了新方法 | 本研究主要集中在细胞亚群的识别和预测模型的开发，未详细探讨这些细胞亚群在抗PD-1治疗中的具体作用机制 | 探讨黑色素瘤患者接受抗PD-1治疗后的细胞亚群变化及其对治疗效果的影响 | 黑色素瘤患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单核测序 | 预测模型 | 细胞数据 | 多个黑色素瘤患者的肿瘤组织样本 |
| 6805 | 2024-08-07 |
Fibroblasts facilitate lymphatic vessel formation in transplanted heart
2024, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.92103
PMID:38505621
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研究论文 | 本研究探讨了心脏移植后淋巴管形成的机制，特别是激活的成纤维细胞在其中的作用 | 首次揭示了激活的成纤维细胞在心脏移植后淋巴管形成中的关键作用，并阐明了相关的信号通路 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类中验证这些发现 | 探究心脏移植后淋巴管形成的机制及其对移植心脏存活的影响 | 心脏移植后的淋巴管形成及激活的成纤维细胞的作用 | NA | NA | scRNA-seq, Elisa assay, Western blotting, Q-PCR, 免疫组织化学染色 | NA | 细胞数据 | 小鼠模型 |
| 6806 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of diverse microorganisms
2024-Apr, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-024-00708-y
PMID:38366032
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6807 | 2024-08-04 |
Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies
2024-Mar-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad011
PMID:37022699
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综述 | 本文讨论了单细胞RNA测序和空间解析转录组数据的差异表达分析的最新进展 | 本文填补了有关多条件、多样本实验设计的单细胞RNA测序和空间解析转录组数据差异表达基因检测的综述空白 | 缺乏对现有DE工具的系统评估 | 研究单细胞RNA-seq和空间解析转录组的差异表达分析 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组(SRT)数据的差异表达基因 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA |
| 6808 | 2024-08-04 |
An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data
2024-Mar-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac056
PMID:36752035
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研究论文 | 该文章提出了一种改进的层次变分自编码器模型，用于利用单细胞RNA-seq数据自动估算细胞间通信 | 提出了一种改进的HiVAE模型，通过学习细胞在已知配体-受体基因和所有基因上的潜在表示，提升了细胞间通信的估计准确性 | 使用的先前信息不足，仅涉及一部分细胞通信，可能导致假阳性或假阴性结果 | 旨在利用单细胞RNA-seq数据深入分析肿瘤微环境中的细胞间通信 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据，特别是人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA-seq | 层次变分自编码器（HiVAE） | RNA-seq数据 | 涉及人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集的单细胞样本 |
| 6809 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion
2024-Mar-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad017
PMID:37208992
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度信息融合的单细胞数据聚类方法scDeepFC | scDeepFC通过深度自编码器和深度图卷积网络有效融合基因属性信息和细胞拓扑信息，以提升聚类效果 | 目前仍未提及具体的计算复杂度或模型训练时间等限制 | 旨在通过深度学习技术提升单细胞转录组数据的聚类和数据插补能力 | 研究对象为单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 深度自编码器，深度图卷积网络 | 深度自编码器，图卷积网络 | 单细胞转录组数据 | 在真实单细胞数据集上进行了广泛实验 |
| 6810 | 2024-08-07 |
Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19
2024-Mar-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad025
PMID:37340787
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序数据与全基因组关联分析数据，揭示了流感病毒感染和COVID-19中与疾病相关的细胞类型 | 首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究相结合，以高分辨率解析流感疾病中的细胞多样性 | 研究结果需要在未来的研究中得到更多的关注和验证 | 揭示流感疾病和COVID-19的发病机制中与疾病相关的细胞类型 | 流感病毒感染和COVID-19的细胞类型关联 | 基因组学 | 流感 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因组数据 | 约70,000个细胞，涉及欧洲和东亚人群 |
| 6811 | 2024-08-07 |
Spatially Resolved Tumor Microenvironment Predicts Treatment Outcomes in Relapsed/Refractory Hodgkin Lymphoma
2024-Mar-20, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology
IF:42.1Q1
DOI:10.1200/JCO.23.01115
PMID:38113419
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研究论文 | 研究通过空间解析的肿瘤微环境（TME）生态系统，为复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤（r/r CHL）的治疗失败建立新型生物标志物 | 开发了一种新的预后模型RHL4S，利用TME生物学特性，适用于r/r CHL活检，为空间生物标志物的发展开辟了新途径 | NA | 描述空间解析的肿瘤微环境生态系统，建立与r/r CHL治疗失败相关的生物标志物 | 复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 成像质谱流式细胞术（IMC） | NA | 图像 | 71对原发诊断和复发活检样本 |
| 6812 | 2024-08-04 |
ISR inhibition reverses pancreatic β-cell failure in Wolfram syndrome models
2024-03, Cell death and differentiation
IF:13.7Q1
DOI:10.1038/s41418-024-01258-w
PMID:38321214
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研究论文 | 本研究探讨了Wolfram综合征中胰腺β细胞功能失衡的机制以及ISR抑制剂的治疗潜力 | 首次在Wolfram综合征模型中揭示ISR作为β细胞失功能的关键机制，并验证了ISR抑制剂的治疗效果 | 在研究中可能忽略了其他潜在的治疗路径或机制 | 研究Wolfram综合征模型中胰腺β细胞失功能的病因及潜在治疗方法 | WFS1缺乏的胰腺β细胞和小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 小鼠Wfs1特异性敲除模型 | 细胞数据 | 人体多能干细胞衍生的胰岛细胞(NA)和小鼠模型 |
| 6813 | 2024-08-04 |
Deep-qGFP: A Generalist Deep Learning Assisted Pipeline for Accurate Quantification of Green Fluorescent Protein Labeled Biological Samples in Microreactors
2024-Mar, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202301293
PMID:38010980
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研究论文 | 本文介绍了一种用于准确量化绿色荧光蛋白标记生物样本的深度学习辅助管道Deep-qGFP | Deep-qGFP是第一个成功实现于多种荧光标记场景的全能图像分析算法，适用于多种数字PCR和细胞测序技术，无需迁移学习或改动 | 当前方法在不同实验室的适应性和普遍性可能受限于不同设备测量的一致性 | 提高微反应器中绿色荧光蛋白标记样本的绝对量化精度和效率 | 使用标准实验室荧光显微镜对绿色荧光蛋白标记的微反应器进行检测和分类 | 机器学习 | NA | 荧光成像 | 深度学习模型 | 图像 | 超过2000个微反应器 |
| 6814 | 2024-08-04 |
Integrated analysis reveals crosstalk between pyroptosis and immune regulation in renal fibrosis
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1247382
PMID:38343546
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研究论文 | 这项研究探讨了程序性焦亡在肾纤维化中的免疫微环境调节中的潜在作用 | 本研究揭示了程序性焦亡与免疫调节之间的交叉作用，并识别了五种中心调节因子作为肾纤维化的生物标志物 | 本研究的局限性在于使用的是动物模型，可能无法完全反映人类肾纤维化的复杂性 | 研究肾纤维化中程序性焦亡与免疫微环境之间的关系 | 研究对象为肾纤维化患者的样本和小鼠模型 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包括肾纤维化和正常肾样本的27个程序性焦亡相关调节因子的评估 |
| 6815 | 2024-08-07 |
"The Good, the Bad, and the Ugly" - About Diverse Phenotypes of Hepatic Stellate Cells in the Liver
2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.002
PMID:38216053
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research paper | 本文探讨了肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物在慢性肝损伤进展中的多样性表型及其作用 | 利用遗传谱系追踪模型和单细胞转录组及蛋白质组分析技术，揭示了HSC和MF群体在健康状态及慢性肝损伤各阶段组织变形中的隐藏异质性 | NA | 识别HSC/MF轴上的不同表型，为针对特定MF表型作为慢性肝损伤潜在治疗方法奠定基础 | 肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物，即肌成纤维细胞（MFs） | NA | 肝病 | 遗传谱系追踪模型，单细胞转录组及蛋白质组分析 | NA | 转录组，蛋白质组 | NA |
| 6816 | 2024-08-07 |
Modeling gene expression cascades during cell state transitions
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109386
PMID:38500834
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和贝叶斯推理方法，对细胞状态转换过程中的基因表达动态变化进行建模 | 提出了一种贝叶斯推理方法来推断伪时间序列中细胞的转录动态，从而能够对基因表达的时序差异和调控基因相互作用进行分析 | NA | 研究细胞在分化或对外界刺激响应过程中的基因表达动态变化 | 小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯推理模型 | 基因表达数据 | 小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据 |
| 6817 | 2024-08-07 |
Colorectal Cancer-Associated Myofibroblasts Exhibit Enhanced Angiogenin Expression and Signaling via the PLXNB2 Receptor
2024-Apr, The Journal of surgical research
IF:1.8Q2
DOI:10.1016/j.jss.2023.12.036
PMID:38295715
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研究论文 | 本文研究了结直肠癌相关肌成纤维细胞中血管生成素表达及通过PLXNB2受体的信号传导 | 首次在人类结直肠癌组织中发现肌成纤维细胞中血管生成素和PLXNB2受体表达上调，并探讨了其在肿瘤-基质细胞通讯中的作用 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的直接验证 | 探讨血管生成素在人类结直肠癌中的作用及其与肌成纤维细胞的通讯机制 | 结直肠癌组织及其周围的肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 配对的正常人类结肠和结直肠癌组织样本 |
| 6818 | 2024-08-07 |
IDO1 Inhibition Promotes Activation of Tumor-intrinsic STAT3 Pathway and Induces Adverse Tumor-protective Effects
2024-Apr-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300545
PMID:38391297
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨IDO1抑制剂在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤细胞的影响 | 发现IDO1抑制剂不仅激活肿瘤内免疫细胞，还促进M2巨噬细胞的浸润和IL-6的分泌，进而激活JAK2/STAT3信号通路，导致肿瘤细胞在高度免疫活性下仍能存活 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现 | 探究IDO1抑制剂在癌症治疗中的临床失败原因及其对肿瘤微环境的影响 | IDO1抑制剂对肿瘤内免疫细胞和肿瘤细胞的影响 | 癌症治疗 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠结肠癌细胞CT26移植于BALB/C小鼠 |
| 6819 | 2024-08-04 |
Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170
PMID:38500993
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研究论文 | 本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因 | 本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因 | 缺乏临床验证和更大规模的样本确认 | 探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物 | 非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 6820 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity
2024-Mar-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92424
PMID:38497789
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能 | 首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型，并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能 | NA | 阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能 | 斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型 |