单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
6621	2024-08-04	Cancer-associated fibroblasts: protagonists of the tumor microenvironment in gastric cancer 2024, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2024.1340124 PMID:38562556	综述	本研究回顾了癌相关成纤维细胞在胃癌肿瘤微环境中的关键作用	探讨了癌相关成纤维细胞的异质性以及其如何促进胃癌的侵袭性和耐药性	癌相关成纤维细胞的异质性可能会使针对其的治疗策略开发变得复杂	旨在揭示癌相关成纤维细胞在胃癌中的作用及其潜在治疗策略	主要研究癌相关成纤维细胞及其在胃癌中的角色	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	文本	NA
6622	2024-08-04	Clinical implications of single cell sequencing for bladder cancer 2024, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.045442 PMID:38560564	综述	本综述总结了单细胞测序在膀胱癌中的临床应用现状	该研究首次系统总结了单细胞测序在膀胱癌中的应用，展示其在预后预测和免疫检查点抑制治疗反应评估中的潜力	此综述主要基于已发表的研究，可能存在选择偏倚	探讨单细胞测序在膀胱癌临床应用的现状和潜在影响	膀胱癌及其相关的单细胞研究	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	NA	文本	41篇发表的研究
6623	2024-08-04	Lung single-cell RNA profiling reveals response of pulmonary capillary to sepsis-induced acute lung injury 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1308915 PMID:38348045	研究论文	这篇文章探讨了肺毛细血管在脓毒症诱导的急性肺损伤中的反应	揭示了不同类型的肺毛细血管在脓毒症急性肺损伤过程中的免疫互动和功能	尚不清楚Cd74+毛细血管的功能倾向是免疫还是耐受，需进一步研究确认	研究脓毒症引起的急性肺损伤中内皮细胞的功能和相互作用	小鼠的肺毛细血管及其在急性肺损伤中的反应	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	小鼠肺组织样本，时间点为0、24和48小时
6624	2024-08-07	Cystic Fibrosis Mice Are Highly Susceptible to Repeated Acute Pseudomonas aeruginosa Pneumonia after Intranasal Inoculation 2024, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2024/4769779 PMID:38347907	研究论文	研究囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌肺炎感染后的易感性	首次发现囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌感染后比非囊性纤维化小鼠更易感，并揭示了非囊性纤维化小鼠中性粒细胞招募和效应功能的改善	研究仅限于F508del转基因囊性纤维化小鼠模型，可能需要进一步研究其他囊性纤维化小鼠模型	探讨囊性纤维化小鼠在重复急性铜绿假单胞菌肺炎感染后的免疫反应和易感性	囊性纤维化小鼠和非囊性纤维化小鼠	NA	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	囊性纤维化小鼠和非囊性纤维化小鼠
6625	2024-08-07	Prognostic Risk Models Using Epithelial Cells Identify β-Sitosterol as a Potential Therapeutic Target Against Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2024, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S447023 PMID:38559590	研究论文	本研究利用上皮细胞开发预测食管鳞状细胞癌（ESCC）预后的风险模型，并识别β-谷甾醇作为潜在的治疗靶点	通过单细胞RNA测序和功能富集分析，识别了与ESCC相关的核心基因，并构建了基于这些基因的预后模型	NA	研究食管鳞状细胞癌中上皮细胞异质性，并开发基于这些细胞类型的预测风险模型	食管鳞状细胞癌（ESCC）中的上皮细胞异质性及其与预后和免疫反应的关系	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	773个食管鳞状细胞癌基因和3407个上皮细胞标记基因
6626	2024-08-07	scAnnoX: an R package integrating multiple public tools for single-cell annotation 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.17184 PMID:38560451	研究论文	本文介绍了一个名为scAnnoX的R包，该包整合了多种单细胞注释算法，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	scAnnoX提供了一个综合框架，用于整合和比较多种单细胞注释算法，提高了注释效率和准确性	NA	开发一个综合工具，用于整合和比较现有的单细胞注释算法	单细胞注释算法	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据	NA
6627	2024-08-07	An androgen receptor-based signature to predict prognosis and identification of ORC1 as a therapeutical target for prostate adenocarcinoma 2024, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.16850 PMID:38562999	研究论文	本研究旨在通过基于雄激素受体（AR）的特征来预测前列腺腺癌（PRAD）的预后，并识别ORC1作为治疗靶点	本研究首次识别了基于AR的10个相关基因（ARGs），并发现ORC1作为关键靶点，能够促进PRAD细胞的增殖和干细胞样特性，增强对enzalutamide的敏感性	NA	识别新的AR驱动特征以预测前列腺腺癌的预后，并揭示潜在的治疗靶点	前列腺腺癌及其对enzalutamide的耐药性	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO和多变量Cox回归模型	基因表达数据	来自GSE99795的单细胞RNA测序数据
6628	2024-08-07	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-Apr-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	本研究通过单细胞光学表型分析和表达测序（SCOPE-seq2）方法，评估了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记细胞类型的特异性	首次在单细胞水平上评估了5-ALA在胶质母细胞瘤中的标记特异性	研究发现5-ALA的标记并非仅限于肿瘤细胞，非肿瘤细胞也可能被标记，这质疑了5-ALA在荧光引导手术中对肿瘤细胞的特异性标记	确定5-ALA在胶质母细胞瘤中标记细胞类型的特异性	人胶质母细胞瘤手术标本中的单个细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞光学表型分析和表达测序（SCOPE-seq2）	NA	图像和RNA序列	来自接受5-ALA治疗患者的胶质母细胞瘤手术标本
6629	2024-08-04	Single-cell and spatial transcriptomics: Bridging current technologies with long-read sequencing 2024-04, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2024.101255 PMID:38368637	研究论文	本文探讨了单细胞和空间转录组学与长读长测序技术的结合	提出了将单细胞技术、空间转录组学与长读长测序结合的新方法	尚存在一些挑战和需要解决的问题	旨在描绘细胞在组织背景中的特征及其异质性	研究单细胞和空间转录组学领域的技术结合	数字病理学	NA	长读长测序	NA	NA	NA
6630	2024-08-07	The role of positional information in determining dermal fibroblast diversity 2024-Apr, Matrix biology : journal of the International Society for Matrix Biology IF:4.5Q2 DOI:10.1016/j.matbio.2024.02.009 PMID:38423396	综述	本文综述了位置信息在决定皮肤成纤维细胞多样性中的作用及其对皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症的影响	探讨了成纤维细胞多样性对皮肤功能和疾病发展的影响，为抗纤维化治疗和个性化医疗提供新思路	NA	理解成纤维细胞多样性如何影响皮肤稳态、伤口愈合、纤维化和癌症	皮肤成纤维细胞及其在皮肤功能和疾病中的作用	NA	纤维化疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
6631	2024-08-04	scNovel: a scalable deep learning-based network for novel rare cell discovery in single-cell transcriptomics 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae112 PMID:38555470	研究论文	该论文介绍了一种名为scNovel的深度学习网络，专注于单细胞转录组中稀有新细胞的发现	scNovel通过深度学习方法，在发现稀有的新细胞类型方面显著优于现有模型，且在多个数据集上表现出色	目前工具主要集中于一般细胞类型注释，对于发现新稀有细胞类型的挑战尚未得到充分解决	研究旨在推动稀有新细胞类型的发现，以促进生物医学领域的研究	研究对象为单细胞转录组数据中的稀有新细胞类型	数字病理学	新冠肺炎	单细胞RNA测序	深度学习神经网络	数据集	包含百万规模的数据集
6632	2024-08-04	PANoptosis, an indicator of COVID-19 severity and outcomes 2024-Mar-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae124 PMID:38555477	研究论文	本研究探讨了PANoptosis在COVID-19严重性和预后的指示作用	揭示了PANoptosis在COVID-19中的潜在作用及其调节免疫反应的机制	需要进一步的研究来澄清PANoptosis如何调节COVID-19中的免疫反应和预后	探讨PANoptosis作为COVID-19严重性的指标	针对COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液和外周血单核细胞的生物信息学分析	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)和整体RNA测序	NA	RNA数据	使用了在线数据集的多个样本进行分析
6633	2024-08-04	Dysregulation of cell state dynamics during early stages of serous endometrial carcinogenesis 2024-Mar-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.15.585274 PMID:38562813	研究论文	本文提供了关于小鼠模型中正常、前发病和发病子宫内膜细胞类型及其状态的综合调查。	鉴定出44个基因作为早期诊断和预后标志物，并强调了腔上皮在SEC发病机制中的重要角色。	主要基于小鼠模型，可能与人类SEC的病理生理有所不同。	研究SEC早期阶段细胞状态动态和分子机制。	正常、前发病和发病子宫内膜的细胞类型及其状态。	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞转录组学和空间转录组学	小鼠模型	基因组数据	44个基因 panel，涉及正常和病变子宫内膜样本
6634	2024-08-04	Single-cell sequencing identifies inflammation-promoting fibroblast-neutrophil interaction in peri-implantitis 2024-02, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.13912 PMID:38088448	研究论文	本文揭示了通过单细胞测序技术获得的周围种植体炎症浸润的细胞组成和分子环境	该研究首次发现了在种植体炎症中促炎症成纤维细胞与中性粒细胞的相互作用	该研究可能未涵盖所有相关的细胞类型和潜在的分子机制	解释周围种植体炎与牙周炎之间的病理差异	周围种植体炎患者的组织与牙周炎患者及健康供体的牙周组织	数字病理学	牙周炎	单细胞转录组测序	NA	组织样本	来自患有周围种植体炎和牙周炎的患者，以及健康供体的高通量样本
6635	2024-08-07	Disease-associated astrocyte epigenetic memory promotes CNS pathology 2024-Jan-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.04.574196 PMID:38260616	研究论文	本文描述了通过多种测序技术识别出一种由表观遗传控制的记忆星形胶质细胞亚群，该亚群在重新刺激后表现出加剧的促炎反应	首次揭示了星形胶质细胞记忆由代谢酶ATP柠檬酸裂解酶（ACLY）和组蛋白乙酰转移酶p300共同调控，这一发现为神经系统疾病的治疗提供了新的靶点	NA	研究星形胶质细胞在中枢神经系统病理中的作用及其调控机制	星形胶质细胞及其在多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的作用	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转座酶可及染色质测序（ATAC-seq）、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、核酸检测和测序的细胞特异性聚焦（FIND-seq）、CRISPR/Cas9基因扰动研究	NA	细胞	急性和慢性EAE模型中的星形胶质细胞，慢性MS病变中的人类星形胶质细胞
6636	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing provides insight into multiple chemotherapy resistance in a patient with refractory DLBCL: a case report 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1303310 PMID:38533514	病例报告	本研究利用单细胞转录组测序和常规批量下一代测序（NGS）分析了一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者的肿瘤全景	结合NGS和单细胞RNA测序技术，揭示了肿瘤微环境中的异质性和免疫抑制特性，为治疗难治性DLBCL提供了潜在的治疗靶点	研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证	阐明DLBCL进展的机制并开发新的治疗方法	一位经历多次化疗复发的大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	大B细胞淋巴瘤	单细胞转录组测序, NGS	NA	转录组	单一患者样本
6637	2024-08-07	Development and validation of a prognostic model for cervical cancer by combination of machine learning and high-throughput sequencing 2024-Apr, European journal of surgical oncology : the journal of the European Society of Surgical Oncology and the British Association of Surgical Oncology DOI:10.1016/j.ejso.2024.108241 PMID:38452717	研究论文	本研究开发并验证了一种结合机器学习和高通量测序的宫颈癌预后模型	本研究首次结合单细胞RNA测序和高通量测序数据，利用多种机器学习算法构建宫颈癌预后模型	本研究仅使用了两个单细胞RNA测序项目和TCGA数据进行模型构建和验证，可能存在样本选择偏倚	开发一种评估宫颈癌预后的综合模型	宫颈癌患者	机器学习	宫颈癌	单细胞RNA测序	随机森林	基因表达数据	使用了两个单细胞RNA测序项目和TCGA数据，具体样本数量未详细说明
6638	2024-08-04	Identification of spatially-resolved markers of malignant transformation in Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms 2024-Mar-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46994-2 PMID:38553466	研究论文	该论文研究了乳头状粘液性肿瘤中的恶性转化的空间分辨标记	本研究确认了乳头状粘液性肿瘤的亚型特异性标记，为风险分层提供了新的分子依据	研究依赖于两个独立患者队列，但可能存在样本多样性和外部验证的不足	研究乳头状粘液性肿瘤中恶性转化的分子标记	调查乳头状粘液性肿瘤患者的亚型特异性分子标记	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	NA	两个独立的患者队列
6639	2024-08-07	Aberrant activated Notch1 promotes prostate enlargement driven by androgen signaling via disrupting mitochondrial function in mouse 2024-Mar-28, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-024-05143-0 PMID:38538986	研究论文	本研究证明过度激活的Notch1信号在小鼠前列腺上皮细胞中通过增强增殖和抑制凋亡导致前列腺增大	揭示了过度激活的Notch1信号通过增加雄激素受体敏感性、破坏细胞线粒体代谢、增加活性氧和增加前体细胞数量诱导前列腺增大的机制，并发现N-乙酰-L-半胱氨酸治疗可以缓解这种过度激活引起的增生	NA	探讨Notch信号在前列腺增大和增生中的潜在调控机制	小鼠前列腺上皮细胞和人类良性前列腺增生患者	数字病理学	前列腺疾病	scRNA-seq	NA	细胞	涉及小鼠和人类良性前列腺增生患者的样本
6640	2024-08-07	Analysis of the effect of CCR7 on the microenvironment of mouse oral squamous cell carcinoma by single-cell RNA sequencing technology 2024-Mar-27, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-024-03013-y PMID:38539232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析CCR7对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析CCR7基因敲除对小鼠口腔鳞状细胞癌微环境中细胞类型和基因表达的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类口腔鳞状细胞癌中验证CCR7的作用	探讨CCR7在口腔鳞状细胞癌微环境中的作用	CCR7基因敲除小鼠和野生型小鼠的口腔鳞状细胞癌模型	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三只CCR7基因敲除小鼠和三只野生型小鼠