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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2026-04-14 |
GTADC: A Graph-Based Method for Inferring Cell Spatial Distribution in Cancer Tissues
2024-04-03, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14040436
PMID:38672453
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研究论文 | 提出一种基于图深度学习的GTADC方法,用于推断癌症组织中细胞的空间分布 | 利用Silhouette分数精确捕获每种细胞类型内具有显著表达差异的基因,并引入图结构有效整合空间转录组学和单细胞测序数据的空间关系与拓扑结构 | 未明确说明方法在特定癌症类型或数据规模下的验证局限性 | 实现癌症组织中不同细胞类型空间组成的精确解析,以支持早期癌症检测与理解 | 癌症组织中的细胞空间分布与相互作用 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学(ST),单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 基于图的深度学习方法(GTADC) | 空间转录组数据,单细胞基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 642 | 2026-04-14 |
Colorectal Cancer-Associated Myofibroblasts Exhibit Enhanced Angiogenin Expression and Signaling via the PLXNB2 Receptor
2024-04, The Journal of surgical research
IF:1.8Q2
DOI:10.1016/j.jss.2023.12.036
PMID:38295715
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了结直肠癌相关肌成纤维细胞中血管生成素及其受体PLXNB2表达上调,并参与肿瘤-基质细胞通讯 | 首次在人类结直肠癌组织中,利用单细胞RNA测序数据定量推断细胞间通讯网络,发现CRC相关肌成纤维细胞特异性上调血管生成素和PLXNB2受体表达 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源为公开数据库和独立数据集,但具体样本数量未明确说明 | 探究血管生成素在人类结直肠癌肿瘤微环境中细胞间通讯的作用 | 人类正常结肠组织和结直肠癌组织中的细胞,特别是肌成纤维细胞和CRC细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | CellChat | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 643 | 2026-04-14 |
SPINK1 Overexpression Correlates with Hepatocellular Carcinoma Treatment Resistance Revealed by Single Cell RNA-Sequencing and Spatial Transcriptomics
2024-02-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14030265
PMID:38540686
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了SPINK1过表达与肝细胞癌治疗耐药性之间的关联 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,系统阐明了SPINK1在肝细胞癌治疗耐药中的作用机制,并发现其通过上调药物代谢调节因子(如CYP3A4和ABCB1)来促进耐药性 | 研究主要基于相关性分析和体外实验,缺乏体内动物模型验证SPINK1作为治疗靶点的直接疗效 | 探究SPINK1对肝细胞癌治疗耐药性的影响及其分子机制 | 肝细胞癌(HCC)细胞及患者样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 两个肝细胞癌队列的单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 644 | 2026-04-14 |
Peripheral Lymphocytes in Primary Liver Cancers: Elevated NK and CD8+ T Cells and Dysregulated Selenium Metabolism
2024-02-14, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14020222
PMID:38397459
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研究论文 | 本研究通过流式细胞术和单细胞测序技术,探讨了原发性肝癌(HCC和ICC)对外周血淋巴细胞(PBLs)的影响,发现NK细胞和CD8+ T细胞数量升高且与复发风险相关,并揭示了硒代谢异常 | 首次系统评估原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响,结合单细胞测序发现CD8+ T细胞中TGFβ信号下调及硒代谢通路异常,并通过蛋白质组学验证SELENBP1和SEPP1的表达变化 | 样本来源可能有限,未详细说明具体样本量或患者队列特征,且依赖公共数据库(GEO)数据,可能影响结果普适性 | 探究原发性肝癌(HCC和ICC)对外周血淋巴细胞组成和功能的影响,并分析其与临床预后的关联 | 原发性肝癌患者(包括肝细胞癌和肝内胆管癌)及良性肝病患者的外周血淋巴细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 流式细胞术,单细胞RNA测序,生物信息学分析,蛋白质组学 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞术数据,蛋白质组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞测序技术 |
| 645 | 2026-04-13 |
Single-cell RNA sequencing combined with proteomics of infected macrophages reveals prothymosin-α as a target for treatment of apical periodontitis
2024-Dec, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2024.01.018
PMID:38237771
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合蛋白质组学,揭示了感染巨噬细胞中prothymosin-α(PTMA)的上调,并验证了其作为根尖周炎治疗靶点的潜力 | 首次结合单细胞RNA测序和蛋白质组学分析根尖周炎中单核/巨噬细胞的异质性,并鉴定出PTMA作为新的治疗靶点 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型,尚未进行人体临床试验 | 阐明单核/巨噬细胞在慢性根尖周炎进展中的作用,并寻找新的治疗靶点 | 慢性根尖周炎患者的根尖周病变组织、健康对照牙周组织、THP-1来源的巨噬细胞、小鼠和大鼠的根尖周炎模型 | 单细胞组学 | 口腔疾病 | 单细胞RNA测序, 蛋白质组学, 免疫荧光染色, 实时定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及患者组织样本、细胞系及动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 646 | 2026-04-12 |
Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death
2024-02-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015
PMID:38211590
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研究论文 | 本文探讨了人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)通过诱导颗粒酶B介导的肿瘤细胞死亡在肿瘤治疗中的潜在应用 | 首次发现人类ILC2s分泌颗粒酶B并直接裂解肿瘤细胞,通过DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控,揭示了其在抗肿瘤免疫中的新角色 | 未明确长期安全性或临床转化中的具体挑战 | 研究人类ILC2s的抗肿瘤机制及其治疗潜力 | 人类2型先天淋巴样细胞、急性髓系白血病细胞及实体瘤模型 | 免疫学 | 白血病、实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 647 | 2026-04-11 |
Altered Purinergic Signaling and CD8+ T Cell Dysregulation in STAT3 GOF Syndrome
2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.12.626682
PMID:39713308
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研究论文 | 本研究探讨了STAT3功能获得性突变综合征中CD8+ T细胞功能失调的分子机制,重点关注嘌呤能信号通路的改变 | 首次揭示STAT3 GOF变异通过改变CD39、CD73和A2AR表达,导致嘌呤能信号失调,从而驱动CD8+ T细胞病理 | 研究主要基于患者样本和小鼠模型,机制细节仍需进一步验证 | 阐明STAT3 GOF变异导致CD8+ T细胞功能失调的分子机制 | STAT3 GOF患者和小鼠模型中的CD8+ T细胞 | 免疫学 | 原发性免疫调节障碍 | 单细胞RNA测序、高维免疫分析、功能评估 | NA | 基因表达数据、功能数据 | STAT3 GOF患者和小鼠模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 648 | 2026-04-11 |
Isolation and Comprehensive Analysis of Cochlear Tissue-Derived Small Extracellular Vesicles
2024-12, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202408964
PMID:39497619
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研究论文 | 本研究评估了三种耳蜗组织消化及耳蜗组织来源的小细胞外囊泡(CDsEV)分离方法,首次提出使用胶原酶D和DNase I结合蔗糖密度梯度离心作为最优分离方法,并全面分析了CDsEV的内容物和细胞来源 | 首次提出并验证了使用胶原酶D和DNase I结合蔗糖密度梯度离心作为耳蜗组织来源小细胞外囊泡(CDsEV)的最优分离方法,并首次通过单CDsEV测序与单细胞RNA测序数据的联合分析来追踪CDsEV的细胞来源 | 研究主要基于方法学优化和初步分析,未深入探讨CDsEV在耳蜗疾病中的具体作用机制或进行大规模临床验证 | 评估耳蜗组织来源小细胞外囊泡(CDsEV)的分离方法,并分析其内容物和细胞来源,以增强对耳蜗内CDsEV功能的理解 | 耳蜗组织来源的小细胞外囊泡(CDsEV)及其内容物(miRNAs和蛋白质) | 生物医学研究 | 听力相关疾病 | 小RNA测序、蛋白质组学、单CDsEV测序、单细胞RNA测序 | NA | 测序数据、蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 649 | 2026-04-11 |
Targeting immune-fibroblast cell communication in heart failure
2024-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08008-5
PMID:39443792
|
研究论文 | 本研究通过多组学单细胞分析揭示了心力衰竭中免疫细胞与成纤维细胞间的通讯机制,并验证了靶向IL-1β信号通路可减轻心肌纤维化并改善心脏功能 | 首次在人类心脏疾病中系统解析免疫-成纤维细胞通讯的分子机制,并发现CCR2巨噬细胞通过IL-1β信号驱动FAP/POSTN成纤维细胞分化的空间特异性机制 | 样本量相对有限(45例),且主要依赖观察性数据和动物模型验证,未涉及长期临床疗效评估 | 探究人类心脏疾病中免疫细胞与成纤维细胞通讯的分子机制,并开发针对心肌纤维化的治疗策略 | 健康供体、急性梗死和慢性心力衰竭的人类心脏组织样本,以及小鼠心脏损伤模型 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞多组学分析(基因表达、表位定位、染色质可及性)、空间转录组学、遗传谱系追踪 | NA | 单细胞基因表达数据、表位数据、染色质可及性数据、空间转录组数据 | 45例人类心脏样本(包括健康、急性梗死和慢性心力衰竭)及多种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 650 | 2026-04-11 |
Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements
2024-09-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-52490-4
PMID:39294132
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研究论文 | 本文提出了一种结合多重CRISPRa扰动与单细胞RNA测序的实验框架,用于识别细胞类型特异性的顺式调控元件及其调控基因 | 开发了一种将高度多重CRISPRa扰动与scRNA-seq结合的新方法,首次在单细胞水平上系统评估细胞类型特异性增强子和启动子对基因表达的调控作用 | 研究仅针对K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元两种细胞类型,未涵盖更广泛的细胞类型或体内环境 | 开发一种高通量筛选方法,以识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其靶基因 | K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元 | 基因组学 | 自闭症谱系障碍和神经发育障碍 | CRISPRa, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 使用493个gRNA靶向候选顺式调控元件 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 651 | 2026-04-11 |
In vivo single-cell CRISPR uncovers distinct TNF programmes in tumour evolution
2024-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07663-y
PMID:39020166
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研究论文 | 本研究开发了一种体内单细胞CRISPR策略,系统性研究了150个最常见突变的鳞状细胞癌基因在组织范围内的克隆动态,揭示了肿瘤坏死因子(TNF)信号模块在肿瘤演化中的不同作用 | 开发了结合超声引导子宫内慢病毒显微注射、单细胞RNA测序和引导捕获的体内单细胞CRISPR筛选策略,首次在哺乳动物组织中纵向监测克隆扩张并记录其单细胞转录组水平的基因程序 | 研究主要聚焦于鳞状细胞癌相关基因,其他癌症类型的普适性有待验证;体内模型的复杂性可能限制某些机制的完全解析 | 探究正常组织中克隆扩张的机制,以及为何仅有少数克隆最终转化为恶性肿瘤 | 鳞状细胞癌相关基因、上皮组织克隆、肿瘤细胞 | 单细胞组学 | 鳞状细胞癌 | 单细胞CRISPR筛选、单细胞RNA测序、引导捕获测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及150个最常见突变的鳞状细胞癌基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 652 | 2026-04-11 |
Elucidating the Transcriptional States of Spermatogenesis-Joint Analysis of Germline and Supporting Cell, Mice and Human, Normal and Perturbed, Bulk and Single-Cell RNA-Seq
2024-07-12, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070840
PMID:39062554
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综述 | 本文综述了精子发生研究的分子基础,强调通过整合分析(包括正常与病理状态、小鼠与人类数据、表型与分子谱、生殖细胞与支持细胞)来推进对男性不育精准医学的理解 | 提出了精子发生研究的四个整合轴,结合单细胞RNA测序等先进技术,揭示生殖细胞发育新阶段和睾丸微环境中的未知细胞亚型 | 作为综述文章,未提供原始实验数据,且依赖于现有研究的整合,可能受限于当前技术和方法的不完全覆盖 | 阐明精子发生的转录状态,以促进对男性不育的精准医学诊断和治疗策略的开发 | 生殖细胞(如精原细胞)和支持细胞(如Sertoli细胞和Leydig细胞),涉及小鼠和人类样本 | 自然语言处理 | 男性不育 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 653 | 2026-04-11 |
Targeting Microglia in Alzheimer's Disease: Pathogenesis and Potential Therapeutic Strategies
2024-07-11, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14070833
PMID:39062547
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综述 | 本文综述了小胶质细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用,并探讨了以该细胞为靶点的潜在治疗策略 | 系统总结了基于单细胞测序技术揭示的小胶质细胞在AD病程中的动态表型变化,并提出了针对小胶质细胞功能增强与神经炎症抑制的双重治疗策略框架 | NA | 阐明小胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用机制并探索相关治疗策略 | 小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq | NA | NA |
| 654 | 2026-04-11 |
Pan-cancer analysis of super-enhancer-induced LINC00862 and validation as a SIRT1-promoting factor in cervical cancer and gastric cancer
2024-Jul, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2024.101982
PMID:38718436
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研究论文 | 本文通过泛癌分析探讨了LINC00862的生物学意义,并验证了其在宫颈癌和胃癌中作为SIRT1促进因子的作用 | 揭示了LINC00862作为超级增强子诱导的基因,通过竞争性结合miR-29c-3p释放SIRT1的促癌功能,并验证了其作为免疫治疗疗效预测生物标志物的潜力 | NA | 探索LINC00862在泛癌中的生物学意义及其作为免疫治疗生物标志物的潜力 | LINC00862基因在多种癌症中的表达及其调控机制 | 生物信息学 | 宫颈癌,胃癌 | 生物信息学分析,染色质免疫沉淀,RNA免疫沉淀,虚拟筛选,体外和体内实验 | NA | TCGA数据,单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 655 | 2026-04-11 |
Accurate Identification of Spatial Domain by Incorporating Global Spatial Proximity and Local Expression Proximity
2024-06-09, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14060674
PMID:38927077
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研究论文 | 本文提出了一种名为SECE的深度学习方法,用于准确识别空间转录组学数据中的空间域,通过整合全局空间邻近性和局部表达邻近性来优化组织微环境和生物功能分析 | SECE方法首次同时捕捉局部和全局空间关系,并利用表达相似性和空间相似性聚合信息,克服了现有方法仅基于局部或全局关系进行分割的局限性 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性,以更好地阐明组织微环境和生物功能 | 空间转录组学数据中的空间点(spots) | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 深度学习 | 空间转录组学数据 | 六个真实空间转录组学数据集,涵盖四个不同平台 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 656 | 2026-04-11 |
MYCT1 controls environmental sensing in human haematopoietic stem cells
2024-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07478-x
PMID:38839950
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研究论文 | 本研究揭示了MYCT1在调控人类造血干细胞内吞和环境感知中的关键作用,以维持干细胞特性 | 首次将MYCT1识别为人类造血干细胞的关键调节因子,通过控制内吞作用和环境感知来维持干细胞特性,并发现其在细胞培养中下调是HSC扩增的脆弱点 | 研究主要基于胎儿肝脏和脐带血来源的HSPCs,未涉及成人或其他来源的造血干细胞,且机制细节如MYCT1与信号通路的相互作用需进一步探索 | 探究人类造血干细胞自我更新和移植能力的调控机制,以改善体外培养扩增功能 | 人类造血干细胞和祖细胞(HSPCs),包括胎儿肝脏和脐带血来源 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,慢病毒介导的基因敲低和过表达 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿肝脏和脐带血HSPCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 657 | 2026-04-11 |
Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements
2024-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.28.534017
PMID:37034704
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研究论文 | 本文介绍了一种结合多重CRISPRa扰动与单细胞RNA测序的实验框架,用于识别细胞类型特异性调控元件及其调控基因 | 开发了一种新方法,通过随机组合多个gRNA并利用单细胞RNA测序分析,系统性地测试CRISPRa对增强子和启动子的扰动效果,实现了细胞类型特异性调控元件的大规模筛选 | 方法可能依赖于细胞特定的染色质景观或额外作用因子,限制了在某些细胞类型中的普适性,且样本规模相对较小 | 旨在识别细胞类型特异性、CRISPRa响应的调控元件,以促进基因治疗中靶向基因激活的gRNA筛选 | K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元 | 基因编辑与单细胞组学 | 自闭症谱系障碍和神经发育障碍 | CRISPRa、单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用493个gRNA靶向候选调控元件,在K562细胞和iPSC衍生神经元中进行测试 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 658 | 2026-04-11 |
Universal recording of immune cell interactions in vivo
2024-03, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-07134-4
PMID:38448581
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研究论文 | 本文报道了一种名为uLIPSTIC的通用技术,用于在体内记录免疫细胞之间以及免疫与非免疫细胞之间的瞬时物理相互作用 | 开发了通用版本的LIPSTIC技术,不再依赖特定受体-配体通路,能够记录任意细胞间的物理相互作用 | 未明确提及技术本身的局限性,但暗示了先前版本仅能测量特定细胞间相互作用的限制 | 开发一种通用技术以在体内记录细胞间的物理相互作用 | 免疫细胞(如CD8 T细胞、树突状细胞、调节性T细胞、滤泡辅助T细胞)与非免疫细胞(如肠道上皮细胞) | 免疫学 | NA | LIPSTIC/uLIPSTIC技术,单细胞转录组学 | NA | 分子标记数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 659 | 2026-04-10 |
A Strategy Involving Microporous Microneedles Integrated with CAR-TREM2-Macrophages for Scar Management by Regulating Fibrotic Microenvironment
2024-12, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.)
DOI:10.1002/adma.202406153
PMID:39313983
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研究论文 | 本研究开发了一种结合微孔微针与CAR-TREM2-巨噬细胞的策略,通过调节纤维化微环境来管理疤痕 | 工程化构建了能够靶向DPP4成纤维细胞并调节疤痕微环境中内皮细胞亚型的CAR-TREM2-巨噬细胞,并首次将其与微孔微针递送系统结合用于疤痕治疗 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序分析,缺乏大规模的体内长期疗效和安全性验证 | 开发一种通过多因子调节疤痕微环境来抑制疤痕形成的有效治疗策略 | 皮肤损伤后的疤痕组织,重点关注DPP4阳性成纤维细胞、异质性血管内皮细胞和TREM2巨噬细胞 | 数字病理学 | 皮肤疤痕 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 660 | 2026-04-10 |
Harnessing Porphyrin Accumulation in Liver Cancer: Combining Genomic Data and Drug Targeting
2024-08-07, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom14080959
PMID:39199347
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研究论文 | 本研究通过基因组数据和单细胞RNA测序,揭示了肝癌中血红素生物合成过程的异常,即“卟啉过度驱动”,导致中间代谢物积累,并探讨了靶向此过程的药物协同策略 | 首次在肝癌中发现“卟啉过度驱动”现象,将血红素中间代谢物积累与肿瘤生存及患者预后不良联系起来,并提出了靶向治疗的药物协同策略 | 研究主要基于体外概念验证数据,缺乏体内实验验证,且样本规模和临床转化潜力未明确说明 | 探究健康和癌变肝脏中血红素和卟啉代谢的差异,以识别肝癌治疗的新靶点 | 人类肝脏组织,包括健康肝脏和肝癌样本 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNAseq),转录组学分析 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |