本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 641 | 2025-10-06 |
Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.599011
PMID:38948840
|
研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和表观遗传图谱,揭示了年龄相关差异的基因调控程序 | 首次系统揭示胸腺细胞发育中年龄相关的转录和表观遗传差异,并利用CRISPR扰动结合单细胞RNA测序发现保守的转录调控因子 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫系统发育 | 单细胞RNA测序, CRISPR扰动, 表观遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 新生和成年小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 642 | 2025-10-06 |
High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation
2024-Apr, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01815-7
PMID:37291427
|
研究论文 | 介绍了一种通过程序化cDNA串联实现高通量RNA异构体测序的新方法MAS-ISO-seq | 通过程序化串联cDNA分子,将长读长测序通量提高15倍以上,单次运行可获得近4000万条cDNA读长 | NA | 开发高通量全长RNA异构体测序技术 | 肿瘤浸润T细胞的转录组 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,长读长测序 | NA | RNA序列数据 | NA | PacBio | 长读长测序,单细胞RNA测序 | Sequel IIe | PacBio Sequel IIe测序仪 |
| 643 | 2025-10-06 |
Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers
2024-02-01, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.35030
PMID:37751191
|
研究论文 | 本研究评估了子宫内膜癌中错配修复/微卫星不稳定性检测结果不一致的情况及其临床意义 | 首次系统描述了MMR/MSI检测结果不一致的子宫内膜癌特征,发现亚克隆/异质性MMR表达与高复发率和肿瘤侵袭性相关 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 评估子宫内膜癌中MMR/MSI检测一致性及相关因素 | 666例子宫内膜癌患者样本 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组织化学, 微卫星不稳定性检测, MLH1甲基化分析, 全转录组分析, 二代测序 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 甲基化数据 | 666例子宫内膜癌样本 | NA | 数字空间转录组学, 二代测序 | NA | NA |
| 644 | 2025-10-06 |
A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
|
研究论文 | 本研究基于炎症基因构建网络医学框架,识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物 | 整合单细胞RNA测序、RNA测序和网络医学数据,开发基于网络的邻近性测量方法识别靶向SLC2A3的潜在药物 | 研究主要依赖计算模拟,缺乏实验验证 | 识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物化合物 | 腹主动脉瘤和非动脉瘤对照样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,药物-靶点相互作用分析,蛋白质-蛋白质相互作用分析,分子动力学模拟 | 网络医学框架 | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,药物靶点数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
| 645 | 2025-10-06 |
NOVEL ACTIVE PROTEINS FOR SEPSIS PROGNOSIS REVEALED THROUGH ScRNA-seq AND QUANTITATIVE PROTEOMICS
2024-12-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002408
PMID:38888471
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和定量蛋白质组学揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白 | 首次在单细胞水平结合scRNA-seq和DIA蛋白质组学识别脓毒症预后相关活性蛋白,并利用Viper算法估计蛋白质活性 | 样本量相对有限(脓毒症患者53例,对照组16例),需要在更大队列中验证 | 通过多组学分析揭示影响脓毒症预后的关键活性蛋白 | 脓毒症患者和健康对照者的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序,定量蛋白质组学,DIA蛋白质组学 | Viper算法,基因集变异分析,细胞通讯分析 | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | 脓毒症患者53例(NS组26例,SV组27例),健康对照16例,共分析34,228个细胞 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
| 646 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing reveals LRRc17-mediated modulation of cardiac fibroblast ferroptosis in regulating myocardial fibrosis after myocardial infarction
2024-09, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111293
PMID:38996956
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了LRRc17通过调节心脏成纤维细胞铁死亡来调控心肌梗死后心肌纤维化的机制 | 首次发现LRRc17基因在心肌梗死后通过调节心脏成纤维细胞铁死亡影响心室重构 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,尚未进行临床试验验证 | 阐明心肌梗死后纤维化的发病机制并寻找治疗靶点 | 心脏成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, qRT-PCR, Western blotting, 荧光染色 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞功能数据 | 基于GEO数据库中的GSE153485和GSE210159数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 647 | 2025-10-06 |
Antitumor efficacy and potential mechanism of FAP-targeted radioligand therapy combined with immune checkpoint blockade
2024-06-03, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01853-w
PMID:38825657
|
研究论文 | 本研究评估了FAP靶向放射性配体疗法LNC1004联合免疫检查点阻断剂的抗肿瘤疗效及机制 | 首次证明FAP靶向放射性核素治疗可诱导PD-L1上调,并与抗PD-L1免疫疗法产生协同抗肿瘤效应,实现肿瘤完全消除 | 临床研究为初步阶段,样本量有限,需要更大规模临床试验验证 | 探索FAP靶向放射性配体疗法联合免疫检查点阻断剂的抗肿瘤疗效及作用机制 | MC38/NIH3T3-FAP和CT26/NIH3T3-FAP肿瘤异种移植小鼠模型及难治性癌症患者 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),TCR测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,免疫组化图像,临床数据 | 小鼠肿瘤模型和难治性癌症患者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 648 | 2025-10-06 |
Macrophages in cardiovascular diseases: molecular mechanisms and therapeutic targets
2024-05-31, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01840-1
PMID:38816371
|
综述 | 系统总结巨噬细胞在心血管疾病中的表型多样性、功能可塑性及其调控机制,并探讨单细胞测序技术带来的新见解 | 整合单细胞测序技术揭示的巨噬细胞异质性和细胞互作机制,聚焦不同心血管疾病背景下炎症与纤维化的关系 | 主要基于现有文献总结,缺乏原始实验数据验证 | 探讨巨噬细胞在心血管疾病中的分子机制和潜在治疗靶点 | 巨噬细胞在心血管疾病中的表型和功能 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 649 | 2025-10-06 |
Targeting BCL9/BCL9L enhances antigen presentation by promoting conventional type 1 dendritic cell (cDC1) activation and tumor infiltration
2024-05-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01838-9
PMID:38811552
|
研究论文 | 本研究揭示靶向BCL9/BCL9L通过促进cDC1树突状细胞活化和肿瘤浸润来增强抗原呈递 | 首次阐明BCL9/BCL9L通过XCL1-XCR1轴和NF-κB/IRF1信号通路调控cDC1功能的新机制 | 未明确BCL9/BCL9L在其它免疫细胞亚群中的作用 | 探究靶向BCL9/BCL9L对肿瘤抗原呈递和抗肿瘤免疫的影响 | 常规1型树突状细胞(cDC1)、CD8 T细胞、肿瘤微环境 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞转录组测序、基因敲除、药理学抑制 | NA | 基因表达数据 | 基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 650 | 2025-10-06 |
Progression from ductal carcinoma in situ to invasive breast cancer: molecular features and clinical significance
2024-04-03, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01779-3
PMID:38570490
|
综述 | 本文系统回顾了乳腺导管原位癌向浸润性乳腺癌进展的分子特征、研究工具及临床管理进展 | 全面整合DCIS向IDC转化的分子机制,系统总结单细胞测序、空间转录组学等新技术在研究中的应用 | 作为综述文章,未包含原始研究数据,主要基于现有文献进行归纳分析 | 深入理解DCIS的生物学特性及其向IDC转化的分子路径,为临床个性化治疗提供依据 | 乳腺导管原位癌(DCIS)和浸润性导管癌(IDC) | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞测序,空间转录组学,人工智能 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 651 | 2025-10-06 |
Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade
2024-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957
PMID:37851052
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和多重免疫组化分析,揭示了默克尔细胞癌中免疫抑制性髓系细胞的特性及其与PD-1阻断治疗耐药性的关联 | 首次在默克尔细胞癌中系统鉴定肿瘤相关巨噬细胞为主要的髓系细胞成分,并发现其表达免疫抑制基因特征和可靶向的免疫检查点分子 | 样本量相对有限,空间相互作用分析未发现与治疗反应的明确关联 | 探究默克尔细胞癌中髓系细胞的免疫抑制特性及其对PD-1阻断治疗反应的影响 | 默克尔细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理学 | 默克尔细胞癌 | 单细胞转录组学, 多重免疫组化染色 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织图像数据 | 9例患者用于单细胞分析,54例患者用于免疫组化分析 | NA | 单细胞RNA测序, 空间分析 | NA | NA |
| 652 | 2025-10-06 |
Exploring the Immune-related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
|
研究论文 | 通过整合数据分析探索颞叶癫痫与重度抑郁症共病的免疫相关分子机制 | 首次系统识别TLE和MDD共病的共享基因模块,结合机器学习模型筛选诊断标志物,并通过单细胞测序验证基因的细胞类型表达 | 基于公共数据库的回顾性分析,样本来源有限,需要进一步实验验证 | 阐明TLE与MDD共病的分子病理机制并探索诊断治疗应用 | 颞叶癫痫和重度抑郁症患者的脑组织基因表达数据 | 生物信息学 | 神经系统疾病 | 基因表达分析,单细胞测序 | LASSO,随机森林 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的脑组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 653 | 2025-10-06 |
Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing
2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628827
PMID:39763829
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于脂质纳米颗粒的条形码技术Nanocoding,用于多重单细胞RNA测序 | 利用脂质纳米颗粒实现高密度条形码标记,将条形码载量提高10-100倍,且无需新型化学修饰 | NA | 开发更高效稳定的样本多重标记方法以解决scRNA-seq中的高成本和批次效应问题 | 培养细胞系、组织消化物中的异质性细胞、脾脏消化物、肥胖啮齿动物脂肪组织 | 单细胞测序技术 | 肥胖相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6重条形码样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 654 | 2025-10-06 |
Single cell and TCR analysis of immune cells from AAV gene therapy-dosed Duchenne muscular dystrophy patients
2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development
DOI:10.1016/j.omtm.2024.101349
PMID:39524974
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者的免疫细胞变化 | 首次在AAV基因治疗的DMD患者中结合单细胞RNA测序和TCR测序分析免疫反应,揭示了干扰素反应基因的诱导和T细胞克隆扩增模式 | 样本量较小(仅5名参与者),仅有一例发生血栓性微血管病 | 研究AAV基因治疗在DMD患者中引发的免疫反应机制 | 杜氏肌营养不良症患者的外周血单个核细胞 | 单细胞基因组学 | 杜氏肌营养不良症 | 单细胞RNA测序,T细胞受体测序 | NA | 单细胞RNA测序数据,TCR序列数据 | 5名DMD患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 655 | 2025-10-06 |
Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation
2024-12-04, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796
PMID:39630883
|
研究论文 | 本研究通过分析心脏骤停患者的免疫细胞,发现多样NKT细胞与良好神经预后相关,并在小鼠模型中验证其神经保护作用 | 首次发现硫酸酯特异性dNKT细胞在心脏骤停后神经保护中的关键作用,并证明硫酸酯脂质治疗可改善神经功能 | 动物模型结果需要进一步临床验证,研究样本量有限 | 探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制和潜在治疗策略 | 院外心脏骤停患者和小鼠模型 | 免疫学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大型OHCA患者队列和独立验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 656 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation
2024-11-20, Viruses
DOI:10.3390/v16111797
PMID:39599911
|
研究论文 | 通过人类扁桃体单细胞转录组学研究尼古丁增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活机制 | 首次在人类扁桃体组织模型中揭示HIV-1感染与尼古丁暴露的协同作用机制,重点关注NLRP3炎症小体激活和线粒体功能 | 研究基于体外扁桃体组织模型,可能无法完全反映体内复杂免疫环境 | 探究HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同影响机制 | 人类扁桃体组织外植体 | 单细胞组学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序,基因集富集分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类扁桃体外植体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 657 | 2025-10-06 |
Exposure to BaA inhibits trophoblast cell invasion and induces miscarriage by regulating the DEC1/ARHGAP5 axis and promoting ubiquitination-mediated degradation of MMP2
2024-11-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.135594
PMID:39191013
|
研究论文 | 本研究揭示了苯并[a]蒽通过调控DEC1/ARHGAP5轴和促进MMP2泛素化降解抑制滋养层细胞侵袭导致流产的机制 | 首次发现BaA通过表观遗传调控DEC1表达并鉴定ARHGAP5为DEC1直接靶基因,同时揭示BaA通过AhR激活MID1介导的MMP2泛素化降解新机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型,人类样本验证仍需扩大样本量 | 探究BaA暴露导致复发性流产的分子机制 | 人绒毛外滋养层细胞(EVTs)和小鼠模型 | 生殖毒理学 | 复发性流产 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 测序数据 | 人类绒毛组织和原代滋养层细胞,小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 658 | 2025-10-06 |
Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers
2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.15.618486
PMID:39464096
|
研究论文 | 本研究通过BCR受体克隆表达和单细胞转录组学分析人类对GlcNAc表位的B细胞应答机制 | 首次揭示抗糖抗体通过使用私有抗体基因重排并在生发中心进行亲和力成熟的独特选择机制 | 研究主要关注GlcNAc表位,对其他糖类抗原的普适性需要进一步验证 | 解析人类抗糖抗体应答的免疫系统发育机制 | 人类B细胞及其抗体基因重排 | 免疫学 | NA | BCR受体克隆表达, 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据, 抗体序列数据 | 人类队列研究 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 659 | 2025-10-06 |
Tumor editing suppresses innate and adaptive antitumor immunity and is reversed by inhibiting DNA methylation
2024-Oct, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-01932-8
PMID:39169233
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤编辑如何抑制先天和适应性抗肿瘤免疫,并证明DNA甲基化抑制剂可逆转这一过程 | 首次在全基因组范围内无偏倚地识别早期肿瘤发生过程中的基因编辑,并发现DNA甲基化抑制剂可逆转免疫基因抑制 | 研究主要基于基因工程小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 探究肿瘤编辑对免疫监视的逃避机制及DNA甲基化抑制剂的治疗潜力 | 乳腺癌基因工程小鼠模型、乳腺肿瘤和黑色素瘤植入模型 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 基因工程小鼠模型和植入肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 660 | 2025-10-06 |
Transcriptomic analysis of mouse TRAMP cell lines and tumors provide insights into shared pathways and therapeutic targets
2024-Oct, Cell insight
DOI:10.1016/j.cellin.2024.100184
PMID:39175940
|
研究论文 | 通过比较TRAMP前列腺癌小鼠模型及其衍生细胞系的基因表达谱,揭示与肿瘤侵袭性相关的共享通路和潜在治疗靶点 | 首次系统比较TRAMP模型不同侵袭阶段(从原代细胞到TC2R骨转移模型)的转录组特征,并验证其与人类前列腺癌数据的相关性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索前列腺癌进展的分子机制并识别潜在治疗靶点 | TRAMP转基因小鼠模型、TRAMP-C2细胞系、TC2-Ras细胞系及肿瘤组织 | 转录组学 | 前列腺癌 | RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种TRAMP模型细胞系和肿瘤样本,包含人类数据集验证 | NA | RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |