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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6681 | 2024-08-07 |
Subepithelial Stromal Cells: Their Roles and Interactions with Intestinal Epithelial Cells during Gut Mucosal Homeostasis and Regeneration
2024-Mar-17, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12030668
PMID:38540281
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综述 | 本文综述了肠道黏膜稳态和再生过程中上皮下基质细胞与肠上皮细胞的相互作用及其功能 | 利用单细胞RNA测序、荧光激活细胞分选、共聚焦显微镜和计算重构等新技术,识别和表征了特定的肠道间质干细胞亚群 | 由于缺乏大多数功能同质亚群的特异性标记,探索这些异质性肠道间质干细胞的功能仍然具有挑战性 | 旨在理解调控这些细胞激活的细胞途径及其在肠上皮再生过程中的相互作用 | 肠道间质干细胞及其在肠道形态发生、稳态和再生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 荧光激活细胞分选(FACS), 共聚焦显微镜 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6682 | 2024-08-04 |
A Retrospective View of the Triple-Negative Breast Cancer Microenvironment: Novel Markers, Interactions, and Mechanisms of Tumor-Associated Components Using Public Single-Cell RNA-Seq Datasets
2024-Mar-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers16061173
PMID:38539508
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研究论文 | 该文章回顾了三阴性乳腺癌的肿瘤微环境,探讨了新的标记物、相互作用及相关机制 | 通过公共单细胞RNA测序数据集发现了特定的TNBC标记和细胞类型间的相互作用 | 该研究使用了公共数据集,可能限制了对特定临床背景的分析 | 寻找新的治疗靶点,以更好地理解三阴性乳腺癌的肿瘤微环境 | 分析三阴性乳腺癌肿瘤细胞及其微环境中的不同细胞类型 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 利用公共单细胞RNA测序数据集分析多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 6683 | 2024-08-07 |
Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Elucidate the Etiology of Severe COVID-19
2024-Mar-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms25063280
PMID:38542251
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序技术,探讨了严重COVID-19的潜在病因及其与系统性自身免疫疾病的相似性 | 本研究首次综合分析了批量和单细胞RNA测序数据,揭示了严重COVID-19与炎症相关基因的上调关系 | NA | 阐明严重COVID-19的病因 | 严重COVID-19的基因表达模式及其与炎症综合征的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 27项研究和8项meta分析的数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6684 | 2024-08-04 |
Unveiling Shared Immune Responses in Porcine Alveolar Macrophages during ASFV and PRRSV Infection Using Single-Cell RNA-seq
2024-Mar-12, Microorganisms
IF:4.1Q2
DOI:10.3390/microorganisms12030563
PMID:38543614
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研究论文 | 本研究揭示了非洲猪瘟病毒(ASFV)和猪繁殖与呼吸综合症病毒(PRRSV)感染期间猪肺泡巨噬细胞的共同免疫反应 | 首次比较了ASFV和PRRSV感染后猪肺泡巨噬细胞共享的免疫反应 | 本研究可能仅适用于特定的细胞类型和病毒模型,结果的普遍性尚待验证 | 研究ASFV和PRRSV感染对猪肺泡巨噬细胞免疫反应的影响 | 猪肺泡巨噬细胞(PAMs)在ASFV和PRRSV感染后的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用两个单细胞转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6685 | 2024-08-04 |
Exploring Transcriptional Regulation of Beta Cell SASP by Brd4-Associated Proteins and Cell Cycle Control Protein p21
2024-Mar-06, Epigenomes
IF:2.5Q3
DOI:10.3390/epigenomes8010010
PMID:38534794
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研究论文 | 这篇文章探讨了Brd4相关蛋白和细胞周期控制蛋白p21对β细胞SASP的转录调控。 | 揭示了Brd4与多种蛋白绑定,并探讨了p21在β细胞SASP机制中的作用。 | 在NIT-1细胞中,p21的RNAi干扰对细胞活力或SASP没有显著影响,这可能限制了对p21功能的全面理解。 | 探讨在1型糖尿病模型中β细胞SASP的转录调控机制。 | 使用NOD小鼠模型的β细胞系NIT-1作为研究对象。 | 数字病理学 | 1型糖尿病 | RNA干扰 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NOD小鼠模型中的小鼠β细胞和来自对照、自身抗体阳性及1型糖尿病供体的人类β细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6686 | 2024-08-04 |
Population-level comparisons of gene regulatory networks modeled on high-throughput single-cell transcriptomics data
2024-Mar, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00597-5
PMID:38438786
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研究论文 | 该文章介绍了一种名为SCORPION的工具,通过高通量单细胞转录组数据重建可比较的基因调控网络 | SCORPION使用信息传递算法重建基因调控网络,并在合成数据上优于12种现有技术,显示其准确识别不同细胞间调控网络差异的能力 | 文章未讨论SCORPION在不同生物背景下的适应性 | 研究旨在实现单细胞RNA测序数据在群体水平的基因调控网络比较 | 文章研究了来自结直肠癌及其相邻健康组织的200,436个单细胞的基因调控网络 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA-seq | NA | 单细胞 RNA 测序数据 | 200,436个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6687 | 2024-08-07 |
Schnurri-3 controls osteogenic fate of Adipoq-lineage progenitors in bone marrow
2024-Mar, Journal of orthopaedic translation
IF:5.9Q1
DOI:10.1016/j.jot.2024.01.008
PMID:38549808
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和基因敲除小鼠模型,探讨了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响 | 首次揭示了Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的功能,及其对骨形成和骨折愈合的促进作用 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步的人体研究来验证其临床应用潜力 | 探讨Schnurri-3在Adipoq谱系前体细胞中的作用及其对骨形成和骨折愈合的影响 | Adipoq谱系前体细胞和Schnurri-3基因 | NA | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | RNA序列数据 | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6688 | 2024-08-07 |
Revisiting Multi-Omics Data to Unravel Galectins as Prognostic Factors in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2024-Feb-27, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12030529
PMID:38540141
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研究论文 | 本研究重新审视多组学数据,以揭示半乳糖凝集素作为头颈鳞状细胞癌的预后因子 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了半乳糖凝集素在肿瘤微环境中的表达及其对预后的影响,并展示了其在预测HPV和突变状态、分层HNSCC预后和预测治疗反应中的三重功能 | 本研究强调需要进一步研究以评估半乳糖凝集素在HNSCC中的作用,并明确个体半乳糖凝集素在患者分层中的角色 | 评估半乳糖凝集素作为头颈鳞状细胞癌的预后生物标志物 | 头颈鳞状细胞癌中的半乳糖凝集素表达及其与HPV和突变状态的关系 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6689 | 2024-08-04 |
A Keratin 12 Expression-Based Analysis of Stem-Precursor Cells and Differentiation in the Limbal-Corneal Epithelium Using Single-Cell RNA-Seq Data
2024-Feb-26, Biology
DOI:10.3390/biology13030145
PMID:38534415
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研究论文 | 这篇文章分析了在单细胞RNA测序数据基础上,角膜上皮中的干前体细胞和分化过程,特别是角蛋白12(Krt12)的表达情况 | 本研究揭示了角膜上皮分化过程中Krt12表达变化的独特四个步骤,并提供了多种基因组群的识别 | 这篇文章未提及样本的多样性或外部验证的必要性 | 旨在探究角膜上皮中干前体细胞的特性及分化机制 | 研究对象为角膜上皮中的干前体细胞及其分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6690 | 2024-08-07 |
Comprehensive Transcriptomic Profiling of Diverse Brain Tumor Types Uncovers Complex Structures of the Brain Tumor Microenvironment
2024-Feb-23, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines12030506
PMID:38540119
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研究论文 | 本研究分析了六种脑肿瘤类型(脑膜瘤、星形细胞瘤、室管膜瘤、髓母细胞瘤、胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤)的转录组结构,以揭示脑肿瘤微环境的复杂结构 | 通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)和免疫相关基因的无监督聚类,揭示了脑肿瘤微环境中免疫细胞类型的差异分布及其对治疗的反应 | NA | 提供克服脑肿瘤治疗脆弱性的潜在指导方针 | 脑肿瘤微环境的转录组结构 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 六种脑肿瘤类型的细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 6691 | 2024-08-04 |
SPINK1 Overexpression Correlates with Hepatocellular Carcinoma Treatment Resistance Revealed by Single Cell RNA-Sequencing and Spatial Transcriptomics
2024-Feb-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14030265
PMID:38540686
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研究论文 | 本研究揭示了SPINK1在肝细胞癌治疗抵抗中的作用 | 首次阐明了SPINK1在肝细胞癌化疗抵抗中的关键角色,并确定其作为潜在治疗靶点 | 对SPINK1影响的机制理解仍然有限,尚需进一步的研究 | 探究SPINK1对肝细胞癌化疗抵抗的影响 | 肝细胞癌患者的细胞和组织样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | RNA数据 | 来自两个肝细胞癌队列的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6692 | 2024-08-04 |
Genetic correlations, shared risk genes and immunity landscapes between COVID-19 and venous thromboembolism: evidence from GWAS and bulk transcriptome data
2024-Apr, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.]
IF:4.8Q2
DOI:10.1007/s00011-024-01857-w
PMID:38433131
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研究论文 | 本研究表征了COVID-19与静脉血栓栓塞(VTE)之间的遗传相关性及共同致病机制 | 首次揭示了COVID-19及VTE之间的遗传相关性和潜在共享基因,识别了TP53I3和SLPI作为关键基因 | 缺乏关于COVID-19和VTE影响的长期临床数据支持 | 旨在探讨COVID-19与VTE之间的遗传关联及其潜在共同机制 | 研究COVID-19和VTE相关的数据集及基因 | 数字病理学 | NA | GWAS,转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 共涉及四个数据集,包含多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6693 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Reveals Potential Mechanisms for Coronary Artery Lesions in Kawasaki Disease
2024-Apr, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320188
PMID:38357816
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,探讨了川崎病中冠状动脉病变的发展机制 | 首次揭示了川崎病中冠状动脉病变发展的免疫细胞和炎症因子风暴的作用机制 | 样本量较小,且仅包括儿童患者 | 探讨川崎病中冠状动脉病变的免疫学机制 | 川崎病患者的单核细胞和血小板 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 212,210个外周血单核细胞,来自16名儿童 | NA | NA | NA | NA |
| 6694 | 2024-08-07 |
Predicting mechanism of immune response in microsatellite instability colorectal cancer
2024-Mar-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e28120
PMID:38545192
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研究论文 | 本研究利用计算程序分析单细胞RNA测序数据,识别出微卫星不稳定性结直肠癌(MSI-CRC)中特定的表达程序,并探讨了这些程序与免疫反应和转移功能的关系 | 首次通过非负矩阵分解(NMF)识别出MSI-CRC特有的三个复发模块,并发现这些模块与代谢和炎症反应功能富集相关 | 研究主要集中在MSI-CRC的免疫反应机制,未涉及微卫星稳定性(MSS)结直肠癌的比较分析 | 探讨微卫星不稳定性结直肠癌中免疫反应的预测机制 | 微卫星不稳定性结直肠癌(MSI-CRC)的免疫反应和转移功能 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | 非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据 | 涉及多个结直肠癌细胞系的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6695 | 2024-08-07 |
A p53 score derived from TP53 CRISPR/Cas9 HMCLs predicts survival and reveals a major role of BAX in the response to BH3 mimetics
2024-Mar-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023021581
PMID:38096363
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR/Cas9技术从TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs)中衍生出TP53-/-克隆,建立了严格的p53依赖性基因表达谱,并开发了一个功能性p53评分系统,该评分系统涉及13个在p53沉默时特异性下调的基因。 | 本研究首次建立了一个功能性p53评分系统,能够有效识别双等位TP53失活的骨髓瘤患者样本,并预测其总体生存率。此外,研究还发现p53调控的BAX表达对骨髓瘤细胞对BH3模拟物的敏感性有直接影响,并且MCL1和BCL2 BH3模拟物的组合显示出协同效应。 | 研究主要集中在骨髓瘤细胞系和患者样本上,未来需要进一步验证该评分系统在其他癌症类型中的应用。 | 建立一个功能性p53评分系统,以识别双等位TP53失活的骨髓瘤细胞,并研究p53调控的BAX在骨髓瘤细胞对BH3模拟物反应中的作用。 | TP53+/+和TP53-/mut t(4;14)人类骨髓瘤细胞系(HMCLs),以及骨髓瘤患者样本。 | 数字病理学 | 骨髓瘤 | CRISPR/Cas9技术 | NA | 基因表达数据 | 涉及17个失调基因,13个特异性下调基因,以及多个骨髓瘤细胞系和患者样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 6696 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the immune features and viral tropism in the central nervous system of mice infected with Japanese encephalitis virus
2024-Mar-26, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-024-03071-1
PMID:38532383
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了日本脑炎病毒感染小鼠中枢神经系统后的免疫特征和病毒趋向性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了日本脑炎病毒对小鼠大脑中不同神经亚型的病毒趋向性和细胞组成的改变 | NA | 探讨日本脑炎病毒在小鼠中枢神经系统中的作用机制及其对神经损伤和炎症的影响 | 日本脑炎病毒感染的小鼠中枢神经系统细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 88,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6697 | 2024-08-07 |
Unveiling the functional heterogeneity of cytokine-primed human umbilical cord mesenchymal stem cells through single-cell RNA sequencing
2024-Mar-26, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-024-01219-3
PMID:38532459
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了由不同细胞因子预处理的脐带间充质干细胞的功能异质性及其分子机制 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了细胞因子预处理对间充质干细胞异质性、生物功能及其功能亚群的调控作用 | NA | 揭示细胞因子预处理的间充质干细胞的细胞异质性、功能亚群及分子机制 | 脐带间充质干细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及IFN-γ、TNF-α、IL-4、IL-6、IL-15和IL-17预处理的脐带间充质干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6698 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Endometrium Reveals ISL1 as a Potential Biomarker for Diagnosis and Treatment
2024-Mar-13, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2903100
PMID:38538277
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了子宫内膜小细胞神经内分泌癌的转录组,揭示了ISL1作为潜在的诊断和治疗生物标志物 | 首次在子宫内膜小细胞神经内分泌癌中探讨了ISL1的表达及其作为生物标志物的潜力 | 研究样本量较小,仅基于单一病例的样本进行分析 | 探索子宫内膜小细胞神经内分泌癌的诊断和治疗标志物 | 子宫内膜小细胞神经内分泌癌及其细胞内的ISL1表达 | 数字病理学 | 妇科肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 单一病例样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6699 | 2024-08-04 |
Ferroptosis-Related lncRNA to Predict the Clinical Outcomes and Molecular Characteristics of Kidney Renal Papillary Cell Carcinoma
2024-Feb-29, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb46030123
PMID:38534739
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研究论文 | 该研究构建了一种基于铁死亡相关的长非编码RNA风险评分模型,用于预测肾脏肾小管细胞癌的临床结果和分子特征 | 提出了一种新的肾脏肾小管细胞癌亚型,并开发了准确的预后模型 | 未提及具体的限制因素 | 研究肾脏肾小管细胞癌的预后与分子特征 | 肾脏肾小管细胞癌患者 | 数字病理学 | 肾脏癌症 | 单细胞转录组学 | 风险评分模型 | 基因表达数据 | 基于TCGA-KIRP数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6700 | 2024-08-07 |
Comparative study on differential expression analysis methods for single-cell RNA sequencing data with small biological replicates: Based on single-cell transcriptional data of PBMCs from COVID-19 severe patients
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0299358
PMID:38536877
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研究论文 | 本文比较了在生物学重复样本较少的情况下,八种差异表达分析(DEA)方法在单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据中的适应性 | 提出了基于信息熵的新方法DEF-scRNA-seq,在生物学重复样本较少的情况下具有显著优势 | NA | 评估和比较在生物学重复样本较少的情况下,不同差异表达分析方法的性能 | COVID-19重症患者的PBMCs单细胞转录组数据 | 单细胞测序 | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 生物学重复样本较少 | NA | NA | NA | NA |