单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6701	2024-08-07	Introducing single cell stereo-sequencing technology to transform the plant transcriptome landscape 2024-02, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2023.10.002 PMID:37914553	综述	本文综述了单细胞立体测序技术（Stereo-seq）在植物转录组学中的应用及其优势	Stereo-seq技术结合了空间信息与单细胞转录组学，解决了传统单细胞RNA测序（scRNA-seq）无法提供高分辨率空间转录组信息的问题	NA	探讨Stereo-seq技术在植物研究中的应用，以推进我们对植物转录组学时代生物过程的理解	植物转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 空间增强分辨率组学测序（Stereo-seq）	NA	转录组数据	NA
6702	2024-08-04	Detailed survey of an in vitro intestinal epithelium model by single-cell transcriptomics 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109383 PMID:38523788	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序详细调查了两种成人结直肠癌细胞系共培养模型的细胞类型异质性	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肠上皮模型的细胞类型异质性，并与人类生理进行全面比较	共培养模型无法完整模拟人类上皮的先天免疫特征	探索成人结直肠癌细胞系共培养模型的生物学特性及其与人类生理的相似性	两种成人结直肠癌细胞系Caco-2和HT29的共培养系统	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用两种结直肠癌细胞系的共培养系统
6703	2024-08-07	Mild hypothermia promotes neuronal differentiation of human neural stem cells via RBM3-SOX11 signaling pathway 2024-Apr-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109435 PMID:38523796	研究论文	本研究探讨了轻度低温（35°C）对人类神经干细胞（hNSCs）神经元分化的影响	发现了轻度低温通过RBM3-SOX11信号通路促进hNSCs神经元分化的机制	NA	研究轻度低温对hNSCs神经元分化的影响及其机制	人类神经干细胞（hNSCs）	神经科学	脑损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6704	2024-08-07	Single-cell and bulk RNA sequencing highlights the role of M1-like infiltrating macrophages in antibody-mediated rejection after kidney transplantation 2024-Mar-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e27865 PMID:38524599	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析，揭示了肾移植后抗体介导排斥反应中M1样浸润巨噬细胞的作用	首次详细描述了肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的亚群及其在病理和预后中的作用	研究主要基于已有的数据库和临床数据，未涉及前瞻性临床试验	探讨肾移植后抗体介导排斥反应中巨噬细胞的表型、起源和机制	肾移植后抗体介导排斥反应中的巨噬细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	五份肾移植后活检样本
6705	2024-08-04	Dynamic video recognition for cell-encapsulating microfluidic droplets 2024-Mar-25, The Analyst DOI:10.1039/d4an00022f PMID:38441128	研究论文	本研究探讨了在微流体液滴视频识别中应用弱监督细胞计数网络的软件	提出了一种实时视频处理方法，能够在没有监督位置信息的情况下准确定位液滴和被包覆的细胞，并显著减少标注工作量	未提及研究的具体限制	优化液滴微流控技术中的质量控制，并提高基于视频识别的细胞包覆评估	主要研究不同微流体结构中包覆六种类型细胞/珠子的液滴	数字病理学	NA	弱监督细胞计数网络	NA	视频	六种类型的细胞/珠子液滴
6706	2024-08-04	Spatial High-resolution Analysis of Gene Expression Levels in Tendons 2024-Mar-08, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65852 PMID:38526117	method paper	本文集中于使用新型原位杂交实验分析肌腱组织中基因表达水平的空间方法	提出了一种新的在单细胞水平上检测目标RNA的技术，并增强了对肌腱细胞的分子表征	尚未讨论在多种动物模型或人类肌腱组织分析中的潜在局限性	研究和分析肌腱中基因表达水平的空间分布	肌腱组织中的特定细胞以及其他富含基质的组织如骨、软骨和韧带	数字病理学	NA	原位杂交	NA	NA	不同动物模型和人类肌腱组织的样本
6707	2024-08-04	Dynamic YAP expression in the non-parenchymal liver cell compartment controls heterologous cell communication 2024-Mar-04, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05126-1 PMID:38436764	研究论文	该文章探讨了YAP和TAZ在小鼠非实质性肝细胞中的动态表达如何控制细胞间的通信。	提出了一种新的机制，说明YAP如何通过影响非实质性细胞的细胞间通信来促进炎症。	研究主要集中在小鼠模型，结果是否适用于人类尚不清楚	研究YAP和TAZ的失活对肝细胞特征和细胞间通信的影响	使用了专门缺失YAP和TAZ的小鼠模型进行观察	数字病理学	肝脏疾病	免疫组化，单细胞测序，蛋白质组学	NA	组织样本，血清	YAPKO和DKO小鼠，具体样本数量未提及
6708	2024-08-07	GLIPR2: a potential biomarker and therapeutic target unveiled - Insights from extensive pan-cancer analyses, with a spotlight on lung adenocarcinoma 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1280525 PMID:38476239	研究论文	本研究通过广泛的数据集分析，探讨了GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达情况及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力，特别关注肺腺癌。	首次全面分析GLIPR2在多种癌症中的表达及其与免疫细胞浸润的关系，揭示了其在肺腺癌中的诊断和预后价值。	NA	探讨GLIPR2在多种癌症中的表达及其作为生物标志物和治疗靶点的潜力。	GLIPR2在多种人类恶性肿瘤中的表达及其与免疫细胞浸润的关系。	数字病理学	肺腺癌	RNA测序	NA	基因组数据	多中心队列涵盖多种癌症类型
6709	2024-08-07	Coniferyl ferulate alleviate xylene-caused hematopoietic stem and progenitor cell toxicity by Mgst2 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1334445 PMID:38523643	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了松脂素阿魏酸酯（CF）通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的作用	首次揭示了松脂素阿魏酸酯通过靶向Mgst2基因减轻二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的新机制	NA	探讨松脂素阿魏酸酯对二甲苯引起的造血干细胞和祖细胞毒性的缓解作用及其分子机制	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及二甲苯引起的毒性	数字病理学	血液疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型中的骨髓造血干细胞和祖细胞
6710	2024-08-07	ICOS costimulation in combination with CTLA-4 blockade remodels tumor-associated macrophages toward an antitumor phenotype 2024-Apr-01, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20231263 PMID:38517331	研究论文	研究探讨了ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗对肿瘤相关巨噬细胞表型的重塑作用	发现ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗能显著重塑淋巴和髓系细胞，增强Th1 CD4 T细胞、效应CD8 T细胞和M1样抗肿瘤促炎巨噬细胞的富集	NA	研究ICOS共刺激与CTLA-4阻断联合治疗在抗肿瘤治疗中的协同作用及其机制	肿瘤相关巨噬细胞和效应T细胞	免疫学	肿瘤	CyTOF和单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及B16-F10细胞疫苗和多种免疫细胞
6711	2024-08-07	Single cell deciphering of progression trajectories of the tumor ecosystem in head and neck cancer 2024-Mar-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46912-6 PMID:38519500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了头颈部鳞状细胞癌在不同阶段的肿瘤生态系统进展轨迹	首次揭示了恶性上皮细胞的转录发育轨迹及由TFDP1调控的肿瘤生成上皮亚群，并发现了POSTN纤维母细胞和SPP1巨噬细胞在肿瘤进展中的浸润增加及其与恶性细胞的相互作用增强	NA	旨在更好地表征头颈部鳞状细胞癌的肿瘤进展轨迹	头颈部鳞状细胞癌的正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织样本	数字病理学	头颈部癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种组织样本，包括正常组织、癌前组织、早期和晚期癌症组织、淋巴结及复发肿瘤组织
6712	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis identifies a tumor immune microenvironment-related lncRNA signature in lung adenocarcinoma 2024-Mar-22, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01866-5 PMID:38519942	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别出与肺腺癌肿瘤免疫微环境相关的长非编码RNA（lncRNA）特征	首次开发了一种基于肿瘤免疫微环境相关lncRNA的特征（TRLS），该特征在预测肺腺癌患者总体生存方面表现出色，并显示出对免疫治疗的敏感性	NA	开发一种新的工具，用于肺腺癌患者的个性化治疗和预后管理	肺腺癌患者的肿瘤免疫微环境相关的lncRNA	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	1368名肺腺癌患者
6713	2024-08-07	Involvement of TGFBI-TAGLN axis in cancer stem cell property of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-57478-0 PMID:38514830	研究论文	本研究探讨了TGFBI在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的作用及其通过TAGLN轴促进癌症干细胞特性的机制	首次揭示了TGFBI通过上调TAGLN促进HNSCC中癌症干细胞特性的新机制	NA	阐明TGFBI对HNSCC细胞恶性行为的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	RNA测序	NA	RNA序列数据	使用TCGA数据库中的RNA测序数据进行验证
6714	2024-08-04	Transcriptomic changes associated with oral immunotherapy for food allergy 2024-Mar, Pediatric allergy and immunology : official publication of the European Society of Pediatric Allergy and Immunology IF:4.3Q1 DOI:10.1111/pai.14106 PMID:38520061	综述	这篇综述总结了与口服免疫疗法相关的转录通路的最新进展	采用单细胞测序等技术，提供了对口服免疫疗法后基因表达变化的新见解	对长期和明确临床结果相关的免疫特征的研究仍然不足	研究口服免疫疗法后免疫机制的转录变化	关注过敏性食物患者在接受口服免疫疗法后的基因表达变化	数字病理学	食物过敏	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
6715	2024-08-07	Single-cell analysis reveals landscape of endometrial cancer response to estrogen and identification of early diagnostic markers 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0301128 PMID:38517922	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了子宫内膜癌对雌激素反应的景观，并识别了早期诊断标志物	本研究首次在单细胞分辨率下阐明了子宫内膜癌对雌激素反应的潜在生物学机制，并识别了24个早期诊断标志物	NA	探讨子宫内膜癌对雌激素的反应机制，并寻找早期诊断标志物	子宫内膜癌细胞及其对雌激素的反应	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组（ST）	逻辑回归（LR）、高斯朴素贝叶斯（GaussianNB）、k-最近邻（KNN）、支持向量机（SVM）、极端梯度提升（XGB）和神经网络（NK）	转录组数据	NA
6716	2024-08-04	Modulating inflammation with interleukin 37 treatment ameliorates murine Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease 2024-Apr, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.006 PMID:38158181	研究论文	本研究探讨了抗炎细胞因子IL37b作为治疗常染色体显性多囊肾病（ADPKD）的潜力。	发现IL37b通过促进干扰素信号通路抑制囊肿的形成，提出了其作为ADPKD潜在治疗的可能性。	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需验证。	探讨IL37b在治疗常染色体显性多囊肾病中的作用。	使用遗传小鼠模型研究IL37b对ADPKD的影响。	数字病理学	常染色体显性多囊肾病	RNA-seq	转基因小鼠	基因组数据	多个ADPKD小鼠模型
6717	2024-08-04	Characterization of macrophages in ischemia-reperfusion injury-induced acute kidney injury based on single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq analysis 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111754 PMID:38428147	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和总体RNA测序分析来表征缺血再灌注损伤引起的急性肾损伤中的巨噬细胞	识别了在缺血再灌注肾损伤中参与的巨噬细胞亚型及相关的中心基因，提出了四个新的生物标志物和潜在的治疗靶点	本研究的局限性在于对巨噬细胞功能机制的理解仍不清晰，针对巨噬细胞的策略在急性肾损伤中的效果存在争议	探讨缺血再灌注损伤中巨噬细胞的作用及其相关基因	本研究的研究对象为参与缺血再灌注引起的急性肾损伤的巨噬细胞亚型及其相关基因	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA-seq和总体RNA-seq	NA	基因表达数据	包含正常样本和缺血再灌注后3天的样本
6718	2024-08-07	Prognostic implication of UBE2C + CD8 + T cell in neoadjuvant immune checkpoint blockade plus chemotherapy for locally advanced esophageal cancer 2024-Mar-30, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111696 PMID:38412672	研究论文	本研究旨在探讨免疫检查点抑制剂（ICBs）联合化疗作为新辅助治疗在局部晚期食管癌患者中的早期和中期疗效，并发现与主要病理反应（MPR）相关的免疫预测因子。	本研究首次揭示了UBE2C+CD8+T细胞作为局部晚期食管癌患者接受新辅助ICBs联合化疗后的不良预后因子。	研究为回顾性分析，样本量相对较小，且仅限于特定时间段内的患者。	研究新辅助ICBs联合化疗在局部晚期食管癌中的疗效及免疫预测因子。	局部晚期食管癌患者。	免疫学	食管癌	Bulk-RNA seq, scRNA seq, 多重免疫荧光	NA	RNA序列数据, 免疫荧光图像	76名患者
6719	2024-08-04	eSVD-DE: cohort-wide differential expression in single-cell RNA-seq data using exponential-family embeddings 2024-Mar-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-024-05724-7 PMID:38486150	研究论文	本文介绍了eSVD-DE，一种针对单细胞RNA测序数据的大规模人群差异表达检测的新方法	提出了一种新的矩阵分解方法，能够在去除混杂变量影响的同时进行差异基因测试	在较大的数据集中，可能仍然存在一些人类变异的影响	旨在更准确地识别单细胞RNA测序数据中群体级的差异表达基因	对大量案例和对照个体的单细胞RNA测序数据进行分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	基因表达数据	使用了多个生物系统的已发布数据集
6720	2024-08-07	Profiling Cell Heterogeneity and Fructose Transporter Expression in the Rat Nephron by Integrating Single-Cell and Microdissected Tubule Segment Transcriptomes 2024-Mar-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25053071 PMID:38474316	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和微切割管状段转录组数据，研究了大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	首次揭示了大鼠近端小管各亚段中果糖转运蛋白的复杂异质性表达模式，并发现S3段是果糖重吸收的主要部位	研究仅基于公开数据库的数据，未进行实验验证	探究大鼠肾单位中细胞异质性和果糖转运蛋白表达模式	大鼠肾单位中的细胞异质性和果糖转运蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了公开数据库中的大鼠肾脏转录组和蛋白质组数据