单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6721	2024-08-04	Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data 2024-Mar, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-024-00597-5 PMID:38438786	研究论文	该文章介绍了一种名为SCORPION的工具，通过高通量单细胞转录组数据重建可比较的基因调控网络	SCORPION使用信息传递算法重建基因调控网络，并在合成数据上优于12种现有技术，显示其准确识别不同细胞间调控网络差异的能力	文章未讨论SCORPION在不同生物背景下的适应性	研究旨在实现单细胞RNA测序数据在群体水平的基因调控网络比较	文章研究了来自结直肠癌及其相邻健康组织的200,436个单细胞的基因调控网络	数字病理学	结直肠癌	RNA-seq	NA	单细胞 RNA 测序数据	200,436个单细胞
6722	2024-08-07	Schnurri-3 controls osteogenic fate of Adipoq-lineage progenitors in bone marrow 2024-Mar, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2024.01.008 PMID:38549808	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型，探讨了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响	首次揭示了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的功能，及其对骨形成和骨折愈合的促进作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证其临床应用潜力	探讨Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响	Adipoq谱系前体细胞和Schnurri-3基因	NA	骨质疏松症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	RNA序列数据	小鼠和人类样本
6723	2024-08-07	Revisiting Multi-Omics Data to Unravel Galectins as Prognostic Factors in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2024-Feb-27, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12030529 PMID:38540141	研究论文	本研究重新审视多组学数据，以揭示半乳糖凝集素作为头颈鳞状细胞癌的预后因子	本研究通过单细胞RNA测序分析了半乳糖凝集素在肿瘤微环境中的表达及其对预后的影响，并展示了其在预测HPV和突变状态、分层HNSCC预后和预测治疗反应中的三重功能	本研究强调需要进一步研究以评估半乳糖凝集素在HNSCC中的作用，并明确个体半乳糖凝集素在患者分层中的角色	评估半乳糖凝集素作为头颈鳞状细胞癌的预后生物标志物	头颈鳞状细胞癌中的半乳糖凝集素表达及其与HPV和突变状态的关系	数字病理学	头颈鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6724	2024-08-04	A Keratin 12 Expression-Based Analysis of Stem-Precursor Cells and Differentiation in the Limbal-Corneal Epithelium Using Single-Cell RNA-Seq Data 2024-Feb-26, Biology DOI:10.3390/biology13030145 PMID:38534415	研究论文	这篇文章分析了在单细胞RNA测序数据基础上，角膜上皮中的干前体细胞和分化过程，特别是角蛋白12（Krt12）的表达情况	本研究揭示了角膜上皮分化过程中Krt12表达变化的独特四个步骤，并提供了多种基因组群的识别	这篇文章未提及样本的多样性或外部验证的必要性	旨在探究角膜上皮中干前体细胞的特性及分化机制	研究对象为角膜上皮中的干前体细胞及其分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	NA
6725	2024-08-07	Comprehensive Transcriptomic Profiling of Diverse Brain Tumor Types Uncovers Complex Structures of the Brain Tumor Microenvironment 2024-Feb-23, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12030506 PMID:38540119	研究论文	本研究分析了六种脑肿瘤类型（脑膜瘤、星形细胞瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤）的转录组结构，以揭示脑肿瘤微环境的复杂结构	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫相关基因的无监督聚类，揭示了脑肿瘤微环境中免疫细胞类型的差异分布及其对治疗的反应	NA	提供克服脑肿瘤治疗脆弱性的潜在指导方针	脑肿瘤微环境的转录组结构	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	六种脑肿瘤类型的细胞群体
6726	2024-08-04	SPINK1 Overexpression Correlates with Hepatocellular Carcinoma Treatment Resistance Revealed by Single Cell RNA-Sequencing and Spatial Transcriptomics 2024-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14030265 PMID:38540686	研究论文	本研究揭示了SPINK1在肝细胞癌治疗抵抗中的作用	首次阐明了SPINK1在肝细胞癌化疗抵抗中的关键角色，并确定其作为潜在治疗靶点	对SPINK1影响的机制理解仍然有限，尚需进一步的研究	探究SPINK1对肝细胞癌化疗抵抗的影响	肝细胞癌患者的细胞和组织样本	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA数据	来自两个肝细胞癌队列的单细胞样本
6727	2024-08-04	Advances in the Immunology of the Host-Parasite Interactions in African Trypanosomosis, including Single-Cell Transcriptomics 2024-Feb-20, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13030188 PMID:38535532	研究论文	本文概述了非洲锥虫病中宿主-寄生虫相互作用的最新进展。	介绍了最新的单细胞转录组学研究，揭示了寄生虫生命周期阶段与宿主细胞的相互作用。	尚未涉及所有寄生虫及宿主细胞类型的全面比较。	深入理解寄生虫生物学及宿主免疫反应，以便开发新的疫苗和治疗策略。	研究了非洲锥虫及其与宿主的相互作用。	数字病理学	锥虫病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
6728	2024-08-04	Lupus dermal fibroblasts are proinflammatory and exhibit a profibrotic phenotype in scarring skin disease 2024-Feb-15, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.173437 PMID:38358820	研究论文	该研究探讨了系统性红斑狼疮患者皮肤纤维母细胞的炎症反应与瘢痕生成之间的关系	揭示了系统性红斑狼疮纤维母细胞在炎症反应中的不同表现，为治疗皮肤损伤提供了新靶点	研究仅限于小样本量且主要集中在皮肤样本上	旨在理解红斑狼疮皮肤纤维母细胞的炎症机制及其在瘢痕疾病中的作用	对22名系统性红斑狼疮及皮肤红斑狼疮患者和34名健康对照的皮肤纤维母细胞进行分析	数字病理学	皮肤红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	生物样本	22名系统性红斑狼疮及皮肤红斑狼疮患者和34名健康对照
6729	2024-08-04	Tertiary lymphoid structures sustain cutaneous B cell activity in hidradenitis suppurativa 2024-Feb-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.169870 PMID:38113104	研究论文	本研究调查了在脓疱性汗腺炎（HS）皮损中B细胞的动态和微环境互动	首次在HS皮损中识别了三级淋巴结构，并描述了T细胞、B细胞、抗原呈递细胞和皮肤基质之间的有组织互动	本研究主要集中在皮损区域，未能广泛评估HS的全身反应	探讨B细胞在脓疱性汗腺炎发病机制中的作用及其微环境	研究了脓疱性汗腺炎患者皮损中B细胞的活动	数字病理学	脓疱性汗腺炎	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	NA	组织样本	涉及多个脓疱性汗腺炎皮损样本
6730	2024-08-04	Genetic correlations, shared risk genes and immunity landscapes between COVID-19 and venous thromboembolism: evidence from GWAS and bulk transcriptome data 2024-Apr, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-024-01857-w PMID:38433131	研究论文	本研究表征了COVID-19与静脉血栓栓塞（VTE）之间的遗传相关性及共同致病机制	首次揭示了COVID-19及VTE之间的遗传相关性和潜在共享基因，识别了TP53I3和SLPI作为关键基因	缺乏关于COVID-19和VTE影响的长期临床数据支持	旨在探讨COVID-19与VTE之间的遗传关联及其潜在共同机制	研究COVID-19和VTE相关的数据集及基因	数字病理学	NA	GWAS，转录组分析	NA	基因表达数据	共涉及四个数据集，包含多个样本
6731	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Reveals Potential Mechanisms for Coronary Artery Lesions in Kawasaki Disease 2024-Apr, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320188 PMID:38357816	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，探讨了川崎病中冠状动脉病变的发展机制	首次揭示了川崎病中冠状动脉病变发展的免疫细胞和炎症因子风暴的作用机制	样本量较小，且仅包括儿童患者	探讨川崎病中冠状动脉病变的免疫学机制	川崎病患者的单核细胞和血小板	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	212,210个外周血单核细胞，来自16名儿童
6732	2024-08-07	Integration of single-cell and RNA-seq data to explore the role of focal adhesion-related genes in osteoporosis 2024-Apr, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18271 PMID:38534087	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和RNA测序数据，挖掘与焦点粘附相关的关键基因，并探讨其在骨质疏松症中的作用	本研究首次结合单细胞RNA测序和RNA测序数据，识别了两个与焦点粘附相关的关键基因（FAM129A和RNF24），并构建了竞争性内源RNA网络和转录因子-关键基因网络，预测了潜在的治疗药物	研究主要基于现有数据集进行分析，未涉及大规模临床试验验证预测药物的疗效	旨在挖掘与焦点粘附相关的关键基因，并探讨其在骨质疏松症中的作用，为骨质疏松症的治疗和评估提供新视角	焦点粘附相关基因在骨质疏松症中的作用	数字病理学	骨质疏松症	单细胞RNA测序，RNA测序	NA	RNA	涉及GSE56815和GSE56116两个队列，具体样本数量未详细说明
6733	2024-08-07	Predicting mechanism of immune response in microsatellite instability colorectal cancer 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28120 PMID:38545192	研究论文	本研究利用计算程序分析单细胞RNA测序数据，识别出微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-CRC）中特定的表达程序，并探讨了这些程序与免疫反应和转移功能的关系	首次通过非负矩阵分解（NMF）识别出MSI-CRC特有的三个复发模块，并发现这些模块与代谢和炎症反应功能富集相关	研究主要集中在MSI-CRC的免疫反应机制，未涉及微卫星稳定性（MSS）结直肠癌的比较分析	探讨微卫星不稳定性结直肠癌中免疫反应的预测机制	微卫星不稳定性结直肠癌（MSI-CRC）的免疫反应和转移功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	涉及多个结直肠癌细胞系的单细胞RNA测序数据
6734	2024-08-07	Multiple parallel cell lineages in the developing mammalian cerebral cortex 2024-Mar-29, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adn9998 PMID:38536915	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和条形码细胞系追踪技术，探讨了哺乳动物大脑皮层发育中平行细胞系的分子多样性和其发展轨迹	发现了在具有扩展胚区和大脑皮层折叠的物种中，如人类，存在多类放射状胶质细胞（RGCs）启动平行细胞系，这些细胞系最终汇聚成一类新生神经元	研究主要集中在雪貂和人类，未涵盖所有哺乳动物物种	揭示哺乳动物大脑皮层发育中细胞系的多样性和平行发展机制	哺乳动物大脑皮层的细胞系及其分子多样性	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及雪貂和人类大脑皮层的多个胚区样本
6735	2024-08-07	A p53 score derived from TP53 CRISPR/Cas9 HMCLs predicts survival and reveals a major role of BAX in the response to BH3 mimetics 2024-Mar-28, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021581 PMID:38096363	研究论文	本研究通过CRISPR/Cas9技术从TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)中衍生出TP53-/-克隆，建立了严格的p53依赖性基因表达谱，并开发了一个功能性p53评分系统，该评分系统涉及13个在p53沉默时特异性下调的基因。	本研究首次建立了一个功能性p53评分系统，能够有效识别双等位TP53失活的骨髓瘤患者样本，并预测其总体生存率。此外，研究还发现p53调控的BAX表达对骨髓瘤细胞对BH3模拟物的敏感性有直接影响，并且MCL1和BCL2 BH3模拟物的组合显示出协同效应。	研究主要集中在骨髓瘤细胞系和患者样本上，未来需要进一步验证该评分系统在其他癌症类型中的应用。	建立一个功能性p53评分系统，以识别双等位TP53失活的骨髓瘤细胞，并研究p53调控的BAX在骨髓瘤细胞对BH3模拟物反应中的作用。	TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)，以及骨髓瘤患者样本。	数字病理学	骨髓瘤	CRISPR/Cas9技术	NA	基因表达数据	涉及17个失调基因，13个特异性下调基因，以及多个骨髓瘤细胞系和患者样本。
6736	2024-08-07	Poor clinical outcomes and immunoevasive contexture in CD161+CD8+ T cells barren human pancreatic cancer 2024-Mar-26, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-008694 PMID:38531664	研究论文	本研究探讨了CD161+CD8+ T细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）中的预后价值及其分子特征	首次确认肿瘤浸润性CD161+CD8+ T细胞作为PDAC独立预后指标，并发现其与CA19-9水平结合可增强生存预测能力	需要进一步研究验证CD161+CD8+ T细胞在风险分层和治疗策略优化中的作用	阐明CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的预后价值及其分子特征	CD161+CD8+ T细胞在PDAC中的作用	肿瘤学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	186名接受根治性切除的PDAC患者
6737	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the immune features and viral tropism in the central nervous system of mice infected with Japanese encephalitis virus 2024-Mar-26, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-024-03071-1 PMID:38532383	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了日本脑炎病毒感染小鼠中枢神经系统后的免疫特征和病毒趋向性	首次通过单细胞RNA测序揭示了日本脑炎病毒对小鼠大脑中不同神经亚型的病毒趋向性和细胞组成的改变	NA	探讨日本脑炎病毒在小鼠中枢神经系统中的作用机制及其对神经损伤和炎症的影响	日本脑炎病毒感染的小鼠中枢神经系统细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	88,000个单细胞
6738	2024-08-07	Unveiling the functional heterogeneity of cytokine-primed human umbilical cord mesenchymal stem cells through single-cell RNA sequencing 2024-Mar-26, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-024-01219-3 PMID:38532459	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了由不同细胞因子预处理的脐带间充质干细胞的功能异质性及其分子机制	本研究首次在单细胞水平上揭示了细胞因子预处理对间充质干细胞异质性、生物功能及其功能亚群的调控作用	NA	揭示细胞因子预处理的间充质干细胞的细胞异质性、功能亚群及分子机制	脐带间充质干细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及IFN-γ、TNF-α、IL-4、IL-6、IL-15和IL-17预处理的脐带间充质干细胞
6739	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Endometrium Reveals ISL1 as a Potential Biomarker for Diagnosis and Treatment 2024-Mar-13, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/j.fbl2903100 PMID:38538277	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了子宫内膜小细胞神经内分泌癌的转录组，揭示了ISL1作为潜在的诊断和治疗生物标志物	首次在子宫内膜小细胞神经内分泌癌中探讨了ISL1的表达及其作为生物标志物的潜力	研究样本量较小，仅基于单一病例的样本进行分析	探索子宫内膜小细胞神经内分泌癌的诊断和治疗标志物	子宫内膜小细胞神经内分泌癌及其细胞内的ISL1表达	数字病理学	妇科肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单一病例样本
6740	2024-08-07	Brooklyn plots to identify co-expression dysregulation in single cell sequencing 2024-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqad112 PMID:38213836	研究论文	本文通过构建软件包并使用'布鲁克林图'分析单细胞RNA测序数据，识别基因组相关邻近基因的共表达失调	发现单细胞RNA测序数据中基因组相关邻近基因的共表达全局变化，并开发了一种新的分析方法	NA	探索人类疾病中改变的开放染色质区域对基因表达的影响	单细胞RNA测序数据中的基因共表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	约10 MB的基因组间隔