单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2025-05-17	Targeting SCD triggers lipotoxicity of cancer cells and enhances anti-tumor immunity in breast cancer brain metastasis mouse models 2024-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.06.592766 PMID:38766019	研究论文	本研究探讨了靶向SCD酶如何通过触发癌细胞脂毒性并增强抗肿瘤免疫力来治疗乳腺癌脑转移	首次揭示了SCD抑制剂在乳腺癌脑转移模型中通过重塑脂质组、增强抗肿瘤免疫反应及抑制免疫抑制途径的双重作用机制	研究仅限于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索SCD抑制剂作为乳腺癌脑转移治疗新策略的有效性	乳腺癌细胞及乳腺癌脑转移小鼠模型	肿瘤代谢与免疫治疗	乳腺癌脑转移	脂质组学分析、qPCR、Western blot、单细胞RNA测序	小鼠脑转移模型	分子生物学数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本量（基于小鼠模型研究）
622	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing comparison of the human metastatic prostate spine tumor microenvironment 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102805 PMID:38341849	研究论文	本文介绍了一种从手术室到实验室处理前列腺癌患者临床标本的单细胞测序方案	提出了一种针对脊柱转移性前列腺癌患者临床标本的单细胞处理和分析方案	仅针对前列腺癌脊柱转移患者的样本，未涉及其他类型肿瘤	开发用于识别骨性脊柱转移患者预后标志物和治疗靶点的方案	前列腺癌脊柱转移患者的临床标本	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	未明确说明样本数量，仅提及前列腺癌患者样本
623	2025-05-17	Protocol to study the inheritance and propagation of non-genetically encoded states using barcode decay lineage tracing 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102809 PMID:38180835	研究论文	本文介绍了一种使用条形码衰减谱系追踪技术研究非遗传编码状态继承和传播的协议	开发了BdLT-Seq技术，能够在保持同源性的同时评估克隆进化，并比较同源细胞谱系间的非遗传分子特征	需要参考Shlyakhtina等人的完整细节来执行该协议	研究非遗传编码状态的继承和传播	细胞谱系	分子生物学	NA	BdLT-Seq（条形码衰减谱系追踪结合单细胞转录组分析）	NA	单细胞转录组数据	NA
624	2025-05-16	Parallel labeled-line organization of sympathetic outflow for selective organ regulation in mice 2024-12-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54928-1 PMID:39658565	research paper	该研究通过结合单细胞转录组数据和病毒遗传工具包，在小鼠中识别出脊髓交感节前神经元的两种亚型，揭示了其对不同器官的选择性调控机制	首次在分子水平上定义了脊髓交感节前神经元的两种亚型，并展示了它们对胃肠道运动和肾上腺介导的葡萄糖代谢的选择性调控	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探究脊髓交感节前神经元的神经回路组织及其对器官功能的选择性调控	小鼠的脊髓交感节前神经元及其靶向的肾上腺和腹腔/肠系膜上神经节	神经科学	NA	单细胞转录组测序、病毒遗传工具包、化学遗传学操控	NA	转录组数据、神经解剖学数据	小鼠模型
625	2025-05-16	CDK9 recruits HUWE1 to degrade RARα and offers therapeutic opportunities for cutaneous T-cell lymphoma 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54354-3 PMID:39632829	research paper	该研究通过筛选小分子抑制剂库，发现CDK9是皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)生长的驱动因子，并揭示了CDK9通过招募E3连接酶HUWE1促进RARα降解的机制	发现CDK9在CTCL生长中的关键作用，并首次揭示CDK9通过HUWE1介导RARα降解的分子机制，提出CDK9-PROTAC与ATRA联合治疗的新策略	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验验证	探索CTCL的靶向治疗新方法	皮肤T细胞淋巴瘤(CTCL)	肿瘤生物学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA-seq、PROTAC技术	小鼠异种移植模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，涉及体外细胞和小鼠模型
626	2025-05-16	Parallel measurement of transcriptomes and proteomes from same single cells using nanodroplet splitting 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54099-z PMID:39638780	研究论文	介绍了一种名为nanoSPLITS的集成平台，能够从同一单细胞中同时进行转录组和蛋白质组的全局分析	开发了nanoSPLITS技术，实现了单细胞水平上转录组和蛋白质组的并行测量，并能够将转录组数据映射到现有的大规模单细胞RNA测序参考数据库	NA	通过单细胞多组学技术深入了解基因调控网络、细胞多样性和时间动态	单细胞（包括人类胰岛原代细胞）	单细胞多组学	NA	RNA测序和质谱蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	NA
627	2025-05-16	Synaptic connectome of the Drosophila circadian clock 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54694-0 PMID:39638801	research paper	该研究通过果蝇FlyWire大脑连接组，绘制了动物昼夜节律时钟的全面连接图谱，揭示了额外的背侧时钟神经元和新的间接光输入路径	发现果蝇昼夜节律网络包含约240个神经元而非150个，揭示了广泛的网络内对侧突触连接和新的间接光输入路径，以及时钟调节下行神经元的路径	NA	理解多样化的节律性生理和行为如何被协调	果蝇昼夜节律时钟的突触连接组	神经科学	NA	FlyWire大脑连接组分析、单细胞转录组学、受体定位	NA	连接组数据、转录组数据	约240个神经元
628	2025-05-16	NiCo identifies extrinsic drivers of cell state modulation by niche covariation analysis 2024-12-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54973-w PMID:39639035	研究论文	本文介绍了一种名为NiCo的计算框架，用于整合单细胞分辨率空间转录组学与匹配的单细胞RNA测序参考数据，以推断空间生态位对细胞状态的影响	NiCo能够预测新的生态位相互作用，这些相互作用控制着组织发育和稳态中的细胞状态变化，例如预测了库普弗细胞与邻近星状细胞之间的反馈机制	现有计算方法在捕捉同一生态位内个体细胞类型间串扰驱动的细胞状态变化方面能力有限	理解细胞状态在发育、稳态和疾病中的调控机制	小鼠胚胎发生、成年小肠和肝脏数据	生物信息学	NA	单细胞分辨率空间转录组学、单细胞RNA测序	NiCo	空间转录组数据、RNA测序数据	NA
629	2025-05-16	Decoding the molecular, cellular, and functional heterogeneity of zebrafish intracardiac nervous system 2024-12-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-54830-w PMID:39632839	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、解剖学研究和电生理技术，全面分类和表征了斑马鱼心内神经系统（IcNS）的分子、细胞和功能异质性	揭示了IcNS中神经元类型的多样性，并鉴定出具有类似中枢模式发生器网络中起搏/节律生成神经元特性的神经元亚群	研究主要基于斑马鱼模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索心内神经系统的组织结构和功能，及其在心脏节律调控中的作用	斑马鱼心内神经系统（IcNS）	神经科学	心血管疾病	单细胞RNA测序、解剖学研究、电生理技术	NA	分子数据、细胞数据、功能数据	NA
630	2025-05-16	Dual function of PHF16 in reinstating homeostasis of murine intestinal epithelium after crypt regeneration 2024-12-02, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.08.009 PMID:39232563	研究论文	研究揭示了表观遗传调节因子PHF16在小鼠肠道上皮稳态恢复中的双重功能	发现PHF16通过HBO1介导的组蛋白H3K14乙酰化诱导RAR/RXR靶基因，同时通过CDC73的泛素化抑制YAP/TAZ活性，从而恢复肠道上皮稳态	研究仅限于小鼠模型，未在人类肠道组织中进行验证	探究PHF16在肠道上皮损伤后稳态恢复中的作用机制	小鼠肠道干细胞和再生干细胞	表观遗传学	肠道疾病	scRNA-seq, RNA-seq, ATAC-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，但使用了Phf16小鼠和肠道类器官
631	2025-05-16	Augmenting antitumor efficacy of Th17-derived Th1 cells through IFN-γ-induced type I interferon response network via IRF7 2024-Nov-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412120121 PMID:39541355	research paper	该研究探讨了Th17来源的Th1细胞通过IFN-γ诱导的I型干扰素反应网络增强抗肿瘤效果的机制	揭示了Th1细胞在肿瘤微环境中的分化轨迹及其通过IFN-γ上调IRF7促进I型干扰素反应网络的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索CD4 T细胞亚群在癌症免疫治疗中的作用机制	Th17来源的Th1细胞及其抗肿瘤反应	免疫学	实体恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
632	2025-05-16	DNA methylation memory of pancreatic acinar-ductal metaplasia transition state altering Kras-downstream PI3K and Rho GTPase signaling in the absence of Kras mutation 2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.26.620414 PMID:39553977	research paper	研究胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态下DNA甲基化记忆对Kras下游PI3K和Rho GTPase信号通路的影响	揭示了在没有致癌基因突变的情况下，ADM过渡状态细胞如何通过DNA甲基化记忆影响Kras下游信号通路	研究主要关注ADM过渡状态，未涉及其他可能的致癌机制	探讨ADM过渡状态下DNA甲基化记忆对胰腺癌发生的影响	胰腺腺泡-导管化生（ADM）过渡状态细胞	癌症研究	胰腺导管腺癌（PDAC）	DNA甲基化分析、单细胞空间转录组学	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据	人类胰腺上皮内瘤变（PanIN）样本及ADM细胞
633	2025-05-16	The small inhibitor WM-1119 effectively targets KAT6A-rearranged AML, but not KMT2A-rearranged AML, despite shared KAT6 genetic dependency 2024-10-08, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01610-0 PMID:39380002	研究论文	研究评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的治疗效果及其机制	首次评估了KAT6A抑制剂WM-1119在KAT6A和KMT2A重排AML中的差异效果，并提出了针对KMT2Ar AML的新治疗策略	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未进行临床试验	评估KAT6A靶向治疗策略对KAT6A和KMT2A重排AML的治疗潜力	KAT6A和KMT2A重排AML细胞系、小鼠模型及原代患者AML细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病(AML)	流式细胞术、集落形成实验、shRNA敲低、CRISPR敲除、bulk和单细胞RNA-seq、ChIP-seq	小鼠KAT6A遗传模型和KMT2A::MLLT3 AML模型	分子生物学数据、转录组数据	人类AML细胞系和原代患者AML细胞
634	2025-05-16	c-Myc alone is enough to reprogram fibroblasts into functional macrophages 2024-09-12, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01605-x PMID:39267119	research paper	该研究报道了一种通过c-Myc过表达将成纤维细胞重编程为具有吞噬活性的功能性巨噬细胞的新方法	首次证明仅c-Myc单独表达就足以将成纤维细胞重编程为功能性巨噬细胞，为抗癌免疫治疗提供了新的细胞来源	研究未涉及长期安全性和稳定性评估，且未在更多肿瘤模型中验证疗效	开发一种高效获取功能性巨噬细胞的新方法，用于抗癌免疫治疗	成纤维细胞和重编程后的巨噬细胞	细胞重编程	白血病、乳腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、ChIP-qPCR、双荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据、流式细胞数据、单细胞转录组数据	涉及白血病、乳腺癌和患者来源的肿瘤异种移植模型
635	2025-05-16	Evaluating cell type deconvolution in FFPE breast tissue: application to benign breast disease 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae098 PMID:40162103	研究论文	评估在FFPE乳腺组织中进行细胞类型反卷积的方法，并应用于良性乳腺疾病	构建了乳腺组织的单细胞RNA-seq参考数据，测试了多种反卷积方法，并发现深度学习为基础的Scaden方法在FFPE伪影影响下表现最优	FFPE伪影显著影响了反卷积方法的性能，RMSE在0.04到0.17之间	优化从FFPE样本中定义单个细胞类型组成的策略	乳腺组织，特别是良性乳腺疾病	数字病理学	乳腺疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	深度学习（Scaden）	RNA-seq数据	62例RNA-seq良性乳腺疾病队列
636	2025-05-16	Spatial multi-omics: deciphering technological landscape of integration of multi-omics and its applications 2024-08-24, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01596-9 PMID:39182134	review	本文综述了空间多组学技术的发展及其在细胞生物学和人类疾病分子基础研究中的应用	探讨了空间多组学技术在解决单细胞测序空间信息丢失问题上的创新，以及其在揭示空间异质性、构建空间图谱和解码肿瘤免疫学中的空间串扰方面的贡献	NA	回顾多组学技术的当前进展，特别是其在过去十年中的演变和精进，包括通量、分辨率、模态整合和准确性的提升	基因组、转录组、蛋白组、代谢组和表观基因组的整合分析	生物信息学	癌症	空间多组学技术	NA	多组学数据	NA
637	2025-05-16	A single-cell and spatially resolved atlas of human osteosarcomas 2024-08-20, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-024-01598-7 PMID:39164791	research paper	该研究通过单细胞和空间分辨转录组学分析，构建了人类骨肉瘤的细胞组成和组织结构图谱	揭示了骨肉瘤的细胞亚群特征、功能状态及其与化疗的关系，并发现了一个与化疗耐药相关的独特空间生态位	NA	深入理解骨肉瘤的细胞组成和组织结构，为靶向治疗提供基础	人类骨肉瘤	digital pathology	osteosarcoma	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
638	2025-05-16	Type I interferons induce an epigenetically distinct memory B cell subset in chronic viral infection 2024-05-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.03.016 PMID:38593796	research paper	该研究通过单细胞测序技术揭示了慢性病毒感染中记忆B细胞的一个独特亚群，该亚群富含干扰素刺激基因，并探讨了干扰素受体阻断对记忆B细胞表观遗传和表型的影响	发现了慢性病毒感染中一个富含干扰素刺激基因的记忆B细胞新亚群，并证明早期干扰素受体阻断可以改变记忆B细胞的表观遗传特征和表型	研究显示感染4周后的记忆B细胞对干预措施具有抵抗性，暗示存在关键的时间窗口限制	探究慢性病毒感染如何影响记忆B细胞的发育及其可逆性	记忆B细胞在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒感染中的差异	免疫学	慢性病毒感染	scATAC-seq, scRNA-seq	NA	单细胞测序数据	NA
639	2025-05-16	Protocol to analyze immune cells in the tumor microenvironment by transcriptome using machine learning 2024-03-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102684 PMID:38219153	研究论文	提出了一种利用机器学习分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组协议	整合单细胞RNA测序数据，使用机器学习识别与免疫细胞浸润相关的基因，并探索这些基因在预后中的影响	未提及具体样本量或实验验证结果	分析肿瘤微环境中免疫细胞的转录组变化，寻找潜在药物靶点	肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	癌症	scRNA-seq, 微阵列, bulk RNA-seq	机器学习	转录组数据	NA
640	2025-05-15	Single-cell RNA sequencing of the holothurian regenerating intestine reveals the pluripotency of the coelomic epithelium 2024-Dec-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.01.601561 PMID:39005414	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究海参再生肠道的细胞组成，揭示了体腔上皮的多能性	首次应用scRNA-seq和HCR-FISH技术解析海参再生芽基的细胞群，发现四种新的前体细胞群	研究仅关注再生芽基的转录组特征，未涉及功能验证实验	探究海参肠道再生过程中芽基细胞的分子特征	海参再生肠道中的细胞群	单细胞组学	NA	scRNA-seq, HCR-FISH	NA	单细胞转录组数据	13个不同的细胞簇