单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2024-12-12	Single-cell transcriptomics unveiled that early life BDE-99 exposure reprogrammed the gut-liver axis to promote a proinflammatory metabolic signature in male mice at late adulthood 2024-Jun-26, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology IF:3.4Q2 DOI:10.1093/toxsci/kfae047 PMID:38648751	研究论文	本文研究了早期生命暴露于BDE-99对雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响，揭示了其促进炎症代谢特征的机制	首次揭示了新生儿期BDE-99暴露对雄性小鼠在成年后期肠道-肝脏轴的基因表达和细胞间通讯的重新编程，并探讨了肠道微生物群在这一过程中的必要性	研究仅限于雄性C57BL/6小鼠，未探讨雌性或其他品系小鼠的影响	探讨新生儿期BDE-99暴露对成年后期雄性小鼠肠道-肝脏轴的长期影响及其机制	雄性C57BL/6小鼠	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雄性C57BL/6小鼠，从出生后第2-4天开始每天口服暴露于玉米油或BDE-99，持续至15个月龄
662	2024-12-12	Single-cell and spatially resolved interactomics of tooth-associated keratinocytes in periodontitis 2024-Jun-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49037-y PMID:38876998	研究论文	研究探讨了牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，通过单细胞RNA测序和空间解析技术揭示了牙龈相关角质形成细胞的变化及其与免疫细胞的相互作用	首次整合了单细胞RNA测序和单细胞微生物组学数据，揭示了牙周炎中角质形成细胞的特异性变化及其与微生物和免疫细胞的相互作用	研究结果需要进一步验证以支持精准牙周干预措施	探讨牙周炎中牙周微环境细胞类型与微生物的关系，揭示角质形成细胞在健康和疾病状态下的变化	牙周炎中的牙龈相关角质形成细胞（SK/JKs）及其与微生物和免疫细胞的相互作用	数字病理学	牙周病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、单细胞微生物组学、荧光原位杂交、高多重免疫荧光	NA	单细胞RNA数据、微生物组数据、图像	34个样本，105918个细胞
663	2024-12-12	OneSC: A computational platform for recapitulating cell state transitions 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.31.596831 PMID:38895453	研究论文	本文介绍了一个名为OneSC的计算平台，用于模拟细胞状态转换，通过使用单细胞RNA测序数据和随机微分方程系统来生成合成细胞	OneSC平台通过优先生成布尔网络来模拟细胞状态转换和稳定细胞状态，与当前的网络推断方法不同	NA	开发一个能够模拟细胞状态转换的计算平台，以加速和降低湿实验室中扰动实验的成本	细胞状态转换和细胞命运决定	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	随机微分方程	基因表达数据	使用了一个小鼠髓系祖细胞的单细胞RNA测序数据集
664	2024-12-12	Multiscale topology classifies cells in subcellular spatial transcriptomics 2024-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07563-1 PMID:38898271	研究论文	本文提出了一种多尺度拓扑方法，用于在亚细胞水平上自动分类细胞类型，结合转录组信息和空间上下文，展示了在人类肾脏组织和鼠类免疫细胞中的应用	首次提出了一种直接利用亚细胞分辨率转录组数据进行细胞类型识别的多尺度方法，并通过多参数持久同调的拓扑管道整合预测结果，识别细胞空间关系	目前仅在人类肾脏组织和鼠类免疫细胞中进行了验证，尚未在更多样化的样本中进行测试	开发一种能够在亚细胞水平上自动分类细胞类型的方法，并识别细胞空间关系	人类肾脏组织和鼠类免疫细胞	空间转录组学	狼疮性肾炎	多参数持久同调	NA	转录组数据	人类肾脏组织和鼠类免疫细胞
665	2024-12-12	A human neural crest model reveals the developmental impact of neuroblastoma-associated chromosomal aberrations 2024-May-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47945-7 PMID:38702304	研究论文	本文利用女性人类胚胎干细胞分化和单细胞转录组及表观组分析，研究了染色体17q/1q增益对神经母细胞瘤（NB）起源细胞的影响	首次展示了染色体拷贝数变异（CNA）如何通过影响神经嵴细胞及其交感肾上腺衍生物的特异性，促进神经母细胞瘤的发生，并揭示了MYCN过表达与CNA共同作用的机制	研究主要集中在体外模型，尚未在体内验证这些发现	探讨染色体拷贝数变异（CNA）在胚胎性肿瘤发生中的作用机制	女性人类胚胎干细胞分化后的神经嵴细胞及其交感肾上腺衍生物	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组和表观组分析	NA	单细胞转录组和表观组数据	女性人类胚胎干细胞分化后的多个单细胞样本
666	2024-12-12	The effect of data transformation on low-dimensional integration of single-cell RNA-seq 2024-Apr-30, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05788-5 PMID:38689234	研究论文	研究了数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	比较了16种数据转换方法对单细胞聚类分析和批次整合分析的影响，并探讨了数据转换对深度特征编码分析的影响	数据转换方法的性能在不同数据集之间差异较大，每个数据集的最优方法不同	研究数据转换方法对单细胞RNA测序数据低维整合的影响	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	自编码器模型、原型网络	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
667	2024-12-12	NKX2-2 based nuclei sorting on frozen human archival pancreas enables the enrichment of islet endocrine populations for single-nucleus RNA sequencing 2024-Apr-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10335-w PMID:38689254	研究论文	本文开发了一种基于NKX2-2抗体的单核RNA测序方法，用于从冷冻存档的人胰腺组织中富集胰岛内分泌细胞群体	创新性地使用NKX2-2抗体进行荧光激活的核排序，以富集胰腺内分泌细胞的核，并首次在冷冻存档的胰腺组织中进行单核RNA测序	研究仅限于胰腺内分泌细胞群体，未涵盖其他细胞类型	开发一种新的方法，利用冷冻存档的胰腺组织进行单核RNA测序，以富集胰岛内分泌细胞群体	人胰腺组织中的胰岛内分泌细胞	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	从冷冻存档的人胰腺组织中提取的多个样本
668	2024-12-12	Comparative analysis of 10X Chromium vs. BD Rhapsody whole transcriptome single-cell sequencing technologies in complex human tissues 2024-Apr-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28358 PMID:38689972	研究论文	本文比较了10X Chromium和BD Rhapsody两种单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的应用	首次直接比较了两种商业化的高通量单细胞RNA测序技术在前列腺癌样本中的应用，揭示了平台间的差异	研究仅限于局部前列腺癌样本，未涵盖其他类型的癌症或组织	比较不同单细胞RNA测序技术在复杂人体组织中的表现，为选择合适的测序平台提供依据	局部前列腺癌患者的样本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自接受根治性前列腺切除术的局部前列腺癌患者的配对样本
669	2024-12-12	Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning 2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.19.585637 PMID:38562882	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTRACE 2的可解释深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中绝对尺度上表征细胞潜能和分化状态	CytoTRACE 2在31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集中，表现优于现有方法，能够恢复实验确定的潜能水平和分化状态，并重建小鼠胚胎发生的时间层次结构	NA	开发一种新的方法来表征单细胞的潜能和分化状态，并应用于健康和疾病中的单细胞分化景观	单细胞RNA测序数据中的细胞潜能和分化状态	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	RNA测序数据	31个涵盖28种组织类型的人类和小鼠单细胞RNA测序数据集
670	2024-12-12	Chronic SIV-Induced neuroinflammation disrupts CCR7+ CD4+ T cell immunosurveillance in the rhesus macaque brain 2024-Mar-12, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI175332 PMID:38470479	研究论文	研究慢性SIV感染引发的神经炎症如何破坏恒河猴大脑中CCR7+ CD4+ T细胞的免疫监视功能	首次结合单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学和流式细胞术，揭示了CCR7+ CD4+ T细胞在脑中的独特亚群及其功能特性	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨慢性SIV感染对大脑中CCR7+ CD4+ T细胞免疫监视功能的影响	恒河猴大脑中的CCR7+ CD4+ T细胞及其在神经炎症中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析、ATAC-Seq、空间转录组学、流式细胞术	NA	转录组数据、染色质可及性数据、空间转录组数据	恒河猴样本
671	2024-12-12	Common mitochondrial deletions in RNA-Seq: evaluation of bulk, single-cell, and spatial transcriptomic datasets 2024-02-17, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05877-4 PMID:38368460	研究论文	本文评估了在批量、单细胞和空间转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	首次应用Splice-Break2管道对RNA-Seq数据进行常见线粒体DNA缺失的定量分析，并比较了不同类型转录组数据中的检测结果	研究仅限于已有的RNA-Seq数据集，未涉及其他类型的数据	评估在不同类型转录组数据中检测常见线粒体DNA缺失的方法	常见线粒体DNA缺失在不同组织和疾病中的分布	基因组学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	1570个样本
672	2024-12-12	Molecularly stratified hypothalamic astrocytes are cellular foci for obesity 2024-Feb-09, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3748581/v1 PMID:38405925	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的特征识别算法，用于分子分层下丘脑星形胶质细胞，并揭示了它们在肥胖中的作用	本文创新性地引入了一种基于机器学习的特征识别算法，利用已发表的单细胞RNA测序数据作为参考图谱，逐步消除多效性和可诱导的细胞特征，揭示了健康下丘脑中基因调控网络（GRNs），并证明了不同表达的线粒体基因在胰岛素感应星形胶质细胞中的作用	本文主要集中在健康下丘脑星形胶质细胞的研究，未涉及其他脑区和病理状态下的星形胶质细胞	研究星形胶质细胞在健康大脑中的分子分层及其在肥胖中的作用	下丘脑星形胶质细胞及其与神经元的相互作用	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序	机器学习	基因表达数据	小鼠模型
673	2024-12-12	Single-cell analysis of uterosacral ligament revealed cellular heterogeneity in women with pelvic organ prolapse 2024-02-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-05808-3 PMID:38326542	研究论文	本文使用单细胞RNA测序技术分析了子宫骶韧带中的细胞异质性，揭示了盆腔器官脱垂（POP）的分子机制	首次构建了盆腔器官脱垂患者和对照组子宫骶韧带的单细胞转录组图谱，并发现了与细胞外基质和细胞粘附相关的受体-配体对的显著减少	NA	探讨盆腔器官脱垂的分子机制	盆腔器官脱垂患者和对照组的子宫骶韧带细胞	数字病理学	盆腔器官脱垂	单细胞RNA测序	NA	转录组	30,452个单细胞
674	2024-12-12	Endothelial Erg Regulates Expression of Pulmonary Lymphatic Junctional and Inflammation Genes in Mouse Lungs Impacting Lymphatic Transport 2024-Jan-24, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3808970/v1 PMID:38343832	研究论文	研究探讨了ERG转录因子在肺淋巴内皮细胞中的作用，揭示了其对淋巴运输和炎症基因表达的影响	首次通过单细胞转录组学和CellChatDB整合分析，揭示了ERG下调对肺淋巴内皮细胞功能和通信途径的影响	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中进行验证	探讨ERG在肺淋巴内皮细胞中的作用及其对淋巴运输和炎症的影响	ERG在肺淋巴内皮细胞中的表达及其对基因表达和淋巴运输的影响	NA	肺纤维化	单细胞转录组学，流式细胞术，qPCR，FITC-Dextran示踪分析	NA	基因表达数据	小鼠模型
675	2024-12-12	Skin treatment with non-thermal plasma modulates the immune system through miR-223-3p and its target genes 2024-01, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2024.2361571 PMID:38828710	研究论文	研究非热等离子体对小鼠耳部皮肤的治疗效果及其通过miR-223-3p及其靶基因调节免疫系统的机制	首次通过非编码RNA测序和单细胞血液测序揭示了非热等离子体对miRNA表达的特定影响及其在伤口愈合和组织再生中的调控作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证其效果	探讨非热等离子体在皮肤治疗中的分子机制及其对免疫系统的影响	小鼠耳部皮肤及血液中的miRNA和靶基因	NA	NA	非编码RNA测序，单细胞血液测序	NA	RNA	小鼠耳部皮肤样本及血液样本
676	2024-12-12	Pan-cancer dissection of vasculogenic mimicry characteristic to provide potential therapeutic targets 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1346719 PMID:38694917	研究论文	本研究基于多组学数据分析了不同癌症类型中血管拟态（VM）的特征，并提供了潜在的治疗靶点和策略	首次全面解析了跨癌症类型的血管拟态特征，揭示了其与肿瘤侵袭性、转移潜力、恶性程度和预后的相关性，并发现了与免疫抑制微环境的关系	研究主要基于现有数据库数据，缺乏实验验证，且样本量和数据类型可能限制了结果的普适性	阐明不同癌症类型中血管拟态的特征及其调控机制，并提供潜在的治疗靶点	跨癌症类型的血管拟态特征及其与肿瘤侵袭性、免疫微环境的关系	数字病理学	多种癌症	多组学数据分析、单细胞转录组数据分析	NA	多组学数据、转录组数据、药物反应数据	来自The Cancer Genome Atlas的多组学数据和Genomics of Drug Sensitivity in Cancer数据库的转录组及药物反应数据
677	2024-12-12	Identification of early Alzheimer's disease subclass and signature genes based on PANoptosis genes 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1462003 PMID:39650656	研究论文	本研究基于PANoptosis基因识别阿尔茨海默病（AD）的早期亚类和特征基因	本研究首次基于PANoptosis基因识别了AD的两个亚类，并预测了针对早期AD的治疗候选药物	本研究的样本量较小，且仅基于GEO数据库的数据进行分析，可能存在数据偏倚	识别阿尔茨海默病的不同分子亚型并探索潜在的治疗药物	阿尔茨海默病及其相关PANoptosis基因	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了来自GEO数据库的三个数据集（GSE48350, GSE5281, GSE122063）
678	2024-12-11	Comprehensive Analysis of circRNA-Related mRNAs as Prognostic Factors in Non-Smoking Women with Lung Adenocarcinoma 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S490478 PMID:39650787	研究论文	本文研究了circRNA相关的mRNA作为非吸烟女性肺腺癌的预后标志物	构建了circRNA-miRNA-mRNA网络，并基于相关mRNA创建了预后风险评分模型	样本量较小，仅16对肿瘤和癌旁组织样本	探讨circRNA相关的mRNA在非吸烟女性肺腺癌中的预后价值	非吸烟女性肺腺癌患者的肿瘤和癌旁组织样本	数字病理学	肺癌	高通量测序、免疫组织化学	NA	RNA	16对肺腺癌组织及其对应的癌旁组织
679	2024-12-12	Integrating multi-omics techniques and in vitro experiments reveals that GLRX3 regulates the immune microenvironment and promotes hepatocellular carcinoma cell proliferation and invasion through iron metabolism pathways 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1496886 PMID:39654899	研究论文	本研究通过整合多组学技术和体外实验，揭示了GLRX3通过铁代谢途径调控免疫微环境并促进肝细胞癌细胞增殖和侵袭	首次系统分析了肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并揭示了GLRX3在铁代谢调控中的关键作用及其对肿瘤细胞增殖和免疫逃逸的机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	系统分析肝细胞癌肿瘤微环境中铁代谢的变化，并探讨铁代谢调控对肝癌患者生存的影响	肝细胞癌患者的单细胞测序数据以及GLRX3基因的表达和功能	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序技术	NA	基因组数据	来自GEO数据库的肝细胞癌患者单细胞测序数据
680	2024-12-11	Single-cell RNA sequencing reveals S100A8/A9hi neutrophils-induced endothelial cell death and lymphocyte infiltration after ischemic stroke 2024-Dec-31, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151023 PMID:39579533	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了缺血性中风后中性粒细胞、内皮细胞和T细胞的转录变化	揭示了S100A8/A9高表达的中性粒细胞在缺血性中风后诱导内皮细胞死亡和淋巴细胞浸润的作用，并发现S100A8/A9抑制剂paquinimod对神经保护和减少淋巴细胞浸润的潜在治疗作用	NA	探讨缺血性中风后免疫细胞与血脑屏障的相互作用，寻找潜在的治疗策略	中性粒细胞、内皮细胞、T细胞	数字病理学	中风	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA