单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6741	2024-08-07	Nephroblastoma-specific dysregulated gene SNHG15 with prognostic significance: scRNA-Seq with bulk RNA-Seq data and experimental validation 2024-Mar-25, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-024-00946-w PMID:38526609	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（RNA-Seq）数据，识别并验证了在肾母细胞瘤（WT）中具有预后意义的失调基因SNHG15。	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了SNHG15在肾母细胞瘤中的预后价值及其功能机制。	实验仅限于G401细胞系，未来研究需在更多细胞系和临床样本中验证SNHG15的作用。	探索肾母细胞瘤中的预后标志物及其分子机制。	肾母细胞瘤组织中的SNHG15基因及其在细胞增殖、迁移和凋亡中的作用。	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（RNA-Seq）	NA	RNA	基于scRNA-seq数据识别了20个簇，并注释了10种细胞类型
6742	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing unveils tumor heterogeneity and immune microenvironment between subungual and plantar melanoma 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57640-8 PMID:38528036	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）之间的肿瘤异质性和免疫微环境差异	首次详细比较了SM和PM在基因表达、拷贝数变异（CNV）及肿瘤相关通路（如NF-κb和Wnt）的差异，并揭示了免疫微环境中特定轴（EPHA3-EFNA1和TIGIT-NECTIN2）的表达情况	研究样本仅限于SM和PM患者，可能无法完全代表所有类型的黑色素瘤	探索不同亚型黑色素瘤的肿瘤异质性和免疫微环境	指（趾）甲下黑色素瘤（SM）和足底黑色素瘤（PM）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	24,789个单细胞
6743	2024-08-07	Identification of the shared hub gene signatures and molecular mechanisms between HIV-1 and pulmonary arterial hypertension 2024-03-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-55645-x PMID:38528047	研究论文	本研究通过分析HIV-1和肺动脉高压（PAH）的微阵列数据，利用WGCNA、GO和通路富集分析等方法，识别了两者之间的共享枢纽基因和分子机制	首次揭示了HIV-1与PAH之间通过I型干扰素（IFN）途径的共享分子机制，并确定了关键枢纽基因ISG15和IFI27	NA	阐明HIV-1感染与肺动脉高压之间的分子机制	HIV-1感染和肺动脉高压的共享枢纽基因及其分子机制	数字病理学	肺动脉高压	WGCNA, GO和通路富集分析, CIBERSORT, scRNA-seq	NA	微阵列数据, scRNA-seq数据	NA
6744	2024-08-07	Sirpα on tumor-associated myeloid cells restrains antitumor immunity in colorectal cancer independent of its interaction with CD47 2024-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-023-00691-z PMID:38200243	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析结直肠癌组织，发现肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞在免疫抑制特征上显著增加，且Sirpα在这些细胞中的表达增强，与肿瘤进展抵抗性相关。	首次揭示了Sirpα在肿瘤相关髓系细胞中独立于CD47的免疫抑制作用，并展示了Sirpα缺乏通过重编程肿瘤微环境增强抗肿瘤免疫活性的机制。	NA	探究肿瘤相关髓系细胞中Sirpα的免疫抑制机制及其对结直肠癌免疫治疗的影响。	结直肠癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞和中性粒细胞来源的抑制细胞。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6745	2024-08-07	Single Cell Analysis of Lung Lymphatic Endothelial Cells and Lymphatic Responses during Influenza Infection 2024-Mar, Journal of respiratory biology and translational medicine DOI:10.35534/jrbtm.2024.10003 PMID:38529320	研究论文	研究了流感感染期间肺淋巴内皮细胞和淋巴反应的单细胞分析	发现了流感感染期间肺淋巴内皮细胞中存在的新的PD-L1亚群	NA	探讨感染期间淋巴系统的重塑过程	肺淋巴内皮细胞和淋巴反应	数字病理学	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6746	2024-08-04	Heterogeneous osteoimmune profiles via single-cell transcriptomics in osteoporotic patients who fail bisphosphonate treatment 2024-Feb-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2316871121 PMID:38346184	研究论文	本文研究了在双膦酸盐治疗失败的骨质疏松患者中通过单细胞转录组学揭示异质的骨免疫特征	研究首次揭示了骨质疏松患者中免疫细胞的异质性及其与双膦酸盐治疗失败的相关性	样本量可能有限，未深入探讨其他可能影响结果的生物标志物	探讨骨质疏松症中的免疫细胞异质性及其在双膦酸盐治疗中的作用	选取不同骨质疏松症状态的绝经后女性，包括非骨质疏松、经过治疗改善的患者及治疗失败者	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞转录组数据	三组共涉及多名绝经后女性样本，具体样本量未详细说明
6747	2024-08-04	Rabies virus-based barcoded neuroanatomy resolved by single-cell RNA and in situ sequencing 2024-Feb-06, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87866 PMID:38319699	研究论文	本文结合条形码狂犬病毒与单细胞和原位测序，探索小鼠大脑中的逆行标记和跨突触标记	本研究首次将条形码狂犬病毒与高通量的单细胞RNA测序和原位测序相结合，以实现神经元类型的广泛映射	目前条形码狂犬病毒的应用仅限于映射非神经元细胞的相互作用和培养神经元的突触连接	研究各种神经元类型的连接性，从而理解神经电路的结构和功能	小鼠大脑中的目标神经元及其突触连接	数字神经解剖学	NA	RNA条形码测序	NA	转录组数据	对96个逆行标记细胞和295个跨突触标记细胞进行了单细胞RNA测序，对4130个逆行标记细胞和2914个跨突触标记细胞进行了原位测序
6748	2024-08-07	Association Between Diverse Cell Death Patterns Related Gene Signature and Prognosis, Drug Sensitivity, and Immune Microenvironment in Glioblastoma 2024-Jan-12, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-023-02181-4 PMID:38214842	研究论文	本研究基于多种程序性细胞死亡模式相关基因构建了一个新的预测胶质母细胞瘤（GBM）预后的模型，并探讨了该模型与药物敏感性和免疫微环境的关系	首次整合了11种程序性细胞死亡模式相关基因，构建了一个新的预后模型，并验证了其在不同数据集中的有效性	需要进一步的研究来验证该模型在更大规模样本和不同人群中的应用效果	开发一个有效的工具来预测GBM的预后，并探讨其与药物敏感性和免疫微环境的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者的预后、药物敏感性和免疫微环境	数字病理学	脑瘤	转录组数据分析	Cox回归分析	转录组数据	使用了来自TCGA-GBM、REMBRANDT、CGGA和GSE162631数据集的GBM病例的bulk和单细胞转录组数据及临床数据
6749	2024-08-07	Single-cell disulfidptosis regulator patterns guide intercellular communication of tumor microenvironment that contribute to kidney renal clear cell carcinoma progression and immunotherapy 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1288240 PMID:38292868	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肾透明细胞癌中的硫化物凋亡调控因子模式，揭示了其在肿瘤微环境中对细胞间通讯的影响及其与疾病进展和免疫治疗的关系	首次详细探讨了硫化物凋亡在肿瘤微环境中的具体作用，并揭示了其与肾透明细胞癌生物特性和预后的关联	研究样本量相对较小，且仅限于肾透明细胞癌，可能限制了结果的广泛适用性	探讨硫化物凋亡调控因子在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的作用及其对疾病进展和免疫治疗的影响	肾透明细胞癌的肿瘤微环境中的单细胞	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	非负矩阵分解（NMF）	RNA	41,784个单细胞，来自7个肾透明细胞癌样本
6750	2024-08-07	Cytotoxic CD8+ Temra cells show loss of chromatin accessibility at genes associated with T cell activation 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1285798 PMID:38370415	研究论文	研究探讨了人类衰老过程中记忆T细胞的扩张及其与CMV感染的关系，特别是Temra细胞的表观遗传模式和细胞异质性	通过单细胞转录组分析和ATAC-seq技术，揭示了Temra细胞与Tcm/em细胞在染色质可及性方面的差异，并发现了与基因表达相关的染色质可及性位点	研究主要集中在Temra细胞与Tcm/em细胞的比较，未涉及其他T细胞亚群的全面分析	探究衰老和CMV感染对CD8 Temra细胞分子和细胞异质性的影响	CD8 Temra细胞及其与CMV感染的关系	免疫学	NA	ATAC-seq, 单细胞转录组分析	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	涉及多个个体，具体数量未在摘要中明确
6751	2024-08-07	Integrative analysis identifies cancer cell-intrinsic RARRES1 as a predictor of prognosis and immune response in triple-negative breast cancer 2024, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2024.1360507 PMID:38533207	研究论文	本研究通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了三阴性乳腺癌（TNBC）中肿瘤微环境（TME）的细胞组成异质性，并识别了与TME相关的基因RARRES1，该基因表达与TNBC患者的预后和免疫检查点抑制剂（ICIs）反应呈正相关	本研究提出了一种定量评估TME免疫特征的方法，并提供了一个框架，通过综合分析识别与TME相关的癌细胞内在特征	NA	揭示三阴性乳腺癌中癌细胞与肿瘤微环境之间的关系，并识别预测治疗反应和预后的生物标志物	三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
6752	2024-08-04	p53 accelerates endothelial cell senescence in diabetic retinopathy by enhancing FoxO3a ubiquitylation and degradation via UBE2L6 2024-Apr, Experimental gerontology IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.exger.2024.112391 PMID:38437929	研究论文	本文探讨了p53如何通过增强FoxO3a的泛素化和降解来加速糖尿病视网膜病变中的内皮细胞衰老	首次揭示了p53在糖尿病视网膜病变中加速内皮细胞衰老的新机制	未明确探讨该机制在其他类型视网膜疾病中的适用性	研究p53在糖尿病视网膜病变中的作用机制	db/db小鼠视网膜及其内皮细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	bulk RNA测序和单细胞测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	db/db小鼠
6753	2024-08-04	Intratumoral IL-12 delivery via mesenchymal stem cells combined with PD-1 blockade leads to long-term antitumor immunity in a mouse glioblastoma model 2024-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2023.115790 PMID:38431436	研究论文	本研究开发了IL-12分泌的间充质干细胞，并评估了其与抗PD-1联合治疗胶质母细胞瘤的疗效	通过将IL-12分泌的间充质干细胞与抗PD-1联合使用，显著增强了针对胶质母细胞瘤的抗肿瘤免疫	本研究在小鼠模型中进行，临床转化的有效性和安全性需进一步验证	探索抗PD-1与IL-12-secreting间充质干细胞联合治疗对胶质母细胞瘤的长期疗效	胶质母细胞瘤小鼠模型	数字病理学	胶质母细胞瘤	小鼠单细胞转录组测序	NA	实验小鼠组织样本	共涉及29只小鼠，分别是16只和13只小鼠用于不同单疗法，12只小鼠用于联合疗法
6754	2024-08-04	Single-cell sequencing: A promising approach for uncovering the characteristic of pancreatic islet cells in type 2 diabetes 2024-Apr, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2024.116292 PMID:38394848	综述	这篇文章总结了单细胞测序在2型糖尿病胰岛细胞特征研究中的应用	该研究强调了单细胞测序在揭示细胞异质性和改善干细胞治疗中的创新应用	文章讨论了单细胞测序的局限性，但未具体阐述	探讨单细胞测序在2型糖尿病发病机制中的潜在应用和治疗靶点	胰岛细胞和功能性β细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞测序	NA	基因组学、转录组学、表观遗传学数据	NA
6755	2024-08-07	Siglec9 + tumor-associated macrophages predict prognosis and therapeutic vulnerability in patients with colon cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111771 PMID:38430807	研究论文	研究探讨了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达模式及其临床意义	首次全面分析了Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的表达及其对预后和辅助化疗反应的影响	研究为回顾性分析，可能存在选择偏倚	评估Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞在结肠癌中的临床意义及治疗潜力	结肠癌患者中的Siglec9阳性肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	结肠癌	免疫组织化学、免疫荧光、单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	组织样本	两个不同医疗中心的临床队列
6756	2024-08-07	UFL1 ablation in T cells suppresses PD-1 UFMylation to enhance anti-tumor immunity 2024-Mar-21, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2024.01.024 PMID:38377992	研究论文	本研究探讨了UFMylation在T细胞中的生理作用，特别是UFL1 E3连接酶在调节PD-1 UFMylation和增强抗肿瘤免疫中的作用。	首次揭示了UFL1通过促进PD-1 UFMylation来拮抗PD-1的泛素化和降解，以及AMPK通过磷酸化UFL1来破坏PD-1 UFMylation的机制。	NA	探究UFMylation在T细胞中的生理作用及其在癌症治疗中的潜在应用。	UFL1 E3连接酶在T细胞中的功能及其对PD-1 UFMylation的影响。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ufl1条件性敲除小鼠
6757	2024-08-07	Molecular assessment of intratumoral immune cell subsets and potential mechanisms of resistance to odronextamab, a CD20×CD3 bispecific antibody, in patients with relapsed/refractory B-cell non-Hodgkin lymphoma 2024-Mar-21, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008338 PMID:38519055	研究论文	本研究评估了复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者肿瘤内免疫细胞亚群及对CD20×CD3双特异性抗体odronextamab的耐药机制。	研究发现了肿瘤程序性死亡配体1表达与odronextamab反应性增加之间的潜在联系，以及CD20表达通过失活基因突变作为耐药机制的可能性。	研究主要集中在复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者，可能不适用于其他类型的淋巴瘤或疾病。	旨在探索复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者对odronextamab的耐药机制及潜在的生物标志物。	复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者及其肿瘤内免疫细胞亚群。	数字病理学	淋巴瘤	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞RNA测序和全基因组测序	NA	基因组数据	参与ELM-1研究的复发/难治性B细胞非霍奇金淋巴瘤患者
6758	2024-08-04	Single-cell sequencing reveals the immune landscape of breast cancer patients with brain metastasis 2024-Mar, Thoracic cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1111/1759-7714.15243 PMID:38316626	研究论文	该文章研究了脑转移乳腺癌患者的免疫微环境	本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌脑转移患者的免疫微环境，为非侵入性研究方法提供了新视角	研究仅限于脑转移乳腺癌患者，可能无法普遍适用于其他类型的癌症	分析乳腺癌脑转移患者的免疫细胞特征和微环境	乳腺癌脑转移患者的脑脊液中的免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	免疫细胞数据	脑转移乳腺癌患者的脑脊液样本
6759	2024-08-07	Lower respiratory tract single-cell RNA sequencing and neutrophil extracellular trap profiling of COVID-19-associated pulmonary aspergillosis: a single centre, retrospective, observational study 2024-03, The Lancet. Microbe DOI:10.1016/S2666-5247(23)00368-3 PMID:38280387	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嗜中性粒细胞外捕获物（NETs）分析，探讨了COVID-19相关肺曲霉病（CAPA）患者的免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	首次详细描述了CAPA患者的免疫细胞景观，特别是嗜中性粒细胞的成熟轨迹和NETs的形成，以及这些特征与患者预后的关系	本研究为回顾性观察研究，样本量有限，且仅在一个中心进行	旨在描述重症COVID-19患者，无论是否伴有CAPA，其免疫特征，特别是嗜中性粒细胞和NETs的浓度	重症COVID-19患者，包括伴有和不伴有CAPA的患者	数字病理学	COVID-19相关肺曲霉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	43份支气管肺泡灌洗样本，59名患者
6760	2024-08-07	Regulatory T cells and IFN-γ-producing Th1 cells play a critical role in the pathogenesis of Sjögren's Syndrome 2024-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.23.576314 PMID:38328096	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用	报道了一个更准确的Sjögren综合征小鼠模型，并提供了调节性T细胞和IFN-γ产生Th1细胞在Sjögren综合征发病机制中的关键作用的证据	NA	研究Sjögren综合征的发病机制	Sjögren综合征患者的唾液腺和泪腺以及淋巴组织	NA	自身免疫疾病	RNA测序, 流式细胞术, 单细胞转录组分析	NA	RNA	小鼠模型和Sjögren综合征患者的外周血单个核细胞