本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6701 | 2024-08-07 |
Prognostic Risk Models Using Epithelial Cells Identify β-Sitosterol as a Potential Therapeutic Target Against Esophageal Squamous Cell Carcinoma
2024, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S447023
PMID:38559590
|
研究论文 | 本研究利用上皮细胞开发预测食管鳞状细胞癌(ESCC)预后的风险模型,并识别β-谷甾醇作为潜在的治疗靶点 | 通过单细胞RNA测序和功能富集分析,识别了与ESCC相关的核心基因,并构建了基于这些基因的预后模型 | NA | 研究食管鳞状细胞癌中上皮细胞异质性,并开发基于这些细胞类型的预测风险模型 | 食管鳞状细胞癌(ESCC)中的上皮细胞异质性及其与预后和免疫反应的关系 | 数字病理学 | 食管鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO回归分析 | 基因表达数据 | 773个食管鳞状细胞癌基因和3407个上皮细胞标记基因 | NA | NA | NA | NA |
| 6702 | 2024-08-07 |
scAnnoX: an R package integrating multiple public tools for single-cell annotation
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17184
PMID:38560451
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为scAnnoX的R包,该包整合了多种单细胞注释算法,用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | scAnnoX提供了一个综合框架,用于整合和比较多种单细胞注释算法,提高了注释效率和准确性 | NA | 开发一个综合工具,用于整合和比较现有的单细胞注释算法 | 单细胞注释算法 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6703 | 2024-08-07 |
An androgen receptor-based signature to predict prognosis and identification of ORC1 as a therapeutical target for prostate adenocarcinoma
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16850
PMID:38562999
|
研究论文 | 本研究旨在通过基于雄激素受体(AR)的特征来预测前列腺腺癌(PRAD)的预后,并识别ORC1作为治疗靶点 | 本研究首次识别了基于AR的10个相关基因(ARGs),并发现ORC1作为关键靶点,能够促进PRAD细胞的增殖和干细胞样特性,增强对enzalutamide的敏感性 | NA | 识别新的AR驱动特征以预测前列腺腺癌的预后,并揭示潜在的治疗靶点 | 前列腺腺癌及其对enzalutamide的耐药性 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | LASSO和多变量Cox回归模型 | 基因表达数据 | 来自GSE99795的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6704 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Bridging current technologies with long-read sequencing
2024-04, Molecular aspects of medicine
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.mam.2024.101255
PMID:38368637
|
研究论文 | 本文探讨了单细胞和空间转录组学与长读长测序技术的结合 | 提出了将单细胞技术、空间转录组学与长读长测序结合的新方法 | 尚存在一些挑战和需要解决的问题 | 旨在描绘细胞在组织背景中的特征及其异质性 | 研究单细胞和空间转录组学领域的技术结合 | 数字病理学 | NA | 长读长测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6705 | 2024-08-04 |
scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae112
PMID:38555470
|
研究论文 | 该论文介绍了一种名为scNovel的深度学习网络,专注于单细胞转录组中稀有新细胞的发现 | scNovel通过深度学习方法,在发现稀有的新细胞类型方面显著优于现有模型,且在多个数据集上表现出色 | 目前工具主要集中于一般细胞类型注释,对于发现新稀有细胞类型的挑战尚未得到充分解决 | 研究旨在推动稀有新细胞类型的发现,以促进生物医学领域的研究 | 研究对象为单细胞转录组数据中的稀有新细胞类型 | 数字病理学 | 新冠肺炎 | 单细胞RNA测序 | 深度学习神经网络 | 数据集 | 包含百万规模的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6706 | 2024-08-04 |
PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes
2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae124
PMID:38555477
|
研究论文 | 本研究探讨了PANoptosis在COVID-19严重性和预后的指示作用 | 揭示了PANoptosis在COVID-19中的潜在作用及其调节免疫反应的机制 | 需要进一步的研究来澄清PANoptosis如何调节COVID-19中的免疫反应和预后 | 探讨PANoptosis作为COVID-19严重性的指标 | 针对COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞的生物信息学分析 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq)和整体RNA测序 | NA | RNA数据 | 使用了在线数据集的多个样本进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 6707 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing identifies inflammation-promoting fibroblast-neutrophil interaction in peri-implantitis
2024-02, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.13912
PMID:38088448
|
研究论文 | 本文揭示了通过单细胞测序技术获得的周围种植体炎症浸润的细胞组成和分子环境 | 该研究首次发现了在种植体炎症中促炎症成纤维细胞与中性粒细胞的相互作用 | 该研究可能未涵盖所有相关的细胞类型和潜在的分子机制 | 解释周围种植体炎与牙周炎之间的病理差异 | 周围种植体炎患者的组织与牙周炎患者及健康供体的牙周组织 | 数字病理学 | 牙周炎 | 单细胞转录组测序 | NA | 组织样本 | 来自患有周围种植体炎和牙周炎的患者,以及健康供体的高通量样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6708 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing provides insight into multiple chemotherapy resistance in a patient with refractory DLBCL: a case report
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1303310
PMID:38533514
|
病例报告 | 本研究利用单细胞转录组测序和常规批量下一代测序(NGS)分析了一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者的肿瘤全景 | 结合NGS和单细胞RNA测序技术,揭示了肿瘤微环境中的异质性和免疫抑制特性,为治疗难治性DLBCL提供了潜在的治疗靶点 | 研究仅基于单一病例,结果的普遍性和可重复性有待进一步验证 | 阐明DLBCL进展的机制并开发新的治疗方法 | 一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者 | 数字病理学 | 大B细胞淋巴瘤 | 单细胞转录组测序, NGS | NA | 转录组 | 单一患者样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6709 | 2024-08-07 |
Development and validation of a prognostic model for cervical cancer by combination of machine learning and high-throughput sequencing
2024-Apr, European journal of surgical oncology : the journal of the European Society of Surgical Oncology and the British Association of Surgical Oncology
DOI:10.1016/j.ejso.2024.108241
PMID:38452717
|
研究论文 | 本研究开发并验证了一种结合机器学习和高通量测序的宫颈癌预后模型 | 本研究首次结合单细胞RNA测序和高通量测序数据,利用多种机器学习算法构建宫颈癌预后模型 | 本研究仅使用了两个单细胞RNA测序项目和TCGA数据进行模型构建和验证,可能存在样本选择偏倚 | 开发一种评估宫颈癌预后的综合模型 | 宫颈癌患者 | 机器学习 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 使用了两个单细胞RNA测序项目和TCGA数据,具体样本数量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 6710 | 2024-08-04 |
Identification of spatially-resolved markers of malignant transformation in Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms
2024-Mar-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-46994-2
PMID:38553466
|
研究论文 | 该论文研究了乳头状粘液性肿瘤中的恶性转化的空间分辨标记 | 本研究确认了乳头状粘液性肿瘤的亚型特异性标记,为风险分层提供了新的分子依据 | 研究依赖于两个独立患者队列,但可能存在样本多样性和外部验证的不足 | 研究乳头状粘液性肿瘤中恶性转化的分子标记 | 调查乳头状粘液性肿瘤患者的亚型特异性分子标记 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | NA | 两个独立的患者队列 | NA | NA | NA | NA |
| 6711 | 2024-08-07 |
Aberrant activated Notch1 promotes prostate enlargement driven by androgen signaling via disrupting mitochondrial function in mouse
2024-Mar-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-024-05143-0
PMID:38538986
|
研究论文 | 本研究证明过度激活的Notch1信号在小鼠前列腺上皮细胞中通过增强增殖和抑制凋亡导致前列腺增大 | 揭示了过度激活的Notch1信号通过增加雄激素受体敏感性、破坏细胞线粒体代谢、增加活性氧和增加前体细胞数量诱导前列腺增大的机制,并发现N-乙酰-L-半胱氨酸治疗可以缓解这种过度激活引起的增生 | NA | 探讨Notch信号在前列腺增大和增生中的潜在调控机制 | 小鼠前列腺上皮细胞和人类良性前列腺增生患者 | 数字病理学 | 前列腺疾病 | scRNA-seq | NA | 细胞 | 涉及小鼠和人类良性前列腺增生患者的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6712 | 2024-08-07 |
Analysis of the effect of CCR7 on the microenvironment of mouse oral squamous cell carcinoma by single-cell RNA sequencing technology
2024-Mar-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-024-03013-y
PMID:38539232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析CCR7对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析CCR7基因敲除对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境中细胞类型和基因表达的影响 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类口腔鳞状细胞癌中验证CCR7的作用 | 探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌微环境中的作用 | CCR7基因敲除小鼠和野生型小鼠的口腔鳞状细胞癌模型 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三只CCR7基因敲除小鼠和三只野生型小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 6713 | 2024-08-07 |
scRNA-Seq: First Atlas and Cellular Landscape of Lacrimal Sac: Implications in Primary Acquired Nasolacrimal Duct Obstruction Pathogenesis
2024-Mar-05, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.3.38
PMID:38551583
|
研究论文 | 本研究旨在描述原发性获得性鼻泪管阻塞(PANDO)患者泪囊中个体细胞成分的转录变化,并尝试构建首个泪囊细胞图谱,以阐明可能驱动疾病发病机制的潜在机制。 | 本研究首次构建了泪囊细胞图谱,并揭示了T细胞、B细胞和上皮细胞在炎症反应中的作用以及细胞间信号网络的构建。 | NA | 描述PANDO患者泪囊中个体细胞成分的转录变化,并构建泪囊细胞图谱以阐明疾病发病机制。 | 泪囊样本中的个体细胞群体,包括上皮细胞和免疫细胞。 | 数字病理学 | 鼻泪管阻塞 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 5名患者的泪囊样本,共25,791个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6714 | 2024-08-07 |
Single-cell atlas of the small intestine throughout the human lifespan demonstrates unique features of fetal immune cells
2024-Mar-28, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2024.03.011
PMID:38555026
|
研究论文 | 本研究通过整合多个单细胞RNA测序数据集,创建了人类小肠在整个生命周期中的转录组图谱,特别关注免疫细胞,并揭示了胎儿期小肠免疫细胞的独特特征 | 首次展示了胎儿小肠免疫细胞的复杂免疫景观,并识别了其在整个生命周期中的变化 | NA | 探讨人类小肠黏膜免疫系统的发育过程及其在不同生命阶段的特点 | 人类小肠的免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 涵盖从第一孕期到成年的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6715 | 2024-08-07 |
T cells with increased responsiveness cause obesity in mice without diet intervention
2024-Apr-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.109471
PMID:38551005
|
研究论文 | 本研究使用增强T细胞反应性的老鼠模型,展示了肥胖可以通过免疫细胞驱动 | 首次证明增强的T细胞反应性可以直接导致肥胖,无需饮食干预 | 研究仅限于老鼠模型,尚未在人类中验证 | 探讨肥胖的免疫细胞机制,特别是T细胞的作用 | 增强T细胞反应性的老鼠模型 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序和CyTOF分析 | NA | 细胞 | 多个老鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 6716 | 2024-08-04 |
Systematic immune cell dysregulation and molecular subtypes revealed by single-cell RNA-seq of subjects with type 1 diabetes
2024-Mar-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-024-01300-z
PMID:38539228
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了1型糖尿病患者的免疫细胞失调及其分子亚型 | 首次在单细胞层面全面评估1型糖尿病中的免疫细胞表型 | 可能缺乏其他类型糖尿病的对照数据 | 评估1型糖尿病的免疫细胞特征及分子亚型 | 46名明显的1型糖尿病患者和31名匹配的对照者 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 46名1型糖尿病患者和31名对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 6717 | 2024-08-07 |
Pan-cancer evaluation of regulated cell death to predict overall survival and immune checkpoint inhibitor response
2024-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-024-00570-5
PMID:38538696
|
研究论文 | 本研究评估了调控细胞死亡(RCD)在泛癌水平上的状态及其与免疫检查点抑制剂(ICI)反应和总体生存率的关系 | 首次在泛癌水平上全面评估RCD状态及其相关特征,并开发了用于预测ICI反应和总体生存率的RCD签名 | NA | 探索RCD状态作为预测恶性肿瘤患者ICI反应和总体生存率的生物标志物的潜力 | RCD水平在30种癌症类型、29种正常组织和82个scRNA-Seq数据集中的2,573,921个细胞中的分布 | 数字病理学 | 泛癌 | scRNA-Seq | 机器学习算法 | 数据集 | 30种癌症类型,29种正常组织,2,573,921个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6718 | 2024-08-04 |
Cell Heterogeneity and Variability in Peripheral Nerve after Injury
2024-Mar-20, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063511
PMID:38542483
|
综述 | 本文总结了外周神经损伤后的细胞异质性和变异性。 | 本研究通过总结当前的测序数据,揭示了外周神经中特别是坐骨神经的细胞异质性。 | 没有提到具体的实验数据,主要依赖于现有文献的汇总。 | 研究外周神经的细胞组成和其在损伤后的变化。 | 探讨施旺细胞、成纤维细胞、免疫细胞和内皮细胞的细胞变异。 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6719 | 2024-08-07 |
Subepithelial Stromal Cells: Their Roles and Interactions with Intestinal Epithelial Cells during Gut Mucosal Homeostasis and Regeneration
2024-Mar-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12030668
PMID:38540281
|
综述 | 本文综述了肠道黏膜稳态和再生过程中上皮下基质细胞与肠上皮细胞的相互作用及其功能 | 利用单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共聚焦显微镜和计算重构等新技术,识别和表征了特定的肠道间质干细胞亚群 | 由于缺乏大多数功能同质亚群的特异性标记,探索这些异质性肠道间质干细胞的功能仍然具有挑战性 | 旨在理解调控这些细胞激活的细胞途径及其在肠上皮再生过程中的相互作用 | 肠道间质干细胞及其在肠道形态发生、稳态和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), 共聚焦显微镜 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6720 | 2024-08-04 |
A Retrospective View of the Triple-Negative Breast Cancer Microenvironment: Novel Markers, Interactions, and Mechanisms of Tumor-Associated Components Using Public Single-Cell RNA-Seq Datasets
2024-Mar-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16061173
PMID:38539508
|
研究论文 | 该文章回顾了三阴性乳腺癌的肿瘤微环境,探讨了新的标记物、相互作用及相关机制 | 通过公共单细胞RNA测序数据集发现了特定的TNBC标记和细胞类型间的相互作用 | 该研究使用了公共数据集,可能限制了对特定临床背景的分析 | 寻找新的治疗靶点,以更好地理解三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | 分析三阴性乳腺癌肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 利用公共单细胞RNA测序数据集分析多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |