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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6761 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals landscape of endometrial cancer response to estrogen and identification of early diagnostic markers
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0301128
PMID:38517922
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了子宫内膜癌对雌激素反应的景观,并识别了早期诊断标志物 | 本研究首次在单细胞分辨率下阐明了子宫内膜癌对雌激素反应的潜在生物学机制,并识别了24个早期诊断标志物 | NA | 探讨子宫内膜癌对雌激素的反应机制,并寻找早期诊断标志物 | 子宫内膜癌细胞及其对雌激素的反应 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组(ST) | 逻辑回归(LR)、高斯朴素贝叶斯(GaussianNB)、k-最近邻(KNN)、支持向量机(SVM)、极端梯度提升(XGB)和神经网络(NK) | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6762 | 2024-08-04 |
Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis
2024-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754
PMID:38428147
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞 | 识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因,提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点 | 本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰,针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议 | 探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因 | 本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因 | 数字病理学 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA-seq和总体RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6763 | 2024-08-07 |
Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer
2024-Mar-30, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696
PMID:38412672
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研究论文 | 本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂(ICBs)联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效,并发现与主要病理反应(MPR)相关的免疫预测因子。 | 本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。 | 研究为回顾性分析,样本量相对较小,且仅限于特定时间段内的患者。 | 研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。 | 局部晚期食管癌患者。 | 免疫学 | 食管癌 | Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光 | NA | RNA序列数据, 免疫荧光图像 | 76名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 6764 | 2024-08-04 |
eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings
2024-Mar-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05724-7
PMID:38486150
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研究论文 | 本文介绍了eSVD-DE,一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法 | 提出了一种新的矩阵分解方法,能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试 | 在较大的数据集中,可能仍然存在一些人类变异的影响 | 旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因 | 对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次模型 | 基因表达数据 | 使用了多个生物系统的已发布数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6765 | 2024-08-07 |
Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes
2024-Mar-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25053071
PMID:38474316
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据,研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达 | 首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式,并发现S3段是果糖重吸收的主要部位 | 研究仅基于公开数据库的数据,未进行实验验证 | 探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式 | 大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6766 | 2024-08-04 |
eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings
2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.22.568369
PMID:38045428
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研究论文 | 本文提出了一种新方法eSVD-DE,用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因 | eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息,并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异 | 本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战 | 旨在开发一套新方法,分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因 | 研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次模型 | 基因表达数据 | 多个生物系统的已发布数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6767 | 2024-08-04 |
Adipose tissue macrophage heterogeneity in the single-cell genomics era
2024-Feb, Molecules and cells
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.mocell.2024.100031
PMID:38354858
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研究论文 | 文章讨论了在单细胞基因组学时代脂肪组织巨噬细胞的异质性 | 提出了单细胞转录组技术能够揭示脂肪组织巨噬细胞的高度异质性 | 需要进一步研究以更好地理解ATMs和肥胖对其影响的复杂性 | 探讨肥胖及其引发的炎症如何影响脂肪组织巨噬细胞 | 主要研究脂肪组织巨噬细胞(ATMs)的异质性及其特征 | 数字病理 | 2型糖尿病 | 单细胞转录组技术 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6768 | 2024-08-04 |
Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells
2024-Jan-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.87607
PMID:38206124
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研究论文 | 本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术,以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达 | 本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序,并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型 | 本研究的局限性未具体提到,故为NA | 本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性 | 本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组 | 数字病理学 | 肝癌 | 长读取测序 | NA | 转录组 | 447个转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6769 | 2024-08-07 |
Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion
2024-01-01, Journal of cell science
IF:3.3Q3
DOI:10.1242/jcs.261145
PMID:38108421
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞(MSCs)在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌(TNBC)的侵袭性 | 首次展示了在预转移阶段,MSCs向癌症相关成纤维细胞(CAFs)的分化如何促进TNBC的侵袭和转移 | NA | 研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质(ECM)硬化对乳腺癌侵袭性的影响 | 三阴性乳腺癌(TNBC)中的间充质干细胞(MSCs)和癌症相关成纤维细胞(CAFs) | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及高侵袭性三阴性乳腺癌(TNBC)的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6770 | 2024-08-07 |
The pelvic organs receive no parasympathetic innervation
2024-Mar-15, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.91576
PMID:38488657
|
research paper | 本研究使用单细胞RNA测序技术,发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成,这些神经元与交感神经元有亲缘关系,但不与副交感神经元相关。研究还表明,脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触,这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此,盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配,而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配,负责其特有的功能。 | 本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系,并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。 | NA | 探讨盆腔器官的自主神经支配机制 | 小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6771 | 2024-08-04 |
Development of a novel lncRNA-derived immune gene score using machine learning-based ensembles for predicting the survival of HCC
2024-Feb-09, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05608-6
PMID:38334792
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研究论文 | 本文开发了一种新型的lncRNA衍生免疫基因评分模型,用于预测肝细胞癌(HCC)患者的生存率 | 提出了一种基于机器学习的集成方法来建立lncRNA和免疫基因评分模型 | 研究中使用的单细胞测序数据可能无法完全代表患者体内的真实免疫环境 | 开发一个准确的预测模型以评估肝细胞癌患者的生存期 | 肝细胞癌患者的mRNA和lncRNA表达谱 | 机器学习 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA和lncRNA表达数据 | 使用了来自TCGA、GEO和ICGC的数据集进行模型验证 | NA | NA | NA | NA |
| 6772 | 2024-08-04 |
Identification and validation of Golgi apparatus-related signature for predicting prognosis and immunotherapy response in breast cancer
2024-Feb-01, Journal of cancer research and clinical oncology
IF:2.7Q3
DOI:10.1007/s00432-024-05612-w
PMID:38300336
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研究论文 | 本研究旨在探讨高尔基体相关基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应评估中的预测价值 | 识别并验证了一种由394个高尔基体相关基因组成的预后风险特征,可以有效区分乳腺癌患者的高风险和低风险组 | 未提及具体的研究局限性 | 研究乳腺癌中高尔基体相关基因的预测价值 | 乳腺癌患者的数据和样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | qPCR和单细胞测序 | Cox回归分析 | 转录组数据和临床数据 | 涉及394个与乳腺癌预后显著相关的高尔基体相关基因 | NA | NA | NA | NA |
| 6773 | 2024-08-07 |
Chronic active Epstein-Barr virus disease originates from infected hematopoietic stem cells
2024-01-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021074
PMID:37824804
|
研究论文 | 本研究通过多种检测方法,包括定量聚合酶链反应、PrimeFlow和单细胞RNA测序,分析了慢性活动性EB病毒病(CAEBV)患者的骨髓和外周血细胞,揭示了CAEBV疾病的起源及其对免疫系统的影响 | 首次通过单细胞RNA测序等技术证实CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞,并展示了EBV感染对免疫系统的具体影响 | 研究样本量较小,仅包括5名CAEBV患者和少数对照组,可能影响结果的普遍性 | 探究慢性活动性EB病毒病的病因及其对免疫系统的影响 | 慢性活动性EB病毒病患者的骨髓和外周血细胞 | NA | 慢性活动性EB病毒病 | 定量聚合酶链反应、PrimeFlow、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5名CAEBV患者、1名EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者和2名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 6774 | 2024-08-04 |
CCNA2 and NEK2 regulate glioblastoma progression by targeting the cell cycle
2024-May, Oncology letters
IF:2.5Q3
DOI:10.3892/ol.2024.14339
PMID:38516683
|
研究论文 | 该研究旨在探究CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的分子机制 | 首次系统阐明CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤进展中的作用,并建立了生存预测的诺模图 | 目前研究中并未明确说明样本量和不同亚类型的详细数据 | 探讨CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的特定功能和分子机制 | 胶质母细胞瘤中CCNA2和NEK2的表达及其预后 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞测序、西方印迹法和免疫组化染色 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6775 | 2024-08-04 |
STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics
2024-Mar-20, Chemical science
IF:7.6Q1
DOI:10.1039/d3sc04826h
PMID:38516082
|
研究论文 | 本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP,能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。 | STEP是一种新策略,首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析,提供了前所未有的分辨率。 | 未提及具体的局限性 | 本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。 | 研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。 | 化学生物学 | NA | 单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成 | NA | 蛋白质靶标数据 | 采用了经典药物(如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂)作为示例 | NA | NA | NA | NA |
| 6776 | 2024-08-04 |
Machine learning combined with single-cell analysis reveals predictive capacity and immunotherapy response of T cell exhaustion-associated lncRNAs in uterine corpus endometrial carcinoma
2024-05, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111077
PMID:38311301
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研究论文 | 本研究建立了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的预测模型并研究了其免疫特征 | 首次探讨了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的作用,并建立了相关的预测模型 | 研究主要基于公共数据库的数据,可能存在信息的偏倚和不足 | 建立与子宫体内膜癌 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 的预测模型 | 与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA | 数字病理学 | 子宫体内膜癌 | 转录组和单细胞测序 | 逻辑回归模型 | 基因表达数据 | 使用癌症基因组图谱和基因表达综合数据库中的数据,具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 6777 | 2024-08-07 |
Multi-omics reveals the switch role of abnormal methylation in the regulation of decidual macrophages function in recurrent spontaneous abortion
2024-05, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111071
PMID:38295895
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研究论文 | 本文通过整合转录组学、DNA甲基化组学和单细胞RNA测序,探讨了DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系 | 首次系统地描绘了异常DNA甲基化在调控蜕膜巨噬细胞功能中的作用,为复发性自然流产的发生机制提供了新的见解 | NA | 阐明DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系 | 复发性自然流产中的DNA甲基化和蜕膜细胞功能 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 转录组学、DNA甲基化组学、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据 | 涉及22个低甲基化的CpG位点和16个关键通路 | NA | NA | NA | NA |
| 6778 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the MIF-ACKR3 receptor-ligand interaction between iCAFs and tumor cells in esophageal squamous cell carcinoma
2024-05, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111093
PMID:38336189
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了食管鳞状细胞癌(ESCC)样本,揭示了肿瘤微环境中iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3受体-配体相互作用。 | 本研究首次在ESCC中发现并验证了iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3相互作用,并揭示了其在肿瘤细胞迁移和侵袭中的作用。 | 研究主要基于GEO数据库中的ESCC样本进行单细胞RNA测序分析,可能存在样本选择偏倚。 | 深入理解食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境异质性,并识别新的治疗靶点。 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)的肿瘤微环境及其细胞间的相互作用。 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 31,283个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6779 | 2024-08-07 |
Histone deacetylase 6 suppression of renal tubular epithelial cell promotes interstitial mineral deposition via alpha-tubulin acetylation
2024-04, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111057
PMID:38242268
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶6(HDAC6)在肾小管上皮细胞中的抑制作用及其通过α-微管蛋白乙酰化促进间质矿物沉积的机制 | 研究发现HDAC6的抑制加剧了MDCK细胞中的矿物沉积,而其过表达则减轻了这一现象,表明HDAC6在调节肾小管上皮细胞矿物沉积中起关键作用 | 研究未观察到与矿物沉积增加相关的成骨相关蛋白表达增加,且单细胞RNA测序结果显示上皮细胞的钙化活性较低,提示成骨性转分化可能并未实际发生 | 探讨HDAC6在肾小管上皮细胞中的作用及其对间质矿物沉积的影响 | 肾小管上皮细胞、高草酸尿大鼠的肾脏组织、体外培养的MDCK细胞及NRK49F细胞 | NA | 肾结石 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及肾乳头样本的单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA |
| 6780 | 2024-08-04 |
Single cell atlas of Xenoturbella bocki highlights limited cell-type complexity
2024-Mar-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-45956-y
PMID:38503762
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研究论文 | 这篇文章展示了对海洋生物Xenoturbella bocki进行单细胞RNA测序的研究,突出了其细胞类型的复杂性有限。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Xenacoelomorpha的细胞类型补充,提供了与其他动物的比较。 | 研究主要集中在单一物种上,可能无法全面代表整个Xenacoelomorpha门的细胞类型多样性。 | 探索Xenacoelomorpha中的细胞类型及其与其他生物的关系,理解动物细胞类型演化。 | 研究对象为海洋生物Xenoturbella bocki及其细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及Xenoturbella bocki的样本 | NA | NA | NA | NA |