单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
641	2025-06-13	Chromosome-contiguous genome for the Haecon-5 strain of Haemonchus contortus reveals marked genetic variability and enables the discovery of essential gene candidates 2024-11, International journal for parasitology IF:3.7Q1 DOI:10.1016/j.ijpara.2024.08.003 PMID:39168434	研究论文	本文报道了澳大利亚Haecon-5株Haemonchus contortus的染色体连续基因组，揭示了显著的遗传变异性并发现了潜在必需基因候选	首次提供了Haecon-5株的高质量染色体连续基因组，并采用跨物种机器学习方法预测了必需单拷贝基因	研究仅针对Haecon-5株，与其他菌株的比较仍需进一步验证	为宿主-寄生虫相互作用、药物发现和群体遗传学研究提供基因组资源	Haemonchus contortus寄生虫的Haecon-5株	基因组学	寄生虫感染	比较基因组分析、机器学习、单细胞RNA-seq	跨物种机器学习模型	基因组序列、转录组数据	1个Haecon-5株基因组（约280 Mb）和19,234个蛋白质编码基因模型
642	2025-06-13	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-11, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	research paper	本文探讨了癌症组织中基质组蛋白的多样化模式及其在肿瘤微环境中的作用	利用多种组学方法（包括表观组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）及新技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学）研究癌症基质组	癌症基质组的具体机制和临床应用尚未完全阐明	揭示癌症基质组在肿瘤微环境中的调控作用及其临床意义	癌症组织中的基质组蛋白	肿瘤生物学	癌症	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 表观组学, 基因组学, 转录组学, 蛋白质组学	NA	组学数据	NA
643	2025-06-13	Hematopoietic cells emerging from hemogenic endothelium exhibit lineage-specific oxidative stress responses 2024-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107815 PMID:39326495	研究论文	研究人类胚胎发生过程中，血源性内皮细胞（HE）在不同缺氧条件下对造血过程的影响及其对氧化应激的响应	揭示了不同HE来源的血细胞谱系在缺氧条件下的转录变化及氧化应激反应的差异，特别是红细胞对氧化应激的易感性和CD45细胞的抗性机制	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探讨缺氧和氧化应激如何影响血源性内皮细胞衍生的造血谱系	人类胚胎中的血源性内皮细胞及其衍生的血细胞谱系	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
644	2025-06-13	Antibody-Fab and -Fc features promote Mycobacterium tuberculosis restriction 2024-Oct-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.07.617070 PMID:39416184	research paper	该研究探讨了抗体Fab和Fc特性在促进结核分枝杆菌限制中的作用	通过Fc交换优化保护性抗体，揭示了Fc效应功能在结核分枝杆菌限制中的关键作用，并发现抗体介导的限制与组织水平免疫反应的重组相关	研究主要基于小鼠模型，未涉及人类临床试验	探究抗体在结核分枝杆菌限制中的机制	结核分枝杆菌和单克隆抗体	免疫学	结核病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
645	2025-06-13	The frequency of CD38+ alveolar macrophages correlates with early control of M. tuberculosis in the murine lung 2024-10-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52846-w PMID:39358361	研究论文	本文通过多模态单细胞RNA测序在小鼠模型中展示了不同肺泡巨噬细胞亚群在结核病进展或控制中的不同作用	揭示了CD38阳性和阴性肺泡巨噬细胞在结核病控制中的动态作用及其表观遗传预激活机制	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性有待验证	探究肺泡巨噬细胞亚群在结核病控制中的作用机制	小鼠模型中的肺泡巨噬细胞	免疫学	结核病	多模态单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
646	2025-06-13	The estrogen response in fibroblasts promotes ovarian metastases of gastric cancer 2024-09-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52615-9 PMID:39349474	research paper	该研究通过单细胞RNA测序揭示了雌激素通过激活ER-MDK-LRP1信号轴促进胃癌卵巢转移的分子机制	首次发现卵巢成纤维细胞在雌激素刺激下分泌MDK，通过MDK-LRP1轴促进胃癌细胞迁移和侵袭	样本量较小（18例患者），且仅关注了雌激素-MDK-LRP1这一条信号通路	探究胃癌卵巢转移的分子机制	胃癌患者的卵巢转移瘤样本	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	18例胃癌患者的45个肿瘤样本
647	2025-06-13	CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung 2024-Jul-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1 PMID:39070650	研究论文	本研究通过多模态单细胞RNA测序分析，揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核病早期控制结核分枝杆菌增殖中的关键作用	首次鉴定出CD38+单核细胞来源的肺泡巨噬细胞(moAMs)和组织驻留肺泡巨噬细胞(TR-AMs)作为细菌生长的重要控制者，并发现CD38 TR-AMs在感染前具有独特的染色质特征	研究主要关注小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究不同巨噬细胞亚群在结核病感染过程中的动态作用和调控机制	肺泡巨噬细胞亚群	免疫学	结核病	多模态scRNA-seq分析, scATAC-seq分析	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	未明确说明样本数量，但涉及多个感染时间点的巨噬细胞亚群分析
648	2025-06-13	An inducible genetic tool to track and manipulate specific microglial states reveals their plasticity and roles in remyelination 2024-06-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.05.005 PMID:38821054	research paper	该研究开发了一种可诱导的遗传工具Clec7a-CreER，用于追踪和操纵特定小胶质细胞状态，揭示了它们的可塑性及其在髓鞘再生中的作用	开发了Clec7a-CreER这一新型遗传工具，首次实现了对PAMs和DAMs的精准追踪和操纵，揭示了小胶质细胞状态的可塑性及其在疾病恢复中的功能	研究主要聚焦于PAMs和DAMs，其他小胶质细胞亚群的功能尚未完全阐明	探究小胶质细胞状态的可塑性及其在中枢神经系统发育和疾病中的功能	增殖区域相关小胶质细胞(PAMs)和疾病相关小胶质细胞(DAMs)	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 可诱导Cre-loxP系统	NA	基因表达数据	多个发育阶段和疾病模型中的小胶质细胞
649	2025-06-13	Loss of function of male-specific lethal 3 (Msl3) does not affect spermatogenesis in rodents 2024-05, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.669 PMID:37847071	research paper	研究探讨了雄性特异性致死蛋白3（Msl3）在啮齿动物精子发生中的作用	首次在啮齿动物中研究了Msl3在减数分裂进入中的作用，并发现其功能丧失不影响精子发生	研究仅针对啮齿动物，未涉及其他哺乳动物或灵长类	探究Msl3在哺乳动物减数分裂进入中的作用	小鼠精子发生过程	分子生物学	NA	单细胞RNA测序、条件性敲除小鼠模型	条件性敲除小鼠模型	RNA-seq数据	NA
650	2025-06-13	An individualized stemness-related signature to predict prognosis and immunotherapy responses for gastric cancer using single-cell and bulk tissue transcriptomes 2024-01, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.6908 PMID:38168907	研究论文	开发了一种基于胃癌干细胞特性的个体化特征签名，用于预测预后和免疫治疗反应	利用单细胞RNA-Seq数据和批量组织转录组数据，开发了一种能够逐个分析患者个体化特征的签名，克服了批次效应问题	研究依赖于现有的单细胞和批量转录组数据集，可能受到数据质量和样本来源的限制	开发一个个体化的胃癌干细胞相关特征签名，用于预测患者预后和免疫治疗效果	胃癌患者	数字病理学	胃癌	单细胞RNA-Seq, 批量组织转录组分析	NA	转录组数据	多个独立测试数据集中的胃癌样本
651	2025-06-12	A protocol for time-resolved transcriptomics through metabolic labeling and combinatorial indexing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103356 PMID:39356643	研究论文	本文介绍了一种通过代谢标记和组合索引进行时间分辨转录组学研究的优化协议	提出了一种自动化友好的代谢标记RNA协议，结合单细胞RNA测序和组合索引技术，用于捕获基因表达的时间动态信息	需要参考Maizels等人的研究以获取完整的协议执行细节	研究基因表达的动态变化	单细胞RNA	转录组学	NA	4-thiouridine (4sU)标记，单细胞RNA测序，组合索引	NA	RNA测序数据	NA
652	2025-06-12	Protocol for mapping T cell activation using single-cell RNA-seq 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103409 PMID:39427308	研究论文	本文提出了一种基于抗CD3/CD28珠刺激和单细胞RNA测序（scRNA-seq）的T细胞激活研究协议	使用抗CD3/CD28珠刺激和scRNA-seq技术研究T细胞激活的详细协议	协议的具体执行细节需参考Li等人的文献	研究T细胞激活的分子机制	人类外周血单个核细胞（PMBCs）和CD4 T细胞	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
653	2025-06-12	Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439 PMID:39514392	研究论文	本文提出了一种分离特定神经元类型用于批量及单细胞RNA测序的方案	提供了一种针对秀丽隐杆线虫特定神经元类型的分离、RNA提取及单细胞测序准备的详细步骤	方案可能不适用于其他生物体的神经元分离	开发一种分离特定神经元类型用于基因表达分析的方法	秀丽隐杆线虫的神经元	分子生物学	NA	RNA测序（包括批量及单细胞RNA测序）、荧光激活细胞分选（FACS）	NA	RNA序列数据	幼虫和成年秀丽隐杆线虫的特定神经元类型
654	2025-06-12	A protocol for acquiring high-quality single-cell multi-omics data from human peripheral blood 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103430 PMID:39488839	研究论文	本文提出了一种从人类外周血单核细胞（PBMCs）获取高质量单细胞多组学数据的协议	改进了多组学样本处理流程，整合了单细胞测序、全基因组测序以及代谢组和蛋白质组分析	NA	开发一种获取高质量单细胞多组学数据的标准化流程	人类外周血单核细胞（PBMCs）	生物医学	NA	单细胞测序、全基因组测序、代谢组分析、蛋白质组分析	NA	基因组数据、代谢组数据、蛋白质组数据	NA
655	2025-06-12	Protocol for Xenium spatial transcriptomics studies using fixed frozen mouse brain sections 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103420 PMID:39535916	研究论文	本文介绍了一种使用固定冷冻小鼠脑切片进行Xenium空间转录组学研究的协议	证明了固定冷冻薄脑切片与Xenium平台的兼容性，提供了出色的空间解析基因表达成像和定量结果	NA	开发并验证一种适用于Xenium空间转录组学研究的实验协议	固定冷冻小鼠脑切片	空间转录组学	NA	Xenium空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
656	2025-06-12	Protocol for using scCURE to construct an immunotherapy outcome prediction model 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103476 PMID:39661506	研究论文	本文介绍了一种使用scCURE构建免疫治疗结果预测模型的协议	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫治疗期间识别变化和未变化的细胞（scCURE）来构建预测模型	需要参考Zou等人的完整细节以执行该协议	预测癌症患者的免疫治疗结果	癌症患者	数字病理学	癌症	scRNA-seq, bulk RNA-seq	scCURE	RNA测序数据	NA
657	2025-06-12	Profiling low-mRNA content cells in complex human tissues using BD Rhapsody single-cell analysis 2024-12-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2024.103475 PMID:39661509	研究论文	本文介绍了一种使用BD Rhapsody单细胞分析平台高效回收低mRNA含量免疫细胞的协议	优化了前列腺、肺和肝组织的组织解离方法，并利用Sample Tag抗体标记细胞，提高了低mRNA含量免疫细胞的回收率	协议的具体执行细节需要参考Salcher等人的文献，可能限制了方法的立即广泛应用	解决单细胞RNA测序中低mRNA含量免疫细胞回收的挑战	前列腺、肺和肝组织中的低mRNA含量免疫细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), BD Rhapsody平台	NA	RNA序列数据	NA
658	2025-06-12	SRSF2 is essential for maintaining pancreatic beta-cell identity and regulating glucose homeostasis in mice 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular cell research DOI:10.1016/j.bbamcr.2024.119845 PMID:39265887	研究论文	本文探讨了剪接因子SRSF2在维持胰腺β细胞特性和调节小鼠葡萄糖稳态中的关键作用	首次揭示了SRSF2缺失导致β细胞从适应性阶段转变为适应不良阶段，并详细描述了其对β细胞增殖和功能的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	研究SRSF2在胰腺β细胞存活和葡萄糖稳态中的作用	小鼠胰腺β细胞	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	10个月大的SRSF2敲除小鼠
659	2025-06-12	Concerted transcriptional regulation of the morphogenesis of hypothalamic neurons by ONECUT3 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52762-z PMID:39366958	研究论文	研究ONECUT3转录因子在下丘脑神经元形态发生中的调控作用	发现ONECUT3通过调控NAV2影响下丘脑神经元的极化和形态发生，这一机制在不同神经元亚型和多个物种中保守	研究主要基于小鼠和线虫模型，人类神经元中的具体机制尚需进一步验证	探究转录因子ONECUT3在神经元分化过程中的作用机制	下丘脑GABA能多巴胺神经元和促甲状腺激素释放激素(TRH)谷氨酸能神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、功能获得性实验、siRNA敲降	NA	基因表达数据	小鼠和线虫模型
660	2025-06-12	The lncRNA SNHG26 drives the inflammatory-to-proliferative state transition of keratinocyte progenitor cells during wound healing 2024-10-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52783-8 PMID:39366968	研究论文	该研究揭示了长链非编码RNA SNHG26在皮肤伤口愈合过程中调控角质形成细胞祖细胞从炎症状态向增殖状态转变的关键作用	首次发现SNHG26通过调控转录因子ILF2的基因组定位来促进角质形成细胞祖细胞的炎症-增殖状态转变	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床相关性需要进一步验证	探索伤口愈合过程中炎症相向增殖相转变的分子机制	角质形成细胞祖细胞	分子生物学	皮肤创伤	单细胞转录组分析、功能获得和功能缺失实验	小鼠模型	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，使用Snhg26缺陷小鼠和体外培养细胞