单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6781	2024-08-04	Modulating inflammation with interleukin 37 treatment ameliorates murine Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease 2024-Apr, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.006 PMID:38158181	研究论文	本研究探讨了抗炎细胞因子IL37b作为治疗常染色体显性多囊肾病（ADPKD）的潜力。	发现IL37b通过促进干扰素信号通路抑制囊肿的形成，提出了其作为ADPKD潜在治疗的可能性。	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需验证。	探讨IL37b在治疗常染色体显性多囊肾病中的作用。	使用遗传小鼠模型研究IL37b对ADPKD的影响。	数字病理学	常染色体显性多囊肾病	RNA-seq	转基因小鼠	基因组数据	多个ADPKD小鼠模型
6782	2024-08-07	CYBB-Mediated Ferroptosis Associated with Immunosuppression in Mycobacterium leprae-Infected Monocyte-Derived Macrophages 2024-Apr, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.10.012 PMID:37925067	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的初始反应，并发现了一种主要类型的替代激活巨噬细胞，该巨噬细胞过度表达NEAT1、CCL2和CD163。进一步的功能分析显示，铁死亡与巨噬细胞的M2极化呈正相关，且体外实验表明抑制铁死亡有助于麻风分枝杆菌在巨噬细胞内的存活。	本研究首次揭示了CYBB作为关键分子在麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中促进铁死亡，进而导致M2极化和免疫逃逸的机制。	本研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，未来需要更多的体内实验和临床数据来验证这些发现。	探讨麻风分枝杆菌感染的巨噬细胞中铁死亡与M2极化的关系及其分子机制。	健康个体中由单核细胞衍生的巨噬细胞对麻风分枝杆菌感染的反应。	NA	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA	4名健康个体
6783	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
6784	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
6785	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
6786	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据
6787	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
6788	2024-08-04	Adipose tissue macrophage heterogeneity in the single-cell genomics era 2024-Feb, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100031 PMID:38354858	研究论文	文章讨论了在单细胞基因组学时代脂肪组织巨噬细胞的异质性	提出了单细胞转录组技术能够揭示脂肪组织巨噬细胞的高度异质性	需要进一步研究以更好地理解ATMs和肥胖对其影响的复杂性	探讨肥胖及其引发的炎症如何影响脂肪组织巨噬细胞	主要研究脂肪组织巨噬细胞(ATMs)的异质性及其特征	数字病理	2型糖尿病	单细胞转录组技术	NA	基因组数据	NA
6789	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2024-Jan-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87607 PMID:38206124	研究论文	本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术，以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序，并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型	本研究的局限性未具体提到，故为NA	本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性	本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组	数字病理学	肝癌	长读取测序	NA	转录组	447个转录组样本
6790	2024-08-07	Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion 2024-01-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.261145 PMID:38108421	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞（MSCs）在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性	首次展示了在预转移阶段，MSCs向癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化如何促进TNBC的侵袭和转移	NA	研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质（ECM）硬化对乳腺癌侵袭性的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）中的间充质干细胞（MSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及高侵袭性三阴性乳腺癌（TNBC）的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞
6791	2024-08-07	The pelvic organs receive no parasympathetic innervation 2024-Mar-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91576 PMID:38488657	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成，这些神经元与交感神经元有亲缘关系，但不与副交感神经元相关。研究还表明，脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触，这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此，盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配，而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配，负责其特有的功能。	本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系，并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。	NA	探讨盆腔器官的自主神经支配机制	小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
6792	2024-08-07	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探讨了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个新的EIF3C相关CD8+ T细胞签名（ETS）模型，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	本研究首次构建了EIF3C相关CD8+ T细胞签名模型，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	NA	探索EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并开发新的生物标志物以准确预测免疫治疗效果	EIF3C在鼻咽癌中的表达及其对CD8+ T细胞浸润的影响	数字病理学	鼻咽癌	scRNA-seq	lasso算法	RNA序列	NA
6793	2024-08-04	Development of a novel lncRNA-derived immune gene score using machine learning-based ensembles for predicting the survival of HCC 2024-Feb-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05608-6 PMID:38334792	研究论文	本文开发了一种新型的lncRNA衍生免疫基因评分模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的生存率	提出了一种基于机器学习的集成方法来建立lncRNA和免疫基因评分模型	研究中使用的单细胞测序数据可能无法完全代表患者体内的真实免疫环境	开发一个准确的预测模型以评估肝细胞癌患者的生存期	肝细胞癌患者的mRNA和lncRNA表达谱	机器学习	肝癌	单细胞测序	NA	mRNA和lncRNA表达数据	使用了来自TCGA、GEO和ICGC的数据集进行模型验证
6794	2024-08-04	Identification and validation of Golgi apparatus-related signature for predicting prognosis and immunotherapy response in breast cancer 2024-Feb-01, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05612-w PMID:38300336	研究论文	本研究旨在探讨高尔基体相关基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应评估中的预测价值	识别并验证了一种由394个高尔基体相关基因组成的预后风险特征，可以有效区分乳腺癌患者的高风险和低风险组	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中高尔基体相关基因的预测价值	乳腺癌患者的数据和样本	数字病理学	乳腺癌	qPCR和单细胞测序	Cox回归分析	转录组数据和临床数据	涉及394个与乳腺癌预后显著相关的高尔基体相关基因
6795	2024-08-07	Integrated epigenetic and transcriptional single-cell analysis of t(11;14) multiple myeloma and its BCL2 dependency 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023020276 PMID:37729611	研究论文	本研究通过整合单细胞水平的ATAC-seq和RNA-seq分析，探讨了t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控及其对BCL2依赖性的影响	首次在原代多发性骨髓瘤细胞中整合单细胞ATAC-seq和scRNA-seq分析，以获得与t(11;14)多发性骨髓瘤生物学和维奈托克抗药性相关的表观遗传调控和转录组的更深层次解析	NA	研究t(11;14)多发性骨髓瘤的表观遗传调控及其对BCL2依赖性的生物学基础	t(11;14)多发性骨髓瘤及其对BCL2抑制剂维奈托克的敏感性	数字病理学	多发性骨髓瘤	ATAC-seq, RNA-seq	NA	单细胞数据	原代多发性骨髓瘤样本
6796	2024-08-07	Chronic active Epstein-Barr virus disease originates from infected hematopoietic stem cells 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021074 PMID:37824804	研究论文	本研究通过多种检测方法，包括定量聚合酶链反应、PrimeFlow和单细胞RNA测序，分析了慢性活动性EB病毒病（CAEBV）患者的骨髓和外周血细胞，揭示了CAEBV疾病的起源及其对免疫系统的影响	首次通过单细胞RNA测序等技术证实CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞，并展示了EBV感染对免疫系统的具体影响	研究样本量较小，仅包括5名CAEBV患者和少数对照组，可能影响结果的普遍性	探究慢性活动性EB病毒病的病因及其对免疫系统的影响	慢性活动性EB病毒病患者的骨髓和外周血细胞	NA	慢性活动性EB病毒病	定量聚合酶链反应、PrimeFlow、单细胞RNA测序	NA	RNA	5名CAEBV患者、1名EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者和2名健康对照
6797	2024-08-04	CCNA2 and NEK2 regulate glioblastoma progression by targeting the cell cycle 2024-May, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14339 PMID:38516683	研究论文	该研究旨在探究CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的分子机制	首次系统阐明CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤进展中的作用，并建立了生存预测的诺模图	目前研究中并未明确说明样本量和不同亚类型的详细数据	探讨CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的特定功能和分子机制	胶质母细胞瘤中CCNA2和NEK2的表达及其预后	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、西方印迹法和免疫组化染色	NA	基因表达数据	NA
6798	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
6799	2024-08-04	Machine learning combined with single-cell analysis reveals predictive capacity and immunotherapy response of T cell exhaustion-associated lncRNAs in uterine corpus endometrial carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111077 PMID:38311301	研究论文	本研究建立了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的预测模型并研究了其免疫特征	首次探讨了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的作用，并建立了相关的预测模型	研究主要基于公共数据库的数据，可能存在信息的偏倚和不足	建立与子宫体内膜癌 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 的预测模型	与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA	数字病理学	子宫体内膜癌	转录组和单细胞测序	逻辑回归模型	基因表达数据	使用癌症基因组图谱和基因表达综合数据库中的数据，具体样本数量未提及
6800	2024-08-07	Multi-omics reveals the switch role of abnormal methylation in the regulation of decidual macrophages function in recurrent spontaneous abortion 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111071 PMID:38295895	研究论文	本文通过整合转录组学、DNA甲基化组学和单细胞RNA测序，探讨了DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	首次系统地描绘了异常DNA甲基化在调控蜕膜巨噬细胞功能中的作用，为复发性自然流产的发生机制提供了新的见解	NA	阐明DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	复发性自然流产中的DNA甲基化和蜕膜细胞功能	数字病理学	生殖系统疾病	转录组学、DNA甲基化组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据	涉及22个低甲基化的CpG位点和16个关键通路