单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6761	2024-08-04	Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad011 PMID:37022699	综述	本文讨论了单细胞RNA测序和空间解析转录组数据的差异表达分析的最新进展	本文填补了有关多条件、多样本实验设计的单细胞RNA测序和空间解析转录组数据差异表达基因检测的综述空白	缺乏对现有DE工具的系统评估	研究单细胞RNA-seq和空间解析转录组的差异表达分析	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组(SRT)数据的差异表达基因	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	NA	NA
6762	2024-08-04	An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac056 PMID:36752035	研究论文	该文章提出了一种改进的层次变分自编码器模型，用于利用单细胞RNA-seq数据自动估算细胞间通信	提出了一种改进的HiVAE模型，通过学习细胞在已知配体-受体基因和所有基因上的潜在表示，提升了细胞间通信的估计准确性	使用的先前信息不足，仅涉及一部分细胞通信，可能导致假阳性或假阴性结果	旨在利用单细胞RNA-seq数据深入分析肿瘤微环境中的细胞间通信	研究对象为单细胞RNA-seq数据，特别是人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA-seq	层次变分自编码器（HiVAE）	RNA-seq数据	涉及人类皮肤疾病数据集和黑色素瘤数据集的单细胞样本
6763	2024-08-04	Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad017 PMID:37208992	研究论文	本文提出了一种基于深度信息融合的单细胞数据聚类方法scDeepFC	scDeepFC通过深度自编码器和深度图卷积网络有效融合基因属性信息和细胞拓扑信息，以提升聚类效果	目前仍未提及具体的计算复杂度或模型训练时间等限制	旨在通过深度学习技术提升单细胞转录组数据的聚类和数据插补能力	研究对象为单细胞转录组数据	数字病理学	NA	深度自编码器，深度图卷积网络	深度自编码器，图卷积网络	单细胞转录组数据	在真实单细胞数据集上进行了广泛实验
6764	2024-08-07	Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19 2024-Mar-20, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elad025 PMID:37340787	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序数据与全基因组关联分析数据，揭示了流感病毒感染和COVID-19中与疾病相关的细胞类型	首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究相结合，以高分辨率解析流感疾病中的细胞多样性	研究结果需要在未来的研究中得到更多的关注和验证	揭示流感疾病和COVID-19的发病机制中与疾病相关的细胞类型	流感病毒感染和COVID-19的细胞类型关联	基因组学	流感	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因组数据	约70,000个细胞，涉及欧洲和东亚人群
6765	2024-08-07	Spatially Resolved Tumor Microenvironment Predicts Treatment Outcomes in Relapsed/Refractory Hodgkin Lymphoma 2024-Mar-20, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO.23.01115 PMID:38113419	研究论文	研究通过空间解析的肿瘤微环境（TME）生态系统，为复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤（r/r CHL）的治疗失败建立新型生物标志物	开发了一种新的预后模型RHL4S，利用TME生物学特性，适用于r/r CHL活检，为空间生物标志物的发展开辟了新途径	NA	描述空间解析的肿瘤微环境生态系统，建立与r/r CHL治疗失败相关的生物标志物	复发/难治性经典霍奇金淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	成像质谱流式细胞术（IMC）	NA	图像	71对原发诊断和复发活检样本
6766	2024-08-04	ISR inhibition reverses pancreatic β-cell failure in Wolfram syndrome models 2024-03, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01258-w PMID:38321214	研究论文	本研究探讨了Wolfram综合征中胰腺β细胞功能失衡的机制以及ISR抑制剂的治疗潜力	首次在Wolfram综合征模型中揭示ISR作为β细胞失功能的关键机制，并验证了ISR抑制剂的治疗效果	在研究中可能忽略了其他潜在的治疗路径或机制	研究Wolfram综合征模型中胰腺β细胞失功能的病因及潜在治疗方法	WFS1缺乏的胰腺β细胞和小鼠模型	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠Wfs1特异性敲除模型	细胞数据	人体多能干细胞衍生的胰岛细胞(NA)和小鼠模型
6767	2024-08-04	Deep-qGFP: A Generalist Deep Learning Assisted Pipeline for Accurate Quantification of Green Fluorescent Protein Labeled Biological Samples in Microreactors 2024-Mar, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202301293 PMID:38010980	研究论文	本文介绍了一种用于准确量化绿色荧光蛋白标记生物样本的深度学习辅助管道Deep-qGFP	Deep-qGFP是第一个成功实现于多种荧光标记场景的全能图像分析算法，适用于多种数字PCR和细胞测序技术，无需迁移学习或改动	当前方法在不同实验室的适应性和普遍性可能受限于不同设备测量的一致性	提高微反应器中绿色荧光蛋白标记样本的绝对量化精度和效率	使用标准实验室荧光显微镜对绿色荧光蛋白标记的微反应器进行检测和分类	机器学习	NA	荧光成像	深度学习模型	图像	超过2000个微反应器
6768	2024-08-04	Integrated analysis reveals crosstalk between pyroptosis and immune regulation in renal fibrosis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1247382 PMID:38343546	研究论文	这项研究探讨了程序性焦亡在肾纤维化中的免疫微环境调节中的潜在作用	本研究揭示了程序性焦亡与免疫调节之间的交叉作用，并识别了五种中心调节因子作为肾纤维化的生物标志物	本研究的局限性在于使用的是动物模型，可能无法完全反映人类肾纤维化的复杂性	研究肾纤维化中程序性焦亡与免疫微环境之间的关系	研究对象为肾纤维化患者的样本和小鼠模型	数字病理学	肾脏疾病	RNA-seq	NA	基因表达数据	包括肾纤维化和正常肾样本的27个程序性焦亡相关调节因子的评估
6769	2024-08-07	"The Good, the Bad, and the Ugly" - About Diverse Phenotypes of Hepatic Stellate Cells in the Liver 2024, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2024.01.002 PMID:38216053	research paper	本文探讨了肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物在慢性肝损伤进展中的多样性表型及其作用	利用遗传谱系追踪模型和单细胞转录组及蛋白质组分析技术，揭示了HSC和MF群体在健康状态及慢性肝损伤各阶段组织变形中的隐藏异质性	NA	识别HSC/MF轴上的不同表型，为针对特定MF表型作为慢性肝损伤潜在治疗方法奠定基础	肝星状细胞（HSCs）及其激活衍生物，即肌成纤维细胞（MFs）	NA	肝病	遗传谱系追踪模型，单细胞转录组及蛋白质组分析	NA	转录组，蛋白质组	NA
6770	2024-08-07	Modeling gene expression cascades during cell state transitions 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109386 PMID:38500834	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据和贝叶斯推理方法，对细胞状态转换过程中的基因表达动态变化进行建模	提出了一种贝叶斯推理方法来推断伪时间序列中细胞的转录动态，从而能够对基因表达的时序差异和调控基因相互作用进行分析	NA	研究细胞在分化或对外界刺激响应过程中的基因表达动态变化	小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	贝叶斯推理模型	基因表达数据	小鼠胚胎前脑和胰腺样本的单细胞RNA测序数据
6771	2024-08-07	Colorectal Cancer-Associated Myofibroblasts Exhibit Enhanced Angiogenin Expression and Signaling via the PLXNB2 Receptor 2024-Apr, The Journal of surgical research IF:1.8Q2 DOI:10.1016/j.jss.2023.12.036 PMID:38295715	研究论文	本文研究了结直肠癌相关肌成纤维细胞中血管生成素表达及通过PLXNB2受体的信号传导	首次在人类结直肠癌组织中发现肌成纤维细胞中血管生成素和PLXNB2受体表达上调，并探讨了其在肿瘤-基质细胞通讯中的作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的直接验证	探讨血管生成素在人类结直肠癌中的作用及其与肌成纤维细胞的通讯机制	结直肠癌组织及其周围的肌成纤维细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	配对的正常人类结肠和结直肠癌组织样本
6772	2024-08-07	IDO1 Inhibition Promotes Activation of Tumor-intrinsic STAT3 Pathway and Induces Adverse Tumor-protective Effects 2024-Apr-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300545 PMID:38391297	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨IDO1抑制剂在肿瘤微环境中的作用及其对肿瘤细胞的影响	发现IDO1抑制剂不仅激活肿瘤内免疫细胞，还促进M2巨噬细胞的浸润和IL-6的分泌，进而激活JAK2/STAT3信号通路，导致肿瘤细胞在高度免疫活性下仍能存活	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类临床试验中验证这些发现	探究IDO1抑制剂在癌症治疗中的临床失败原因及其对肿瘤微环境的影响	IDO1抑制剂对肿瘤内免疫细胞和肿瘤细胞的影响	癌症治疗	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠结肠癌细胞CT26移植于BALB/C小鼠
6773	2024-08-04	Identification of macrophage-related genes correlated with prognosis and immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27170 PMID:38500993	研究论文	本文研究了与非小细胞肺癌预后及免疫疗效相关的巨噬细胞相关基因	本研究首次识别出与非小细胞肺癌患者预后和免疫疗效相关的特定巨噬细胞相关基因	缺乏临床验证和更大规模的样本确认	探索能预测非小细胞肺癌预后和药物有效性的基因标志物	非小细胞肺癌及其周围组织中的细胞	数字病理学	肺癌	RNA-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
6774	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils the hidden powers of zebrafish kidney for generating both hematopoiesis and adaptive antiviral immunity 2024-Mar-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92424 PMID:38497789	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了斑马鱼肾脏在造血和适应性抗病毒免疫中的双重功能	首次全面展示了斑马鱼肾脏中59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型，并揭示了其在抗病毒免疫中的多样性功能	NA	阐明斑马鱼肾脏在造血和免疫系统中的功能	斑马鱼肾脏中的造血干细胞/祖细胞和免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	59种造血干细胞/祖细胞和免疫细胞类型
6775	2024-08-07	scRNA-seq analysis discovered suppression of immunomodulatory dependent inflammatory response in PMBCs exposed to silver nanoparticles 2024-Mar-17, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02364-0 PMID:38494495	研究论文	本研究通过scRNA-seq分析揭示了银纳米颗粒暴露下PBMCs中免疫调节依赖性炎症反应的抑制	本研究首次深入分析了单细胞水平上细胞与金属离子的关联以及特定的免疫反应	研究主要集中在体外模型，未涉及体内模型的验证	探究银纳米颗粒对PBMCs的免疫毒性	银纳米颗粒对PBMCs的免疫反应	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	PBMCs样本
6776	2024-08-04	JAK/STAT3 represents a therapeutic target for colorectal cancer patients with stromal-rich tumors 2024-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-02958-4 PMID:38424636	研究论文	本研究探讨了抑制JAK/STAT3在不同结直肠癌（CRC）模型中的有效性，并建立了其预后意义。	揭示了JAK/STAT3在高间质侵袭性结直肠癌患者中的预后价值，指出抑制其信号通路为有前景的治疗策略。	研究中可能存在样本历程偏倚，并且需要在更大规模的人群中验证结果。	探讨JAK/STAT3信号传导在结直肠癌中的作用及其抑制对治疗的潜力。	研究对象包括结直肠癌细胞系、小鼠模型类器官和患者导向类器官。	数字病理学	结直肠癌	RNA测序、免疫组化、NanoString GeoMx®空间转录组学	NA	RNA	三个独立的CRC患者队列和TransSCOT临床试验队列
6777	2024-08-07	Integrative analysis of neuroblastoma by single-cell RNA sequencing identifies the NECTIN2-TIGIT axis as a target for immunotherapy 2024-02-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2023.12.008 PMID:38181797	研究论文	通过单细胞RNA测序分析神经母细胞瘤中的免疫调节相互作用，识别出NECTIN2-TIGIT轴作为免疫治疗的新靶点	首次通过单细胞RNA测序揭示了神经母细胞瘤中的免疫调节网络，并确定了NECTIN2-TIGIT轴作为关键的免疫检查点	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术，识别和优化神经母细胞瘤的免疫治疗策略	高风险神经母细胞瘤患者及其肿瘤中的免疫细胞	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	24个肿瘤样本（包括10个化疗前和14个化疗后，其中有5对匹配样本）
6778	2024-08-07	Leukaemia exposure alters the transcriptional profile and function of BCR::ABL1 negative macrophages in the bone marrow niche 2024-Feb-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45471-0 PMID:38316788	研究论文	研究慢性髓系白血病（CML）对骨髓微环境中BCR::ABL1阴性巨噬细胞转录组和功能的影响	揭示了CML骨髓微环境中存在的独特亚群未成熟巨噬细胞，并发现CML暴露的巨噬细胞通过减少表面标记CD36的表达，显著降低了凋亡细胞的清除能力	NA	探讨CML对骨髓微环境中旁观巨噬细胞的影响	CML小鼠模型和人类骨髓来源的巨噬细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
6779	2024-08-04	Spatial transcriptomics and single-nucleus RNA sequencing reveal a transcriptomic atlas of adult human spinal cord 2024-Jan-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92046 PMID:38289829	研究论文	该文章揭示了成人人体脊髓的转录组图谱，分类了脊髓神经元并分析了其空间分布	首次利用单细胞RNA测序和空间转录组技术对成人脊髓神经元进行详细分类和空间分布研究	成人脊髓的细胞异质性的分子证据相对有限	研究成人脊髓神经元的类型和功能异质性	来自九名人类供体的脊髓神经元	数字病理学	神经疾病	单核RNA测序和空间转录组技术	NA	转录组数据	来自九名人类供体的样本
6780	2024-08-07	Dandelion uses the single-cell adaptive immune receptor repertoire to explore lymphocyte developmental origins 2024-Jan, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01734-7 PMID:37055623	研究论文	本文介绍了Dandelion计算流程，用于单细胞适应性免疫受体（scVDJ-seq）分析，以探索淋巴细胞发育起源	Dandelion能够应用标准V(D)J分析工作流程于单细胞数据集，提供改进的V(D)J contig注释和非生产性及部分剪接contig的识别	NA	研究淋巴细胞生物学，特别是人类胸腺发育轨迹和细胞系承诺的调控因子	单细胞基因表达和适应性免疫受体序列数据	生物信息学	NA	scVDJ-seq	NA	基因表达数据	NA