单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
661	2025-06-12	Trophoblast Side-Population Markers are Dysregulated in Preeclampsia and Fetal Growth Restriction 2024-10, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10764-w PMID:39028417	research paper	该研究描述了人类胎盘中滋养层侧群标记物的特征及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的异常表达	首次在胎盘功能不全疾病中表征了滋养层侧群标记物的表达模式，并揭示了这些标记物在滋养层细胞分化过程中的动态变化	样本量相对较小（n=3用于定位研究，n=78/30/18用于mRNA测量），且SERPINE3在体外验证中未被检测到	探究滋养层侧群标记物在胎盘发育和胎盘功能不全疾病中的作用	人类胎盘组织、先兆子痫和胎儿生长受限患者的胎盘样本	生殖医学	先兆子痫和胎儿生长受限	单细胞转录组学、体外细胞分化模型、mRNA定量分析	人滋养层干细胞(hTSC)向绒毛外滋养层(EVT)分化模型	基因表达数据、组织切片	定位研究n=3，mRNA测量n=78先兆子痫/30FGR/18对照，体外验证n=5
662	2025-06-12	Suppression of GATA3 promotes epithelial-mesenchymal transition and simultaneous cellular senescence in human extravillous trophoblasts 2024-10, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119768 PMID:38838858	研究论文	本研究探讨了转录因子GATA3在早期妊娠胎盘中外绒毛滋养细胞(EVT)分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍发生的关联	揭示了GATA3在EVT分化过程中对上皮-间质转化(EMT)和细胞衰老的双重调控作用，并发现其在复发性流产(RM)中的异常定位	研究主要基于细胞系和有限的临床样本，需要在更大规模的临床队列中验证	阐明GATA3在EVT分化和成熟过程中的调控机制及其与妊娠障碍的关系	人外绒毛滋养细胞(EVT)、JEG3和HTR8/SVneo细胞系	生殖医学	妊娠障碍	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	胎盘类器官模型和胎盘组织样本
663	2025-06-12	Protocol for optimized nasal mucosa sample processing to obtain high-quality scRNA-seq and scATAC-seq data 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103298 PMID:39244757	研究论文	本文提出了一种优化的人类鼻黏膜样本处理协议，以同时获得高质量的scRNA-seq和scATAC-seq数据	开发了一种能够同时处理鼻黏膜样本以获得scRNA-seq和scATAC-seq数据的优化协议	未提及样本处理协议在不同实验室条件下的可重复性	优化鼻黏膜样本处理流程，以支持鼻腔疾病研究和诊断	人类鼻黏膜组织	单细胞组学	鼻腔疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组和表观基因组数据	未明确提及样本数量
664	2025-06-12	Single-cell Profiling of Reprogrammed Human Neural Stem Cells Unveils High Similarity to Neural Progenitors in the Developing Central Nervous System 2024-07, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10698-3 PMID:38519702	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析揭示了重编程人类神经干细胞与发育中中枢神经系统神经祖细胞的高度相似性	首次在单细胞水平上全面比较了诱导神经干细胞(iNSCs)与生理对应细胞的转录组特征，发现其与胚胎神经上皮细胞的相似性	研究仅基于转录组数据，缺乏功能验证实验	评估诱导神经干细胞(iNSCs)与生理神经干细胞的相似性	人类诱导神经干细胞(iNSCs)	干细胞生物学	NA	单细胞转录组测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
665	2025-06-12	Olfactory neuroblastoma mimics molecular heterogeneity and lineage trajectories of small-cell lung cancer 2024-Jun-10, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2024.05.003 PMID:38788720	research paper	该研究通过建立遗传工程小鼠模型，揭示了嗅觉神经母细胞瘤（ONB）与小细胞肺癌（SCLC）在分子异质性和细胞命运轨迹上的相似性	首次建立了高转移性ONB的小鼠模型，并发现ONB与小细胞肺癌在分子和细胞命运上的相似性	研究主要基于小鼠模型，人类ONB的临床相关性需要进一步验证	探索嗅觉神经母细胞瘤的起源和分子特征，及其与小细胞肺癌的相似性	嗅觉神经母细胞瘤（ONB）和小细胞肺癌（SCLC）	肿瘤生物学	嗅觉神经母细胞瘤和小细胞肺癌	遗传工程小鼠模型、单细胞转录组学、条形码谱系追踪	遗传工程小鼠模型	基因表达数据、单细胞转录组数据	小鼠模型和人类ONB样本
666	2025-06-12	CACIMAR: cross-species analysis of cell identities, markers, regulations, and interactions using single-cell RNA sequencing data 2024-May-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae283 PMID:38856169	研究论文	介绍了一个名为CACIMAR的工具，用于跨物种分析单细胞RNA测序数据，以识别细胞身份、标记物、调控和相互作用	开发了CACIMAR工具，能够通过加权和模型计算保守特征，测量细胞类型、调控网络和细胞间相互作用的保守性	未提及具体局限性	揭示跨物种的保守基因调控和细胞分子机制	小鼠、斑马鱼和小鸡的视网膜再生单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	加权和模型	单细胞RNA测序数据	公开可用的小鼠、斑马鱼和小鸡的scRNA-seq数据
667	2025-06-11	Generation of a fluorescent hESC reporter line (Kle033-A-1) for the isolation of distinct midbrain progenitor cell types 2024-12, Stem cell research IF:0.8Q4 DOI:10.1016/j.scr.2024.103523 PMID:39383604	research paper	该研究通过CRISPR/Cas9技术生成了一种荧光标记的人类胚胎干细胞系，用于分离两种潜在的中脑多巴胺能前体细胞	利用CRISPR/Cas9技术生成荧光标记的hESC报告细胞系，用于分离特定中脑多巴胺能前体细胞	未提及实验结果的验证或应用效果	开发更精确的帕金森病细胞替代治疗策略	人类胚胎干细胞(hESC)及其中脑多巴胺能前体细胞	干细胞研究	帕金森病	CRISPR/Cas9, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
668	2025-06-11	Multi-sample non-negative spatial factorization 2024-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.599554 PMID:39005356	research paper	提出了一种名为多样本非负空间因子分解（mNSF）的无对齐框架，用于分析多样本空间转录组数据	扩展了单样本空间因子分解（NSF）至多样本数据集，结合样本特异性空间相关性建模并提取低维数据表示	在空间对齐可行的情况下，性能与基于对齐的方法相当，但在无法进行空间对齐的场景下表现更优	开发一种无需对齐的方法来分析多样本空间转录组数据	多样本空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	mNSF	空间转录组数据	NA
669	2025-06-11	VisualZoneR: A computational protocol to identify compartmental zones from single-cell spatial transcriptomics using R 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103196 PMID:39067026	研究论文	介绍了一种基于R的计算协议VisualZoneR，用于从单细胞空间转录组数据中识别分区区域	开发了VisualZoneR技术，能够分析Visium或Visium HD技术生成的空间转录组数据，识别从健康肝组织到内部转移区域的不同分区	NA	开发一种计算协议，用于分析空间转录组数据并识别分区区域	单细胞空间转录组数据	数字病理学	肝癌	Visium, Visium HD, 空间转录组学	NA	空间转录组数据	NA
670	2025-06-11	Protocol for analysis of single-cell sequencing data by Seqtometry 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103209 PMID:39096493	研究论文	本文介绍了使用Seqtometry平台分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）数据的协议	提出了一种基于基因签名的高级评分方法，用于直接分析基因表达和可及性，实现了对特定细胞的直接识别和全面表征	未提及具体的技术限制或样本大小限制	开发并描述一种用于单细胞测序数据分析的协议，以促进生物学的直接解释	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
671	2025-06-11	Protocol to achieve high-resolution single-cell transcriptomics of cardiomyocytes in multiple species 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103194 PMID:39096494	研究论文	本文提供了一个用于生成高分辨率单细胞RNA测序(scRNA-seq)的协议，专注于罕见心肌细胞群体的转录组分析	提供了针对罕见心肌细胞群体(如再生/分裂细胞)的高分辨率scRNA-seq协议，并适用于多种物种	需要参考Bak等人的完整细节来执行该协议	开发一个高分辨率的单细胞转录组分析协议	小鼠和斑马鱼心脏以及诱导多能干细胞中的罕见心肌细胞群体	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	转录组数据	多种物种(小鼠、斑马鱼)的心脏细胞和诱导多能干细胞
672	2025-06-11	Protocol to study the immune profile of syngeneic mouse tumor models 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103139 PMID:38878286	研究论文	本文介绍了一种用于表征荷瘤小鼠免疫特征的实验方案	提供了一套详细的实验流程，结合流式细胞术和单细胞RNA测序等技术，全面分析肿瘤微环境的免疫特征	实验方案仅适用于小鼠模型，未涉及人类样本	研究肿瘤微环境的免疫特征	荷瘤小鼠模型	肿瘤免疫学	肿瘤	流式细胞术, 单细胞RNA测序, 其他组学分析	NA	单细胞数据, 流式细胞数据	NA
673	2025-06-11	Protocol for isolating immune cells from human gastric muscularis propria for single-cell analysis 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103258 PMID:39133613	研究论文	本文详细介绍了从人类胃肌层分离单个免疫细胞用于单细胞分析的实验方案	提供了一种从人类胃肌层分离免疫细胞并进行单细胞RNA测序分析的详细实验方案	未提及样本量大小和实验结果的验证数据	研究胃肠道免疫细胞多样性及其在维持肠神经元和平滑肌中的作用	人类胃肌层免疫细胞	单细胞分析	胃肠道疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 磁珠分选(CD45)	NA	RNA序列数据	NA
674	2025-06-11	Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics 2024-09-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254 PMID:39146191	研究论文	本文提出了一种用于空间转录组学的哺乳动物皮肤样本制备协议，特别关注包含毛囊的样本	针对皮肤样本在空间转录组学应用中的固有挑战，提出了一套完整的样本制备流程	未提及该协议在不同类型皮肤样本中的普适性或验证结果	开发适用于空间转录组学的皮肤样本制备方法	哺乳动物皮肤样本（特别关注含毛囊的样本）	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
675	2025-06-11	Somatic epigenetic drift during shoot branching: a cell lineage-based model 2024-Aug-07, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae091 PMID:38809088	research paper	本文提出了一种基于细胞谱系的模型，用于研究植物分枝过程中的体细胞表观遗传漂变	形式化了一种特殊的分离分生组织模型，其中前体细胞从分生组织外围随机采样以最大化细胞谱系独立性	模型依赖于分支点数量、漂变强度以及表观突变率等假设条件	研究植物分枝过程中体细胞表观遗传漂变的机制	植物分生组织细胞	植物发育生物学	NA	DNA甲基化分析	细胞谱系模型	表观遗传数据	NA
676	2025-06-11	Sample collection protocol for single-cell RNA sequencing of functionally identified neuronal populations in vivo 2024-06-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103135 PMID:38875113	研究论文	本文提出了一种用于在体内对功能识别的神经元群体进行单细胞RNA测序的样本收集协议	使用病毒传递的活动依赖性标记工具（CaMPARI2）在虚拟现实环境中对小鼠进行光转换，随后通过荧光激活细胞分选（FACS）分离不同标记的群体	需要特定的设备和病毒传递工具，可能限制了其在某些实验室的应用	开发一种用于单细胞RNA测序的样本收集协议，以研究功能识别的神经元群体	小鼠的神经元群体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	NA
677	2025-06-11	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics 2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.13.598667 PMID:38915572	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析，研究了年轻和年老小鼠卵巢中髓系细胞的功能特征，揭示了与衰老相关的巨噬细胞亚群和信号动态变化	发现了年老小鼠卵巢特有的巨噬细胞亚群，并揭示了ANNEXIN和TGFβ信号在衰老卵巢髓系细胞中的显著变化，提出了衰老相关炎症和纤维化的新机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类卵巢衰老的直接证据	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的作用	年轻（3个月大）和年老（14-17个月大）小鼠卵巢中的CD45 CD11b髓系细胞	单细胞分析	卵巢衰老	单细胞RNA测序（scRNAseq）、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	年轻和年老小鼠卵巢样本
678	2025-06-11	Enhancing Vasculogenesis in Dental Pulp Development: DPSCs-ECs Communication via FN1-ITGA5 Signaling 2024-05, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10695-6 PMID:38418738	研究论文	研究通过单细胞测序分析比较发育中和成熟牙髓中牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）的基因表达，揭示了FN1-ITGA5信号在牙髓发育血管化中的关键作用	揭示了FN1-ITGA5信号介导的DPSCs与ECs之间的细胞间通讯对牙髓发育血管化的重要性	研究主要基于体外和小鼠实验，临床转化仍需进一步验证	探索牙髓发育过程中血管形成的调控机制，为牙髓再生治疗提供新思路	牙髓干细胞（DPSCs）和血管内皮细胞（ECs）	牙科医学	牙髓疾病	单细胞测序分析、免疫组化、Western blot、RT-PCR、细胞增殖实验、划痕实验、管形成实验	NA	基因表达数据、细胞实验数据	未明确说明样本数量，涉及发育中和成熟牙髓的DPSCs和ECs
679	2025-06-11	Identification and validation of an immunotherapeutic signature for colon cancer based on the regulatory patterns of ferroptosis and their association with the tumor microenvironment 2024-04, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119698 PMID:38387508	研究论文	该研究基于铁死亡调控模式及其与肿瘤微环境的关联，识别并验证了结肠癌的免疫治疗特征	构建了铁死亡调控基因评分（FRG-score）来量化个体肿瘤中铁死亡改变的模式，并识别了三种不同的铁死亡修饰模式	研究样本量较大但仅限于结肠癌，未涉及其他癌症类型	探索铁死亡调控模式与结肠癌肿瘤微环境的关联，并开发免疫治疗特征	1623个结肠癌样本	数字病理学	结肠癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	1623个结肠癌样本
680	2025-06-10	A modified model of PANoptosisto identify prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2024-11, The international journal of biochemistry & cell biology DOI:10.1016/j.biocel.2024.106672 PMID:39368544	研究论文	本研究通过修改PANoptosis模型，识别膀胱癌的预后和免疫治疗反应	识别了与广泛凋亡相关的五个差异表达基因作为膀胱癌患者预后的预测特征，并构建了风险模型	研究依赖于临床基因组数据库的数据，可能存在数据偏差	研究广泛凋亡相关修饰模式在膀胱癌中的作用机制	膀胱癌患者	数字病理学	膀胱癌	转录组数据分析、单细胞测序分析	PANoptosis模型、最小绝对收缩分析	转录组数据、临床信息	NA