单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-05-13	Immunomodulatory Role of the Stem Cell Circadian Clock in Muscle Repair 2024-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.24.595728 PMID:38854114	research paper	该研究揭示了肌肉干细胞中的生物钟如何通过调节免疫微环境来影响肌肉再生	发现了肌肉干细胞生物钟通过NAD+代谢节律调控炎症反应基因的时间依赖性表达，揭示了CCL2在生物钟依赖的干细胞-中性粒细胞互作中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类肌肉再生中的类似机制仍需验证	探索生物钟调控肌肉干细胞免疫调节功能的分子机制	肌肉干细胞及其免疫微环境	细胞生物学	肌肉损伤	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
662	2025-05-13	scRNA-seq analysis of cells comprising the amphioxus notochord 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.003 PMID:38224933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析文昌鱼脊索细胞的基因表达特征	首次在单细胞水平上揭示了文昌鱼脊索细胞的基因表达特征，并发现脊索中存在优先表达的肌原纤维基因	研究仅关注文昌鱼脊索细胞，未与其他脊索动物进行直接比较	解析脊索细胞的组成和功能，为理解脊索动物的起源和进化提供证据	文昌鱼脊索细胞	基因组学	NA	Iso-seq分析, 单细胞RNA-seq分析, 原位杂交(ISH)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量
663	2025-05-13	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-04, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的作用	揭示了中性粒细胞通过FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜细胞再生的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	阐明心脏再生早期事件中的关键细胞类型和分子机制	斑马鱼心脏再生过程中的中性粒细胞和心外膜细胞	再生医学	心血管疾病	scRNA-seq分析	斑马鱼心脏损伤模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但使用了1 dpa（损伤后1天）的中性粒细胞进行scRNA-seq分析
664	2025-05-12	scMitoMut for calling mitochondrial lineage-related mutations in single cells 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf072 PMID:40036721	研究论文	介绍了一个名为scMitoMut的R包，用于在单细胞水平准确识别与线粒体谱系相关的突变	利用基于beta-二项分布的统计方法为每个突变分配质量q值，提高了谱系相关突变检测的敏感性和精确度	未提及具体的局限性	开发一个高效的工具，用于单细胞测序中线粒体DNA突变的检测，以促进细胞谱系追踪	线粒体DNA（mtDNA）	生物信息学	结直肠癌	单细胞DNA测序、scATAC测序、10× Genomics单细胞多组学测序	NA	单细胞测序数据	混合细胞系群体、人类结直肠癌scATAC数据集、血液或脑组织细胞
665	2025-05-12	Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone 2024-Aug-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1 PMID:39149484	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，发现载脂蛋白E（ApoE）是生长板静息区软骨细胞的新标记物	首次发现ApoE作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标记物，解决了该领域缺乏特异性标记物的问题	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	寻找生长板静息区软骨细胞的特异性标记物	小鼠和人类生长板静息区软骨细胞	分子生物学	骨骼发育疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、荧光原位杂交（FISH）	ApoE-mCherry敲入小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及小鼠模型和人类生长板样本
666	2025-05-12	STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295 PMID:40031511	研究论文	提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像预测空间转录组学数据	引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并采用Cross-WSI Transformer模块高效捕获跨WSI的斑点关系	未明确提及具体局限性	开发一种更准确预测空间转录组学数据的深度学习方法	结直肠癌组织学图像和空间转录组学数据	数字病理学	结直肠癌	深度学习	Transformer	图像	内部和外部数据集（具体数量未提及）
667	2025-05-12	HyperCell: Advancing Cell Type Classification with Hyperdimensional Computing 2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782122 PMID:40039180	research paper	提出了一种利用超维计算提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类准确性的新方法	首次将超维计算应用于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类，提高了分类准确性	未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类的准确性	单细胞RNA测序数据	genomics	NA	scRNA-seq, 超维计算	QuantHD	基因表达数据	多个数据集（具体数量未提及）
668	2025-05-12	Genetic and transcriptomic landscape of colonic diverticulosis 2024-05-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2023-331267 PMID:38443061	研究论文	通过遗传和转录组学研究结肠憩室病的遗传和细胞决定因素及其与其他胃肠道疾病的关系	首次整合DNA和RNA测序数据，结合单细胞RNA-seq和全基因组关联研究，揭示了结肠憩室病的遗传和转录组学特征	研究样本量相对较小，且仅针对特定人群	揭示结肠憩室病的遗传和细胞机制及其与其他胃肠道疾病的关联	404例结肠憩室病患者（172例）和对照者（232例）的结肠组织	遗传学与转录组学	结肠憩室病	DNA测序、RNA测序、单细胞RNA-seq、全基因组关联研究（GWAS）、孟德尔随机化（MR）	多基因风险评分（PRS）	遗传数据、转录组数据	404例（172例憩室病患者，232例对照）
669	2025-05-11	Multi-omics analyses and machine learning prediction of oviductal responses in the presence of gametes and embryos 2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598905 PMID:38915688	研究论文	通过多组学分析和机器学习预测，研究输卵管在配子和胚胎存在下的适应性反应	结合bulk RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，开发了一种基于transformer的新型机器学习模型，整合转录组学和蛋白质组学数据预测转录因子对蛋白质丰度的影响	研究主要基于小鼠模型，与人类输卵管炎症反应的比较数据有限	阐明输卵管与配子/胚胎之间的适应性相互作用机制	小鼠输卵管组织及输卵管液	生物信息学	NA	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 蛋白质组学	transformer	RNA-seq数据, 蛋白质组数据	不同交配后时间点(0.5/1.5/2.5 dpc)的小鼠远端和近端输卵管组织
670	2025-05-11	MCAM is a prognostic biomarker in patients with liver cirrhosis and HCC 2024-Oct-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000532 PMID:39992088	研究论文	本研究探讨了黑色素瘤细胞粘附分子（MCAM）在慢性肝病、肝硬化和肝细胞癌（HCC）患者中的表达，并评估了可溶性MCAM（sMCAM）作为预后血液生物标志物的潜力	首次提出sMCAM作为肝硬化和HCC的预后血液生物标志物，并证明其诊断性能与现有标志物相当	样本量相对较小，尤其是健康对照组仅有8例	评估sMCAM作为肝硬化和HCC预后血液生物标志物的潜力	慢性肝病、肝硬化和HCC患者	生物标志物研究	肝硬化和肝细胞癌（HCC）	单细胞RNA测序和免疫组织化学分析	NA	转录组数据和血浆样本	健康对照组8例，慢性肝病患者66例，肝硬化患者236例，HCC患者72例
671	2025-05-11	Modulation of blood-tumor barrier transcriptional programs improves intra-tumoral drug delivery and potentiates chemotherapy in GBM 2024-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.26.609797 PMID:39253453	研究论文	本研究通过调节血肿瘤屏障的转录程序，改善了药物在胶质母细胞瘤中的递送并增强了化疗效果	发现了一个与血肿瘤屏障相关的12基因特征，并确认了CDH5在这一过程中的核心作用，以及BIA作为血肿瘤屏障调节剂的双功能特性	研究主要基于小鼠模型和患者来源的异种移植模型，尚未在人体临床试验中验证	提高胶质母细胞瘤化疗药物的递送效率	胶质母细胞瘤的血肿瘤屏障	肿瘤学	胶质母细胞瘤	空间转录组学	小鼠模型和患者来源的异种移植模型	基因表达数据	患者来源的胶质母细胞瘤标本和小鼠模型
672	2025-05-11	Single-cell analysis identifies distinct CD4+ T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity-related asthma 2024-Aug-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607447 PMID:39211259	研究论文	通过单细胞分析鉴定了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次在肥胖相关哮喘中识别出具有CDC42上调的CD4+ T细胞亚型及其与类固醇抵抗的关联	研究未涉及这些T细胞亚型如何具体导致类固醇抵抗的机制	探究儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的异质性及其病理作用	肥胖相关哮喘患儿的CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞样本
673	2025-05-11	Cross-species imputation and comparison of single-cell transcriptomic profiles 2024-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.19.563173 PMID:37905060	research paper	开发了一个名为Icebear的神经网络框架，用于跨物种预测和比较单细胞转录组图谱	Icebear能够将单细胞测量分解为细胞身份、物种和批次因子，实现跨物种单细胞基因表达谱的准确预测	未明确提及具体的技术或应用限制	理解进化过程中的调控变化并将模型生物的知识转移到人类	单细胞RNA测序（scRNA-seq）图谱	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
674	2025-05-11	Phylogeny and species delimitation of ciliates in the genus Spirostomum (Class, Heterotrichea) using single-cell transcriptomes 2024-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.29.596006 PMID:38854132	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术对Spirostomum属的纤毛虫进行系统发育和物种界定分析	首次利用单细胞转录组数据和基于串联和溯祖的方法进行物种树推断和界定，揭示了该属中至少存在九个隐存种	样本主要来自韩国和美国，可能无法完全代表该属的全球多样性	阐明Spirostomum属纤毛虫的系统发育关系并界定物种边界	Spirostomum属的纤毛虫	进化生物学	NA	单细胞转录组测序(scRNA-seq)	多物种溯祖模型(MSC)	转录组数据	25个物种群体(代表6个形态种)，37个群体样本和265个蛋白质编码基因
675	2025-05-11	Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma 2024-May-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.03.029 PMID:38653236	研究论文	本研究结合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法，揭示了胶质母细胞瘤的多层组织结构	发现了胶质瘤细胞状态的三种主要组织模式，并揭示了缺氧作为长程组织者的作用	研究结果可能不适用于无缺氧的低级别IDH突变胶质瘤	揭示胶质母细胞瘤细胞状态的组织结构	胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	空间转录组学, 空间蛋白质组学, 计算方法	NA	空间转录组数据, 空间蛋白质组数据	NA
676	2025-05-11	A new dawn for the study of cell type evolution 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200884 PMID:38722217	综述	本文探讨了细胞类型进化研究的新方法和挑战	强调了单细胞转录组学在细胞类型进化研究中的应用，并指出了未来探索的方向	未提及具体的研究数据或样本量，可能缺乏实证支持	理解细胞类型在动物进化中的作用	细胞类型的进化和同源性	基因组学	NA	单细胞转录组学、基因编辑工具	NA	基因组数据	NA
677	2025-05-11	Single-cell transcriptome analysis reveals intratumoral heterogeneity in lung adenocarcinoma 2024-Mar, Environmental toxicology IF:4.4Q1 DOI:10.1002/tox.24048 PMID:38133212	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示肺腺癌的瘤内异质性	利用单细胞RNA测序技术深入分析肺腺癌的瘤内异质性，并开发了一个在多队列中表现良好的预后模型	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有临床情境	探索肺腺癌的瘤内异质性并开发预后模型	肺腺癌患者	数字病理	肺腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	转录组数据	来自TCGA-LUAD (n=503)、GSE68465 (n=442)、GSE72094 (n=398)和GSE26939 (n=115)数据集的总计1458个样本
678	2025-05-10	Multivariate stochastic modeling for transcriptional dynamics with cell-specific latent time using SDEvelo 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55146-5 PMID:39738101	研究论文	本文提出了一种名为SDEvelo的生成方法，通过多元随机微分方程（SDE）建模未剪接和剪接RNA的动态，以推断RNA速度	SDEvelo首次通过多元随机微分方程建模RNA速度，显式地模拟转录动态中的固有不确定性，并估计跨基因的细胞特异性潜在时间	未提及具体局限性	改进单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究中的动态建模方法，以更准确地重建和预测细胞分化和状态转换的定向轨迹	未剪接和剪接RNA的动态	生物信息学	癌症	scRNA-seq, 空间转录组学	SDE	单细胞RNA测序数据, 空间转录组学数据	模拟数据和四个scRNA-seq及空间转录组学数据集
679	2025-05-10	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	research paper	该研究通过系统性免疫分析识别与M2-TAM相关的基因，预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2样巨噬细胞标记物，构建了基于M2的预后模型，并验证了其独立预后因素的作用	研究依赖于公共数据库数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2样巨噬细胞相关的基因特征，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	digital pathology	colon cancer	bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing, weighted gene coexpression network analysis, least absolute shrinkage and selection operator, Cox regression	risk model	RNA sequencing data, clinical data	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
680	2025-05-10	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	开发了sciRED方法，通过消除已知混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量等方式，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	sciRED	基因表达数据	多个scRNA-seq数据集（包括肾脏图谱、PBMC数据集、大鼠肝脏图谱和健康人类肝脏图谱）