单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6721	2024-08-04	eSVD-DE: Cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568369 PMID:38045428	研究论文	本文提出了一种新方法eSVD-DE，用于在单细胞RNA-seq数据中分析 cohort-wide 差异表达基因	eSVD-DE通过矩阵分解汇集基因信息，并引入层次模型以准确测试病例和对照个体的后验均值分布差异	本研究在处理人类变异带来的混杂协变量时可能仍然面临一些挑战	旨在开发一套新方法，分析大规模聚类中单细胞RNA-seq数据的差异表达基因	研究对象为大量病例和对照个体的单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	多个生物系统的已发布数据集
6722	2024-08-04	Adipose tissue macrophage heterogeneity in the single-cell genomics era 2024-Feb, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.mocell.2024.100031 PMID:38354858	研究论文	文章讨论了在单细胞基因组学时代脂肪组织巨噬细胞的异质性	提出了单细胞转录组技术能够揭示脂肪组织巨噬细胞的高度异质性	需要进一步研究以更好地理解ATMs和肥胖对其影响的复杂性	探讨肥胖及其引发的炎症如何影响脂肪组织巨噬细胞	主要研究脂肪组织巨噬细胞(ATMs)的异质性及其特征	数字病理	2型糖尿病	单细胞转录组技术	NA	基因组数据	NA
6723	2024-08-04	Long-read single-cell sequencing reveals expressions of hypermutation clusters of isoforms in human liver cancer cells 2024-Jan-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87607 PMID:38206124	研究论文	本研究开发了一种基于LOOPSeq技术的合成长读取单细胞测序技术，以分析人类肝癌细胞中的超突变亚型表达	本研究的创新点在于应用LOOPSeq技术实现精确的长读取单细胞转录组测序，并识别出特定于肝癌细胞的突变mRNA亚型	本研究的局限性未具体提到，故为NA	本研究旨在揭示人类肝癌细胞中蛋白表达谱的复杂性	本研究对象为来自个体的447个肝细胞癌和良性肝脏转录组	数字病理学	肝癌	长读取测序	NA	转录组	447个转录组样本
6724	2024-08-07	Stiffness-dependent MSC homing and differentiation into CAFs - implications for breast cancer invasion 2024-01-01, Journal of cell science IF:3.3Q3 DOI:10.1242/jcs.261145 PMID:38108421	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中癌细胞与间充质干细胞（MSCs）在不同硬度基质下的相互作用如何影响三阴性乳腺癌（TNBC）的侵袭性	首次展示了在预转移阶段，MSCs向癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化如何促进TNBC的侵袭和转移	NA	研究肿瘤微环境中细胞异质性和细胞外基质（ECM）硬化对乳腺癌侵袭性的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）中的间充质干细胞（MSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及高侵袭性三阴性乳腺癌（TNBC）的原发肿瘤、次级部位和循环肿瘤细胞簇中的亚群细胞
6725	2024-08-07	The pelvic organs receive no parasympathetic innervation 2024-Mar-15, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91576 PMID:38488657	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术，发现小鼠盆腔神经节由四种不同于交感和副交感神经元的神经元组成，这些神经元与交感神经元有亲缘关系，但不与副交感神经元相关。研究还表明，脊髓腰段节前神经元在盆腔神经节中与去甲肾上腺素能和胆碱能细胞形成突触，这两种细胞均作为交感神经的传递介质。因此，盆腔器官不接受来自副交感或典型交感神经元的神经支配，而是接受来自交感神经链末端分支的神经支配，负责其特有的功能。	本研究首次揭示了盆腔神经节中的神经元类型及其与交感和副交感神经元的关系，并证明了盆腔器官不接受副交感神经的神经支配。	NA	探讨盆腔器官的自主神经支配机制	小鼠盆腔神经节中的神经元类型及其功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
6726	2024-08-07	A novel EIF3C-related CD8+ T-cell signature in predicting prognosis and immunotherapy response of nasopharyngeal carcinoma 2024-Feb-24, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05552-x PMID:38400862	研究论文	本研究探讨了EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并构建了一个新的EIF3C相关CD8+ T细胞签名（ETS）模型，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	本研究首次构建了EIF3C相关CD8+ T细胞签名模型，用于预测鼻咽癌的预后和免疫治疗反应	NA	探索EIF3C在鼻咽癌肿瘤免疫微环境中的作用，并开发新的生物标志物以准确预测免疫治疗效果	EIF3C在鼻咽癌中的表达及其对CD8+ T细胞浸润的影响	数字病理学	鼻咽癌	scRNA-seq	lasso算法	RNA序列	NA
6727	2024-08-04	Development of a novel lncRNA-derived immune gene score using machine learning-based ensembles for predicting the survival of HCC 2024-Feb-09, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05608-6 PMID:38334792	研究论文	本文开发了一种新型的lncRNA衍生免疫基因评分模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的生存率	提出了一种基于机器学习的集成方法来建立lncRNA和免疫基因评分模型	研究中使用的单细胞测序数据可能无法完全代表患者体内的真实免疫环境	开发一个准确的预测模型以评估肝细胞癌患者的生存期	肝细胞癌患者的mRNA和lncRNA表达谱	机器学习	肝癌	单细胞测序	NA	mRNA和lncRNA表达数据	使用了来自TCGA、GEO和ICGC的数据集进行模型验证
6728	2024-08-04	Identification and validation of Golgi apparatus-related signature for predicting prognosis and immunotherapy response in breast cancer 2024-Feb-01, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-024-05612-w PMID:38300336	研究论文	本研究旨在探讨高尔基体相关基因在乳腺癌预后和免疫治疗反应评估中的预测价值	识别并验证了一种由394个高尔基体相关基因组成的预后风险特征，可以有效区分乳腺癌患者的高风险和低风险组	未提及具体的研究局限性	研究乳腺癌中高尔基体相关基因的预测价值	乳腺癌患者的数据和样本	数字病理学	乳腺癌	qPCR和单细胞测序	Cox回归分析	转录组数据和临床数据	涉及394个与乳腺癌预后显著相关的高尔基体相关基因
6729	2024-08-07	Chronic active Epstein-Barr virus disease originates from infected hematopoietic stem cells 2024-01-04, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021074 PMID:37824804	研究论文	本研究通过多种检测方法，包括定量聚合酶链反应、PrimeFlow和单细胞RNA测序，分析了慢性活动性EB病毒病（CAEBV）患者的骨髓和外周血细胞，揭示了CAEBV疾病的起源及其对免疫系统的影响	首次通过单细胞RNA测序等技术证实CAEBV疾病起源于感染的造血干细胞，并展示了EBV感染对免疫系统的具体影响	研究样本量较小，仅包括5名CAEBV患者和少数对照组，可能影响结果的普遍性	探究慢性活动性EB病毒病的病因及其对免疫系统的影响	慢性活动性EB病毒病患者的骨髓和外周血细胞	NA	慢性活动性EB病毒病	定量聚合酶链反应、PrimeFlow、单细胞RNA测序	NA	RNA	5名CAEBV患者、1名EBV相关噬血细胞性淋巴组织细胞增生症患者和2名健康对照
6730	2024-08-04	CCNA2 and NEK2 regulate glioblastoma progression by targeting the cell cycle 2024-May, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14339 PMID:38516683	研究论文	该研究旨在探究CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的分子机制	首次系统阐明CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤进展中的作用，并建立了生存预测的诺模图	目前研究中并未明确说明样本量和不同亚类型的详细数据	探讨CCNA2和NEK2在胶质母细胞瘤中的特定功能和分子机制	胶质母细胞瘤中CCNA2和NEK2的表达及其预后	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、西方印迹法和免疫组化染色	NA	基因表达数据	NA
6731	2024-08-04	STEP: profiling cellular-specific targets and pathways of bioactive small molecules in tissues via integrating single-cell transcriptomics and chemoproteomics 2024-Mar-20, Chemical science IF:7.6Q1 DOI:10.1039/d3sc04826h PMID:38516082	研究论文	本文提出了一种新颖的多组学集成管道STEP，能够在单细胞分辨率下剖析哺乳动物组织中的蛋白质靶标。	STEP是一种新策略，首次实现了细胞特异性靶标和功能过程的全球剖析，提供了前所未有的分辨率。	未提及具体的局限性	本研究旨在提升对生物活性小分子的药物作用机制的理解。	研究对象为哺乳动物组织中的生物活性小分子及其细胞靶标。	化学生物学	NA	单细胞转录组学与化学蛋白组学的集成	NA	蛋白质靶标数据	采用了经典药物（如阿司匹林、马兜铃酸和顺铂）作为示例
6732	2024-08-04	Machine learning combined with single-cell analysis reveals predictive capacity and immunotherapy response of T cell exhaustion-associated lncRNAs in uterine corpus endometrial carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111077 PMID:38311301	研究论文	本研究建立了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的预测模型并研究了其免疫特征	首次探讨了与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 在子宫体内膜癌中的作用，并建立了相关的预测模型	研究主要基于公共数据库的数据，可能存在信息的偏倚和不足	建立与子宫体内膜癌 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA 的预测模型	与 T 细胞耗竭相关的长链非编码 RNA	数字病理学	子宫体内膜癌	转录组和单细胞测序	逻辑回归模型	基因表达数据	使用癌症基因组图谱和基因表达综合数据库中的数据，具体样本数量未提及
6733	2024-08-07	Multi-omics reveals the switch role of abnormal methylation in the regulation of decidual macrophages function in recurrent spontaneous abortion 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111071 PMID:38295895	研究论文	本文通过整合转录组学、DNA甲基化组学和单细胞RNA测序，探讨了DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	首次系统地描绘了异常DNA甲基化在调控蜕膜巨噬细胞功能中的作用，为复发性自然流产的发生机制提供了新的见解	NA	阐明DNA甲基化与蜕膜细胞在复发性自然流产中的调控关系	复发性自然流产中的DNA甲基化和蜕膜细胞功能	数字病理学	生殖系统疾病	转录组学、DNA甲基化组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、DNA甲基化数据、单细胞RNA测序数据	涉及22个低甲基化的CpG位点和16个关键通路
6734	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the MIF-ACKR3 receptor-ligand interaction between iCAFs and tumor cells in esophageal squamous cell carcinoma 2024-05, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111093 PMID:38336189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）样本，揭示了肿瘤微环境中iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3受体-配体相互作用。	本研究首次在ESCC中发现并验证了iCAFs与肿瘤细胞之间的MIF-ACKR3相互作用，并揭示了其在肿瘤细胞迁移和侵袭中的作用。	研究主要基于GEO数据库中的ESCC样本进行单细胞RNA测序分析，可能存在样本选择偏倚。	深入理解食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境异质性，并识别新的治疗靶点。	食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤微环境及其细胞间的相互作用。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	31,283个单细胞
6735	2024-08-07	Histone deacetylase 6 suppression of renal tubular epithelial cell promotes interstitial mineral deposition via alpha-tubulin acetylation 2024-04, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111057 PMID:38242268	研究论文	本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶6（HDAC6）在肾小管上皮细胞中的抑制作用及其通过α-微管蛋白乙酰化促进间质矿物沉积的机制	研究发现HDAC6的抑制加剧了MDCK细胞中的矿物沉积，而其过表达则减轻了这一现象，表明HDAC6在调节肾小管上皮细胞矿物沉积中起关键作用	研究未观察到与矿物沉积增加相关的成骨相关蛋白表达增加，且单细胞RNA测序结果显示上皮细胞的钙化活性较低，提示成骨性转分化可能并未实际发生	探讨HDAC6在肾小管上皮细胞中的作用及其对间质矿物沉积的影响	肾小管上皮细胞、高草酸尿大鼠的肾脏组织、体外培养的MDCK细胞及NRK49F细胞	NA	肾结石	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及肾乳头样本的单细胞RNA测序
6736	2024-08-04	Single cell atlas of Xenoturbella bocki highlights limited cell-type complexity 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45956-y PMID:38503762	研究论文	这篇文章展示了对海洋生物Xenoturbella bocki进行单细胞RNA测序的研究，突出了其细胞类型的复杂性有限。	首次通过单细胞RNA测序揭示了Xenacoelomorpha的细胞类型补充，提供了与其他动物的比较。	研究主要集中在单一物种上，可能无法全面代表整个Xenacoelomorpha门的细胞类型多样性。	探索Xenacoelomorpha中的细胞类型及其与其他生物的关系，理解动物细胞类型演化。	研究对象为海洋生物Xenoturbella bocki及其细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	涉及Xenoturbella bocki的样本
6737	2024-08-07	Long-term effects of Omicron BA.2 breakthrough infection on immunity-metabolism balance: a 6-month prospective study 2024-Mar-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46692-z PMID:38503738	研究论文	本研究追踪了轻度BA.2突破性感染康复者在六个月内的免疫代谢平衡情况	首次详细探讨了Omicron BA.2突破性感染后长期免疫代谢失衡的机制和病理特征	研究仅限于轻度BA.2突破性感染康复者，可能无法完全代表所有感染情况	评估COVID-19长期影响及Omicron突破性感染后的免疫恢复情况，为理解疾病和新一代疫苗管理提供依据	轻度BA.2突破性感染康复者	NA	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	血液检测数据	具体样本数量未在摘要中提及
6738	2024-08-07	CD38-RyR2 axis-mediated signaling impedes CD8+ T cell response to anti-PD1 therapy in cancer 2024-Mar-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2315989121 PMID:38451948	研究论文	本文探讨了CD38通过RyR2轴介导的信号传导如何阻碍CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的反应，并提出通过靶向CD38来提高抗PD1治疗癌症的疗效。	首次揭示了CD38通过RyR2钙通道激活导致细胞内钙水平升高，进而促进AKT慢性激活和TCF1表达抑制，导致CD8+ T细胞对PD1阻断疗法的抵抗。	研究主要在体外和小鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证其效果。	研究CD38在CD8+ T细胞中的作用机制，以及如何通过靶向CD38提高抗PD1治疗的疗效。	CD8+ T细胞、CD38、RyR2、PD1阻断疗法。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外慢性刺激和肿瘤内CD8+ T细胞
6739	2024-08-04	Region-specific cellular and molecular basis of liver regeneration after acute pericentral injury 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.013 PMID:38402618	研究论文	本研究探讨了急性中心周围损伤后肝脏再生的细胞和分子基础	使用Cyp2e1-DreER追踪肝脏再生，并揭示了mTOR/4E-BP1轴和乳酸脱氢酶A在中心周围再生中的重要作用	研究主要集中在特定的损伤模式上，可能不适用于所有类型的肝脏损伤	研究急性中心周围损伤后肝脏的再生机制	重点关注中心周围肝细胞及其再生反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫染色、体内功能测定	NA	NA	使用Cyp2e1-DreER命运追踪系统进行的实验，样本数量未具体说明
6740	2024-08-07	Canonical Wnt signaling directs the generation of functional human PSC-derived atrioventricular canal cardiomyocytes in bioprinted cardiac tissues 2024-03-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.01.008 PMID:38366588	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析和3D生物打印技术，发现阶段特异性激活的规范Wnt信号通路可以生成功能性的人类多能干细胞衍生的房室管（AVC）心肌细胞	首次发现规范Wnt信号通路在体外调控AVC心肌细胞分化的关键作用，并提供了一种用于功能性人心脏生物制造的关键细胞来源	NA	探索生成功能性3D生物打印人类心脏的方法	房室管（AVC）心肌细胞	生物工程	NA	单细胞RNA测序分析，3D生物打印技术	NA	细胞	NA