单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-05-15	Cancer-specific innate and adaptive immune rewiring drives resistance to PD-1 blockade in classic Hodgkin lymphoma 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54512-7 PMID:39737927	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和空间分析，揭示了经典霍奇金淋巴瘤(cHL)中PD-1阻断反应的免疫重编程机制	发现了循环和肿瘤浸润的IL1β单核细胞/巨噬细胞群体在cHL患者中的存在，并揭示了其在PD-1阻断抵抗中的作用	研究样本可能有限，未明确提及样本量，且结果主要基于cHL患者，可能不适用于其他癌症类型	探究cHL患者对PD-1阻断反应的免疫机制	经典霍奇金淋巴瘤(cHL)患者和健康捐赠者的免疫细胞	肿瘤免疫学	经典霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序, 空间分析	NA	RNA测序数据, 空间分析数据	NA
642	2025-05-15	Immune checkpoint inhibitor-induced severe epidermal necrolysis mediated by macrophage-derived CXCL10 and abated by TNF blockade 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54180-7 PMID:39737932	研究论文	本文研究了免疫检查点抑制剂（ICI）诱导的严重表皮坏死松解症的发病机制，并探讨了TNF阻断剂在治疗中的作用	发现巨噬细胞来源的CXCL10在ICI诱导的SJS/TEN中起关键作用，并通过TNF阻断剂治疗显著改善患者症状	样本量较小（25名患者），且研究结果需进一步验证	探究ICI诱导的严重皮肤不良反应（SCAR）的发病机制及潜在治疗方法	ICI诱导的Stevens-Johnson综合征/中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）患者	免疫治疗	皮肤不良反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	25名ICI诱导的SJS/TEN患者
643	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54761-6 PMID:39737976	研究论文	利用空间转录组学和蛋白质组学技术筛选胰腺导管腺癌(PDAC)的分子靶点，并开发针对Claudin-4的肽类分子成像剂	首次结合空间转录组学和蛋白质组学数据筛选PDAC分子靶点，并开发出针对Claudin-4的高特异性分子成像剂	研究仅针对Claudin-4进行了验证，未评估其他潜在靶点的成像效果	开发胰腺导管腺癌的分子成像诊断方法	胰腺导管腺癌(PDAC)组织和转移灶	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学、蛋白质组学、PET成像	NA	转录组数据、蛋白质组数据、PET图像数据	人类手术样本（具体数量未提及）
644	2025-05-15	Monocyte Invasion into the Retina Restricts the Regeneration of Neurons from Müller Glia 2024-Nov-13, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0938-24.2024 PMID:39353729	research paper	研究探讨了单核细胞侵入视网膜如何限制Müller胶质细胞再生神经元的能力	揭示了外周免疫系统反应作为中枢神经系统再生障碍的新机制，并发现Osteopontin信号轴在抑制哺乳动物神经发生中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他哺乳动物模型	探索视网膜神经元再生的障碍因素及潜在治疗策略	Müller胶质细胞和单核细胞	神经科学	视网膜疾病	scRNA-seq分析	CCR2敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明，但使用了两种性别的CCR2敲除小鼠
645	2025-05-15	Identification and Analysis of Biomarkers Associated with Lipophagy and Therapeutic Agents for COVID-19 2024-06-07, Viruses DOI:10.3390/v16060923 PMID:38932215	研究论文	通过生物信息学分析，研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	首次研究了脂噬相关基因在COVID-19中的功能，并识别出7个可作为生物标志物和药物靶点的脂噬相关基因	研究基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	研究COVID-19中与脂噬相关的生物标志物及治疗药物	COVID-19患者的基因表达数据	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法（随机森林、SVM-RFE、GLM、XGBoost）	随机森林, SVM-RFE, GLM, XGBoost	RNA-seq数据	三个GEO数据集（GSE145926、GSE183533、GSE190496）
646	2025-05-15	Identification of a myofibroblast differentiation program during neonatal lung development 2024-May-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202659 PMID:38602479	research paper	该研究通过使用Fgf18CreER谱系追踪小鼠、细胞分选、单细胞RNA测序和原代细胞培养，识别了新生儿肺中多种间充质细胞亚型，包括一种未成熟的前体细胞，该细胞可产生成熟的肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）	研究发现了MyoFB的分化程序，这一程序与其他间充质细胞类型不同，并增加了新生儿肺中间充质细胞类型的已知种类	NA	研究新生儿肺发育过程中肌成纤维细胞的分化程序	新生儿肺中的间充质细胞，特别是肺泡肌成纤维细胞（MyoFB）和脂质丰富的细胞	发育生物学	NA	Fgf18CreER lineage trace, cell sorting, single-cell RNA sequencing, primary cell culture	NA	RNA测序数据	NA
647	2025-05-15	Spatial transcriptomic analysis drives PET imaging of tight junction protein expression in pancreatic cancer theranostics 2024-Jan-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.07.574209 PMID:38249519	研究论文	该研究利用空间转录组学和蛋白质组学技术，筛选胰腺癌表面受体靶点用于分子影像学和治疗诊断	提出了一种基于数据驱动选择分子靶点的新方法，并发现紧密连接蛋白claudin-4作为治疗诊断靶点	研究仅针对胰腺癌，未验证在其他癌症类型中的适用性	开发胰腺癌分子影像学和治疗诊断的新方法	胰腺癌表面受体靶点	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学, 蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质数据	未明确说明样本数量
648	2025-05-14	Aging-induced immune microenvironment remodeling fosters melanoma in male mice via γδ17-Neutrophil-CD8 axis 2024-12-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55164-3 PMID:39738047	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雄性小鼠中衰老如何通过γδ17-中性粒细胞-CD8轴促进黑色素瘤转移	发现了衰老通过下调S1pr1受体驱动γδ17T细胞扩增，进而招募促肿瘤中性粒细胞抑制CD8+T细胞功能的机制	研究仅针对雄性小鼠模型，未涵盖雌性个体	探究衰老免疫系统促进肿瘤转移的分子机制	雄性小鼠的肺免疫微环境	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量（基于年轻与老年雄性小鼠对比）
649	2025-05-14	Pax3/7 gene function in Oikopleura dioica supports a neuroepithelial-like origin for its house-making Fol territory 2024-12, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.08.012 PMID:39181419	research paper	研究Pax3/7基因在Oikopleura dioica中对其房屋制造区域Fol的功能支持，提出其可能具有神经上皮样起源	首次通过CRISPR-Cas9突变株和scRNA-seq数据分析，揭示了pax37B而非pax37A在Fol区域细胞分化中的关键作用，并提出了Fol区域高度特化的分泌上皮细胞可能维持或进化出神经上皮特征的新观点	研究仅限于Oikopleura dioica这一特定物种，结论在其他物种中的普适性有待验证	探究Pax3/7基因在Oikopleura dioica房屋制造上皮（OE）发育中的作用	Oikopleura dioica的pax37A和pax37B基因及其在OE发育中的功能	发育生物学	NA	CRISPR-Cas9基因编辑、scRNA-seq	NA	基因表达数据、单细胞转录组数据	野生型和CRISPR-Cas9突变株的Oikopleura dioica样本
650	2025-05-14	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.07.570640 PMID:38106186	研究论文	通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制eQTL图谱，揭示了生长与繁殖之间的权衡关系	开发了一种单细胞RNA测序方法，用于在酵母中绘制eQTL图谱，并揭示了基因变异对基因表达和下游性状的精细影响	研究仅限于酵母，可能无法直接推广到其他生物系统	探究基因变异如何通过影响基因表达进而影响生物性状	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞基因表达数据	超过100,000个单细胞，来自三个杂交系
651	2025-05-14	Early transcriptional similarities between two distinct neural lineages during ascidian embryogenesis 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.005 PMID:38878991	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了两种不同神经谱系在胚胎发育过程中的早期转录相似性	首次在基因组水平上揭示了两种不同发育来源的神经祖细胞的转录动态	转录因子结合位点富集分析显示两种神经谱系间共享的转录调控证据有限	探究不同神经谱系在逐步谱系限制过程中转录状态的相似程度	海鞘胚胎中两种不同神经谱系的前体细胞及其姐妹细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA分析、层次聚类	单细胞转录组数据	覆盖从16细胞期到神经板期五个连续细胞周期的高时间分辨率样本
652	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the gene expression profile and cellular communication in human fetal heart development 2024-10, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.06.004 PMID:38876166	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类胎儿心脏发育过程中的基因表达谱和细胞间通讯	首次利用单细胞RNA测序技术全面描绘了人类胎儿心脏在不同妊娠周数（GW8、GW10、GW11、GW17）的基因表达景观，并识别了11种主要细胞类型及其差异表达基因和信号通路	研究仅覆盖了妊娠8至17周的心脏发育阶段，未涵盖更早期或更晚期的发育过程	解析人类胎儿心脏发育过程中的细胞分化和基因调控机制	人类胎儿心脏组织	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个时间点（GW8、GW10、GW11、GW17）的人类胎儿心脏样本
653	2025-05-14	Characterizing Spatially Continuous Variations in Tissue Microenvironment through Niche Trajectory Analysis 2024-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.23.590827 PMID:38712255	研究论文	本文提出了一种名为ONTraC的策略，用于通过基于图神经网络的建模框架构建微环境轨迹，以分析组织微环境中的空间连续变化	ONTraC是一种新的计算方法，优于现有方法在重建空间轨迹方面的表现，并能检测组织微环境依赖的基因调控网络和细胞间相互作用活动的变化	NA	开发一种计算方法来系统表征组织微环境的结构和功能组织	组织微环境的空间连续变化	计算生物学	NA	空间转录组学	图神经网络	空间转录组数据	公共空间转录组数据集
654	2025-05-14	Cardiac Development at a Single-Cell Resolution 2024, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-44087-8_14 PMID:38884716	research paper	该论文利用单细胞RNA测序技术深入研究了哺乳动物心脏发育的复杂过程	揭示了心脏发育过程中的时空转录组景观，发现了新的心脏祖细胞群和腔室特异性发育特征	NA	探索心脏发育的基本机制及其相关复杂疾病	人类和小鼠心脏发育过程中的细胞群	基因组学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
655	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing reveals the dysfunctional characteristics of PBMCs in patients with type 2 diabetes mellitus 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1501660 PMID:39916961	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了2型糖尿病患者外周血单个核细胞的功能失调特征	首次利用scRNA-seq技术对T2DM患者PBMCs进行转录组分析，揭示了免疫细胞的异常功能和潜在分子机制	样本量较小（仅3名健康参与者和3名T2DM患者），可能影响结果的普遍性	探索T2DM患者外周血免疫细胞的功能异常及其分子机制	2型糖尿病患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	digital pathology	diabetes mellitus	scRNA-seq, Ficoll密度梯度离心法	NA	RNA-seq数据	3名健康参与者和3名T2DM患者
656	2025-05-14	Single-cell RNA sequencing highlights the influence of innate and adaptive immune response mechanisms in psoriatic arthritis 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1490051 PMID:40084238	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术探索了银屑病关节炎（PsA）患者与健康对照之间以及不同PsA临床表型之间的基因表达差异	首次在单细胞水平上比较了伴有和不伴有皮肤银屑病的PsA患者的免疫细胞基因表达谱，揭示了先天和适应性免疫反应机制的差异	未发现PsA-only和PsA/PsC患者之间的差异表达基因，样本量相对有限（70例患者和10例对照）	探索PsA患者不同临床表型与免疫发病机制之间的关联	银屑病关节炎患者（70例）和健康对照（10例）的外周血单个核细胞	单细胞组学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNAseq），BD Rhapsody™单细胞分析系统	差异表达分析（DE），基因集富集分析（GSEA）	单细胞转录组数据	80例（70例PsA患者和10例健康对照）
657	2025-05-13	The relationship between Sjögren's syndrome and recurrent pregnancy loss: a bioinformatics analysis 2024-12, Reproductive biomedicine online IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.rbmo.2024.104363 PMID:39299134	research paper	通过生物信息学分析揭示干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	首次揭示干燥综合征与复发性流产共享生物学通路，并鉴定出关键基因KCNN3	研究基于公开数据库数据，需进一步实验验证	探索干燥综合征与复发性流产之间的基因相关性	干燥综合征和复发性流产患者的基因数据	生物信息学	干燥综合征, 复发性流产	WGCNA, limma分析, 单细胞RNA测序, ceRNA网络构建	NA	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的样本数据
658	2025-05-13	Understanding the development of enzalutamide resistance based on a functional single-cell approach 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619319 PMID:39484437	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制	发现低表达或不表达雄激素受体（AR）的细胞亚群具有显著的转录反应，并证实其在体内外对恩杂鲁胺的耐药性	研究仅基于LNCaP细胞系，未涵盖其他前列腺癌细胞系或临床样本	探索前列腺癌细胞对恩杂鲁胺耐药性的发展机制及潜在治疗策略	LNCaP前列腺癌细胞系	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	LNCaP细胞系中的AR+和AR-细胞亚群
659	2025-05-13	SUV39H1 Preserves Cancer Stem Cell Chromatin State and Properties in Glioblastoma 2024-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.15.607856 PMID:39229036	研究论文	本文揭示了SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）维持和肿瘤进展中的关键作用	首次报道SUV39H1在GSCs维持中的关键作用，并展示其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验	探索SUV39H1在胶质母细胞瘤干细胞维持中的作用及其治疗潜力	胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）	癌症生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、ATAC测序	NA	RNA测序数据、染色质可及性数据	患者来源的GSCs和胶质母细胞瘤样本
660	2025-05-13	Single-cell transcriptional analysis of irradiated skin reveals changes in fibroblast subpopulations and variability in caveolin expression 2024-Jun-26, Radiation oncology (London, England) DOI:10.1186/s13014-024-02472-z PMID:38926892	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示辐射后皮肤成纤维细胞亚群的变化及caveolin表达的变异性	首次在辐射诱导纤维化（RIF）中识别出成纤维细胞亚群的特定变化及Cav1与Cav2的拮抗作用	样本量较小（仅6例患者），且仅针对乳腺癌术后重建患者的皮肤样本	探究辐射损伤后皮肤纤维化的细胞机制	辐射与非辐射的人类皮肤样本	数字病理	乳腺癌	单细胞RNA测序（10X平台）、组织学评估、免疫组化、生物力学测试	Seurat聚类分析、SingleR分类器	单细胞转录组数据、组织学图像	6例女性患者的配对辐射/非辐射皮肤样本