单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 7461 篇文献，本页显示第 6461 - 6480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6461 | 2024-08-04 |
TENET: Triple-enhancement based graph neural network for cell-cell interaction network reconstruction from spatial transcriptomics
2024-May-01, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2024.168543
PMID:38508302
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研究论文 | 本文提出了一种新的图神经网络方法TENET，用于从空间转录组数据重构细胞-细胞相互作用网络 | TENET采用三重增强机制来改善细胞-细胞相互作用网络的重构精度，尤其在稀疏连接和噪声数据的情况下表现出色 | 可能在特定类型的噪声数据或极端稀疏的连接情况下依然存在准确性挑战 | 旨在提升细胞-细胞相互作用网络的重构准确性 | 重构细胞-细胞相互作用网络 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 图神经网络 | 真实和合成空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6462 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomic landscape of peripheral blood cells provides insights into adaptation of red-eared sliders (Trachemys scripta elegans)
2024-May, Integrative zoology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/1749-4877.12725
PMID:37226359
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研究论文 | 本研究描绘了红耳龟外周血细胞的单细胞转录组图谱，探讨了其环境适应机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术对红耳龟外周血细胞进行转录组分析，发现新的免疫信号类型 | 目前的研究主要集中在外周血细胞的转录组分析，未深入探讨其功能和机制 | 研究红耳龟在环境压力下的适应机制，主要通过血液学角度进行探索 | 红耳龟外周血细胞的多种细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6463 | 2024-08-05 |
Novel Phosphate Transporter-B PvPTB1;1/1;2 Contribute to Efficient Phosphate Uptake and Arsenic Accumulation in As-Hyperaccumulator Pteris vittata
2024-Apr-30, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.3c09335
PMID:38624169
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研究论文 | 本研究揭示了低亲和力磷转运体-B 1家族介导的新型磷/砷运输系统在As-超积累植物中的作用 | 首次在维管植物中识别出两种膜蛋白基因，并确认其在磷摄取和砷积累中的作用 | 未提供关于其他植物转运体的对比分析数据 | 研究磷和砷在As-超积累植物中的摄取机制 | As-超积累植物Pteris vittata及其低亲和力磷转运体-B 1家族 | 植物生理学 | NA | 功能补偿实验和转基因分析 | NA | 基因表达数据和细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6464 | 2024-08-05 |
Cauchy hyper-graph Laplacian nonnegative matrix factorization for single-cell RNA-sequencing data analysis
2024-Apr-29, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-024-05797-4
PMID:38684942
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研究论文 | 本文提出了一种Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解方法用于单细胞RNA测序数据分析 | 使用Cauchy损失函数替代传统非负矩阵分解中的欧几里得距离，大大降低噪声影响，并结合超图约束。 | 至于模型的训练和优化过程的复杂性，具体应用于更大规模数据时的表现尚未讨论 | 探讨和改善单细胞数据分析中的聚类准确性 | 七个单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 非负矩阵分解 | Cauchy超图拉普拉斯非负矩阵分解 | RNA测序数据 | 七个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6465 | 2024-08-05 |
A novel defined programmed cell death related gene signature for predicting the prognosis of serous ovarian cancer
2024-Apr-29, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-024-01419-y
PMID:38685095
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研究论文 | 本研究探讨了差异表达的程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌中的作用及其作为临床预后预测因子的潜力 | 该研究通过单细胞RNA测序鉴定了48个与凋亡信号和氧化应激通路显著相关的差异表达程序性细胞死亡基因，并发现GNA15作为独立预后标志物 | 研究的局限性在于主要依赖于公开数据库的数据，可能存在样本偏差或数据不完整的情况 | 研究旨在探讨程序性细胞死亡基因在浆液性卵巢癌异质性中的贡献以及其作为预后标志的潜力 | 研究对象为浆液性卵巢癌患者的细胞和基因数据 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | Cox模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量未具体说明，主要利用两组大型社会数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 6466 | 2024-08-05 |
scCompressSA: dual-channel self-attention based deep autoencoder model for single-cell clustering by compressing gene-gene interactions
2024-Apr-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10286-2
PMID:38684946
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研究论文 | 提出了一种基于自注意力的深度自编码器模型scCompressSA，用于单细胞聚类，通过压缩基因间相互作用来增强聚类精度 | 该研究提出的双通道自注意力块能够有效整合拓扑特征，从而提高单细胞聚类的准确性 | 对于RNA测序数据的高随机性仍然是细胞类型检测面临的挑战 | 研究单细胞聚类的分子机制并提高细胞类型的检测精度 | 利用scRNA-seq数据中的基因间相互作用来提取特征进行细胞聚类 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 深度自编码器 | 基因表达数据 | 多个基准scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 6467 | 2024-08-04 |
Targeting nucleotide metabolic pathways in colorectal cancer by integrating scRNA-seq, spatial transcriptome, and bulk RNA-seq data
2024-Apr-10, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01356-5
PMID:38594466
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和大规模RNA测序数据，对结直肠癌中的核苷酸代谢途径进行分析 | 通过不同的实验方法识别出新的结直肠癌治疗靶点ACO1和CPT2，并建立了以核苷酸代谢相关基因为基础的预后模型 | 研究主要依赖于数据分析和体外实验，临床应用需要进一步验证 | 探索结直肠癌中核苷酸代谢的特征及其对预后的影响 | 结直肠癌（CRC）及其相关的核苷酸代谢基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | 涉及多个结直肠癌样本，具体样本量未详细说明 | NA | NA | NA | NA |
| 6468 | 2024-08-05 |
Ranking of cell clusters in a single-cell RNA-sequencing analysis framework using prior knowledge
2024-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011550
PMID:38635836
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研究论文 | 本文提出了一种新的方法，通过结合先验知识和用户经验信息来对单细胞RNA测序中的细胞类型进行排名 | 本研究的创新点在于引入先验知识和药物信息，以增强对细胞类型的排名，这在之前的研究中未曾尝试 | 现有的细胞排名技术存在缺陷和局限性，需要更好的新方法来改善细胞排名 | 旨在改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型排名 | 研究的对象为在特定疾病下的单细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 6469 | 2024-08-04 |
Miracula polaris - A New Species of Miracula from the East Fjords of Iceland
2024, Mycobiology
IF:1.6Q4
DOI:10.1080/12298093.2024.2333611
PMID:38690034
|
research paper | 本研究在冰岛东峡湾发现了一种新物种Miracula polaris。 | 发现了新的寄生生物Miracula polaris，扩展了对早分支卵菌类多样性的理解。 | 研究未深入探讨与已知物种之间的关联性，可能存在未知物种。 | 调查冰岛东峡湾的早分支卵菌类的多样性。 | 研究了寄生在海洋硅藻属中的新寄生物种。 | NA | NA | 分子系统发育学和形态特征分析 | NA | 环境测序数据 | 在冰岛东峡湾的研究站进行了取样，具体样本数量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 6470 | 2024-08-05 |
Role of proteoglycan synthesis genes in osteosarcoma stem cells
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1325794
PMID:38690160
|
研究论文 | 本研究探讨了蛋白多糖合成基因在骨肉瘤干细胞中的作用 | 揭示了蛋白多糖和糖胺聚糖在骨肉瘤干细胞表型及肿瘤恶性程度中的关键作用 | 对蛋白多糖合成机制的了解依然有限 | 研究蛋白多糖/糖胺聚糖生物合成及相关基因在骨肉瘤中的作用 | 骨肉瘤干细胞及其相关临床样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | scRNA-seq和传统RNA-seq | NA | 临床样本的基因表达数据 | 临床骨肉瘤标本的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6471 | 2024-08-04 |
Single-cell sequencing unveils T-cell characteristic in acute myeloid leukemia
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111927
PMID:38555820
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了急性髓性白血病中T细胞的特征 | 文章创新性地分析了急性髓性白血病患者的T细胞亚群，特别是CD4+和CD8+ T细胞的组成变化 | 本研究的样本数量有限，可能影响结果的普遍适用性 | 探讨不同T细胞亚型在急性髓性白血病免疫失调中的作用 | 来自三名急性髓性白血病患者的骨髓样本中的T细胞 | 数字病理学 | 急性髓性白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三名急性髓性白血病患者的骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6472 | 2024-08-04 |
Differences in nature killer cell response and interference with mitochondrial DNA induced apoptosis in moxifloxacin environment
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111970
PMID:38608472
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研究论文 | 本文研究了环境中莫西沙星对自然杀伤细胞反应的影响及其对线粒体DNA诱导的凋亡的干扰 | 揭示了莫西沙星环境中NK细胞的新亚群体及其激活反应机制 | 样本量较小，仅来自3名健康成人 | 探索莫西沙星对NK细胞的免疫调节作用及其机制 | 健康成年人外周血单核细胞（PBMC） | 免疫学 | NA | 单细胞测序和流式细胞术 | NA | 细胞样本 | 3名健康成年人 | NA | NA | NA | NA |
| 6473 | 2024-08-05 |
Identification and validation of regulatory T cell-associated gene signatures to predict colon adenocarcinoma prognosis
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.112034
PMID:38588631
|
研究论文 | 本研究探讨了调节性T细胞相关基因特征在预测结肠腺癌预后中的作用 | 创新点在于建立了Tregs相关风险评分，并验证了其在结肠腺癌预后中的预测能力 | 本研究的局限性在于样本主要来源于TCGA数据集，可能存在选择偏倚 | 研究调节性T细胞在结肠腺癌预后中的重要性，以及寻找潜在的生物标志物 | 研究对象为结肠腺癌患者的临床信息、RNA-seq数据和小鼠模型 | 数字病理学 | 结肠癌 | RNA-seq, qPCR | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据集中的结肠腺癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 6474 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals cell-cell communication and potential biomarker in sepsis and septic shock patients
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111938
PMID:38593502
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了脓毒症与脓毒性休克患者的细胞间通信及潜在生物标志物 | 研究首次识别了脓毒症单核细胞中的Resistin信号通路和脓毒性休克单核细胞中的IL16信号，证明了这两个分子可能作为脓毒症和脓毒性休克的潜在诊断标志物 | 研究仅在鼠模型中进行了验证，尚需更大规模的人体临床数据支持 | 旨在识别脓毒症和脓毒性休克的潜在生物标志物 | 健康个体、脓毒症和脓毒性休克患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及健康个体与脓毒症、脓毒性休克患者的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6475 | 2024-08-05 |
Prognostic and immunological implications of glutathione metabolism genes in lung adenocarcinoma: A focus on the core gene SMS and its impact on M2 macrophage polarization
2024-May-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111940
PMID:38593503
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研究论文 | 该研究探讨了谷胱甘肽代谢基因在肺腺癌中的预后和免疫环境的作用。 | 提出了一个包含七个谷胱甘肽代谢基因的风险特征模型，并发现核心基因SMS与M2巨噬细胞极化相关。 | 本文对谷胱甘肽代谢在肺腺癌中的角色缺乏全面的研究，可能导致结论的局限性。 | 研究谷胱甘肽代谢基因与肺腺癌患者预后和免疫微环境之间的关系。 | 肺腺癌患者，分为高风险和低风险组进行分析。 | 数字病理学 | 肺癌 | Lasso结合Cox回归，单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了六个GEO数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 6476 | 2024-08-05 |
Revealing the pathogenesis of keloids based on the status: Active vs inactive
2024-May, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.15088
PMID:38685820
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研究论文 | 本研究分析了活跃与非活跃瘢痕疙瘩的转录组特征。 | 首次将瘢痕疙瘩的活动状态纳入转录组分析，揭示了活跃瘢痕疙瘩中促炎性成纤维细胞的显著增加。 | 研究仅限于上胸部或背部的瘢痕疙瘩样本，可能影响结果的广泛适用性。 | 旨在探究不同活动状态瘢痕疙瘩的病理机制。 | 选取了活跃和非活跃的瘢痕疙瘩、成熟瘢痕及正常瘢痕样本。 | 数字病理 | 疤痕疙瘩 | 单细胞RNA测序和多重免疫荧光 | NA | 组织样本 | 使用了活跃和非活跃的瘢痕疙瘩、成熟瘢痕和正常瘢痕样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6477 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing reveals immune cell dysfunction in the peripheral blood of patients with highly aggressive gastric cancer
2024-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13591
PMID:38319150
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研究论文 | 本研究采用单细胞RNA测序揭示了高度侵袭性胃癌患者外周血中免疫细胞的功能障碍 | 首次通过单细胞RNA测序展示了HAGC患者外周血单核细胞的显著变化，特别是嗜中性粒细胞的成熟度及其对T细胞的抑制作用 | 研究样本量较小，仅包括18名患者，可能限制了结果的普遍适用性 | 这个研究旨在揭示高度侵袭性胃癌患者的免疫反应 | 研究对象包括七名HAGC患者、六名正常晚期胃癌患者及五名健康个体 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 共18个样本，其中包括7名HAGC患者、6名正常晚期胃癌患者和5名健康个体 | NA | NA | NA | NA |
| 6478 | 2024-08-05 |
T-Cell-Based Platform for Functional Screening of T-Cell Receptors Identified in Single-Cell RNA Sequencing Data Sets of Tumor-Infiltrating T-Cells
2024-Apr-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4972
PMID:38686347
|
研究论文 | 本研究展示了一种结合全转录组和T细胞受体测序的有效方法，用以识别肿瘤反应性TCR克隆类型 | 创新点在于建立了一种高效的体外功能检测平台，以筛选大量通过单细胞RNA测序识别的TCR克隆类型 | 最初开发的检测主要针对人源TCR，虽然也成功应用于小鼠源的TCR，但适用性仍需进一步验证 | 研究旨在开发和验证一种高效的TCR功能筛选方法 | 研究对象为从肿瘤浸润的T细胞中隔离出的TCR克隆 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNAseq），全转录组测序 | NA | mRNA | 肿瘤样本和同系小鼠肿瘤模型中衍生的CD8和CD4 T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 6479 | 2024-08-05 |
Tumor-associated macrophage subtypes on cancer immunity along with prognostic analysis and SPP1-mediated interactions between tumor cells and macrophages
2024-Apr, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1011235
PMID:38648200
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）亚型对癌症免疫和预后的影响 | 研究揭示了TAM的异质性，识别了十一种亚型及其对预后的影响，并发现SPP1通路在TAM亚型之间及与肿瘤细胞之间的关键通信作用 | 对不同癌症类型中TAM的分子特征和临床相关性的系统性研究仍然缺乏 | 系统探索不同癌症类型中TAM的分子特征及其对癌症预后的影响 | 三种不同肿瘤类型的单细胞RNA测序数据，分析巨噬细胞的克隆和分类 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 三种不同肿瘤类型的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 6480 | 2024-08-04 |
scRNA-seq characterizing the heterogeneity of fibroblasts in breast cancer reveals a novel subtype SFRP4+ CAF that inhibits migration and predicts prognosis
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1348299
PMID:38686196
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研究论文 | 本文研究了乳腺癌中癌相关成纤维细胞的异质性，并首次发现了一种新的SFRP4+ CAF亚型，抑制迁移并预测预后 | 首次鉴定了SFRP4+ CAF亚型，主要存在于正常组织中，并发现其对乳腺癌细胞迁移具有抑制作用 | 尽管发现了新的CAF亚型，但其功能机制和临床应用仍需进一步研究 | 旨在全面了解乳腺癌中癌相关成纤维细胞的特征和作用 | 研究对象为14个乳腺癌正常-肿瘤配对样本中的CAF | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 样本 | 14个乳腺癌正常-肿瘤配对样本 | NA | NA | NA | NA |