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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6801 | 2024-08-07 |
Decoding the Cell Atlas and Inflammatory Features of Human Intracranial Aneurysm Wall by Single-Cell RNA Sequencing
2024-Mar-05, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.123.032456
PMID:38390814
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人颅内动脉瘤壁的细胞图谱和炎症特征 | 首次在颅内动脉瘤壁中鉴定出具有ABCC9和HIGD1B特征的周细胞,并通过机器学习算法证实了巨噬细胞与动脉瘤破裂的关联 | NA | 深入了解颅内动脉瘤壁的细胞结构和炎症特征,为未破裂动脉瘤的治疗提供新思路 | 破裂和未破裂的人颅内动脉瘤壁 | 数字病理学 | 颅内动脉瘤 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA | 21,332个合格细胞,以及126名患者的血清学结果 | NA | NA | NA | NA |
| 6802 | 2024-08-04 |
TISSUE: uncertainty-calibrated prediction of single-cell spatial transcriptomics improves downstream analyses
2024-Mar, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02184-y
PMID:38347138
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研究论文 | 本文提出了一种新框架TISSUE,用于评估空间基因表达预测的不确定性,改善下游分析 | TISSUE框架利用保形推断提供良好校准的预测区间,并减少差异基因表达分析中的假发现率 | 未提及具体的局限性 | 提高单细胞空间转录组学预测的准确性及其下游分析 | 对小鼠成年人侧脑室区域的MERFISH空间转录组数据进行分析 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 11个基准数据集及一个小鼠数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6803 | 2024-08-04 |
Correcting PCR amplification errors in unique molecular identifiers to generate accurate numbers of sequencing molecules
2024-Mar, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02168-y
PMID:38317008
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研究论文 | 本研究探讨了PCR扩增误差对RNA分子绝对计数的准确性影响。 | 研究展示了一种使用同聚三聚体核苷酸块合成唯一分子标识符的方法,以纠正PCR错误并实现精确计数。 | 研究未提及样本数量及多样性限制。 | 探讨PCR扩增误差对RNA分子计数准确性的影响。 | 研究对象为RNA分子及其测序数据。 | 数字病理 | NA | PCR | NA | RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6804 | 2024-08-04 |
In situ single-cell profiling sheds light on IFI27 localisation during SARS-CoV-2 infection
2024-Mar, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105016
PMID:38377798
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研究论文 | 本研究利用单细胞空间转录组技术描绘了SARS-CoV-2感染期间的免疫反应 | 首次识别了在感染部位M1巨噬细胞中IFI27的高表达 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染下的免疫反应 | 感染部位的M1巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞空间转录组技术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6805 | 2024-08-04 |
PI3K/mTOR is a therapeutically targetable genetic dependency in diffuse intrinsic pontine glioma
2024-Feb-06, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI170329
PMID:38319732
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研究论文 | 本文探讨了针对弥漫性内在脑干胶质瘤的治疗靶点和组合疗法的潜力 | 识别了PIK3CA和MTOR作为可靶向的分子依赖性,并提出了paxalisib与二甲双胍及标准放疗联合的临床相关治疗策略 | 研究主要基于小鼠模型,临床应用仍需进一步验证 | 开发有效的针对弥漫性中线胶质瘤的治疗策略 | 研究弥漫性内在脑干胶质瘤患者衍生模型及其针对性治疗效果 | 数字病理学 | NA | CRISPR/Cas9基因删除筛选,空间转录组学,ATAC-Seq | 正交肿瘤模型 | 分子数据 | 多种患者衍生和免疫相容性的异种移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 6806 | 2024-08-07 |
Amphiregulin switches progenitor cell fate for lineage commitment during gastric mucosal regeneration
2024-Mar-14, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2024.03.009
PMID:38492892
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研究论文 | 研究胃黏膜再生过程中,Amphiregulin如何调控前体细胞的谱系承诺 | 首次揭示了Amphiregulin在胃黏膜再生中对前体细胞谱系承诺的调控作用 | NA | 探讨胃黏膜损伤后前体细胞微环境的调控机制 | 胃黏膜中的Isthmic前体细胞及其在再生过程中的谱系承诺 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胃黏膜上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6807 | 2024-08-04 |
BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis
2024-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01664-3
PMID:38413725
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研究论文 | 本研究提出了一种名为BANKSY的算法,用于统一细胞类型和组织区域的空间聚类问题 | 通过将细胞嵌入到自身和局部邻域转录组的乘积空间中,BANKSY提供了一种新的空间特征增强策略,显著提高了任务性能 | NA | 研究旨在提供一种准确且可扩展的框架,以分析空间分辨的组学数据 | 主要研究对象为细胞类型和组织域在空间组学数据中的聚类 | 数字病理学 | NA | RNA测序,蛋白质成像 | NA | RNA和蛋白质图像数据 | 数百万个细胞数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6808 | 2024-08-07 |
Temporal transcriptomic dynamics in developing macaque neocortex
2024-Feb-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.90325
PMID:38415809
|
研究论文 | 研究描述了猕猴新皮质发育过程中的转录组动态变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术,构建了猕猴新皮质发育的转录组图谱,揭示了从干细胞到神经元的分化轨迹 | NA | 探究人类和非人灵长类新皮质神经发生中的转录调控 | 猕猴的顶叶新皮质在不同发育阶段的转录组变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 在E40、E50、E70、E80和E90五个时间点采集的猕猴顶叶样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6809 | 2024-08-04 |
The E3 ubiquitin ligase MARCH2 protects against myocardial ischemia-reperfusion injury through inhibiting pyroptosis via negative regulation of PGAM5/MAVS/NLRP3 axis
2024-Feb-27, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00622-3
PMID:38409220
|
研究论文 | 本研究揭示了E3泛素连接酶MARCH2通过负调控PGAM5/MAVS/NLRP3通路抑制心肌细胞焦亡,从而保护心脏免受缺血-再灌注损伤的机制 | 发现MARCH2通过促进PGAM5的K48连接聚泛素化和蛋白酶体降解,抑制心肌细胞中的NLRP3炎症小体激活 | 本研究未涉及在临床试验中的应用及长期效应 | 研究MARCH2在心肌缺血-再灌注损伤中的保护作用及其机制 | 人心脏和小鼠心脏中的MARCH2表达水平及其对心肌细胞的影响 | 心血管疾病 | 心肌缺血 | 单细胞RNA-seq | NA | RNA测序数据 | 人心脏和小鼠心脏的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6810 | 2024-08-04 |
Molecular classification and tumor microenvironment characteristics in pheochromocytomas
2024-Feb-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.87586
PMID:38407266
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研究论文 | 本研究对嗜铬细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境进行了单细胞转录组分析 | 提出了一种基于单细胞转录组的分子分类和微环境特征分析,为嗜铬细胞瘤的潜在治疗策略提供线索 | CD8 T细胞浸润缺乏的情况限制了对免疫治疗效果的评估 | 探讨嗜铬细胞瘤的细胞分子特征及其免疫微环境 | 对4名散发性未分类嗜铬细胞瘤患者和1名具有冯·希佩尔-林道综合征的遗传性患者的组织进行研究 | 数字病理学 | 嗜铬细胞瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 组织样本 | 16个组织样本,来自5名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6811 | 2024-08-07 |
The platelet-related genes associated with the prognosis of HCC by regulating cycling T cell and prolif-TAMs
2024-Mar-15, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26798
PMID:38486758
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研究论文 | 本研究通过TCGA和ICGC数据库分析了92个与肝细胞癌(HCC)相关的差异表达的血小板相关基因(PRGs),并开发了PRGs预后标志物,揭示了这些基因在HCC中的潜在机制。 | 首次详细探讨了血小板相关基因在HCC中的预后价值及其对免疫微环境的调控作用。 | 研究主要基于数据库分析,需要进一步的实验验证。 | 构建与HCC相关的血小板相关基因风险标志物,并揭示其调控免疫微环境的潜在机制。 | 血小板相关基因在HCC中的表达及其预后价值。 | 数字病理学 | 肝癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 92个差异表达的血小板相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 6812 | 2024-08-04 |
The HIF-1α/PLOD2 axis integrates extracellular matrix organization and cell metabolism leading to aberrant musculoskeletal repair
2024-Mar-12, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-024-00320-0
PMID:38472175
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研究论文 | 本文研究了HIF-1α/PLOD2轴在异常骨骼修复中的作用 | 揭示了HIF-1α在间充质前体细胞中调控胶原蛋白交叉链接的分子机制 | 实验仅在小鼠模型中进行,可能无法完全代表人类情况 | 探讨缺氧信号在肌肉骨骼损伤后细胞命运和细胞外基质组织中的作用 | 研究对象是间充质前体细胞和异位骨化模型 | 数字病理学 | 异位骨化 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学分析 | NA | RNA序列数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 6813 | 2024-08-04 |
Molecular, Metabolic, and Subcellular Mapping of the Tumor Immune Microenvironment via 3D Targeted and Non-Targeted Multiplex Multi-Omics Analyses
2024-Feb-20, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16050846
PMID:38473208
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研究论文 | 本研究开发了一种整合多重空间分辨的多组学平台,研究肿瘤免疫微环境的三维映射 | 提出了一种新颖的方法,通过多重组学分析实现了对肿瘤免疫微环境的空间和单细胞分辨率的研究 | 在研究中仅使用了两种妇科肿瘤样本,可能不足以普遍适用于所有类型的肿瘤 | 研究肿瘤免疫微环境中细胞间及细胞与细胞外基质的相互作用 | 两种福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)妇科肿瘤样本 | 数字病理学 | NA | 非靶向质谱成像、空间转录组学、靶向seqIF | NA | 图像 | 两种福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6814 | 2024-08-04 |
Single-cell division tracing and transcriptomics reveal cell types and differentiation paths in the regenerating lung
2024-Mar-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46469-4
PMID:38472236
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研究论文 | 本研究结合小鼠模型和单细胞转录组学,揭示了再生肺的细胞类型和分化路径 | 首次展示了Krt13基底细胞与Krt15俱乐部细胞之间的中间细胞状态,并揭示了腺泡细胞作为积极分裂的前体细胞 | 未提及具体的样本数量和实验限制 | 理解肺上皮再生中的分子和细胞过程,以促进肺疾病的治疗方法发展 | 特定上皮细胞类型的损伤小鼠模型,细胞分裂功能标记细胞和单细胞转录组学 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6815 | 2024-08-07 |
Combined IL6 and CCR2 blockade potentiates antitumor activity of NK cells in HPV-negative head and neck cancer
2024-Mar-12, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03002-1
PMID:38468260
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研究论文 | 本研究探讨了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中,联合阻断IL6和CCR2通路对NK细胞抗肿瘤活性的增强作用 | 首次展示了在HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌中,通过联合阻断IL6和CCR2通路可以有效增强NK细胞的抗肿瘤活性 | NA | 探索增强NK细胞在HPV阴性头颈部鳞状细胞癌中的抗肿瘤活性的新治疗方法 | HPV阴性的头颈部鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 使用了HPV阳性和阴性的头颈部鳞状细胞癌细胞系及同种异体小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 6816 | 2024-08-07 |
Single-cell integrative analysis reveals consensus cancer cell states and clinical relevance in breast cancer
2024-Mar-12, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-03127-0
PMID:38472225
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据,揭示了乳腺癌中跨患者复现的七种共识癌细胞状态及其临床相关性 | 首次系统地阐明了共识癌细胞状态的生物学功能、亚型特异性分布、潜在起源细胞及其相互关系,并揭示了肿瘤微环境中内部调节子和外部细胞成分对这些状态的贡献 | NA | 揭示乳腺癌中常见的癌细胞状态及其驱动因素,并探索其与临床结果的关联 | 乳腺癌中的癌细胞状态及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个独立数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6817 | 2024-08-07 |
Decoding gene regulatory circuitry underlying TNBC chemoresistance reveals biomarkers for therapy response and therapeutic targets
2024-Mar-12, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00529-6
PMID:38472332
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据,揭示了三阴性乳腺癌(TNBC)化疗耐药性的基因调控机制,并发现了潜在的治疗反应生物标志物和治疗靶点 | 本研究首次通过单细胞转录组数据和全基因组H3K27ac标记映射,揭示了TNBC化疗耐药性的表观遗传和转录因子网络 | NA | 揭示三阴性乳腺癌化疗耐药性的分子机制,并发现新的治疗策略 | 三阴性乳腺癌患者及其化疗耐药性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6818 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing reveals critical modulators of extracellular matrix of penile cavernous cells in erectile dysfunction
2024-03-11, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-56428-0
PMID:38467692
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研究论文 | 这项研究揭示了勃起功能障碍(ED)中阴茎海绵细胞外基质的关键调节因子 | 该研究首次利用单细胞RNA测序描绘了ED中阴茎海绵细胞的转录组图谱,并揭示了细胞与细胞之间的相互作用 | 该研究可能未能完全阐明所有细胞类型之间的相互作用和复杂性 | 研究ED与细胞外基质(ECM)之间的关系 | 分析ED与非ED样本中82,554个海绵单细胞的转录组特征 | 数字病理学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | 82,554个海绵单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6819 | 2024-08-04 |
Identification of robust cellular programs using reproducible LDA that impact sex-specific disease progression in different genotypes of a mouse model of AD
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582178
PMID:38464087
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研究论文 | 本文开发了一个可重复的LDA(rLDA)包,以识别影响老年痴呆症小鼠不同基因型的性别特异性疾病进展的细胞程序 | 提出了Topyfic,一个可重复的LDA包,能够更准确地推断单细胞数据中细胞程序的身份和活性 | LDA的可解释性受制于超参数选择及随机初始化导致的主题定义变异性 | 识别在单细胞RNA-seq数据分析中活跃的细胞程序 | 研究老年痴呆症小鼠模型中不同基因型的细胞类型及其状态 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | LDA | 基因表达数据 | 使用了两种5xFAD小鼠模型的脑单细胞和单核数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6820 | 2024-08-04 |
Comprehensive analysis of the effects of the cuprotosis-associated gene SLC31A1 on patient prognosis and tumor microenvironment in human cancer
2024-Feb-29, Translational cancer research
IF:1.5Q4
DOI:10.21037/tcr-23-1308
PMID:38482443
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研究论文 | 本研究分析了SLC31A1基因在多种癌症中的表达与预后及肿瘤微环境的关系 | 提出SLC31A1作为癌症能量代谢相关的潜在靶点,提供新的治疗方向 | 未详细探讨不同癌症中SLC31A1的具体功能机制 | 探索SLC31A1在癌症中的生物功能及其预后价值 | 分析SLC31A1在多种癌症中的表达、突变、甲基化及免疫细胞浸润等 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序、RT-qPCR、WB | NA | 基因表达数据 | 涉及多种癌症组织的样本 | NA | NA | NA | NA |